Seguimiento de la actividad de pacientes en ensayos clínicos en redes sociales y otros repositorios públicos

Actualmente nos encontramos en la era de Internet y las nuevas tecnologías. Esto supone que queremos utilizar Internet para casi cualquier problema que se nos presente hoy en día. Al mismo tiempo vivimos un momento en el que los ensayos clínicos están siendo cruciales para la cura de enfermedades, algo que supone si no el más sí uno de los aspectos más importantes en nuestra vida. Pero el seguimiento de los ensayos clínicos presenta el problema de que finalizados tras cinco años de duración, toda comunicación con los pacientes que participaron en ellos se pierde y volver a contactar con ellos se convierte en una tarea ardua. De estas ideas básicas surge el desarrollo de este proyecto. Se ha querido unir las nuevas tecnologías y el beneficioso uso de Internet con la posibilidad de encontrar a pacientes sin tener que perder demasiado tiempo en ello y sin molestar a nadie por el camino. La aplicación que se plantea en este proyecto es, por tanto, una aplicación web basada en PHP, HTML5 y CSS3 que sea capaz de leer información personal de pacientes almacenada en CRFs y que con ella realice búsquedas en redes sociales destinadas a la medicina y así, de esta manera, poder constatar qué ha sido del paciente. Para ello primero se tendrá que realizar un exhaustivo estudio de las redes sociales y repositorios electrónicos clínicos que hay actualmente en el mercado. Una vez identificados estos recursos y sus posibles elementos de desarrollo se estudiarán las herramientas de manejo de Case Report Forms disponibles, que sean de código abierto, para poder usarlas como punto de lectura de los datos del paciente. Una vez disponible esta información sólo será necesario hacer que la aplicación lea los datos y realice las búsquedas en las redes sociales seleccionadas. En definitiva, se ha diseñado un sistema que facilite el seguimiento de pacientes de estudios clínicos al equipo médico.

Recuperación cruzada de información pública clínico-genómica a partir de consultas sobre repositorios clínicos privados

Parte de la investigación biomédica actual se encuentra centrada en el análisis de datos heterogéneos. Estos datos pueden tener distinto origen, estructura, y semántica. Gran cantidad de datos de interés para los investigadores se encuentran en bases de datos públicas, que recogen información de distintas fuentes y la ponen a disposición de la comunidad de forma gratuita. Para homogeneizar estas fuentes de datos públicas con otras de origen privado, existen diversas herramientas y técnicas que permiten automatizar los procesos de homogeneización de datos heterogéneos. El Grupo de Informática Biomédica (GIB) [1] de la Universidad Politécnica de Madrid colabora en el proyecto europeo P-medicine [2], cuya finalidad reside en el desarrollo de una infraestructura que facilite la evolución de los procedimientos médicos actuales hacia la medicina personalizada. Una de las tareas enmarcadas en el proyecto P-medicine que tiene asignado el grupo consiste en elaborar herramientas que ayuden a usuarios en el proceso de integración de datos contenidos en fuentes de información heterogéneas. Algunas de estas fuentes de información son bases de datos públicas de ámbito biomédico contenidas en la plataforma NCBI [3] (National Center for Biotechnology Information). Una de las herramientas que el grupo desarrolla para integrar fuentes de datos es Ontology Annotator. En una de sus fases, la labor del usuario consiste en recuperar información de una base de datos pública y seleccionar de forma manual los resultados relevantes. Para automatizar el proceso de búsqueda y selección de resultados relevantes, por un lado existe un gran interés en conseguir generar consultas que guíen hacia resultados lo más precisos y exactos como sea posible, por otro lado, existe un gran interés en extraer información relevante de elevadas cantidades de documentos, lo cual requiere de sistemas que analicen y ponderen los datos que caracterizan a los mismos. En el campo informático de la inteligencia artificial, dentro de la rama de la recuperación de la información, existen diversos estudios acerca de la expansión de consultas a partir de retroalimentación relevante que podrían ser de gran utilidad para dar solución a la cuestión. Estos estudios se centran en técnicas para reformular o expandir la consulta inicial utilizando como realimentación los resultados que en una primera instancia fueron relevantes para el usuario, de forma que el nuevo conjunto de resultados tenga mayor proximidad con los que el usuario realmente desea. El objetivo de este trabajo de fin de grado consiste en el estudio, implementación y experimentación de métodos que automaticen el proceso de extracción de información trascendente de documentos, utilizándola para expandir o reformular consultas. De esta forma se pretende mejorar la precisión y el ranking de los resultados asociados. Dichos métodos serán integrados en la herramienta Ontology Annotator y enfocados a la fuente de datos de PubMed [4].---ABSTRACT---Part of the current biomedical research is focused on the analysis of heterogeneous data. These data may have different origin, structure and semantics. A big quantity of interesting data is contained in public databases which gather information from different sources and make it open and free to be used by the community. In order to homogenize thise sources of public data with others which origin is private, there are some tools and techniques that allow automating the processes of integration heterogeneous data. The biomedical informatics group of the Universidad Politécnica de Madrid cooperates with the European project P-medicine which main purpose is to create an infrastructure and models to facilitate the transition from current medical practice to personalized medicine. One of the tasks of the project that the group is in charge of consists on the development of tools that will help users in the process of integrating data from diverse sources. Some of the sources are biomedical public data bases from the NCBI platform (National Center for Biotechnology Information). One of the tools in which the group is currently working on for the integration of data sources is called the Ontology Annotator. In this tool there is a phase in which the user has to retrieve information from a public data base and select the relevant data contained in it manually. For automating the process of searching and selecting data on the one hand, there is an interest in automatically generating queries that guide towards the more precise results as possible. On the other hand, there is an interest on retrieve relevant information from large quantities of documents. The solution requires systems that analyze and weigh the data allowing the localization of the relevant items. In the computer science field of the artificial intelligence, in the branch of information retrieval there are diverse studies about the query expansion from relevance feedback that could be used to solve the problem. The main purpose of this studies is to obtain a set of results that is the closer as possible to the information that the user really wants to retrieve. In order to reach this purpose different techniques are used to reformulate or expand the initial query using a feedback the results that where relevant for the user, with this method, the new set of results will have more proximity with the ones that the user really desires. The goal of this final dissertation project consists on the study, implementation and experimentation of methods that automate the process of extraction of relevant information from documents using this information to expand queries. This way, the precision and the ranking of the results associated will be improved. These methods will be integrated in the Ontology Annotator tool and will focus on the PubMed data source.

Open access, repositorios, directorios de repositorios y open licenses

Este trabajo aborda el tema del acceso abierto (open access) de la literatura científica. Se analizan las declaraciones sobre las que se basan sus cimientos y las estrategias existentes para la difusión del conocimiento. Así mismo, se tratan las iniciativas que colaboran con este fin: los repositorios, los directorios de repositorios de acceso abierto y las licencias abiertas (open licenses). Por último, se pone de manifiesto la relación que existe entre el movimiento de acceso abierto y las iniciativas relacionadas con los recursos educativos abiertos.

Repositorios institucionales de acceso abierto : Tendencias y perspectivas en métricas de uso, visibilidad e impacto de la producción académica

Fil: González, Claudia. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Humanidades y Ciencias de la Educación. Instituto de Investigaciones en Humanidades y Ciencias Sociales (UNLP-CONICET); Argentina.

Acceso abierto y repositorios digitales en Argentina

Se realiza una introducción sobre el origen y los fundamentos del movimiento internacional de acceso abierto, se caracterizan las dos vías tradicionales de acceso propuestas (revistas y repositorios), y se describe la situación de los repositorios en Argentina. Entre las acciones implementadas desde el gobierno nacional, se destaca la aprobación de la Ley de repositorios digitales en ciencia y tecnología. Luego se caracteriza a los actores del movimiento de acceso abierto y se presentan reflexiones finales. La presentación incluye enlaces a dos videos de acceso abierto realizados en el marco del proyecto: El movimiento de Acceso Abierto al conocimiento cientí-fico en la Argentina. Polí-ticas y prácticas en torno a la investigación, las revistas académicas y los repositorios - Período 2012-2015

Acceso abierto y repositorios digitales en Argentina

Se realiza una introducción sobre el origen y los fundamentos del movimiento internacional de acceso abierto, se caracterizan las dos vías tradicionales de acceso propuestas (revistas y repositorios), y se describe la situación de los repositorios en Argentina. Entre las acciones implementadas desde el gobierno nacional, se destaca la aprobación de la Ley de repositorios digitales en ciencia y tecnología. Luego se caracteriza a los actores del movimiento de acceso abierto y se presentan reflexiones finales. La presentación incluye enlaces a dos videos de acceso abierto realizados en el marco del proyecto: El movimiento de Acceso Abierto al conocimiento cientí-fico en la Argentina. Polí-ticas y prácticas en torno a la investigación, las revistas académicas y los repositorios - Período 2012-2015

Acceso abierto y repositorios digitales en Argentina

Se realiza una introducción sobre el origen y los fundamentos del movimiento internacional de acceso abierto, se caracterizan las dos vías tradicionales de acceso propuestas (revistas y repositorios), y se describe la situación de los repositorios en Argentina. Entre las acciones implementadas desde el gobierno nacional, se destaca la aprobación de la Ley de repositorios digitales en ciencia y tecnología. Luego se caracteriza a los actores del movimiento de acceso abierto y se presentan reflexiones finales. La presentación incluye enlaces a dos videos de acceso abierto realizados en el marco del proyecto: El movimiento de Acceso Abierto al conocimiento cientí-fico en la Argentina. Polí-ticas y prácticas en torno a la investigación, las revistas académicas y los repositorios - Período 2012-2015

Desarrollo de repositorios digitales institucionales en las universidades nacionales en Argentina, período 2004-2015

La presente ponencia es parte de una tesis en desarrollo del programa de Maestría CTS de la Universidad Nacional de Quilmes, cuyo objetivo es conocer la situación actual y el proceso de desarrollo de los repositorios digitales institucionales en el ámbito de las universidades nacionales argentinas en el período 2004-2015. Los repositorios digitales institucionales comenzaron a crearse y difundirse en todo el mundo a principios del 2000, como una forma de reunir, preservar y ofrecer acceso digital, libre y gratuito a los artículos científicos que producen los investigadores de una institución determinada en el marco de lo que se conoce como "movimiento de acceso abierto al conocimiento científico" u open access. En nuestro país, el open access se comenzó a difundir ampliamente entre los bibliotecarios universitarios y científicos alrededor de 2003, en confluencia con los primeros años de creación de la Biblioteca Electrónica de Ciencia y Tecnología (BECYT). Desde 2009 comenzó a ser impulsado por el Mincyt, que en 2011 creó el Sistema Nacional de Repositorios Digitales en CyT (SNRD) y elaboró un proyecto de ley que fue aprobado a fines de 2013, transformando el tema en política pública. La Ley 26.899 "Creación de Repositorios Digitales Institucionales de Acceso Abierto, Propios o Compartidos" estableció la obligatoriedad del acceso abierto a la producción financiada con fondos públicos a nivel nacional, a través de repositorios digitales. Un relevamiento realizado en 2013 mostró que 20 de las casi 50 universidades nacionales argentinas estaba desarrollando un repositorio institucional, y en 2015 solo siete universidades nacionales integraban el Portal del SNRD, en lo que parecería ser un lento avance a pesar del impulso inicial recibido. El abordaje teórico que se propone toma los elementos de la perspectiva de la construcción social de la tecnología (SCOT) en tanto considera a los repositorios como artefactos socio-técnicos, en cuya construcción participan actores y grupos sociales con intereses, necesidades y visiones diferentes que resulta interesante investigar. Entre ellos, autores, bibliotecarios e informáticos, editores, instituciones y financiadores de la investigación. Es posible que aún no se haya logrado un consenso en relación con los significados atribuidos por cada uno de los grupos sociales a los repositorios en relación a su capacidad para lograr el acceso abierto a la producción científica generada en las UUNN, motivo por el cual su desarrollo es lento. O bien que las políticas públicas implementadas sean insuficientes o ineficaces en su objetivo. La investigación se desarrolla en dos etapas que combinan técnicas cuantitativas y cualitativas. En la primera etapa se realiza una amplia revisión de la bibliografía a fin de contextualizar el problema e identificar y caracterizar a los grupos sociales relevantes en el ámbito de las universidades nacionales argentinas. Luego, a partir de un relevamiento de los sitios web de las 58 universidades existentes a la fecha, se registra la existencia de repositorios digitales institucionales y/o iniciativas relacionadas (proyectos de repositorios, portales de revistas o publicaciones institucionales, entre otros), en base a los cuales se analizan y exponen resultados que describen la situación actual. Finalmente en una segunda etapa, a partir de entrevistas con actores relevantes pertenecientes a los distintos grupos sociales, se trabaja con dos casos seleccionados (un repositorio en desarrollo y otro en funcionamiento) para profundizar en el análisis y la comprensión del proceso de creación de los repositorios. En esta ponencia se exponen los resultados alcanzados en la primera etapa

Sistema recomendador de recursos educativos para la enseñanza de las ciencias

Resumen: En el dominio de la educación existe gran cantidad y diversidad de material multimedial que puede ser utilizado en la enseñanza y que constituye una importante contribución al proceso enseñanzaaprendizaje. Mucho de este material es accesible a través de diferentes repositorios de objetos de aprendizaje, donde cada objeto tiene metadatos descriptivos. Estos metadatos permiten recuperar aquellos objetos que satisfagan no sólo el tema de la consulta, sino también el perfil de usuario, teniendo en cuenta sus características y preferencias. En este trabajo se presenta una propuesta de un sistema recomendador de objetos de aprendizaje que ayuda a un usuario a encontrar

La ley de propiedad intelectual y su repercusión en la actividad de las bibliotecas

[ES]Se analizan las repercusiones que la legislación y las nuevas tecnologías tienen en las bibliotecas en relación a la propiedad intelectual. También se examina el papel que han de tener las bibliotecas en la gestión de aspectos de la propiedad intelectual y las opciones alternativas de publicación en el ámbito académico (Open Access, repositorios)

Propuesta para acceder a los recursos sobre Patrimonio depositados en el repositorio institucional ADDI de la Universidad del País Vasco (UPV/EHU) mediante un grafo 3D interactivo

[ES] Los repositorios institucionales albergan gran cantidad de información científica generada por las universidades y centros de investigación que está disponible para su descarga y uso de forma libre. Uno de los factores que puede limitar el uso proviene de la dificultad de navegación dentro de las interfaces que proporcionan estos programas de cara a los usuarios; por este motivo, es interesante desarrollar métodos alternativos de búsqueda y navegación por los contenidos que complementen a los existentes, permitiendo así una mayor difusión.

Enriching the content provided by cultural catalogues with data from institutional repositories

[EN] This paper is an outcome of the ERASMUS IP program called TOPCART, there are more information about this project that can be accessed from the following item:

Actas del I. Congreso Interuniversitario sobre el trabajo fin de grado : Retos y oportunidades del TFG en la sociedad del conocimiento : Bilbo, Bizkaia Aretoa, 2014-V-19/20

Este primer Congreso Interuniversitario sobre el Trabajo Fin de Grado ha supuesto un encuentro y un espacio de reflexión e intercambio de diversas experiencias procedentes de los distintos grados y áreas de conocimiento de las universidades participantes. Esta diversidad se ha manifestado en las temáticas presentadas, que hacen referencia a: normativas de TFG, modalidades de TFG, número de créditos y del peso académico del TFG en cada plan de estudios, enfoques e instrumentos de evaluación, desarrollo de materiales para la elaboración del TFG, guías docentes, defensas del TFG, las plataformas de gestión integral desarrolladas en algunas universidades, etc. También se ha reflexionado sobre las diversas formas de la difusión de los TFG (Open Access, repositorios digitales propios de cada universidad) y la transferencia de conocimiento desde los grados a los distintos sectores de la sociedad, la cultura, economía, tecnología, salud, innovación social, etc.

Prototipo para la integración de datos públicos

La herramienta pretende integrar datos de la UPV/EHU públicamente accesibles y establecer puentes entre distintos repositorios de información del ámbito académico. Para ello, aprovecharemos el Linked Data, "la forma que tiene la Web Semántica de vincular los distintos datos que están distribuidos en la Web", y los estándares que éste define. La herramienta pretende integrar datos de la UPV/EHU públicamente accesibles y establecer puentes entre distintos repositorios de información del ámbito académico. Para ello, aprovecharemos el Linked Data, "la forma que tiene la Web Semántica de vincular los distintos datos que están distribuidos en la Web", y los estándares que éste define. Los repositorios elegidos para este trabajo han sido el ADDI, Bilatu, las páginas de todos los centros de la UPV/EHU en el Campus de Gipuzkoa y la DBLP. La mayoría de las funcionalidades de esta aplicación son genéricas, por lo que podrían fácilmente aplicarse a repositorios de otras instituciones. El sistema es un prototipo que demuestra la factibilidad del objetivo de integración y que está abierto a la incorporación de más conjuntos de datos, siguiendo la misma metodología empleada en el desarrollo de este proyecto. La mayoría de las funcionalidades de esta aplicación son genéricas, por lo que podrían fácilmente aplicarse a repositorios de otras instituciones. El sistema es un prototipo que demuestra la factibilidad del objetivo de integración y que está abierto a la incorporación de más conjuntos de datos, siguiendo la misma metodología empleada en el desarrollo de este proyecto.