Origem do suíno casco-de-burro e sua relação genética com populações ibéricas e americanas

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudo epidemiológico da raiva, caracterização antigênica de cepas do vírus da raiva isoladas na Amazônia brasileira

Com o objetivo de avaliar a epidemiologia da raiva, procedimentos complementares ao diagnóstico - caracterização antigênica e genética - foram incluídos neste estudo para investigar o perfil epidemiológico da raiva animal na Amazônia brasileira, entre janeiro de 2000 e julho de 2009. Foi realizada uma revisão cuidadosa das informações de amostras do sistema nervoso central (SNC) recebidas e analisadas no Laboratório de Raiva do Instituto Evandro Chagas. Um total de 265 cepas de vírus rábico isoladas de amostras do SNC de seres humanos (n=33) e animais domésticos/silvestres (n=232) foram caracterizadas antigenicamente por imunofluorescência indireta (IFI), utilizando um painel de oito anticorpos monoclonais preparados pelo CDC contra a nucleoproteína do vírus da raiva; Além disso, 21 delas tiveram a nucleoproteína (gene N) caracterizada geneticamente por sequenciamento nucleotídico parcial seguida de análise filogenética. As sequências obtidas foram comparadas entre si e com outras sequências de vírus da raiva do Brasil e outros países das Américas, utilizando os métodos de máxima verossimilhança e bayesiano. Foi observada uma menor transmissão do vírus da raiva em áreas urbanas; detecção do ciclo rural da raiva em quase todos os estados da Amazônia; ocorrência do ciclo aéreo nos estados do Pará e Amapá; identificação da variante antigênica 2 (AgV2) do vírus da raiva, entre cães e gatos domésticos como o principal mecanismo de transmissão viral, detecção de circulação de variantes antigênicas AgV3, AgV4 e variante "Eptesicus" entre animais silvestres e, finalmente, a redução da transmissão cão-homem do vírus da raiva, que foi substituído por um aumento da transmissão morcego-homem, especialmente no estado de Pará. Em conclusão, a associação de técnicas antigênica e moleculares permitiu uma melhor compreensão da epidemiologia molecular do vírus da raiva na Amazônia Brasileira.

Infecção experimental em hamster dourados (Mesocricetus auratus) e caracterização genética parcial de cinco Phlebovirus (Bunyaviridae) do Complexo Candiru isolados na Amazônia brasileira

Os flebovírus (família Bunyaviridae; gênero Phlebovirus), possuem importância considerável em saúde publica, pois podem causar uma variedade de síndromes clínicas. Na região amazônica brasileira até o momento já foram isolados 23 flebovírus sendo que quatro se destacam por terem sido isolados de humanos: Virus Alenquer, Virus Candiru, Virus Morumbi e Virus Serra Norte. Estes mais o Virus Itaituba, isolado de Didelphis marsupialis, fazem parte do Complexo Candiru (grupo Candiru) e foram utilizados para estudos de caracterização genética e de infecção experimental em hamsters dourados (Mesocricetus auratus). Os Hamsters mostraram-se suscetíveis a infecção por esses flebovírus, apesar de não terem apresentado sinais de doença. A análise histopatológica demonstrou aspectos lesionais no fígado, nos rins, no baço, nos pulmões e no sistema nervoso central, sendo as lesões mais intensas no fígado comprovadas pela presença dos antígenos virais empregando a técnica de imunohistoquímica. A análise das seqüências nucleotídicas parciais dos segmentos PRNA e MRNA obtidas para os cinco flebovírus estudados mostraram maior similaridade genética entre si do que com outros membros do gênero Phlebovirus. Sendo as mesmas geneticamente mais relacionadas ao Virus Punta Toro. Filogeneticamente, independentemente do segmento genômico analisado, os cinco flebovírus constituem um grupo monofilético, sendo que a análise pelo método de máxima verossimilhança demonstrou diferentes origens evolutivas para os segmentos de RNA o que sugere a ocorrência de rearranjo genético em natureza entre estes cinco flebovírus amazônicos.

Plamodiophora brassicae x brassicaceas: variabilidade genética e patogênica, epidemiologia da doença e efeito de exsudatos radiculares e plantas não brassicaceas no controle

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Variabilidade genética de amostras de Salmonella Typhi isoladas de surto e de casos esporádicos ocorridos em Belém, Brasil

INTRODUÇÃO: Salmonella Typhi é o agente da febre tifóide (doença caracterizada por febre, cefaléia, mialgia, artralgia, diarréia ou constipação), cujo quadro pode se complicar e levar o paciente a óbito. No Brasil, a febre tifóide é endêmica nas regiões Norte e Nordeste, com surtos ocorridos nos meses de intenso calor. OBJETIVO: Analisar e comparar a variabilidade genética de S. Typhi isoladas de surto e casos esporádicos de febre tifóide ocorridos em determinado período na cidade de Belém (PA). MATERIAL E MÉTODOS: Foram analisadas 20 amostras de S. Typhi: 10 isoladas de um surto ocorrido no bairro do Guamá, Belém, entre os meses de dezembro/2005 e março/2006, e 10 de casos esporádicos ocorridos em diferentes localidades da mesma cidade e no mesmo período do surto. A caracterização genética foi realizada pela análise do perfil de macrorrestrição obtido pela enzima XbaI e definido por eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). RESULTADOS: A análise de XbaI-PFGE das amostras estudadas demonstrou uma similaridade genética de 83% a 100%. CONCLUSÃO: Este estudo pôde demonstrar a relação clonal das amostras S. Typhi causadoras de surto e de casos esporádicos de febre tifóide ocorridos na cidade de Belém no período de dezembro/2005 a março/2006.

Diversidade genética molecular de progênies de dendezeiro

O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética, entre e dentro de progênies de dendezeiro tipo dura, de origem Deli. A caracterização genética foi feita com uso de marcadores microssatélites em 24 progênies usadas na produção comercial de sementes, sendo 22 provenientes de autofecundação e duas de cruzamentos entre irmãos completos. Foi realizada análise de variância molecular entre e dentro das progênies, com posterior construção de um dendrograma. Observou-se baixa variabilidade genética nas progênies, com média de 1,32 alelos por loco e variância genética total igual a 0,3241. A maior parte da variação ocorreu entre progênies. A menor variabilidade genética dentro das progênies pode ser explorada nos cruzamentos com progênies endogâmicas de outras origens, o que facilitaria o alcance de heterose para o desenvolvimento de novas variedades.

Caracterização morfológica, cultural, molecular e enzimática de isolados de Fusarium spp., de Seringueira

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

High occurrence of Cryptosporidium ubiquitum and Giardia duodenalis genotype E in sheep from Brazil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Diversidade genética e constituição química dos óleos essenciais de populações de Lychnophora ericoides mart. e Lychnophora pinaster Mart

Pós-graduação em Agronomia (Horticultura) - FCA

HEV infection in swine from Eastern Brazilian Amazon: Evidence of co-infection by different subtypes

Hepatitis E virus (HEV) is a fecal-orally transmitted member of the genus Hepevirus that causes acute hepatitis in humans and is widely distributed throughout the world. Pigs have been reported as the main source of genotypes 3 and 4 infection to humans in non-endemic areas. To investigate HEV infection in pigs from different regions of Para state (Eastern Brazilian Amazon), we performed serological and molecular analyses of serum, fecal and liver samples from 151 adult pigs slaughtered between April and October 2010 in slaughterhouses in the metropolitan region of Belem, Para. Among the animals tested, 8.6% (13/151) were positive for anti-HEV IgG but not for anti-HEV IgM. HEV RNA was detected in 4.8% (22/453) of the samples analyzed and 9.9% (15/151) of the animals had at least one positive sample. Phylogenetic analysis showed that all sequences belonged to genotype 3 that were related to human isolates from other non-endemic regions, suggesting that the isolates had zoonotic potential. Subtypes 3c and 3f were simultaneously detected in some pigs, suggesting co-infection by more than one strain and/or the presence of a recombinant virus. These results constitute the first molecular and serologic evidence of swine HEV circulation in the Eastern Brazilian Amazon. (C) 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Enterococcus faecium isolated from Lombo, a Portuguese traditional meat product: characterisation of antibacterial compounds and factors affecting bacteriocin production

Strain ST211CH, identified as a strain of Enterococcus faecium, isolated from Lombo produced a bacteriocin that inhibited the growth of Enterococcus spp., Listeria spp., Klebsiella spp., Lactobacillus spp., Pseudomonas spp., Staphylococcus spp. and Streptococcus spp. The mode of action of the bacteriocin named as bacteriocin ST211Ch was bactericidal against Enterococcus faecalis ATCC19443. As determined by Tricine-SDS-PAGE, the approximate molecular mass of the bacteriocin was 8.0 kDa. Loss in antimicrobial activity was recorded after treatment with proteolytic enzymes. Maximum activity of bacteriocin ST211Ch was measured in broth cultures of E. faecium strain ST211Ch after 24 h; thereafter, the activity was reduced. Bacteriocin ST211Ch remained active after exposure to various temperatures and pHs, as well as to Triton X-100, Tween-80, Tween-20, sodium dodecyl sulfate, NaCl, urea and EDTA. Effect of media components on production of bacteriocin ST211Ch was also studied. On the basis of PCR reactions targeting different bacteriocin genes, i.e. enterocins, curvacins and sakacins, no evidences for the presence of these genes in the total DNA of E. faecium strain ST211Ch was obtained. The bacterium most probably produced a bacteriocin different from those mentioned above. Based on the antimicrobial spectrum, stability and mode of action of bacteriocin ST211CH, E. faecium strain ST211Ch might be considered as a potential candidate with beneficial properties for use in biopreservation to control food spoilage bacteria.

Desmodus rotundus and Artibeus spp. bats might present distinct rabies virus lineages

In Brazil, bats have been assigned an increasing importance in public health as they are important rabies reservoirs. Phylogenetic studies have shown that rabies virus (RABV) strains from frugivorous bats Artibeus spp. are closely associated to those from the vampire bat Desmodus rotundus, but little is known about the molecular diversity of RABV in Artibeus spp. The N and G genes of RABV isolated from Artibeus spp. and cattle infected by D. rotundus were sequenced, and phylogenetic trees were constructed. The N gene nucleotides tree showed three clusters: one for D. rotundus and two for Artibeus spp. Regarding putative N amino acid-trees, two clusters were formed, one for D. rotundus and another for Artibeus spp. RABV G gene phylogeny supported the distinction between D. rotundus and Artibeus spp. strains. These results show the intricate host relationship of RABV's evolutionary history, and are invaluable for the determination of RABV infection sources. (C) 2012 Elsevier Editora Ltda. All rights reserved.

Gametic phase disequilibrium between the syntenic multiallelic HTG4 and HMS3 markers widely used for parentage testing in Thoroughbred horses

Validation of parentage and horse breed registries through DNA typing relies on estimates of random match probabilities with DNA profiles generated from multiple polymorphic loci. Of the twenty-seven microsatellite loci recommended by the International Society for Animal Genetics for parentage testing in Thoroughbred horses, eleven are located on five chromosomes. An important aspect in determining combined exclusion probabilities is the ascertainment of the genetic linkage status of syntenic markers, which may affect reliable use of the product rule in estimating random match probabilities. In principle, linked markers can be in gametic phase disequilibrium (GD). We aimed at determining the extent, by frequency and strength, of GD between the HTG4 and HMS3 multiallelic loci, syntenic on chromosome 9. We typed the qualified offspring (n (1) = 27; n (2) = 14) of two Quarter Bred stallions (registered by the Brazilian Association of Quarter Horse Breeders) and 121 unrelated horses from the same breed. In the 41 informative meioses analyzed, the frequency of recombination between the HTG4 and HMS3 loci was 0.27. Consistent with genetic map distances, this recombination rate does not fit to the theoretical distribution for independently segregated markers. We estimated sign-based D' coefficients as a measure of GD, and showed that the HTG4 and HMS3 loci are in significant, yet partial and weak, disequilibrium, with two allele pairs involved (HTG4*M/HMS3*P, D'(+) = 0.6274; and HTG4*K/HMS3*P, D'(-) = -0.6096). These results warn against the inadequate inclusion of genetically linked markers in the calculation of combined power of discrimination for Thoroughbred parentage validation.

Pilot Studies for Development of an HIV Subtype Panel for Surveillance of Global Diversity

The continued global spread and evolution of HIV diversity pose significant challenges to diagnostics and vaccine strategies. NIAID partnered with the FDA, WRAIR, academia, and industry to form a Viral Panel Working Group to design and prepare a panel of well-characterized current and diverse HIV isolates. Plasma samples that had screened positive for HIV infection and had evidence of recently acquired infection were donated by blood centers in North and South America, Europe, and Africa. A total of 80 plasma samples were tested by quantitative nucleic acid tests, p24 antigen, EIA, and Western blot to assign a Fiebig stage indicative of approximate time from initial infection. Evaluation of viral load using FDA-cleared assays showed excellent concordance when subtype B virus was tested, but lower correlations for subtype C. Plasma samples were cocultivated with phytohemagglutinin (PHA)-stimulated peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from normal donors to generate 30 viral isolates (50-80% success rate for samples with viral load >10,000 copies/ml), which were then expanded to 10(7)-10(9) virus copies per ml. Analysis of env sequences showed that sequences derived from cultured PBMCs were not distinguishable from those obtained from the original plasma. The pilot collection includes 30 isolates representing subtypes B, C, B/F, CRF04_cpx, and CRF02_AG. These studies will serve as a basis for the development of a comprehensive panel of highly characterized viral isolates that reflects the current dynamic and complex HIV epidemic, and will be made available through the External Quality Assurance Program Oversight Laboratory (EQAPOL).

Rabies in southeast Brazil: a change in the epidemiological pattern

This epidemiological study was conducted using antigenic and genetic characterisation of rabies virus isolates obtained from different animal species in the southeast of Brazil from 1993 to 2007. An alteration in the epidemiological profile was observed. One hundred two samples were tested using a panel of eight monoclonal antibodies, and 94 were genetically characterised by sequencing the nucleoprotein gene. From 1993 to 1997, antigenic variant 2 (AgV-2), related to a rabies virus maintained in dog populations, was responsible for rabies cases in dogs, cats, cattle and horses. Antigenic variant 3 (AgV-3), associated with Desmodus rotundus, was detected in a few cattle samples from rural areas. From 1998 to 2007, rabies virus was detected in bats and urban pets, and four distinct variants were identified. A nucleotide similarity analysis resulted in two primary groups comprising the dog and bat antigenic variants and showing the distinct endemic cycles maintained in the different animal species in this region.