Influence de l'initiation de la traduction sur le changement programmé du cadre de lecture en -1 responsable de la synthèse des enzymes du virus de l’immunodéficience humaine de type 1

Le virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) est responsable du syndrome de l’immunodéficience acquise (SIDA). Il faut identifier de nouvelles cibles pour le développement d’agents anti-VIH-1, car ce virus développe une résistance aux agents présentement utilisés. Notre but est d’approfondir la caractérisation de l’étape du changement de cadre de lecture ribosomique en -1 (déphasage -1) nécessaire à la production du précurseur des enzymes du VIH-1. Ce déphasage est programmé et effectué par une minorité de ribosomes lorsqu’ils traduisent la séquence dite glissante à un endroit spécifique de l’ARN messager (ARNm) pleine-longueur du VIH-1. L’efficacité de déphasage est contrôlée par le signal stimulateur de déphasage (SSF), une tige-boucle irrégulière située en aval de la séquence glissante. La structure du SSF est déroulée lors du passage d’un ribosome, mais elle peut se reformer ensuite. Nous avons montré que des variations de l’initiation de la traduction affectent l’efficacité de déphasage. Nous avons utilisé, dans des cellules Jurkat-T et HEK 293T, un rapporteur bicistronique où les gènes codant pour les luciférases de la Renilla (Rluc) et de la luciole (Fluc) sont séparés par la région de déphasage du VIH-1. La Rluc est produite par tous les ribosomes traduisant l’ARNm rapporteur alors que la Fluc est produite uniquement par les ribosomes effectuant un déphasage. L’initiation de ce rapporteur est coiffe-dépendante, comme pour la majorité des ARNm cellulaires. Nous avons examiné l’effet de trois inhibiteurs de l’initiation et montré que leur présence augmente l’efficacité de déphasage. Nous avons ensuite étudié l’effet de la tige-boucle TAR, qui est présente à l’extrémité 5’ de tous les ARNm du VIH-1. TAR empêche la liaison de la petite sous-unité du ribosome (40S) à l’ARNm et module aussi l’activité de la protéine kinase dépendante de l’ARN double-brin (PKR). L’activation de PKR inhibe l’initiation en phosphorylant le facteur d’initiation eucaryote 2 (eIF2) alors que l’inhibition de PKR a l’effet inverse. Nous avons étudié l’effet de TAR sur la traduction et le déphasage via son effet sur PKR en utilisant TAR en trans ou en cis, mais à une certaine distance de l’extrémité 5’ afin d’éviter l’interférence avec la liaison de la 40S. Nous avons observé qu’une faible concentration de TAR, qui active PKR, augmente l’efficacité de déphasage alors qu’une concentration élevée de TAR, qui inhibe PKR, diminue cette efficacité. Nous avons proposé un modèle où des variations de l’initiation affectent l’efficacité de déphasage en modifiant la distance entre les ribosomes parcourant l’ARNm et, donc, la probabilité qu’ils rencontrent un SSF structuré. Par la suite, nous avons déterminé l’effet de la région 5’ non traduite (UTR) de l’ARNm pleine-longueur du VIH-1 sur l’efficacité de déphasage. Cette 5’UTR contient plusieurs régions structurées, dont TAR à l’extrémité 5’, qui peut interférer avec l’initiation. Cet ARNm a une coiffe permettant une initiation coiffe-dépendante ainsi qu’un site d’entrée interne des ribosomes (IRES), permettant une initiation IRES-dépendante. Nous avons introduit cette 5’UTR, complète ou en partie, comme 5’UTR de notre ARNm rapporteur bicistronique. Nos résultats démontrent que cette 5’UTR complète inhibe l’initiation coiffe dépendante et augmente l’efficacité de déphasage et que ces effets sont dus à la présence de TAR suivie de la tige-boucle Poly(A). Nous avons aussi construit un rapporteur tricistronique où les ribosomes exprimant les luciférases utilisent obligatoirement l’IRES. Nous avons observé que cette initiation par l’IRES est faible et que l’efficacité de déphasage correspondante est également faible. Nous avons formulé une hypothèse pour expliquer cette situation. Nous avons également observé que lorsque les deux modes d’initiation sont disponibles, l’initiation coiffe dépendante est prédominante. Finalement, nous avons étudié l’effet de la protéine virale Tat sur l’initiation de la traduction et sur l’efficacité de déphasage. Nous avons montré qu’elle augmente l’initiation de la traduction et que son effet est plus prononcé lorsque TAR est située à l’extrémité 5’ des ARNm. Nous proposons un modèle expliquant les effets de Tat sur l’initiation de la traduction par l’inhibition de PKR ainsi que par des changements de l’expression de protéines cellulaires déroulant TAR. Ces résultats permettent de mieux comprendre les mécanismes régissant le déphasage du VIH-1, ce qui est essentiel pour le développement d’agents anti-déphasage.

Spanning avalanches in the three-dimensional Gaussian random-field Ising model with metastable dynamics: Field dependence and geometrical properties

Spanning avalanches in the 3D Gaussian Random Field Ising Model (3D-GRFIM) with metastable dynamics at T=0 have been studied. Statistical analysis of the field values for which avalanches occur has enabled a Finite-Size Scaling (FSS) study of the avalanche density to be performed. Furthermore, a direct measurement of the geometrical properties of the avalanches has confirmed an earlier hypothesis that several types of spanning avalanches with two different fractal dimensions coexist at the critical point. We finally compare the phase diagram of the 3D-GRFIM with metastable dynamics with the same model in equilibrium at T=0.

APSYM 2014

14th Biennial International Symposium on Antennas and propagation Department of Electronics, Cochin University of Science & Technology, Cochin 682022, INDIA

Untersuchungen zur Rolle von Isoformen katalytischer Untereinheiten der PKA

ZUSAMMENFASSUNG: Proteinkinasen übernehmen zentrale Aufgaben in der Signaltransduktion höherer Zellen. Dabei ist die cAMP-abhängige Proteinkinase (PKA) bezüglich ihrer Struktur und Funktion eine der am besten charakterisierten Proteinkinasen. Trotzdem ist wenig über direkte Interaktionspartner der katalytischen Untereinheiten (PKA-C) bekannt. In einem Split-Ubiquitin basiertem Yeast Two Hybrid- (Y2H-)System wurden potenzielle Interaktionspartner der PKA-C identifiziert. Als Bait wurden sowohl die humane Hauptisoform Cα (hCα) als auch die Proteinkinase X (PrKX) eingesetzt. Nach der Bestätigung der Funktionalität der PKA-C-Baitproteine, dem Nachweis der Expression und der Interaktion mit dem bekannten Interaktionspartner PKI wurde ein Y2H-Screen gegen eine Mausembryo-cDNA-Expressionsbibliothek durchgeführt. Von 2*10^6 Klonen wurden 76 Kolonien isoliert, die ein mit PrKX interagierendes Preyprotein exprimierten. Über die Sequenzierung der enthaltenen Prey-Vektoren wurden 25 unterschiedliche, potenzielle Interaktionspartner identifiziert. Für hCα wurden über 2*10^6 S. cerevisiae-Kolonien untersucht, von denen 1.959 positiv waren (1.663 unter erhöhter Stringenz). Über die Sequenzierung von ca. 10% der Klone (168) konnten Sequenzen für 67 verschiedene, potenzielle Interaktionspartner der hCα identifiziert werden. 15 der Preyproteine wurden in beiden Screens identifiziert. Die PKA-C-spezifische Wechselwirkung der insgesamt 77 Preyproteine wurde im Bait Dependency Test gegen largeT, ein Protein ohne Bezug zum PKA-System, untersucht. Aus den PKA-C-spezifischen Bindern wurden die löslichen Preyproteine AMY-1, Bax72-192, Fabp3, Gng11, MiF, Nm23-M1, Nm23-M2, Sssca1 und VASP256-375 für die weitere in vitro-Validierung ausgewählt. Die Interaktion von FLAG-Strep-Strep-hCα (FSS-hCα) mit den über Strep-Tactin aus der rekombinanten Expression in E. coli gereinigten One-STrEP-HA-Proteinen (SSHA-Proteine) wurde über Koimmunpräzipitation für SSHA-Fabp3, -Nm23-M1, -Nm23-M2, -Sssca1 und -VASP256-375 bestätigt. In SPR-Untersuchungen, für die hCα kovalent an die Oberfläche eines CM5-Sensorchips gekoppelt wurde, wurden die ATP/Mg2+-Abhängigkeit der Bindungen sowie differentielle Effekte der ATP-kompetitiven Inhibitoren H89 und HA-1077 untersucht. Freie hCα, die vor der Injektion zu den SSHA-Proteinen gegeben wurde, kompetierte im Gegensatz zu FSS-PrKX die Bindung an die hCα-Oberfläche. Erste kinetische Analysen lieferten Gleichgewichtsdissoziationskonstanten im µM- (SSHA-Fabp3, -Sssca1), nM- (SSHA-Nm23-M1, –M2) bzw. pM- (SSHA-VASP256-375) Bereich. In funktionellen Analysen konnte eine Phosphorylierung von SSHA-Sssca1 und VASP256-375 durch hCα und FSS-PrKX im Autoradiogramm nachgewiesen werden. SSHA-VASP256-375 zeigte zudem eine starke Inhibition von hCα im Mobility Shift-Assay. Dieser inhibitorische Effekt sowie die hohe Affinität konnten jedoch auf eine Kombination aus der Linkersequenz des Vektors und dem N-Terminus von VASP256-375 zurückgeführt werden. Über die Wechselwirkungen der hier identifizierten Interaktionspartner Fabp3, Nm23-M1 und Nm23-M2 mit hCα können in Folgeuntersuchungen neue PKA-Funktionen insbesondere im Herzen sowie während der Zellmigration aufgedeckt werden. Sssca1 stellt dagegen ein neues, näher zu charakterisierendes PKA-Substrat dar.

Estudio de un cuestionario de temores en una población de adolescentes.

Determinar cuáles son las respuestas que los adolescentes de ambos sexos, estudiantes de Bachillerato, dan a un cuestionario de temores de 122 elementos, basado en Wolpe. Establecer la diferencia estadística que puede existir entre los distintos cursos de Bachillerato, en cada sexo, y entre ambos sexos, en cada curso. Ello con relación a cada uno de los elementos del cuestionario. 323 alumnos de Bachillerato de centro público de Sevilla. Pase del cuestionario para a continuación proceder a la elaboración estadística de los datos. Inventario de miedos FSS-III-122. Técnicas estadísticas. Existen diferencias significativas en las respuestas a los diversos ítems del cuestionario entre los grupos de sujetos. Existen diferencias significativas para determinados ítems del cuestionario al comparar entre sí los distintos grupos de varones, por una parte, y los distintos grupos de mujeres por otra. También se han encontrado diferencias significativas al comparar varones y mujeres en cada uno de los cursos de Bachillerato. Existencia de ítems para los que existía diferencia significativa entre sexos en primer curso, pero no se mantenía en segundo ni tercero. Otras veces las diferencias significativas aparecían en segundo curso, y otras en tercero.

Proyecto de investigación : Matemáticas-76. Tercera fase.

Completar los objetivos de las fases anteriores: comportamientos de los grupos de alumnos según el profesor y la naturaleza de cada grupo. Diferencias del nivel alcanzado en BUP y en COU. Contrastar la homogeneidad o no del comportamiento global en teoría y en la práctica. Escuelas y Colegios Universitarios de Granada y Bilbao. Centros de EGB y Bachillerato de Granada, Bilbao y Málaga. Centros privados y centros de enseñanza profesional. Centros Experimentales de Bachillerato pertenecientes al ICE. Aplicaciones experimentales del análisis de interacción, de la Universidad de Stanford, ampliado mediante las técnicas de las cadenas de Markov. Análisis de la adquisición de objetivos de la taxonomía NLSMA, adaptada en BUP y COU. Pruebas realizadas por los alumnos. Observaciones sistematizadas. Matrices de Markov. Test de hipótesis para cadenas finitas. Test de estacionaridad en cadenas finitas de Markov. Análisis multivariante. Fiabilidad en el método de interacción Amidon-Flanders. Tratamiento en ordenador. Chi cuadrado. Deducen que las observaciones de Flanders estan hechas sobre clases no muy activas. Relación entre el equilibrio-iniciativa-respuesta del profesor y la conducta de iniciativa de los alumnos. Reacción del profesor cuando los alumnos dejan de intervenir. Importancia del contenido. Homogeneidad de varianza entre todos los grupos. La deducción en COU ha pasado a ser homogénea, mientras que hay diferencias en los niveles medios de expresión y aplicación como en segundo de BUP. Los factores 'interpretación' y 'automatismo' por un lado, y 'expresión' y 'aplicación' por otro, están agrupados entre sí; mientras que 'deducción' presenta en principio un carácter más aislado. Sin embargo en COU, los factores agrupados son: interpretación, aplicación, automatismos y deducción. Clasificación de las pruebas realizadas por los alumnos de acuerdo a una taxonomía.

La reintegración social y económica de los grupos armados ilegales en Colombia: reflexiones a partir de la trayectoria de nueve excombatientes

Esta investigación toma como marco general la Política de Reintegración Social y económica de personas y grupos alzados en armas en Colombia, en donde tras el estudio de las trayectorias en el conflicto de un grupo de 9 excombatientes, se aborda la relación existente entre los beneficios otorgados por dicha política y aquello que facilitó y motivó el ingreso, la permanencia y desmovilización de los grupos armados. Se presenta una caracterización e interpretación conceptual de las denominadas trayectorias en el conflicto, son establecidas relaciones y diferencias entre las organizaciones ilegales FARC y las AUC, se revisan las percepciones que frente a los beneficios del programa de reintegración tienen excombatientes y profesionales de la entidad que lidera dicho proceso y a partir de ello, es argumentada la incidencia que sobre el éxito de esta política tienen las características individuales y particulares, tanto de los excombatientes como de las organizaciones armadas ilegales.

Ensayos sobre la estimaci??n de la eficiencia t??cnica educativa bajo la presencia de endogeneidad

Esta tesis contribuye, te??rica y emp??ricamente, a entender hasta qu?? punto el problema de endogeneidad, uno de los principales problemas observado frecuentemente en los procesos de producci??n educativos, afecta a la estimaci??n de la eficiencia t??cnica mediante el An??lisis Envolvente de Datos (DEA). Asimismo, esta investigaci??n combina ideas de la literatura de evaluaci??n de impacto con las t??cnicas de medici??n de eficiencia no param??tricas con el fin de aportar potenciales soluciones para hacer frente a este problema en aplicaciones emp??ricas educativas y obtener as?? estimaciones de la eficiencia m??s precisas. El cap??tulo 1 analiza te??ricamente en qu?? medida la presencia de endogeneidad en el proceso de producci??n puede afectar a las estimaciones DEA en muestras finitas, de modo que los investigadores que aplican esta t??cnica conozcan la precisi??n de sus estimaciones. Para ello, en primer lugar se ilustra desde un punto de vista conceptual el problema de la endogeneidad y sus implicaciones en la estimaci??n de la eficiencia. En segundo lugar, utilizando datos generados en un experimento de Monte Carlo se eval??a c??mo diferentes niveles de endogeneidad positiva y negativa pueden afectar al desempe??o de DEA. A pesar de que DEA es robusto a la presencia de endogeneidad negativa, la existencia de una endogeneidad positiva y significativa perjudica gravemente el desempe??o de DEA. A partir de los resultados hallados previamente, la siguiente pregunta que surge es ??c??mo hacer frente a este problema en una aplicaci??n emp??rica cuando se sospecha de la presencia de este tipo de endogeneidad? Esto implica responder dos cuestiones, c??mo identificar el problema y c??mo enfrentarlo. A partir de las simulaciones de Monte Carlo se propone un m??todo heur??stico sencillo que permite identificar correctamente la presencia de inputs end??genos en todos los escenarios simulados. Adem??s, a partir de la t??cnica de Variables Instrumentales (VI) ampliamente utilizada en econometr??a, se ofrece una nueva estrategia que aborda efectivamente el problema de endogeneidad en la estimaci??n de la eficiencia t??cnica, el instrumental Input DEA Adicionalmente a este ejercicio te??rico. Los cap??tulos 2 y 3 proporcionan evidencia de dos aplicaciones emp??ricas en el que el problema de endogeneidad est?? presente. En el cap??tulo 2 se aplican las estrategias propuestas en el cap??tulo 1 a datos de colegios p??blicos de Educaci??n Secundaria en Uruguay. tilizando el m??todo heur??stico, se detecta que el nivel socio-econ??mico medio de los colegios est?? alta y positivamente relacionado con la eficiencia t??cnica de los mismos, y por lo tanto se aplica la estrategia II-DEA para estimar la eficiencia t??cnica de los colegios controlando por endogeneidad. En el cap??tulo 3, tomando nuevamente ideas de la literatura de evaluaci??n de impacto, se utilizan datos de un experimento natural en las escuelas de educaci??n primaria en Espa??a para estimar la eficiencia de los maestros. Seg??n la asignaci??n aleatoria de los estudiantes a las clases en los colegios, se explota la variaci??n ex??gena de la eficiencia t??cnica entre los maestros para evaluar su desempe??o. Esta estrategia permite obtener una medida objetiva del verdadero efecto del maestro sobre los logros de los estudiantes y explorar los principales factores que explican la eficiencia de los docentes. M??s all?? de los resultados concretos de cada contexto educativo analizado (que se discuten en cada cap??tulo), ambos an??lisis proporcionan evidencia robusta de que el tomar o no en consideraci??n el problema de endogeneidad conduce a resultados radicalmente diferentes en t??rminos de las recomendaciones de pol??tica educativa p??blica para mejorar la calidad de la ense??anza.

Miedo y rendimiento acad??mico en el contexto pluricultural de Ceuta

Resumen basado en el de la publicaci??n

Assessing the spatial and temporal variation in the skill of precipitation forecasts from an NWP model

It is becoming increasingly important to be able to verify the spatial accuracy of precipitation forecasts, especially with the advent of high-resolution numerical weather prediction (NWP) models. In this article, the fractions skill score (FSS) approach has been used to perform a scale-selective evaluation of precipitation forecasts during 2003 from the Met Office mesoscale model (12 km grid length). The investigation shows how skill varies with spatial scale, the scales over which the data assimilation (DA) adds most skill, and how the loss of that skill is dependent on both the spatial scale and the rainfall coverage being examined. Although these results come from a specific model, they demonstrate how this verification approach can provide a quantitative assessment of the spatial behaviour of new finer-resolution models and DA techniques.

A spatial view of ensemble spread in convection permitting ensembles

With movement toward kilometer-scale ensembles, new techniques are needed for their characterization. A new methodology is presented for detailed spatial ensemble characterization using the fractions skill score (FSS). To evaluate spatial forecast differences, the average and standard deviation are taken of the FSS calculated over all ensemble member–member pairs at different scales and lead times. These methods were found to give important information about the ensemble behavior allowing the identification of useful spatial scales, spinup times for the model, and upscale growth of errors and forecast differences. The ensemble spread was found to be highly dependent on the spatial scales considered and the threshold applied to the field. High thresholds picked out localized and intense values that gave large temporal variability in ensemble spread: local processes and undersampling dominate for these thresholds. For lower thresholds the ensemble spread increases with time as differences between the ensemble members upscale. Two convective cases were investigated based on the Met Office United Model run at 2.2-km resolution. Different ensemble types were considered: ensembles produced using the Met Office Global and Regional Ensemble Prediction System (MOGREPS) and an ensemble produced using different model physics configurations. Comparison of the MOGREPS and multiphysics ensembles demonstrated the utility of spatial ensemble evaluation techniques for assessing the impact of different perturbation strategies and the need for assessing spread at different, believable, spatial scales.

Spatial evaluation of volcanic ash forecasts using satellite observations

The decision to close airspace in the event of a volcanic eruption is based on hazard maps of predicted ash extent. These are produced using output from volcanic ash transport and dispersion (VATD)models. In this paper an objectivemetric to evaluate the spatial accuracy of VATD simulations relative to satellite retrievals of volcanic ash is presented. The 5 metric is based on the fractions skill score (FSS). Thismeasure of skill provides more information than traditional point-bypoint metrics, such as success index and Pearson correlation coefficient, as it takes into the account spatial scale overwhich skill is being assessed. The FSS determines the scale overwhich a simulation has skill and can differentiate between a "near miss" and a forecast that is badly misplaced. The 10 idealised scenarios presented show that even simulations with considerable displacement errors have useful skill when evaluated over neighbourhood scales of 200–700km2. This method could be used to compare forecasts produced by different VATDs or using different model parameters, assess the impact of assimilating satellite retrieved ash data and evaluate VATD forecasts over a long time period.

Electricity derivatives pricing with forward-looking information

In order to increase overall transparency on key operational information, power transmission system operators publish an increasing amount of fundamental data, including forecasts of electricity demand and available capacity. We employ a fundamental model for electricity prices which lends itself well to integrating such forecasts, while retaining ease of implementation and tractability to allow for analytic derivatives pricing formulae. In an extensive futures pricing study, the pricing performance of our model is shown to further improve based on the inclusion of electricity demand and capacity forecasts, thus confirming the general importance of forward-looking information for electricity derivatives pricing. However, we also find that the usefulness of integrating forecast data into the pricing approach is primarily limited to those periods during which electricity prices are highly sensitive to demand or available capacity, whereas the impact is less visible when fuel prices are the primary underlying driver to prices instead.

Análise dinâmica de vigas assimétricas em curva com parede fina e aberta submetidas a ação de carga móveis

Fundamentalmente, o presente trabalho faz uma análise elástica linear de pontes ou vigas curvas assimétricas de seção transversal aberta e de parede fina, com propriedades físicas, geométricas e raio de curvatura constantes ao longo do eixo baricêntrico. Para tanto, utilizaram-se as equações diferenciais de VLASOV considerando o acoplamento entre as deformações nas direções vertical, transversal, axial de torcão nal. Na solução do sistema de quatro equações com derivadas parciais foi utilizado um apropriado método numérico de integração (Diferenças Finitas Centrais). A análise divide-se, basicamente, em dois tipos: análise DINÂMICA e ESTATICA. Ambas são utilizadas também na determinação do coeficiente de impacto (C.M.D.). A primeira refere-se tanto na determinação das características dinâmicas básicas (frequências naturais e respectivos modos de vibração), como também na determinação da resposta dinâmica da viga, em tensões e deformações, para cargas móveis arbitrárias. Vigas com qualquer combinação das condições de contorno, incluindo bordos rotulados e engastados nas três direções de flexão e na torção, são consideradas. 0s resultados da análise teórica, obtidos pela aplicação de programas computacionais implementados em microcomputador (análise estática) e no computador B-6700 (análise dinâmica), são comparados tanto com os da bibliografia técnica como também com resultados experimentais, apresentando boa correlação.