Apprécier le risque d'erreur lors d'une analyse ADN: de la nécessité d'être concret

De nos jours, les tribunaux se basent couramment sur des résultats d'analyses ADN pour étudier le lien potentiel entre du matériel biologique prélevé sur une scène de crime et un suspect. Malheureusement, plusieurs cas d'erreurs de laboratoire ou de manipulation de traces lors de leur collecte ou de leur transport ont été découverts ces dernières années. Dès lors, quelle est la valeur réelle d'un tel rapprochement entre une trace et un suspect ? Faut-il douter de la fiabilité des analyses ADN ? Et si oui, comment maîtriser le risque sans devoir écarter totalement la preuve ? Le praticien peut rencontrer des difficultés avec ces questions car la littérature existante se limite à mentionner le potentiel d'erreur, sans pour autant fournir des pistes sur la façon de gérer concrètement ce problème. L'objet de la présente contribution est d'examiner ces questions à la lumière d'un arrêt récent du Tribunal pénal fédéral. Nous verrons qu'une approche utile consiste à apprécier le risque d'erreur au cas par cas et de manière concrète, plutôt que de réfléchir de façon globale et abstraite.

Preuve par l'ADN: la génétique au service de la justice

[Sommaire] Introduction. - Concepts biochimiques de base. - Concepts génétiques de base. - Quelques méthodes d'analyse de base en biologie. - Analyses génétiques - La caisse à outils de base. - Analyses génétiques - La caisse à outils spécialisée. - Les traces biologiques dans leur utilisation pratique. - Tests indicatifs et recherche des traces. - Quelques éléments d'évaluation probabiliste. - Au-delà du laboratoire. - Glossaire. - Index

Aspects financiers liés aux analyses ADN

La surveillance et la maîtrise des coûts liés aux analyses ADN sont très importants, surtout dans un contexte où les ressources financières ne sont pas illimitées. Des décisions quant à la priorisation des prélèvements à analyser s'imposent. La connaissance de l'aspect budgétaire est un des éléments qui peut aider à la prise de décision. Après un bref rappel des bases légales en matière d'analyses ADN en Suisse et de l'évolution législative de ces dernières années, l'article présente différents aspects financiers liés aux analyses ADN. De l'importance des sommes investies dans ces analyses et souvent méconnues dans leur globalité, même au sein des acteurs de la chaîne pénale, aux efforts faits pour optimiser les dépenses liées aux analyses ADN. Des actions sur différents facteurs qui portent sur la communication entre le laboratoire et le mandant des analyses, les changements dans le mode et les stratégies de prélèvements, ou l'utilisation de tests indicatifs moins chers qu'une analyse, nous ont permis d'optimiser nos dépenses pour obtenir plus de résultats positifs.

Développement d'une puce à ADN métabolique et application à l'étude d'un modèle murin d'obésité et de diabète de type II

Résumé tout public : Le développement du diabète de type II et de l'obésité est causé par l'interaction entre des gènes de susceptibilité et des facteurs environnementaux, en particulier une alimentation riche en calories et une activité physique insuffisante. Afín d'évaluer le rôle de l'alimentation en absence d'hétérogénéité génétique, nous avons nourri une lignée de souris génétiquement pure avec un régime extrêmement gras. Ce régime a conduit à l'établissement de différents phénotypes parmi ces souris, soit : un diabète et une obésité (ObD), un diabète mais pas d'obésité (LD) ou ni un diabète, ni une obésité (LnD). Nous avons fait l'hypothèse que ces adaptations différentes au stress nutritionnel induit par le régime gras étaient dues à l'établissement de programmes génétiques différents dans les principaux organes impliqués dans le maintien de l'équilibre énergétique. Afin d'évaluer cette hypothèse, nous avons développé une puce à ADN contenant approximativement 700 gènes du métabolisme. Cette puce à ADN, en rendant possible la mesure simultanée de l'expression de nombreux gènes, nous a permis d'établir les profils d'expression des gènes caractéristiques de chaque groupe de souris nourries avec le régime gras, dans le foie et le muscle squelettique. Les données que nous avons obtenues à partir de ces profils d'expression ont montré que des changements d'expression marqués se produisaient dans le foie et le muscle entre les différents groupes de souris nourries avec le régime gras. Dans l'ensemble, ces changements suggèrent que l'établissement du diabète de type II et de l'obésité induits par un régime gras est associé à une synthèse accrue de lipides par le foie et à un flux augmenté de lipides du foie jusqu'à la périphérie (muscles squelettiques). Dans un deuxième temps, ces profils d'expression des gènes ont été utilisés pour sélectionner un sous-ensemble de gènes suffisamment discriminants pour pouvoir distinguer entre les différents phénotypes. Ce sous-ensemble de gènes nous a permis de construire un classificateur phénotypique capable de prédire avec une précision relativement élevée le phénotype des souris. Dans le futur, de tels « prédicteurs » basés sur l'expression des gènes pourraient servir d'outils pour le diagnostic de pathologies liées au métabolisme. Summary: Aetiology of obesity and type II diabetes is multifactorial, involving both genetic and environmental factors, such as calory-rich diets or lack of exercice. Genetically homogenous C57BL/6J mice fed a high fat diet (HFD) up to nine months develop differential adaptation, becoming either obese and diabetic (ObD) or remaining lean in the presence (LD) or absence (LnD) of diabetes development. Each phenotype is associated with diverse metabolic alterations, which may result from diverse molecular adaptations of key organs involved in the control of energy homeostasis. In this study, we evaluated if specific patterns of gene expression could be associated with each different phenotype of HFD mice in the liver and the skeletal muscles. To perform this, we constructed a metabolic cDNA microarray containing approximately 700 cDNA representing genes involved in the main metabolic pathways of energy homeostasis. Our data indicate that the development of diet-induced obesity and type II diabetes is linked to some defects in lipid metabolism, involving a preserved hepatic lipogenesis and increased levels of very low density lipoproteins (VLDL). In skeletal muscles, an increase in fatty acids uptake, as suggested by the increased expression of lipoprotein lipase, would contribute to the increased level of insulin resistance observed in the ObD mice. Conversely, both groups of lean mice showed a reduced expression in lipogenic genes, particularly stearoyl-CoA desaturase 1 (Scd-1), a gene linked to sensitivity to diet-induced obesity. Secondly, we identified a subset of genes from expression profiles that classified with relative accuracy the different groups of mice. Such classifiers may be used in the future as diagnostic tools of each metabolic state in each tissue. Résumé Développement d'une puce à ADN métabolique et application à l'étude d'un modèle murin d'obésité et de diabète de type II L'étiologie de l'obésité et du diabète de type II est multifactorielle, impliquant à la fois des facteurs génétiques et environnementaux, tels que des régimes riches en calories ou un manque d'exercice physique. Des souris génétiquement homogènes C57BL/6J nourries avec un régime extrêmement gras (HFD) pendant 9 mois développent une adaptation métabolique différentielle, soit en devenant obèses et diabétiques (ObD), soit en restant minces en présence (LD) ou en absence (LnD) d'un diabète. Chaque phénotype est associé à diverses altérations métaboliques, qui pourraient résulter de diverses adaptations moléculaires des organes impliqués dans le contrôle de l'homéostasie énergétique. Dans cette étude, nous avons évalué si des profils d'expression des gènes dans le foie et le muscle squelettique pouvaient être associés à chacun des phénotypes de souris HFD. Dans ce but, nous avons développé une puce à ADN métabolique contenant approximativement 700 ADNc représentant des gènes impliqués dans les différentes voies métaboliques de l'homéostasie énergétique. Nos données indiquent que le développement de l'obésité et du diabète de type II induit par un régime gras est associé à certains défauts du métabolisme lipidique, impliquant une lipogenèse hépatique préservée et des niveaux de lipoprotéines de très faible densité (VLDL) augmentés. Au niveau du muscle squelettique, une augmentation du captage des acides gras, suggéré par l'expression augmentée de la lipoprotéine lipase, contribuerait à expliquer la résistance à l'insuline plus marquée observée chez les souris ObD. Au contraire, les souris minces ont montré une réduction marquée de l'expression des gènes lipogéniques, en particulier de la stéaroyl-CoA désaturase 1 (scd-1), un gène associé à la sensibilité au développement de l'obésité par un régime gras. Dans un deuxième temps, nous avons identifié un sous-ensemble de gènes à partir des profils d'expression, qui permettent de classifier avec une précision relativement élevée les différents groupes de souris. De tels classificateurs pourraient être utilisés dans le futur comme outils pour le diagnostic de l'état métabolique d'un tissu donné.

Investigation de liens de parenté à l'aide de l'ADN: lecture différentielle de rapports d'expertise

De nos jours, l'ADN apparaît fréquemment dans les affaires judiciaires et la littérature spécialisée. L'évaluation de ce type d'indice est vaste. En général, les débats restent toutefois assez théoriques. Dans la présente contribution, deux types courants d'analyse sont abordés, l'ADN nucléaire et l'ADN mitochondrial, dans le cadre d'une recherche en demi-fraternité. Deux rapports d'expertise seront décortiqués ligne par ligne pour en offrir une lecture critique et cerner la fiabilité et l'utilité des conclusions apportées par les experts.

Évaluation statistique des résultats des analyses ADN de 2005 à 2011 et recommandations stratégiques au sein de la section d'Identité judiciaire de la Police cantonale vaudoise

Notre étude a eu pour but d'analyser les résultats des analyses ADN effectuées sur les traces relevées sur des scènes de crimes ou sur des objets s'y apparentant. Cette analyse nous a permis d'en identifier les points forts et les points faibles. Les données concernant les résultats ADN des années 2005 à 2008 dans le canton de Vaud ont montré une augmentation significative du nombre de traces envoyées, avec en parallèle un déclin de la qualité des résultats. Suite à cette observation, des solutions ayant pour but de réduire le nombre de ces analyses négatives ont dû être adoptées. Des changements opérationnels ont alors été mis en place dès 2009. Il s'agissait alors, d'une part, d'agir au niveau des traces de contact en tenant compte du type de support sur lequel la trace était prélevée, et, d'autre part, d'agir sur les traces riches (sang, salive, sperme) en mettant en place l'analyse systématique de la nature de la trace à l'aide de tests indicatifs. L'évaluation des conséquences de la mise en place de ces procédures a été possible à l'aide d'une nouvelle analyse statistique. Les résultats montrent qu'un meilleur tri des traces permet une amélioration des résultats.

Composição, abundância e riqueza de Calliphoridae (Diptera) das matas e clareiras com diferentes coberturas vegetais da Base de Extração Petrolífera, bacia do Rio Urucu, Coari, Amazonas

Este trabalho foi realizado na base de extração petrolífera, bacia do Rio Urucu, Coari, Amazonas, nos meses de abril, junho e outubro de 2007. Um total de 16 áreas foram amostradas, 12 delas de clareiras e quatro de florestas, sendo categorizadas em quatro ambientes (clareiras pouco recuperadas, clareiras semi-recuperadas, clareiras bem recuperadas e floresta preservada). Um total de 7.215 califorídeos foram capturados pertencentes a 16 espécies e uma única delas, a Chloroprocta idioidea (Robineau-Desvoidy, 1830), representou 88,06% deste total. Os padrões de abundância da família não diferiram entre os ambientes, porém eles diferiram para as seguintes espécies: Eumesembrinella randa (Walker, 1849), Hemilucilia semidiaphana (Rondani, 1850) e Paralucilia adespota Dear, 1985. A riqueza estimada variou significativamente entre os ambientes, formando dois grupos: I, clareiras pouco recuperadas (C1) e clareiras semi-recuperadas (C2); e II, clareiras bem recuperadas (C3) e floresta preservada (MT).

Extração fracionada de metais pesados em latossolo vermelho-amarelo

Amostras dos horizontes A e B de um latossolo vermelho-amarelo húmico textura muito argilosa foram incubadas em solução de sais de Cd, Cr, Cu, Ni, Pb e Zn, com os objetivos de adaptar método de extração fracionada de metais e avaliar os seus comportamentos nas formas solúvel, trocável, ligados à matéria orgânica, aos óxidos de Al e Fe e residual do solo. O ensaio foi desenvolvido em casa de vegetação da Universidade Federal de Viçosa, no período de 27 de março a 26 de setembro de 1994. O delineamento experimental foi em blocos ao acaso, em esquema fatorial 2 x 2, com três repetições. Os tratamentos consistiram de dois horizontes e duas doses de metais. Após 17 horas de incubação, as amostras foram secas ao ar, homogeneizadas, passadas em peneira de 2 mm de abertura de malha e guardadas em sacos plásticos para posterior extração dos metais. Em seguida, foram submetidas ao método de extração fracionada, com avaliação do tratamento com NaOH, para caracterizar a forma óxidos de Al. A extração fracionada mostrou-se adequada para estudos do comportamento de metais no solo. O Cd foi encontrado, principalmente, nas formas solúvel e trocável, e o Cr, nas formas químicas mais estáveis, ligado aos óxidos de Fe e residual. O Cu foi o metal que apresentou maior afinidade pelos óxidos de Fe, e o Pb, pela matéria orgânica. O Ni foi encontrado, principalmente, na forma residual e apresentou menor afinidade pela matéria orgânica. O estudo do Zn foi inviabilizado pela contaminação dos extratos guardados em frascos com tampas de borracha. É necessário desenvolver ou adaptar métodos para caracterização de metais associados aos óxidos de Fe e de Al.

Avaliação de métodos de extração de silício em solos cultivados com arroz de sequeiro

Este trabalho teve como objetivo avaliar a eficiência de quatro métodos de extração (ácido acético 0,5 mol L-1, tampão pH 4,0, cloreto de cálcio 0,0025 mol L-1 e água) em estimar a disponibilidade de silício (Si) no solo para plantas de arroz de sequeiro cultivadas em casa de vegetação. Quatro solos, correspondentes às classes: Latossolo Vermelho-Escuro álico (LEa), Latossolo Vermelho-Amarelo álico (LVa), Latossolo Roxo distrófico (LRd) e Areia Quartzosa álica (AQa), todos da região do Triângulo Mineiro e ainda não cultivados foram utilizados no estudo. Cinco níveis de Si foram estabelecidos em cada um dos solos. Plantas de arroz foram cultivadas em vasos até a maturação. Como resultado deste trabalho, concluiu-se que o ácido acético 0,5 mol L-1 foi o método que apresentou a melhor estimativa do Si disponível no solo para o arroz de sequeiro. O silício da parte aérea do arroz revelou alta correlação com o Si extraível pelo método ácido acético.

Depleção do fósforo inorgânico de diferentes frações provocada pela extração sucessiva com resina em diferentes solos e manejos

O fósforo disponível no solo é equilibrado por formas menos lábeis, as quais, a longo prazo, podem-se tornar potencialmente disponíveis às plantas. O trabalho teve por objetivo (a) avaliar a depleção do fósforo inorgânico de diferentes frações provocada pela extração sucessiva com resina e (b) efetuar um balanço do fósforo no solo. Coletaram-se amostras de solo (Latossolo Vermelho distroférrico típico, Latossolo Vermelho distrófico típico e Argissolo Vermelho distrófico típico), em três camadas (0-2,5, 2,5-7,5 e 7,5-17,5 cm), de quatro experimentos de longa duração, nos sistemas plantio direto e cultivo convencional com diferentes sucessões de culturas. Efetuou-se o fracionamento do fósforo inorgânico pela técnica de Hedley modificada, antes e depois das extrações sucessivas do fósforo com resina em membrana. A fração de fósforo inorgânico extraída com HCl 1,0 mol L-1 foi indisponível, enquanto as frações de fósforo inorgânico extraídas com NaHCO3 0,5 mol L-1 e NaOH 0,1 mol L-1 foram lábeis, independentemente do tipo de solo, método de preparo e sucessão de cultura. Nos Latossolos, a fração de fósforo inorgânico extraída pelo NaOH 0,5 mol L-1 também foi lábil.

Equipamento para extração de amostras indeformadas de solo

O presente trabalho teve como objetivo desenvolver um equipamento para coletar amostras indeformadas de solo de 75 mm de diâmetro a uma profundidade de até 0,60 m, bem como avaliar a qualidade das amostras retiradas. O amostrador foi constituído por um tubo de PVC, acondicionado dentro de um tubo cravador de alumínio equipado com uma ponteira de aço, formando um conjunto sem movimento rotativo. Envolveu este conjunto uma rosca-sem-fim, equipada com três lâminas de corte na sua extremidade. O conjunto foi adaptado a um veículo especificamente projetado para o tráfego no campo (VAS - Veículo Amostrador de Solo). As amostras obtidas pelo VAS foram comparadas com as testemunhas, obtidas pelo método do bloco da parafina, por meio de testes laboratoriais, para verificar a ocorrência de alterações estruturais. Os testes foram: inspeção visual, densidade do solo, ensaio de compressão triaxial rápido e ensaio de adensamento. As amostras obtidas pelo VAS em solo argiloso (Latossolo Roxo) apresentaram confiabiliade (95%) dos valores de densidade do solo, características de resistência à compressão e adensamento iguais à testemunha. O equipamento mostrou-se prático, versátil e adequado para retirar amostras de solos argilosos, sendo a qualidade das amostras semelhante à obtida pelos métodos tradicionais de extração do anel volumétrico e de bloco de solos. O equipamento desenvolvido pode ser útil na coleta de dados para mapeamento de solos, com o auxílio de uma antena de GPS.

Utilização do resíduo industrial ferkal na produção de mudas de Mimosa caesalpiniaefolia, em estéril de extração de argila, inoculadas com fungos micorrízicos arbusculares e rizóbio

Realizou-se um experimento em casa de vegetação com o objetivo de avaliar os efeitos da inoculação com fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) e, ou, rizóbio, associados à adição de resíduo da fabricação de ácido láctico (Ferkal), na produção de mudas de Mimosa caesalpiniaefolia (sabiá) em estéril de extração de argila. Foram utilizados vasos plásticos de 6 L que continham estéril de extração de argila, adicionado do resíduo Ferkal (nas concentrações de 0, 50, 100 e 200 g dm-3). Foram empregados seis tratamentos microbiológicos (FMAs nativos; FMA Glomus clarum; rizóbio; FMAs nativos + rizóbio; FMA G. clarum + rizóbio, e controle não inoculado). Após 103 dias, as mudas foram coletadas, e analisados o peso da matéria seca dos nódulos, a taxa de colonização micorrízica, o peso da matéria seca e os teores de N e P na parte aérea das mudas. Os resultados demonstraram que adição de Ferkal no tratamento-controle (sem inoculação) aumentou significativamente o teor de P. Entretanto, as melhores respostas foram obtidas nas mudas inoculadas com FMAs e, ou, rizóbio, que apresentaram, em relação ao controle, aumentos significativos no peso da matéria seca e nos teores de N e P da parte aérea das mudas, em quase todos os tratamentos inoculados. Os FMAs nativos foram mais eficientes que o FMA G. clarum em promover o crescimento de M. caesalpiniaefolia.

Comparação de métodos de extração de cobre, zinco, ferro e manganês em solos do estado do Rio de Janeiro

As conseqüências da deficiência ou toxidez de micronutrientes na produção agrícola do estado do Rio de Janeiro são pouco conhecidas. Desta forma, em 1997, foram quantificados os teores de cobre, zinco, ferro e manganês em 103 amostras de horizontes superficiais de solos representativos do estado, sendo utilizados os extratores Mehlich-1, DTPA-TEA e HCl 0,1 mol L-1. De maneira geral, o extrator HCl 0,1 mol L-1 foi o que apresentou maior poder de extração dos micronutrientes estudados, tendo o Mehlich-1 extraído as menores quantidades de cobre e ferro e o DTPA-TEA as menores quantidades de zinco e manganês. Segundo os resultados, equações de conversão entre extratores, para um mesmo elemento, e a utilização de faixas de interpretação desenvolvidas para regiões edáficas diferentes das condições do trabalho podem não estimar corretamente a disponibilidade dos micronutrientes às plantas.

Carbono da biomassa microbiana em solos de cerrado sob vegetação nativa e sob cultivo: avaliação dos métodos fumigação-incubação e fumigação-extração

A biomassa microbiana do solo é um componente essencial da matéria orgânica que, entre outras funções, regula a ciclagem de nutrientes no solo. Dentre os métodos mais utilizados para determinação do carbono da biomassa microbiana, destacam-se: os de clorofórmio-fumigação-incubação (CFI) e clorofórmio-fumigação-extração (CFE). Trabalhos na literatura têm comparado a eficiência desses métodos em diversos locais. No entanto, para a região do Cerrado, não existem informações a esse respeito. O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência dos métodos CFE e CFI na determinação do carbono da biomassa microbiana do solo (CBMS) em áreas de Cerrado sob cultura anual (rotação soja-milho) e pastagem consorciada (Andropogon gayanus e Stylosanthes guianensis) e sob três fitofisionomias - mata de galeria, campo sujo e cerradão. Amostras de solo coletadas em duas profundidades, 0-5 cm e 5-20 cm, foram analisadas em quatro épocas: agosto de 1998, janeiro e agosto de 1999 e janeiro de 2000. Nas áreas cultivadas, os resultados obtidos com os métodos CFE e CFI foram semelhantes, independentemente dos tratamentos e das épocas amostradas, tendo as pastagens consorciadas apresentado maiores teores de CBMS do que as áreas sob culturas anuais. A interação profundidades x métodos foi significativa. Não houve diferenças entre as profundidades 0-5 e 5-20 cm, quando se utilizou o método CFI, mas as diferenças obtidas com o método CFE foram significativas. Os métodos CFI e CFE apresentaram as mesmas tendências nas áreas nativas, independentemente dos tratamentos, profundidades ou épocas analisados, tendo a mata de galeria apresentado níveis de CBMS superiores aos do cerradão e campo sujo. As interações profundidades x métodos e épocas x métodos foram significativas pelo fato de as diferenças nos teores do carbono da biomassa microbiana, nas profundidades e épocas amostradas, terem sido mais acentuadas com o método CFE. Os resultados indicaram que os métodos CFI e CFE foram apropriados para determinação da CBMS em solos de Cerrado sob cultivo e sob vegetação nativa.