263 resultados para Bipolaris oryzae


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We present the genome sequences of a new clinical isolate of the important human pathogen, Aspergillus fumigatus, A1163, and two closely related but rarely pathogenic species, Neosartorya fischeri NRRL181 and Aspergillus clavatus NRRL1. Comparative genomic analysis of A1163 with the recently sequenced A. fumigatus isolate Af293 has identified core, variable and up to 2% unique genes in each genome. While the core genes are 99.8% identical at the nucleotide level, identity for variable genes can be as low 40%. The most divergent loci appear to contain heterokaryon incompatibility ( het) genes associated with fungal programmed cell death such as developmental regulator rosA. Cross-species comparison has revealed that 8.5%, 13.5% and 12.6%, respectively, of A. fumigatus, N. fischeri and A. clavatus genes are species-specific. These genes are significantly smaller in size than core genes, contain fewer exons and exhibit a subtelomeric bias. Most of them cluster together in 13 chromosomal islands, which are enriched for pseudogenes, transposons and other repetitive elements. At least 20% of A. fumigatus-specific genes appear to be functional and involved in carbohydrate and chitin catabolism, transport, detoxification, secondary metabolism and other functions that may facilitate the adaptation to heterogeneous environments such as soil or a mammalian host. Contrary to what was suggested previously, their origin cannot be attributed to horizontal gene transfer ( HGT), but instead is likely to involve duplication, diversification and differential gene loss (DDL). The role of duplication in the origin of lineage-specific genes is further underlined by the discovery of genomic islands that seem to function as designated ""gene dumps'' and, perhaps, simultaneously, as "" gene factories''.

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The identification of alternatively spliced transcripts has contributed to a better comprehension of developmental mechanisms, tissue-specific physiological processes and human diseases. Polymerase chain reaction amplification of alternatively spliced variants commonly leads to the formation of heteroduplexes as a result of base pairing involving exons common between the two variants. S1 nuclease cleaves single-stranded loops of heteroduplexes and also nicks the opposite DNA strand. In order to establish a strategy for mapping alternative splice-prone sites in the whole transcriptome, we developed a method combining the formation of heteroduplexes between 2 distinct splicing variants and S1 nuclease digestion. For 20 consensuses identified here using this methodology, 5 revealed a conserved splice site after inspection of the cDNA alignment against the human genome (exact splice sites). For 8 other consensuses, conserved splice sites were mapped at 2 to 30 bp from the border, called proximal splice sites; for the other 7 consensuses, conserved splice sites were mapped at 40 to 800 bp, called distal splice sites. These latter cases showed a nonspecific activity of S1 nuclease in digesting double-strand DNA. From the 20 consensuses identified here, 5 were selected for reverse transcription-polymerase chain reaction validation, confirming the splice sites. These data showed the potential of the strategy in mapping splice sites. However, the lack of specificity of the S1 nuclease enzyme is a significant obstacle that impedes the use of this strategy in large-scale studies.

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Whole cells of hydrocarbon-degrading bacteria, isolated from polluted sediments in the Santos Estuary (Baixada Santista, Sao Paulo, Brazil), were able to catalyse oxidoreduction reactions with various substituted phenylethanols and acetophenones as substrates. A number of substituted phenylethanols were formed with high (>99 %) enantiomeric excess. The results of microbial oxidation of phenylethanols 2, 3, 5-7 by Acinetobacter sp. 6.4T and the reduction of acetophenones 1a-6a by Serratia marcescens 5.4T showed that the bacteria used as biocatalysts in this study present significant potential for exploitation in biotechnological processes. The reduction of prochiral acetophenones by Serratia marcescens 3.5T yielded optically active alcohols with 90-99 % enantiomeric excess, and Acinetobacter sp. 6.4T is a potential biocatalyst for the oxidation of alcohols.

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Seven food grade commercially available lipases were immobilized by covalent binding on polysiloxane-polyvinyl alcohol (POS-PVA) hybrid composite and screened to mediate reactions of industrial interest. The synthesis of butyl butyrate and the interesterification of tripalmitin with triolein were chosen as model reactions. The highest esterification activity (240.63 mu M/g min) was achieved by Candida rugosa lipase, while the highest interesterification yield (31%, in 72 h) was achieved by lipase from Rhizopus oryzae, with the production of about 15 mM of the triglycerides C(50) and C(52). This lipase also showed a good performance in butyl butyrate synthesis, with an esterification activity of 171.14 mu M/g min. The results demonstrated the feasibility of using lipases from C. rugosa for esterification and R. oryzae lipase for both esterification and interesterification reactions.

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We previously demonstrated that conidia from Aspergillus fumigatus incubated with menadione and paraquat increases activity and expression of cyanide-insensitive alternative oxidase (AOX). Here, we employed the RNA silencing technique in A. fumigatus using the vector pALB1/aoxAf in order to down-regulate the aox gene. Positive transformants for aox gene silencing of A. fumigatus were more susceptible both to an imposed in vitro oxidative stress condition and to macrophages killing, suggesting that AOX is required for the A. fumigatus pathogenicity, mainly for the survival of the fungus conidia during host infection and resistance to reactive oxygen species generated by macrophages.

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An extracellular glucoamylase produced by Paecilomyces variotii was purified using DEAE-cellulose ion exchange chromatography and Sephadex G-100 gel filtration. The purified protein migrated as a single band in 7% PAGE and 8% SDS-PAGE. The estimated molecular mass was 86.5 kDa (SDS-PAGE). Optima of temperature and pH were 55 degrees C and 5.0, respectively. In the absence of substrate the purified glucoamylase was stable for 1 h at 50 and 55 degrees C, with a t(50) of 45 min at 60 degrees C. The substrate contributed to protect the enzyme against thermal denaturation. The enzyme was mainly activated by manganese metal ions. The glucoamylase produced by P. variotii preferentially hydrolyzed amylopectin, glycogen and starch, and to a lesser extent malto-oligossacarides and amylose. Sucrose, p-nitrophenyl alpha-D-maltoside, methyl-alpha-D-glucopyranoside, pullulan, alpha- and beta-cyclodextrin, and trehalose were not hydrolyzed. After 24 h, the products of starch hydrolysis, analyzed by thin layer chromatography, showed only glucose. The circular dichroism spectrum showed a protein rich in alpha-helix. The sequence of amino acids of the purified enzyme VVTDSFR appears similar to glucoamylases purified from Talaromyces emersonii and with the precursor of the glucoamylase from Aspergillus oryzae. These results suggested the character of the enzyme studied as a glucoamylase (1,4-alpha-D-glucan glucohydrolase).

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As doenças foliares, principalmente, helmintosporiose (Bipolaris spp.), antracnose (Colletotrichum graminicola) e ferrugem (Puccinia spp.), podem ocasionar redução do rendimento da cultura do milho. Este estudo teve como objetivo avaliar a ocorrência e severidade de helmintosporiose, antracnose e ferrugem, bem como a produtividade de genótipos de milho, em resposta a doses crescentes de nitrogênio. Avaliou-se a severidade das doenças, utilizando-se escala de notas, em nove genótipos de milho (AG9040, AG7088, 30F35, 3F624, 1F583, 1F632, 1F557, 1F640 e ID219), submetidos a quatro doses de nitrogênio (67; 112; 157; e 202 kg ha-1), em duas safras (2009/2010 e 2010/2011). Para determinar a produtividade, utilizou-se a massa dos grãos coletados. Os graus de severidade da helmintosporiose, da antracnose e da ferrugem variaram em resposta às doses de nitrogênio e, entre os genótipos de milho avaliados durante as duas safras, entretanto, não houve relação clara entre as doses de nitrogênio aplicadas e a ocorrência das doenças nas duas safras. A ferrugem foi detectada apenas durante a safra I. Apesar da severidade das doenças foliares, elas, de modo geral, não afetaram significativamente a produtividade dos genótipos de milho avaliados. Desses, o genótipo de milho AG7088 pode ser considerado o mais produtivo e o mais resistente às doenças avaliadas.

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O uso de inoculantes na cultura do milho tem sido cada vez mais valorizado, em vista dos benefícios que pode trazer à cultura, como a fixação biológica do nitrogênio e o aumento da quantidade de raízes. Isto pode melhorar a absorção de água e nutrientes pela planta, contribuindo para o desenvolvimento do milho, principalmente em períodos de seca. Este estudo foi desenvolvido com o objetivo de avaliar, em condições de campo, as características agronômicas e o rendimento de grãos de híbridos de milho, inoculados, ou não, com uma mistura de três espécies de Azospirillum (A. brasilense, A. lipoferum, A. oryzae). Foram avaliados o teor relativo de clorofila nas folhas, a altura de planta, a senescência foliar, os componentes de rendimento de grãos, o teor de N, a matéria seca da parte aérea das plantas e o número mais provável de bactérias diazotróficas na rizosfera das plantas. A inoculação manteve o teor de clorofila significativamente maior até o estádio R3 das plantas, para os três híbridos testados, aumentou o rendimento da matéria seca da parte aérea, dos híbridos AS 1575 e SHS 5050, o peso de 1000 grãos, para o híbrido P32R48 e altura, para o AS 1575. Houve interação entre os genótipos de milho e as bactérias inoculadas, visto que, cada híbrido testado respondeu de forma diferente à inoculação. A inoculação de Azospirillum em milho demonstrou estimular o desenvolvimento das plantas no período vegetativo, aumentando a probabilidade de obter-se um estande de plantas uniforme, maior resistência ao estresse e maior concentração de clorofila nas folhas.

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Rhinocerebral zygomycosis is the most frequent form of fungal infection caused by members of the Zygomycetes class. A fatal case of rhinocerebral zygomycosis caused by Rhizopus (oryzae) arrhizus with histopathological and mycological diagnosis is reported in a diabetic patient.

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No presente trabalho foram isoladas, e estudadas quanto à produção de aflatoxina, espécies do gênero Aspergillus, principalmente as linhagens de A. flavus ocorrentes na região Araraquarense. o isolamento, seguindo métodos usuais em microbiologia, foram executados em amostras de amendoim, provenientes de duas épocas do ano, ou seja, da safra das «águas» e da safra da «seca». Após o isolamento as culturas foram classificadas. Dessa classificação pôde-se obter: 102 culturas de A. flavus; 4 culturas de A. oryzae; var. effusus; 2 culturas de A. oryzae; 2 culturas de A. parasiticus e 1 cultura do Grupo A. ochraceus. Durante os trabalhos 4 culturas foram perdidas, dessa forma foram estudadas realmente 107 culturas. Todas as culturas, a seguir, foram estudadas para a verificação de sua habilidade em produzir aflatoxina. A extração da toxina foi feita no micélio e no meio de cultura, usando-se técnicas padrões. A separação dos metabólitos foi feita em placas de camada delgada de silicagel, usando-se como solvente o benzeno-acetato de etila-etnol e quantificadas sob luz ultra-violeta. Analisando-se as 107 culturas de Aspergillus, notou-se que apenas 33 delas (31%) produziram aflatoxina, sendo que destas, 4 produriram apenas no meio de cultura, enquanto que duas produziram aflatoxina apenas no micélio. Observando-se ainda o comportamento das culturas que produziram aflatoxina, verificou-se que a produção da toxina no micélio foi muito maior que no meio da cultura, algumas produzindo elevadas quantidades (até 400 ppm de B1 e 300 ppm de G1). 3) Uma percentagem razoável de amostras (65% na série A e 70% na série B) produziram aflatoxina em pelo menos uma das colônias isoladas. 4) Algumas colônias produziram elevada quantidade de aflatoxina, chegando a 400 ppm de Bi e 300 ppm de d. 5) Uma baixa proporção do total das colônias (31%) produziu aflatoxina. 6) Dentre as demais espécies de Aspergillus apenas uma colônia de A. oryzae produziu aflatoxina e mesmo assim, só no meio de cultura. 7) Não houve correlação entre a produção de aflatoxina no meio de cultura e no micélio (r = 0,027), porém houve uma correlação fortemente positiva entre a produção de aflatoxina Bx e Gx no meio de cultura (r = 0,988) e também no micélio (r = 0,826).

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The present study was performed to assess the interlaboratory reproducibility of the molecular detection and identification of species of Zygomycetes from formalin-fixed paraffin-embedded kidney and brain tissues obtained from experimentally infected mice. Animals were infected with one of five species (Rhizopus oryzae, Rhizopus microsporus, Lichtheimia corymbifera, Rhizomucor pusillus, and Mucor circinelloides). Samples with 1, 10, or 30 slide cuts of the tissues were prepared from each paraffin block, the sample identities were blinded for analysis, and the samples were mailed to each of seven laboratories for the assessment of sensitivity. A protocol describing the extraction method and the PCR amplification procedure was provided. The internal transcribed spacer 1 (ITS1) region was amplified by PCR with the fungal universal primers ITS1 and ITS2 and sequenced. As negative results were obtained for 93% of the tissue specimens infected by M. circinelloides, the data for this species were excluded from the analysis. Positive PCR results were obtained for 93% (52/56), 89% (50/56), and 27% (15/56) of the samples with 30, 10, and 1 slide cuts, respectively. There were minor differences, depending on the organ tissue, fungal species, and laboratory. Correct species identification was possible for 100% (30 cuts), 98% (10 cuts), and 93% (1 cut) of the cases. With the protocol used in the present study, the interlaboratory reproducibility of ITS sequencing for the identification of major Zygomycetes species from formalin-fixed paraffin-embedded tissues can reach 100%, when enough material is available.

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Nos estudos sobre a micoflora de muitos ecossistemas os fungos do género Curvularia Boedijn 1933, constituem um dos mais fascinantes grupos, devido à frequência com que são observados especímenes do género e ao elevado número de espécies que são normalmente identificadas. Apesar da maioria dos táxones do género ser conhecida como saprófita em diferentes substratos vegetais e no solo, podendo ainda ser isolada a partir do solo e do ar, muitas espécies são fitopatogénicas, sobretudo em gramíneas e em regiões de clima tropical e subtropical (SIVANESAN 1987). Um pequeno número de espécies pode raramente originar doenças em animais, incluindo humanos, surgindo como agentes de onicomicoses, sinusite alérgica, pneumonia, endocardite e alergia broncopulmonar (CARTER & BOUDREAUX 2004). Descrito com a espécie tipo C. lunata (Wakker) Boedijn, o género Curvularia permitiu acomodar espécies da família Dematiaceae que possuíam conidióforos macronematosos, mononematosos, direitos ou flexuosos, frequentemente geniculados, por vezes nodosos, células conidiogénicas politétricas, integradas, terminais e simpodiais, fragmoconídios solitários, acropleurógenos por proliferação subterminal do conidióforo, oliváceos a castanhos, elipsóides, cilíndricos, obovóides ou piriformes, três ou mais septos transversais, terceira célula ou segunda e terceira distintamente maiores e escuras, muitas vezes desigualmente curvos devido ao alargamento de uma ou duas células centrais, raramente direitos, septos rígidos, hilo truncado ou protuberante (ELLIS 1971). O género actualmente é composto por mais de 40 táxones que se distinguem por diferenças mais ou menos evidentes na morfologia dos conídios, número de septos e aspectos culturais (SIVANESAN 1987, HOSOKAWA et al. 2003, SIVANESAN et al. 2003, ZHANG-MENG & ZHANG 2003, ZHANG-MENG et al. 2004, CHUNG 2005). Algumas espécies possuem teleomorfo conhecido no género Cochliobolus Drechsler 1934, formando ascósporos filiformes paralelos ou frouxamente enrolados em espiral, característica não evidenciada pela espécie tipo do género, C. heterostrophus (Drechsler) Drechsler, teleomorfo de Bipolaris maydis (Nisik. & Miyake) Shoem., na qual os ascósporos se mostram enrolados formando uma espiral fechada. Por isso, teleomorfos dos fungos do género Curvularia são considerados por alguns autores como sendo do género Pseudocochliobolus Tsuda, Ueyama & Nishih. 1978, que é tido como uma sinonímia de Cochliobolus (ALCORN 1983, SIVANESAN 1987). De notar, no entanto, que sendo filogeneticamente próximo do género Bipolaris Shoem. 1959, as suas espécies apresentam semelhanças morfológicas com espécies do género Bipolaris que têm conídios pequenos e direitos e estudos com análise de sequências ITS e com o marcador enzimático gliceraldeído-3-P desidrogenase mostraram que partilham teleomorfo no grupo 2 do género Cochliobolus (BERBEE et al. 1999). A variabilidade morfológica observada nos fungos enquadrados em Curvularia levou a que ao ser criado o género as espécies fossem separadas em três grupos, ‘geniculata’, com a espécie-tipo C. geniculata (Tracy & Earle) Boedijn, ‘lunata’, com a espécie-tipo C. lunata (Tracy & Earle) Boedijn, e ‘maculans’, com a espécie-tipo C. maculans (Bancroft) Boedijn (=C. eragrostidis (Henn.) Mey.), que se diferenciaram pela forma dos conídios e número de septos (CORBETTA 1964). Nos grupos ‘lunata’ e ‘maculans’ ficaram colocadas as espécies com conídios 3-septados e no grupo ‘geniculata’ as espécies que tinham conídios 4- septados ou com maior número de septos. As espécies do grupo ‘lunata’ distinguiram-se das do grupo ‘maculans’ principalmente por apresentarem curvatura mais pronunciada, célula mediana mais volumosa e habitual presença de estroma em cultura. O reconhecimento das características principais do género Curvularia é relativamente fácil, o que permite que seja normalmente possível a identificação ao género de um qualquer espécimen. No entanto, a identificação em espécie é por vezes complicada pelas descrições vagas e ausência de ilustrações em trabalhos mais antigos, inconstância de características morfológicas e biométricas dos esporos, causada por diferentes condições em que ocorre o crescimento, e sobreposição dos valores das medidas apresentadas por diferentes autores (TSUDA & UEYAMA 1982, HOSOKAWA et al. 2003). Contudo, esta situação não impede que a identificação das espécies continue a ser feita numa aproximação fenotípica, com base em características morfológicas e culturais. Recentemente, as espécies C. fallax Boedijn, C. geniculata (Tracy & Earle) Boedijn e C. senegalensis (Speg.) Subram., do grupo ‘geniculata’, que eram aceites como táxones válidos em monografias clássicas do género (ELLIS 1971, SIVANESAN 1987) mostraram-se interférteis (HOSOKAWA et al. 2003), vindo a ser consideradas, com base em características morfológicas e análise de DNA total por RFLP (HOSOKAWA et al. 2003) e na análise da sequência do gene Brn1 (SUN et al. 2003), como espécie única e sinonimizadas com C. geniculata. Sabido que a diversidade dos fungos que ocorrem nos diferentes ecossistemas de Cabo Verde tem sido pouco estudada, iniciou-se um levantamento da micoflora associada a gramíneas, tendo-se obtido uma colecção de Magnaporthe grisea (Hebert) Barr (LIMA & DUCLOS 2001) e de espécies dos géneros Bipolaris, Exserohilum Leonard & Suggs e Curvularia. O presente trabalho tem como objectivo descrever e ilustrar as espécies de Curvularia identificadas na ilha de Santiago e contribuir para o melhor conhecimento do género naquele país. Na bibliografia consultada não foram encontradas referências a fungos do género Curvularia para Cabo Verde.

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The qualitative and quantitative losses caused by stored product insects are of great concern, and since there is only a few active ingredients available for their control it is very important to have a frequent insect resistance monitoring. The objective of this research is to evaluate combination of bioassays and molecular marker techniques to detect insecticide resistance in stored product beetles. The Coleoptera species used for the tests were Sitophilus oryzae (L.) (Curculionidae), Rhyzopertha dominica (F.) (Bostrichidae) and Oryzaephilus surinamensis (L.) (Silvanidae). For the bioassays it was used the impregnated filter paper technique, applying 1 mL of deltamethrin (K-Obiol 25 CE TM) using four concentrations and five replicates, including a control with solvent only. Ten adults of each species were liberated separately on each dish. The mortality was evaluated after 24 h and resistance determined by probit analysis. The samples used for the PCR-RAPD were either in vivo or preserved in 70% ethanol, kept in -18°C freezer. After extraction, quantification and DNA quality analysis, the 25 µL samples had the DNA amplified and tested with six primers. The bioassays showed a crescent mortality proportional to insecticide concentration. The resistance factor for R. dominica, S. zeamais and S. oryzae were: 2,2; 3,2 and 9,2, respectively, compared to the susceptible populations of each species. The PCR-RAPD analysis revealed bands which indicate inter and intraspecific variability in the populations, but it was not possible to correlate them to resistance. The association of bioassay and PCR-RAPD represents a precise and valuable tool for resistance management of stored product insects, but more populations and primers should be tested.

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A fonte de N fornecido às culturas influencia algumas propriedades do solo como o pH, causando efeitos indiretos na disponibilidade e, consequentemente na absorção de nutrientes pela planta. Em relação ao Mn, que pode influenciar na susceptibilidade de plantas a doenças, pode haver alterações até mesmo nas relações patógeno-hospedeiro. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de duas fontes de N e cinco doses de Mn na severidade da mancha-marrom em plantas de trigo, bem como na produção de matéria seca da parte aérea e raízes, a absorção desses nutrientes pelas plantas e a disponibilidade do Mn no solo. O experimento foi instalado em casa de vegetação e os tratamentos dispostos em um esquema fatorial (2 × 5), sendo duas fontes de N (amoniacal e nítrica) e cinco doses de Mn (0; 2,5; 5,0; 10,0 e 20,0 mg dm-3), em delineamento de blocos casualizados, com quatro repetições. Foram utilizadas amostras de um Latossolo Vermelho distrófico em vasos contendo 2,2 dm³, com três plantas de trigo. Aos 45 dias após emergência (DAE), as plantas foram inoculadas com uma suspensão de 10(5) mL-1 conídios de Bipolaris sorokiniana. Foram determinados o grau de severidade final da mancha-marrom, a produção de matéria seca da parte aérea e das raízes, e os teores foliares de N e Mn nas plantas de trigo, assim como a disponibilidade de Mn no solo. Verificou-se efeito das fontes de N e das doses de Mn apenas na severidade da mancha-marrom e nos teores de Mn no solo e nas folhas. Houve respostas quadráticas para os teores de Mn no solo e nas folhas e para a severidade da mancha-marrom no trigo. A fonte amoniacal [(NH4)2SO4] proporcionou maior disponibilidade do Mn no solo do que a fonte nítrica [Ca(NO3)2], que foi acompanhada de aumento do teor foliar de Mn na planta e de diminuição da severidade da mancha-marron em trigo.

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Spot bloth caused by Bipolaris sorokiniana is an important wheat desease mainly in hot and humid regions. The aim of this study was to evaluate the response of wheat to different sources and modes of Si application, as related to the severity of wheat spot blotch and plant growth, in two Si-deficient Latosols (Oxisols). An greenhouse experiment was arranged in a 2 x 5 factorial completely randomized design, with eight replications. The treatments consisted of two soils (Yellow Latosol and Red Latosol) and five Si supply modes (no Si application; Si applied as calcium silicate and monosilicic acid to the soil; and Si applied as potassium silicate or monosilicic acid to wheat leaves). No significant differences were observed between the two soils. When Si was applied to the soil, regardless the Si source, the disease incubation period, the shoot dry matter yield and the Si content in leaves were greater. Additionally, the final spot blotch severity was lower and the area under the spot blotch disease progress curve and the leaf insertion angle in the plant were smaller. Results of Si foliar application were similar to those observed in the control plants.