Identification des peptides du complexe majeur d’histocompatibilité de classe I par spectrométrie de masse

L’immunité adaptive et la discrimination entre le soi et le non-soi chez les vertébrés à mâchoire reposent sur la présentation de peptides par les récepteurs d’histocompatibilité majeur de classe I. Les peptides antigéniques, présentés par les molécules du complexe d’histocompatibilité (CMH), sont scrutés par les lymphocytes T CD8 pour une réponse immunitaire appropriée. Le répertoire des peptides du CMH de classe I, aussi appelé immunopeptidome, est généré par la dégradation protéosomale des protéines endogènes, et a un rôle essentiel dans la régulation de l’immunité cellulaire. La composition de l’immunopeptidome dépend du type de cellule et peut présenter des caractéristiques liées à des maladies comme le cancer. Les peptides antigéniques peuvent être utilisés à des fins immunothérapeutiques notamment dans le traitement voire la prévention de certains cancers. La spectrométrie de masse est un outil de choix pour l’identification, le séquençage et la caractérisation de ces peptides. Cependant, la composition en acides aminés, la faible abondance et la diversité de ces peptides compliquent leur détection et leur séquençage. Nous avons développé un programme appelé StatPeaks qui permet de calculer un certains nombres de statistiques relatives à la fragmentation des peptides. À l’aide de ce programme, nous montrons sans équivoque que les peptides du CMH classe I, en mode de fragmentation par dissociation induite par collision (CID), fragmentent très différemment des peptides trypsiques communément utilisés en protéomique. Néanmoins, la fragmentation par décomposition induite par collision à plus haute énergie (HCD) proposée par le spectromètre LTQ-Orbitrap Velos améliore la fragmentation et fournit une haute résolution qui permet d’obtenir une meilleure confiance dans l’identification des peptides du CMH de classe I. Cet avantage permet d’effectuer le séquençage de novo pour identifier les variants polymorphes qui ne sont normalement pas identifiés par les recherches utilisant des bases de données. La comparaison des programmes de séquençage Lutefisk, pepNovo, pNovo, Vonode et Peaks met en évidence que le dernier permet d’identifier un plus grand nombre de peptides du CMH de classe I. Ce programme est intégré dans une chaîne de traitement de recherche d’antigènes mineurs d’histocompatibilité. Enfin, une base de données contenant les informations spectrales de plusieurs centaines de peptides du CMH de classe I accessible par Internet a été développée.

La bédé-réalité : la bande dessinée autobiographique à l’heure des technologies numériques

À l’image des théories de la bande dessinée imprimée, la BD numérique est elle aussi accaparée par les analyses formalistes, dont la plus connue, celle de Scott McCloud, est critiquable, car elle réduit le média à un langage. Or, les mutations provoquées par la remédiation numérique ne sont pas uniquement formelles : l’expérience du lecteur, de l’auteur, et le rapport qu’ils entretiennent ensemble sont modifiés. Ce nouveau rapport influence le contenu des œuvres : on ne raconte pas la même chose dans le livre que sur Internet. L’autobiographie en BD, courant qui a explosé dans l’édition indépendante des années 1990, puis a été largement repris par les blogueurs, permet d’observer les différences de contenus et d’approches véhiculées par le livre et le numérique. Le dispositif du blogue propose un outil de liberté d’expression et de réflexion, mais les paramètres de son exécution (immédiateté, interactivité, désir de popularité, etc.) peuvent détourner cet objectif. Ainsi, beaucoup d’auteurs de blogues n’ont pas produit une autobiographie singulière, mais ont reproduit un courant de pensée existant (en exposant une libido fortement orientée vers la consommation) ainsi qu’un genre codifié, au sein duquel les autobiographies deviennent uniformes. Pour qualifier leurs blogues, on ne peut pas vraiment parler d’autobiographies, car ils ne mettent pas en scène un passé rétrospectif. Il s’agirait davantage de journaux intimes dont l’intimité est communiquée (ou publicisée) plutôt qu’expérimentée. Ce à quoi ces blogues ressemblent finalement le plus, c’est à une sorte de télé-réalité, une « bédé-réalité ».

La conception de la modernité dans Holzwege de Heidegger

Ce mémoire portera sur le problème de la signification, dans la pensée de Heidegger, de la métaphysique moderne, à partir de la conception de l’histoire de l’être qu’il développe dans les années 1930. Plus précisément, nous nous baserons sur l’écrit Die Zeit des Weltbildes, que l’on retrouve dans le recueil nommé Holzwege, mais également, dans une moindre mesure, sur l’écrit Niezsches Wort « Gott ist tot » du même recueil. Nous commencerons par introduire le lecteur à l’idée qu’il se fait de la métaphysique en général dans son rapport à l’homme, et du nihilisme que constitue son histoire, lequel s’accentue à l’époque moderne. Nous rentournerons alors brièvement aux premiers commencements de la métaphysique, chez Parménide et Platon principalement, dans le but de dégager les aspects de la métaphysique moderne qui y ont trouvé leur source. C’est alors que nous entrerons dans le vif du sujet, en expliquant en quoi consiste l’inauguration de la métaphysique moderne chez Descartes qui, face à l’obligation religieuse, pose la confirmation autonome de la vérité qui trouve son lieu propre dans la conscience de soi. Il sera dès lors question de montrer précisément comment se fait cette confirmation par soi-même du vrai, au travers de certaines notions centrales de l’analyse heideggerienne : la pro-position, la présentation et la représentation, l’instauration, la production, l’obtention, la préhension et la compréhension, notamment. Nous analyserons ensuite le mouvement de la volonté du sujet qui sous-tend cette confirmation autonome du savoir jusqu’à son aboutissement chez des penseurs tels que Schopenhauer. Nous mettrons par le fait même en évidence le rapport fondamental, souligné par Heidegger, entre le sujet et son objet, l’homme moderne se soulèvant et se donnant lui-même le statut éminent de centre de référence de toute chose, rapportant à lui-même tout chose. Ce mémoire se terminera par l’analyse que fait Heidegger d’un phénomène propre à la modernité, et donc émanent de la métaphysique qui aura été examinée au préalable, soit la science moderne. Celle-ci constitue la voie privilégiée où l’homme moderne, après avoir sciemment pris position au centre du monde, peut « procéder » dans le monde comme dans son royaume, un monde qui se révèle alors comme étant essentiellement à sa disposition. La science, émanant selon Heidegger de la conception moderne de la vérité et de l’étant, se révèle alors non seulement comme une réalisation de la métaphysique qui aura été analysée dans les chapitres précédents, mais peut-être même comme le phénomène duquel Heidegger semble s’être inspiré pour développer son idée de la métaphysique moderne.

Banquet festif et banquet macabre : analyse narrative et structurelle d’Ap 19

À cause de son langage symbolique et de l’absence d’une trame narrative bien dessinée, l’Apocalypse de Jean constitue un gros défi pour l’exégèse, d’autant plus que ce livre réutilise un important matériel vétérotestamentaire mais sans jamais faire de citations explicites. La présente recherche se propose de traiter le chapitre 19 comme une unité littéraire significative à l’intérieur de ce livre complexe, même s’il ne montre ni un récit suivi ni une parfaite cohérence sur le plan narratif, présentant même des discordances avec d’autres parties du livre. Par contre, sur le plan théologique, un discours cohérent et significatif s’en dégage lorsqu’on joint à l’analyse narrative une analyse structurelle. La combinaison de ces deux méthodes synchroniques permet d’exposer des parallélismes frappants et de décrire une intrigue qui traite de l’accomplissement inéluctable de la justice divine, symbolisée par le contraste entre deux grands banquets, l’un festif et l’autre macabre. Enfin, cette recherche préserve le caractère évocateur des symboles et préconise une lecture ironique pour certains passages.

Le traitement de l’espace dans Badlands et Days of Heaven, de Terrence Malick

Pour respecter les droits d’auteur, la version électronique de ce mémoire a été dépouillée de ses documents visuels et audio‐visuels. La version intégrale du mémoire a été déposée au Service de la gestion des documents et des archives de l'Université de Montréal.

Fidélité et validité de la mesure clinique du déjettement du tronc auprès d’enfants et d’adolescents présentant une scoliose idiopathique

La mesure du déjettement du tronc est un élément important pour évaluer la posture en ce qui a trait à la scoliose idiopathique. Cependant, il y a peu d'informations quant à sa mesure et les associations entre le déjettement du tronc et d'autres indicateurs ou facteurs pertinents. Les objectifs de cette étude sont : 1) d’évaluer la validité et la fiabilité de test-retest du fil à plomb pour mesurer le déjettement du tronc de C7 à S1 chez les personnes atteintes de scoliose idiopathique; et 2) d'étudier l'association entre le déjettement du tronc et les facteurs suivants : la douleur, l’angle de Cobb, le type de scoliose, la santé mentale et l’image de soi chez les personnes atteintes de scoliose idiopathique. Nous avons recruté 55 sujets âgés de 10 à 21 ans atteints de scoliose idiopathique (angle de Cobb : 15º à 60º) de la clinique de scoliose dans un hôpital pédiatrique de soins tertiaires. Le déjettement a été mesuré directement sur les sujets à deux reprises par la même physiothérapeute de même que sur les radiographies prises ce jour-là. Deux mesures ont été prises à chaque fois : une les pieds joints (FT) et l’autre en écartant les pieds (FA). Les sujets ont répondu au questionnaire adressé au patient de la Scoliosis Research Society-22, qui traite de la douleur, de l'image de soi et de la santé mentale. Le type de scoliose et l'angle de Cobb ont été mesurés sur les radiographies prises ce jour-là. Nous avons utilisé la théorie de la généralisabilité pour calculer la fidélité de test-retest pour les mesures FT et FA, en rapportant les coefficients de fiabilité (f) et les erreurs types de mesure (SEM). La validité de la mesure du fil à plomb a été calculée en comparant les mesures prises directement sur les radiographies en utilisant le coefficient de corrélation de Pearson. Les corrélations de Pearson ont été calculées entre le déjettement du tronc et la douleur, l'angle de Cobb, l'image de soi et la santé mentale. Les corrélations de Spearman ont été calculées entre le déjettement du tronc et le type de scoliose. Nous avons ensuite utilisé des modèles de régression linéaire multiple pour déterminer les associations entre ces variables. Nos résultats indiquent que les mesures de déjettement du tronc en utilisant un fil à plomb ont une forte corrélation (r = 0,87) avec la mesure obtenue par radiographie. La mesure du déjettement du tronc en utilisant un fil à plomb a démontré une excellente fidélité de test-retest (f: 0,98 pour la mesure FT et 0,99 pour la mesure FA) et les SEM étaient de 2,0 mm pour la mesure FT et 1,8 mm pour la mesure FA. Le déjettement du tronc est corrélé positivement avec l'angle de Cobb (r = 0,32, p = 0,02), mais il n'est pas corrélé à la douleur, la santé mentale, l'image de soi ou le type de scoliose. Les conclusions de notre étude ont montré que la mesure clinique du déjettement du tronc en utilisant un fil à plomb est une méthode fiable et valide et que le déjettement du tronc est associé à l'angle de Cobb. Une étude longitudinale est nécessaire pour déterminer si le déjettement du tronc est un indicateur pronostique de la progression de la scoliose. Mots-clés: la scoliose idiopathique, le déjettement du tronc, fil à plomb, posture, déplacement latéral du tronc

Rééducation périnéale et pelvienne : guérir une contraction à la fois

Travail d'intégration réalisé dans le cadre du cours PHT-6113.

Écriture, altérité et identité dans La quarantaine de JMG Le Clézio

L’œuvre de JMG Le Clézio se caractérise par sa perpétuelle évolution. Elle échappe aux classifications génériques et maintient son statut subversif et indépendant. L’écriture de cet écrivain traduit les diverses influences qui l’ont marqué, les problèmes auxquels il fait face et la thématique majeure dans laquelle il inscrit son œuvre. À travers l’étude de La quarantaine, paru en 1995, nous essayerons lors du premier chapitre de comprendre comment Le Clézio réinvente son écriture pour remédier au problème de l’impureté du langage qui caractérisait son œuvre d’avant les années quatre-vingts. Dans le deuxième chapitre, nous analyserons les thématiques littéraire, familiale et historique qui font de cet ouvrage un roman de filiation. La quarantaine insiste sur l’importance de l’altérité traditionnelle et non occidentale en tant que facteur dans ce changement romanesque, et dont le mode de vie réfléchit différemment le problème de l’identité chez l’individu occidental. Dans le troisième chapitre, nous aborderons la question des enjeux de l’identité à travers l’expérience initiatique à laquelle se livre le protagoniste de La quarantaine en quête d’un devenir identitaire, d’une émancipation qui réconcilie l’individu moderne avec soi-même.

Étude fonctionnelle et génétique d'une population de lymphocytes T CD4-CD8- impliquée dans la résistance au diabète auto-immun chez la souris

Le diabète auto-immun résulte de la destruction des cellules bêta pancréatiques sécrétrices d’insuline par les lymphocytes T du système immunitaire. Il s’ensuit une déficience hormonale qui peut être comblée par des injections quotidiennes d’insuline d’origine exogène, toutefois il demeure à ce jour impossible de guérir les patients atteints de la maladie. De façon générale, un système immunitaire sain reconnaît une multitude d’antigènes différents et assure ainsi notre défense à l’égard de différents pathogènes ou encore de cellules tumorales. Il arrive cependant que, pour des raisons génétiques et/ou environnementales, les lymphocytes T puissent s’activer de façon aberrante suite à la reconnaissance d’antigènes provenant du soi. C’est ce bris de tolérance qui mène au développement de pathologies auto-immunes telles que le diabète auto-immun. Afin de limiter l’auto-immunité, des mécanismes de sélection stricts permettent d’éliminer la majorité des lymphocytes T présentant une forte affinité envers des antigènes du soi lors de leur développement dans le thymus. Certains de ces lymphocytes réussissent toutefois à échapper à l’apoptose et migrent en périphérie afin d’y circuler en quête d’un antigène spécifiquement reconnu. Il est alors primordial que des mécanismes périphériques assurent le maintien de la tolérance immunitaire en faisant obstacle à l’activation et à la prolifération des lymphocytes T auto-réactifs. L’une des avenues afin d’inhiber le développement de réponses immunitaires aberrantes est la génération de lymphocytes T régulateurs. Ces cellules, d’origine thymique ou périphérique, peuvent arborer différents phénotypes et agissent via de multiples mécanismes afin d’inactiver et/ou éliminer les cellules impliquées dans l’apparition de pathologies auto-immunes. L’utilisation de modèles murins transgéniques a permis la mise en évidence d’une population peu caractérisée de lymphocytes T au potentiel régulateur. En effet, la proportion de ces cellules T n’exprimant pas les corécepteurs CD4 et CD8 (double négatives, DN) a été inversement corrélée à la prédisposition à l’auto-immunité chez ces ii souris. L’objectif principal de cette thèse est de démontrer la fonction immuno-régulatrice des lymphocytes T DN, tout en investiguant les facteurs génétiques responsables du maintien de cette population cellulaire. Nous avons observé que les lymphocytes T DN exercent une activité cytotoxique à l’égard des lymphocytes B de façon spécifique à l’antigène, via la libération de granules cytolytiques contenant du granzyme B et de la perforine. Par ailleurs, nous avons établi qu’un unique transfert adoptif de ces cellules est suffisant afin d’inhiber le développement du diabète auto-immun chez des hôtes transgéniques prédisposés à la maladie. Le recours à des souris déficientes pour l’expression du gène CD47 a permis de constater que la voie de signalisation CD47-Sirp est essentielle dans le maintien de la proportion des lymphocytes T DN. De plus, le locus murin de prédisposition au diabète auto-immun Idd13, qui contient le gène Sirp, a été identifié pour son rôle dans la régulation de la proportion de ces cellules. Finalement, une analyse génétique a révélé que d’autres intervalles génétiques sont impliqués dans le contrôle de la population des lymphocytes T DN. Parmi ceux-ci, un locus situé en région proximale du chromosome 12 a été validé grâce à la création de souris congéniques. Grâce aux résultats présentés dans cette thèse, notre compréhension de la biologie ainsi que de la régulation des lymphocytes T DN est approfondie. Ces connaissances constituent un pas important vers la création de thérapies cellulaires novatrices permettant de prévenir et de guérir diverses pathologies auto-immunes.

La ballade de Gilbert ; suivi de Le quotidien dans Molloy de Samuel Beckett

Le roman La ballade de Gilbert raconte l’histoire d’un homme dont la tranquille normalité du quotidien est perturbée lorsqu’il découvre qu’un de ses collègues de longue date fréquente des prostituées. Afin de retrouver son confort, il incite clandestinement ce collègue à se chercher une conjointe, mais cette quête devient peu à peu une profonde obsession qui bouleverse encore plus l’équilibre de sa vie routinière. À travers ce récit s’articule une réflexion sur le quotidien, sur les limites entre l’ordinaire et l’extraordinaire, le familier et l’étrange. L’essai Le quotidien dans Molloy de Samuel Beckett reprend le thème du quotidien afin d’analyser le dialogue entre le familier et l’étrangeté dans ce roman. Molloy présente de nombreux scénarios communs (Eco), qui correspondent très sensiblement d’un point de vue cognitif aux habitudes qui façonnent le quotidien d’un individu. Cet essai explique comment Beckett subvertit ces scénarios pour laisser place à une étrangeté derrière laquelle le familier demeure reconnaissable.