Global DNA hypomethylation coupled to repressive chromatin domain formation and gene silencing in breast cancer.

While genetic mutation is a hallmark of cancer, many cancers also acquire epigenetic alterations during tumorigenesis including aberrant DNA hypermethylation of tumor suppressors, as well as changes in chromatin modifications as caused by genetic mutations of the chromatin-modifying machinery. However, the extent of epigenetic alterations in cancer cells has not been fully characterized. Here, we describe complete methylome maps at single nucleotide resolution of a low-passage breast cancer cell line and primary human mammary epithelial cells. We find widespread DNA hypomethylation in the cancer cell, primarily at partially methylated domains (PMDs) in normal breast cells. Unexpectedly, genes within these regions are largely silenced in cancer cells. The loss of DNA methylation in these regions is accompanied by formation of repressive chromatin, with a significant fraction displaying allelic DNA methylation where one allele is DNA methylated while the other allele is occupied by histone modifications H3K9me3 or H3K27me3. Our results show a mutually exclusive relationship between DNA methylation and H3K9me3 or H3K27me3. These results suggest that global DNA hypomethylation in breast cancer is tightly linked to the formation of repressive chromatin domains and gene silencing, thus identifying a potential epigenetic pathway for gene regulation in cancer cells.

Vignolan traktaatti ja tutkimus

Aarteet-näyttely Kansalliskirjastossa 9.3.-3.12.2005

The genome sequence of taurine cattle: a window to ruminant biology and evolution.

To understand the biology and evolution of ruminants, the cattle genome was sequenced to about sevenfold coverage. The cattle genome contains a minimum of 22,000 genes, with a core set of 14,345 orthologs shared among seven mammalian species of which 1217 are absent or undetected in noneutherian (marsupial or monotreme) genomes. Cattle-specific evolutionary breakpoint regions in chromosomes have a higher density of segmental duplications, enrichment of repetitive elements, and species-specific variations in genes associated with lactation and immune responsiveness. Genes involved in metabolism are generally highly conserved, although five metabolic genes are deleted or extensively diverged from their human orthologs. The cattle genome sequence thus provides a resource for understanding mammalian evolution and accelerating livestock genetic improvement for milk and meat production.

Survival-time analysis of white spruce during spruce budworm defoliation

Abstract

Extrait de ce qu'on a fait dans l'Inde depuis le vingt six janvier, jour que l'Escadre a mis à la voile de l'Isle de France, jusqu'au deux de septembre 1758

Ancien possesseur : Argenson, Antoine-René de Voyer (1722-1787 ; marquis de Paulmy d')

Suvaitsevaisuus koulumaailmassa : toimintakokonaisuus viidennen luokan oppilaille

Toiminnallisen opinnäytetyömme tarkoituksena oli järjestää kolmen toimintakerran kokonaisuus Ruusutorpan koululla. Toiminnan kohderyhmänä olivat viidennen luokan oppilaat. Toiminnan aiheena oli suvaitsevaisuuden käsitteleminen. Keskeisimpiä käsitteitä toiminnassamme olivat erilaisuus ja ennakkoluulot. Opinnäytetyömme tuotoksena on kolmen toimintakerran toimintakokonaisuus. Opinnäytetyömme lähtökohtana oli Ruusutorpan koulun tarve käsitellä suvaitsevaisuutta oppilaiden kanssa. Työmme teoriana oli Jean Piaget'n ajattelun kehittymisen teoria. Keskityimme käsittelemään teoriassa 11-vuotiaiden ajattelun kehittymisen tasoja. Suunnittelimme toimintakertamme teoriaa apuna käyttäen. Toteutimme toimintakerrat keväällä 2007. Toimintakerroille osallistui 14-19 11-vuotiasta oppilasta. Toiminnassa hyödynsimme erilaisia toiminnallisia menetemiä sekä ryhmätyöskentelyä. Toiminnan ohessa havainnoimme oppilaita ja kirjasimme heidän ajatuksiaan aiheesta. Havaintojen perusteella koemme, että suvaitsevaisuuden käsitteleminen koulussa on oppilaille vierasta. Vaikka oppilaat suhtautuivat erilaisuuteen positiivisesti, eivät he välttämättä ymmärtäneet käsittelemiemme teemojen sisältöä. Mielestämme suvaitsevaisuutta olisi tärkeää käsitellä koulussa, jotta nämä asiat tulisivat oppilaille tutummiksi. Koemme, että aihetta on hyvä käsitellä toiminnan kautta.

Prosessimallinnus julkisen terveydenhuollon palveluketjun kehittämisessä

Diplomityö käsittelee prosessilähtöisen ajattelun soveltamista julkisen terveydenhuolto-organisaation toiminnan kehittämiseen. Työn tavoitteena on tutkia terveydenhuollon palveluprosesseja ja tehostaa niiden toimintaa. Työssä analysoidaan tietty palveluprosessien kokonaisuus, palveluketju asiakkaan näkökulmasta ja pyritään löytämään siitä ongelma- jakehityskohtia. Työn teoreettisessa osassa on pohjustettu tutkimusta luomalla katsaus julkisen organisaation toimintaan sekä prosessijohtamisen periaatteisiin, painotuksen ollessa asiakaslähtöisyydessä sekä teknologiassa. Palveluketjun analysointi suoritettiin prosessimallinnuksen periaatteiden mukaisesti, hyödyntäenprosessikuvausohjelmistoa. Kuvaus toteutettiin istunnoissa, joissa paikalla oliterveydenhuollon ammattihenkilöitä, prosessimallinnuksen tekninen asiantuntija sekä tutkimusryhmän edustajia. Tutkittavan prosessikokonaisuuden nykytila dokumentoitiin prosessikaavioksi sekä kaaviota tukeviksi dokumenteiksi. Ongelmakohtienkehittämisen perustaksi määritettiin oletuksia sekä tietoteknisistä ratkaisuista että toimintatapojen muutoksista. Kehitysehdotusten pohjalta luotiin palveluketjulle kaksi erilaista tavoitetilaa. Prosessilähtöisen johtamisen periaatteet soveltuivat julkisen terveydenhuollon toimintaprosessien analysointiin ja kehittämiseen. Esitetyillä kehittämisehdotuksilla voitiin saavuttaa kustannussäästöjä sekä tehostaa työajan kohdentumista. Myös asiakkaan hoidon laatua sekä hänen osallisuuttaan palveluun oli mahdollista lisätä.