Atividade antimicrobiana de fungos endofíticos isolados de plantas tóxicas da amazônia: Palicourea longiflora (aubl.) rich e Strychnos cogens bentham

Das plantas tóxicas da Amazônia Palicourea longiflora e Strychnos cogens foram isolados 571 fungos endofíticos e 74 bactérias endofíticas. Palicourea longiflora (Rubiaceae) e outras espécies desse gênero estão relacionadas a 90% das mortes de gado na região Amazônica. Strychnos cogens (Loganiaceae) e outras espécies de Strychnos são utilizadas pelos indígenas na confecção de "curares". Entre os endófitos isolados de P. longiflora foram identificados os fungos: Colletotrichum sp. e seu telemorfo Glomerella sp., Guignardia sp., Aspergillus niger, Phomopsis sp. e Xylaria sp., além da bactéria Burkholderia gladioli, pertencente a um grupo de fixadoras de nitrogênio. Dos isolados de S. cogens foram identificados os fungos: Colletotrichum sp., Guignardia sp., Aspergillus niger e Trichoderma sp. Uma amostra de 79 isolados fúngicos teve seus metabólitos extracelulares bioensaiados contra microrganismos patogênicos e fitopatogênicos: 19 isolados inibiram um ou mais microrganismos-teste. Dos oito isolados com melhores resultados de inibição, as móleculas bioativas eram menores que 12.000 daltons, fato verificado pela diálise dos metabólitos.

Contribuição ao conhecimento morfológico das espécies de leguminosae comercializadas no estado do Pará, como "angelim"

Sete espécies de Leguminosae comercializadas como "angelim", no estado do Pará, foram analisadas quanto aos aspectos morfológicos dos órgãos vegetativos e reprodutivos. Este estudo visou determinar diferenças básicas entre as espécies comercializadas com esta denominação vernacular, a fim de auxiliar no processo de identificação taxonômica das mesmas. Foi elaborada uma chave dicotômica para separar as espécies estudadas (Andira surinamensis, Dinizia excelsa, Hymenolobium excelsum, H. modestum, H. pulcherrimum, H. petraeum e Vatairea paraensis). As principais características utilizadas no campo, para separação das espécies estudadas, foram folha, folíolo, casca e tronco, porém, espécies de Andira, Hymenolobium e Vatairea, por apresentarem-se desprovidas de folhas no período fértil, necessitam de dados dos órgãos reprodutivos.

Exploring chemical conversions in metabolic networks by tracing atoms transitions

Dissertação de mestrado em Bioinformática

Densidade básica da madeira de um ecossistema de "campina" em Roraima, Amazônia brasileira

Densidade básica (g.cm-3: peso seco / volume úmido) da madeira foi determinada para 13 das principais espécies arbóreo-arbustivas de um ecossistema de "campina" (caatinga amazônica) situado em Roraima, extremo norte da Amazônia brasileira. As amostras de madeira para o cálculo da densidade básica de cada espécie foram compostas por "discos amostrais" (casca, alburno e cerne) de diferentes classes diamétricas. No total, foram amostrados 98 indivíduos, perfazendo 150 peças de madeira (52 com diâmetro < 1,6cm; 63 entre 1,6-3,2cm, 27 entre 3,2-4,8cm e 8 > 4,8cm). A espécie de maior densidade média foi Matayba arborescens (Aubl.) Radlk. (0,68 g.cm-3), seguida de Humiria balsamifera (Aubl.) St. Hill. (0,67 g.cm-3) e Pera schomburgkiana Müel. Arg. (0,64 g.cm-3). As classes de menor diâmetro foram também as de menor valor absoluto: 0,59 ± 0,06 (DP) g.cm-3 (< 1,6cm), 0,64 ± 0,08 g.cm-3 (1,6-3,2cm), 0,67 ± 0,06 g.cm-3 (3,2-4,8cm) e 0,69 ± 0,10 g.cm-3 (> 4,8cm). A média ponderada pela biomassa do ecossistema foi de 0,64 ± 0,08 g.cm-3. Este resultado é 15,2% inferior ao comumente utilizado para transformação de volume de madeira em biomassa para ecossistemas de "campina" na Amazônia, influenciando diretamente nos cálculos de emissão de gases do efeito estufa.

Improvement of in silico strain engineering methods in Saccharomyces cerevisiae

PhD thesis in Bioengineering

Dendrometria de espécies nativas em plantios homogêneos no estado de Roraima: andiroba (Carapa guianensis Aubl), castanha-do-Brasil (Bertholletia excelsa Bonpl.), ipê-roxo (Tabebuia avellanedae Lorentz ex Griseb) e jatobá (Hymenaea courbaril L.)

Estudou-se o crescimento e a seleção de equações para quatro espécies florestais nativas visando identificar espécies promissoras para o plantio em programas de reflorestamentos e em sistemas agroflorestais no Estado de Roraima. O crescimento da andiroba (Carapa guianensis Aubl.), da castanha-do-brasil (Bertholletia excelsa Bonpl.), do ipê-roxo (Tabebuia avellanedae Lorentz ex Griseb.) e do jatobá (Hymenaea courbaril L.), aos sete anos de idade, mostrou-se promissor atingindo incrementos médios anuais em volume comercial de 6.3; 14.6; 6.0 e 2.3 m³.ha-1.ano-1, respectivamente. Em relação ao crescimento em diâmetro, todas as espécies apresentaram incrementos médios anuais em diâmetro maiores do que 1 cm, sendo superiores aos observados para árvores crescendo em florestas naturais. A análise estatística, indicou a equação hipsométrica de Prodan como a de melhor ajuste para estimar a altura em função do diâmetro para as quatro espécies analisadas. No entanto, a análise gráfica indicou que a forma da curva altura/diâmetro variou com a espécie sendo necessário o ajuste em separado. O ajuste de equações de volume comercial com casca e fator de forma comercial mostraram ser necessário o ajuste de diferentes equações em função da espécie. A análise gráfica das curvas de volume comercial e fator de forma indicaram que as espécies diferiram em ambos os parâmetros, indicando que a utilização de um fator de forma médio para todas as espécies deve ser evitado, como forma de aumentar a precisão nas estimativas volumétricas.

Caracterização e avaliação do potencial agronômico e nutricional de etnovariedades de cubiu (Solanum sessiliflorum Dunal) da Amazônia

O cubiu (Solanum sessiliflorum Dunal) é um importante recurso genético para o povo da Amazônia, porque produz frutos tradicionalmente utilizados como alimento, medicamento e cosméticos. Por se tratar de um excelente produto para o agro-negócio, aprofundar o conhecimento sobre a espécie, será uma contribuição de grande valia para a sociedade da região. Este trabalho teve o objetivo de caracterizar e avaliar o potencial de diferentes etnovariedades (ETNs) por meio de descritores agronômicos e minerais dos seus frutos. O Experimento foi conduzido na Estação Experimental de Hortaliças do INPA, em Manaus, em solo Podzólico vermelho-amarelo, álico, textura arenosa e de baixa fertilidade. Adotou-se um delineamento experimental de blocos ao acaso, com 28 tratamentos (as ETNs) em quatro repetições. Os seguintes descritores agronômicos e minerais dos frutos foram avaliados: forma dos frutos, número de frutos, comprimento do fruto, largura do fruto, peso médio do fruto, espessura da polpa, potássio, zinco, manganês, sódio, ferro, magnésio e cálcio. As análises de variância detectaram diferenças significativas entre as etnovariedades para todos os caracteres. As 28 ETNs puderam ser classificadas em nove formatos diferentes de frutos. As plantas produziram em média 4 a 89 frutos, variando em peso de 18,5 a 301 g. Entre os micro-elementos analisados a concentração de ferro variou de 97,3 a 352,7 mg em 100g da polpa in natura. Destacou-se em conteúdo deste elemento, a ETN3, originária de Barcelos (AM). Entre os macro-elementos, o potássio (variando entre 54,6 a 563,5 mg em 100g da polpa in natura) apresentou maior concentração nas 28 ETNs avaliadas. A ETN9, originária de Lábrea (AM), foi a que produziu os frutos mais ricos nesse elemento. De maneira geral, as ETNs estudadas apresentam variabilidade genética ampla para ser explorada em programa de melhoramento do cubiu.

Ensacamento de cachos na produção, maturação e qualidade dos frutos de bananeiras cultivadas no Estado do Amazonas

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito do ensacamento de cachos sobre a produção, período de maturação e qualidade dos frutos das cultivares de bananeiras (Thap maeo, FHIA 18, Nanicão 2001 e Prata Zulu). Empregou-se o delineamento experimental inteiramente casualizado em esquema fatorial 4x2, sendo os fatores: as quatro cultivares conduzidos com cachos ensacados e não ensacados em quatro repetições. O ensacamento foi efetuado com sacos de polietileno impregnados com inseticida organofosforado. As variáveis avaliadas foram: intervalo em dias entre a emergência da inflorescência e a colheita; peso do cacho; peso da penca, diâmetro dos frutos; relação polpa/casca; pH; textura e sólidos solúveis. Nas condições edafoclimáticas locais, na média das cultivares, as variáveis intervalo entre a emergência da inflorescência e a colheita dos cachos, diâmetro dos frutos, relação polpa/casca, peso da penca, pH, textura dos frutos e sólidos solúveis não foram significativamente influenciados pela prática do ensacamento de cachos. O ensacamento diminuiu significativamente a produção da cultivar Prata Zulu.

A new empirical system for rock slope stability analysis in exploitation stage

An empirical system was developed to obtain a quality index for rock slopes in road infrastructures, named Slope Quality Index (SQI), and it was applied to a set of real slopes.The SQI is supported in nine factors affecting slope stability that contemplate the evaluation of different parameters. Consequently, each factor is classified by the degree of importance and influence by assigned weights. These weights were established through a statistical analysis of replies to a survey that was distributed to several experienced professionals in the field. The proposed SQI varies between1 and 5, corresponding to slopes in very good and very bad condition state, respectively. Besides the advantage linked to a quantitative and qualitative evaluation of slopes, theSQI also allows identifying the most critical factors on the slope stability, which is a fundamental issue for an efficient management of the slope network in the road infrastructure, namely in the planning of conservation and maintenance operations.

Tunnel engineering – influence of the type and the quantity of measurements in the back analysis of geomechanical parameters

The monitoring data collected during tunnel excavation can be used in inverse analysis procedures in order to identify more realistic geomechanical parameters that can increase the knowledge about the interested formations. These more realistic parameters can be used in real time to adapt the project to the real structure in situ behaviour. However, monitoring plans are normally designed for safety assessment and not especially for the purpose of inverse analysis. In fact, there is a lack of knowledge about what types and quantity of measurements are needed to succeed in identifying the parameters of interest. Also, the optimisation algorithm chosen for the identification procedure may be important for this matter. In this work, this problem is addressed using a theoretical case with which a thorough parametric study was carried out using two optimisation algorithms based on different calculation paradigms, namely a conventional gradient-based algorithm and an evolution strategy algorithm. Calculations were carried for different sets of parameters to identify several combinations of types and amount of monitoring data. The results clearly show the high importance of the available monitoring data and the chosen algorithm for the success rate of the inverse analysis process.

Methodology for real-time adaptation of tunnels support using the observational method

The observational method in tunnel engineering allows the evaluation in real time of the actual conditions of the ground and to take measures if its behavior deviates considerably from predictions. However, it lacks a consistent and structured methodology to use the monitoring data to adapt the support system in real time. The definition of limit criteria above which adaptation is required are not defined and complex inverse analysis procedures (Rechea et al. 2008, Levasseur et al. 2010, Zentar et al. 2001, Lecampion et al. 2002, Finno and Calvello 2005, Goh 1999, Cui and Pan 2012, Deng et al. 2010, Mathew and Lehane 2013, Sharifzadeh et al. 2012, 2013) may be needed to consistently analyze the problem. In this paper a methodology for the real time adaptation of the support systems during tunneling is presented. In a first step limit criteria for displacements and stresses are proposed. The methodology uses graphics that are constructed during the project stage based on parametric calculations to assist in the process and when these graphics are not available, since it is not possible to predict every possible scenario, inverse analysis calculations are carried out. The methodology is applied to the “Bois de Peu” tunnel which is composed by two tubes with over 500 m long. High uncertainty levels existed concerning the heterogeneity of the soil and consequently in the geomechanical design parameters. The methodology was applied in four sections and the results focus on two of them. It is shown that the methodology has potential to be applied in real cases contributing for a consistent approach of a real time adaptation of the support system and highlight the importance of the existence of good quality and specific monitoring data to improve the inverse analysis procedure.

SQI – A quality assessment index for rock slopes

In this work, an empirical system was developed to obtain a quality index for rock slopes in road infrastructures, named Slope Quality Index (SQI), and it was applied to a set of real slopes. The SQI is supported in nine factors affecting slope stability that contemplate the evaluation of different parameters. Consequently, each factor is classified by degree of importance and influence by assigned weights. These weights were established through a statistical analysis of replies to a survey that was distributed to several experienced professionals in the field. The proposed SQI varies between 1 and 5, corresponding to slopes in very good and very bad condition state, respectively. Besides the advantage linked to a quantitative and qualitative evaluation of slopes, the SQI also allows identifying the most critical factors on the slope stability, which is a fundamental issue for an efficient management of the slope network in the road infrastructure, namely in the planning of conservation and maintenance operations.

Anatomia do lenho de Uncaria guianensis e U. tomentosa (Rubiaceae) do estado do Acre, Brasil

As plantas de Uncaria guianensis e U. tomentosa são lianas trepadeiras, arbustos trepadores ou rasteiros ascendentes que ocorrem em amplas áreas da Amazônia brasileira e países da América Central e do Sul. Possuem excepcional importância medicinal, com sua casca, lenho e folhas utilizadas pelos povos amazônicos e pela indústria farmacêutica. Face a necessidade da identificação das plantas em condições de campo e de laboratório, o presente trabalho descreveu a estrutura anatômica do lenho de Uncaria guianensis e U. tomentosa, ocorrentes no Estado do Acre, Brasil. Os resultados mostraram que o lenho das espécies é característico da família Rubiaceae, a exceção dos vasos arredondados, grandes e solitários, parenquima axial difuso e largura dos raios que são próprios das lianas.

Determinação dos elementos-traço (Zn, Co e Ni) em sedimentos da Plataforma Continental Amazônica sob influência da descarga do rio Amazonas

Esta pesquisa foi desenvolvida na Plataforma Continental Amazônica (PCA) no trecho compreendido entre os cabos Orange (AP) e Maguari (PA), para determinar os teores de Zn, Co e Ni nos sedimentos superficiais, identificando o papel dos sedimentos como fonte ou reserva de elementos-traço. A concentração dos elementos metálicos apresentou a seguinte associação: Zn > Ni > Co. Os sedimentos localizados na PCA podem ser considerados como sítio de ocorrência natural dos elementos metálicos, não havendo influência de fontes poluidoras na liberação destes para o sistema.

Óleo de andiroba: processo tradicional da extração, uso e aspectos sociais no estado do Amazonas, Brasil

O processo tradicional de extração do óleo das sementes de andiroba foi levantado em três municípios (Anamã, Manacapuru e Silves) no Estado do Amazonas. Em 1992 e 2004, foi aplicado um questionário a 38 extratoras. Sementes das duas espécies de andiroba (Carapa procera D.C. e Carapa guianensis Aubl.) foram utilizadas como matéria prima. O processo tradicional é complexo, demora cerca de dois meses e pode ser dividido em três etapas: 1. A coleta, seleção de sementes boas e um primeiro armazenamento (3-15 dias). 2. O preparo da massa pelo cozimento das sementes em água (1-3 horas), um segundo período de armazenamento (até 20 dias) e finalizada pela retirada da casca e o amassamento das amêndoas. 3. A extração do óleo (até 30 dias), pelo gotejamento colocando a massa sobre uma superfície inclinada. Óleo extraído na sombra foi considerado de melhor qualidade do que no sol, porém o processo é mais demorado. Uma segunda extração com a prensa ("tipiti"), usada na fabricação de farinha, foi raramente empregada. Verificaram-se pequenas variações entre os procedimentos das extratoras, aparentemente com conseqüências na rentabilidade e na qualidade do óleo. Na primeira e segunda etapa da extração participaram membros da família e/ou vizinhos, ao contrário da etapa final, realizada por uma única mulher. Enquanto, transmissão do conhecimento tradicional, em geral, costuma passar de geração por geração pela oralidade e observação, este estudo revelou, que os jovens não participam mais da extração. Fato, que no futuro próximo, pode causar a perda de conhecimento em relação à extração do óleo de andiroba pelo método tradicional.