Optimizing Computational Frameworks to Study the Influence of the Protein Environment on the Individual Site Energies of Chromophores in Photosystem II of Photosynthesis

Photosynthesis is a process in which electromagnetic radiation is converted into chemical energy. Photosystems capture photons with chromophores and transfer their energy to reaction centers using chromophores as a medium. In the reaction center, the excitation energy is used to perform chemical reactions. Knowledge of chromophore site energies is crucial to the understanding of excitation energy transfer pathways in photosystems and the ability to compute the site energies in a fast and accurate manner is mandatory for investigating how protein dynamics ef-fect the site energies and ultimately energy pathways with time. In this work we developed two software frameworks designed to optimize the calculations of chro-mophore site energies within a protein environment. The first is for performing quantum mechanical energy optimizations on molecules and the second is for com-puting site energies of chromophores in a fast and accurate manner using the polar-izability embedding method. The two frameworks allow for the fast and accurate calculation of chromophore site energies within proteins, ultimately allowing for the effect of protein dynamics on energy pathways to be studied. We use these frame-works to compute the site energies of the eight chromophores in the reaction center of photosystem II (PSII) using a 1.9 Å resolution x-ray structure of photosystem II. We compare our results to conflicting experimental data obtained from both isolat-ed intact PSII core preparations and the minimal reaction center preparation of PSII, and find our work more supportive of the former.

Significations lexicales et notionnelles dans les domaines de spécialité

Département de linguistique et de traduction

Hubert Aquin et la Gnose

Reprendre contact avec les réalités de l’âme, rouvrir la source où l’être rejaillit éternellement : tel est l’idéal occulte, inavouable, d’où procède la poétique d’Hubert Aquin. Depuis sa jeunesse, Aquin s’emploie clandestinement à défaire les mailles de la conscience et à rebrousser chemin vers les arrière-plans ténébreux du Moi, vers le Plérôme de la vie nue. Il manœuvre pour se mettre au service de l’intentionnalité impersonnelle inscrite au plus profond de sa psyché, pour devenir l’instrument du vouloir aveugle « qui opère en lui comme une force d’inertie ». Son œuvre ne s’accomplit pas dans le texte, mais à rebours du texte, voire à rebours du langage ; elle se déploie sur le terrain d’une confrontation enivrée avec le Négatif — avec la Parole sacrée issue de l’abîme. En d’autres termes, elle prend la forme d’une Gnose, c’est-à-dire d’un exercice de dé-subjectivation, de destruction de soi, consistant à réaliser la connaissance participative de l’empreinte imaginale scellée derrière les barreaux de la finitude. Essentiellement consacrée à l’analyse de la dimension gnostique de l’œuvre d’Hubert Aquin, cette thèse vise à montrer que la connaissance du hiéroglyphe mystérieux gravé au fond de l’âme n’est pas une sinécure. Il s’agit plutôt d’un opus contra naturam qui comporte bien des risques (en tout premier lieu celui d’une inflation psychique). Pourtant, ce travail est aussi, aux yeux de l’auteur, le seul véritablement digne d’être accompli, celui qui donne à l’homme le moyen de se soustraire à l’engloutissement de la mort et la possibilité de renaître. Comme l’écrit Aquin dans un texte de jeunesse, l’ouverture inconditionnelle au Négatif (la destruction de soi) est « une façon privilégiée d’expérimenter la vie et un préalable à toute entreprise artistique » ; elle correspond à « un mode supérieur de connaissance », à un savoir « impersonnel » qui offre immédiatement le salut.

L'espace public de Jürgen Habermas, réexaminé à la lumière de ses écrits de jeunesse

L'espace public (1962) de Jürgen Habermas est souvent lu comme le premier ouvrage de sa carrière. Notre mémoire tâche de porter un éclairage différent sur celui-ci, de lire L'espace public comme point d'aboutissement de la pensée habermassienne des années 1950. Par l'exploration d'un certain nombre d'écrits mineurs et majeurs pré-1962, L'espace public se révèle une sorte de théorie critique de la société, encore fortement empreinte de marxisme, faisant figure de synthèse partielle des écrits de jeunesse.

La composition au moyen des quarts de ton

La version intégrale de cette thèse est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l’Université de Montréal.

"Un homme sur deux est une femme" : intégrer le genre dans les manuels d’histoire de la civilisation occidentale au collégial : quelques propositions

L’histoire des femmes et l’histoire du genre se sont développées conjointement depuis plus d’une trentaine d’années. Pourtant, elles ne sont pas encore pleinement reconnues par les institutions universitaires, et encore moins par les institutions collégiales, les progrès historiographiques dans ces domaines étant exclus du cursus enseigné. Du moins, c’est ce que nous avons observé au niveau collégial au Québec, à la suite d’une évaluation de la trame narrative des manuels francophones et anglophones utilisés pour le cours Histoire de la civilisation occidentale. En effet, grâce à une analyse des chapitres couvrant la période moderne, soit de 1500 à 1800 environ, des manuels les plus utilisés pour l’enseignement de ce cours, nous avons pu établir que l’histoire des femmes et l’histoire du genre ne sont pas intégrées et qu’une différence existe entre la trame du manuel francophone et celle du manuel anglophone. Nous avons constaté que le seul cours d’histoire obligatoire au niveau collégial, qui tend à former des citoyens et des citoyennes éclairé(e)s ainsi qu’à transmettre une culture générale de base, exclut la moitié de la population de leurs enseignements. Aussi ce mémoire propose-t-il trois façons de remédier à cette situation.

Intervention orthophonique et neurobiologie du cerveau : apports de la neuroimagerie à la prise en charge de l’aphasie chronique

L’aphasie est un trouble acquis du langage entraînant des problèmes de communication pouvant toucher la compréhension et/ou l’expression. Lorsque l’aphasie fait suite à un accident vasculaire cérébral, une régression des déficits communicatifs s'observe initialement, mais elle peut demeurer sévère pour certains et est considérée chronique après un an. Par ailleurs, l’aphasie peut aussi être observée dans l’aphasie progressive primaire, une maladie dégénérative affectant uniquement le langage dans les premières années. Un nombre grandissant d’études s’intéressent à l’impact de la thérapie dans l’aphasie chronique et ont démontré des améliorations langagières après plusieurs années. L’hémisphère gauche semble avoir un rôle crucial et est associé à de meilleures améliorations langagières, mais la compréhension des mécanismes de plasticité cérébrale est encore embryonnaire. Or, l’efficacité de la thérapie dans l’aphasie progressive primaire est peu étudiée. À l’aide de la résonance magnétique fonctionnelle, le but des présentes études consiste à examiner les mécanismes de plasticité cérébrale induits par la thérapie Semantic Feature Analysis auprès de dix personnes souffrant d’aphasie chronique et d’une personne souffrant d’aphasie progressive primaire. Les résultats suggèrent que le cerveau peut se réorganiser plusieurs années après une lésion cérébrale ainsi que dans une maladie dégénérative. Au niveau individuel, une meilleure amélioration langagière est associée au recrutement de l’hémisphère gauche ainsi qu’une concentration des activations. Les analyses de groupe mettent en évidence le recrutement du lobule pariétal inférieur gauche, alors que l’activation du gyrus précentral gauche prédit l’amélioration suite à la thérapie. D’autre part, les analyses de connectivité fonctionnelle ont permis d’identifier pour la première fois le réseau par défaut dans l’aphasie. Suite à la thérapie, l’intégration de ce réseau bien connu est comparable à celle des contrôles et les analyses de corrélation suggèrent que l’intégration du réseau par défaut a une valeur prédictive d’amélioration. Donc, les résultats de ces études appuient l’idée que l’hémisphère gauche a un rôle prépondérant dans la récupération de l’aphasie et fournissent des données probantes sur la neuroplasticité induite par une thérapie spécifique du langage dans l’aphasie. De plus, l’identification d’aires clés et de réseaux guideront de futures recherches afin d’éventuellement maximiser la récupération de l’aphasie et permettre de mieux prédire le pronostic.

L'écriture comme intensité : la vision métaphorique à travers l'oeuvre de Reinaldo Arenas

En observant le foisonnement de métaphores de la lumière et de la vision dans l’œuvre de Reinaldo Arenas – l’accentuation de la couleur, l’éblouissement, la brûlure et le dédoublement – cette thèse s’interroge sur la vision de l’écriture formulée dans et à partir de ces images, et sur les implications de cette vision. Constatant à travers cette réflexion l’inscription à même le langage des images de la lumière et de la vision – de la réflexion à la clarté, en passant par l’image et la lucidité – cette thèse délibère, à travers l’œuvre de Reinaldo Arenas et celle de Jorge Luis Borges, sur une définition de l’écriture comme intensité, notion et image empruntées au registre du sensible par le détour de la physique. Le premier chapitre s’intéresse à la couleur comme phénomène de la vision, du sensible, de l’affect et de la nuance, ainsi qu’à la métaphore de la cécité abordée par Borges et par Paul de Man comme phénomène de la lecture, points d’entrée à une réflexion sur l’écriture. Le second chapitre aborde la notion d’éblouissement en tant qu’intensité de la lumière et temporalité de la prise de conscience lucide, définissant ainsi une vision du temps et les affinités entre la temporalité de l’écriture et celle de l’image poétique. Le troisième chapitre, réitérant la question de la relation au temps – historique et narratif –, réaffirme les inflexions du langage en fonction de la lumière, c’est-à-dire la relation entre l’aspect « lumineux » du langage, l’intensité de la lumière et l’intensité de l’écriture (entendue comme écriture littéraire), en explorant le seuil (la destruction par le feu) mis en lumière par l’image du phénix, figure mythique et littéraire de la transformation des images, selon la définition de l’imagination proposée par Gaston Bachelard. Enfin, la double conclusion (une conclusion en deux parties, ou deux conclusions réfléchies l’une dans l’autre), relie les images poétiques de la lumière évoquées et leurs implications en examinant la portée d’une vision de l’écriture comme intensité. Cette idée est élaborée à travers l’image finale du double, figure littéraire constitutive et omniprésente à la fois chez Arenas et chez Borges, image non seulement de la relation entre le personnage et son double (qui relève de l’hallucination ou de l’imagination, images, encore une fois, de la vision), mais aussi de la relation entre l’auteur et le texte, le lecteur et le texte, l’écriture et le temps. La double conclusion vise le dédoublement et redoublement comme figures de l’intensité dans l’écriture. Le lien entre la vision métaphorique et l’écriture comme intensité est donc articulé par la métaphore, telle qu’entendue par Borges, élargie à l’image poétique dans la perspective de Gaston Bachelard ; elle s’appuie sur la vision de la littérature pensée et écrite par Arenas. La réflexion est double : dans le texte et sur le texte, au plan poétique et au plan d’une réflexion sur l’écriture d’Arenas ; sur l’écriture et, implicitement, sur la littérature.

Developmental trajectories of marijuana use and psychological distress : exploring the co-occurrence of these phenomena in early adolescence

Le début de l’adolescence est une période de changements rapides où la détresse psychologique et l’expérimentation de la marijuana sont choses fréquentes. Certaines études longitudinales ont démontré que ces deux phénomènes ont tendance à se manifester conjointement tandis que d’autres n’ont pu observer de tel lien. Ces résultats divergents suggèrent que plusieurs questions persistent concernant la nature de cette relation. Cette thèse a pour objectif d’explorer la consommation de marijuana et la détresse psychologique en début d’adolescence afin de mieux saisir les changements à travers le temps, ainsi que d’examiner si ces deux problématiques évoluent conjointement et s’influencent réciproquement. Un échantillon de 448 adolescents garçons et filles fréquentant deux écoles secondaires de Montréal, ont été suivi de secondaire I à secondaire III. De 1999 à 2001, les participants ont complété un questionnaire à chaque année de l’étude incluant des mesures portant sur la consommation de marijuana et la détresse psychologique (IDPESQ-14). Un modèle de mixture semi-paramétrique (Nagin, 2005) a été utilisé afin d’identifier les trajectoires développementales de la consommation de marijuana et de détresse psychologique. Des analyses ont également été effectuées afin d’établir les liens d’appartenance entre chacune des trajectoires de consommation identifiées et la détresse psychologique lors de la première année de l`étude, ainsi qu’entre chacune des trajectoires de détresse psychologique et la consommation de marijuana en première année du secondaire. Finalement, des analyses de trajectoires jointes ont été effectuées afin de déterminer l’interrelation entre la consommation de marijuana et la détresse psychologique. Les résultats de notre étude suggèrent qu’il existe une grande hétérogénéité au niveau de la consommation de marijuana et la détresse psychologique. Trois trajectoires développementales ont été identifiées pour la consommation de marijuana: consommation légère, consommation grandissante et consommation élevée et stable. Trois trajectoires ont également été observées pour la détresse psychologique : basse, moyenne et élevée. Nos résultats démontrent la présence d’un lien entre la détresse psychologique rapportée lors de la première année de l’étude et les trajectoires de consommation problématiques. Ce lien a également été observé entre la consommation de marijuana rapportée lors de première année de l’étude et les trajectoires problématiques de détresse psychologique. Les analyses de trajectoires jointes démontrent la présence d’une concordance entre la consommation de marijuana et la détresse psychologique. Cette interrelation est toutefois complexe puisque les trajectoires de détresse psychologique élevée sont associées à un niveau de consommation de marijuana plus problématique mais l’inverse de cette association est moins probable. Notre étude met en lumière la nature asymétrique de la concordance entre la consommation de marijuana et la détresse psychologique.

Étude de l’appropriation de l’orthographe française langue seconde/étrangère d’élèves arabophones du secondaire en Égypte

La présente recherche vise à décrire le développement orthographique des élèves arabophones de 1re année du secondaire en Égypte au début de l’apprentissage du français langue étrangère. Les recherches égyptiennes qui concernent le français écrit se sont préoccupées des erreurs grammaticales commises par les élèves. À notre connaissance, il n’existe pas d’études relatives à l’appropriation de l’orthographe française menée auprès de ces élèves. Afin de combler ce vide, nous avons souhaité apporter un éclairage sur les compétences orthographiques des élèves en essayant d’éclairer la documentation de ces compétences en français écrit par la mise en relation avec celle de jeunes enfants arabophones qui apprennent le français L2 au préscolaire lors de leur séjour au Québec. Afin d’atteindre nos objectifs, nous avons soumis 30 élèves arabophones du secondaire à une épreuve d’orthographes approchées à quatre reprises. Celle-ci s’est déroulée dans le cadre d’un entretien semi-structuré individuel dans lequel les élèves ont été invités à produire des mots et une phrase. L’analyse descriptive et statistique de la production écrite des sujets a permis d’observer trois types de préoccupations écrites : visuographiques, phonologiques et orthographiques. D’autre part, leurs écrits ont témoigné d’un transfert langagier de l’arabe L1 et de l’anglais LE, qui était parfois positif, d’autres fois négatif. Les résultats ont, enfin, révélé que les élèves ont utilisé trois stratégies, lexicale, phonologique et analogique, lors de leurs productions. En outre, une étude de cas multiples exploratoire avec quatre enfants arabophones du préscolaire au Québec a été effectuée. Ces derniers ont été individuellement invités à produire des mots et une phrase en français et en arabe. De manière exploratoire, nous avons mis en relation l’appropriation de l’écrit des élèves du secondaire et celle des enfants du préscolaire en français et en arabe, ce qui nous a permis de vérifier l’effet de l’âge sur le développement orthographique et sur le transfert langagier chez les apprenants. Les résultats obtenus indiquent que la performance écrite des élèves du secondaire était significativement plus réussie que celle des enfants du préscolaire et que les premiers étaient les plus susceptibles de produire un transfert langagier. Ainsi, l’âge de l’apprenant peut avoir un impact sur l’appropriation de l’écrit ainsi que sur le transfert langagier en français langue seconde/étrangère. Finalement, au-delà de son apport scientifique et pratique, la présente recherche propose des pistes de recherches futures.

No Laughing Matter: Shakespearean Melancholy and the Transformation of Comedy

Mon projet de thèse démontre le rôle essentiel que tient la mélancolie dans les comédies de Shakespeare. J’analyse sa présence au travers de multiples pièces, des farces initiales, en passant par les comédies romantiques, jusqu’aux tragicomédies qui ponctuent les dernières années de sa carrière. Je dénote ainsi sa métamorphose au sein du genre comique, passant d’une représentation individuelle se rapportant à la théorie des humeurs, à un spectre émotionnel se greffant aux structures théâtrales dans lesquelles il évolue. Je suggère que cette progression s’apparent au cycle de joie et de tristesse qui forme la façon par laquelle Shakespeare dépeint l’émotion sur scène. Ma thèse délaisse donc les théories sur la mélancolie se rapportant aux humeurs et à la psychanalyse, afin de repositionner celle-ci dans un créneau shakespearien, comique, et historique, où le mot « mélancolie » évoque maintes définitions sur un plan social, scientifique, et surtout théâtrale. Suite à un bref aperçu de sa prévalence en Angleterre durant la Renaissance lors de mon introduction, les chapitres suivants démontrent la surabondance de mélancolie dans les comédies de Shakespeare. A priori, j’explore les façons par lesquelles elle est développée au travers de La Comedie des Erreurs et Peines d’Amour Perdues. Les efforts infructueux des deux pièces à se débarrasser de leur mélancolie par l’entremise de couplage hétérosexuels indique le malaise que celle-ci transmet au style comique de Shakespere et ce, dès ces premiers efforts de la sorte. Le troisième chapitre soutient que Beaucoup de Bruit pour Rien et Le Marchand de Venise offrent des exemples parangons du phénomène par lequel des personnages mélancoliques refusent de tempérer leurs comportements afin de se joindre aux célébrations qui clouent chaque pièce. La mélancolie que l’on retrouve ici génère une ambiguïté émotionnelle qui complique sa présence au sein du genre comique. Le chapitre suivant identifie Comme il vous plaira et La Nuit des Rois comme l’apogée du traitement comique de la mélancolie entrepris par Shakespeare. Je suggère que ces pièces démontrent l’instant où les caractérisations corporelles de la mélancolie ne sont plus de mise pour le style dramatique vers lequel Shakespeare se tourne progressivement. Le dernier chapitre analyse donc Périclès, prince de Tyr et Le Conte d’Hiver afin de démontrer que, dans la dernière phase de sa carrière théâtrale, Shakespeare a recours aux taxonomies comiques élucidées ultérieurement afin de créer une mélancolie spectrale qui s’attardent au-delà des pièces qu’elle hante. Cette caractérisation se rapporte aux principes de l’art impressionniste, puisqu’elle promeut l’abandon de la précision au niveau du texte pour favoriser les réponses émotionnelles que les pièces véhiculent. Finalement, ma conclusion démontre que Les Deux Nobles Cousins représente la culmination du développement de la mélancolie dans les comédies de Shakespeare, où l’incarnation spectrale du chapitre précèdent atteint son paroxysme. La nature collaborative de la pièce suggère également un certain rituel transitif entre la mélancolie dite Shakespearienne et celle développée par John Fletcher à l’intérieure de la même pièce.

Histoire(s) et historiographie du cinéma en France : 1896-1953

Thèse de doctorat effectuée en cotutelle au Département d’histoire de l’art et d’études cinématographiques de la Faculté des arts et des sciences de l'Université de Montréal et à la Section d’histoire et esthétique du cinéma de la Faculté des lettres de l'Université de Lausanne.

Composing idiomatically for specific performers : collaboration in the creation of electroacoustic music

Cette thèse examine l'impact de la collaboration avec des instrumentistes particuliers sur la composition de quatre œuvres électroacoustiques. Assumant un rôle plus important que celui de consultant ou conseiller, les interprètes ont influencé les décisions de l'auteur / compositeur dans le cadre de multiples ateliers et d'enregistrements de ceux-ci. Cette thèse examine ainsi comment les outils médiatiques de la musique électroacoustique affectent et enrichissent les relations personnelles : ces outils favorisent la transcription et la traduction, qui à la fois soulignent et transforment la spécificité du son. Le dialogue de la collaboration permet par la suite non seulement une réconciliation plus facile entre les éléments médiatisés et directs dans une oeuvre, mais aussi l'ouverture de son potentiel d'interprétation. En se servant d'une méthodologie qui fait appel à une pratique d'auto-réflexion et récursivité, cette thèse explore des sujets tels que : l'analyse du style personnel dans un cadre linguistique; l'importance du contact physique dans la collaboration et sa traduction incomplète sur support; et les défis de la préservation de la musique électroacoustique pour média ou interprète particulier. Des exemples de la création collaborative de quatre œuvres, racontés de manière personnelle, sont tressés parmi le récit plus théorique de cette thèse, imitant le va-et-vient de la recherche-création.

A Virtual Machine for a Type-omega Denotational Proof Language

In this thesis, I designed and implemented a virtual machine (VM) for a monomorphic variant of Athena, a type-omega denotational proof language (DPL). This machine attempts to maintain the minimum state required to evaluate Athena phrases. This thesis also includes the design and implementation of a compiler for monomorphic Athena that compiles to the VM. Finally, it includes details on my implementation of a read-eval-print loop that glues together the VM core and the compiler to provide a full, user-accessible interface to monomorphic Athena. The Athena VM provides the same basis for DPLs that the SECD machine does for pure, functional programming and the Warren Abstract Machine does for Prolog.