Análise do polimorfismo numérico de sequências repetitivas em múltiplos loci (MLVA) como instrumentos de avaliação da diversidade genética de Streptococcus pneumoniae do sorotipo 14

Streptococcus pneumoniae é um importante agente etiológico de infecções invasivas e não invasivas, incluindo meningite, pneumonia e otite média. A cápsula polissacarídica é o principal fator de virulência desse microrganismo, sendo também considerada um importante marcador em estudos epidemiológicos. Dentre os mais de 90 tipos capsulares conhecidos, o sorotipo 14 se destaca pela prevalência elevada em várias regiões, inclusive no Brasil. A avaliação da diversidade genética desse microrganismo também inclui a aplicação de métodos moleculares, como PFGE e MLST. Entretanto, essas metodologias são relativamente onerosas, consomem muito tempo e os resultados obtidos com a técnica de PFGE são de difícil comparação entre diferentes laboratórios. A técnica de análise do polimorfismo numérico de segmentos repetitivos em múltiplos loci [MLVA, do inglês Multiple Loci VTNR (Variable-Number Tandem Repeat) Analysis] se apresenta como uma alternativa, embora ainda necessite de padronização e avaliação mais ampla para a espécie em questão. No presente estudo, 60 amostras de Streptococcus pneumoniae pertencentes ao sorotipo 14, isoladas de diversas fontes clínicas, em diferentes locais e períodos de tempo, foram caracterizadas pelas técnicas de MLVA (baseada na análise de 18 loci distintos), MLST, PFGE e tipagem do gene pspA. O gene pspA2 predominou entre as amostras analisadas, seguido pelo gene pspA1. Os tipos de MLVA, perfis de PFGE, e STs encontrados apresentaram resultados, em geral, concordantes, indicando o elevado poder discriminatório da versão da técnica de MLVA empregada. Cinco complexos clonais (CC) de MLVA e cinco singletons puderam ser definidos. O CC de MLVA denominado de L7 foi o predominante, compreendendo 36,7% da amostragem estudada. O CC L7 mostrou-se relacionado com genes pspA da família 2, com o CC1 de MLST, com o CC Pen14-H de PFGE, e com a não susceptibilidade à penicilina, Entre os complexos clonais de MLST, o CC1 foi o prevalente e incluiu predominantemente o ST156, pertencente ao clone internacional Spain9V-3. O CC L3 e o singleton L17 de MLVA apresentaram-se associados ao CC de PFGE Eri14-A, a família 1 de PspA e ao CC2 de MLST, que por sua vez também estava relacionado com o clone internacional England14-9. O CC L15 de MLVA esteve associado ao CC de PFGE Pen14-A, ao gene pspA2, aos CC3 e CC4 de MLST e ao clone internacional do PMEN Tennessee14-18. A técnica de MLVA revelou-se significativamente mais discriminatória que as técnicas de PFGE e MLST, conforme exemplificado pela detecção de 21 perfis de MLVA, 13 perfis de PFGE e cinco STs, entre as 22 amostras pertencentes ao CC de MLVA L7. Uma versão de MLVA, compreendendo um painel com os oito loci de maior poder discriminatório, pôde ser proposta a partir da análise dos resultados obtidos. Estes aspectos, aliados ao menor tempo e custo de execução, indicam que a técnica de MLVA constitui uma alternativa importante e satisfatória para uso em estudos sobre a diversidade genética de S. pneumoniae.

Population structure of pink salmon (Oncorhynchus gorbuscha) in British Columbia and Washington, determined with microsatellites

Population structure of pink salmon (Oncorhynchus gorbuscha) from British Columbia and Washington was examined with a survey of microsatellite variation to describe the distribution of genetic variation. Variation at 16 microsatellite loci was surveyed for approximately 46,500 pink salmon sampled from 146 locations in the odd-year broodline and from 116 locations in the even-year broodline. An index of genetic differentiation, FST, over all populations and loci in the odd-year broodline was 0.005, with individual locus values ranging from 0.002 to 0.025. Population differentiation was less in the even-year broodline, with a FST value of 0.002 over all loci, and with individual locus values ranging from 0.001 to 0.005. Greater genetic diversity was observed in the odd-year broodline. Differentiation in pink salmon allele frequencies between broodlines was approximately 5.5 times greater than regional differentiation within broodlines. A regional structuring of populations was the general pattern observed, and a greater regional structure in the odd-year broodline than in the even-year broodline. The geographic distribution of microsatellite variation in populations of pink salmon likely ref lects a distribution of broodlines from separate refuges after the last glaciation period.

Surface mucous as a source of genomic DNA from Atlantic billfishes (Istiophoridae) and swordfish (Xiphiidae)

Procedures for sampling genomic DNA from live billfishes involve manual restraint and tissue excision that can be difficult to carry out and may produce stresses that affect fish survival. We examined the collection of surface mucous as a less invasive alternative method for sourcing genomic DNA by comparing it to autologous muscle tissue samples from Atlantic blue marlin (Makaira nigricans), white marlin (Tetrapturus albidus), sailfish (Istiophorus platypterus), and swordfish (Xiphias gladius). Purified DNA from mucous was comparable to muscle and was suitable for conventional polymerase chain reaction, random amplified polymorphic DNA analysis, and mitochondrial and nuclear locus sequencing. The nondestructive and less invasive characteristics of surface mucous collection may promote increased survival of released specimens and may be advantageous for other marine fish genetic studies, particularly those involving large live specimens destined for release.

Population structure of chum salmon (Oncorhynchus keta) across the Pacific Rim, determined from microsatellite analysis

The Pacific Rim population structure of chum salmon (Oncorhynchus keta) was examined with a survey of microsatellite variation to describe the distribution of genetic variation and to evaluate whether chum salmon may have originated from two or more glacial refuges following dispersal to newly available habitat after glacial retreat. Variation at 14 microsatellite loci was surveyed for over 53,000 chum salmon sampled from over 380 localities ranging from Korea through Washington State. An index of genetic differentiation, FST, over all populations and loci was 0.033, with individual locus values ranging from 0.009 to 0.104. The most genetically diverse chum salmon were observed from Asia, particularly Japan, whereas chum salmon from the Skeena River and Queen Charlotte Islands in northern British Columbia and those from Washington State displayed the fewest number of alleles compared with chum salmon in other regions. Differentiation in chum salmon allele frequencies among regions and populations within regions was approximately 18 times greater than that of annual variation within populations. A regional structuring of populations was the general pattern observed, with chum salmon spawning in different tributaries within a major river drainage or spawning in smaller rivers in a geographic area generally more similar to each other than to populations in different major river drainages or geographic areas. Population structure of chum salmon on a Pacific Rim basis supports the concept of a minimum of two refuges, northern and southern, during the last glaciation, but four possible refuges fit better the observed distribution of genetic variation. The distribution of microsatellite variation of chum salmon on a Pacific Rim basis likely reflects the origins of salmon radiating from refuges after the last glaciation period.

Determination of population structure and stock composition of chum salmon (Oncorhynchus keta) in Russia determined with microsatellites

Variation at 14 microsatellite loci was examined in 34 chum salmon (Oncorhynchus keta) populations from Russia and evaluated for its use in the determination of population structure and stock composition in simulated mixed-stock fishery samples. The genetic differentiation index (Fst) over all populations and loci was 0.017, and individual locus values ranged from 0.003 to 0.054. Regional population structure was observed, and populations from Primorye, Sakhalin Island, and northeast Russia were the most distinct. Microsatellite variation provided evidence of a more fine-scale population structure than those that had previously been demonstrated with other genetic-based markers. Analysis of simulated mixed-stock samples indicated that accurate and precise regional estimates of stock composition were produced when the microsatellites were used to estimate stock compositions. Microsatellites can be used to determine stock composition in geographically separate Russian coastal chum salmon fisheries and provide a greater resolution of stock composition and population structure than that previously provided with other techniques.

Análise clínica e molecular em indivíduos com deficiência mental idiopática no Maranhão: diagnóstico diferencial da síndrome do X frágil

O retardo mental (RM) representa um problema de saúde pública mundial ainda negligenciado no Brasil e, em especial nas regiões mais pobres como o Nordeste. A síndrome do X frágil (SXF) é uma das formas mais estudadas de RM hereditário em seres humanos. Esta doença monogênica, de herança ligada ao X dominante, é decorrente de uma mutação no exon 1 do gene FMR1, localizado na região Xq27.3. A mutação no FMR1 se caracteriza pelo aumento de repetições de trinucleotídios CGG em tandem na região 5 UTR desse gene, sendo a expansão dessas trincas o principal evento mutacional responsável pela SXF. De maneira geral, os fenótipos cognitivos de indivíduos do sexo masculino com a síndrome incluem deficiência intelectual de moderada à grave. No presente trabalho, realizamos um estudo transversal da SXF em indivíduos portadores de retardo mental de causa desconhecida, engajados em Programas de Educação Especial e em instituições psiquiátricas de São Luís-MA, rastreando amplificações de sequências trinucleotídicas no gene FMR1. A amostra foi composta por 238 indivíduos do sexo masculino, não aparentados, na faixa etária de 4 a 60 anos (média = 21 9 anos). O DNA dos participantes foi obtido a partir de 5 mL de sangue coletados em tubos com anti-coagulante EDTA e a análise molecular da região gênica de interesse foi realizada através da reação em cadeia da polimerase, utilizando-se três primers. Dentre os indivíduos triados quanto à presença de mutações no gene FMR1, apenas um apresentou um resultado inconclusivo e 2 (0,84%) foram positivos para a SXF, sendo que um deles (3503) apresentou mais de 200 repetições CGG no locus FRAXA e o outro indivíduo (3660) apresentou uma deleção de ~197 pb envolvendo parte das repetições CGG e uma região proximal às repetições CGG. Ambos possuíam história familiar de RM ligado ao X. No indivíduo 3503 observamos as seguintes características clínicas: temperamento dócil, orelhas grandes, mandíbula proeminente e flacidez ligamentar. O indivíduo 3660 apresentava hiperatividade, contato pobre com os olhos, orelhas grandes, mandíbula proeminente, pectus excavatum, macroorquidismo e pouca comunicação. O esclarecimento sobre a doença oferecido às famílias de ambos contribuiu sobremaneira para o entendimento da condição, do prognóstico e dos riscos de recorrência. A prevalência da SXF em nossa amostra, 0,84%, embora relativamente baixa, encontra-se na faixa de incidência de casos diagnosticados em outras populações que, em sua maioria, relatam incidências variando de 0 a 3%. Em parte, atribuímos o percentual encontrado aos critérios de inclusão utilizados em nosso estudo. Concluímos que o protocolo de triagem molecular utilizado em nosso estudo se mostrou eficiente e adequado para a realidade do Maranhão, podendo constituir uma ferramenta auxiliar a ser aplicada na avaliação de rotina dos portadores de RM, com grandes benefícios para o Estado.

Atores e agendas da política externa brasileira para a África e a instrumentalização da cooperação em segurança alimentar (2003-2010)

Durante os dois mandatos presidenciais de Luiz Inácio Lula da Silva (2003-2010), percebeu-se, em virtude de pressões intra e extraburocráticas e de causalidades sistêmicas, maior acentuação do esboroamento da histórica condição insular do Ministério das Relações Exteriores (MRE). A participação de novos entes que não o Itamaraty na configuração da política externa, notadamente em seu vetor de execução, enseja novas agendas cooperativas e processos decisórios. Atores da burocracia federal, como os ministérios, vocalizam preferências que influenciam o jogo interburocrático e têm o condão de estabelecer possíveis pontes com a instituição diplomática, unidade de decisão por excelência. Na perspectiva intraburocrática, a ascensão de corrente de ação e de pensamento dos autonomistas, frente aos institucionalistas pragmáticos, permite escolhas de inserção internacional como o reforço da perspectiva sul-sul, na qual se inserem as parcerias com a África, o que indica a inexistência de monolitismo de opiniões no interior do MRE. Essa dinâmica faz-se presente e é necessária para o entendimento da Cooperação Brasileira para o Desenvolvimento Internacional (CBDI), tipo de Cooperação Sul-Sul (CSS) do Brasil que tem na Cooperação Técnica, Científica e Tecnológica (CTC&T) em segurança alimentar uma de suas modalidades mais atuantes e complexas. Convencionada como instrumento de política externa durante a ascendência dos autonomistas, corrente influenciada por quadros do Partido dos Trabalhadores, a cooperação em segurança alimentar teve o continente africano como locus primordial de manifestação. Embasado na internacionalização de políticas públicas domésticas, o compartilhamento de conhecimentos nas agendas de combate à fome, de combate à pobreza e de desenvolvimento agrário é fenômeno tributário da abertura da caixa preta estatal, o que ratifica o argumento de que há correlação entre níveis de análise. As diversas iniciativas cooperativas para com parceiros da outra margem do Atlântico Sul, eivadas de componente retórico de promoção de ordem internacional menos assimétrica, donde também subjace a busca consecução de interesses diretos e indiretos dos formuladores diplomáticos, guardam relação com as diretrizes mais gerais da política externa articulada no período estudado nesta dissertação.

Microsatellite multiplex panels for genetic studies of gray snapper (Lutjanus griseus) and lane snapper (Lutjanus synagris)

Microsatellites are codominantly inherited nuclear-DNA markers (Wright and Bentzen, 1994) that are now commonly used to assess both stock structure and the effective population size of exploited fishes (Turner et al., 2002; Chistiakov et al., 2006; Saillant and Gold, 2006). Multiplexing is the combination of polymerase chain reaction (PCR) amplification products from multiple loci into a single lane of an electrophoretic gel (Olsen et al., 1996; Neff et al., 2000) and is accomplished either by coamplification of multiple loci in a single reaction (Chamberlain et al., 1988) or by combination of products from multiple single-locus PCR amplifications (Olsen et al., 1996). The advantage of multiplexing micro-satellites lies in the significant reduction in both personnel time (labor) and consumable supplies generally required for large genotyping projects (Neff et al., 2000; Renshaw et al., 2006).

Meninos e lobos: trajetórias de saída do tráfico na cidade do Rio de Janeiro

O tema desta tese é compreender trajetórias de indivíduos que atuaram no tráfico de drogas e de armas na região metropolitana do Rio de Janeiro. Discuto as motivações que ensejaram a entrada destes indivíduos na atividade criminosa e os efeitos que a passagem pelo sistema prisional causou na constituição de suas identidades pessoais. O objetivo principal é examinar as condições que propiciaram o abandono do tráfico e detectar as mediações que serviram de suporte na tentativa de reinserção no mundo formal e lega. Procurei analisar as atividades do tráfico de drogas a partir das diversas interações entre seus participantes, reconstituídas por entrevistas com indivíduos que exerceram tal atividade. As formas sociais de conexão entre o lícito e o ilícito é examinada neste trabalho a partir das motivações individuais face à forças estruturais que induzem a produção de um jogo de identidades que não toma o indivíduo como um "locus " empírico dotado de encerramento da análise sociológica.

Gen LPP : Avances en el conocimiento de uno de los genes candidato de la enfermedad celíaca

[ES] La enfermedad celíaca (EC) es una enteropatía autoinmune de predisposición genética, producida por la ingestión en la dieta de péptidos derivados de cereales como el trigo o la cebada. Aunque se creía que afectaba casi de forma exclusiva a los individuos europeos (1%), actualmente se conocen casos en todo el mundo. El modelo patogénico se centra en los mecanismos de la inmunidad adaptativa dependientes de la estimulación de linfocitos T CD4+ reactivos, pero existe además un efecto tóxico directo del gluten sobre el epitelio intestinal, dependiente de la inmunidad innata. La participación de la Genética en la susceptibilidad a la enfermedad es conocida desde hace tiempo, siendo el locus HLA el que explica aproximadamente el 40% del componente genético de la enfermedad. Para tratar de identificar otros genes con susceptibilidad, se han venido realizando múltiples esfuerzos durante los últimos años. Uno de los últimos, llevado a cabo en 2011, fue el Proyecto Immunochip. En él, se analizaron más de 200.000 variantes y se descubrieron 13 nuevos loci de riesgo para la EC, que junto con los descubiertos en anteriores trabajos y el locus HLA, daban un total de 40 loci de riesgo. Entre ellos, se encontraba la región que ocupa el gen LPP . Localizado en el cromosoma 3, un estudio reciente lo vincula con los procesos de adhesión celular en el intestino. En el presente trabajo, se ha estudiado el efecto de la gliadina sobre la expresión del gen de interés (LPP ) y el posible efecto de un silenciamiento del mismo sobre dos genes relacionados con las uniones celulares (ACTB y TJP1). En el caso de la gliadina, no se halló un cambio significativo en la expresión del gen. Mientras, los resultados del efecto del silenciamiento fueron dispares, no siendo concluyentes para el gen ACTB, pero encontrando una posible asociación entre los genes LPP y TJP1.

O empreendedorismo urbano na cidade do Rio de Janeiro: o Porto Maravilha e a consolidação de gestão estratégica

Ao longo das últimas décadas as cidades emergiram e se consolidaram no cenário mundial como protagonistas de nosso tempo num processo que envolve a reestruturação produtiva do capitalismo e o paradigma da globalização. As cidades passaram a ser cada vez mais o lócus da modernização do capital, o espaço necessário de sua produção e reprodução. Para legitimar este papel das cidades como novos atores políticos, o empreendedorismo urbano foi elencado enquanto um novo modelo de gestão que tem se difundido por diversas cidades sob o argumento de que apenas uma gestão urbana baseada na eficiência, na flexibilidade e nas parcerias público-privadas seriam capazes de superar a crise urbana e recolocar de forma competitiva as cidades no circuito dos fluxos globais. Entre as cidades que adotaram esta forma de governança urbana está o Rio de Janeiro, que desde os anos 90 através da confecção de um planejamento estratégico, tem buscado sua inserção no processo de modernização capitalista. Para isso tem se utilizado da imagem de cidade olímpica, amistosa e receptiva para os negócios e para o turismo, mas acima de tudo, tem renovado seu espaço urbano por meio de diversos projetos e intervenções pontuais, como o projeto Porto Maravilha, por exemplo. Tendo em vista esta realidade, este trabalho objetiva compreender o empreendedorismo urbano na cidade do Rio de Janeiro enquanto uma estratégia de ação que busca legitimar a parceria do setor público com o setor privado e concretizar um conjunto de políticas voltado para a renovação e valorização urbana pontual e fragmentada. Em vista dos diferentes projetos urbanos que estão sendo desenvolvidos atualmente na cidade, especialmente devido à realização da Copa do Mundo em 2014 e dos Jogos Olímpicos em 2016, o projeto Porto Maravilha foi escolhido como exemplo concreto dessa nova governança urbana por estar baseado nos pressupostos do empresariamento urbano. Para alcançar o objetivo da dissertação, estão sendo utilizadas fontes primárias e secundárias, autores basilares para os conceitos aqui utilizados, publicações recentes sobre a temática e idas à campo na Zona Portuária para acompanhamento do andamento do projeto. Os resultados da análise contida nesta dissertação caminham para a confirmação de que o modelo de empreendedorismo urbano foi adotado pela coalização gestora da cidade para legitimar a reestruturação capitalista do espaço através de um projeto de cidade centrado na parceria público-privada e em políticas públicas que favorecem determinados setores econômicos promovendo uma urbanização fragmentada e seletiva, corroborado pelo exemplo do Porto Maravilha.

A escola como espaço formador de professores: um estudo sobre interações e possibilidades do exercício da docência

A experiência de uma escola localizada na periferia da Baixada Fluminense em que os desafios do cotidiano mobilizam os docentes para a construção coletiva do PPP (Projeto Político Pedagógico), suscitou a realização desse trabalho. A presente pesquisa investigou as possíveis relações que se estabelecem entre a formação continuada construída na escola e a mobilização dos saberes dos docentes, como caminho para elaboração de um PPP emancipador. Tem-se como referencial teórico: 1- As contribuições de Nóvoa sobre a escola como lócus privilegiado de formação docente, construtor de novos entendimentos acerca dos processos educativos e da profissionalização docente, 2- As análises de Contreras sobre a autonomia docente e a necessidade da reflexão dos docentes sobre o sentido político que orienta as suas ações 3- O reconhecimento da elaboração de saberes pelos docentes na constituição de seu trabalho e a necessidade de uma nova epistemologia da profissão com foco na interação humana em acordo a Tardif. Buscou-se desvelar a concepção de formação continuada presente, apreender os significados deste processo pelos professores desta escola e suas repercussões no trabalho docente. Tratou-se de um estudo de caso de cunho etnográfico aplicado à Educação, de abordagem metodológica qualitativa, estruturado em pesquisa bibliográfica, observações das reuniões de formação continuada, análise documental, relatos orais e entrevistas semi-estruturadas individuais. Indagou-se aos professores sobre as características da proposta de formação continuada da escola, sua organização, gestão e os efeitos sobre o trabalho cotidiano. As análises permitiram constatar alguns elementos que definem as características dessa escola: busca pela gestão democrática, trabalho interativo docente e as repercussões desses processos na constituição do PPP, pautados no compromisso com os alunos e a comunidade. Dessa forma, destaca-se a importância de se considerar a escola como lócus significativo de formação continuada, pois é a instância onde os professores constroem, reconstroem, mobilizam, manifestam e interagem vários saberes que permitirão a especificidade, a significação e a atribuição dos sentidos de sua ação docente, passando a constituir sua profissionalidade

Mitochondrial gene sequences useful for species identification of western North Atlantic Ocean sharks

Molecular-based approaches for shark species identification have been driven largely by issues specific to the fishery. In an effort to establish a more comprehensive identification data set, we investigated DNA sequence variation of a 1.4-kb region from the mitochondrial genome covering partial sequences from the 12S rDNA, 16S rDNA, and the complete valine tRNA from 35 shark species from the Atlantic fishery. Generally, within-species variability was low in relation to interspecific divergence because species haloptypes formed monophyletic groups. Phylogenetic analyses resolved ordinal relationships among Carcharhiniformes and Lamniformes, and revealed support for the families Sphyrnidae and Triakidae (within Carcharhiniformes) and Lamnidae and Alopidae (within Lamniformes). The combination of limited intraspecific variability and sufficient between-species divergence indicates that this locus is suitable for species identification.