Lattice-based Encryption Over Standard Lattices in Hardware

Lattice-based cryptography has gained credence recently as a replacement for current public-key cryptosystems, due to its quantum-resilience, versatility, and relatively low key sizes. To date, encryption based on the learning with errors (LWE) problem has only been investigated from an ideal lattice standpoint, due to its computation and size efficiencies. However, a thorough investigation of standard lattices in practice has yet to be considered. Standard lattices may be preferred to ideal lattices due to their stronger security assumptions and less restrictive parameter selection process. In this paper, an area-optimised hardware architecture of a standard lattice-based cryptographic scheme is proposed. The design is implemented on a FPGA and it is found that both encryption and decryption fit comfortably on a Spartan-6 FPGA. This is the first hardware architecture for standard lattice-based cryptography reported in the literature to date, and thus is a benchmark for future implementations.
Additionally, a revised discrete Gaussian sampler is proposed which is the fastest of its type to date, and also is the first to investigate the cost savings of implementing with lamda_2-bits of precision. Performance results are promising in comparison to the hardware designs of the equivalent ring-LWE scheme, which in addition to providing a stronger security proof; generate 1272 encryptions per second and 4395 decryptions per second.

A Scalable Runtime for the ECOSCALE Heterogeneous Exascale Hardware Platform

Exascale computation is the next target of high performance computing. In the push to create exascale computing platforms, simply increasing the number of hardware devices is not an acceptable option given the limitations of power consumption, heat dissipation, and programming models which are designed for current hardware platforms. Instead, new hardware technologies, coupled with improved programming abstractions and more autonomous runtime systems, are required to achieve this goal. This position paper presents the design of a new runtime for a new heterogeneous hardware platform being developed to explore energy efficient, high performance computing. By combining a number of different technologies, this framework will both simplify the programming of current and future HPC applications, as well as automating the scheduling of data and computation across this new hardware platform. In particular, this work explores the use of FPGAs to achieve both the power and performance goals of exascale, as well as utilising the runtime to automatically effect dynamic configuration and reconfiguration of these platforms. 

PageRank in Malware Categorization

In this paper, we propose a malware categorization method that models malware behavior in terms of instructions using PageRank. PageRank computes ranks of web pages based on structural information and can also compute ranks of instructions that represent the structural information of the instructions in malware analysis methods. Our malware categorization method uses the computed ranks as features in machine learning algorithms. In the evaluation, we compare the effectiveness of different PageRank algorithms and also investigate bagging and boosting algorithms to improve the categorization accuracy.

Protein phosphatases acting on the replication checkpoint

A génese de um cancro está dependente da acumulação de mutações genéticas que dão origem a instabilidade genómica, que por sua vez resulta na proliferação descontrolada. Para prevenir a acumulação destas mutações, as células têm mecanismos de controlo (checkpoints) que suspendem o ciclo celular e accionam as vias de reparação do ADN. Estes eventos são muitas vezes regulados por dinâmicas de (des)fosforilação de proteínas. As proteínas fosfatases (PPs), enzimas responsáveis pela remoção do grupo fosfato de resíduos fosforilados, desempenham funções cruciais na regulação de muitos mecanismos celulares. Enquanto que no início do projecto as cinases envolvidas no checkpoint da replicação estavam bem estabelecidas, as PPs envolvidas não eram conhecidas. A Chk1, um componente da maquinaria do checkpoint da replicação, é exemplo dessa regulação por (des)fosforilação, como sejam nos resíduos Ser317 e Ser345. Assim, como primeira abordagem para determinar quais os grupos de PPs envolvidos na regulação do checkpoint da replicação, decidimos investigar o seu papel na regulação da fosforilação da Chk1. A primeira conclusão é que a desfosforilação da Chk1 ao longo do tempo, tanto in vivo como in vitro, ocorre com uma dinâmica bi-fásica. Em segundo, a abordagem in vitro sugere que as famílias PP1, PP2A e PP2C estão envolvidas na desfosforilação da Chk1. Uma vez que a família PP2A foi a que mostrou a maior acção nesta reacção, decidimos investigar outros membros da família in vivo, primeiro com uma abordagem geral (tratando com OA ou sobreexpressando a PME-1), e depois com o knockdown específico da PP4 e PP6 (através de siRNA). Os resultados mostram que a inibição das PPs afectam tanto a desfosforilação como o estado de activação da Chk1 em resposta a tratamento com Hidroxiureia (HU). Todas as PPs testadas in vivo pareceram ser capazes de regular, a níveis diferentes, tanto a fosforilação como a desfosforilação da Chk1. A função das PPs foi também investigada ao nível: da regulação do disparo das origens de replicação, e da recuperação da suspensão da replicação, induzida pela HU. No último caso, os dados indicam que na situação simultânea de knockdown da PP4 com tratamento de HU, há um atraso do ciclo celular na resolução da transição de G2/M. No ensaio de replicação por pulse-chase, os resultamos mostram que tanto o tratamento com OA, como a sobre-expressão de I-2 ou PME-1, atrasam a cronologia do disparo programado das origens de replicação. No entanto, nenhum dos tratamentos efectuados parece desregular o início do checkpoint da replicação. Um rastreio de 2-híbrido de levedura com uma biblioteca de cDNA de testículo humano foi realizado, usando a Chk1 como isco, no sentido de descobrir novos interactores e definir novas possíveis funções para a Chk1 no contexto da meiose. Com base nos resultados do rastreio, duas novas funções são sugeridas: a interacção com a GAGE12 sugere uma função na recombinação genómica/vigilância do genoma durante a meiose, e as interacções com a EEF1α1 e a RPS5 sugerem uma função na regulação da síntese proteíca. Estas experiências fornecem um visão geral para a compreensão da diversidade de funções das proteínas fosfatases envolvidas no checkpoint da replicação, bem como, abre novos caminhos para o desenvolvimento de novas drogas para o tratamento do cancro.

Genotoxicity and cytotoxicity of Cr(VI) and Pb²+ in Pisum sativum

A toxicidade dos metais é uma problemática que envolve a saúde humana e o ambiente, sendo necessária uma vigilância constante e uma avaliação dos danos precisa e robusta. As plantas, como principal fonte alimentar e de produtos, são de vital importância à sociedade humana. Devido a serem seres sesseis, este grupo é um dos mais afectados por poluentes, tornandoos objectos de estudo extremamente interessantes. O objectivo desta tese foi avaliar os efeitos genotóxicos e citotóxicos do Cr(VI) e Pb2+ na espécie modelo Pisum sativum L. No capitulo I é introduzida a problemática da toxicidade de ambos os metais, com especial relevo nas plantas, bem como as abordagens mais actuais no estudo da geno e citotoxicidade. No capitulo II são apresentados os resultados dos estudos da genotoxicidade do Pb2+ (II-1) e Cr(VI) (II-2 e II-3), tendo sido realizados analises de dano ao DNA a vários níveis e alterações do ciclo celular (II-1 e II-2), bem como a detecção de instabilidade de microssatelites (II-1 e II-3), que é um indicador do estado funcional do mecanismo de reparação do DNA. O capítulo III aborda o efeito de stresses abióticos na capacidade fotossintética da espécie modelo. No capítulo III-1, realizou-se um estudo pioneiro de avaliação da aplicabilidade da citometria de fluxo no estudo da fotossíntese, mais concretamente no estado funcional e estrutural dos cloroplastos, quando expostos a um inibidor da fotossíntese (Paraquat). Os dados obtidos neste estudo encorajaram a aplicação da técnica nos capítulos III-2 e III-3, nos quais se analisaram os efeitos dos metais Pb2+ (III- 2) e Cr(VI) (III-3) na capacidade fotossintética de plantas expostas a este metal; em estudos que envolveram vários marcadores clássicos, para alem dos da citometria de fluxo. Finalmente, no capítulo IV são apresentadas as conclusões finais do trabalho, uma comparativa entre os efeitos e níveis de toxicidade dos dois metais em estudo e são apontadas algumas perspectivas para futuros estudos, levantadas pelos dados obtidos.

Ligações inward e outward: análise das empresas industriais de Aveiro

O presente trabalho foca-se na ligação das actividades inward e outward das pequenas e médias empresas do sector industrial do distrito de Aveiro. O trabalho explora as ligações inward-outward e os seus benefícios. Analisa mais em profundidade a perspectiva do importador e a sua relação com o fornecedor, visto ser uma área pouco analisada na literatura. As actividades inward como a compra de máquinas, a procura de matérias-primas criam oportunidades para construir relações mais próximas com os fornecedores estrangeiros. Para analisar esta situação, foi realizado um questionário às empresas do distrito de Aveiro.

The role of environmental stress on protein synthesis fidelity

Estudos recentes estabelecem uma ligação entre erros na tradução do mRNA e cancro, envelhecimento e neurodegeneração. RNAs de transferência mutantes que introduzem aminoácidos em locais errados nas proteínas aumentam a produção de espécies reactivas de oxigénio e a expressão de genes que regulam autofagia, ribofagia, degradação de proteínas não-funcionais e protecção contra o stress oxidativo. Erros na tradução do mRNA estão portanto relacionados com stress proteotóxico. Sabe-se agora que o mecanismo de toxicidade do crómio está associado à diminuição da fidelidade de tradução e à agregação de proteínas com malformações que destabilizam a sua estrutura terciária. Desta forma, é possível que os efeitos do stress ambiental ao nível da degeneração celular possam estar relacionados com a alteração da integridade da maquinaria da tradução. Neste estudo procedeu-se a uma avaliação alargada do impacto do stress ambiental na fidelidade da síntese de proteínas, utilizando S. cerevisiae como um sistema modelo. Para isso recorreu-se a repórteres policistrónicos de luciferase que permitiram quantificar especificamente a supressão de codões de terminação e o erro na leitura do codão AUG em células exposta a concentações não letais de metais pesados, etanol, cafeína e H2O2. Os resultados sugerem que a maquinaria de tradução é na generalidade muito resistente ao stress ambiental, devido a uma conjugação de mecanismos de homeostase que muito eficientemente antagonizam o impacto negativo dos erros de tradução. A nossa abordagem quantitativa permitiu-nos a identificar genes regulados por uma resposta programada ao stress ambiental que são também essenciais para mitigar a ocorrência de erros de tradução, nomeadamente, HSP12, HSP104 e RPN4. A exposição prolongada ao stress ambiental conduz à saturação dos mecanismos de homeostase, contribuindo para a acumulação de proteínas contendo erros de tradução e diminuindo a disponibilidade de proteínas funcionais directamente envolvidas na manutenção da fidelidade de tradução e integridade celular. Ao contrário de outras Hsps, a Hsp12p adopta normalmente uma localização membranar em condições de stress, que pode modular a fluidez e estabilidade membranar, sugerindo que a membrana plasmática é um alvo preferencial da perda de fidelidade da tradução. Para melhor compreender as respostas celulares aos erros de tradução, células contendo deleções em genes codificadores das Hsps foram transformadas com tRNAs mutantes que introduzem alterações no proteoma. Os nossos resultados demonstram que para além da resposta geral ao stress, estes tRNAs induzem alterações a nível do metabolismo celular e um aumento de aminoacilação com Metionina em vários tRNAs, sugerindo um mecanismo de protecção contra espécies reactivas de oxigénio. Em conclusão, este estudo sugere um papel para os erros de tradução na gestão de recursos energéticos e na adaptação das células a ambientes desfavoráveis.

Novos dilemas, velhas soluções? - patronagem e governos partidários

A patronagem tem sido considerada uma importante dimensão do modelo de governos partidários. Contudo, a concepção convencional da utilização da patronagem remete para a distribuição de cargos na administração pública a ocorrer para efeitos de recompensa por serviços prestados ao partido no governo, ou como mecanismo de compensação relativamente à incapacidade do partido no governo de converter as preferências em políticas públicas. Esta perspectiva não é inteiramente satisfatória. A crescente complexificação e fragmentação dos processos de governação, juntamente com o poder das estruturas administrativas no processo de políticas públicas parece impelir os governos partidários a procurarem novas formas de controlar a máquina administrativa do Estado. Através do controlo político da administração, os partidos no governo procuram obter uma máquina administrativa responsiva e accountable, o que pode ter consequências para a prossecução dos objectivos de controlo de políticas públicas dos partidos no governo. Deste modo, a patronagem – definida como a distribuição de cargos na cúpula dirigente da administração pública e semi-pública – pode converter-se num recurso chave para os partidos ao nível do controlo do processo de políticas públicas, permitindo-lhes assegurar um papel na governação democrática moderna. Este estudo permite confirmar, em primeiro lugar, a incapacidade de, durante o período democrático, institucionalizar mecanismos legais que possam promover a profissionalização da administração pública. Tal decorre da acentuada tendência para a revisão do enquadramento legal, que acompanha a alternância partidária no governo, sem contudo, permitir configurar um quadro legal capaz de restringir a discricionariedade política formal sobre a máquina administrativa do Estado. Em segundo lugar Portugal surge, no contexto dos 19 países europeus analisados, entre os países com maior amplitude na discricionariedade política formal. Tal como os seus congéneres do Sul da Europa, Portugal tem sido considerado como um país onde a patronagem pode penetrar os níveis hierárquicos mais baixos, motivada por questões de recompensa partidária. Esta narrativa negligencia, contudo, as consideráveis diferenças que existem entre níveis hierárquico, ignorando as diferentes motivações para a patronagem. Além disso, a perspectiva de políticos, dirigentes e outros observadores, sugere que a utilização efectiva dos mecanismos de controlo ex ante é limitada em Portugal, quando comparado com outras democracias europeias, apontando para o limitado poder explicativo da legislação em relação ao recurso à patronagem. Esta investigação pretende, assim, reanalisar a narrativa relativa à influência partidária e ao papel da patronagem para os governos partidários em Portugal. Desta forma, o estudo da importância da patronagem para os governos partidários foi baseado na análise dos padrões de patronagem em Portugal, através da análise empírica de 10482 nomeações para a cúpula da estrutura dirigente. Esta análise quantitativa foi complementada por entrevistas a 51 dirigentes, ministros e observadores privilegiados, que especificam a operacionalização da patronagem e as estratégias utilizadas pelos partidos políticos. A análise destas duas fontes permitiu confirmar, em primeiro lugar, a existência de influências partidárias nas nomeações para a cúpula dirigente. Em segundo lugar, este estudo permite confirmar a coexistência das duas motivações da patronagem. Com efeito, a lógica das nomeações enquanto recompensa pode subsistir, ao mesmo tempo que tende a emergir um valor instrumental das nomeações, com estas a serem utilizadas (também) para reforçar o controlo político e reduzir os riscos associados ao processo de delegação. Contudo, as diferentes motivações da patronagem podem variar consoante o nível hierárquico e a fase do ciclo governativo. Enquanto instrumento de poder, a patronagem pode ser identificada nos níveis hierárquicos mais elevados. Pelo contrário, as motivações de recompensa emergem nas posições hierárquicas mais baixas, menos sujeitas ao controlo dos partidos da oposição e dos eleitores. A patronagem de poder tende, ainda, a ser mais saliente nas etapas iniciais dos mandatos governativos, com as motivações de recompensa a poderem ser identificadas no final dos mandatos. Em terceiro lugar, os resultados sugerem que a utilização da patronagem depende da competição partidária, com a acção fiscalizadora dos partidos da oposição a poder limitar as nomeações para cargos na cúpula da estrutura administrativa sem, contudo, poder impedir as nomeações para os níveis hierárquicos menos visíveis (estruturas intermédias, serviços periféricos e gabinetes ministeriais). Em quarto lugar, a politização estrutural emerge como uma estratégia que permite aos governos partidários contornarem a indiferença da administração pública face a novas prioridades políticas, ao mesmo tempo que parece emergir como um instrumento que permite legitimar as opções políticas dos governos partidários ou adiar decisões nas áreas sectoriais menos importantes para os governos partidários. De uma forma geral, os governos partidários parecem recorrer a velhos instrumentos como a patronagem, com uma solução para os novos dilemas que se colocam ao controlo partidário do processo de políticas públicas.

Cinematic motion by hand

The general goal of my research is to find out what is questioned whenever an animated film is made by an author who chooses to have maximum control over the device automatisms. I am trying to understand in what ways that specific kind of film relates with Cinema and the History of Art as a whole and, more specifically, how its filmic discourse is built within cinematic codes, workings and machinery. This paper, in particular, aims to establish that each time an author makes a film by suspending both automatic ‘motion’ and image recording functions—that which is often known as “cameraless” film—a process is initiated that simultaneously questions not only Cinema, within both expression and technology, but also the ontological position this same technology occupies in current media.

Role of plasmodium translationally repressed gene products in malaria transmission

Tese de doutoramento, Ciências Biomédicas (Microbiologia e Parasitologia), Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2015

Departmental Select Committees

The idea of departmental select committees in the House of Commons was floated as long ago as the Haldane Report in 1918 and periodically mooted by figures from both left and right as varied as Amery and Laski in the inter‐war years. It was raised again during the wartime investigations of the Machinery of Government committee, only to be shot down by the then Cabinet Secretary, Sir Edward Bridges, on the grounds that it would constrain the frankness with which the Civil Service could advise ministers. Departmental select committees were not to be introduced until 1979. Ten years ago the Institute of Contemporary British History organised a symposium to review their progress. On 31 January 1996 in committee room 10 at the House of Commons the ICBH, in conjunction with the Hansard Society, held another seminar to re‐examine the development of the departmental select committee system, its successes and failings. It was chaired by George Cunningham (Labour MP 1970–82, SDP MP 1982–83). The principal participants were Sir Peter Kemp (Deputy Secretary, Treasury 1983–88, Next Steps Project Manager, Cabinet Office, 1988–92), Douglas Millar (Clerk of Select Committees, House of Commons since 1994), Dr Ann Robinson (author of Parliament and Public Spending, head of the policy unit at the Institute of Directors [IOD], 1989–95 and Director‐General of the National Association of Pension Funds Ltd since 1995), Robert Sheldon (Labour MP since 1964, Financial Secretary to the Treasury 1974–75, member of the Public Accounts Committee [PAC] 1965–70 and 1975–79 and chairman since 1983, member, Public Expenditure Committee 1972–74, and member of the Treasury and Civil Service Committee [TCSC] 1979–81) and Sandy Walkington (head of corporate affairs at BT [British Telecom] plc), with further contributions from Peter Riddell (assistant editor: politics, The Times, since 1993), Chloe Miller, Sean McDougall, Tim King and Chris Stevens.

Supercritical carbon dioxide extraction of bioactive compounds from microalgae and volatile oils from aromatic plants

A discussion of the most interesting results obtained in our laboratories, during the supercritical CO(2) extraction of bioactive compounds from microalgae and volatile oils from aromatic plants, was carried out. Concerning the microalgae, the studies on Botryococcus braunii and Chlorella vulgaris were selected. Hydrocarbons from the first microalgae, which are mainly linear alkadienes (C(23)-C(31)) with an odd number of carbon atoms, were selectively extracted at 313 K increasing the pressure up to 30.0 MPa. These hydrocarbons are easily extracted at this pressure, since they are located outside the cellular walls. The extraction of carotenoids, mainly canthaxanthin and astaxanthin, from C. vulgaris is more difficult. The extraction yield of these components at 313 K and 35.0 MPa increased with the degree of crushing of the microalga, since they are not extracellular. On the other hand, for the extraction of volatile oils from aromatic plants, studies on Mentha pulegium and Satureja montana L were chosen. For the first aromatic plant, the composition of the volatile and essential oils was similar, the main components being the pulegone and menthone. However, this volatile oil contained small amounts of waxes, which content decreased with decreasing particle size of the plant matrix. For S. montana L it was also observed that both oils have a similar composition, the main components being carvacrol and thymol. The main difference is the relative amount of thymoquinone, which content can be 15 times higher in volatile oil. This oxygenated monoterpene has important biological activities. Moreover, experimental studies on anticholinesterase activity of supercritical extracts of S. montana were also carried out. The supercritical nonvolatile fraction, which presented the highest content of the protocatechuic, vanilic, chlorogenic and (+)-catechin acids, is the most promising inhibitor of the enzyme butyrylcholinesterase. In contrast, the Soxhlet acetone extract did not affect the activity of this enzyme at the concentrations tested. (C) 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.