A proteome-wide strategy reveals a novel mechanism of control of cell cycle progression through modulation of cyclin mRNA stability

La quantité de données générée dans le cadre d'étude à grande échelle du réseau d'interaction protéine-protéine dépasse notre capacité à les analyser et à comprendre leur sens; d'une part, par leur complexité et leur volume, et d'un autre part, par la qualité du jeu de donnée produit qui semble bondé de faux positifs et de faux négatifs. Cette dissertation décrit une nouvelle méthode de criblage des interactions physique entre protéines à haut débit chez Saccharomyces cerevisiae, la complémentation de fragments protéiques (PCA). Cette approche est accomplie dans des cellules intactes dans les conditions natives des protéines; sous leur promoteur endogène et dans le respect des contextes de modifications post-traductionnelles et de localisations subcellulaires. Une application biologique de cette méthode a permis de démontrer la capacité de ce système rapporteur à répondre aux questions d'adaptation cellulaire à des stress, comme la famine en nutriments et un traitement à une drogue. Dans le premier chapitre de cette dissertation, nous avons présenté un criblage des paires d'interactions entre les protéines résultant des quelques 6000 cadres de lecture de Saccharomyces cerevisiae. Nous avons identifié 2770 interactions entre 1124 protéines. Nous avons estimé la qualité de notre criblage en le comparant à d'autres banques d'interaction. Nous avons réalisé que la majorité de nos interactions sont nouvelles, alors que le chevauchement avec les données des autres méthodes est large. Nous avons pris cette opportunité pour caractériser les facteurs déterminants dans la détection d'une interaction par PCA. Nous avons remarqué que notre approche est sous une contrainte stérique provenant de la nécessité des fragments rapporteurs à pouvoir se rejoindre dans l'espace cellulaire afin de récupérer l'activité observable de la sonde d'interaction. L'intégration de nos résultats aux connaissances des dynamiques de régulations génétiques et des modifications protéiques nous dirigera vers une meilleure compréhension des processus cellulaires complexes orchestrés aux niveaux moléculaires et structuraux dans les cellules vivantes. Nous avons appliqué notre méthode aux réarrangements dynamiques opérant durant l'adaptation de la cellule à des stress, comme la famine en nutriments et le traitement à une drogue. Cette investigation fait le détail de notre second chapitre. Nous avons déterminé de cette manière que l'équilibre entre les formes phosphorylées et déphosphorylées de l'arginine méthyltransférase de Saccharomyces cerevisiae, Hmt1, régulait du même coup sont assemblage en hexamère et son activité enzymatique. L'activité d'Hmt1 a directement un impact dans la progression du cycle cellulaire durant un stress, stabilisant les transcrits de CLB2 et permettant la synthèse de Cln3p. Nous avons utilisé notre criblage afin de déterminer les régulateurs de la phosphorylation d'Hmt1 dans un contexte de traitement à la rapamycin, un inhibiteur de la kinase cible de la rapamycin (TOR). Nous avons identifié la sous-unité catalytique de la phosphatase PP2a, Pph22, activé par l'inhibition de la kinase TOR et la kinase Dbf2, activé durant l'entrée en mitose de la cellule, comme la phosphatase et la kinase responsable de la modification d'Hmt1 et de ses fonctions de régulations dans le cycle cellulaire. Cette approche peut être généralisée afin d'identifier et de lier mécanistiquement les gènes, incluant ceux n'ayant aucune fonction connue, à tout processus cellulaire, comme les mécanismes régulant l'ARNm.

Estimation des corrélations phylogénétiques entre paramètres d'évolution moléculaire et Traits d'histoire de vie

Depuis quelques années, l'évolution moléculaire cherche à caractériser les variations et l'intensité de la sélection grâce au rapport entre taux de substitution synonyme et taux de substitution non-synonyme (dN/dS). Cette mesure, dN/dS, a permis d'étudier l'histoire de la variation de l'intensité de la sélection au cours du temps ou de détecter des épisodes de la sélection positive. Les liens entre sélection et variation de taille efficace interfèrent cependant dans ces mesures. Les méthodes comparatives, quant a elle, permettent de mesurer les corrélations entre caractères quantitatifs le long d'une phylogénie. Elles sont également utilisées pour tester des hypothèses sur l'évolution corrélée des traits d'histoire de vie, mais pour être employées pour étudier les corrélations entre traits d'histoire de vie, masse, taux de substitution ou dN/dS. Nous proposons ici une approche combinant une méthode comparative basée sur le principe des contrastes indépendants et un modèle d'évolution moléculaire, dans un cadre probabiliste Bayésien. Intégrant, le long d'une phylogénie, sur les reconstructions ancestrales des traits et et de dN/dS nous estimons les covariances entre traits ainsi qu'entre traits et paramètres du modèle d'évolution moléculaire. Un modèle hiérarchique, a été implémenté dans le cadre du logiciel coevol, publié au cours de cette maitrise. Ce modèle permet l'analyse simultané de plusieurs gènes sans perdre la puissance donnée par l'ensemble de séquences. Un travail deparallélisation des calculs donne la liberté d'augmenter la taille du modèle jusqu'à l'échelle du génome. Nous étudions ici les placentaires, pour lesquels beaucoup de génomes complets et de mesures phénotypiques sont disponibles. À la lumière des théories sur les traits d'histoire de vie, notre méthode devrait permettre de caractériser l'implication de groupes de gènes dans les processus biologique liés aux phénotypes étudiés.

Symbolisation et vie spirituelle. Analyse de l'humain comme être de symbolisation en devenir, entre psychanalyse (Winnicott) et vie spirituelle (Légaut)

Questionnant avec J.-C. Breton les situations anthropologiques nouvelles qui interpellent la vie spirituelle, cette étude en propose une approche sous l’angle de la symbolisation. Une lecture de la symbolisation à partir de la structure même du symbole précède l’analyse de son usage psychanalytique selon Winnicott, avec ses notions d’espace potentiel et de phénomènes transitionnels. Suit l’exposé de points clés du témoignage de Marcel Légaut sur la vie spirituelle. La partie synthèse détaille trois éléments clés de la symbolisation : la brisure-faille, la créativité-accueil et le passage à un autre niveau. Deux niveaux de symbolisation, primaire et secondaire, complètent la trame partagée par la lecture de la psychanalyse et de la vie spirituelle. L’étude démontre que la symbolisation permet un passage en l’humain vers son propre mystère et celui de Dieu en lui. L’humain se présente alors comme être de symbolisation en devenir.

Les apports de la phénoménologie de Jan Patočka à la question de l’éthique au travail

Nous nous proposons d’éclairer la question de l’éthique au travail par l’étude de la philosophie de Jan Patočka, dont les publications permettent de sortir de l’antagonisme apparent entre une éthique pensée par le sujet et une éthique donnée. En effet, ses écrits, n’ouvrent-ils pas sur une approche a-subjective de l’éthique au travail mais aussi sur une pensée de l’éthique comme expérience de la liberté ? Ces deux interrogations correspondent aux deux premières parties de notre article et leur discussion est en soi un apport. Dans un troisième temps, nous partirons du caractère « non atomisable » du monde, tel que Patočka l’amène, pour profiler une éthique qui en serait l’horizon. Au final, il en ressort que l’éthique au travail est indissociable de la notion même d’humanité.

Gestion participative, capabilités et résilience dans les forêts classées de Côte d’Ivoire

Dans le domaine de la gestion durable des ressources naturelles, l’approche participative est apparue depuis une vingtaine d’années comme une voie alternative de gestion entre l’Etat et le marché. L’efficacité de cette approche dépend cependant de l’implication de toutes les parties prenantes, notamment des populations locales. Quels sont les déterminants de cette implication ? Quelles en sont les modalités ? L’analyse des systèmes de production agrosylvicoles en Côte d’Ivoire a permis de mettre en évidence l’importance des variables de capabilités, comme le revenu et le capital social. La perspective de soutenabilité sociale implique une contextualisation qui permet de prendre en compte les effets de seuil susceptibles de caractériser un processus de résilience ou non. Les variables de capabilités peuvent dès lors servir de leviers d’implication des populations locales dans la mise en oeuvre des projets forestiers participatifs.

Un aspect méconnu de l’île de Montréal : les occupations amérindiennes du Sylvicole supérieur à la fin du XVIIe siècle

Ce mémoire a pour objectif général de définir et de caractériser les présences amérindiennes sur l’île de Montréal au cours de la période s’échelonnant du Sylvicole supérieur à la fin du XVIIe siècle ainsi que de tenter de comprendre le rôle qu’exerça le mont Royal dans ce contexte. En nous appuyant sur des théories de l’archéologie du paysage, nous avons étudié la création consciente et inconsciente de paysages et la manière par laquelle ces lieux ont façonné les comportements et les identités de leurs occupants. Grâce à la continuité d’activités répétitives, liées au concept de taskscape, nous avons tenté d’y établir un modèle de trame d’occupation reflétant une utilisation dynamique et stratégique du paysage face aux politiques coloniales. La démarche adoptée est celle d’une approche holistique s’appuyant à la fois sur des données archéologiques, historiques, ethnohistoriques et ethnographiques émanant des rapports de fouilles archéologiques, des traditions orales et des différents documents coloniaux datant des XVIe, XVIIe et XVIIIe siècles. Cette étude a permis de déterminer différentes zones associées à des perceptions différentes du paysage reflétant une stratégie de continuité dans la conceptualisation, l’organisation et la manipulation de l’espace à la suite de l’appropriation des terres par le gouvernement colonial.

Agreements with overlapping coalitions

Dans certaines circonstances, des actions de groupes sont plus performantes que des actions individuelles. Dans ces situations, il est préférable de former des coalitions. Ces coalitions peuvent être disjointes ou imbriquées. La littérature économique met un fort accent sur la modélisation des accords où les coalitions d’agents économiques sont des ensembles disjoints. Cependant on observe dans la vie de tous les jours que les coalitions politiques, environnementales, de libre-échange et d’assurance informelles sont la plupart du temps imbriquées. Aussi, devient-il impératif de comprendre le fonctionnement économique des coalitions imbriquées. Ma thèse développe un cadre d’analyse qui permet de comprendre la formation et la performance des coalitions même si elles sont imbriquées. Dans le premier chapitre je développe un jeu de négociation qui permet la formation de coalitions imbriquées. Je montre que ce jeu admet un équilibre et je développe un algorithme pour calculer les allocations d’équilibre pour les jeux symétriques. Je montre que toute structure de réseau peut se décomposer de manière unique en une structure de coalitions imbriquées. Sous certaines conditions, je montre que cette structure correspond à une structure d’équilibre d’un jeu sous-jacent. Dans le deuxième chapitre j’introduis une nouvelle notion de noyau dans le cas où les coalitions imbriquées sont permises. Je montre que cette notion de noyau est une généralisation naturelle de la notion de noyau de structure de coalitions. Je vais plus loin en introduisant des agents plus raffinés. J’obtiens alors le noyau de structure de coalitions imbriquées que je montre être un affinement de la première notion. Dans la suite de la thèse, j’applique les théories développées dans les deux premiers chapitres à des cas concrets. Le troisième chapitre est une application de la relation biunivoque établie dans le premier chapitre entre la formation des coalitions et la formation de réseaux. Je propose une modélisation réaliste et effective des assurances informelles. J’introduis ainsi dans la littérature économique sur les assurances informelles, quatre innovations majeures : une fusion entre l’approche par les groupes et l’approche par les réseaux sociaux, la possibilité d’avoir des organisations imbriquées d’assurance informelle, un schéma de punition endogène et enfin les externalités. Je caractérise les accords d’assurances informelles stables et j’isole les conditions qui poussent les agents à dévier. Il est admis dans la littérature que seuls les individus ayant un revenu élevé peuvent se permettre de violer les accords d’assurances informelles. Je donne ici les conditions dans lesquelles cette hypothèse tient. Cependant, je montre aussi qu’il est possible de violer cette hypothèse sous d’autres conditions réalistes. Finalement je dérive des résultats de statiques comparées sous deux normes de partage différents. Dans le quatrième et dernier chapitre, je propose un modèle d’assurance informelle où les groupes homogènes sont construits sur la base de relations de confiance préexistantes. Ces groupes sont imbriqués et représentent des ensembles de partage de risque. Cette approche est plus générale que les approches traditionnelles de groupe ou de réseau. Je caractérise les accords stables sans faire d’hypothèses sur le taux d’escompte. J’identifie les caractéristiques des réseaux stables qui correspondent aux taux d’escomptes les plus faibles. Bien que l’objectif des assurances informelles soit de lisser la consommation, je montre que des effets externes liés notamment à la valorisation des liens interpersonnels renforcent la stabilité. Je développe un algorithme à pas finis qui égalise la consommation pour tous les individus liés. Le fait que le nombre de pas soit fini (contrairement aux algorithmes à pas infinis existants) fait que mon algorithme peut inspirer de manière réaliste des politiques économiques. Enfin, je donne des résultats de statique comparée pour certaines valeurs exogènes du modèle.

Étude comparative des trajectoires criminelles des contrevenants sous responsabilité provinciale au Québec, selon le sexe

Contexte et objectifs. La carrière criminelle est un sujet d’intérêt criminologique depuis plus de 80 ans. Les travaux sur cette question ont permis de mieux comprendre l’évolution des personnes contrevenantes et leurs crimes au fil du temps. Bien que beaucoup d’efforts aient été déployés pour étudier les hommes, les recherches portant sur les trajectoires criminelles des femmes demeurent relativement rares, ceci étant notamment attribuable à la petite taille des échantillons. L’objectif de ce mémoire est de réaliser une étude comparative de la carrière criminelle d’hommes et de femmes de 18 à 47 ans relevant de la juridiction de la province de Québec. Méthodologie. L’échantillon est composé de 3320 délinquants sous responsabilité provinciale, soit 216 femmes (6,5 %) et 3104 hommes (93,5 %). Des statistiques descriptives seront réalisées afin de dresser un portrait de la clientèle et une approche par variable latente catégorielle sera utilisée pour modéliser les parcours criminels. Plus précisément, cette analyse permet d’estimer des sous-groupes de délinquants au sein de la population qui suivent des courbes de croissance distinctes. La proportion d’individus appartenant à chacun de ces sous-groupes peut donc être estimée. Résultats. Les analyses indiquent que les femmes ont une fréquence de délits commis plus faible que les hommes, et ce, particulièrement au début de leur carrière criminelle. En effet, la différence quant à la fréquence tend à s’atténuer avec le temps, pour disparaître vers 40 ans. Également, il apparaît que les hommes et les femmes suivent un nombre de trajectoires criminelles similaires; cependant, la prévalence chez ces dernières apparaît relativement différente. En effet, il ressort que les femmes commencent plus tardivement leur carrière criminelle que les hommes, avec une proportion plus importante pour les crimes contre les biens. Finalement, les antécédents juvéniles influent sur la chronicité et la persistance, quel que soit le genre ou le type de crime. Conclusion. Les résultats démontrent que la différence selon le sexe est un sujet d’intérêt criminologique primordial puisque les femmes présentent des risques différents quant à la fréquence et au type de crime. Qui plus est, ces dernières semblent commencer leur carrière criminelle plus tardivement que les hommes.