Interview with Charles W. Peck

Interview in five sessions, October-November 2003, with Charles W. Peck, professor of physics (now emeritus) in the Division of Physics, Mathematics, and Astronomy. He recalls his early life in South Texas and his interest in radio; first year of college at Texas Arts & Industries; three more years at New Mexico College of Agriculture & Mechanical Arts. Recalls graduate studies at Caltech with Murray Gell-Mann, H. P. Robertson, Robert Walker, Richard A. Dean, W. R. Smythe. Works on increasing intensity and stability of the Caltech synchrotron, with Walker, Matt Sands, and Alvin Tollestrup; 1964 thesis on K-lambda photoproduction. Joins the faculty as an assistant professor in 1965. Discusses his various teaching assignments, including an embarrassing moment when Richard Feynman attended one of his freshman physics lectures. Discusses his research at the Stanford Linear Accelerator Center and Lawrence Radiation Laboratory’s Bevatron. Collaboration with UC Berkeley and SLAC on “crystal ball” detector for SLAC’s SPEAR storage ring. Taking the crystal ball to DESY, in Hamburg. Works with Barry Barish at Gran Sasso laboratory in Italy, on MACRO; search for magnetic monopoles. He also discusses his administration work at Caltech, as executive officer for physics (1983-1986) and as PMA division chair from 1993 to 1998, when he immediately had to deal with the troubles plaguing LIGO [Laser Interferometer Gravitational-wave Observatory]. Detailed discussion of the LIGO contretemps and how it was settled, and of turning Big Bear Solar Observatory over to the New Jersey Institute of Technology. Advent of David Baltimore as Caltech president; attempt to recruit Ed Witten.

The Borel Complexity of Isomorphism for Some First Order Theories

In this work we consider several instances of the following problem: "how complicated can the isomorphism relation for countable models be?"' Using the Borel reducibility framework, we investigate this question with regard to the space of countable models of particular complete first-order theories. We also investigate to what extent this complexity is mirrored in the number of back-and-forth inequivalent models of the theory. We consider this question for two large and related classes of theories. First, we consider o-minimal theories, showing that if T is o-minimal, then the isomorphism relation is either Borel complete or Borel. Further, if it is Borel, we characterize exactly which values can occur, and when they occur. In all cases Borel completeness implies lambda-Borel completeness for all lambda. Second, we consider colored linear orders, which are (complete theories of) a linear order expanded by countably many unary predicates. We discover the same characterization as with o-minimal theories, taking the same values, with the exception that all finite values are possible except two. We characterize exactly when each possibility occurs, which is similar to the o-minimal case. Additionally, we extend Schirrman's theorem, showing that if the language is finite, then T is countably categorical or Borel complete. As before, in all cases Borel completeness implies lambda-Borel completeness for all lambda.

The Use of Proof Planning Critics to Diagnose Errors in the Base Cases of Recursive Programs

This paper reports the use of proof planning to diagnose errors in program code. In particular it looks at the errors that arise in the base cases of recursive programs produced by undergraduates. It describes two classes of error that arise in this situation. The use of test cases would catch these errors but would fail to distinguish between them. The system adapts proof critics, commonly used to patch faulty proofs, to diagnose such errors and distinguish between the two classes. It has been implemented in Lambda-clam, a proof planning system, and applied successfully to a small set of examples.

Inductive Theorem Proving and Computer Algebra in the Mathweb Software Bus

Reasoning systems have reached a high degree of maturity in the last decade. However, even the most successful systems are usually not general purpose problem solvers but are typically specialised on problems in a certain domain. The MathWeb SOftware Bus (Mathweb-SB) is a system for combining reasoning specialists via a common osftware bus. We described the integration of the lambda-clam systems, a reasoning specialist for proofs by induction, into the MathWeb-SB. Due to this integration, lambda-clam now offers its theorem proving expertise to other systems in the MathWeb-SB. On the other hand, lambda-clam can use the services of any reasoning specialist already integrated. We focus on the latter and describe first experimnents on proving theorems by induction using the computational power of the MAPLE system within lambda-clam.

Ordinal Arithmetic: A Case Study for Rippling in a Higher Order Domain

This paper reports a case study in the use of proof planning in the context of higher order syntax. Rippling is a heuristic for guiding rewriting steps in induction that has been used successfully in proof planning inductive proofs using first order representations. Ordinal arithmetic provides a natural set of higher order examples on which transfinite induction may be attempted using rippling. Previously Boyer-Moore style automation could not be applied to such domains. We demonstrate that a higher-order extension of the rippling heuristic is sufficient to plan such proofs automatically. Accordingly, ordinal arithmetic has been implemented in lambda-clam, a higher order proof planning system for induction, and standard undergraduate text book problems have been successfully planned. We show the synthesis of a fixpoint for normal ordinal functions which demonstrates how our automation could be extended to produce more interesting results than the textbook examples tried so far.

Desenvolvimento de produtos à base de anchoíta e comportamento do mercado consumidor

Anchoíta (Engraulis anchoita) é uma espécie pelágica encontrada no Sudoeste do Oceano Atlântico. Estima-se que 135000 toneladas/ano desse peixe possam ser exploradas ao longo do litoral sul do Brasil. Entretanto, os recursos pesqueiros do país são ainda inexplorados, o que torna esta matéria prima candidata em potencial para a fabricação de novos produtos a base desse pescado. Com o apoio de programas governamentais sociais, a tendência para o Brasil é para o desenvolvimento de produtos de anchoíta alternativos e que sejam capazes de suprir as necessidades específicas de cada grupo de consumo alvo. Dentro desse cenário, um estudo de novos produtos de pescado frente ao mercado se faz necessário, na tentativa de compreender as variáveis influentes do setor. Para tanto, na presente tese teve objetivou-se desenvolver produtos à base de anchoíta e estudar o comportamento do mercado consumidor frente a esses novos produtos de pescado. Um total de seis artigos foi gerado. O primeiro artigo intitulou-se: “Potencial de inserção de empanados de pescado na merenda escolar mediante determinantes individuais”. Neste objetivou-se detectar os determinantes individuais do consumo de pescado com adolescentes em idade de 12 a 17 anos, visando à inserção de empanados de pescado na merenda escolar. Foi verificado que as variáveis que melhor discriminaram a frequência de consumo foram “gosta de pescado” e “grau de escolaridade dos pais”. Os resultados indicaram um potencial de consumo de empanados de pescado por adolescentes, associado à necessidade de educação alimentar. O segundo artigo “Elaboração de hambúrguer a partir de base proteica de anchoíta (Engraulis anchoita)” no qual se objetivou avaliar o efeito de diferentes combinações de solventes para a obtenção de base proteica de anchoíta visando à elaboração de hambúrguer de pescado. As lavagens com ácido fosfórico e mais dois ciclos de água foram as que apresentaram os melhores valores para a obtenção da base proteica, baseando-se na remoção de nitrogenados e respostas sensoriais. No terceiro artigo “Aceitação de empanados de pescado (Engraulis anchoita) na merenda escolar no extremo sul do Brasil” o objetivo foi avaliar a aceitação de empanados de pescado (Engraulis anchoita) com alunos (n = 830) da rede pública de ensino, em idades entre 5 e 18 anos, de duas cidades do estado do Rio Grande do Sul, Brasil. Os resultados indicaram relação inversa entre a aceitação de empanados de pescado e o aumento da idade das crianças. O quarto artigo estudou “Razões subjacentes ao baixo consumo de pescado pelo consumidor brasileiro.” Neste objetivou-se investigar o comportamento referente ao consumo de pescado de uma população com baixo consumo de pescado (Brasil), aplicando a Teoria do Comportamento Planejado (TCP). Os resultados indicaram que tanto a intenção como a atitude provou serem determinantes significativos na frequência de comer pescado, sendo a atitude inversamente correlacionada com o consumo de pescado. Hábito apareceu como uma importante variável discriminante para o consumo de pescado. O quinto artigo intitula-se “Modelagem de equações estruturais e associação de palavras como ferramentas para melhor compreensão do baixo consumo de pescado”. O objetivo foi desenvolver um modelo e explicar o conjunto das relações entre os construtos do consumo de pescado em uma população com baixo consumo de pescado (Brasil) através da aplicação da TCP e pelo Questionário das Escolhas dos Alimentos. Além disso, a percepção cognitiva de produtos de pescado (Engraulis anchoíta) foi avaliada pela mesma população. Os resultados indicaram um bom ajuste para o modelo proposto e mostraram que os construtos “saúde” e “controle de peso” são bons preditores da intenção. A técnica associação de palavras provou ser um método útil para a análise de percepção de um novo produto de pescado, além de ajudar a explicar os resultados obtidos pelas equações estruturais. O sexto e último artigo “Percepção de saudável em produtos de pescado em uma população com alto consumo de pescado. Uma investigação por eye tracking” em que se objetivou explorar o uso do método eye tracking para estudar a percepção de saudável em diferentes produtos de pescado. Dois pontos importantes podem ser salientados como influentes na percepção de saudável: produtos de pescado processados e alimentos fritos.

Nonlinear, nonhomogeneous parametric Neumann problems

We consider a parametric nonlinear Neumann problem driven by a nonlinear nonhomogeneous differential operator and with a Caratheodory reaction $f\left( t,x\right) $ which is $p-$superlinear in $x$ without satisfying the usual in such cases Ambrosetti-Rabinowitz condition. We prove a bifurcation type result describing the dependence of the positive solutions on the parameter $\lambda>0,$ we show the existence of a smallest positive solution $\overline{u}_{\lambda}$ and investigate the properties of the map $\lambda\rightarrow\overline{u}_{\lambda}.$ Finally we also show the existence of nodal solutions.

Aperture effects on the oxygen abundance determinations from Califa data

This paper aims to provide aperture corrections for emission lines in a sample of spiral galaxies from the Calar Alto Legacy Integral Field Area Survey (CALIFA) database. In particular, we explore the behavior of the log([O III] λ5007/Hβ)/([N II] λ6583/Hα) (O3N2) and log[N II] lambda 6583/Hα (N2) flux ratios since they are closely connected to different empirical calibrations of the oxygen abundances in star-forming galaxies. We compute the median growth curves of Hα, Hα/Hβ, O3N2, and N-2 up to 2.5R(50) and 1.5 disk R-eff. These distances cover most of the optical spatial extent of the CALIFA galaxies. The growth curves simulate the effect of observing galaxies through apertures of varying radii. We split these growth curves by morphological types and stellar masses to check if there is any dependence on these properties. The median growth curve of the Hα flux shows a monotonous increase with radius with no strong dependence on galaxy inclination, morphological type, and stellar mass. The median growth curve of the Hα/HβH ratio monotonically decreases from the center toward larger radii, showing for small apertures a maximum value of ≈10% larger than the integrated one. It does not show any dependence on inclination, morphological type, and stellar mass. The median growth curve of N-2 shows a similar behavior, decreasing from the center toward larger radii. No strong dependence is seen on the inclination, morphological type, and stellar mass. Finally, the median growth curve of O3N2 increases monotonically with radius, and it does not show dependence on the inclination. However, at small radii it shows systematically higher values for galaxies of earlier morphological types and for high stellar mass galaxies. Applying our aperture corrections to a sample of galaxies from the SDSS survey at 0.02 ≤ z ≤ 0.3 shows that the average difference between fiber-based and aperture-corrected oxygen abundances, for different galaxy stellar mass and redshift ranges, reaches typically to ≈11%, depending on the abundance calibration used. This average difference is found to be systematically biased, though still within the typical uncertainties of oxygen abundances derived from empirical calibrations. Caution must be exercised when using observations of galaxies for small radii (e.g., below 0.5 R_eff) given the high dispersion shown around the median growth curves. Thus, the application of these median aperture corrections to derive abundances for individual galaxies is not recommended when their fluxes come from radii much smaller than either R_50 or R_eff.

Does Epoetin Beta Still Have a Place in Peginterferon Alpha-2a Plus Ribavirin Treatment Strategies for Chronic Hepatitis C?

International audience

Factors associated with an increased risk of vertebral fracture in monoclonal gammopathies of undetermined significance

International audience

Does social vulnerability for caries predict caries status of children in sub-urban Nigeria?

It is important to identify groups of people vulnerable to a disease condition. Aim: To determine the association between social vulnerability to caries and caries status of children in Ile-Ife, Nigeria. Methods: A composite vulnerability index for caries was developed using data generated for 992 children. Wilks’ Lambda test to verify relationship between vulnerability and its variables. Logistic regression analysis was conducted to determine if the social vulnerability for caries index was a good predictor for caries status. Results: The social vulnerability to caries index could not predict caries status. The study found that sex, age and number of siblings were the significant predictors of caries status in the study population. Females (AOR: 1.63; 95%CI: 1.08 – 2.46; p=0.02) and children with more than two siblings had higher odds of having caries (AOR: 2.61; 95%CI: 1.61 – 4.24; p<0.001) while children below 5 years had lower odds of having caries (AOR: 0.62; 95%CI: 0.39 – 1.00; p=0.05) Conclusions: The social vulnerability index for caries could not predict the caries status of children in the study population. Sensitive tools to identify children with caries in the study population should be developed.

A medida e as escalas de avaliação da saúde das populações neonatais e pediátricas : estudo de simulação de Monte Carlo com variáveis ordinais

A investigação na área da saúde e a utilização dos seus resultados tem funcionado como base para a melhoria da qualidade de cuidados, exigindo dos profissionais de saúde conhecimentos na área específica onde desempenham funções, conhecimentos em metodologia de investigação que incluam as técnicas de observação, técnicas de recolha e análise de dados, para mais facilmente serem leitores capacitados dos resultados da investigação. Os profissionais de saúde são observadores privilegiados das respostas humanas à saúde e à doença, podendo contribuir para o desenvolvimento e bem-estar dos indivíduos muitas vezes em situações de grande vulnerabilidade. Em saúde infantil e pediatria o enfoque está nos cuidados centrados na família privilegiando-se o desenvolvimento harmonioso da criança e jovem, valorizando os resultados mensuráveis em saúde que permitam determinar a eficácia das intervenções e a qualidade de saúde e de vida. No contexto pediátrico realçamos as práticas baseadas na evidência, a importância atribuída à pesquisa e à aplicação dos resultados da investigação nas práticas clínicas, assim como o desenvolvimento de instrumentos de mensuração padronizados, nomeadamente as escalas de avaliação, de ampla utilização clínica, que facilitam a apreciação e avaliação do desenvolvimento e da saúde das crianças e jovens e resultem em ganhos em saúde. A observação de forma sistematizada das populações neonatais e pediátricas com escalas de avaliação tem vindo a aumentar, o que tem permitido um maior equilíbrio na avaliação das crianças e também uma observação baseada na teoria e nos resultados da investigação. Alguns destes aspetos serviram de base ao desenvolvimento deste trabalho que pretende dar resposta a 3 objetivos fundamentais. Para dar resposta ao primeiro objetivo, “Identificar na literatura científica, os testes estatísticos mais frequentemente utilizados pelos investigadores da área da saúde infantil e pediatria quando usam escalas de avaliação” foi feita uma revisão sistemática da literatura, que tinha como objetivo analisar artigos científicos cujos instrumentos de recolha de dados fossem escalas de avaliação, na área da saúde da criança e jovem, desenvolvidas com variáveis ordinais, e identificar os testes estatísticos aplicados com estas variáveis. A análise exploratória dos artigos permitiu-nos verificar que os investigadores utilizam diferentes instrumentos com diferentes formatos de medida ordinal (com 3, 4, 5, 7, 10 pontos) e tanto aplicam testes paramétricos como não paramétricos, ou os dois em simultâneo, com este tipo de variáveis, seja qual for a dimensão da amostra. A descrição da metodologia nem sempre explicita se são cumpridas as assunções dos testes. Os artigos consultados nem sempre fazem referência à distribuição de frequência das variáveis (simetria/assimetria) nem à magnitude das correlações entre os itens. A leitura desta bibliografia serviu de suporte à elaboração de dois artigos, um de revisão sistemática da literatura e outro de reflexão teórica. Apesar de terem sido encontradas algumas respostas às dúvidas com que os investigadores e os profissionais, que trabalham com estes instrumentos, se deparam, verifica-se a necessidade de desenvolver estudos de simulação que confirmem algumas situações reais e alguma teoria já existente, e trabalhem outros aspetos nos quais se possam enquadrar os cenários reais de forma a facilitar a tomada de decisão dos investigadores e clínicos que utilizam escalas de avaliação. Para dar resposta ao segundo objetivo “Comparar a performance, em termos de potência e probabilidade de erro de tipo I, das 4 estatísticas da MANOVA paramétrica com 2 estatísticas da MANOVA não paramétrica quando se utilizam variáveis ordinais correlacionadas, geradas aleatoriamente”, desenvolvemos um estudo de simulação, através do Método de Monte Carlo, efetuado no Software R. O delineamento do estudo de simulação incluiu um vetor com 3 variáveis dependentes, uma variável independente (fator com três grupos), escalas de avaliação com um formato de medida com 3, 4, 5, e 7 pontos, diferentes probabilidades marginais (p1 para distribuição simétrica, p2 para distribuição assimétrica positiva, p3 para distribuição assimétrica negativa e p4 para distribuição uniforme) em cada um dos três grupos, correlações de baixa, média e elevada magnitude (r=0.10, r=0.40, r=0.70, respetivamente), e seis dimensões de amostras (n=30, 60, 90, 120, 240, 300). A análise dos resultados permitiu dizer que a maior raiz de Roy foi a estatística que apresentou estimativas de probabilidade de erro de tipo I e de potência de teste mais elevadas. A potência dos testes apresenta comportamentos diferentes, dependendo da distribuição de frequência da resposta aos itens, da magnitude das correlações entre itens, da dimensão da amostra e do formato de medida da escala. Tendo por base a distribuição de frequência, considerámos três situações distintas: a primeira (com probabilidades marginais p1,p1,p4 e p4,p4,p1) em que as estimativas da potência eram muito baixas, nos diferentes cenários; a segunda situação (com probabilidades marginais p2,p3,p4; p1,p2,p3 e p2,p2,p3) em que a magnitude das potências é elevada, nas amostras com dimensão superior ou igual a 60 observações e nas escalas com 3, 4,5 pontos e potências de magnitude menos elevada nas escalas com 7 pontos, mas com a mesma ma magnitude nas amostras com dimensão igual a 120 observações, seja qual for o cenário; a terceira situação (com probabilidades marginais p1,p1,p2; p1,p2,p4; p2,p2,p1; p4,p4,p2 e p2,p2,p4) em que quanto maiores, a intensidade das correlações entre itens e o número de pontos da escala, e menor a dimensão das amostras, menor a potência dos testes, sendo o lambda de Wilks aplicado às ordens mais potente do que todas as outra s estatísticas da MANOVA, com valores imediatamente a seguir à maior raiz de Roy. No entanto, a magnitude das potências dos testes paramétricos e não paramétricos assemelha-se nas amostras com dimensão superior a 90 observações (com correlações de baixa e média magnitude), entre as variáveis dependentes nas escalas com 3, 4 e 5 pontos; e superiores a 240 observações, para correlações de baixa intensidade, nas escalas com 7 pontos. No estudo de simulação e tendo por base a distribuição de frequência, concluímos que na primeira situação de simulação e para os diferentes cenários, as potências são de baixa magnitude devido ao facto de a MANOVA não detetar diferenças entre grupos pela sua similaridade. Na segunda situação de simulação e para os diferentes cenários, a magnitude das potências é elevada em todos os cenários cuja dimensão da amostra seja superior a 60 observações, pelo que é possível aplicar testes paramétricos. Na terceira situação de simulação, e para os diferentes cenários quanto menor a dimensão da amostra e mais elevada a intensidade das correlações e o número de pontos da escala, menor a potência dos testes, sendo a magnitude das potências mais elevadas no teste de Wilks aplicado às ordens, seguido do traço de Pillai aplicado às ordens. No entanto, a magnitude das potências dos testes paramétricos e não paramétricos assemelha-se nas amostras com maior dimensão e correlações de baixa e média magnitude. Para dar resposta ao terceiro objetivo “Enquadrar os resultados da aplicação da MANOVA paramétrica e da MANOVA não paramétrica a dados reais provenientes de escalas de avaliação com um formato de medida com 3, 4, 5 e 7 pontos, nos resultados do estudo de simulação estatística” utilizaram-se dados reais que emergiram da observação de recém-nascidos com a escala de avaliação das competências para a alimentação oral, Early Feeding Skills (EFS), o risco de lesões da pele, com a Neonatal Skin Risk Assessment Scale (NSRAS), e a avaliação da independência funcional em crianças e jovens com espinha bífida, com a Functional Independence Measure (FIM). Para fazer a análise destas escalas foram realizadas 4 aplicações práticas que se enquadrassem nos cenários do estudo de simulação. A idade, o peso, e o nível de lesão medular foram as variáveis independentes escolhidas para selecionar os grupos, sendo os recém-nascidos agrupados por “classes de idade gestacional” e por “classes de peso” as crianças e jovens com espinha bífida por “classes etárias” e “níveis de lesão medular”. Verificou-se um bom enquadramento dos resultados com dados reais no estudo de simulação.

Use of Bioscreen C for growth of Mucor hiemalis in different carbon and nitrogen sources

O sistema automatizado Bioscreen C foi utilizado para o crescimento de quatro linhagens de Mucor hiemalis, isoladas do solo da Estação Ecológica de Juréia-Itatins (EEJI), estado de São Paulo, em meios líquidos com uma única fonte de carbono (2%) ou de nitrogênio (1%), pH 5,0, a 25ºC, e agitação de 150rpm por 5 dias. O meio com somente uma única fonte de nitrogênio foi adicionado com 2% de glicose. As leituras de densidade óptica foram realizadas a 540nm, em intervalos de 2h, por cinco dias. Os resultados foram analisados estatisticamente com o Teste de Friedman (alfa = 5%). Os melhores crescimentos foram obtidos com as linhagens M1, M2 e M3, que atingiram o início da fase log em 60 horas de cultivo. As melhores fontes de carbono variaram de acordo com a linhagem estudada, e extrato de levedura provou ser a melhor fonte de nitrogênio para todas as linhagens. Acetato de sódio inibiu o crescimento das quatro linhagens, sendo a M3 a mais afetada. O uso do sistema automatizado foi muito conveniente para as culturas em meio liquido, sendo rápido e automático, constituindo em uma boa técnica para a determinação das condições ambientais ótimas para crescimento de fungos filamentosos.

3D-form metrology of arbitrary optical surfaces by absorption in fluids

We present an imaging technique for the 3D-form metrology of optical surfaces. It is based on the optical absorption in fluids situated between the surface and a reference. An improved setup with a bi-chromatic light source is fundamental to obtain reliable topographic maps. It is able to measure any surface finish (rough or polished), form and slope and independently of scale. We present results focused on flat and spherical optical surfaces, arrays of lenses and with different surface finish (rough-polished). We achieve form accuracies from several nanometers to sub-lambda for sag departures from tens to hundred of microns. Therefore, it seems suitable for the quality control in the production of precision aspheric, freeform lenses and other complex shapes on transparent substrates, independently of the surface finish.

Functional and structural dissection of the tape measure protein of lactococcal phage TP901-1

The tail tape measure protein (TMP) of tailed bacteriophages (also called phages) dictates the tail length and facilitates DNA transit to the cell cytoplasm during infection. Here, a thorough mutational analysis of the TMP from lactococcal phage TP901-1 (TMPTP901-1) was undertaken. We generated 56 mutants aimed at defining TMPTP901-1 domains that are essential for tail assembly and successful infection. Through analysis of the derived mutants, we determined that TP901-1 infectivity requires the N-terminal 154 aa residues, the C-terminal 60 residues and the first predicted hydrophobic region of TMPTP901-1 as a minimum. Furthermore, the role of TMPTP901-1 in tail length determination was visualized by electron microscopic imaging of TMP-deletion mutants. The inverse linear correlation between the extent of TMPTP901-1-encoding gene deletions and tail length of the corresponding virion provides an estimate of TMPTP901-1 regions interacting with the connector or involved in initiator complex formation. This study represents the most thorough characterisation of a TMP from a Gram-positive host-infecting phage and provides essential advances to understanding its role in virion assembly, morphology and infection.