Involvement of the RNA-binding protein ARE/poly(U)-binding factor 1 (AUF1) in the cytotoxic effects of proinflammatory cytokines on pancreatic beta cells.

AIMS/HYPOTHESIS: Chronic exposure of pancreatic beta cells to proinflammatory cytokines leads to impaired insulin secretion and apoptosis. ARE/poly(U)-binding factor 1 (AUF1) belongs to a protein family that controls mRNA stability and translation by associating with adenosine- and uridine-rich regions of target messengers. We investigated the involvement of AUF1 in cytokine-induced beta cell dysfunction. METHODS: Production and subcellular distribution of AUF1 isoforms were analysed by western blotting. To test for their role in the control of beta cell functions, each isoform was overproduced individually in insulin-secreting cells. The contribution to cytokine-mediated beta cell dysfunction was evaluated by preventing the production of AUF1 isoforms by RNA interference. The effect of AUF1 on the production of potential targets was assessed by western blotting. RESULTS: MIN6 cells and human pancreatic islets were found to produce four AUF1 isoforms (p42>p45>p37>p40). AUF1 isoforms were mainly localised in the nucleus but were partially translocated to the cytoplasm upon exposure of beta cells to cytokines and activation of the ERK pathway. Overproduction of AUF1 did not affect glucose-induced insulin secretion but promoted apoptosis. This effect was associated with a decrease in the production of the anti-apoptotic proteins, B cell leukaemia/lymphoma 2 (BCL2) and myeloid cell leukaemia sequence 1 (MCL1). Silencing of AUF1 isoforms restored the levels of the anti-apoptotic proteins, attenuated the activation of the nuclear factor-κB (NFκB) pathway, and protected the beta cells from cytokine-induced apoptosis. CONCLUSIONS/INTERPRETATION: Our findings point to a contribution of AUF1 to the deleterious effects of cytokines on beta cell functions and suggest a role for this RNA-binding protein in the early phases of type 1 diabetes.

The New Institutions of Transatlantic Aviation

This article focuses on the institutions of transatlantic aviation since 1945, and aims at extracting from this historical process topical policy implications. Using the methodology of an analytic narrative, we describe and explain the creation of the international cartel institutions in the 1940s, their operation throughout the 1950s and 60s, their increasing vulnerability in the 1970s, and then the progressive liberalization of the whole system. Our analytic narrative has a natural end, marked by the signing of an Open Skies Agreement between the US and the EU in 2007. We place particular explanatory power on (a) the progressive liberalization of the US domestic market, and (b) the active role of the European Commission in Europe. More specifically, we explain these developments using two frameworks. First, a “political limit pricing” model, which seemed promising, then failed, and then seemed promising again because it failed. Second, a strategic bargaining model inspired by Susanne Schmidt’s analysis of how the European Commission uses the threat of infringement proceedings to force member governments into line and obtain the sole negotiating power in transatlantic aviation.

Sistema didàctic per millorar l'aprenetatge de la representació del espai arquitectònic amb ajuts "on line"

El projecte ha tingut com a finalitat cobrir un buit en la formació dels estudiants pel que respecta a les seves limitacions en l’aprenentatge de les diferents estratègies i metodologies de treball. Aquest buit ens ha fet pensar en l’elaboració d’un sistema didàctic que possibiliti una comunicació fluida amb l’alumne i que pugui anar més enllà de l’àmbit específic de les aules. Es per això que la nostra proposta té com a referent un aprofitament més racional del temps de treball de l’estudiant. Per tal d’arribar a aquesta finalitat ens hem plantejat un grup d’objectius concrets ordenats segons els dos nivells d’assoliment següents: Nivell 1: - Definir un material didàctic que pugui transmetre de la manera més objectiva possible les eines necessàries per tal que l’alumne resolgui un conjunt de problemes concrets. - Proporcionar a l’estudiant un procediment didàctic basat en un grup de tasques amb un material de suport on ha de posar a prova l’aplicabilitat dels conceptes donats a les classes teòriques. - Partir d’un sistema que permeti a l’alumne tenir una referència constant de recolzament teòric fora de les aules quan està resolent les pràctiques assignades en el curs. - Definir unes característiques funcionals del material utilitzat en l’activitat pràctica de tal manera que sigui un instrument efectiu per al control del propi estudiant sobre el seu procés d’avaluació. Nivell 2: - Fer servir una metodologia d’activitats pràctiques on es puguin accentuar les capacitats de resposta creativa individual de l’estudiant. - Plantejar l’intercanvi d’experiències i propostes d’estratègies per a la resolució dels temes pràctics mitjançant sessions de seminaris prèvies a les pràctiques. - Promoure unes relacions transversals amb altres àrees de coneixement de tal manera que l’alumne pugui vincular la seva resposta a les activitats pràctiques proposades per altres assignatures, amb els coneixements adquirits a la nostra assignatura.

Persistent inhibition of FLIP(L) expression by lentiviral small hairpin RNA delivery restores death-receptor-induced apoptosis in neuroblastoma cells.

Neuroblastoma represents the most common and deadly solid tumour of childhood, which disparate biological and clinical behaviour can be explained by differential regulation of apoptosis. To understand mechanisms underlying death resistance in neuroblastoma cells, we developed small hairpin of RNA produced by lentiviral vectors as tools to selectively interfere with FLIP(L), a major negative regulator of death receptor-induced apoptosis. Such tools revealed highly efficient in interfering with FLIP(L) expression and function as they almost completely repressed endogenous and/or exogenously overexpressed FLIP(L) protein and fully reversed FLIP(L)-mediated TRAIL resistance. Moreover, interference with endogenous FLIP(L) and FLIP(S) significantly restored FasL sensitivity in SH-EP neuroblastoma cell line. These results reveal the ability of lentivirus-mediated shRNAs to specifically and persistently interfere with FLIP expression and support involvement of FLIP in the regulation of death receptor-mediated apoptosis in neuroblastoma cells. Combining such tools with other therapeutic modalities may improve treatment of resistant tumours such as neuroblastoma.

Statmedia 3 : activitats on-line individualitzades d'estadística i matemàtiques als ensenyaments de Ciències Experimentals i Socials

El projecte Statmedia 3 ha consolidat definitivament la proposta de les assignatures Bioestadística de Biologia, Anàlisi de dades de Ciències Ambientals i d’Estadística Matemàtica de la Diplomatura renovant una part del material creat amb Statmedia 2. S’han inclòs a més Matemàtiques d’Ambientals i Introducció a la Probabilitat del Grau d’Estadística. L’anterior MQD abastava només pràctiques mentre que aquest projecte permet una oferta diversa d’activitats individualitzades. La individualització consisteix en que cada estudiant rep una proposta de cas personalitzada amb dades diferents. Les activitats poden ser programades presencialment o no, però la clau de l’èxit de l’activitat és que l’alumne obtingui reconeixement del seu treball en l’avaluació continuada. La valoració que fan als alumnes de Statmedia és molt bo, i observem que es produeix una millora en els resultats acadèmics. Statmedia 3 ha implicat un important esforç en la vessant informàtica del projecte, la barreja de tecnologies que utilitzem son punteres: Ajax, servlets i applets Java... Hem posat a punt un assistent on-line per dissenyar documents i planificar activitats que facilita la tasca dels professors. La nostre participació en primera línea del procés de convergència a l’EEES ens ha permès anticipar alguns canvis, i s’ha traduït en que el claustre del Departament d’Estadística assumís que Statmedia és una metodologia essencial dels seus plans docents. El projecte continua en un quart projecte MQD consecutiu, on desplegarem la nova tecnologia implementada. L’objectiu principal serà dotar a les assignatures dels 7 graus on participa el departament d’activitats individualitzades en forma de casos pràctics, problemes i proves diverses. La col·lecció de material emmagatzemada en la nostra biblioteca, forjada després de quasi deu anys de treball continuat, juntament amb l’experiència acumulada de com utilitzar Statmedia de la forma més eficient han començat a ser explotades en els nous graus aquest mateix curs 2009-2010.

Establishment and Characterization of a Cell Line from the Mosquito Anopheles albimanus (Diptera: Culicidae)

A new cell line designated LSB-AA695BB, was established from embryos of the mosquito Anopheles albimanus. The primary culture was initiated in April, 1995, and the first passage was made 48 days later. Serial subcultures of the cells have been carried through 90 passages from Abril 1995 to February 1996. The cells were grown at 28°C in MK/VP12 medium, supplemented with 20% fetal bovine serum; the pH tolerance ranged between 6.8 to 7.0. The cells have also been adapted to MM/VP12 medium under the same pH, temperature and serum concentration. The majority of the cells were a fibroblast-type. Isozyme characterization showed a pattern similar to that of An. albimanus pupae and adults but distinct from Ae. taeniorhynchus and Ae. albopictus (C6/36) mosquito cell lines. The culture was shown to be free of mycoplasma, bacteria and fungi. Microsporidia contamination of transovarial transmission was controlled with 6.0 mg/ml of albendazole

Phase II study of weekly plitidepsin as second-line therapy for small cell lung cancer.

OBJECTIVE: To evaluate the antitumor activity and safety profile of plitidepsin administered as a 1h weekly intravenous (i.v.) infusion of 3.2mg/m(2) to patients with small cell lung cancer (SCLC) who relapsed or progressed after one line of chemotherapy. PATIENTS AND METHODS: This was a multicenter, open-label, single-arm, exploratory, phase II clinical trial. Treatment lasted until disease progression, unacceptable toxicity, patient refusal or treatment delay for >2 weeks. Objective response rate (primary efficacy endpoint) was evaluated according to response evaluation criteria in solid tumors (RECIST). The rate of stable disease (SD) lasting for at least 6 months and time-to-event variables were secondary endpoints of efficacy. Toxicity was assessed using National Cancer Institute Common Toxicity Criteria (NCI-CTC) version 2.0. RESULTS: Twenty pretreated SCLC patients (median age, 60 years) with extensive (n=13) or limited-stage disease (n=7) received a total of 24 treatment cycles (median, one cycle per patient; range, 1-2). Objective tumor responses were not observed and only one of the 17 evaluable patients had SD. With a median follow-up of 11.8 months, the progression-free survival and the median overall survival were 1.3 months and 4.8 months, respectively. The most troubling or common toxicities were fatigue, muscle weakness, lymphopenia, anemia (no patients showed neutropenia), and asymptomatic, non-cumulative increase of transaminases levels and alkaline phosphatase. CONCLUSION: This clinical trial shows that a cycle of 1h weekly i.v. infusion of plitidepsin (3.2mg/m(2)) was generally well tolerated other than fatigue and muscle weakness in patients with pretreated SCLC. One patient died due to multi-organ failure. The absence of antitumor activity found here precludes further studies of this plitidepsin schedule as second-line single-agent treatment of SCLC.

Producing on-line ultrapure dialysis fluid.

The process of on-line generation of ultrapure dialysis fluid is a core prerequisite for the safe execution of modern renal replacement therapies such as on-line hemodiafiltration and high-flux hemodialysis. In these extracorporeal treatments with variable degrees of convection, significant volumes of plasma water are removed and replaced with dialysis fluid, which must occur without causing harm to the patient. Historically, on-line generation of sterile and pyrogen-free physiological substitution fluid by the process of membrane ultrafiltration of fresh dialysis fluid has its origin in hemofiltration, a purely convective therapy. Development of this and later therapies is described in the historical context of a successful effort over decades to overcome the above formidable challenge, which was provided jointly by pioneering clinical investigators and a resourceful dialysis industry.

A study on the expressive power of some fragments of the modal µ-Calculus

Résumé Le μ-calcul est une extension de la logique modale par des opérateurs de point fixe. Dans ce travail nous étudions la complexité de certains fragments de cette logique selon deux points de vue, différents mais étroitement liés: l'un syntaxique (ou combinatoire) et l'autre topologique. Du point de vue syn¬taxique, les propriétés définissables dans ce formalisme sont classifiées selon la complexité combinatoire des formules de cette logique, c'est-à-dire selon le nombre d'alternances des opérateurs de point fixe. Comparer deux ensembles de modèles revient ainsi à comparer la complexité syntaxique des formules as¬sociées. Du point de vue topologique, les propriétés définissables dans cette logique sont comparées à l'aide de réductions continues ou selon leurs positions dans la hiérarchie de Borel ou dans celle projective. Dans la première partie de ce travail nous adoptons le point de vue syntax¬ique afin d'étudier le comportement du μ-calcul sur des classes restreintes de modèles. En particulier nous montrons que: (1) sur la classe des modèles symétriques et transitifs le μ-calcul est aussi expressif que la logique modale; (2) sur la classe des modèles transitifs, toute propriété définissable par une formule du μ-calcul est définissable par une formule sans alternance de points fixes, (3) sur la classe des modèles réflexifs, il y a pour tout η une propriété qui ne peut être définie que par une formule du μ-calcul ayant au moins η alternances de points fixes, (4) sur la classe des modèles bien fondés et transitifs le μ-calcul est aussi expressif que la logique modale. Le fait que le μ-calcul soit aussi expressif que la logique modale sur la classe des modèles bien fondés et transitifs est bien connu. Ce résultat est en ef¬fet la conséquence d'un théorème de point fixe prouvé indépendamment par De Jongh et Sambin au milieu des années 70. La preuve que nous donnons de l'effondrement de l'expressivité du μ-calcul sur cette classe de modèles est néanmoins indépendante de ce résultat. Par la suite, nous étendons le langage du μ-calcul en permettant aux opérateurs de point fixe de lier des occurrences négatives de variables libres. En montrant alors que ce formalisme est aussi ex¬pressif que le fragment modal, nous sommes en mesure de fournir une nouvelle preuve du théorème d'unicité des point fixes de Bernardi, De Jongh et Sambin et une preuve constructive du théorème d'existence de De Jongh et Sambin. RÉSUMÉ Pour ce qui concerne les modèles transitifs, du point de vue topologique cette fois, nous prouvons que la logique modale correspond au fragment borélien du μ-calcul sur cette classe des systèmes de transition. Autrement dit, nous vérifions que toute propriété définissable des modèles transitifs qui, du point de vue topologique, est une propriété borélienne, est nécessairement une propriété modale, et inversement. Cette caractérisation du fragment modal découle du fait que nous sommes en mesure de montrer que, modulo EF-bisimulation, un ensemble d'arbres est définissable dans la logique temporelle Ε F si et seulement il est borélien. Puisqu'il est possible de montrer que ces deux propriétés coïncident avec une caractérisation effective de la définissabilité dans la logique Ε F dans le cas des arbres à branchement fini donnée par Bojanczyk et Idziaszek [24], nous obtenons comme corollaire leur décidabilité. Dans une deuxième partie, nous étudions la complexité topologique d'un sous-fragment du fragment sans alternance de points fixes du μ-calcul. Nous montrons qu'un ensemble d'arbres est définissable par une formule de ce frag¬ment ayant au moins η alternances si et seulement si cette propriété se trouve au moins au n-ième niveau de la hiérarchie de Borel. Autrement dit, nous vérifions que pour ce fragment du μ-calcul, les points de vue topologique et combina- toire coïncident. De plus, nous décrivons une procédure effective capable de calculer pour toute propriété définissable dans ce langage sa position dans la hiérarchie de Borel, et donc le nombre d'alternances de points fixes nécessaires à la définir. Nous nous intéressons ensuite à la classification des ensembles d'arbres par réduction continue, et donnons une description effective de l'ordre de Wadge de la classe des ensembles d'arbres définissables dans le formalisme considéré. En particulier, la hiérarchie que nous obtenons a une hauteur (ωω)ω. Nous complétons ces résultats en décrivant un algorithme permettant de calculer la position dans cette hiérarchie de toute propriété définissable.

VeriStrat(®) has a prognostic value for patients with advanced non-small cell lung cancer treated with erlotinib and bevacizumab in the first line: Pooled analysis of SAKK19/05 and NTR528.

BACKGROUND: VeriStrat(®) is a serum proteomic test used to determine whether patients with advanced non-small cell lung cancer (NSCLC) who have already received chemotherapy are likely to have good or poor outcomes from treatment with gefitinib or erlotinib. The main objective of our retrospective study was to evaluate the role of VS as a marker of overall survival (OS) in patients treated with erlotinib and bevacizumab in the first line. PATIENTS AND METHODS: Patients were pooled from two phase II trials (SAKK19/05 and NTR528). For survival analyses, a log-rank test was used to determine if there was a statistically significant difference between groups. The hazard ratio (HR) of any separation was assessed using Cox proportional hazards models. RESULTS: 117 patients were analyzed. VeriStrat classified patients into two groups which had a statistically significant difference in duration of OS (p=0.0027, HR=0.480, 95% confidence interval: 0.294-0.784). CONCLUSION: VeriStrat has a prognostic role in patients with advanced, nonsquamous NSCLC treated with erlotinib and bevacizumab in the first line. Further work is needed to study the predictive role of VeriStrat for erlotinib and bevacizumab in chemotherapy-untreated patients.

Power laws and scaling of rain events and dry spells in the Catalonia region

We analyze the statistics of rain-event sizes, rain-event durations, and dry-spell durations in a network of 20 rain gauges scattered in an area situated close to the NW Mediterranean coast. Power-law distributions emerge clearly for the dryspell durations, with an exponent around 1.50 ± 0.05, although for event sizes and durations the power-law ranges are rather limited, in some cases. Deviations from power-law behavior are attributed to finite-size effects. A scaling analysis helps to elucidate the situation, providing support for the existence of scale invariance in these distributions. It is remarkable that rain data of not very high resolution yield findings in agreement with self-organized critical phenomena.

Line search multilevel optimization as computational methods for dense optical flow

We evaluate the performance of different optimization techniques developed in the context of optical flowcomputation with different variational models. In particular, based on truncated Newton methods (TN) that have been an effective approach for large-scale unconstrained optimization, we develop the use of efficient multilevel schemes for computing the optical flow. More precisely, we evaluate the performance of a standard unidirectional multilevel algorithm - called multiresolution optimization (MR/OPT), to a bidrectional multilevel algorithm - called full multigrid optimization (FMG/OPT). The FMG/OPT algorithm treats the coarse grid correction as an optimization search direction and eventually scales it using a line search. Experimental results on different image sequences using four models of optical flow computation show that the FMG/OPT algorithm outperforms both the TN and MR/OPT algorithms in terms of the computational work and the quality of the optical flow estimation.

Characterization of the effects of IL-17F on CHO cell line generation

CHO is the most commonly used mammalian host for the generation of cell lines allowing for the production of high quality therapeutic proteins. The generation of such cell lines is a lengthy and resource-intensive process requiring extensive screening in order to isolate candidates with optimal characteristics, such as growth, stability and productivity. For this reason, the biotechnology industry invests much effort in attempts to optimize CHO expression systems in order to streamline and shorten the cell line selection process. Based on preliminary observations of a facilitated selection of CHO-GS cell lines expressing members of the IL-17 cytokine family, this study investigates the use of IL-17F as a novel enhancing factor for CHO cell line generation. Using two different CHO expression systems (exploiting GS and DHFR-based selection), we demonstrated that IL-17F expression caused a significant increase in the occurrence of colonies during the selection process. All colonies selected produced substantial amounts of IL-17F, suggesting that benefits were conferred, during selection, to those cells expressing the cytokine. Furthermore, transgene expression levels were significantly increased when the selection pressure was raised to a level that would not normally be permissive for colony selection (i.e. 100 |o.M MSX for the CHO-GS expression system or 1000 nM MTX for the CHO-DHFR system). Finally, IL-17F expression was also found to enhance the rate of appearance of clones during single cell subcloning in the absence of selection pressure. Overall, these benefits have the potential to allow a substantial reduction in the length of cell line generation while significantly increasing cell line productivity. Nevertheless, we found that the high IL-17F expression levels required to convey enhancing effects was a limitation when attempting to co-express IL-17F and a recombinant soluble protein of therapeutic interest from independent CMV promoters within the same expression vector. In order to understand and overcome this limitation, studies were designed to characterize the IL-17F enhancing effect at the molecular and cellular level. Regular supplementation of recombinant biologically-active IL-17F into the culture medium during cell line selection was not able to reproduce the enhancing effects of endogenous IL-17F expression. In addition, increased IL-17F expression correlated with increased CHO-GS selection transgene expression at the single cell level. This data suggested a possible effect of IL-17F on viral promoter activity or transgene mRNA stability. It also provided direct evidence that the cells expressing the highest amounts of IL-17F obtained the most benefit. Overall data obtained from these study implied that IL-17F may act through an intracellular mechanism, possibly exerted during secretion. We therefore initiated experiments designed to determine the specific compartment(s) within which IL-17F triggers its effect. This work has identified IL-17F as a potentially powerful tool to optimize the CHO cell line generation process. The characterization of this enhancing effect at the molecular level has given us several insights into overcoming the current limitations, thus paving the way for the development of a viable technology that can be exploited within the biotechnology industry. - La CHO est la cellule hôte de mammifere la plus couramment utilisée dans la création de lignée cellulaire produisant des protéines thérapeutiques de haute qualité. La génération de ces lignées cellulaires est un processus long et exigeant l'utilisation de techniques de sélection robustes afin d'isoler des candidats possédants les caractéristiques optimales de croissance, de productivité et de stabilité d'expression. Les industries biopharmaceutiques ont investi beaucoup d'efforts afin d'optimiser les systèmes d'expression CHO dans le but raccourcir la longueur du procédé de sélection de lignées cellulaires et aussi d'en augmenter l'efficacité. A partir d'observations préliminaires obtenues lors de la génération de lignées cellulaires CHO- GS exprimant une cytokine appartenant à la famille des IL-17, nous avons réalisé une étude portant sur l'utilisation de l'IL-17F humaine (IL-17F) comme nouveau facteur d'optimisation pour la génération de lignées cellulaires CHO. Nous avons démontré, en utilisant les deux systèmes de sélection et d'expression CHO couramment utilisés (le premier exploitant la GS et l'autre basée sur la DHFR), que l'expression de l'IL-17F permet une augmentation significative de la fréquence d'apparition de colonies durant le processus de sélection de lignées cellulaires. Les différentes colonies sélectionnées expriment des quantités substantielles d'IL-17F, suggérant un effet bénéfique lors de la sélection qui serait exclusivement conféré aux cellules exprimant la cytokine. En outre, le niveau d'expression du transgene se trouve significativement augmenté lorsque la pression de sélection est portée à un niveau habituellement trop élevé pour permettre la sélection de colonies (soit 100 |JM MSX pour le système d'expression CHO-GS ou 1000 nM MTX pour le système CHO- DHFR). Enfin, l'expression d'IL-17F permet également d'améliorer la vitesse d'apparition de clones pendant une étape de sous-clonage en l'absence de pression de sélection. L'ensemble de ces effets bénéfiques permettent une réduction substantielle de la durée de génération de lignées cellulaires tout en augmentant considérablement la productivité des lignées obtenues. Néanmoins, nous avons constaté que la nécessité d'exprimer des niveaux élevés d'IL-17F afin obtenir l'ensemble de ses effets bénéfiques devient une contrainte lors de l'utilisation d'un vecteur d'expression composé de deux promoteurs CMV indépendants pour la co-expression de la cytokine et d'une protéine soluble présentant un intérêt thérapeutique. Afin de mieux comprendre et de surmonter cette limitation, plusieurs études ont été effectuées dans le but de mieux caractériser l'effet de IL-17F au niveau subcellulaire. L'apport régulier en IL-17F recombinante et biologiquement active dans le milieu de culture lors de la sélection de lignées cellulaires ne permet pas de reproduire les effets bénéfiques observés par l'expression endogène d'IL-17F. En outre, nous avons constaté que, lors de l'utilisation du système CHO- GS, l'augmentation d'expression de 1TL-17F est corrélée à un accroissement de l'expression du marqueur de sélection au niveau cellulaire. Ces résultats suggèrent un possible effet d'IL- 17F sur l'activité des promoteurs viraux et ainsi fournissent une preuve directe que les cellules exprimant de haut niveau d'IL-17F sont celles qui en profitent le plus. L'ensemble de ces observations mettrait en avant que l'effet d'IL-17F se ferait selon un mécanisme intracellulaire. Nous avons donc étudié le(s) compartiment(s) spécifique(s) dans lequel IL-17F pourrait exercer son effet. Ce travail a permis de définir IL-17F comme un puissant outil pour l'optimisation des procédés de génération de lignées cellulaires CHO. La caractérisation de cette amélioration de l'effet au niveau moléculaire nous a donné plusieurs indications sur la manière de dépasser les limitations actuelles, ouvrant ainsi la voie au développement d'une technologie viable qui peut être exploitée pars l'industrie biotechnologique.