New Contig Creation Algorithm for the de novo DNA Assembly Problem

DNA assembly is among the most fundamental and difficult problems in bioinformatics. Near optimal assembly solutions are available for bacterial and small genomes, however assembling large and complex genomes especially the human genome using Next-Generation-Sequencing (NGS) technologies is shown to be very difficult because of the highly repetitive and complex nature of the human genome, short read lengths, uneven data coverage and tools that are not specifically built for human genomes. Moreover, many algorithms are not even scalable to human genome datasets containing hundreds of millions of short reads. The DNA assembly problem is usually divided into several subproblems including DNA data error detection and correction, contig creation, scaffolding and contigs orientation; each can be seen as a distinct research area. This thesis specifically focuses on creating contigs from the short reads and combining them with outputs from other tools in order to obtain better results. Three different assemblers including SOAPdenovo [Li09], Velvet [ZB08] and Meraculous [CHS+11] are selected for comparative purposes in this thesis. Obtained results show that this thesis’ work produces comparable results to other assemblers and combining our contigs to outputs from other tools, produces the best results outperforming all other investigated assemblers.

Memo Re: The 70th General Assembly of O.I.V., 1990

A memo from Donald Ziraldo to the Board of Directors of the VQA and C.W.I. in regards to the 70th General Assembly of O.I.V. The memo is dated 24 September, 1990 and discusses conversations with the Director of O.I.V. and Canada (and Quebec's) possible membership. The memo also remarks "there was a noticeable absence of EEC delegates". One delegate was part of the O.I.V. Assembly and there were informal discussions with him in regards to Canada's request for recognition.

A Study of Ordered Gene Problems Featuring DNA Error Correction and DNA Fragment Assembly with a Variety of Heuristics, Genetic Algorithm Variations, and Dynamic Representations

Ordered gene problems are a very common classification of optimization problems. Because of their popularity countless algorithms have been developed in an attempt to find high quality solutions to the problems. It is also common to see many different types of problems reduced to ordered gene style problems as there are many popular heuristics and metaheuristics for them due to their popularity. Multiple ordered gene problems are studied, namely, the travelling salesman problem, bin packing problem, and graph colouring problem. In addition, two bioinformatics problems not traditionally seen as ordered gene problems are studied: DNA error correction and DNA fragment assembly. These problems are studied with multiple variations and combinations of heuristics and metaheuristics with two distinct types or representations. The majority of the algorithms are built around the Recentering- Restarting Genetic Algorithm. The algorithm variations were successful on all problems studied, and particularly for the two bioinformatics problems. For DNA Error Correction multiple cases were found with 100% of the codes being corrected. The algorithm variations were also able to beat all other state-of-the-art DNA Fragment Assemblers on 13 out of 16 benchmark problem instances.

La traduction du nouveau Code civil néerlandais en anglais et en français

La traduction du nouveau Code civil néerlandais en anglais et en français représentait un grand défi en raison du caractère systématique et fondateur d’un code, du recours à une terminologie et à une organisation nouvelles et de la longueur des articles. Dans un premier temps, le Code a été traduit selon une terminologie juridique anglaise strictement civiliste, tant en anglais qu’en français, et a été publié sous un format trilingue. Toutefois, sous la pression des praticiens, lesquels recherchaient une traduction correspondant mieux aux attentes de lecteurs anglophones habitués à la terminologie de la common law, une formule a été élaborée pour produire une version anglaise compréhensible pour les deux familles juridiques, au besoin hors de tout contexte et sans recourir à des notes. Une telle formule mérite considération lorsqu’il s’agira de produire d’autres traductions de textes civilistes en anglais.

Le droit civil expliqué, suivant l'ordre des articles du code, depuis et y compris le titre de la vente : Du dépot et du séquestre, et des contrats aléatoires commentaires des titres XI et XII, livre III du code civil

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Le droit civil expliqué suivant l'ordre des articles du code : del'echange et du lovage, commentaire des titres VII et VIII du livre III du code Napoleón

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Droit civil expliqué: Du Contrat de Mariage et des droits respectifs des époux ou commentaire du titre V du livre III du code civil

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Droit civil expliqué : de la prescription ou commentaire du titre XX du livre III du code Napoleón

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Droit civil explique : des privileges et hypotheques, ou commentaire du titre XVIII du livre III du code Napoleón

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Le droit civil explique suivant l'ordre des articles du code, depuiset y compris le titre de la vente : Du pret, commentaire du titre X,livre III. du code civil

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Le droit civil explique : suirant L'ordre des articles du code, depuis et y compris le titre de la vente, des priviléges et hypothegues,ou commentaire du titre XVIII du livre III du code civil

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Le droit civil explique suivant l'ordre des articles du code, depuiset y compris le titre de la vente : du contrat de societe civile et commerciale ou commentaire du titre IX du livre III du code civil

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Le droit civil expliqué suivant l'ordre des articles du code depuiset y compris le titre de la vente : de la vente ou commentaire du titre VI du livre III du code Napoleón

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Neuron participation in a synchrony-encoding assembly

Affiliation: Svetlana Shumikhina &Stéphane Molotchnikoff : Département de Sciences Biologiques, Université de Montréal