Clinicopathological significance of PTPN12 expression in human breast cancer

Protein tyrosine phosphatase non-receptor type 12 (PTPN12) is a recently identified tumor suppressor gene (TSG) that is frequently compromised in human triple-negative breast cancer. In the present study, we investigated the expression of PTPN12 protein by patients with breast cancer in a Chinese population and the relationship between PTPN12 expression levels and patient clinicopathological features and prognosis. Additionally, we explored the underlying down-regulation mechanism from the perspective of an epigenetic alteration. We examined PTPN12 mRNA expression in five breast cancer cell lines using semi-quantitative reverse-transcription PCR, and detected PTPN12 protein expression using immunohistochemistry in 150 primary invasive breast cancer cases and paired adjacent non-tumor tissues. Methylation-specific PCR was performed to analyze the promoter CpG island methylation status of PTPN12. PTPN12 was significantly down-regulated in breast cancer cases (48/150) compared to adjacent noncancerous tissues (17/150; P < 0.05). Furthermore, low expression of PTPN12 showed a significant positive correlation with tumor size (P = 0.047), lymph node metastasis (P = 0.001), distant metastasis (P = 0.009), histological grade (P = 0.012), and survival time (P = 0.019). Additionally, promoter CpG island hypermethylation occurs more frequently in breast cancer cases and breast cancer cell lines with low PTPN12 expression. Our findings suggest that PTPN12 is potentially a methylation-silenced TSG for breast cancer that may play an important role in breast carcinogenesis and could potentially serve as an independent prognostic factor for invasive breast cancer patients.

Empirical studies on software quality construction: Exploring human factors and organizational influences

Software quality has become an important research subject, not only in the Information and Communication Technology spheres, but also in other industries at large where software is applied. Software quality is not a happenstance; it is defined, planned and created into the software product throughout the Software Development Life Cycle. The research objective of this study is to investigate the roles of human and organizational factors that influence software quality construction. The study employs the Straussian grounded theory. The empirical data has been collected from 13 software companies, and the data includes 40 interviews. The results of the study suggest that tools, infrastructure and other resources have a positive impact on software quality, but human factors involved in the software development processes will determine the quality of the products developed. On the other hand, methods of development were found to bring little effect on software quality. The research suggests that software quality is an information-intensive process whereby organizational structures, mode of operation, and information flow within the company variably affect software quality. The results also suggest that software development managers influence the productivity of developers and the quality of the software products. Several challenges of software testing that affect software quality are also brought to light. The findings of this research are expected to benefit the academic community and software practitioners by providing an insight into the issues pertaining to software quality construction undertakings.

"Where is the value in education for me?": experiences and perspectives of Ontario secondary students at risk of non-completion of their Ontario Secondary School Diploma /

This study examined students considered at risk of non-completion of their Ontario Secondary School Diploma and aimed to offer insight into the questions, "What factors currently lead to school disconnect" and "How can these factors be addressed?" Eight students currently enrolled in an alternative learning environment participated in the study. Each was asked to take part in two, digitally recorded interviews that were subsequently transcribed by the researcher. The data were then coded and analysed according to specific themes: obstacles, empowerment, goals, views about success, opinions of school, and power of the teacher. From these themes, three broad focus areas emerged that were used to keep the data analysis focused: worldview, school effects, and self-image. Variances between the data collected and ideas presented in the current literature were highlighted as a reminder that when dealing with a human population, we cannot rely on textbook definitions and theory alone.

Temple Grandin fonds, 1974-2006 (non-inclusive)

Temple Grandin was born in Boston, Massachusetts on August 29,1947 to Richard Grandin and Eustacia Cutler. She was diagnosed with autism at age 2. She suffered from delayed speech development and did not begin to speak until the age of 4. Temple’s mother defied the doctors and kept her out of institutions. Temple was given speech therapy as well as an intensive education. Her high school science teacher and her aunt on a ranch in Arizona inspired Temple to continue her studies and pursue a career as a scientist and livestock equipment designer.She graduated from Hampshire Country School (a boarding school for gifted children) in Ridge, New Hampshire in 1966, and earned a bachelor’s degree in psychology from Franklin Pierce College in 1970. In 1975, she received a master’s degree in animal science from Arizona State University and then a doctoral degree in animal science from the University of Illinois in 1989. She is currently a professor at Colorado State University. Dr. Grandin is one of the world’s leaders in the design of livestock handling facilities. She has done extensive work in design of handling facilities for animals and has developed animal welfare guidelines for the meat industries. Dr. Grandin is a past member of the board of directors of the Autism Society of America. She lectures to parents and teachers throughout the U.S. on her experiences with autism. She makes the case that the world needs people on the autism spectrum: visual thinkers, pattern thinkers and verbal thinkers. Some of Temple Grandin’s books include: Animals Make Us Human, Animals in Translation, The Way I See It, The Autistic Brain, and Different…Not Less. In 2010, a movie entitled “Temple Grandin” starring Clare Danes was released. The movie was based on Grandin’s own writings. Temple Grandin is an expert on animal behavior, a bestselling author, and an autism activist. In 2010, she was listed in the “Heroes” category in the “Time” list of the world’s 100 most influential people. She has received numerous awards including an honorary doctorate from McGill, the University of Illinois and Duke University. Temple Granin is a philosophical leader of both the animal welfare and autism advocacy movements. sources: http://www.templegrandin.com/ http://en.wikipedia.org/wiki/Temple_Grandin

A Survey of hMLH1 mRNA Splicing Profiles in Human Cell Lines: Comparing Primary Cultured Fibroblasts Before and After Oxidative Stress and Transiently versus Stably Demethylated Colon Cancer Derived Cell Lines

Most human genes undergo alternative splicing and loss of splicing fidelity is associated with disease. Epigenetic silencing of hMLH 1 via promoter cytosine methylation is causally linked to a subset of sporadic non-polyposis colon cancer and is reversible by 5-aza-2' -deoxycytidine treatment. Here I investigated changes in hMLHI mRNA splicing profiles in normal fibroblasts and colon cancer-derived human cell lines. I established the types and frequencies of hMLHI mRNA transcripts generated under baseline conditions, after hydrogen peroxide induced oxidative stress, and in acutely 5-aza-2' -deoxycytidine-treated and stably derepressed cancer cell lines. I found that hMLHI is extensively spliced under all conditions including baseline (50% splice variants), the splice variant distribution changes in response to oxidative stress, and certain splice variants are sensitive to 5- aza-2' -deoxycytidine treatment: Splice variant diversity and frequency of exon 17 skipping correlates with the level of hMLHI promoter methylation suggesting a link between promoter methylation and mRNA splicing.

Non-pollen palynomorphs and thecamoebians as proxies of environmental and anthropogenic change: a case study from Lake Simcoe, Ontario, Canada

The distribution of aquatic microfossils and pollen in the long core from Lake Simcoe (LS07PC5) shows synchronous response since deglaciation, highlighting the potential of little-known non-pollen palynomorphs (NPP) as paleolimnological indicators. Upcore variations in NPP, thecamoebians and pollen reflect hydrological and climatic variations: onset of the Main Lake Algonquin, the draining of Lake Algonquin, the early Holocene drought, the midto late Holocene climate shifts including mid-Holocene drought and the Little Ice Age, and human settlement. The distribution of microfossils in the short cores (CB1 and SB1) shows the level of eutrophication decreasing gradually from Cook’s Bay to the Atherley Narrows outflow due to differences in the extent of anthropogenic impact and cumulative retention of phosphorous within sediments. Changes in assemblages and concentration of NPP within the cores reflect the history of settlement within Lake Simcoe basin, recording temporal differences in eutrophication.

Inhibition of human lung cancer cell proliferation and survival by wine

Compounds of plant origin and food components have attracted scientific attention for use as agents for cancer prevention and treatment. Wine contains polyphenols that were shown to have anti-cancer and other health benefits. The survival pathways of Akt and extracellular signal-regulated kinase (Erk), and the tumor suppressor p53 are key modulators of cancer cell growth and survival. In this study, we examined the effects of wine on proliferation and survival of human Non-small cell lung cancer (NSCLC) cells and its effects on signaling events.

Inhibition of human lung cancer cell proliferation and survival by wine

Compounds of plant origin and food components have attracted scientific attention for use as agents for cancer prevention and treatment. Wine contains polyphenols that were shown to have anti-cancer and other health benefits. The survival pathways of Akt and extracellular signal-regulated kinase (Erk), and the tumor suppressor p53 are key modulators of cancer cell growth and survival. In this study, we examined the effects of wine on proliferation and survival of human Non-small cell lung cancer (NSCLC) cells and its effects on signaling events.

Investigation of the Biological Effects of Rosemary (Rosmarinus Officinalis L.) Extract in Human Lung Cancer Cells

Cancer cells display enhanced growth rates and a resistance to apoptosis. Lung cancer accounts for the most cancer related deaths and non-small cell lung cancer (NSCLC) represents an aggressive form of lung cancer, accounting for almost 80% of all lung cancer cases. The phytochemical rosemary extract (RE) has been reported to have anticancer effects in vitro and in vivo however, limited evidence exists regarding the effects of RE and its polyphenolic constituents carnosic acid (CA) and rosmarinic acid (RA) in lung cancer. The present study shows RE, CA and RA inhibit lung cancer cell proliferation and survival in various NSCLC cell lines and that CA and RA interact synergistically to inhibit cell proliferation. Moreover RE, CA and RA are capable of altering activation and/or expression of Akt, ERK and AMPK, signaling molecules which regulate cell proliferation and survival. RE shows potential as an anticancer agent and should be further investigated.

Contribution of the C-terminal tri-lysine regions of human immunodeficiency virus type 1 integrase for efficient reverse transcription and viral DNA nuclear import

Affiliation: Zhujun Ao, Éric Cohen & Xiaojian Yao : Département de microbiologie et immunologie, Faculté de Médecine, Université de Montréal

Nanoparticules Chitosane-PEG-FA-ADN pour la thérapie génique non virale et application du gène de l’IL-1Ra dans un modèle expérimental d’arthrite rhumatoïde

La thérapie génique représente l'un des défis de la médecine des prochaines décennies dont la réussite dépend de la capacité d'acheminer l'ADN thérapeutique jusqu'à sa cible. Des structures non virales ont été envisagées, dont le chitosane, polymère cationique qui se combine facilement à l’ADN. Une fois le complexe formé, l’ADN est protégé des nucléases qui le dégradent. Le premier objectif de l'étude est de synthétiser et ensuite évaluer différentes nanoparticules de chitosane et choisir la mieux adaptée pour une efficacité de transfection sélective in vitro dans les cellules carcinomes épidermoïdes (KB). Le deuxième objectif de l'étude est d'examiner in vivo les effets protecteurs du gène de l'IL-1Ra (bloqueur naturel de la cytokine inflammatoire, l’Interleukine-1β) complexé aux nanoparticules de chitosane sélectionnées dans un modèle d'arthrite induite par un adjuvant (AIA) chez le rat. Les nanoparticules varient par le poids moléculaire du chitosane (5, 25 et 50 kDa), et la présence ou l’absence de l’acide folique (FA). Des mesures macroscopiques de l’inflammation seront évaluées ainsi que des mesures de concentrations de l’Interleukine-1β, Prostaglandine E2 et IL-1Ra humaine secrétés dans le sérum. Les nanoparticules Chitosane-ADN en présence de l’acide folique et avec du chitosane de poids moléculaire de 25 kDa, permettent une meilleure transfection in vitro. Les effets protecteurs des nanoparticules contenant le gène thérapeutique étaient évidents suite à la détection de l’IL-1Ra dans le sérum, la baisse d'expressions des facteurs inflammatoires, l’Interleukine-1 et la Prostaglandine-E2 ainsi que la diminution macroscopique de l’inflammation. Le but de cette étude est de développer notre méthode de thérapie génique non virale pour des applications cliniques pour traiter l’arthrite rhumatoïde et d’autres maladies humaines.

L’expérience de dispenser des soins palliatifs à domicile pour des infirmières travaillant dans un contexte non spécialisé

Depuis plusieurs années, la définition des soins palliatifs a été élargie pour inclure toutes les maladies ayant un pronostic réservé. Le Québec s’est doté d’une politique de soins palliatifs dont l’un des principes directeurs est de maintenir les patients dans leur milieu de vie naturel. Alors que présentement environ 10 % de la population nécessitant des soins palliatifs en reçoit, on peut s’attendre à une augmentation des demandes de soins palliatifs à domicile dans les CSSS du Québec. La présente étude a pour but de décrire et comprendre l’expérience de dispenser des soins palliatifs à domicile pour des infirmières travaillant dans un contexte non spécialisé. Une étude qualitative ayant comme perspective disciplinaire la théorie de l’humain-en-devenir de Parse a été réalisée. Des entrevues ont été effectuées auprès de huit infirmières travaillant au maintien à domicile d’un CSSS de la région de Montréal qui font des soins palliatifs dans un contexte non spécialisé. L’analyse des données a été effectuée selon la méthode d’analyse phénoménologique de Giorgi (1997). Les résultats s’articulent autour de trois thèmes qui décrivent l’expérience de dispenser des soins palliatifs à domicile pour des infirmières qui travaillent dans un contexte non spécialisé. Elles accompagnent les patients et leur famille, en s’engageant à donner des soins humains, et développant une relation d’accompagnement avec le patient et ses proches. Elles doivent composer avec les réactions du patient et de sa famille et doivent parfois informer le patient de la progression de son état de santé. De plus, elles se préoccupent de donner des soins de qualité en composant avec la complexité des soins palliatifs à domicile tout en s’assurant de soulager les symptômes des patients et de tenter de développer leur expertise. Finalement, le fait d’être confrontée à la mort permet de cheminer. Ainsi, les infirmières vivent des émotions, reçoivent du soutien, sont touchées personnellement par la mort, éprouvent de la satisfaction envers les soins qu’elles donnent et apprennent personnellement de leur expérience. L’essence du phénomène à l’étude est que lorsque les infirmières font un véritable accompagnement du patient et de sa famille en s’efforçant de donner des soins de qualité, cela crée des conditions permettant qu’un cheminement personnel et professionnel sur la vie et la mort soit effectué par les infirmières.

Savoir et affect : pour une économie du non-savoir

Il est peu de notions aussi vastes que celle du non-savoir, mais le flou du caractère nécessairement négatif de sa définition s’accompagne tout de même du sentiment que la source de ce qui ne peut qu’être déterminé négativement par la pensée (non, cela n’est pas le savoir) ne peut qu’être positive. Notion à l’applicabilité infinie, parce qu’en elle vient s’abîmer tout ce qui ne peut tenir dans l’espace de la maîtrise relative à ce dont on peut dire : je sais de quoi il s’agit. Est non-savoir tout ce qui se rapporte au bouillonnement pulsionnel de la vie et à l’échéance fatale de la mort. Ce qui pousse l’homme au meurtre, au génocide, à la guerre et à la violence révolutionnaire se confond avec un contenu affectif et identitaire qui ne peut être ramené au savoir sans laisser de reste. Mais tenter de comprendre ce qui échappe à l’entendement est cela même qui relance sans cesse la réflexion comprise comme cœur du savoir. Le savoir se montre ainsi sous une extrême dépendance face à son Autre. À la lumière de cette hypothèse devant beaucoup aux découvertes de la psychanalyse, le présent mémoire s’est donné pour objectif de jeter un regard frais sur quelques grandes tensions sociopolitiques de l’Histoire; mais il a d’abord fallu évaluer philosophiquement la possibilité d’un concept de non-savoir. Des champs identitaires majeurs — révolutions totalitaires ou démocratiques, bouleversements ou synergies culturelles — sont ainsi analysés sous l’angle d’une économie pulsionnelle qui s’inscrit dans une interaction perpétuelle avec ce qui s’ébauche ici comme une économie du rapport entre non-savoir et savoir. Est ainsi produite une esquisse des rapports possibles entre la vie pulsionnelle de l’homme, le savoir institutionnel et le monde sociopolitique.

The human right to water - normative foundations and ethical implications

La présente contribution examine les fondements normatifs ainsi que les implications éthiques du droit à l’eau, tel qu’il fut reconnu en 2002 par le comité onusien des droits économiques, sociaux et culturels. Il sera défendu que le droit à l’eau potable peut être justifié en tant que droit moral fondamental, de par son caractère indispensable en vue de la garantie des conditions basiques de survie. Cet état de fait, cependant, s’avère moins évident au vue d’un droit à l’eau d’usage non-domestique. Ici, la discussion se rapproche des débats accompagnant le concept beaucoup plus complexe des droits sociaux et économiques. Par rapport à ce groupe de droits, la question de l’allocation est des plus controversées: à qui incombe-t-il de garantir leur respect? Dans le but d’éviter cette problématique d’allocation, le présent essai soulèvera la question de savoir, si la limitation de l’accès à l’eau peut être conçue comme une violation d’autres droits moraux: bien qu’il y ait des cas où des entreprises transnationales déploient des activités nuisibles à l’égard des populations pauvres en polluant sciemment leurs ressources en eau ou en initiant et en exécutant des stratégies de privatisation les privant de leurs droits, la crise globale de l’eau ne saura être rattachée uniquement aux effets de la mondialisation. Plutôt, l’on reconnaîtra la nécessité d’efforts positifs et soutenus de la part des pays développés en vue de la réalisation d’un approvisionnement suffisant en eau pour tous.

Immuno-oncology of human prostate cancer : phenotypical characterization and study of the tumor-derived, androgen-regulated immunosuppressive microenvironment

Le cancer de la prostate est le cancer le plus fréquemment diagnostiqué chez les hommes canadiens et la troisième cause de décès relié au cancer. Lorsque diagnostiqué à un stade précoce de la maladie, le cancer de la prostate est traité de manière curative par chirurgie et radiothérapie. Par contre, les thérapies actuelles ne peuvent éradiquer la maladie lorsqu’elle progresse à des stades avancés. Ces thérapies, comme la chimiothérapie et l’hormonothérapie, demeurent donc palliatives. Il est primordial d’optimiser de nouvelles thérapies visant l’élimination des cellules cancéreuses chez les patients atteints des stades avancés de la maladie. Une de ces nouvelles options thérapeutiques est l’immunothérapie. L’immunothérapie du cancer a fait des progrès considérables durant les dernières années. Cependant, les avancements encourageants obtenus lors d’essais précliniques ne se sont pas encore traduits en des résultats cliniques significatifs. En ce qui concerne le cancer de la prostate, les résultats négligeables suivants des interventions immunothérapeutiques peuvent être causés par le fait que la plupart des études sur le microenvironnement immunologique furent effectuées chez des modèles animaux. De plus la majorité des études sur l’immunologie tumorale humaine furent effectuées chez des patients atteints d’autres cancers, tels que le mélanome, et non chez les patients atteints du cancer de la prostate. Donc, le but central de cette thèse de doctorat est d’étudier le microenvironnement immunologique chez les patients atteints du cancer de la prostate afin de mieux définir les impacts de la tumeur sur le développement de la réponse immunitaire antitumorale. Pour réaliser ce projet, nous avons établi deux principaux objectifs de travail : (i) la caractérisation précise des populations des cellules immunitaires infiltrant la tumeur primaire et les ganglions métastatiques chez les patients atteints du cancer de la prostate; (ii) l’identification et l’étude des mécanismes immunosuppressifs exprimés par les cellules cancéreuses de la prostate. Les résultats présentés dans cette thèse démontrent que la progression du cancer de la prostate est associée au développement d’un microenvironnement immunosuppressif qui, en partie, est régulé par la présence des androgènes. L’étude initiale avait comme but la caractérisation du microenvironnement immunologique des ganglions drainant la tumeur chez des patients du cancer de la prostate. Les résultats présentés dans le chapitre III nous a permis de démontrer que les ganglions métastatiques comportent des signes cellulaires et histopathologiques associés à une faible réactivité immunologique. Cette immunosuppression ganglionnaire semble dépendre de la présence des cellules métastatiques puisque des différences immunologiques notables existent entre les ganglions non-métastatiques et métastatiques chez un même patient. La progression du cancer de la prostate semble donc associée au développement d’une immunosuppression affectant les ganglions drainant la tumeur primaire. Par la suite, nous nous sommes intéressés à l’impact de la thérapie par déplétion des androgènes (TDA) sur le microenvironnement immunologique de la tumeur primaire. La TDA est associée à une augmentation marquée de l’inflammation prostatique. De plus, les protocoles d’immunothérapies pour le cancer de la prostate actuellement évalués en phase clinique sont dirigés aux patients hormonoréfractaires ayant subi et échoué la thérapie. Cependant, peu d’information existe sur la nature de l’infiltrat de cellules immunes chez les patients castrés. Il est donc essentiel de connaître la nature de cet infiltrat afin de savoir si celui-ci peut répondre de manière favorable à une intervention immunothérapeutique. Dans le chapitre IV, je présente les résultats sur l’abondance des cellules immunes infiltrant la tumeur primaire suivant la TDA. Chez les patients castrés, les densités de lymphocytes T CD3+ et CD8+ ainsi que des macrophages CD68+ sont plus importantes que chez les patients contrôles. Nous avons également observé une corrélation entre la densité de cellules NK et une diminution du risque de progression de la maladie (rechute biochimique). Inversement, une forte infiltration de macrophages est associée à un plus haut risque de progression. Conjointement, durant cette étude, nous avons développé une nouvelle approche informatisée permettant la standardisation de la quantification de l’infiltrat de cellules immunes dans les échantillons pathologiques. Cette approche facilitera la comparaison d’études indépendantes sur la densité de l’infiltrat immun. Ces résultats nous ont donc permis de confirmer que les effets pro-inflammatoires de la TDA chez les patients du cancer de la prostate ciblaient spécifiquement les lymphocytes T et les macrophages. L’hypothèse intéressante découlant de cette étude est que les androgènes pourraient réguler l’expression de mécanismes immunosuppressifs dans la tumeur primaire. Dans le chapitre V, nous avons donc étudié l’expression de mécanismes immunosuppressifs par les cellules cancéreuses du cancer de la prostate ainsi que leur régulation par les androgènes. Notre analyse démontre que les androgènes augmentent l’expression de molécules à propriétés immunosuppressives telles que l’arginase I et l’arginase II. Cette surexpression dépend de l’activité du récepteur aux androgènes. Chez les patients castrés, l’expression de l’arginase II était diminuée suggérant une régulation androgénique in vivo. Nous avons observé que l’arginase I et l’arginase II participent à la prolifération des cellules du cancer de la prostate ainsi qu’à leur potentiel immunosuppressif. Finalement, nous avons découvert que l’expression de l’interleukin-8 était aussi régulée par les androgènes. De plus, l’interleukin-8, indépendamment des androgènes, augmente l’expression de l’arginase II. Ces résultats confirment que les androgènes participent au développement d’une microenvironnement immunosuppressif dans le cancer de la prostate en régulant l’expression de l’arginase I, l’arginase II et l’interleukin-8. En conclusion, les résultats présentés dans cette thèse témoignent du caractère unique du microenvironnement immunologique chez les patients atteints du cancer de la prostate. Nos travaux ont également permis d’établir de nouvelles techniques basées sur des logiciels d’analyse d’image afin de mieux comprendre le dialogue entre la tumeur et le système immunitaire chez les patients. Approfondir les connaissances sur les mécanismes de régulation du microenvironnement immunologique chez les patients atteint du cancer de la prostate permettra d’optimiser des immunothérapies mieux adaptées à éradiquer cette maladie.