Isolierung und Identifizierung von wachstumsfördernden Substanzen für das weinrelevante Bakterium Oenococcus oeni aus Fruchtsäften und Blattextrakten

Neben Tomatensaft wurde eine Vielzahl von Säften und Blattextrakten als Medienzusätze auf Wachstumsförderung bei 30 verschiedenen Oenococcus oeni-Stämmen getestet. Es zeigte sich eine breite Wachstumsförderung bei allen Zusätzen mit Ausnahme von Zitronensaft, sodass die Wachstumsfaktoren keine tomatenspezifischen Inhaltsstoffe sein können und eher ubiquitär in der Pflanzenwelt vorkommen. Das Ausmaß der Wachstumsförderung war stammabhängig sehr unterschiedlich und Tomatensaft stellte keineswegs für alle Stämme den optimalen Medienzusatz dar. Durch Schälen der Früchte war eine für die Analytik hilfreiche Abtrennung schalenspezifischer Inhaltsstoffe möglich, wobei auch die Schalenextrakte großes Potential für die Suche nach Wachstumsfaktoren offenbarten und die Wichtigkeit einer Auftrennung der Frucht in die verschiedenen Fruchtbereiche betonte. Aus Tomatensaft konnte analytisch der anorganische Wachstumsfaktor Mangan identifiziert werden. Die größten Zelldichten der Oenokokken-Stämme wurden hierbei bei 67 µM und 34 mM Manganzusatz erreicht. Bei 13 von 20 getesteten Oenokokkenstämmen konnte bei Zusatz von 34 mM Mangan der Tomatensaft ersetzt werden, bei 4 Stämmen (z. B. Stamm B2) fehlten jedoch noch weitere Wachstumsfaktoren und bei 3 Stämmen (z. B. Stamm B120) kam es zu einem verfrühten Absterben. Da weitere Mineralstoffe sowie veraschte Säfte und Blattextrakte keinen positiven Einfluß auf die Oenokokken-Zelldichte hatten, wurde mittels semipräparativer HPLC nach zusätzlichen organischen Wachstumsfaktoren für den Stamm B2 gesucht. Hierzu wurde der nachfolgende Wachstums-Assay miniaturisiert und erfolgreich auf Microtiterplatten etabliert. Es gelang die Isolierung und Identifizierung eines wachstumsfördernden Trisaccharides aus Mangoschalen-Extrakt, das aus den Zuckern Glucose, Rhamnose und Arabinose bestand. Von den monomeren Zuckern erhöhte lediglich die Arabinose die Zelldichte, das Optimum lag bei 1,5 g/l. Auch aus Zitronenmesokarp-Extrakt war die Isolierung eines wachstumsfördernden arabinosehaltigen Disaccharides möglich, die Menge reichte jedoch noch nicht für eine genaue Identifizierung aus. Desweiteren erwies sich 1,5 g/l Cystein als wachstumsstimulierend. Ein Zusatz aller gefundenen Wachstumsfaktoren (34 mM Mangan, 1,5 g/l Arabinose und 1,5 g/l Cystein) ersetzte den Tomatensaft bei weiteren Oenokokken-Stämmen (z.B. Stamm B120) komplett, wobei bei allen Stämmen sogar eine schnellere Anzucht erfolgte. Neben dem Tomatensaft war auch der Zusatz von Hefeextrakt zum Grundmedium nicht mehr nötig, sodass ein neues vereinfachtes Medium für die Anzucht von Oenokokken mit komplexen Nährstoffansprüchen vorgeschlagen werden konnte. Lediglich beim Stamm B2 zeigte sich noch ein OD-Unterschied von 0,2 in der stationären Phase, der nach Adsorptionsversuchen an Polyvinylpolypyrrolidon auf noch unidentifizierte Polyphenole im Tomatensaft zurückzuführen ist. Aus grünem Tee erwies sich das Polyphenol Epigallocatechingallat (EGCG) konzentrationsabhängig sowohl als Hemmstoff (>550 mg/l EGCG) als auch Wachstumsfaktor (400-500 mg/l EGCG) für den Oenokokken-Stamm B2. Der hemmende als auch der fördernde Einfluss auf das Wachstum wurde mittels Sytox/DAPI-Färbung bestätigt. Der sogenannte „Tomatensaft-Faktor“ ist also nicht eine spezielle Substanz, sondern das synergistische Zusammenwirken mehrerer einfacher Substanzen wie Mineralstoffe, Aminosäuren, Kohlenhydrate und Polyphenole. Auch sind die Oenokokken-Stämme bezüglich ihres Nährstoffbedarfes sehr unterschiedlich, sodass für jeden Stamm einzeln das optimale Substratspektrum ermittelt werden muss.

Massenspektrometrische Untersuchungen und Nachweise von organischen Hydroperoxiden und höhermolekularen Verbindungen im biogenen sekundären organischen Aerosol

Atmosphärische Aerosole beeinflussen den Strahlungshaushalt und damit das Klima der Erde. Dies geschieht sowohl direkt (Streuung und Absorption), als auch indirekt (Wolkenkondensationskeime). Das sekundäre organische Aerosol (SOA) bildet einen wichtigen Bestandteil des atmosphärischen Aerosols. Seine Bildung erfolgt durch Reaktionen von Kohlenwasserstoffen mit atmosphärischen Oxidationsmitteln (z.B. Ozon, OH-Radikalen). Eine Klasse dieser Kohlenwasserstoffe sind die Terpene. Sie werden in großen Mengen durch die Vegetation emittiert und gelten als wichtige Vorläufersubstanzen des biogenen SOAs. In den Reaktionen von Monoterpenen und Sesquiterpenen mit atmosphärischen Reaktionspartnern wird eine große Vielfalt an multifunktionellen Reaktionsprodukten gebildet, von denen bis heute nur ein Bruchteil identifiziert werden konnte. In der vorliegenden Arbeit soll im Speziellen die Bildung von organischen Peroxiden und oligomeren Verbindungen im biogenen SOA untersucht und Nachweise einzelner Moleküle erbracht werden.rnFür eine Identifizierung von organischen Peroxiden aus der Oxidation einzelner Monoterpene und Sesquiterpene mit Ozon wurden die Reaktionsprodukte direkt in eine bei Atmosphärendruck arbeitende chemische Ionisationsquelle überführt und massenspektrometrisch untersucht (online-APCI-MS). Hierdurch konnten organische Hydroperoxide in der Partikelphase nachgewiesen werden, welche sich durch eine signifikante Abspaltung von H2O2 im Tandem-Massenspektrum (MS/MS) auszeichneten. Des Weiteren sollte die Bildung von höhermolekularen Verbindungen („Dimere“) im SOA des α-Pinens untersucht werden. Hierfür wurden zunächst die Reaktionsprodukte des Cyclohexens, das als einfache Modellverbindung des α-Pinens dient, mittels online-APCI-MS und offline durch Flüssigkeitschromatographie und Elektrospray-Ionenfallenmassenspektrometrie (HPLC/ESI-MS) untersucht. Verschiedene Produkte der Cyclohexen-Ozonolyse konnten hierbei als Esterverbindungen identifiziert werden, wobei eigens synthetisierte Referenzsubstanzen für die Identifizierung verwendet wurden. In einem weiteren Experiment, indem gleichzeitig Cyclohexen und α-Pinen mit Ozon umgesetzt wurden, konnten ebenfalls eine Bildung von höhermolekularen Estern nachgewiesen werden. Es handelte sich hierbei um „Mischester“, deren Struktur aus Reaktionsprodukten der beiden VOC-Vorläufermoleküle aufgebaut war. Durch diese neuen Erkenntnisse, über die Bildung von Estern im SOA des Cyclohexens, wurden die Dimer-Bildung einer reinen α-Pinen/Ozon-Reaktion online und offline massenspektrometrisch untersucht. Hier stellten sich als Hauptprodukte die Verbindungen mit m/z 357 und m/z 367 ([M-H]--Ionen) heraus, welche zudem erstmals auf einem Filter einer Realprobe aus Hyytiälä, Finnland nachgewiesen werden konnten. Aufgrund ihrer Fragmentierung in MS/MS-Untersuchungen sowie den exakten Summenformeln aus FT-MS Messungen konnte für die Struktur der höhermolekularen Verbindung mit m/z 367 ebenfalls ein Ester und für m/z 357 ein Peroxyhemiacetal vorgeschlagen werden. Die vorgeschlagene Struktur der Verbindung m/z 367 konnte im Anschluss über eine Reaktion aus Hydroxypinonsäure mit Pinsäure bestätigt werden. Die Identifizierung der Esterverbindung des α-Pinen-SOA erfolgte ebenfalls mit Hilfe von LC-MSn-Messungen.rnDie bisher diskutierten Ergebnisse, sowie die meisten in der Literatur beschriebenen Studien befassen sich jedoch mit einzelnen Vorläuferverbindungen, im Gegensatz zu den komplexen SOA-Proben aus den Emissionen der Vegetation. Im Rahmen einer Messkampagne am Forschungszentrum Jülich erfolgte eine massenspektrometrische Charakterisierung (online-APCI-MS) des SOAs aus direkten VOC-Emissionen von Pflanzen. Durch einen Vergleich der Produktverteilung dieser erhalten online-Massenspektren mit denen aus den Reaktionen einzelner VOCs, konnten Aussagen über die in den Reaktionen umgesetzten VOCs gemacht werden. Es konnte gezeigt werden, dass in stressbedingten Situationen die untersuchten Exemplare der Betula pendula (Birke) hauptsächlich Sesquiterpene, Picea abies (Fichte) eher Monoterpene und Eucalyptus (Eukalyptus) sowohl Sesquiterpene als auch Monoterpene emittieren. Um die atmosphärischen Prozesse, die zur Bildung der Produkte im SOA führen vollständig zu verstehen, müssen jedoch noch weitere Anstrengungen unternommen werden.rn

Tutela e valorizzazione delle produzioni agroalimentari di qualità attraverso strategie di brand management.Il modello Coop.

Questa tesi di dottorato verte sull'individuazione di politiche industriali atte ad implementare il mercato dei prodotti a denominazione di origine. Inevitabilmente, l’analisi economica dei prodotti agroalimentari tipici di qualità implica anche l’approfondimento e l’individuazione, delle problematiche connesse con la creazione di un valore addizionale per il consumatore, rispetto a quello dei prodotti standardizzati. Questo approccio richiama l’attenzione, da una parte, sulle caratteristiche della domanda e sulla disponibilità del consumatore a riconoscere e apprezzare questo plus-valore, dall’altra sulle strategie che l’offerta può attivare per conseguire un premium price rispetto al prodotto standardizzato. Le certificazioni comunitarie Dop, Igp e Stg oltre che il marchio di prodotto biologico racchiudono, solitamente, tali dinamiche valoriali ma sono tutt’oggi poco conosciute dai consumatori. Diversi studi internazionali dimostrano, infatti, che la maggioranza dei cittadini comunitari ignorano il significato delle certificazioni di qualità. L’ipotesi di fondo di questo studio si basa sulla possibilità di fidelizzare questi marchi con i brand della grande distribuzione già affermati, come quello di Coop. Analizzare gli effetti dell’introduzione di prodotti private label a denominazione di origine nel mercato della grande distribuzione organizzata italiana ci permetterebbe di comprendere se questo segmento di mercato può aiutare il settore delle Dop/Igp. Questo studio ha cercato di verificare se il prodotto private label a denominazione di origine, riesca a sfruttare il doppio binario di fiducia rappresentato dal marchio comunitario unito a quello dell’impresa di distribuzione. Per comprendere la propensione del consumatore a spendere di più per questi prodotti, abbiamo utilizzato l’analisi dell’elasticità della domanda sul prezzo dei dati scanner fornitici da Coop Adriatica. Siamo riusciti a dimostrare tale positivo connubio confermato anche da una indagine demoscopica effettuata ad hoc sui consumatori.

Identifizierung, Quantifizierung und Hemmung von ausgewählten Hefen im Wein

Hefen stellen einen großen und wichtigen Teil der Mikrobiota während der Weinbereitung dar, da ohne ihre alkoholische Fermentation die Umwandlung von Most und Wein nicht möglich wäre. Ferner ist es ihre Vielzahl an Stoffwechselprodukten, die dem Aroma des fertigen Weines eine zusätzliche Komplexität verleihen. Auf der anderen Seite steht durch den Metabolismus verschiedenster so genannter Wildhefen die Gefahr von Qualitätsabstufungen der Weine, was allgemein als „Weinfehler“ betrachtet wird. Ziel dieser Arbeit war zum einen die taxonomische Einordnung von Saccharomyces-Spezies, sowie die Quantifizierung und Hemmung von ausgewählten Wildhefen während der Weinbereitung.rnEin Teil dieser Arbeit umfasste die Identifizierung der nahverwandten Mitglieder der Saccharomyces sensu stricto-Gruppe. Durch den Einsatz des DNA-Fingerpinting-Systems SAPD-PCR konnten alle die Gruppe umfassenden Spezies anhand spezifischer Bandenmuster nachgewiesen werden, wodurch eine Einordnung dieser schwer zu differenzierenden Arten möglich war. Die Differenzierung zwischen den einzelnen Spezies war in jedem Fall deutlicher als dies die Sequenzierung der 5.8S rDNA und ihre flankierenden ITS-Regionen vermochte. Die SAPD-PCR zeichnete sich zudem durch eine geringe Muster-Varianz bei verschiedenen Stämmen einer Art aus und konnte zuverlässig unbekannte Stämme bestimmen und bereits hinterlegte Stämme neu klassifizieren. Zudem konnte mit Hilfe dieses Systems Hybride aus Saccharomyces cerevisiae und S. bayanus bzw. S. cerevisiae und S. kudriavzevii detektiert werden, wenn diese Hybride aus relativ gleichen genomischen Anteilen der Eltern bestanden. rnZusätzlich wurde ein quantitatives PCR-System entwickelt, um die Gattungen Saccharomyces, Hanseniaspora und Brettanomyces in Most und Wein detektieren und quantifizieren zu können. Die hierfür entwickelten Primer zeigten sich spezifisch für die untersuchten Arten. Durch die serielle Verdünnung definierter DNA-Mengen konnte für alle drei Systeme eine Kalibrierungskurve erstellt werden, mit Hilfe derer die tatsächlichen Quantifizierungen durchgeführt wurden. Die qPCR-Analyse lieferte ähnliche Zellzahlen wie Lebendzellzahl-Bestimmungen und wurde nicht von anderen Spezies und von Traubensaft gestört. Die maximal detektierbare Zellzahl betrug 2 x 107 Zellen/ml, während die minimale Detektionsgrenze je nach Art zwischen 1 x 102 Zellen/ml und 1 x 103 Zellen/ml lag. Allerdings konnte eine effektive DNA-Isolierung dieser geringen Zellzahlen nur erreicht werden, wenn die Zellzahl durch artfremde Hefen künstlich erhöht wurde. Die Analyse einer Most-Vergärung mit den drei Spezies zeigte schlussendlich, dass die quantitative PCR sicher und schnell Veränderungen und Sukzessionen detektiert und so ein geeignetes Mittel darstellt, um Populationsdynamiken während der Weinherstellung zu beobachten. rnDer letzte Teil dieser Arbeit befasste sich mit der Inhibierung von Schadhefen durch zellwand-hydrolysierende Enzyme. Es konnte hierbei eine endoglykosidisch wirkende β-1,3-Glucanase aus dem Bakterium Delftia tsuruhatensis isoliert werden. Diese besaß eine ungefähre Masse von 28 kDa, einen isolektrischen Punkt von ca. 4,3 und wirkte mit einer spezifischen Aktivität von 10 U/mg Protein gegen das Glucan Laminarin. Zudem zeigte das Enzym ein Temperaturoptimum von 50 °C und ein pH-Optimum bei pH 4,0. Weinparameter wie erhöhte Konzentrationen an Ethanol, Phenolen und Sulfit beeinflussten die Wirkung des Enzyms nicht oder nur wenig. Neben der allgemeinen Wirkung gegen β-1,3-Glucane konnte hier auch gezeigt werden, dass ebenso gut die β-1,3-Glucane in der Zellwand verschiedener Hefen hydrolysiert wurden. Fluoreszenz- und rasterelektronen-mikroskopische Aufnahmen von Hefezellen nach Inkubation mit der β-1,3-Glucanase zeigten zusätzlich die Zerstörung der Zelloberfläche der Hefen. Die lytische Wirkung des Enzyms wurde an verschiedenen weintypischen Hefen getestet. Hierbei zeigten sich stammspezifische Unterschiede in der Sensitivität gegenüber dem Enzym. Außerdem konnte festgestellt werden, dass sowohl Wachstumsphase als auch Medium der Hefen Einfluss auf deren Zellwand hat und somit auch auf die Wirkung des Enzyms.rn

Measurement of the forward-backward asymmetry of Z boson decays in electron-positron pairs with the ATLAS detector in proton-proton collisions at root out s = 7TeV at the LHC

In this thesis the measurement of the effective weak mixing angle wma in proton-proton collisions is described. The results are extracted from the forward-backward asymmetry (AFB) in electron-positron final states at the ATLAS experiment at the LHC. The AFB is defined upon the distribution of the polar angle between the incoming quark and outgoing lepton. The signal process used in this study is the reaction pp to zgamma + X to ee + X taking a total integrated luminosity of 4.8\,fb^(-1) of data into account. The data was recorded at a proton-proton center-of-mass energy of sqrt(s)=7TeV. The weak mixing angle is a central parameter of the electroweak theory of the Standard Model (SM) and relates the neutral current interactions of electromagnetism and weak force. The higher order corrections on wma are related to other SM parameters like the mass of the Higgs boson.rnrnBecause of the symmetric initial state constellation of colliding protons, there is no favoured forward or backward direction in the experimental setup. The reference axis used in the definition of the polar angle is therefore chosen with respect to the longitudinal boost of the electron-positron final state. This leads to events with low absolute rapidity have a higher chance of being assigned to the opposite direction of the reference axis. This effect called dilution is reduced when events at higher rapidities are used. It can be studied including electrons and positrons in the forward regions of the ATLAS calorimeters. Electrons and positrons are further referred to as electrons. To include the electrons from the forward region, the energy calibration for the forward calorimeters had to be redone. This calibration is performed by inter-calibrating the forward electron energy scale using pairs of a central and a forward electron and the previously derived central electron energy calibration. The uncertainty is shown to be dominated by the systematic variations.rnrnThe extraction of wma is performed using chi^2 tests, comparing the measured distribution of AFB in data to a set of template distributions with varied values of wma. The templates are built in a forward folding technique using modified generator level samples and the official fully simulated signal sample with full detector simulation and particle reconstruction and identification. The analysis is performed in two different channels: pairs of central electrons or one central and one forward electron. The results of the two channels are in good agreement and are the first measurements of wma at the Z resonance using electron final states at proton-proton collisions at sqrt(s)=7TeV. The precision of the measurement is already systematically limited mostly by the uncertainties resulting from the knowledge of the parton distribution functions (PDF) and the systematic uncertainties of the energy calibration.rnrnThe extracted results of wma are combined and yield a value of wma_comb = 0.2288 +- 0.0004 (stat.) +- 0.0009 (syst.) = 0.2288 +- 0.0010 (tot.). The measurements are compared to the results of previous measurements at the Z boson resonance. The deviation with respect to the combined result provided by the LEP and SLC experiments is up to 2.7 standard deviations.

Diversity of baculoviruses isolated from cutworms (Agrotis spp.)

Larven der Eulenfalter, Gattung Agrotis (Lepidoptera: Noctuidae), sind Schädlinge in der Landwirtschaft, welche gravierende Fraßschäden an bodennahen Pflanzenteilen verursachen. Häufig kommt es zum Absterben der noch jungen Pflanzen oder zu Beschädigungen der pflanzlichen Produkte, was zu finanziellen Ertragsverlusten führt. Zwei der wichtigsten landwirtschaftlichen Schädlinge der Gattung Agrotis sind die Larven der Saateule (Agrotis segetum) und der Ypsiloneule (Agrotis ipsilon), welche bisher überwiegend mittels chemischer Pestizide bekämpft werden. Als eine umweltfreundliche, nachhaltige und vielversprechende Alternative in der Bekämpfung wird der Einsatz von Baculoviren berücksichtigt. Baculoviren zeichnen sich durch eine hohe Virulenz und einem sehr engen Wirtsbereich aus. Häufig werden nur wenige nah verwandte Arten der gleichen Gattung infiziert. Aus der Gattung Agrotis wurden bisher mindestens vier Baculoviren isoliert und charakterisiert, welche als potentielle biologische Pflanzenschutzmittel in Frage kommen; sie gehören zu zwei Gattungen der Baculoviren: rnAlphabaculovirusrn(i) Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus A (AgseNPV-A)rn(ii) Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus B (AgseNPV-B)rn(iii) Agrotis ipsilon nucleopolyhedrovirus (AgipNPV)rnBetabaculovirusrn(i) Agrotis segetum granulovirus (AgseGV).rnDie Genome der AgseNPV-A, AgipNPV sowie des AgseGV wurden in vorherigen Studien bereits vollständig sequenziert und publiziert. In der vorgelegten Dissertation wurde das AgseNPV-B sequenziert und umfassend mit AgseNPV-A und AgipNPV verglichen. Das Genom von AgseNPV-B ist 148981 Kbp groß und kodiert ….. offene Leseraster. Phylogenetische Analysen zeigen eine enge Verwandtschaft dieser drei Viren und klassifizieren AgseNPV-B als eine neue Art innerhalb der Gattung Alphabaculovirus. Auf Basis der vorhandenen Genomsequenzen konnte eine PCR-basierende Methode zur Detektion und Quantifizierung on AgseNPV-A, AgseNPV-B, AgipNPV und AgseGV etabliert werden. Dises Verfahren ermöglichte die Quantifizierung von AgseNPV-B und AgseGV in Larven von A. segetum, die von beiden Viren zeitgleichinfiziert waren. Durch das gemeinsame Auftreten dieser beiden Wiren innerhalb eines Wirtsindividuums stellte sich die Frage, welche Art der Interaktion bei einer Ko-Infektion vorliegt. Durch Mischinfektionsversuche von AgseNPV-B und AgseGV konnte gezeigt werden, dass beide Viren um die Ressourcen der Larven konkurrieren. Eine für landwirtschaftliche Zwecke vorteilige Interaktion, wie das vorzeitige Verenden der Larven, das bereits für andere interagierende Baculoviren nachgewiesen wurde, konnte ausgeschlossen werden. Neben den Mischinfektionsversuchen wurden auch AgseGV und AgseNPV-B einzeln auf ihre Eignung als biologisches Pflanzenschutzmittel getestet. AgseGV zeigte in den Laborversuchen eine relativ langsame Wirkung, während AgseNPV-B durchaus Potential für ein rasche Abtötung besitzt. rnDie durchgeführten Aktivitätsstudien und die Charakterisierung von AgseNPV-B als neue Art erlauben ein vertieftes biologisches und molekulares Verständnis des Virus legen den Grundstein für und eine mögliche spätere Zulassung als Pflanzenschutzmittel. Die Methode zur Identifizierung und Quantifizierung der Agrotis-Baculoviren stellt ein wichtiges Instrument in der Qualitätskontrolle für Produzenten dar und ermöglicht zudem weitere Untersuchungen von Agrotis-Baculoviren in Mischinfektionen.

Multimodal Registration Procedure for the Initial Spatial Alignment of a Retinal Video Sequence to a Retinal Composite Image

Accurate placement of lesions is crucial for the effectiveness and safety of a retinal laser photocoagulation treatment. Computer assistance provides the capability for improvements to treatment accuracy and execution time. The idea is to use video frames acquired from a scanning digital ophthalmoscope (SDO) to compensate for retinal motion during laser treatment. This paper presents a method for the multimodal registration of the initial frame from an SDO retinal video sequence to a retinal composite image, which may contain a treatment plan. The retinal registration procedure comprises the following steps: 1) detection of vessel centerline points and identification of the optic disc; 2) prealignment of the video frame and the composite image based on optic disc parameters; and 3) iterative matching of the detected vessel centerline points in expanding matching regions. This registration algorithm was designed for the initialization of a real-time registration procedure that registers the subsequent video frames to the composite image. The algorithm demonstrated its capability to register various pairs of SDO video frames and composite images acquired from patients.

How reliable are Hounsfield-unit measurements in forensic radiology?

OBJECTIVE: To assess the reliability of computed tomography (CT) numbers, also known as Hounsfield-units (HU) in the differentiation and identification of forensically relevant materials and to provide instructions to improve the reproducibility of HU measurements in daily forensic practice. MATERIALS AND METHODS: We scanned a phantom containing non-organic materials (glass, rocks and metals) on three different CT scanners with standardized parameters. The t-test was used to assess the influence of the scanner, the size and shape of different types of regions-of-interest (ROI), the composition and shape of the object, and the reader performance on HU measurements. Intra-class correlation coefficient was used to assess intra- and inter-reader reliability. RESULTS: HU values did not change significantly as a function of ROI-shape or -size (p>0.05). Intra-reader reliability reached ICC values >0.929 (p<0.001). Inter-reader reliability was also excellent with an ICC of 0.994 (p<0.001). Four of seven objects yielded significantly different CT numbers at different levels within the object (p<0.05). In 6/7 objects the HU changed significantly from CT scanner to CT scanner (p<0.05). CONCLUSION: Reproducible CT number measurements can be achieved through correct ROI-placement and repeat measurements within the object of interest. However, HU may differ from CT-scanner to CT-scanner. In order to obtain comparable CT numbers we suggest that a dedicated Forensic Reference Phantom be developed.

Reporting quality of abstracts of randomized controlled trials published in leading orthodontic journals from 2006 to 2011

Optimal reporting of randomized trials and abstracts enhances transparency and facilitates assessment and identification of trials. The purpose of this study was to investigate the quality of reporting of abstracts of randomized controlled trials published in orthodontic journals.

Actinobaculum schaalii an emerging pediatric pathogen?

Background Actinobaculum schaalii was first described as a causative agent for human infection in 1997. Since then it has mainly been reported causing urinary tract infections (UTI) in elderly individuals with underlying urological diseases. Isolation and identification is challenging and often needs molecular techniques. A. schaalii is increasingly reported as a cause of infection in humans, however data in children is very limited. Case presentation We present the case of an 8-month-old Caucasian boy suffering from myelomeningocele and neurogenic bladder who presented with a UTI. An ultrasound of the urinary tract was unremarkable. Urinalysis and microscopy showed an elevated leukocyte esterase test, pyuria and a high number of bacteria. Empiric treatment with oral co-trimoxazole was started. Growth of small colonies of Gram-positive rods was observed after 48 h. Sequencing of the 16S rRNA gene confirmed an A. schaalii infection 9 days later. Treatment was changed to oral amoxicillin for 14 days. On follow-up urinalysis was normal and urine cultures were negative. Conclusions A.schaalii is an emerging pathogen in adults and children. Colonization and subsequent infection seem to be influenced by the age of the patient. In young children with high suspicion of UTI who use diapers or in children who have known abnormalities of their urogenital tract, infection with A. schaalii should be considered and empiric antimicrobial therapy chosen accordingly.

A Robust Parser of Czech

Mr. Kubon's project was inspired by the growing need for an automatic, syntactic analyser (parser) of Czech, which could be used in the syntactic processing of large amounts of texts. Mr. Kubon notes that such a tool would be very useful, especially in the field of corpus linguistics, where creating a large-scale "tree bank" (a collection of syntactic representations of natural language sentences) is a very important step towards the investigation of the properties of a given language. The work involved in syntactically parsing a whole corpus in order to get a representative set of syntactic structures would be almost inconceivable without the help of some kind of robust (semi)automatic parser. The need for the automatic natural language parser to be robust increases with the size of the linguistic data in the corpus or in any other kind of text which is going to be parsed. Practical experience shows that apart from syntactically correct sentences, there are many sentences which contain a "real" grammatical error. These sentences may be corrected in small-scale texts, but not generally in the whole corpus. In order to be able to complete the overall project, it was necessary to address a number of smaller problems. These were; 1. the adaptation of a suitable formalism able to describe the formal grammar of the system; 2. the definition of the structure of the system's dictionary containing all relevant lexico-syntactic information, and the development of a formal grammar able to robustly parse Czech sentences from the test suite; 3. filling the syntactic dictionary with sample data allowing the system to be tested and debugged during its development (about 1000 words); 4. the development of a set of sample sentences containing a reasonable amount of grammatical and ungrammatical phenomena covering some of the most typical syntactic constructions being used in Czech. Number 3, building a formal grammar, was the main task of the project. The grammar is of course far from complete (Mr. Kubon notes that it is debatable whether any formal grammar describing a natural language may ever be complete), but it covers the most frequent syntactic phenomena, allowing for the representation of a syntactic structure of simple clauses and also the structure of certain types of complex sentences. The stress was not so much on building a wide coverage grammar, but on the description and demonstration of a method. This method uses a similar approach as that of grammar-based grammar checking. The problem of reconstructing the "correct" form of the syntactic representation of a sentence is closely related to the problem of localisation and identification of syntactic errors. Without a precise knowledge of the nature and location of syntactic errors it is not possible to build a reliable estimation of a "correct" syntactic tree. The incremental way of building the grammar used in this project is also an important methodological issue. Experience from previous projects showed that building a grammar by creating a huge block of metarules is more complicated than the incremental method, which begins with the metarules covering most common syntactic phenomena first, and adds less important ones later, especially from the point of view of testing and debugging the grammar. The sample of the syntactic dictionary containing lexico-syntactical information (task 4) now has slightly more than 1000 lexical items representing all classes of words. During the creation of the dictionary it turned out that the task of assigning complete and correct lexico-syntactic information to verbs is a very complicated and time-consuming process which would itself be worth a separate project. The final task undertaken in this project was the development of a method allowing effective testing and debugging of the grammar during the process of its development. The problem of the consistency of new and modified rules of the formal grammar with the rules already existing is one of the crucial problems of every project aiming at the development of a large-scale formal grammar of a natural language. This method allows for the detection of any discrepancy or inconsistency of the grammar with respect to a test-bed of sentences containing all syntactic phenomena covered by the grammar. This is not only the first robust parser of Czech, but also one of the first robust parsers of a Slavic language. Since Slavic languages display a wide range of common features, it is reasonable to claim that this system may serve as a pattern for similar systems in other languages. To transfer the system into any other language it is only necessary to revise the grammar and to change the data contained in the dictionary (but not necessarily the structure of primary lexico-syntactic information). The formalism and methods used in this project can be used in other Slavic languages without substantial changes.

Sodium/hydrogen exchanger NHA2 is critical for insulin secretion in β-cells

NHA2 is a sodium/hydrogen exchanger with unknown physiological function. Here we show that NHA2 is present in rodent and human β-cells, as well as β-cell lines. In vivo, two different strains of NHA2-deficient mice displayed a pathological glucose tolerance with impaired insulin secretion but normal peripheral insulin sensitivity. In vitro, islets of NHA2-deficient and heterozygous mice, NHA2-depleted Min6 cells, or islets treated with an NHA2 inhibitor exhibited reduced sulfonylurea- and secretagogue-induced insulin secretion. The secretory deficit could be rescued by overexpression of a wild-type, but not a functionally dead, NHA2 transporter. NHA2 deficiency did not affect insulin synthesis or maturation and had no impact on basal or glucose-induced intracellular Ca(2+) homeostasis in islets. Subcellular fractionation and imaging studies demonstrated that NHA2 resides in transferrin-positive endosomes and synaptic-like microvesicles but not in insulin-containing large dense core vesicles in β-cells. Loss of NHA2 inhibited clathrin-dependent, but not clathrin-independent, endocytosis in Min6 and primary β-cells, suggesting defective endo-exocytosis coupling as the underlying mechanism for the secretory deficit. Collectively, our in vitro and in vivo studies reveal the sodium/proton exchanger NHA2 as a critical player for insulin secretion in the β-cell. In addition, our study sheds light on the biological function of a member of this recently cloned family of transporters.

Fluorescent microangiography (FMA): an improved tool to visualize the pulmonary microvasculature

Visualization of the complex lung microvasculature and resolution of its three-dimensional architecture remains a difficult experimental challenge. We present a novel fluorescent microscopy technique to visualize both the normal and diseased pulmonary microvasculature. Physiologically relevant pulmonary perfusion conditions were applied using a low-viscosity perfusate infused under continuous airway ventilation. Intensely fluorescent polystyrene microspheres, confined to the vascular space, were imaged through confocal optical sectioning of 200 microm-thick lung sections. We applied this technique to rat lungs and the markedly enhanced depth of field in projected images allowed us to follow vascular branching patterns in both normal lungs and lungs from animals with experimentally induced pulmonary arterial hypertension. In addition, this method allowed complementary immunostaining and identification of cellular components surrounding the blood vessels. Fluorescent microangiography is a widely applicable and quantitative tool for the study of vascular changes in animal models of pulmonary disease.

Susceptibility of Escherichia coli strains isolated from outpatient children with community-acquired urinary tract infection in southern Switzerland

BACKGROUND: Based on antimicrobial resistance patterns found in Swiss university hospitals, treatment with a third-generation cephalosporin is currently advised for Swiss children with urinary tract infection. OBJECTIVE: The aim of this study was to prospectively assess the susceptibility of Escherichia coli strains isolated from children with symptomatic community-acquired urinary tract infection. METHODS: The antimicrobial susceptibility of E coli strains causing symptomatic community-acquired urinary tract infections was assessed in outpatient children attending the emergency management unit at the Department of Pediatrics, Mendrisio and Bellinzona Hospitals, Switzerland. Strains from children receiving antimicrobial prophylaxis or prescribed antimicrobials in the previous 4 weeks were excluded. Clinical and Laboratory Standards Institute methods were used for culture and identification of pathogens. E coli susceptibility testing was performed using the disk diffusion technique. RESULTS: Strains from 100 consecutive outpatient children (73 girls, 27 boys; aged 5 weeks-17 years [median, 33 months]; 100% white) were assessed. High rates of ampicillin and cotrimoxazole resistance (39 and 21 strains, respectively) and low rates of nitrofurantoin resistance (4 strains) were identified. No resistance was identified for coamoxiclav or third-generation cephalosporins. CONCLUSIONS: In these Swiss outpatient children with symptomatic community-acquired urinary tract infection, without antimicrobial prophylaxis or recent prescription of antimicrobials, uropathogenic E coli strains resistant in vitro to ampicillin and cotrimoxazole were common. However, in vitro resistance to nitrofurantoin, coamoxiclav, and third-generation cephalosporins was uncommon.

Structural model of the CopA copper ATPase of Enterococcus hirae based on chemical cross-linking

The CopA copper ATPase of Enterococcus hirae belongs to the family of heavy metal pumping CPx-type ATPases and shares 43% sequence similarity with the human Menkes and Wilson copper ATPases. Due to a lack of suitable protein crystals, only partial three-dimensional structures have so far been obtained for this family of ion pumps. We present a structural model of CopA derived by combining topological information obtained by intramolecular cross-linking with molecular modeling. Purified CopA was cross-linked with different bivalent reagents, followed by tryptic digestion and identification of cross-linked peptides by mass spectrometry. The structural proximity of tryptic fragments provided information about the structural arrangement of the hydrophilic protein domains, which was integrated into a three-dimensional model of CopA. Comparative modeling of CopA was guided by the sequence similarity to the calcium ATPase of the sarcoplasmic reticulum, Serca1, for which detailed structures are available. In addition, known partial structures of CPx-ATPase homologous to CopA were used as modeling templates. A docking approach was used to predict the orientation of the heavy metal binding domain of CopA relative to the core structure, which was verified by distance constraints derived from cross-links. The overall structural model of CopA resembles the Serca1 structure, but reveals distinctive features of CPx-type ATPases. A prominent feature is the positioning of the heavy metal binding domain. It features an orientation of the Cu binding ligands which is appropriate for the interaction with Cu-loaded metallochaperones in solution. Moreover, a novel model of the architecture of the intramembranous Cu binding sites could be derived.