PÊNDULO ANCORADO EM MINI-IMPLANTES - ANÁLISE EM MODELOS DIGITAIS

A distalização dos molares superiores é uma opção de tratamento da má oclusão de Classe II, quando o envolvimento é principalmente dentoalveolar. Dispositivos intrabucais como o aparelho Pêndulo, dispensam a colaboração do paciente quanto ao uso, porém promovem efeitos muitas vezes indesejáveis como a vestibularização dos dentes anteriores que participam na ancoragem e a inclinação dos molares distalizados. Após o surgimento dos Dispositivos de Ancoragem Temporária (DATs), como o mini-implante pode-se alcançar a ancoragem de forma previsível e eficiente. Com isto, por meio de um estudo prospectivo, foram avaliadas as alterações dentárias, promovidas pela distalização de molares superiores com um aparelho Pêndulo modificado, apoiado em dois mini-implantes instalados no palato de 10 indivíduos, sendo 2 do sexo feminino e 8 do masculino, com média de idade de 14,3 anos. A amostra foi composta por 20 modelos digitalizados em 3D, obtidos de em duas fases: no início do tratamento (T1) e após distalização com sobrecorreção de 1 mm (T2), permitindo quantificar as alterações dentárias sagitais, transversais e possíveis movimentos de rotação, angulação e movimentos verticais. Os resultados obtidos mostraram que no sentido sagital, houve uma efetiva distalização com significância estatística, para os segundos molares superiores; primeiros molares superiores em média de 4,34 mm e 3,91mm para o lado direito e esquerdo, respectivamente, e para os segundos pré-molares do lado direito e esquerdo de 2,06 mm e 1,95 mm, respectivamente. Porém, para os dentes anteriores, foi constatada a perda de ancoragem. No sentido transversal, o maior aumento ocorreu na região dos dentes posteriores. Os movimentos de rotação, angulação e vertical dos primeiros molares superiores, indicam que houve rotação mesiovestibular e inclinação distal das coroas destes dentes de ambos os lados; as medidas verticais, demonstram que houve movimento significativo apenas para o primeiro molar direito, com inclinação distal pela intrusão da cúspide distal. Este dispositivo mostrou-se eficaz na correção da Classe II em um tempo médio de 6,2 meses.(AU)

COMPARAÇÃO DA EFICIÊNCIA OCLUSAL DO TRATAMENTO ORTOPÉDICO COM O REGULADOR DE FUNÇÃO FRÄNKEL-2 E BIONATOR DE BALTERS POR MEIO DO ÍNDICE PAR

O objetivo deste estudo retrospectivo foi comparar a eficiência oclusal do tratamento ortopédico com os aparelhos funcionais Regulador de Função Fränkel-2 e Bionator de Balters em um estágio de desenvolvimento dental diferente e comparar com um grupo controle. A amostra constituiu-se de 45 registros de documentações, pertencentes ao arquivo do programa de pós-graduação em Odontologia, área de concentração Ortodontia, da Universidade Metodista de São Paulo, com má oclusão inicial de Classe II bilateral, divisão 1, sendo 15 pacientes provenientes do grupo tratados com Bionator (grupo 1) com média de idade incial de 8,56 anos e com 80% dos casos em um estágio de desenvolvimento dental-2 (DS 2), 15 pacientes tratados com RF-2 (grupo 2) com média de idade inicial de 10,71 anos e com 80% dos casos em um estágio de desenvolvimento dental-3 (DS 3), e 15 pacientes controle (grupo 3) com media de idade incial de 10,03 anos e com estágio de desenvolvimento dental compatível com os grupos 1 e 2. Os grupos foram divididos em duas fases, de acordo com o período de avaliação: T1:início de tratamento e T2: final de tratamento, totalizando 90 pares de modelos. As avaliações oclusais foram realizadas em modelos de gesso, utilizando o Índice PAR com auxílio da régua PAR e de um paquímetro digital devidamente calibrado. Para comparação entre os três grupos foi utilizado Análise de Variância a um critério e em seguida o Teste de Tukey. A severidade da má oclusão (PAR Inicial) foi semelhante em ambos os grupos, porém, o PAR final apresentou uma diferença estatisticamente significante onde o percentual de redução do índice PAR para o grupo 1 foi de 20,72%, para o grupo 2 foi de 60,06% e no grupo 3 não houve alteração significante do valor do Índice PAR. O presente estudo conclui que o tratamento da má oclusão de Classe II, 1a divisão é mais eficiente quando iniciado no estágio de desenvolvimento dental 3 (DS 3) do que no estágio de desenvolvimento dental 2 (DS2). Além disso, ressalta-se a importância do uso mais prolongado do aparelho ortopédico, já que os pacientes do grupo 2 apresentaram melhores resultados oclusais.(AU)

AVALIAÇÃO DA ESTABILIDADE DAS ALTERAÇÕES TRANSVERSAIS PROMOVIDAS PELO APARELHO REGULADOR DE FUNÇÃO FRANKEL 2, POR MEIO DE TELERRADIOGRAFIAS POSTEROANTERIORES

O objetivo desta pesquisa constituiu em avaliar, por meio das telerradiografias posteroanteriores, as alterações transversais promovidas pelo aparelho Frankel-2 em pacientes com maloclusão de Classe II, divisão 1, além de verificar a estabilidade das mesmas após um período médio de 7,11 anos pós-tratamento. A amostra compreendeu um total de 45 telerradiografias posteroanteriores provenientes de 15 pacientes tratados com o RF-2, realizadas em três fases: (T1) início do tratamento; (T2) final de tratamento; (T3) pós-tratamento. Foram avaliadas outras 36 telerradiografias posteroanteriores de 18 pacientes não tratados (grupo controle), acompanhados num período correspondente ao tratamento (T1-T2). As telerradiografias foram digitalizadas e foi utilizado o software Radiocef Studio 2 para realizar as mensurações das medidas cefalométricas. Para a comparação entre as alterações ocorridas no grupo tratado e no grupo controle, foi aplicado o teste t não pareado. Já para as modificações nas fases inicial, final e pós-tratamento no grupo tratado, foi empregada a Análise de Variância seguida do teste de comparações múltiplas de Tukey, com o valor crítico de 0,05. Os resultados mostraram que durante o período de tratamento as distâncias intercaninos inferiores e intermolares superiores aumentaram de forma estatisticamente significante. Já as distâncias que representam a largura da cavidade nasal, altura facial inferior, largura mandibular e distância intermolares inferiores não sofreram alterações estatisticamente significantes. No período pós-tratamento, observou-se uma suave redução nas distâncias intercaninos inferiores e intermolares superiores. Porém, considerando-se as alterações ocorridas devido ao crescimento e desenvolvimento transversal dos arcos dentários no período analisado, em que haveria uma redução destas distâncias, provavelmente houve uma estabilidade relativa das alterações dentárias transversais promovidas pelo RF-2. Portanto, pode-se concluir que o RF-2 não possui qualquer efeito esquelético transversal. Contudo, há um aumento das distâncias intermolares superiores e intercaninos inferiores durante o tratamento, que permanece relativamente estável, considerando-se as alterações ocorridas pelo crescimento e desenvolvimento normal dos arcos dentários.

AVALIAÇÃO TOMOGRÁFICA DA ANGULAÇÃO DOS PRIMEIROS E SEGUNDOS MOLARES E DO ESPAÇO PARA O TERCEIRO MOLAR SUPERIOR APÓS O USO DO APARELHO FORSUS®.

A presente pesquisa avaliou a angulação mésio-distal e a distalização dos primeiros e dos segundos molares superiores permanentes em pacientes tratados com o aparelho Forsus® em conjunto com o aparelho ortodôntico fixo. A amostra foi composta por 44 teleradiografias, (22 do lado direito e 22 do lado esquerdo), obtidas por meio de 11 tomografias computadorizadas, de 11 pacientes, realizadas em dois tempos: antes (T1) e após (T2) a instalação do aparelho Forsus®, tratados na clínica de Pós-Graduação em Odontologia, área de Ortodontia, da Universidade Metodista de São Paulo. Após a obtenção dos cortes tipo telerradiografia, foi realizada a marcação dos pontos, linhas e planos, e realizada a mensuração das variáveis de interesse. Para avaliação do espaço para os terceiros molares superiores, utilizou-se uma linha referencial (linha PTVR), demarcada a partir do ponto PTV, perpendicular ao plano de Frankfurt. O espaço avaliado compreendeu entre a Linha PTVR, até a face distal do primeiro molar e do segundo superior permanente. Para avaliar o longo eixo dos primeiros e segundos molares superiores, mensurou-se o ângulo formado entre esses dentes e o plano palatino. Para auxílio das mensurações, foi utilizado o software Radiocef Studio 2. Na análise estatística usou-se o teste t pareado. Concluiu-se que houve distalização e aumento da angulação distal dos primeiros e segundos molares superiores, sendo que nos segundos molares a distalização e angulação distal da coroa ocorreram em menor quantidade; os efeitos do lado direito e esquerdo foram semelhantes; pode-se também constatar que ocorreu uma redução na probabilidade de erupção dos terceiros molares superiores.

AVALIAÇÃO DAS TÁBUAS ÓSSEAS VESTIBULARES E LINGUAIS DOS DENTES ANTERIORES INFERIORES E MOLARES SUPERIORES APÓS O TRATAMENTO COM OS APARELHOS FUNCIONAIS FIXOS FORSUS E TWIN FORCE BITE CORRECTOR

Pelo fato das consequências do uso de aparelhos ortopédicos fixos sobre o periodonto ósseo vestibular e lingual ainda serem uma incógnita para o ortodontista clínico e pesquisador, este estudo teve como objetivo avaliar, por meio de tomografia computadorizada de feixe cônico (TCFC) as alterações em espessura das tábuas ósseas vestibulares e linguais em primeiros molares superiores e incisivos e caninos inferiores, após a utilização de aparelhagem fixa e dos aparelhos Twin Force (grupo A) e Forsus (grupo B) para o tratamento da maloclusão de Classe II, 1ª divisão. Para tanto, obteve-se uma amostra de 22 pacientes jovens adultos, divididos em dois grupos, de acordo com o aparelho propulsor da mandíbula. Grupo experimental A: 11 pacientes, 6 masculinos e 5 femininos, com idade média de 15,09 anos na instalação do Twin Force, e 11 pacientes, 7 masculinos e 4 femininos, com idade média de 15,45 anos na instalação do Forsus. O tempo médio de uso do aparelho Twin Force foi de 3,73 meses e do Forsus, 7,09 meses. O grupo A realizou TCFC antes do início do tratamento (T1), antes da instalação do Twin Force (T2), após a remoção do Twin Force (T3); e o grupo B somente antes da instalação do Forsus (T2) e após a remoção do Forsus (T3). Para comparação entre os tempos T2 e T3 foi utilizado o teste t pareado e entre os tempos T1, T2 e T3 foi utilizada a Análise de Variância (ANOVA) a um critério e o teste post-hoc de Tukey. Para comparação entre os grupos foi utilizado o teste t . Na comparação intergrupos os resultados evidenciaram que não houve diferença estatisticamente significante entre as alterações das espessuras das tábuas ósseas vestibular e lingual; por outro lado, na avaliação intra-grupo, de 48 medidas avaliadas, no grupo A houve reduções estatisticamente significantes nos terços cervical e médio por vestibular, nos dentes anteroinferiores e nos primeiros molares superiores e aumento nos terços cervical e médio, por lingual nos dentes anteriores inferiores, totalizando 25 medidas significantes. Já no grupo B, houve aumento significante da tábua óssea lingual nos dentes anteriores inferiores e redução em vestibular nos molares superiores, totalizando apenas sete medidas significantes, mas com mais medidas significantes de redução óssea vestibular em terços cervical e médio nos primeiros molares superiores, em comparação com o grupo A. Não houve diferença significante entre as medições obtidas com voxel 0,2 mm e 0,4 mm e nem dimorfismo entre os gêneros. As reduções em espessura óssea alveolar, principalmente em terços cervicais e médios vestibulares nos dentes avaliados neste estudo são um alerta ao clínico, para que realize essa abordagem diagnóstica periodontal antes de iniciar o tratamento ortodôntico.

AVALIAÇÃO DO COMPRIMENTO DA COROA CLÍNICA DOS DENTES ÂNTERO-INFERIORES EM PACIENTES TRATADOS COM APARELHO REGULADOR DE FUNÇÃO FRÄNKEL-2

O objetivo do estudo consistiu em verificar uma possível alteração no tamanho da coroa clínica dos dentes ântero-inferiores em 50 indivíduos portadores de má Oclusão de Angle Classe II. A amostra foi dividida em 2 grupos: um grupo tratado com 25 indivíduos (14 do sexo masculino e 11 do feminino) com idade média em T1 (tempo inicial do tratamento) de 11 anos (dp = 9 meses), e em T2 (tempo pós-tratamento) de 12 anos e 7 meses (dp = 7 meses), tratados com o aparelho regulador de função Fränkel-2, durante 18 meses; e, um grupo controle com 25 indivíduos (12 do sexo masculino e 13 do feminino) com idade média em T1 de 10 anos e 3 meses (dp = 11 meses) e em T2 de 12 anos e 1 mês (dp = 11 meses). Os 100 modelos em gesso dos indivíduos foram analisados e comparados em relação ao início e ao término do tratamento por meio de um paquímetro digital, utilizando-se como medida a distância da borda incisal até a porção mais côncava da margem gengival dos incisivos e caninos inferiores. Os dados foram analisados por meio do teste t de Student e teste t pareado. Dentre os seis dentes ântero-inferiores, todos apresentaram aumento significante no grupo tratado, e apenas três dentes (33,42 e 43) apresentaram aumento significante no grupo controle. Já em relação ao grupo tratado e o grupo controle em T2, houve um aumento significante da coroa nos dentes 32, 33 e 43. Houve um aumento estatisticamente significante em apenas dois dentes (31 e 41) em ambos os sexos. Os resultados não demonstraram relevância estatística quando comparados com a alteração do tamanho da coroa no decorrer da idade. Conclui-se que as medidas das coroas clínicas dos dentes diferiram entre os grupos, sendo maior no grupo tratado. O aumento da coroa clinica dos dentes, não esta relacionado somente pela presença de inclinação para vestibular dos mesmo, mas pode ser considerado como multifatorial.

HLA-DP2 binding prediction by molecular dynamics simulations

Major histocompatibility complex (MHC) II proteins bind peptide fragments derived from pathogen antigens and present them at the cell surface for recognition by T cells. MHC proteins are divided into Class I and Class II. Human MHC Class II alleles are grouped into three loci: HLA-DP, HLA-DQ, and HLA-DR. They are involved in many autoimmune diseases. In contrast to HLA-DR and HLA-DQ proteins, the X-ray structure of the HLA-DP2 protein has been solved quite recently. In this study, we have used structure-based molecular dynamics simulation to derive a tool for rapid and accurate virtual screening for the prediction of HLA-DP2-peptide binding. A combinatorial library of 247 peptides was built using the "single amino acid substitution" approach and docked into the HLA-DP2 binding site. The complexes were simulated for 1 ns and the short range interaction energies (Lennard-Jones and Coulumb) were used as binding scores after normalization. The normalized values were collected into quantitative matrices (QMs) and their predictive abilities were validated on a large external test set. The validation shows that the best performing QM consisted of Lennard-Jones energies normalized over all positions for anchor residues only plus cross terms between anchor-residues.

Role of the transgenic human thyrotropin receptor A-subunit in thyroiditis induced by A-subunit immunization and regulatory T cell depletion

Transgenic BALB/c mice that express intrathyroidal human thyroid stimulating hormone receptor (TSHR) A-subunit, unlike wild-type (WT) littermates, develop thyroid lymphocytic infiltration and spreading to other thyroid autoantigens after T regulatory cell (Treg) depletion and immunization with human thyrotropin receptor (hTSHR) adenovirus. To determine if this process involves intramolecular epitope spreading, we studied antibody and T cell recognition of TSHR ectodomain peptides (A–Z). In transgenic and WT mice, regardless of Treg depletion, TSHR antibodies bound predominantly to N-terminal peptide A and much less to a few downstream peptides. After Treg depletion, splenocytes from WT mice responded to peptides C, D and J (all in the A-subunit), but transgenic splenocytes recognized only peptide D. Because CD4+ T cells are critical for thyroid lymphocytic infiltration, amino acid sequences of these peptides were examined for in silico binding to BALB/c major histocompatibility complex class II (IA–d). High affinity subsequences (inhibitory concentration of 50% < 50 nm) are present in peptides C and D (not J) of the hTSHR and mouse TSHR equivalents. These data probably explain why transgenic splenocytes do not recognize peptide J. Mouse TSHR mRNA levels are comparable in transgenic and WT thyroids, but only transgenics have human A-subunit mRNA. Transgenic mice can present mouse TSHR and human A-subunit-derived peptides. However, WT mice can present only mouse TSHR, and two to four amino acid species differences may preclude recognition by CD4+ T cells activated by hTSHR-adenovirus. Overall, thyroid lymphocytic infiltration in the transgenic mice is unrelated to epitopic spreading but involves human A-subunit peptides for recognition by T cells activated using the hTSHR.

Identification of the HLA-DM/HLA-DR interface

Human leukocyte antigen (HLA)-DM is a critical participant in antigen presentation that catalyzes the dissociation of the Class II-associated Invariant chain-derived Peptide (CLIP) from the major histocompatibility complex (MHC) Class II molecules. There is competition amongst peptides for access to an MHC Class II groove and it has been hypothesised that DM functions as a 'peptide editor' that catalyzes the replacement of one peptide for another within the groove. It is established that the DM catalyst interacts directly with the MHC Class II but the precise location of the interface is unknown. Here, we combine previously described mutational data with molecular docking and energy minimisation simulations to identify a putative interaction site of >4000A2 which agrees with known point mutational data for both the DR and DM molecule. The docked structure is validated by comparison with experimental data and previously determined properties of protein-protein interfaces. A possible dissociation mechanism is suggested by the presence of an acidic cluster near the N terminus of the bound peptide.

SVRMHC prediction server for MHC-binding peptides

The binding between antigenic peptides (epitopes) and the MHC molecule is a key step in the cellular immune response. Accurate in silico prediction of epitope-MHC binding affinity can greatly expedite epitope screening by reducing costs and experimental effort. Recently, we demonstrated the appealing performance of SVRMHC, an SVR-based quantitative modeling method for peptide-MHC interactions, when applied to three mouse class I MHC molecules. Subsequently, we have greatly extended the construction of SVRMHC models and have established such models for more than 40 class I and class II MHC molecules. Here we present the SVRMHC web server for predicting peptide-MHC binding affinities using these models. Benchmarked percentile scores are provided for all predictions. The larger number of SVRMHC models available allowed for an updated evaluation of the performance of the SVRMHC method compared to other well- known linear modeling methods. SVRMHC is an accurate and easy-to-use prediction server for epitope-MHC binding with significant coverage of MHC molecules. We believe it will prove to be a valuable resource for T cell epitope researchers.

In silico prediction of peptide-MHC binding affinity using SVRMHC

The binding between peptide epitopes and major histocompatibility complex (MHC) proteins is a major event in the cellular immune response. Accurate prediction of the binding between short peptides and class I or class II MHC molecules is an important task in immunoinformatics. SVRMHC which is a novel method to model peptide-MHC binding affinities based on support rector machine regression (SVR) is described in this chapter. SVRMHC is among a small handful of quantitative modeling methods that make predictions about precise binding affinities between a peptide and an MHC molecule. As a kernel-based learning method, SVRMHC has rendered models with demonstrated appealing performance in the practice of modeling peptide-MHC binding.

Identifiying human MHC supertypes using bioinformatic methods

Classification of MHC molecules into supertypes in terms of peptide-binding specificities is an important issue, with direct implications for the development of epitope-based vaccines with wide population coverage. In view of extremely high MHC polymorphism (948 class I and 633 class II HLA alleles) the experimental solution of this task is presently impossible. In this study, we describe a bioinformatics strategy for classifying MHC molecules into supertypes using information drawn solely from three-dimensional protein structure. Two chemometric techniques–hierarchical clustering and principal component analysis–were used independently on a set of 783 HLA class I molecules to identify supertypes based on structural similarities and molecular interaction fields calculated for the peptide binding site. Eight supertypes were defined: A2, A3, A24, B7, B27, B44, C1, and C4. The two techniques gave 77% consensus, i.e., 605 HLA class I alleles were classified in the same supertype by both methods. The proposed strategy allowed “supertype fingerprints” to be identified. Thus, the A2 supertype fingerprint is Tyr9/Phe9, Arg97, and His114 or Tyr116; the A3-Tyr9/Phe9/Ser9, Ile97/Met97 and Glu114 or Asp116; the A24-Ser9 and Met97; the B7-Asn63 and Leu81; the B27-Glu63 and Leu81; for B44-Ala81; the C1-Ser77; and the C4-Asn77. action fields calculated for the peptide binding site. Eight supertypes were defined: A2, A3, A24, B7, B27, B44, C1, and C4. The two techniques gave 77% consensus, i.e., 605 HLA class I alleles were classified in the same supertype by both methods. The proposed strategy allowed “supertype fingerprints” to be identified. Thus, the A2 supertype fingerprint is Tyr9/Phe9, Arg97, and His114 or Tyr116; the A3-Tyr9/Phe9/Ser9, Ile97/Met97 and Glu114 or Asp116; the A24-Ser9 and Met97; the B7-Asn63 and Leu81; the B27-Glu63 and Leu81; for B44-Ala81; the C1-Ser77; and the C4-Asn77.

MHCPred : a server for quantitative prediction of peptide-MHC binding

Accurate T-cell epitope prediction is a principal objective of computational vaccinology. As a service to the immunology and vaccinology communities at large, we have implemented, as a server on the World Wide Web, a partial least squares-base multivariate statistical approach to the quantitative prediction of peptide binding to major histocom-patibility complexes (MHC), the key checkpoint on the antigen presentation pathway within adaptive,cellular immunity. MHCPred implements robust statistical models for both Class I alleles (HLA-A*0101, HLA-A*0201, HLA-A*0202, HLA-A*0203,HLA-A*0206, HLA-A*0301, HLA-A*1101, HLA-A*3301, HLA-A*6801, HLA-A*6802 and HLA-B*3501) and Class II alleles (HLA-DRB*0401, HLA-DRB*0401and HLA-DRB* 0701).

Histidine hydrogen bonding in MHC at pH 5 and pH 7 modeled by molecular docking and molecular dynamics simulations

Hydrogen bonds play important roles in maintaining the structure of proteins and in the formation of most biomolecular protein-ligand complexes. All amino acids can act as hydrogen bond donors and acceptors. Among amino acids, Histidine is unique, as it can exist in neutral or positively charged forms within the physiological pH range of 5.0 to 7.0. Histidine can thus interact with other aromatic residues as well as forming hydrogen bonds with polar and charged residues. The ability of His to exchange a proton lies at the heart of many important functional biomolecular interactions, including immunological ones. By using molecular docking and molecular dynamics simulation, we examine the influence of His protonation/deprotonation on peptide binding affinity to MHC class II proteins from locus HLA-DP. Peptide-MHC interaction underlies the adaptive cellular immune response, upon which the next generation of commercially-important vaccines will depend. Consistent with experiment, we find that peptides containing protonated His residues bind better to HLA-DP proteins than those with unprotonated His. Enhanced binding at pH 5.0 is due, in part, to additional hydrogen bonds formed between peptide His+ and DP proteins. In acidic endosomes, protein His79β is predominantly protonated. As a result, the peptide binding cleft narrows in the vicinity of His79β, which stabilizes the peptide - HLA-DP protein complex. © 2014 Bentham Science Publishers.

Peptide binding to HLA-DP proteins at pH 5.0 and pH 7.0:a quantitative molecular docking study

Background: HLA-DPs are class II MHC proteins mediating immune responses to many diseases. Peptides bind MHC class II proteins in the acidic environment within endosomes. Acidic pH markedly elevates association rate constants but dissociation rates are almost unchanged in the pH range 5.0 - 7.0. This pH-driven effect can be explained by the protonation/deprotonation states of Histidine, whose imidazole has a pKa of 6.0. At pH 5.0, imidazole ring is protonated, making Histidine positively charged and very hydrophilic, while at pH 7.0 imidazole is unprotonated, making Histidine less hydrophilic. We develop here a method to predict peptide binding to the four most frequent HLA-DP proteins: DP1, DP41, DP42 and DP5, using a molecular docking protocol. Dockings to virtual combinatorial peptide libraries were performed at pH 5.0 and pH 7.0. Results: The X-ray structure of the peptide - HLA-DP2 protein complex was used as a starting template to model by homology the structure of the four DP proteins. The resulting models were used to produce virtual combinatorial peptide libraries constructed using the single amino acid substitution (SAAS) principle. Peptides were docked into the DP binding site using AutoDock at pH 5.0 and pH 7.0. The resulting scores were normalized and used to generate Docking Score-based Quantitative Matrices (DS-QMs). The predictive ability of these QMs was tested using an external test set of 484 known DP binders. They were also compared to existing servers for DP binding prediction. The models derived at pH 5.0 predict better than those derived at pH 7.0 and showed significantly improved predictions for three of the four DP proteins, when compared to the existing servers. They are able to recognize 50% of the known binders in the top 5% of predicted peptides. Conclusions: The higher predictive ability of DS-QMs derived at pH 5.0 may be rationalised by the additional hydrogen bond formed between the backbone carbonyl oxygen belonging to the peptide position before p1 (p-1) and the protonated ε-nitrogen of His 79β. Additionally, protonated His residues are well accepted at most of the peptide binding core positions which is in a good agreement with the overall negatively charged peptide binding site of most MHC proteins. © 2012 Patronov et al.; licensee BioMed Central Ltd.