Urban ecosystem services at the plant-soil interface

Continuing urbanization is a crucial driver of land transformation, having widespread impacts on virtually all ecosystems. Terrestrial ecosystems, including disturbed ones, are dependent on soils, which provide a multitude of ecosystem services. As soils are always directly and/or indirectly impacted through land transformation, land cover change causes soil change. Knowledge of ecosystem properties and functions in soils is increasing in importance as humans continue to concentrate into already densely-populated areas. Urban soils often have hampered functioning due to various disturbances resulting from human activity. Innovative solutions are needed to bring the lacking ecosystem services and quality of life to these urban environments. For instance, the ecosystem services of the urban green infrastructure may be substantially improved through knowledge of their functional properties. In the research forming this thesis, the impacts of four plant species (Picea abies, Calluna vulgaris, Lotus corniculatus and Holcus lanatus) on belowground biota and regulatory ecosystem services were investigated in two different urban soil types. The retention of inorganic nitrogen and phosphorus in the plant-soil system, decomposition of plant litter, primary production, and the degradation of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) were examined in the field and under laboratory conditions. The main objective of the research was to determine whether the different plant species (representing traits with varying litter decomposability) will give rise to dissimilar urban belowground communities with differing ecological functions. Microbial activity as well as the abundance of nematodes and enchytraeid worm biomass was highest below the legume L. corniculatus. L. corniculatus and the grass H. lanatus, producing labile or intermediate quality litter, enhanced the proportion of bacteria in the soil rhizosphere, while the recalcitrant litter-producing shrub C. vulgaris and the conifer P. abies stimulated the growth of fungi. The loss of nitrogen from the plant-soil system was small for H. lanatus and the combination of C. vulgaris + P. abies, irrespective of their energy channel composition. These presumably nitrogen-conservative plant species effectively diminished the leaching losses from the plant-soil systems with all the plant traits present. The laboratory experiment revealed a difference in N allocation between the plant traits: C. vulgaris and P. abies sequestered significantly more N in aboveground shoots in comparison to L. corniculatus and H. Lanatus. Plant rhizosphere effects were less clear for phosphorus retention, litter decomposition and the degradation of PAH compounds. This may be due to the relatively short experimental durations, as the maturation of the plant-soil system is likely to take a considerably longer time. The empirical studies of this thesis demonstrated that the soil communities rapidly reflect changes in plant coverage, and this has consequences for the functionality of soils. The energy channel composition of soils can be manipulated through plants, which was also supported by the results of the separate meta-analysis conducted in this thesis. However, further research is needed to understand the linkages between the biological community properties and ecosystem services in strongly human-modified systems.

Museoesineitä Itä-Karjalasta : Väinö Tuomaalan jatkosodan aikana keräämä esinekokoelma ja sen syntyhistoria

Jatkosodan aikana kerättiin Suomen valtaamalta alueelta Itä-Karjalasta tuhansittain museoesineitä Suomen museoihin. Kansallismuseon kokoelmiin kerättiin esineitä lähinnä suomenheimoisilta mutta myös isovenäläisiltä. Tämän tutkimuksen kohteena on lähes 400:n esineen kokoelma, joka toimitettiin Kansallismuseoon vuosina 1941 1944 ja merkittiin kansallisuudeltaan venäläiseksi. Näistä venäläisistä esineistä suurimman osan keräsi alikersanttina palvellut Väinö Tuomaala. Tutkimukseni tarkastelee Väinö Tuomaalan kokoelmaa ja etsii syitä siihen, miksi kokoelma on sellainen kuin se on, miksi se ja koko venäläisten esineiden kokoelma syntyi ja mitkä seikat vaikuttivat Tuomaalan esinevalintoihin. Tutkimuksen teoria rakentuu museologisen kirjallisuuden varaan. Tutkimuksessa tarkastellaan Väinö Tuomaalan kokoelman keräyskonteksteja. Keräyskonteksteihin kuuluvat kokoelman kerääjä, keräysajankohta ja -paikka sekä yhteenkuuluvat esineet, eli muut venäläiset esineet. Kerääjän tarkastelussa huomioidaan hänen henkilöhistoriansa ja etsitään mahdollisia keruuseen vaikuttaneita tekijöitä. Keräysajankohdan tarkastelussa huomio kiinnittyy keruuympäristöön, eli vallitseviin olosuhteisiin ja aatteelliseen ilmapiiriin, joiden vaikutuksen alaisena keruu suoritettiin. Primääriaineisto koostuu Kansallismuseon alaisen Kulttuurien museon yleisetnografisten esineiden kokoelmaan kuuluvista 198:sta Väinö Tuomaalan keräämästä esineestä verifikaatteineen, jotka ovat osa 393 esinettä käsittävästä venäläisestä kokoelmasta. Aineisto sisältää myös eri arkistojen materiaalia. Kansallisarkiston Sörnäisten toimipisteestä, entisestä sota-arkistota, löytyneitä sotapäiväkirjoja ja Tuomaalan kantakorttia on tutkimuksessa käytetty jatkosodan tapahtumien esittämiseen. Museoviraston hallinto-osaston arkiston kirjeet ja pöytäkirjat ovat antaneet tietoa kulttuurikeruun organisoinnista. Väinö Tuomaalan arkistokokoelma Seinäjoella sisältää Tuomaalan keräämää perinneaineistoa, hänen puheitaan, lehtikirjoituksiaan ja kirjeenvaihtoaan. Myös Evijärven kunnantalon kotiseutuarkistosta löytyneet kirjeet ovat valottaneet Tuomaalan jatkosodan aikaista keruutoimintaa. Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran arkistot ovat tarjonneet materiaalia jatkosodan aikaisesta kulttuurikeruusta. Koko venäläisten esineiden kokoelma syntyi sattumalta ja organisoimattoman toiminnan tuloksena, jossa aktiivisia toimijoita olivat yksittäiset kerääjät. Intohimoisesta suhtautumisesta kansatieteellistä keruuta kohtaan johtuen, Tuomaala olisi todenäköisesti kerännyt museoesineitä missä päin Itä-Karjalaa tahansa. Väinö Tuomaalan Itä-Karjalassa keräämä esinekokoelma oli luonnollinen jatke hänen kotiseudullaan aloittamalleen keräystoiminnalle. Tuomaalan jatkosodan aikana keräämä kokoelma on kerääjän mieltymysten mukainen yritys kerätä vanhaa itäkarjalaista, kansallista talonpoikaiskulttuuria. Tuomaala pyrki keräämään klassista kansatieteellistä aineistoa monipuolisesti kansankulttuurin eri elämänalueilta. Tuomaalan esinekeruussa näkyi vahvasti talonpoikaiskulttuurin ihannointi ja halu pelastaa osa siitä tuleville sukupolville. Yrityksen onnistumiseen vaikuttivat sodanajan olosuhteet sekä aatteellinen ilmapiiri. Esineiden saatavuudella oli merkittävä osa kokoelman muodostumiseen, samoin Tuomaalan käsityksillä heimokansoista, Suur-Suomesta ja venäläisistä. Keruuvalintoihin ja keruun jatkumiseen vaikuttivat myös Kansallismuseon henkilökunta ja työstä saatu tunnustus.

Kymmenen koirarodun perinnöllinen monimuotoisuus

Tämän tutkimuksen tavoitteena oli selvittää koirarotujen sisäistä ja välistä perinnöllistä muuntelua ja populaatioiden rakenteita. Tutkimuksessa käytettiin Finnzymes Oy:ltä saatua koirien mikrosatelliittimerkkeihin perustuvaa genotyypitysaineistoa. Lopullisessa aineistossa oli 395 koiraa kymmenestä keskenään varsin erilaisesta rodusta. Koirien määrä rotua kohti vaihteli 31:stä 53:een. Tutkimuksessa käytettiin 18 mikrosatelliittilokusta. Alleelirikkaus vaihteli mikrosatelliittilokuksissa välillä 2,0 – 9,9. Kaikkein muuntelevin lokus oli AHT137 ja vähiten muunteleva AHTk211. Jackrussellinterrierin alleelirikkaus oli yli kaikkien lokusten tarkasteltuna suurinta ja cavalier kingcharlesinspanielin pienintä. Eniten Hardy-Weinbergin tasapainosta poikkeavia mikrosatelliittilokuksia oli schipperke- rodulla. Coton de tulearin, saksanpaimenkoiran ja suomenlapinkoiran kaikki mikrosatelliittilokukset olivat Hardy-Weinbergin tasapainossa. Cavalier kingcharlesinspanielin havaittu heterotsygotia-aste oli matalin kaikkien lokusten yli tarkasteltuna (0,50) ja suomenlapinkoiran korkein (0,73). Ainoat tilastollisesti merkitsevät FIS-arvot olivat schipperken lokuksessa INU030 (0,39) ja kaikkien lokusten yli tarkasteltuna (0,11). Eniten populaatioiden välisiin eroihin perustuvaa muuntelua oli cavalier kingcharlesinspanielin ja pitkäkarvaisen collien välillä (FST = 0,34) ja vähiten chihuahuan ja coton de tulearin välillä (FST = 0,07). Koko aineistossa noin 17,7 % populaatioiden välisestä geneettisestä muuntelusta johtui populaatioiden välisistä eroista. Rodut ovat tulosten perusteella selvästi erillisiä populaatioita. Coton de tulearin alleeliparit olivat selvästi eniten kytkentäepätasapainossa keskenään (94) ja tiibetinspanielin vähiten (15). Pitkäkarvaisen collien tehollinen populaatiokoko oli pienin (35) ja chihuahuan suurin (86). U seiden populaatiogeneettisten tunnuslukujen perusteella nousivat esiin cavalier kingcharlesinspanieli, pitkäkarvainen collie ja schipperke perinnöllisen muuntelun vähäisyyden perusteella ja chihuahua, jackrussellinterrieri ja suomenlapinkoira keskimääräistä suuremman perinnöllisen muuntelun perusteella. Selityksiä geneettisen monimuotoisuuden vaihteluun näillä roduilla löytyy rotujen historiasta.

Optimization of sample preparation for next-generation sequencing with Illumina Genome Analyzer II

The growing interest for sequencing with higher throughput in the last decade has led to the development of new sequencing applications. This thesis concentrates on optimizing DNA library preparation for Illumina Genome Analyzer II sequencer. The library preparation steps that were optimized include fragmentation, PCR purification and quantification. DNA fragmentation was performed with focused sonication in different concentrations and durations. Two column based PCR purification method, gel matrix method and magnetic bead based method were compared. Quantitative PCR and gel electrophoresis in a chip were compared for DNA quantification. The magnetic bead purification was found to be the most efficient and flexible purification method. The fragmentation protocol was changed to produce longer fragments to be compatible with longer sequencing reads. Quantitative PCR correlates better with the cluster number and should thus be considered to be the default quantification method for sequencing. As a result of this study more data have been acquired from sequencing with lower costs and troubleshooting has become easier as qualification steps have been added to the protocol. New sequencing instruments and applications will create a demand for further optimizations in future.

On the use of weather radar for mesoscale applications in northern conditions

Mesoscale weather phenomena, such as the sea breeze circulation or lake effect snow bands, are typically too large to be observed at one point, yet too small to be caught in a traditional network of weather stations. Hence, the weather radar is one of the best tools for observing, analyzing and understanding their behavior and development. A weather radar network is a complex system, which has many structural and technical features to be tuned, from the location of each radar to the number of pulses averaged in the signal processing. These design parameters have no universal optimal values, but their selection depends on the nature of the weather phenomena to be monitored as well as on the applications for which the data will be used. The priorities and critical values are different for forest fire forecasting, aviation weather service or the planning of snow ploughing, to name a few radar-based applications. The main objective of the work performed within this thesis has been to combine knowledge of technical properties of the radar systems and our understanding of weather conditions in order to produce better applications able to efficiently support decision making in service duties for modern society related to weather and safety in northern conditions. When a new application is developed, it must be tested against ground truth . Two new verification approaches for radar-based hail estimates are introduced in this thesis. For mesoscale applications, finding the representative reference can be challenging since these phenomena are by definition difficult to catch with surface observations. Hence, almost any valuable information, which can be distilled from unconventional data sources such as newspapers and holiday shots is welcome. However, as important as getting data is to obtain estimates of data quality, and to judge to what extent the two disparate information sources can be compared. The presented new applications do not rely on radar data alone, but ingest information from auxiliary sources such as temperature fields. The author concludes that in the future the radar will continue to be a key source of data and information especially when used together in an effective way with other meteorological data.

Trenditiedon hyödyntäminen liiketoiminnassa – tarkastelu ja tulkinta elintarvikeyritysten käytänteiden kautta

Yritysten on tunnistettava markkinoilla ja kuluttajissa tapahtuvia muutoksia voidakseen johtaa ja suunnitella omaa liiketoimintaansa niin, että se täyttää myös tulevaisuudessa kuluttajien muuttuvat tarpeet. Tästä johtuen tieto trendeistä ja niiden vaikutuksista on yrityksille tärkeää. Trendit mallintavat ja muokkaavat ympäristöä ja markkinoita sekä vaikuttavat lopulta myös kuluttajien asenteisiin ja käyttäytymiseen. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli selvittää ja kuvailla sitä, kuinka elintarvikeyritykset hyödyntävät trenditietoa omassa liiketoiminnassaan. Trenditiedon hyödyntämistä selvitettiin tutkimalla yrityksistä löytyviä trenditiedon hyödyntämisen käytänteitä. Yritysten käytänteiden tarkastelu tutkimuksessa perustui siihen ajatukseen, että ne antavat todellista kuvaa siitä, mitä trenditiedolla tehdään ja kuinka sitä hyödynnetään yrityksissä. Aineiston keräämisen ja analysoinnin tueksi tutkimuksessa sovellettiin yrityksen markkinatietojärjestelmää koskevaa teoriaa. Trenditieto on osa yrityksen markkinatietoa ja markkinatietojärjestelmän teorian avulla voitiin tarkastelussa päästä syvemmälle yrityksen tiedon prosesseihin. Tutkimus tehtiin toimeksiantotyönä trenditietoon pohjautuvia tuotteita ja palveluita tarjoavalle asiantuntijaorganisaatiolle Analyse². Tutkimuksen tarkastelussa oleva trenditieto on elintarvikealalle sovellettua, joten myös tutkittavat yritykset olivat elintarvikealan yrityksiä. Tutkimusaineisto kerättiin teemahaastatteluilla, jotka kohdistettiin yhteensä seitsemän haastateltavaan kuudesta eri elintarviketeollisuusyrityksestä. Tutkimus tehtiin kvalitatiivisena tutkimuksena, jossa aineiston analyysimenetelmänä käytettiin sisällönanalyysiä. Ensin tehtiin teemoittelu, jonka jälkeen aineisto vielä tyypiteltiin. Tutkimuksen tuloksena löydettiin trenditiedon hyödyntämisen käytänteitä, jotka kertovat miten trenditietoa hankitaan, analysoidaan, käytetään sekä jaetaan ja varastoidaan yrityksissä. Aineistosta löydettiin käytänteitä paljon ja tämä osoittikin, että käytänteet ovat myös liiketoiminnassa relevantti tutkimusala. Käytänteitä löydettiin eniten trenditiedon analysointiin liittyen. Kyseisten käytänteiden perusteella voitiin todeta, että trenditiedon analysointi perustuu hyvin pitkälle trenditiedon luotettavuuden arviointiin niin trendien toteutumisen kuin niiden ilmenemisen kannalta. Löydettyjen käytänteiden kautta nousi erityisesti esiin keskeisiä trenditiedon hyödyntämisen haasteita sekä viitteitä siitä, minkälaista trenditiedon hyödyntäminen on yhtenä yrityksen toimintona.

Vanhemmuuden piirteet venäläistaustaisten maahanmuutajien perheissä

Tutkimustavoitteena oli tuottaa tietoa venäjäntaustaisten vanhempien kokemuksista lasten kasvatuksessa maahanmuutossa ja monikulttuurisuudessa. Aineisto koostuu 7 haastatteluista venäjätaustaisten vanhempien kanssa, joilla ei ollut lastensuojelun asiakkuutta. Tutkimukseni keskiössä on saada lisää tietoja ja ymmärrystä onnistumisen periaatteista vanhemmuudessa, auttaakseen jatkossa venäläistaustaisia lapsiperheitä lasten kasvatuksen ongelmatilanteiden ennaltaehkäisemiseksi. Haen tutkimuksessani vastauksia seuraaviin kysymyksiin: 1. Miten venäläistaustaiset vanhemmat ymmärtävät oman vanhemmuutensa kahden kulttuurin välissä? 2. Mitkä ovat vanhempien mielestä keskeisiä vanhemmuuden onnistumisen avaintekijöitä? 3. Mitkä erityisongelmat ja pulmat omassa vanhemmuudessa ja lasten kasvatuksessa nousevat esiin venäläistaustaisten vanhempien haastatteluissa? 4. Mistä venäläistaustaiset vanhemmat ovat saanet tukea vanhemmuuteensa pulmatilanteiden ratkaisemiseksi? Maahanmuuttajien tilanne suhteessa vanhemmuuteen ei ole pysyvä ominaisuus, vaan se muuttuu väistämättä koko ajan. Juuri tämän muutoksen takia maahanmuuttajia koskeva tutkimus on aina ajankohtainen. Ymmärrys vanhempien tehtävästä on aikojen kuluessa vaihdellut ja vaihtelee luonnollisesti myös perheiden välillä. Eri kulttuurista ja monikulttuurisuudesta sekä siirtolaisuuden ja maahanmuuttajuuden vaikutuksista perhe-elämään ja vanhemmuuteen tarvitaan yhä enemmän tietoa ja ymmärrystä. Tutkielmani teeman valitsemiseen on vaikuttanut oma henkilökohtainen kiinnostukseni tutkia venäjänkielisten vanhempien kokemuksia lasten kasvatuksesta myös henkilökohtaista kokemuksestani maahanmuuttajana, äitinä ja sosiaalialan ammattilaisena Itse muutin asumaan Suomeen Latviasta seitsemäntoista vuotta sitten. Tässä tutkimuksessa aineiston analyysiin sovellettiin sisällönanalyysin lähestymistapoja. Vanhemmuus voi saada erilaisia kulttuurisia ja yksilöllisiä merkityksiä, jolloin myös vanhemmuuden sisältö määritellään eri tavoin. Omaksumiensa arvojen perusteella vanhempien voidaan olettaa painottavan vanhemman roolissaan tiettyjä asioita. Painotukset ilmenevät siinä mitä he itseltään ja lapsiltaan odottavat, sekä miten he eri tilanteissa kohtelevat lapsia. Luottamus ja kommunikointi lapsen kanssa ovat ensisijaisia. Venäjäntaustaisten maahanmuuttajaperheiden lapsilla ja nuorilla on usein monta kulttuurista identiteettiä, he oppivat elämään kahden tai usein useammankin

Suomen suuriruhtinaskunnan virkamiehistön yksityiskirjastot ja sensuurin kieltämä kirjallisuus niissä 1800-luvun alkuvuosikymmeninä

Tutkimus luotaa 1800-luvun alkuvuosikymmenten Suomen suuriruhtinaskunnan virkamiehistön poliittisia asenteita sensuuri-ja painovapauskysymysten valossa. Sadan virkamiehistöön kuuluneen henkilön yksityiskirjastot ja niiden sisältämät mahdolliset sensuurin kieltämät nimikkeet on seulottu Kansalliskirjaston kokoelmissa olevista 1800- luvun kirjahuutokauppaluetteloista vertailemalla niitä Kansallisarkistossa säilytettäviin sensuuriviranomaisten kiellettyjen teosten listoihin. Tutkimuksen keskeisimmiksi teemoiksi nousevat näin poliittis- sekä kirjahistorialliset, kirjallista kulttuuria koskettelevat ulottuvuudet. Virkamiehistön yksityiskirjastot mahdollisine kiellettyine nimikkeineen on esitelty tilastollisen taulukoinnin avulla kirjastojen koon, virkamiehistön hallintoalan, rankiluokan sekä alueellisen identiteetin mukaan jaoteltuina. Vaikka lähdeaineiston perusteella on tämänkaltaisen poliittisväritteisen kirjallisen kulttuurin tavoittaminen osaksi ongelmallista, ovat huutokauppaluettelot systemaattisesta ja säännöllisestä luonteestaan johtuen merkittävää ja satunnaisten inventaarioluetteloiden ohella lähestulkoon ainoaa käsillä olevaa yksityiskirjastoja koskevaa lähdeaineistoa. Suomen 1800-luvun valtiolliseen asemaan liittyviä historiantulkintoja on tutkimuksen edetessä pyritty kuljettamaan rinnakkain; niitä ovat toisaalta suomalaisten käsitykset maansa perustuslaillisesta asemasta ja toisaalta venäläisten viranomaisten tulkinnat Suomen asemasta yleisvaltakunnallisessa viitekehyksessä. Tämän ohella tutkimusaihetta on lähestytty sen ajalliseeen kontekstiin olennaisesti kytkeytyvien yhteiskunta-ja historianfilosofisten teorioiden avulla. Ne ovat olleet myös tutkimuksen kohteena olleille aikalaisille relevantti henkinen ulottuvuus. Tämä on perusteltua, koska filosofista ja valtiotieteellistä kirjallisuutta on ollut kirjastoissa paljon. Etiikasta ja moraalista lähtevä vapauden ongelma on ollut yksi tämänkaltainen yhteiskuntafilosofinen kysymys. Tutkimuksessa aika ajoin esiin nouseva aatteellinen vertailu muiden Euroopan maiden oloihin laajentaa tutkimuksen historiallisen viitekehyksen osaksi 1800-luvun eurooppalaisen henkisen aatemaailman maisemaa. Tutkimuksen varovaiset johtopäätökset juontuvat erilaisista näkökulmista. Kiellettyjä nimikkeitä löytyi hieman yli 30 % kaikista virkamiehistön yksityiskirjastoista, mutta kiellettyjen nimikkeiden määrät osoittautuivat kirjastokohtaisesti laskettuna pienehköiksi. Ilmiön voi näin väittää olleen toisaalta marginaalista, mutta toisaalta konkreettinen osoitus poliittiseen vakaumukseen viittaavasta asennoitumisesta; sensuuria esimerkiksi saatettiin tulkita perustuslaillisuutta ja Aleksanteri I:n antaman hallitsijanvakuutuksen taustaa vasten. Kielletyn kirjallisuuden hankkiminen sensuurilaeista piittaamatta saattoi myös olla kamppailua hyvänä pidetyn yhteiskuntajärjestyksen puolesta järjestelmän epäkohtia vastaan. Keisaria kohtaan tunnettiin lojaalisuutta, mutta hänen hallitsemaansa järjestelmää edustavia sensuuriviranomaisia kohtaan välttämättä ei. Tässä kohdin Suomen tilanteella oli vastaavuutta Saksan oloihin, j o s s a nuorhegeliläiset halusivat muuttaa yhteiskuntaa ideaalimpaan suuntaan. Venäjän keisarikuntaan kuuluminen toi mukanaan maallista hyvää, mutta henkisen kulttuurin puolella orientoiduttiin pääasiassa länteen, ja pitäydyttiin Ruotsin ajan luomassa perinnössä. Yksi keskeinen tästä kummunnut valistusaatteen traditionaalinen arvo oli itsensä vapaa kehittäminen, joten sensuurikysymyksissä ajauduttiin väistämättä törmäyskurssille valtiopoliittisen ja kulttuurisen identiteetin ristipaineessa. Vaikka valtiopoliittinen identiteetti vaihtui vuoden 1809 jälkeen, ei kulttuurisen identiteetin kohdalla näin käynyt. Tätä kautta vahvistuu kokonaiskuva 1700-luvun historian ja Ruotsin ajan perinnön tärkeydestä 1800-luvun henkiselle kehitykselle etenkin kirjallisen kulttuurin saralla.

Merkel cell carcinoma : Epidemiological study with special reference to polyomavirus and vascular factors in pathogenesis

Merkel cell carcinoma (MCC) is a rare cutaneous malignancy that occurs predominantly on sun exposed skin areas. A new polyomavirus (MCPyV) was identified in MCC tumor tissues in 2008 suggesting that a viral infection might be an etiological factor. A typical MCC is a rapidly growing painless purple nodule. In its early stage it can be misjudged by its appearance as a cyst or abscess. Recurrences are common and approximately half of the patients will develop lymph node metastases and third of the patents will have distant metastases. It affects mostly elderly persons at an average age of 70 at the time of diagnosis. MCC was first described in 1972 and the first MCC patient in Finland was identified in 1983. MCC has been poorly recognized, but increased awareness and better diagnostic accuracy has increased the incidence since the early years. In this study, all cases with a notation of MCC during 1979 2008 were obtained from the Finnish Cancer Registry. Based on this data, the incidence is 0.11 for men and 0.12 for women. It is similar than that of other Nordic countries, but lower than in the USA. For clinical series, the files of patients diagnosed with MCC during 1983 2004 were reviewed, and the tissue samples were re-evaluated, if available (n=181). Third of the patients were men, and the most common site of the primary tumor was the head and neck (53%). The majority of the patients (86%) presented with a clinically node-negative (Stage I or II) disease, but the disease recurred in 38% of them. The treatment schemes were heterogeneous. No additional benefit from a wide margin (≥2 cm) was found compared to a margin of 0.1-1.9 cm, but intralesional excision was more often associated with local recurrence. None of the patients with Stage I-II disease who had received postoperative radiotherapy had local recurrence during the follow-up period. The 5-year relative survival ratio for Stage I disease was 68%, for Stage II 67%, for Stage III 16%, and for Stage IV 0%. The relative excess risk of death was significantly lower among women than among men. Some of these tissue samples were further analyzed for vascular invasion (n=126) by immunohistochemistry using vascular endothelial markers CD-31 and D2-40. Vascular invasion was seen in 93% of the samples and it was observed already in very small, <5mm tumors. The tissue samples were also analyzed for the presence of MCPyV by using a polymerase chain reaction (PCR) and quantitative PCR. MCPyV DNA was present in 80% of 114 samples studied. The patients with virus-positive tumors had better overall survival than patients with virus-negative tumors. Immunohistochemical analyses were performed for the expression of VEGFR-2 (n=21) and endostatin (n=19), but they had no prognostic value. Our results support the concept of treating MCC with margin-negative excision and radiotherapy to the tumor bed to reduce local recurrence. The finding of a high frequency of lymphovascular invasion reduces its value as a prognostic factor, but emphasizes the role of sentinel node biopsy even in very small primary MCC.

Functional limitations and quality of life in schizophrenia and other psychotic disorders

There is substantial evidence of the decreased functional capacity, especially everyday functioning, of people with psychotic disorder in clinical settings, but little research about it in the general population. The aim of the present study was to provide information on the magnitude of functional capacity problems in persons with psychotic disorder compared with the general population. It estimated the prevalence and severity of limitations in vision, mobility, everyday functioning and quality of life of persons with psychotic disorder in the Finnish population and determined the factors affecting them. This study is based on the Health 2000 Survey, which is a nationally representative survey of 8028 Finns aged 30 and older. The psychotic diagnoses of the participants were assessed in the Psychoses of Finland survey, a substudy of Health 2000. The everyday functioning of people with schizophrenia is studied widely, but one important factor, mobility has been neglected. Persons with schizophrenia and other non-affective psychotic disorders, but not affective psychoses had a significantly increased risk of having both self-reported and test-based mobility limitations as well as weak handgrip strength. Schizophrenia was associated independently with mobility limitations even after controlling for lifestyle-related factors and chronic medical conditions. Another significant factor associated with problems in everyday functioning in participants with schizophrenia was reduced visual acuity. Their vision was examined significantly less often during the five years before the visual acuity measurement than the general population. In general, persons with schizophrenia and other non-affective psychotic disorder had significantly more limitations in everyday functioning, deficits in verbal fluency and in memory than the general population. More severe negative symptoms, depression, older age, verbal memory deficits, worse expressive speech and reduced distance vision were associated with limitations in everyday functioning. Of all the psychotic disorders, schizoaffective disorder was associated with the largest losses of quality of life, and bipolar I disorder with equal or smaller losses than schizophrenia. However, the subjective loss of qualify of life associated with psychotic disorders may be smaller than objective disability, which warrants attention. Depressive symptoms were the most important determinant of poor quality of life in all psychotic disorders. In conclusion, subjects with psychotic disorders need regular somatic health monitoring. Also, health care workers should evaluate the overall quality of life and depression of subjects with psychotic disorders in order to provide them with the basic necessities of life.

Identification of TGFβ signaling, p53, and actin stress fibers as targets of LKB1 tumor suppressor activity

Tumorigenesis is a consequence of inactivating mutations of tumor suppressor genes and activating mutations of proto-oncogenes. Most of the mutations compromise cell autonomous and non-autonomous restrains on cell proliferation by modulating kinase signal transduction pathways. LKB1 is a tumor suppressor kinase whose sporadic mutations are frequently found in non-small cell lung cancer and cervical cancer. Germ-line mutations in the LKB1 gene lead to Peutz-Jeghers syndrome with an increased risk of cancer and development of benign gastrointestinal hamartomatous polyps consisting of hyperproliferative epithelia and prominent stromal stalk composed of smooth muscle cell lineage cells. The tumor suppressive function of LKB1 is possibly mediated by 14 identified LKB1 substrate kinases, whose activation is dependent on the LKB1 kinase complex. The aim of my thesis was to identify cell signaling pathways crucial for tumor suppression by LKB1. Re-introduction of LKB1 expression in the melanoma cell line G361 induces cell cycle arrest. Here we demonstrated that restoring the cytoplasmic LKB1 was sufficient to induce the cell cycle arrest in a tumor suppressor p53 dependent manner. To address the role of LKB1 in gastrointestinal tumor suppression, Lkb1 was deleted specifically in SMC lineage in vivo, which was sufficient to cause Peutz-Jeghers syndrome type polyposis. Studies on primary myofibroblasts lacking Lkb1 suggest that the regulation of TGFβ signaling, actin stress fibers and smooth muscle cell lineage differentiation are candidate mechanisms for tumor suppression by LKB1 in the gastrointestinal stroma. Further studies with LKB1 substrate kinase NUAK2 in HeLa cells indicate that NUAK2 is part of a positive feedback loop by which NUAK2 expression promotes actin stress fiber formation and, reciprocally the induction of actin stress fibers promote NUAK2 expression. Findings in this thesis suggest that p53 and TGFβ signaling pathways are potential mediators of tumor suppression by LKB1. An indication of NUAK2 in the promotion of actin stress fibers suggests that NUAK2 is one possible mediator of LKB1 dependent TGFβ signaling and smooth muscle cell lineage differentiation.

Physical Properties of Deep Drill Cores : Implications for Meteorite Impact Effects and Crustal Structures

Physical properties provide valuable information about the nature and behavior of rocks and minerals. The changes in rock physical properties generate petrophysical contrasts between various lithologies, for example, between shocked and unshocked rocks in meteorite impact structures or between various lithologies in the crust. These contrasts may cause distinct geophysical anomalies, which are often diagnostic to their primary cause (impact, tectonism, etc). This information is vital to understand the fundamental Earth processes, such as impact cratering and associated crustal deformations. However, most of the present day knowledge of changes in rock physical properties is limited due to a lack of petrophysical data of subsurface samples, especially for meteorite impact structures, since they are often buried under post-impact lithologies or eroded. In order to explore the uppermost crust, deep drillings are required. This dissertation is based on the deep drill core data from three impact structures: (i) the Bosumtwi impact structure (diameter 10.5 km, 1.07 Ma age; Ghana), (ii) the Chesapeake Bay impact structure (85 km, 35 Ma; Virginia, U.S.A.), and (iii) the Chicxulub impact structure (180 km, 65 Ma; Mexico). These drill cores have yielded all basic lithologies associated with impact craters such as post-impact lithologies, impact rocks including suevites and breccias, as well as fractured and unfractured target rocks. The fourth study case of this dissertation deals with the data of the Paleoproterozoic Outokumpu area (Finland), as a non-impact crustal case, where a deep drilling through an economically important ophiolite complex was carried out. The focus in all four cases was to combine results of basic petrophysical studies of relevant rocks of these crustal structures in order to identify and characterize various lithologies by their physical properties and, in this way, to provide new input data for geophysical modellings. Furthermore, the rock magnetic and paleomagnetic properties of three impact structures, combined with basic petrophysics, were used to acquire insight into the impact generated changes in rocks and their magnetic minerals, in order to better understand the influence of impact. The obtained petrophysical data outline the various lithologies and divide rocks into four domains. Based on target lithology the physical properties of the unshocked target rocks are controlled by mineral composition or fabric, particularly porosity in sedimentary rocks, while sediments result from diverse sedimentation and diagenesis processes. The impact rocks, such as breccias and suevites, strongly reflect the impact formation mechanism and are distinguishable from the other lithologies by their density, porosity and magnetic properties. The numerous shock features resulting from melting, brecciation and fracturing of the target rocks, can be seen in the changes of physical properties. These features include an increase in porosity and subsequent decrease in density in impact derived units, either an increase or a decrease in magnetic properties (depending on a specific case), as well as large heterogeneity in physical properties. In few cases a slight gradual downward decrease in porosity, as a shock-induced fracturing, was observed. Coupled with rock magnetic studies, the impact generated changes in magnetic fraction the shock-induced magnetic grain size reduction, hydrothermal- or melting-related magnetic mineral alteration, shock demagnetization and shock- or temperature-related remagnetization can be seen. The Outokumpu drill core shows varying velocities throughout the drill core depending on the microcracking and sample conditions. This is similar to observations by Kern et al., (2009), who also reported the velocity dependence on anisotropy. The physical properties are also used to explain the distinct crustal reflectors as observed in seismic reflection studies in the Outokumpu area. According to the seismic velocity data, the interfaces between the diopside-tremolite skarn layer and either serpentinite, mica schist or black schist are causing the strong seismic reflectivities.

Position-sensitive silicon strip detector characterization using particle beams

Silicon strip detectors are fast, cost-effective and have an excellent spatial resolution. They are widely used in many high-energy physics experiments. Modern high energy physics experiments impose harsh operation conditions on the detectors, e.g., of LHC experiments. The high radiation doses cause the detectors to eventually fail as a result of excessive radiation damage. This has led to a need to study radiation tolerance using various techniques. At the same time, a need to operate sensors approaching the end their lifetimes has arisen. The goal of this work is to demonstrate that novel detectors can survive the environment that is foreseen for future high-energy physics experiments. To reach this goal, measurement apparatuses are built. The devices are then used to measure the properties of irradiated detectors. The measurement data are analyzed, and conclusions are drawn. Three measurement apparatuses built as a part of this work are described: two telescopes measuring the tracks of the beam of a particle accelerator and one telescope measuring the tracks of cosmic particles. The telescopes comprise layers of reference detectors providing the reference track, slots for the devices under test, the supporting mechanics, electronics, software, and the trigger system. All three devices work. The differences between these devices are discussed. The reconstruction of the reference tracks and analysis of the device under test are presented. Traditionally, silicon detectors have produced a very clear response to the particles being measured. In the case of detectors nearing the end of their lifefimes, this is no longer true. A new method benefitting from the reference tracks to form clusters is presented. The method provides less biased results compared to the traditional analysis, especially when studying the response of heavily irradiated detectors. Means to avoid false results in demonstrating the particle-finding capabilities of a detector are also discussed. The devices and analysis methods are primarily used to study strip detectors made of Magnetic Czochralski silicon. The detectors studied were irradiated to various fluences prior to measurement. The results show that Magnetic Czochralski silicon has a good radiation tolerance and is suitable for future high-energy physics experiments.

Bacteria colonizing paper machines

Bacteria growing in paper machines can cause several problems. Biofilms detaching from paper machine surfaces may lead to holes and spots in the end product or even break the paper web leading to expensive delays in production. Heat stable endospores will remain viable through the drying section of paper machine, increasing the microbial contamination of paper and board. Of the bacterial species regularly found in the end products, Bacillus cereus is the only one classified as a pathogen. Certain B. cereus strains produce cereulide, the toxin that causes vomiting disease in food poisonings connected to B. cereus. The first aim of this thesis was to identify harmful bacterial species colonizing paper machines and to assess the role of bacteria in the formation of end product defects. We developed quantitative PCR methods for detecting Meiothermus spp. and Pseudoxanthomonas taiwanensis. Using these methods I showed that Meiothermus spp. and Psx. taiwanensis are major biofoulers in paper machines. I was the first to be able to show the connection between end product defects and biofilms in the wet-end of paper machines. I isolated 48 strains of primary-biofilm forming bacteria from paper machines. Based on one of them, strain K4.1T, I described a novel bacterial genus Deinobacterium with Deinobacterium chartae as the type species. I measured the transfer of Bacillus cereus spores from packaging paper into food. To do this, we constructed a green fluorescent protein (GFP) labelled derivative of Bacillus thuringiensis and prepared paper containing spores of this strain. Chocolate and rice were the recipient foods when transfer of the labelled spores from the packaging paper to food was examined. I showed that only minority of the Bacillus cereus spores transferred into food from packaging paper and that this amount is very low compared to the amount of B. cereus naturally occurring in foods. Thus the microbiological risk caused by packaging papers is very low. Until now, the biological function of cereulide for the producer cell has remained unknown. I showed that B. cereus can use cereulide to take up K+ from environment where K+ is scarce: cereulide binds K+ ions outside the cell with high affinity and transports these ions across cell membrane into the cytoplasm. Externally added cereulide increased the growth rate of cereulide producing strains in medium where potassium was growth limiting. In addition, cereulide producing strains outcompeted cereulide non-producing B. cereus in potassium deficient environment, but not when the potassium concentration was high. I also showed that cereulide enhances biofilm formation of B. cereus.

Hila- ja kuviotason laskennan vaikutus kuvion kokonaistilavuuteen, tallennustilaan ja laskentaaikaan teoreettista läpimittajakaumaa ja runkolukusarjaa käyttämällä

Metsäsuunnittelussa tarvittavan metsävaratiedon keräämisessä ollaan Suomessa siirtymässä kuvioittaisesta arvioinnista laserkeilaus- ja ilmakuvapohjaiseen kaukokartoitukseen. Tämän tutkimuksen tarkoitus oli selvittää kuvion kokonaistilavuuden ja läpimittajakauman ennustamisen tarkkuus koealan metsikkö- ja puustotunnuksista MSN-, PRM-, ML- ja FMM-menetelmiä sekä Weibull-jakaumaa hyödyntäen seuraavilla tavoilla: 1. PRM-menetelmällä hilatasolla, 2. PRMmenetelmällä kuviotasolla, 3. ML-menetelmällä hilatasolla ja 4. ML-menetelmällä kuviotasolla. Lisäksi kuvion kokonaistilavuuden ennustamisen tarkkuus selvitettiin hyödyntäen kuviolle tuotettua runkolukusarjaa. Tulokset laskettiin puulajikohtaisesti männylle, kuuselle, koivulle ja muille puulajeille. Puulajien tulokset laskettiin kuviotasolla yhteen. Lisäksi selvitettiin menetelmien laskenta-ajan ja tallennustilan tarve. Tutkimuksen aineistona käytettiin Hämeen ammattikorkeakoulun Evon toimipisteen metsistä mitattuja kiinteäsäteisiä ympyräkoealoja, joita oli 249 kappaletta. Hakkuukoneella mitattiin 12kuvion, joiden pinta-alat vaihtelivat välillä 0,2 – 1,94 hehtaaria, puustotiedot. Aluepohjaisen laserkeilausaineiston pulssin tiheys oli 1,8/m2 ja ilmakuvien pikselikoko 0,5 metriä. Kuvion kokonaistilavuus ennustettiin tai estimoitiin laserkeilaus- ja ilmakuva-aineiston piirteiden avulla koealojen puustotunnuksista. Tulokset laskettiin erikseen kaikille kuvioille ja kuvioille, joiden pinta-ala oli yli 0,5 hehtaaria. Yli 0,5 hehtaarin kuvioita oli 8 kappaletta. Kuvion hilojen naapureina käytettiin 1 - 10 koealaa. Menetelmästä ja naapurien määrästä riippuen kokonaistilavuuden suhteellinen RMSE ja harha vaihtelivat välillä 20,76 – 52,86 prosenttia ja -12,04 – 46,54 prosenttia. Vastaavat luvut yli 0,5 hehtaarin kuvioilla olivat 6,74 – 59,41 prosenttia ja -8,04 – 49,59 prosenttia. Laskenta-aika vaihteli menetelmien ja käytettyjen naapurien määrän mukaan voimakkaasti. Kehittyneemmällä ohjelmoinnilla ja ohjelmistolla laskenta-ajat voivat laskea merkittävästi. Tallennustila ei testatuilla menetelmillä ole rajoittava tekijä laajassakaan mittakaavassa. Läpimittajakauman perusteella PRM-menetelmä ennustaa puulajille erittäin kapean läpimittajakauman, jos koeala koostuu vain muutamasta lähes samankokoisesta puusta. Tämä vaikutti tuloksiin erityisesti menetelmällä PRM2.