Structural insights into the allosteric activation mechanism of cGMP-dependent protein kinase I

Cyclic GMP-dependent protein kinase (PKG) is a key transducer in the NO-cGMP signaling pathway. In this line, PKG has been considered an important drug target for treating hypertensive cardiovascular and pulmonary diseases. However, the investigation of PKG’s allosteric activation mechanism has been hampered by a lack of structural information. One of the fundamental questions on the cGMP-dependent activation of PKG is how the enzyme can distinguish cGMP over cAMP and selectively respond to cGMP. To ensure proper signaling, PKG must have developed unique features to ensure its activation upon the right activation signal. In this thesis, the cGMP-selective activation mechanism of PKG was studied through determining crystal structures of three truncated constructs of the regulatory domain [CNB-A (92-227), CNB-B (271-369), and CNB-A/B (92-351)] of PKG Iβ in the absence or presence of cyclic nucleotides. Herein, two individual CNB domain structures with biochemical data revealed that the C-terminal CNB domain (CNB-B) is responsible for cGMP selectivity, while the N-terminal CNB-domain (CNB-A) has a higher binding affinity for both cGMP and cAMP without showing any selectivity. Based on these crystal structures, mutagenesis studies were performed in which the critical residues for cyclic nucleotide selectivity and activation were identified. Furthermore, we discovered that the conformational changes of the C-terminal helix of the CNB-B that bridges between the regulatory and catalytic domains including the hydrophobic capping interaction are crucial for PKG activation. In addition, to observe the global conformation of the activated R-domain, I solved a co-crystal structure of the CNB-A/B with cGMP. Although a monomeric construct was crystallized, the structure displays a dimer. Strikingly, the CNB-A domain and its bound cGMP provide a key interface for this dimeric interaction. Using small angle X-ray scattering (SAXS), the existence of the cGMP-mediated dimeric interface within the CNB domains was confirmed. Furthermore, measuring cGMP-binding affinities (EC50) of the dimeric interface mutants as well as determining activation constants (Ka) revealed that the interface formation is important for PKG activation. To conclude, this thesis study provides a new mechanistic insight in PKG activation along with a newly found interface that can be targeted for designing PKG-specific activity modulators.

Role of Low-level Mechanisms in Brightness Perception

Brightness judgments are a key part of the primate brain's visual analysis of the environment. There is general consensus that the perceived brightness of an image region is based not only on its actual luminance, but also on the photometric structure of its neighborhood. However, it is unclear precisely how a region's context influences its perceived brightness. Recent research has suggested that brightness estimation may be based on a sophisticated analysis of scene layout in terms of transparency, illumination and shadows. This work has called into question the role of low-level mechanisms, such as lateral inhibition, as explanations for brightness phenomena. Here we describe experiments with displays for which low-level and high-level analyses make qualitatively different predictions, and with which we can quantitatively assess the trade-offs between low-level and high-level factors. We find that brightness percepts in these displays are governed by low-level stimulus properties, even when these percepts are inconsistent with higher-level interpretations of scene layout. These results point to the important role of low-level mechanisms in determining brightness percepts.

Perceiving Illumination Inconsistencies in Scenes

The human visual system is adept at detecting and encoding statistical regularities in its spatio-temporal environment. Here we report an unexpected failure of this ability in the context of perceiving inconsistencies in illumination distributions across a scene. Contrary to predictions from previous studies [Enns and Rensink, 1990; Sun and Perona, 1996a, 1996b, 1997], we find that the visual system displays a remarkable lack of sensitivity to illumination inconsistencies, both in experimental stimuli and in images of real scenes. Our results allow us to draw inferences regarding how the visual system encodes illumination distributions across scenes. Specifically, they suggest that the visual system does not verify the global consistency of locally derived estimates of illumination direction.

Mixing compositions and other scales

Theory of compositional data analysis is often focused on the composition only. However in practical applications we often treat a composition together with covariables with some other scale. This contribution systematically gathers and develop statistical tools for this situation. For instance, for the graphical display of the dependence of a composition with a categorical variable, a colored set of ternary diagrams might be a good idea for a first look at the data, but it will fast hide important aspects if the composition has many parts, or it takes extreme values. On the other hand colored scatterplots of ilr components could not be very instructive for the analyst, if the conventional, black-box ilr is used. Thinking on terms of the Euclidean structure of the simplex, we suggest to set up appropriate projections, which on one side show the compositional geometry and on the other side are still comprehensible by a non-expert analyst, readable for all locations and scales of the data. This is e.g. done by defining special balance displays with carefully- selected axes. Following this idea, we need to systematically ask how to display, explore, describe, and test the relation to complementary or explanatory data of categorical, real, ratio or again compositional scales. This contribution shows that it is sufficient to use some basic concepts and very few advanced tools from multivariate statistics (principal covariances, multivariate linear models, trellis or parallel plots, etc.) to build appropriate procedures for all these combinations of scales. This has some fundamental implications in their software implementation, and how might they be taught to analysts not already experts in multivariate analysis

Características y dinámica del ejercicio del poder en una pareja durante el desarrollo de la mediación relacional simbólica

Este es un estudio de investigación cualitativo, exploratorio, con metodología de estudio de caso en el que se indaga sobre las características y la dinámica del poder manifiesta en la relación de una pareja en separación y que se somete a un proceso de mediación desde un modelo relacional simbólico.Estos aspectos se determinaron a partir de la observación que se realizó a la pareja durante el proceso de mediación, por medio de registros audio-visuales, el desarrollo del genograma familiar y las entrevistas a profundidad durante el proceso; se obtuvieron los siguientes resultados de los enunciados verbales y de las expresiones gestuales del hombre y de la mujer: El aspecto de poder que se presenta en la pareja con mayor énfasis tiene relación con los hijos, el hombre retiene físicamente a los hijos lo que le otorga un manejo de poder en torno a ella y la mujer se aleja de ellos para evitar confrontaciones con su ex – compañero. Un segundo aspecto de poder que se manifiesta tanto en el hombre como en la mujer es el relacionado con los rasgos personales, se identifica un carácter manipulador. En él se evidencia por el manejo inadecuado de la relación de los hijos con la madre y en ella se hace visible a través de la invención de situaciones o mentiras para justificar sus vacíos. En la dinámica de poder evidenciada en la pareja objeto de esta investigación el poder se manifiesta en todo argumento defensivo, en las justificaciones, recriminaciones, en la percepción, en la desconfianza y el imaginario negativo que se tiene del otro, tornándose así en un poder preconcebido como absoluto y despótico por parte de los dos miembros de la pareja, estos aspectos de poder identificados se constituyen en verdaderos obstáculos para el negociar de la pareja, limitando la posibilidad de intercambio y entendimiento necesarios para la culminación de la mediación. Es de anotar que el presente proyecto presenta la clasificación de riesgo mínimo, según la Resolución 8430 de 1993.

SA-ß-galactosidasa como predictor de senescencia celular del epitelio superficial ovárico y factores de riesgo de cáncer de ovario

Introducción: la tercera causa de muerte ginecológica es cáncer de ovario (CO), la detección temprana es fundamental para reducir mortalidad. El objetivo es establecer asociación entre senescencia en cultivos de tejido epitelial de ovario (ESO) mediante expresión de enzima ßgalactosidasa/normalizada y factores de riesgo reconocidos para CO. Métodos: estudio descriptivo observacional con fase exploratoria de datos proporcionados por “TRF2” segunda fase; muestra 29 tejidos de mujeres con ooforectomia condiciones benignas, analizadas estadísticamente con confianza del 95%, software SPSS versión 17, datos se presentan con desviación estándar, promedio, mediana (velocidad de crecimiento celular y ßgal/Normalizada) y porcentajes (variables categóricas). Realizo comparación con t-student, test de normalidad con Shapiro Wilks y asociación mediante análisis multivariado. Resultados: encuentra evidencia estadísticamente significativa (p < 0,05) para asociación entre antecedente familiar de otros tipos de cáncer con cáncer gástrico (IC95%: -2,84, -0,23) y cáncer de seno (IC95%: -3,39, -0,38); no tener régimen de afiliación en salud (vinculado) (IC95%: -3,67 -0,014); uso de método anticonceptivo de barrera (IC95%: -3,95, -0,07); consumo de embutidos (IC95%: -3,30, -0,21) y enlatados (IC95%: -3,62, -0,030) 1 a 3 veces/semana y consumo de alcohol (IC95%: -2,33, -0,33) con aumento expresión ßgal/Normalizada. Discusión: senescencia es antitumorigénica a edades tempranas, en avanzadas es protumorigénica, cuando hay mucha acumulación de células senescentes en tejido, éstas cambian su perfil senector produciendo sustancias que afectan a las vecinas, lo que lleva a transformación tumoral. Esta investigación es novedosa.

Exposiciones itinerantes en el Tren de la Sabana

La propuesta se enmarca en el mejoramiento de la oferta cultural y turística del Tren de la Sabana de Bogotá, a través de la creación de un museo itinerante en el interior de un vagón, que exhibe fotografía y documentales. Su propósito es divulgar, difundir y promover el conocimiento del Patrimonio Cultural.

Análisis estratégico sector de transporte de carga por carretera

En este trabajo se desarrolla el modelo de Análisis Estructural de Sectores Estratégicos y un estudio de las fuerzas del mercado del sector de transporte de carga por Carreteras. Para el desarrollo de estos modelos se requiere de información financiera, información del sector, información interna de la empresa y conocimiento de términos estratégicos. Adicionalmente, se hizo un estudio estratégico de la compañía de transporte EXXE y se determinaron los encajes, las renuncias y las singularidades de esta compañía. Este es un ejercicio que le servirá a muchas compañías del sector como ejemplo para poder identificar el estado en el que se encuentran y tomar las decisiones adecuadas y con fundamentos teóricos y estratégicos.

Premisas de la tautología autoinmune en la esclerosis múltiple

La esclerosis múltiple (EM) es una enfermedad desmielinizante del sistema nervioso central. Varias características de la EM son comunes a muchas enfermedades autoinmunes, como la mayor prevalencia en las mujeres (razón mujer:hombre 3:1), mecanismos fisiopatológicos comunes, heterogeneidad clínica, factores ambientales, herencia poligénica moderada, susceptibilidad génica, co-ocurrencia de diferentes enfermedades autoinmunes en un individuo y en los miembros de la familia, y respuesta a la terapia inmunosupresora. El objetivo de este estudio es evaluar la EM como una enfermedad parte de la tautología autoinmune. Metodología Estudio analítico de corte transversal con 201 pacientes del Centro de Estudio de Enfermedades Autoinmunes (CREA) pertenecientes a regiones de Antioquia y Cundiboyaca, con diagnóstico definido de Esclerosis múltiple por medio de los criterios de Mc Donald. Resultados La poliautoinmunidad (OR 13.445 (1.772–102.009), la autoinmunidad familiar (OR 2.164(1.085-4.316), la región ( OR 2,891 (1.31-6.40), los cursos progresivos (OR 4.695-5.984) de esclerosis múltiple se encontraron significativamente asociados a la discapacidad y el género. Discusión Las características comunes de la esclerosis múltiple con otras enfermedades autoiunmunes, soportan la teoría del origen comun de estas condiciones.

Scalable real-time crisis mapping and analytics of social media streams for disaster management and breaking news

Real-time geoparsing of social media streams (e.g. Twitter, YouTube, Instagram, Flickr, FourSquare) is providing a new 'virtual sensor' capability to end users such as emergency response agencies (e.g. Tsunami early warning centres, Civil protection authorities) and news agencies (e.g. Deutsche Welle, BBC News). Challenges in this area include scaling up natural language processing (NLP) and information retrieval (IR) approaches to handle real-time traffic volumes, reducing false positives, creating real-time infographic displays useful for effective decision support and providing support for trust and credibility analysis using geosemantics. I will present in this seminar on-going work by the IT Innovation Centre over the last 4 years (TRIDEC and REVEAL FP7 projects) in building such systems, and highlights our research towards improving trustworthy and credible of crisis map displays and real-time analytics for trending topics and influential social networks during major news worthy events.

Identificación y caracterización de las mutaciones en el gen GAA en pacientes colombianos afectados por la enfermedad de Pompe

La Enfermedad de Pompe (EP) es un desorden metabólico caracterizado por la deficiencia de alfa-glucosidasa acida (GAA), una enzima que cataliza la hidrolisis de las uniones glucosidicas α-1.4 y α-1,6 de glucógeno. Esta deficiencia resulta en acumulación de glucógeno en todos los tejidos, especialmente en musculo esquelético. Los pacientes con EP muestran un gran espectro de fenotipos con respecto a la edad de inicio, progresión de la enfermedad, severidad y tasa de progresión a muerte. El curso clínico de la enfermedad es principalmente determinado por la naturaleza de las variaciones genéticas de GAA quellevan a diferentes grados de deficiencia enzimática. Hasta la fecha alrededor de 400 distintas variaciones en la secuencia de GAA han sido descritas, y en algunos casos la correlación genotipo-fenotipo no es claramente evidente. En este estudio se describe el primer análisis genético y clínico de pacientes colombianos con EP en 13 individuos afectados. La secuenciación directa del gen GAA, revelo ocho distintas mutaciones relacionadas con la etiología de EP incluyendo dos nuevas mutaciones missense c.1106T>C (p.Leu369Pro) y c.2236T >C (p. Trp746Arg). Estudios funcionales in vitro mostraron que los cambios estructurales conferidos por ambas mutaciones no inhiben la síntesis del precursor de GAA de 110 KD pero afectan el procesamiento y el transporte intra-celular de la proteína.

Programa Expo-USA para la empresa INBIMA SA

El siguiente proyecto se realizará, con el fin de determinar las mejores opciones de exportación que tiene la empresa Inbima SA. Inicialmente se trabajará una matriz para la selección del producto más adecuado para la exportación, a partir de la calificación de las características que tienen los productos que ofrece la empresa. Seguido de una investigación 6 países que se consideran compradores potenciales del producto que dará como resultado la pre-investigación de mercados; se procederá a indagar a fondo en los 3 principales países que se obtendrán como resultado de esta investigación. Después de la obtención de los resultados de los tres países, se hará la implementación de una nueva herramienta de costeo y mejoramiento de producto para seguir con la última fase en la cual se hallará el Análisis del Perfil Estratégico (APE) de la compañía, en donde se tendrá en cuenta el potencial del mercado bajo condiciones actuales, los principales competidores y las fortalezas y debilidades que presenta la empresa. Todo el desarrollo de este documento fue producto del arduo trabajo realizado por el Centro de Innovación y Desarrollo Empresarial de Universidad del Rosario, orientado principalmente por la directora del Área internacional Luz Sofía Méndez Álvarez.

El liderazgo organizacional: una aproximación desde la perspectiva etológica

La presente investigación plantea la necesidad fundamental de generar un proceso de análisis, tendiente a proponer dinámicas organizativas humanas, desde un enfoque etológico. La etología aparece entonces como un estudio sistemático del comportamiento animal, sus formas de asociación, su disparidad, pero sobre todo, su accionar orgánico en la búsqueda de un comportamiento colectivo que propenda por el bien común. En esta medida el liderazgo surge como una posibilidad clara de fomentar relaciones humanas centradas en las diferentes vertientes relacionales; cultura, comunicación, comunidad, axiología, y finalmente etología. Así mismo, se examinan las diferentes estrategias que el liderazgo como posibilidad de cambio dentro de las organizaciones, puede ser fundamentado mediante procesos de comparación etológica, y así generar propuestas que configuren un quehacer organizacional desde la solidaridad, el liderazgo, y el desenvolvimiento interno y externo de las organizaciones.

Recognition of static and dynamic facial expressions: Influences of sex, type and intensity of emotion

Ecological validity of static and intense facial expressions in emotional recognition has been questioned. Recent studies have recommended the use of facial stimuli more compatible to the natural conditions of social interaction, which involves motion and variations in emotional intensity. In this study, we compared the recognition of static and dynamic facial expressions of happiness, fear, anger and sadness, presented in four emotional intensities (25 %, 50 %, 75 % and 100 %). Twenty volunteers (9 women and 11 men), aged between 19 and 31 years, took part in the study. The experiment consisted of two sessions in which participants had to identify the emotion of static (photographs) and dynamic (videos) displays of facial expressions on the computer screen. The mean accuracy was submitted to an Anova for repeated measures of model: 2 sexes x [2 conditions x 4 expressions x 4 intensities]. We observed an advantage for the recognition of dynamic expressions of happiness and fear compared to the static stimuli (p < .05). Analysis of interactions showed that expressions with intensity of 25 % were better recognized in the dynamic condition (p < .05). The addition of motion contributes to improve recognition especially in male participants (p < .05). We concluded that the effect of the motion varies as a function of the type of emotion, intensity of the expression and sex of the participant. These results support the hypothesis that dynamic stimuli have more ecological validity and are more appropriate to the research with emotions.

Paz en el territorio: dinámica de expansión geográfica del accionar colectivo por la paz en colombia 1978-2003

This article is an attempt to make an introduction, both empirical grounded and descriptive, of the dynamic that the collective action for peace shows in the Colombian society, with special emphasis in the geographical dimension. The article is developed in two main parts: firstly, the key characteristics of such social mobilization for peace are presented (an important and massive mobilization, which displays a varied repertoire of action forms and reaches a countrywide scale). Secondly, using the data of the Cinep’s collective action for peace database (Datapaz), the process of geographical expansion of those actions are showed. Tour periods of time are considered: the antecedents of the peace mobilization (1978-1985),the activation of the peace mobilization (1986-1992), the blossoming of the peace organizations and massive demonstrations (1993-1999), and, finally, the crisis of the massive demonstrations but a great dynamism at the local level (2000-2003). Summarizing, the article starts to elaborate which can be called a geography of peace; that is to say, it is an analysis that shows the geographical dynamic of the collective efforts for peace in the Colombian society. It aims to demonstrate that the Colombian reality is not only armed conflict, but also a growing confluence of initiatives and efforts towards finding alternatives to violence.