Assessing Methods for Assigning SNPs to Genes in Gene-Based Tests of Association Using Common Variants

Gene-based tests of association are frequently applied to common SNPs (MAF>5%) as an alternative to single-marker tests. In this analysis we conduct a variety of simulation studies applied to five popular gene-based tests investigating general trends related to their performance in realistic situations. In particular, we focus on the impact of non-causal SNPs and a variety of LD structures on the behavior of these tests. Ultimately, we find that non-causal SNPs can significantly impact the power of all gene-based tests. On average, we find that the “noise” from 6–12 non-causal SNPs will cancel out the “signal” of one causal SNP across five popular gene-based tests. Furthermore, we find complex and differing behavior of the methods in the presence of LD within and between non-causal and causal SNPs. Ultimately, better approaches for a priori prioritization of potentially causal SNPs (e.g., predicting functionality of non-synonymous SNPs), application of these methods to sequenced or fully imputed datasets, and limited use of window-based methods for assigning inter-genic SNPs to genes will improve power. However, significant power loss from non-causal SNPs may remain unless alternative statistical approaches robust to the inclusion of non-causal SNPs are developed.

Efeitos de fungicidas alternativos em folhas de Carthamus tinctorius L. (Asteraceae), potencial espécie para cultivo em agricultura familiar

The currently main development model on global society is driven by an economic rationality that endangers the environment and social justice. More and more, attention to this way of production and consumption is increasing, boosting research for sustainable development, with an environmental rationality that can harmonize nature preservation and welfare of all socioeconomic classes. One of the efforts on this sense is changing the sources supplying the energy demand, replacing fossil fuels for renewable and cleaner sources, such as biofuels. Carthamus tinctorius (safflower) is an oilseed crop with potential for biodiesel production, with good oil yield and chemical profile, allied to good adaptation to climates such like the northeastern semiarid lands of Brazil. With public policies fomentation, the use of this species may be an interesting alternative for family farming. In farming in general, the use of pesticides to prevent and combat diseases and plagues is common, which is not a sustainable practice. Thus, there are researched alternative, less dangerous substances. In this study, it was aimed to assess if neem (Azadirachta indica) leaf extract (20% m/v) and Bordeaux mixture (copper sulfate) have effects on safflower. It was also aimed to verify acceptance of farmers on safflower crop in Apodi, a municipality in Rio Grande do Norte state, Brazil, in view of it being localized in the aimed region for this crop cultivation. Besides that, understanding that the farmers’ knowledge and inclination to adopt the crop is fundamental for the introduction of this species and socioeconomic growth due to its exploration. In addition, a booklet with basic information on safflower was produced. In the field experiment, the fungicides were pulverized on plants cultivated in field experimental plots, with collection of leaf samples for analysis on anatomy, cuticle, and epicuticular wax morphology, the protective layer that interfaces with the surrounding ambient. In Apodi, forty-five farmers from Potiguar Cooperative of Apiculture and Sustainable Rural Development (COOPAPI) underwent semi-structured interviews, which also addressed their assessment on currently cultivated crops and perception of pesticide uses and sustainable alternatives. After comparing using analysis of variance, it was found that there was no difference between treatments in the experiment, as well as no anatomical or morphological modifications. Safflower acceptation among farmers was wide, with 84% of interviewees believing in a perspective of good incomes. The current scenario, comprised of low crop diversity, fragile in face of droughts and plagues, can partially explain this opinion. The booklet was effective in catching people attention for the species potential. There was wide acknowledgement on the importance of alternative pesticides, justified by health security. Based on the assessed parameter in the results of this research, the treatments here utilized may be recommended as fungicides for safflower. Given the crop susceptibility to fungi in heavy rainy period, it is advised that its potential introduction on the region shall be focused on semiarid areas.

Procéduralisme épistémique et légitimité démocratique : une défense de l'égalité politique

Ce mémoire explore la relation qui lie démocratie et légitimité politique, dans une perspective épistémique. La démocratie, dans son acception la plus générale, confère à chacun la possibilité de faire valoir les intérêts qu'il estime être les siens et ceux de sa communauté, en particulier à l’occasion d’un scrutin. Cette procédure décisionnelle qu’est le vote consacre ainsi en quelque sorte la liberté et l’égalité dont profitent chacun des citoyens, et confère une certaine légitimité au processus décisionnel. Cela dit, si le vote n’est pas encadré par des considérations épistémiques, rien ne garantit que le résultat politique qui en découlera sera souhaitable tant pour les individus que pour la collectivité: il est tout à fait permis d’imaginer que des politiques discriminatoires, économiquement néfastes ou simplement inefficaces voient ainsi le jour, et prennent effet au détriment de tous. En réponse à ce problème, différentes théories démocratiques ont vu le jour et se sont succédé, afin de tenter de lier davantage le processus démocratique à l’atteinte d’objectifs politiques bénéfiques pour la collectivité. Au nombre d’entre elles, la démocratie délibérative a proposé de substituer la seule confrontation d’intérêts de la démocratie agrégative par une recherche collective du bien commun, canalisée autour de procédures délibératives appelées à légitimer sur des bases plus solides l’exercice démocratique. À sa suite, la démocratie épistémique s’est inspirée des instances délibératives en mettant davantage l’accent sur la qualité des résultats obtenus que sur les procédures elles-mêmes. Au final, un même dilemme hante chaque fois les différentes théories : est-il préférable de construire les instances décisionnelles en se concentrant prioritairement sur les critères procéduraux eux-mêmes, au risque de voir de mauvaises décisions filtrer malgré tout au travers du processus sans pouvoir rien y faire, ou devons-nous avoir d’entrée de jeu une conception plus substantielle de ce qui constitue une bonne décision, au risque cette fois de sacrifier la liberté de choix qui est supposé caractériser un régime démocratique? La thèse que nous défendrons dans ce mémoire est que le concept d’égalité politique peut servir à dénouer ce dilemme, en prenant aussi bien la forme d’un critère procédural que celle d’un objectif politique préétabli. L’égalité politique devient en ce sens une source normative forte de légitimité politique. En nous appuyant sur le procéduralisme épistémique de David Estlund, nous espérons avoir démontré au terme de ce mémoire que l’atteinte d’une égalité politique substantielle par le moyen de procédures égalitaires n’est pas une tautologie hermétique, mais plutôt un mécanisme réflexif améliorant tantôt la robustesse des procédures décisionnelles, tantôt l’atteinte d’une égalité tangible dans les rapports entre citoyens.

Les référendums sur la souveraineté de l'Écosse et de la Catalogne : le renvoi relatif à la sécession du Québec en comparaison

L’année 2014 est marquée par les référendums sur la souveraineté de l’Écosse et de la Catalogne, deux nations partageant de nombreux points communs sur les plans de l’histoire et de la culture. Le cadre juridique pré-référendaire de chacune de ces régions est fondamentalement le même: l’existence juridique de l’Écosse et de la Catalogne est directement issue de la volonté d’un État central unitaire, respectivement le Royaume-Uni et l’Espagne. La compétence législative de tenir un référendum sur l’autodétermination de ces régions est d’ailleurs ambiguë. Devant ce dilemme, le Royaume-Uni permet à l’Écosse d’organiser un référendum sur sa souveraineté. Il en résulte un processus démocratique juste, équitable, décisif et respecté de tous. De son côté, l’Espagne interdit à la Catalogne d’en faire de même, ce qui n’empêche pas Barcelone de tout mettre en œuvre afin de consulter sa population. Il en découle un processus de participation citoyenne n’ayant rien à voir avec un référendum en bonne et due forme. 20 ans après le dernier référendum sur la souveraineté du Québec, l’étude des référendums de l’Écosse et de la Catalogne nous permet de mettre en lumière la justesse, mais aussi l’incohérence partielle des enseignements de la Cour suprême du Canada dans son Renvoi relatif à la sécession du Québec. D’un côté, la nécessité d’équilibrer les principes constitutionnels sous-jacents de démocratie et de constitutionnalisme est mise en exergue. Parallèlement, les concepts de question et de réponse claires, d’effectivité et de négociations post-référendaires prennent une toute autre couleur face à un nouvel impératif absent des conclusions de la Cour suprême : celui des négociations pré-référendaires.

Common Bound: The Small Groups of Methodism

The system of small groups John Wesley established to promote a proper life of discipleship in early Methodist converts was, in many respects, the strength of the Methodist movement. Those who responded to Wesley’s initial invitation to “flee the wrath to come” were organized into large gatherings called “societies,” which were then subdivided into smaller bands, class meetings, select societies, and penitent bands. The smaller groups gave Wesley the opportunity, through a system of appointed leaders, to keep track of the spiritual progress of every member in his movement, which grew to tens of thousands by the time of his death in 1791. As Methodism shifted from renewal movement to institutional church in the nineteenth century, however, growth slowed, and participation in such groups declined rapidly. By the early twentieth century, classes and bands were virtually extinct in every sector of Methodism save the African-American tradition. In recent years, scholars in various sectors of the Wesleyan tradition, particularly David Lowes Watson and Kevin Watson, have called for a recovery of these small groups for purposes of renewal in the church. There is no consensus, however, concerning what exactly contributed to the vitality of these groups during Wesley’s ministry.

Over the last century, sociological studies of group dynamics have revealed three common traits that are crucial to highly functioning groups: interdependence created by the existence of a common goal, interaction among group members that is “promotive” or cooperative in nature, and high levels of feedback associated with personal responsibility and individual accountability. All three of these were prevalent in the early Methodist groups. Interdependence existed around a shared goal, which for Wesley and the Methodists was holiness. That interdependence was cooperative in nature; individuals experienced the empowering grace of God as they each pursued the goal in the company of fellow pilgrims. Finally, the groups existed for purposes of feedback and accountability as individuals took responsibility both for themselves and others as they progressed together toward the goal of holy living. Wesley seemed to instinctively understand the essential nature of each of these characteristics in maintaining the vitality of the movement when he spoke of the importance of preserving the “doctrine, spirit and discipline” of early Methodism. Analysis of some of the present-day attempts to restore Wesley’s groups reveals frequent neglect to one or more of these three components. Perhaps most critical to recovering the vitality of the early Methodist groups will be reclaiming the goal of sanctification and coming to a consensus on what its pursuit means in the present day.

Les référendums sur la souveraineté de l'Écosse et de la Catalogne : le renvoi relatif à la sécession du Québec en comparaison

L’année 2014 est marquée par les référendums sur la souveraineté de l’Écosse et de la Catalogne, deux nations partageant de nombreux points communs sur les plans de l’histoire et de la culture. Le cadre juridique pré-référendaire de chacune de ces régions est fondamentalement le même: l’existence juridique de l’Écosse et de la Catalogne est directement issue de la volonté d’un État central unitaire, respectivement le Royaume-Uni et l’Espagne. La compétence législative de tenir un référendum sur l’autodétermination de ces régions est d’ailleurs ambiguë. Devant ce dilemme, le Royaume-Uni permet à l’Écosse d’organiser un référendum sur sa souveraineté. Il en résulte un processus démocratique juste, équitable, décisif et respecté de tous. De son côté, l’Espagne interdit à la Catalogne d’en faire de même, ce qui n’empêche pas Barcelone de tout mettre en œuvre afin de consulter sa population. Il en découle un processus de participation citoyenne n’ayant rien à voir avec un référendum en bonne et due forme. 20 ans après le dernier référendum sur la souveraineté du Québec, l’étude des référendums de l’Écosse et de la Catalogne nous permet de mettre en lumière la justesse, mais aussi l’incohérence partielle des enseignements de la Cour suprême du Canada dans son Renvoi relatif à la sécession du Québec. D’un côté, la nécessité d’équilibrer les principes constitutionnels sous-jacents de démocratie et de constitutionnalisme est mise en exergue. Parallèlement, les concepts de question et de réponse claires, d’effectivité et de négociations post-référendaires prennent une toute autre couleur face à un nouvel impératif absent des conclusions de la Cour suprême : celui des négociations pré-référendaires.

Facteurs susceptibles d’influencer l'implantation de l'Échelle québécoise des niveaux de compétence en français des personnes immigrantes adultes et du Programme-cadre de français pour les personnes immigrantes adultes au Québec

La coexistence des services de francisation au Québec pour les personnes immigrantes adultes a fait l'objet de divers enjeux liés notamment au passage des apprenants d'un lieu de formation à un autre (Québec, MICC, 2011a). Dans le but de répondre à ces enjeux et d’harmoniser l'offre de services gouvernementaux en matière de francisation des adultes, le ministère de l'Immigration et des Communautés culturelles (MICC) a élaboré en collaboration avec le ministère de l'Éducation, du Loisir et du Sport (MELS), une innovation pédagogique, soit un référentiel commun québécois composé de deux instruments : l’Échelle québécoise des niveaux de compétence en français des personnes immigrantes adultes et le Programme-cadre de français pour les personnes immigrantes adultes au Québec. Le but de notre étude était de mieux comprendre l'implantation du référentiel commun québécois, de faire état des représentations du personnel enseignant en francisation vis-à-vis de cette innovation pédagogique et d’identifier les principaux facteurs qui structurent son implantation. Pour atteindre ces objectifs de recherche, nous avons mené une étude qualitative dans laquelle nous nous sommes appuyée sur le modèle d'implantation de Vince-Whitman (2009) qui identifie douze facteurs facilitant l’implantation d’une politique et d’une pratique. Nous avons accédé aux représentations de douze enseignantes et enseignants en francisation qui œuvrent au MICC et au MELS lors d’entretiens de groupe en leur permettant de s'exprimer sur leurs pratiques pédagogiques et sur leurs impressions du référentiel commun québécois. À l’aide du logiciel QSF NVivo 8, nous avons analysé le contenu des propos de nos participants de recherche. Nos résultats démontrent que le manque appréhendé de ressources – humaines, matérielles et financières, et un manque de temps, de formation et de collaboration professionnelle pourraient représenter des obstacles et nuire à une éventuelle implantation du référentiel commun québécois. À la lumière de ces résultats, nous proposons un cadre de référence composé de sept facteurs d’implantation d’une innovation pédagogique afin de mieux rendre compte d’une réalité spécifique et contemporaine, celle de l'implantation du référentiel commun québécois pour la francisation des immigrants adultes scolarisés. Les écrits scientifiques et nos résultats de recherche démontrent que de diverses formes de soutien, principalement du matériel pédagogique approprié et suffisant, peuvent constituer un facteur-clé dans la réussite de l’implantation d’une innovation pédagogique.

L'image principale de profil, symbole de l'individu connecté

Depuis le début du XXIe siècle, un type particulier d’images a envahi l’espace public constitué par Internet : il s’agit des images principales de profil, ces images que les utilisateurs de sites de réseaux sociaux choisissent pour les représenter auprès des autres individus connectés. Comme le plus souvent il s’agit d’une image du corps de celui ou celle qui s’affiche ainsi, il est intéressant de s’intéresser à cette pratique en la rattachant à des pratiques plus anciennes. Dans un premier temps, cette étude présente donc une perspective socio-historique en notant la ressemblance de la pratique de l’image principale de profil avec celle de l’autoportrait et du portrait commandé. Cela permet de remarquer plusieurs points de rupture ou d’inflexion dans l’usage de ce type d’images, mais aussi d’en dégager les usages sociaux typiques. Ensuite, l’observation d’un lieu particulier d’Internet permet de tirer les conclusions suivantes : si l’usage principal de ces images est facile à expliquer, elles servent à symboliser une présence dans des lieux non accessibles aux corps sensibles, ces images montrent toujours des éléments qui permettent de déduire une position sociale et elles sont fondamentalement identiques aux images produites avant Internet. Ensuite, l’étude de ces images montre qu’il y a un véritable continuum dans la manière de dévoiler son intimité qui permet d’affirmer que la frontière entre public et privé n’existe pas sur Internet. Finalement, ces images montrent une absence de canon quant à leur production et une multiplicité des façons de se mettre en scène qui laissent à penser qu’elles sont devenues des symboles à part entière dans la communication qui peut s’établir entre des étrangers sur Internet.

Seawater carbonate chemistry and biological processes during experiments with common cuttlefish Sepia officinalis, 2008

Ocean acidification and associated changes in seawater carbonate chemistry negatively influence calcification processes and depress metabolism in many calcifying marine invertebrates. We present data on the cephalopod mollusc Sepia officinalis, an invertebrate that is capable of not only maintaining calcification, but also growth rates and metabolism when exposed to elevated partial pressures of carbon dioxide (pCO2). During a 6 wk period, juvenile S. officinalis maintained calcification under ~4000 and ~6000 ppm CO2, and grew at the same rate with the same gross growth efficiency as did control animals. They gained approximately 4% body mass daily and increased the mass of their calcified cuttlebone by over 500%. We conclude that active cephalopods possess a certain level of pre-adaptation to long-term increments in carbon dioxide levels. Our general understanding of the mechanistic processes that limit calcification must improve before we can begin to predict what effects future ocean acidification will have on calcifying marine invertebrates.

Can a Common Currency Foster a Shared Social Identity across Different Nations? The Case of the Euro

Fostering the emergence of a "European identity" was one of the declared goals of the euro adoption. Now, years after the physical introduction of the common currency, we assess whether there has been an effect on a shared European identity. We use two different datasets in order to assess the impact of the euro adoption on the fostering of a self-declared "European Identity". We find that the effect of the euro is statistically insignificant although it is precisely estimated. This result holds important implications for European policy makers. It also sheds new light on the formation of social identities.

Source Provenance of Pre-Historic Granitic Grindstones: The Case Study of the Cogotas I Archaeological Site of Arroyo Mucientes/San Lázaro (Castronuño, Valladolid) and a Proposal on the General Methodological Flow Process

The occurrence of hand grindstones at the Cogotas I archaeological sites is considered to be a common feature. Given that a distant-provenance raw material is frequently involved, determination of its source is a basic factor in the search for a better understanding of resource management and for any Political Economy approach. To progress in these directions an overall study should be planned, using selected grindstones with a view to covering diverse sub-zones of the Cogotas I dispersal area, especially because of its considerable distance from the granite basement source. Such a study may today includes diverse analytical procedures combining successive geographic, petrographic, mineralogical and geochemical criteria. To check the plausibility of the proposed methodology, a preliminary test has been carried out on two granite grindstones, obtained at the archaeological excavation at the Castronuño (Valladolid) Cogotian site, which is fifty km away from an inferred source area that was presumably located at Peñausende (Zamora). The result obtained validates the proposed operational process, yielding a generalizable knowledge to other similar situations.

What Heraclitus and Parmenides have in common on Reality and Deception

It is usually assumed that Heraclitus is, exclusively, the philosopher of flux, diversity and opposition while Parmenides puts the case for unity and changelessness. However, there is a significant common understanding of things (though in differing contexts), not simply an accidental similarity of understanding. Both philosophers, critically, distinguish two realms: on the one hand, there is the one, common realm, identical for all, which is grasped by the ‘logos that is common’(Heraclitus) or the steady nous (Parmenides) that follows a right method in order to interpret the real. On the other hand, the realm of multiplicity seen and heard by the senses, when interpreted by ‘barbarian souls’, is not understood in its common unity. Analogously, when grasped by the wandering weak nous it does not comprehend the real’s basic unity. In this paper I attempt to defend the thesis that both thinkers claim that the common logos (to put it in Heraclitean terms) or the steady intellect (to say it with Parmenides) grasp and affirm the unity of the real.

What is the Point of Copyright History?:Reflections on Copyright at Common law in 1774 by H. Tomás Gómez-Arostegui

Copyright history has long been a subject of intense and contested enquiry. Historical narratives about the early development of copyright were first prominently mobilised in eighteenth century British legal discourse, during the so-called Battle of the Booksellers between Scottish and London publishers. The two landmark copyright decisions of that time – Millar v. Taylor (1769) and Donaldson v. Becket (1774) – continue to provoke debate today. The orthodox reading of Millar and Donaldson presents copyright as a natural proprietary right at common law inherent in authors. Revisionist accounts dispute that traditional analysis. These conflicting perspectives have, once again, become the subject of critical scrutiny with the publication of Copyright at Common Law in 1774 by Prof Tomas Gomez-Arostegui in 2014, in the Connecticut Law Review ((2014) 47 Conn. L. Rev. 1) and as a CREATe Working Paper (No. 2014/16, 3 November 2014).

Taking Prof Gomez-Arostegui’s extraordinary work in this area as a point of departure, Dr Elena Cooper and Professor Ronan Deazley (then both academics at CREATe) organised an event, held at the University of Glasgow on 26th and 27th March 2015, to consider the interplay between copyright history and contemporary copyright policy. Is Donaldson still relevant, and, if so, why? What justificatory goals are served by historical investigation, and what might be learned from the history of the history of copyright? Does the study of copyright history still have any currency within an evidence-based policy context that is increasingly preoccupied with economic impact analysis?

This paper provides a lasting record of these discussions, including an editorial introduction, written comments by each of the panelists and Prof. Gomez-Arostegui and an edited transcript of the Symposium debate.

Perceptions of the common good in planning

There has been plenty of debate in the academic literature about the nature of the common good or public interest in planning. There is a recognition that the idea is one that is extremely difficult to isolate in practical terms; nevertheless, scholars insist that the idea ‘…remains the pivot around which debates about the nature of planning and its purposes turn’ (Campbell & Marshall, 2002, 163–64). At the point of first principles, these debates have broached political theories of the state and even philosophies of science that inform critiques of rationality, social justice and power. In the planning arena specifically, much of the scholarship has tended to focus on theorising the move from a rational comprehensive planning system in the 1960s and 1970s, to one that is now dominated by deliberative democracy in the form of collaborative planning. In theoretical terms, this debate has been framed by a movement from what are perceived as objective and elitist notions of planning practice and decision-making to ones that are considered (by some) to be ‘inter-subjective’ and non-elitist. Yet despite significant conceptual debate, only a small number of empirical studies have tackled the issue by investigating notions of the common good from the perspective of planning practitioners. What do practitioners understand by the idea of the common good in planning? Do they actively consider it when making planning decisions? Do governance/institutional barriers exist to pursuing the common good in planning? In this paper, these sorts of questions are addressed using the case of Ireland. The methodology consists of a series of semi-structured qualitative interviews with 20 urban planners working across four planning authorities within the Greater Dublin Area, Ireland. The findings show that the most frequently cited definition of the common good is balancing different competing interests and avoiding/minimising the negative effects of development. The results show that practitioner views of the common good are far removed from the lofty ideals of planning theory and reflect the ideological shift of planners within an institution that has been heavily neoliberalised since the 1970s.