Clinical, epidemiological and molecular features of the HIV-1 subtype C and recombinant forms that are circulating in the city of São Paulo, Brazil

Abstract Background The city of Sao Paulo has the highest AIDS case rate, with nearly 60% in Brazil. Despite, several studies involving molecular epidemiology, lack of data regarding a large cohort study has not been published from this city. Objectives This study aimed to describe the HIV-1 subtypes, recombinant forms and drug resistance mutations, according to subtype, with emphasis on subtype C and BC recombinants in the city of São Paulo, Brazil. Study design RNA was extracted from the plasma samples of 302 HIV-1-seropositive subjects, of which 211 were drug-naive and 82 were exposed to ART. HIV-1 partial pol region sequences were used in phylogenetic analyses for subtyping and identification of drug resistance mutations. The envelope gene of subtype C and BC samples was also sequenced. Results From partial pol gene analyses, 239 samples (79.1%) were assigned as subtype B, 23 (7.6%) were F1, 16 (5.3%) were subtype C and 24 (8%) were mosaics (3 CRF28/CRF29-like). The subtype C and BC recombinants were mainly identified in drug-naïve patients (72.7%) and the heterosexual risk exposure category (86.3%), whereas for subtype B, these values were 69.9% and 57.3%, respectively (p = 0.97 and p = 0.015, respectively). An increasing trend of subtype C and BC recombinants was observed (p < 0.01). Conclusion The HIV-1 subtype C and CRFs seem to have emerged over the last few years in the city of São Paulo, principally among the heterosexual population. These findings may have an impact on preventive measures and vaccine development in Brazil.

Micromorfologia de horizontes espódicos nas restingas do Estado de São Paulo

Os solos de restinga são pouco estudados e conhecidos no Brasil. Neste trabalho, a micromorfologia de horizontes espódicos foi investigada em quatro locais do litoral do Estado de São Paulo (Bertioga, Ilha de Cananeia, Ilha do Cardoso e Ilha Comprida). A técnica possibilitou caracterizar as diferentes formas da matéria orgânica, e, juntamente com a descrição morfológica de oito perfis de solos representativos das restingas do Estado de São Paulo, objetivou-se discutir os mecanismos envolvidos na gênese dos horizontes espódicos desses ambientes. Entre os resultados alcançados, destaca-se: a presença de revestimentos orgânicos monomórficos na superfície dos constituintes grossos da maioria dos horizontes analisados, bem como o preenchimento quase completo da porosidade entre grãos de alguns horizontes cimentados e brandos, são evidências de que a clássica teoria da mobilização, transporte e precipitação de complexos organometálicos é válida para os solos estudados. No entanto, matéria orgânica polimórfica e, ou, resíduos vegetais em diferentes estádios de decomposição foram as principais pedofeições observadas em horizontes espódicos mal drenados e sotopostos a horizontes hísticos. Nesses, a decomposição pela mesofauna e microbiológica das raízes in situ é um importante mecanismo de acumulação de matéria orgânica em profundidade e formação dos horizontes espódicos. A atuação das raízes na formação desses horizontes, no entanto, vai além da sua decomposição: a fábrica e as feições da matéria orgânica de um horizonte cimentado, incluindo remanescentes radiculares, indicaram que as raízes podem atuar na imobilização da matéria orgânica por meio de seu mecanismo de absorção seletiva. Nesse processo, a solução do solo rica em carbono orgânico dissolvido é absorvida seletivamente pelas raízes, segregando parte do carbono complexado em sua superfície e no entorno destas, absorvendo água e nutrientes. A atuação continuada desse processo leva à precipitação da matéria orgânica iluviada e segregada por meio de sua desidratação, que é condicionada pela própria absorção radicular.

The impact of atmospheric particulate matter on cancer incidence and mortality in the city of São Paulo, Brazil

This study aimed to verify the impact of inhalable particulate matter (PM10) on cancer incidence and mortality in the city of São Paulo, Brazil. Statistical techniques were used to investigate the relationship between PM10 on cancer incidence and mortality in selected districts. For some types of cancer (skin, lung, thyroid, larynx, and bladder) and some periods, the correlation coefficients ranged from 0.60 to 0.80 for incidence. Lung cancer mortality showed more correlations during the overall period. Spatial analysis showed that districts distant from the city center showed higher than expected relative risk, depending on the type of cancer. According to the study, urban PM10 can contribute to increased incidence of some cancers and may also contribute to increased cancer mortality. The results highlight the need to adopt measures to reduce atmospheric PM10 levels and the importance of their continuous monitoring.

Relations between Depression, Alcohol and Gender in the Metropolitan Region of São Paulo, Brazil

As part of the GENACIS project, this paper sought to assess the prevalence of depression in an urban sample in the city of São Paulo, Brazil, as well as the association between depression and alcohol abuse according to gender. To achieve this, an epidemiological survey was conducted using a stratified probability sample, including 2,083 adults. CIDI SF was used to identify depression. The Rao Scott test and multivariate logistic regression were used for statistical analysis. The response rate was 74.9%. Females (58.3%) under 40 years of age (52%) were predominant. The prevalence of depression was 28.3% for women and 12.7% for men. Most men declared being drinkers (61.1%) in the last year. Depression was associated with an alcohol drinking pattern, mostly binge drinking, in addition to the occurrence of problems derived from alcohol use. Most women declared being abstainers (69.5%). Depression was associated with cohabiting with spouses with alcohol-related problems. Results reveal that the association between depression and alcohol consumption is distinct between genders.

Population biology of Stellifer rastrifer, S. brasiliensis and S. stellifer in Caraguatatuba Bay, northern coast of São Paulo, Brazil

Ecosystems may reflect environmental changes in many respects, from the debilitation of individuals to alterations in community composition. Equally, population parameters may provide reliable indications of environmental changes. Members of the sciaenid fish genus Stellifer are usually very abundant where they occur, often with two or more species living in sympatry. Here, the population dynamics of three Stellifer species from southeastern Brazil were assessed. Sampling was carried out in shallow marine areas of Caraguatatuba Bay, from August 2003 to October 2004. The species evaluated were Stellifer rastrifer (n=3183), S. brasiliensis (n=357) and S. stellifer (n=116). The area under greater continental influence tended to support more, but smaller individuals. Size variations over time were similar among species and negatively correlated with Krel, which showed smooth fluctuations. The general length-frequency distribution was concentrated between 6.0 and 9.0 cm, and the great majority of females did not present mature gonads during the sampling period. The findings support the existence of a stratification by size for these species, indicating that the area is essential for the development of younger fish. Failure to consider these characteristics for the management of similar areas may have serious implications for these environments.

Accessibility and visibility of academic and scientific production of the University of São Paulo (USP), Brazil

ACADEMIC CONTENTS: Digital Library of Theses and Dissertations, eAULAS, Open Educational Resources. SCIENTIFIC CONTENTS: Digital Library of USP Intellectual Production, Scientific Journals Portal. OTHER CONTENTS: Rare books, Maps, Images.

University of São Paulo, Brazil: open access movement

USP scientific production. USP journals. USP Open Access Movement.

Commercial Sexual Exploitation and Missing Children in the Coastal Region of Sao Paulo State, Brazil

The commercial sexual exploitation of children (CSEC) has emerged as one of the world’s most heinous crimes. The problem affects millions of children worldwide and no country or community is fully immune from its effects. This paper reports first generation research of the relationship that exists between CSEC and the phenomenon of missing children living in and around the coastal regions of the state of Sao Paulo, Brazil, the country’s richest State. Data are reported from interviews and case records of 64 children and adolescents, who were receiving care through a major youth serving non-governmental organization (NGO) located in the coastal city of Sao Vicente. Also, data about missing children and adolescents were collected from Police Reports – a total of 858 Police Reports. In Brazil, prostitution is not a crime itself, however, the exploitation of prostitution is a crime. Therefore, the police have no information about children or adolescents in this situation, they only have information about the clients and exploiters. Thus, this investigation sought to accomplish two objectives: 1) to establish the relationship between missing and sexual exploited children; and 2) to sensitize police and child-serving authorities in both the governmental and nongovernmental sectors to the nature, extent, and seriousness of many unrecognized cases of CSEC and missing children that come to their attention. The observed results indicated that the missing children police report are significantly underestimated. They do not represent the number of children that run away and/or are involved in commercial sexual exploitation.

Sistemas hídricos do Jardim Botânico do Estado de São Paulo: uma experiência em educação para o meio ambiente

O presente trabalho foi desenvolvido para compor um modelo de educação ambiental no Jardim Botânico do Estado de São Paulo, localizado no Parque Estadual Fontes do Ipiranga (PEFI). Devido ao seu propósito educacional, o projeto educativo foi desenvolvido com o apoio de dois professores do ensino básico e de pesquisadores do Núcleo de Educação Ambiental do Jardim Botânico do Estado de São Paulo e das Seções de Ecologia e Ficologia do Instituto de Botânica. O modelo considerou quatro sistemas hídricos do PEFI, a Nascente do Riacho do Ipiranga e os Lagos do Jardim Botânico \"Nascentes, Ninféias e Bugios\", como base para a construção de instrumentos ordenadores de visitas monitoradas de professores do ensino básico e seus alunos ao Jardim Botânico. Como base do projeto, abordou-se o tema meio ambiente como transversal às disciplinas clássicas do sistema educacional brasileiro e empreenderam-se as ações do projeto através do conhecimento de diferentes profissionais sobre o meio ambiente que compuseram o grupo de trabalho e, ao mesmo, buscou-se integrar as ações às reais necessidades dos docentes do Ensino Básico. Nesse sentido, foi essencial a participação dos dois professores de escolas do entorno do Jardim Botânico nas etapas organizacionais do projeto. A caracterização da área de estudo baseou-se em seus aspectos históricos e físicos, bem como na qualidade sanitária dos corpos aquáticos considerados. As determinações físicas-químicas e microbiológicas revelaram uma condição sanitária satisfatória das águas, contudo os valores de coliformes fecais e totais encontrados nos lagos sugerem contaminação de origem animal, comum à região. A produtividade primária também foi determinada para cada corpo aquático, encontrando-se baixos valores de clorofila a nos três lagos e na nascente. Os tipos de algas microscópicas observadas foram os gêneros Chrysochromulina, Ankistrodesmus, Scenedesmus, Cosmarium, Navicula, Eunotia, Cryptomonas, Closterium, Gomphonema, Pinnularia, Pleurotaenium, Arthrospira, Oedogonium, Euastrum, Monoraphidium, Staurastrum, Pleurotaenium, Mallomonas e Chlamydomonas. De acordo com a tabela Carlson (Índice de Estado Trófico) a Nascente e o Lago das Nascentes são considerados oligotróficos, enquanto que o Lago dos Bugios e o das Ninféias, mesotróficos. A primeira ação do projeto, um curso teórico-prático, buscou-se integrar os professores do ensino básico em temas relacionados ao meio ambiente, particularmente naqueles de maior relevância aos profissionais atuantes no Jardim Botânico. Posteriormente, os professores participaram de ações para formatação de instrumentos educativos para visitação monitorada ao jardim, que resultaram na elaboração de um manual de visitação do professor, contendo um mapa da área de visitação e explicações de placas sinalizadoras. Para o núcleo de educação ambiental do Jardim Botânico foi disponibilizada a estrutura básica de um curso de capacitação de professores do ensino básico em temas sobre o meio ambiente, bem como a documentação fotográfica da área estudada, os critérios para a admissão de visita monitorada e os procedimentos para adequação do local da Nascente do Riacho do Ipiranga à visitação pública. Finalmente, deve-se ressaltar que o tema escolhido para a realização dessa dissertação de mestrado foi originado da percepção dos pesquisadores do Instituto de Botânica em destacar a importância do Jardim Botânico através de seus sistemas hídricos, e como poderiam ser utilizados como instrumento educativo nas escolas de São Paulo. Nesse sentido, optou-se por enriquecer o clássico foco dado aos jardins botânicos em todo o mundo, no qual a maioria dos visitantes apenas observa a vegetação local e exótica. Assim, pode-se afirmar que o trabalho empreendido se constituirá em uma contribuição ao professor com a missão de inserir a dimensão ambiental nas mais variadas disciplinas do ensino básico.

Análise espacial da leishmaniose visceral canina no município de Panorama, São Paulo, Brasil

A leishmaniose visceral é uma zoonose de grande importância para a saúde pública, com ampla distribuição geográfica e epidemiologia complexa. Apesar de diversas estratégias de controle, a doença continua se expandindo, tendo o cão como principal reservatório. Levando em consideração que análises espaciais são úteis para compreender melhor a dinâmica da doença, avaliar fatores de risco e complementar os programas de prevenção e controle, o presente estudo teve como objetivo caracterizar a distribuição da leishmaniose visceral canina e relacionar sua dinâmica com características ou feições espaciais no município de Panorama (SP). A partir de dados secundários coletados em um inquérito sorológico entre agosto de 2012 e janeiro de 2013, 986 cães foram classificados como positivos e negativos de acordo com o protocolo oficial do Ministério da Saúde. Posteriormente uma análise espacial foi conduzida, compreendendo desde a visualização dos dados até a elaboração de um mapa de risco relativo, passando por análises de cluster global (função K) e local (varredura espacial). Para avaliar uma possível relação entre o cluster detectado com a vegetação na área de estudo, calculou-se o Índice de Vegetação por Diferença Normalizada (NDVI). A prevalência da doença encontrada na população de cães estudada foi de 20,3% (200/986). A visualização espacial demonstrou que tanto animais positivos quanto negativos estavam distribuídos por toda a área de estudo. O mapa de intensidade dos animais positivos apontou duas localidades de possíveis clusters, quando comparado ao mapa de intensidade dos animais negativos. As análises de cluster confirmaram a presença de um aglomerado e um cluster foi detectado na região central do município, com um risco relativo de 2,63 (p=0,01). A variação espacial do risco relativo na área de estudo foi mapeada e também identificou a mesma região como área significativa de alto risco (p<0,05). Não foram observadas diferenças no padrão de vegetação comparando as áreas interna e externa ao cluster. Sendo assim, novos estudos devem ser realizados com o intuito de compreender outros fatores de risco que possam ter levado à ocorrência do cluster descrito. A prevalência, a localização do cluster espacial e o mapa de risco relativo fornecem subsídios para direcionamento de esforços do Setor de Vigilância Epidemiológica de Panorama para áreas de alto risco, o que pode poupar recursos e aperfeiçoar o controle da leishmaniose visceral no município.

Detecção de Enterococcus resistentes a vancomicina em criações comerciais de ovinos e caprinos das regiões centro-leste e nordeste do Estado de São Paulo

As exigências das condições higiênico-sanitárias na produção de animais de interesse zootécnico vêm aumentando progressivamente dada à necessidade de aliar-se produtividade a produtos de alta qualidade para atender a mercados consumidores cada vez mais exigentes. Nesse sentido, a utilização de antimicrobianos, tanto na profilaxia como na terapêutica, permanece como estratégia de controle para vários microrganismos patogênicos, de importância não apenas para a produção animal como também para a saúde humana, ainda que restrições ao uso indiscriminado desses produtos têm se intensificado. Não obstante, o uso excessivo desses produtos está associado à seleção de microrganismos resistentes nas áreas de produção. Por outro lado, investigações sobre circulação de cepas resistentes em rebanhos animais, até então restritas a populações humanas, ainda permanecem limitadas no Brasil. Bactérias do gênero Enterococcus, integrantes usuais da microbiota gastrointestinal animal e humana, são indicadoras ambientais de contaminação fecal e tem-se tornado objeto de preocupação em saúde pública e veterinária dada a ocorrência de cepas resistentes à vancomicina (VRE). O presente trabalho teve como objetivo isolar, quantificar e caracterizar VRE presentes em amostras fecais de ovinos oriundos de pequenas propriedades das regiões centro-leste e nordeste do estado de São Paulo. Para tanto, 132 amostras fecais foram coletadas diretamente do reto dos animais ou do piso das instalações. As amostras foram semeadas em ágar m-Enterococcus e subcultivadas em Ágar Bile Esculina acrescido de 6 µg/mL de vancomicina (ABEV), para confirmação de Enterococcus spp e detecção de cepas resistentes. Procedeu-se igualmente a observação da morfologia, características tintoriais, bioquímicas e moleculares. O número máximo de Enterococcus spp. encontrado foi de 2,6 × 105 e 1,70 × 105 UFC/g de fezes do ambiente e dos animais, respectivamente. Na caracterização bioquímica espécies mais prevalentes foram: Enterococcus faecalis e Vagococcus fluvialis. No ABEV, houve crescimento de colônias VRE em 33 das 84 amostras de ovinos-caprinos e em 21 das 48 amostras ambientais, representando, respectivamente 46,7% e 29,3% das amostras analisadas. A análise por multiplex PCR das 54 cepas VRE obtidas indicaram que 23 (43%), 22 (41%), 2 (3,5%) e 2 (3,5%) foram positivas, respectivamente, para os genes vanC2/C3, vanC1, vanA e vanB, sendo que para 5,3% dos isolados nenhum produto foi amplificado, sugerindo a possível ocorrência de genes dos demais grupos van conhecidos entre os isolados. Os resultados obtidos indicam, de forma inédita no país, a circulação de VRE em propriedades produtoras de ovinos e caprinos, sem ocorrência de manifestações clínicas aparentes nos animais, porém com possíveis riscos à saúde dos produtores e profissionais envolvidos, bem como a eventuais consumidores.

O PAPEL CONTRADITÓRIO DO PROFESSOR EVENTUAL DA REDE PÚBLICA DE ENSINO DO ESTADO DE SÃO PAULO NA ARTICULAÇÃO DAS RELAÇÕES DE TRABALHO E PROFISSÃO DOCENTE: LÚMPEN-PROFESSORADO ?

Esta pesquisa busca diagnosticar como ocorre a contratação e a atuação do professor eventual do EF II e EM na rede pública de ensino do estado de São Paulo e se essa forma de contratação e de atuação é a causa da quase inexistência desse professor nessa rede. Parte da hipótese de que a forma de contratação coloca esse professor em situação de lúmpen-professorado e que a pouca procura pelo professor eventual para o desempenho dessa função relaciona-se a esse fato, intimamente ligado ao não reconhecimento da importância de sua atuação, ao caráter contraditório do seu papel e às condições em que se dá seu exercício, levando-o a deixar de procurar esse tipo de atividade. Objetiva-se apresentar, discutir e promover uma reflexão a respeito desses temas e contribuir com estudos sobre o assunto, para uma possível análise e quiçá estruturação de uma política educacional adequada nesse âmbito. A carência de estudos sobre o tema justifica esta pesquisa. A partir da revisão bibliográfica, levantaram-se autores que abordaram o assunto, porém, sob outros pontos de vista. A metodologia abrangeu a leitura da bibliografia básica e complementar, a pesquisa documental (legislação federal e do estado de São Paulo), paralelamente a um estudo de caso e pesquisa qualitativa. Numa contextualização histórica geral, priorizaram-se as mudanças nas relações de trabalho e profissão docente, a construção e desconstrução de direitos adquiridos pelo professor, publicados em legislação específica, e, nesse ínterim, a figura do professor eventual. Abordou-se, então, numa perspectiva teórica, a situação precária da profissão docente e suas consequências, mostrando-se o panorama da deterioração do magistério público. O estudo de caso foi realizado por meio de observação sistemática numa escola estadual da periferia do Grande ABC (SP), além da coleta de depoimentos e/ou entrevistas junto a três professores eventuais, três gestores, um gerente de organização escolar e do secretário adjunto da Secretaria da Educação do estado de São Paulo, no intuito de valorar recortes dos diversos olhares. O estudo encerra-se com a discussão sobre a articulação entre os elementos de pesquisa. Os resultados contemplaram as questões propostas quanto à atuação e à contratação do professor eventual, confirmando assim as hipóteses levantadas para a pesquisa.

Estudo da distribuição de metais em água, sedimento e organismos aquáticos de rios e reservatórios pertencentes à rede de monitoramento da qualidade dos sedimentos do estado de São Paulo, Brasil

Dissertação (Mestrado)