Les effets de revêtements de surface sur la dissolution et la bioaccumulation de nanoparticules d'oxyde de zinc par l'algue unicellulaire, C. reinhardtii

Au cours de la dernière décennie, les nanoparticules ont connu un essor sans précédent dans plusieurs domaines. On peut retrouver ces nanoparticules dans des secteurs aussi variés tels que la médecine, l’électronique, les écrans solaires, les cosmétiques et les plastiques, pour ne nommer que ceux-là. Cette utilisation massive a eu un effet pervers sur l’environnement, sachant qu’une grande partie de ces produits se sont retrouvés inévitablement dans les milieux naturels. Plusieurs études révèlent qu’autant la présence des nanoparticules que leurs produits de dissolution sont à prendre en considération lorsque des travaux toxicologiques ou le devenir de ces matériaux sont étudiés. Il est désormais clair que les propriétés de surface de ces nanoparticules jouent un rôle central sur leur comportement dans les solutions aqueuses; que ce soit les interactions avec des organismes ou entre les particules elles-mêmes. Afin d’évaluer le devenir de nZnO, une étude sur la dissolution ainsi que la bioaccumulation a été réalisée avec l’algue modèle Chlamydomonas reinhardtii en présence de nanoparticules ayant différents enrobages. Les nanoparticules d’oxyde de zinc suivantes ont été étudiées : (i) nZnO sans enrobage (nZnO); (ii) nZnO avec enrobage d’acide polyacrylique (nZnO-PAA) et (iii) nZnO avec enrobage d’hexamétaphosphate de sodium (nZnO-HMP). La dissolution était mesurée à l’aide de trois techniques : ultrafiltration par centrifugation (CU); technique potentiométrique (scanned stripping chronopotentiometry, SSCP) et spectrométrie de masse – plasma à couplage inductif couplé à une résine échangeuse d’ions (resin-based inductively coupled plasma-mass spectrometry, resin-based ICP-MS). Les résultats obtenus démontrent une grande tendance à la dissolution pour le nZnO (presque totale) tandis que pour le nZnO-PAA et le nZnO-HMP, la dissolution est dépendante de la nature de l’enrobage le composant. Pour la bioaccumulation sur l’algue testée, les données montrent une grande dépendance au zinc libre issu de la dissolution pour nZnO et nZnO-PAA. À l’inverse, le nZnO-HMP démontre une bioaccumulation plus élevée par comparaison aux mêmes concentrations d’expositions du zinc libre, expliquée par la stimulation de l’internalisation du zinc provoqué par la présence de phosphate constituant l’enrobage de nZnO-HMP.

Étude de la fonction de la protéine RPAP4 et de son association avec l’ARN polymérase II

L’ARN polymérase II (ARNPII), l’enzyme responsable de la transcription des ARN messagers, procède au décodage du génome des organismes vivants. Cette fonction requiert l’action concertée de plusieurs protéines, les facteurs généraux de la transcription, par exemple, formant un réseau d’interactions protéine-protéine, plusieurs étant impliquées dans la régulation de l’ARNPII à différents niveaux. La régulation de la transcription a été largement étudiée durant les quatre dernières décennies. Néanmoins, nous en connaissons peu sur les mécanismes qui régulent l’ARNPII avant ou après la transcription. Dans la première partie de cette thèse, nous poursuivons la caractérisation du réseau d’interactions de l’ARNPII dans la fraction soluble de la cellule humaine, travail qui a débuté précédemment dans notre laboratoire. Ce réseau, développé à partir de la méthode de la purification d’affinité en tandem couplée à la spectrométrie de masse (AP-MS) et à des méthodes d’analyses bioinformatiques, nous amène une foule d’informations concernant la régulation de l’ARNPII avant et après son interaction avec la chromatine. Nous y identifions des protéines qui pourraient participer à l’assemblage de l’ARNPII telles des chaperonnes et les protéines du complexe R2TP/prefoldin-like ainsi que des protéines impliquées dans le transport nucléocytoplasmique. Au centre de ce réseau se trouvent RPAP4, une GTPase qui semble se positionner à l’interface entre ces protéines régulatrices et l’ARNPII. Nous avons donc entamé l’étude la fonction de RPAP4, ce qui nous a menés à la conclusion que RPAP4 est essentielle à l’import nucléaire de l’ARNPII au noyau, où elle exerce sa fonction. Nous avons également montré que les motifs G et GPN sont essentiels à la fonction de RPAP4. Le traitement des cellules avec le bénomyl nous montre aussi que la fonction de RPAP4 et l’import nucléaire de l’ARNPII requièrent l’action des microtubules. La deuxième partie de la thèse s’intéresse à une autre protéine positionnée au centre du réseau, RPAP2. Cette dernière partage plusieurs interactions avec RPAP4. Elle est aussi essentielle à la localisation nucléaire de l’ARNPII et interagit directement avec celle-ci. RPAP4 et RPAP2 étant toutes deux des protéines cytoplasmiques qui font la navette entre le noyau et le cytoplasme, nous présentons des évidences que RPAP4 est impliquée dans l’export nucléaire de RPAP2 pour permettre à celle-ci d’être disponible dans le cytoplasme pour l’import de l’ARNPII dans le noyau. Dans la troisième partie de la thèse, nous étudions plus en profondeur les modifications post-traductionnelles de RPAP4, ce qui nous aide à mieux comprendre sa propre régulation et sa fonction auprès de l’ARNPII. RPAP4 est phosphorylée en mitose par la MAP kinase ERK5. Cette phosphorylation favorise l’interaction entre RPAP4 et RPAP2, ce qui empêche RPAP2 d’interagir avec l’ARNPII pendant la mitose, prévenant du même coup, son interaction avec la chromatine pendant cette phase du cycle cellulaire où la transcription est presque inexistante.

Elemental analysis of New Zealand Nephrite Jade (pounamu) for forensic purposes

Pounamu (NZ jade), or nephrite, is a protected mineral in its natural form following the transfer of ownership back to Ngai Tahu under the Ngai Tahu (Pounamu Vesting) Act 1997. Any theft of nephrite is prosecutable under the Crimes Act 1961. Scientific evidence is essential in cases where origin is disputed. A robust method for discrimination of this material through the use of elemental analysis and compositional data analysis is required. Initial studies have characterised the variability within a given nephrite source. This has included investigation of both in situ outcrops and alluvial material. Methods for the discrimination of two geographically close nephrite sources are being developed. Key Words: forensic, jade, nephrite, laser ablation, inductively coupled plasma mass spectrometry, multivariate analysis, elemental analysis, compositional data analysis

From elite to mass to universal higher education : from distance to open education

Resumen basado en el de la publicaci??n

A dendrochemical study of Pinus sylvestris from Siljansfors Experimental Forest, central Sweden

Inductively coupled plasma mass spectrometry (ICP-MS) was used to investigate changes in trace element concentration in two high resolution sequences of tree rings from central Sweden. Individual annual growth increments from 18002002 to 1930-2002 were sampled from two Scots pine (Pinus sylvestris) trees from the Siljansfors Experimental Forest. The aims of the study were: to test the viability of conventional solution induction ICP-MS as a technique for investigating the multi-elemental chemistry of long tree ring sequences at annual resolution, and, to test this specifically with a view to detecting changes in elemental concentrations of Swedish tree rings contemporary with the major (and relatively proximal) Icelandic eruption of Askja (1875). It was found that despite a time consuming sample preparation process, it was possible to use conventional ICP-MS for multi-elemental analysis of a long sequence of tree rings at annual resolution. Although promising data were produced, no truly conclusive concentration anomaly could be detected in the sequence to indicate the impact of the Askja eruption on environmental chemistry. Overall findings underlined the complexity of the tree/environment interaction and the cautious approach to data interpretation essential for any dendrochemical study. (c) 2006 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Record of natural and anthropogenic changes in reef environments (Barbados West Indies) using laser ablation ICP-MS and sclerochronology on coral cores

Coral growth rate can be affected by environmental parameters such as seawater temperature, depth, and light intensity. The natural reef environment is also disturbed by human influences such as anthropogenic pollutants, which in Barbados are released close to the reefs. Here we describe a relatively new method of assessing the history of pollution and explain how these effects have influenced the coral communities off the west coast of Barbados. We evaluate the relative impact of both anthropogenic pollutants and natural stresses. Sclerochronology documents framework and skeletal growth rate and records pollution history (recorded as reduced growth) for a suite of sampled Montastraea annularis coral cores. X-radiography shows annual growth band patterns of the corals extending back over several decades and indicates significantly lower growth rate in polluted sites. Results using laser-ablation inductively coupled plasma mass spectrometry (LA-ICP-MS) on the whole sample (aragonite, organic matter, trapped particulate matter, etc.), have shown contrasting concentrations of the trace elements (Cu, Sn, Zn, and Pb) between corals at different locations and within a single coral. Deepwater corals 7 km apart, record different levels of Pb and Sn, suggesting that a current transported the metal pollution in the water. In addition, the 1995 hurricanes are associated with anomalous values for Sn and Cu from most sites. These are believed to result from dispersion of nearshore polluted water. We compared the concentrations of trace elements in the coral growth of particular years to those in the relevant contemporaneous seawater. Mean values for the concentration factor in the coral, relative to the water, ranged from 10 for Cu and Ni to 2.4 and 0.7 for Cd and Zn, respectively. Although the uncertainties are large (60-80%), the coral record enabled us to demonstrate the possibility of calculating a history of seawater pollution for these elements from the 1940s to 1997. Our values were much higher than those obtained from analysis of carefully cleaned coral aragonite; they demonstrate the incorporation of more contamination including that from particulate material as well as dissolved metals.

Platelet-mediated metabolism of the common dietary flavonoid, quercetin.

BACKGROUND: Flavonoid metabolites remain in blood for periods of time potentially long enough to allow interactions with cellular components of this tissue. It is well-established that flavonoids are metabolised within the intestine and liver into methylated, sulphated and glucuronidated counterparts, which inhibit platelet function. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: We demonstrate evidence suggesting platelets which contain metabolic enzymes, as an alternative location for flavonoid metabolism. Quercetin and a plasma metabolite of this compound, 4'-O-methyl quercetin (tamarixetin) were shown to gain access to the cytosolic compartment of platelets, using confocal microscopy. High performance liquid chromatography (HPLC) and mass spectrometry (MS) showed that quercetin was transformed into a compound with a mass identical to tamarixetin, suggesting that the flavonoid was methylated by catechol-O-methyl transferase (COMT) within platelets. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: Platelets potentially mediate a third phase of flavonoid metabolism, which may impact on the regulation of the function of these cells by metabolites of these dietary compounds.

Combined affinity labelling and mass spectrometry analysis of differential cell surface protein expression in normal and prostate cancer cells

Differences in the expression of cell surface proteins between a normal prostate epithelial (1542-NP2TX) and a prostate cancer cell line (1542-CP3TX) derived from the same patient were investigated. A combination of affinity chromatographic purification of biotin-tagged surface proteins with mass spectrometry analysis identified 26 integral membrane proteins and 14 peripheral surface proteins. The findings confirm earlier reports of altered expression in prostate cancer for several cell surface proteins, including ALCAM/CD166, the Ephrin type A receptor, EGFR and the prostaglandin F2 receptor regulatory protein. In addition, several novel findings of differential expression were made, including the voltage-dependent anion selective channel proteins Porin 1 and 2, ecto-5'-nucleotidase (CD73) and Scavenger receptor B1. Cell surface protein expression changed both qualitatively and quantitatively when the cells were grown in the presence of either or both interferon INFalpha and INFgamma. Costimulation with type I and II interferons had additive or synergistic effects on the membrane density of several, mainly peripherally attached surface proteins. Concerted upregulation of surface exposed antigens may be of benefit in immuno-adjuvant-based treatment of interferon-responsive prostate cancer. In conclusion, this study demonstrates that differences in the expression of membrane proteins between normal and prostate cancer cells are reproducibly detectable following vectorial labelling with biotin, and that detailed analysis of extracellular-induced surface changes can be achieved by combining surface-specific labelling with high-resolution two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry.

Combined affinity labelling and mass spectrometry analysis of differential cell surface protein expression in normal and prostate cancer cells

Differences in the expression of cell surface proteins between a normal prostate epithelial (1542-NP2TX) and a prostate cancer cell line (1542-CP3TX) derived from the same patient were investigated. A combination of affinity chromatographic purification of biotin-tagged surface proteins with mass spectrometry analysis identified 26 integral membrane proteins and 14 peripheral surface proteins. The findings confirm earlier reports of altered expression in prostate cancer for several cell surface proteins, including ALCAM/CD166, the Ephrin type A receptor, EGFR and the prostaglandin F2 receptor regulatory protein. In addition, several novel findings of differential expression were made, including the voltage-dependent anion selective channel proteins Porin 1 and 2, ecto-5'-nucleotidase (CD73) and Scavenger receptor B1. Cell surface protein expression changed both qualitatively and quantitatively when the cells were grown in the presence of either or both interferon INF alpha and INF gamma. Costimulation with type I and II interferons had additive or synergistic effects on the membrane density of several, mainly peripherally attached surface proteins. Concerted upregulation of surface exposed antigens may be of benefit in immuno-adjuvant-based treatment of interferon-responsive prostate cancer. In conclusion, this study demonstrates that differences in the expression of membrane proteins between normal and prostate cancer cells are reproducibly detectable following vectorial labelling with biotin, and that detailed analysis of extracellular-induced surface changes can be achieved by combining surface-specific labelling with high-resolution two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry.