Comparação dos métodos aplicados na detecção de bactérias coliformes, Escherichia coli e Enterococcus sp. em águas para fins recreativos

Dissertação mest., Qualidade em Análises, Universidade do Algarve, 2007

Sobrevivência e crescimento de juvenis de cavalos-marinhos (Hippocampus sp.): caso de estudo: Hippocampus erectus (Perry, 1810)

Dissertação de mest., Ciências, Faculdade de Ciências do Mar e do Ambiente, Univ. do Algarve, 2009

Promoção do turismo cultural em Cidade Velha

Dissertação de mest., Turismo e Culturas Urbanas, Escola Superior de Gestão, Hotelaria e Turismo, Univ. do Algarve, 2012

Ecologia do Ocypode cursor e impacte da predação sobre os ninhos de Caretta caretta na ilha da Boavista, República de Cabo Verde

A predação de ovos pode ter impactes severos no sucesso reprodutivo das tartarugas marinhas, com implicações ecológicas e demográficas na abundância e na dinâmica populacional destas espécies. O conhecimento da estrutura da rede trófica e da relação dinâmica entre predador e presas, e as suas abundâncias relativas tem implicações importantes para o desenvolvimento de estratégias de gestão eficiente que vise a conservação da biodiversidade, principalmente quando estão envolvidas espécies alvo que estão ameaçadas de extinção. Cabo Verde é reconhecido por suportar uma importante população nidificante de tartaruga comum Caretta caretta. O caranguejo fantasma Ocypode cursor é o predador mais voraz das posturas e dos neonatos. Em contraste com praias continentais, as ilhas possuem redes tróficas muito simples, que podem explicar interações ecológicas extremas entre pares de espécies. Ao geralmente carecerem de predadores naturais da classe dos mamíferos, os caranguejos encontram-se em grande número. Os principais objetivos deste trabalho foram aprofundar o conhecimento da ecologia do O.cursor, avaliar os níveis de predação do O.cursor sobre os ninhos de C. caretta, explorar os principais meios empregues pelo O. cursor para detetar os ninhos e os neonatos, e comparar a eficiência de duas medidas de proteção como meio de mitigação do efeito predatório em três praias de nidificação na ilha da Boavista, República de Cabo Verde. As três praias são bastante próximas entre si, mas apresentam características físicas e níveis de utilização humana distintos. A dinâmica geomorfológica litoral, a inundação pela ação de marés e a predação são as principais ameaças naturais aos ovos e às crias recémnascidas. Apesar de existirem já vários estudos sobre esta espécie no Mediterrâneo, nomeadamente em Israel, na Turquia e no Chipre, o presente estudo constitui uma abordagem pioneira da ecologia do O. cursor na região atlântica. Aspetos da ecologia e do comportamento do O. cursor foram estudados entre os meses de junho e outubro de 2010. Constatou-se que a maior parte das tocas de dimensões reduzidas se encontrava junto à linha de maré alta, enquanto que os caranguejos de maiores dimensões ocorreriam nas zonas superiores da praia. O número de tocas variou ao longo do período de estudo, aumentando em agosto graças ao recrutamento de juvenis e diminuindo em Setembro, possivelmente devido à mortalidade dos indivíduos mais velhos da população ou ao aumento da predação de ninhos de C.caretta. O O. cursor demonstrou hábitos principalmente noturnos e exibiu diferentes estratégias de alimentação. Os resultados mostraram que o caranguejo fantasma foi o único predador relevante de ovos e que este por si só reduziu consideravelmente a sobrevivência dos ovos até aos neonatos. De fato, mais de 70% dos ninhos monitorizados em cada praia exibiu sinais de predação parcial ou completa, principalmente no final do período de incubação, no entanto em anos com marés vivas extremas os ninhos acabam por perder-se antes de atingirem o ponto crítico de predação. A deteção dos ninhos pelo O.cursor poderá estar relacionada com estímulos químicos presentes na areia, aumento da temperatura no final da incubação ou vibração produzida pelos neonatos prestes a eclodir. No entanto, pouco foi possível avançar no conhecimento específico deste tópico. A utilização da rede plástica com uma malha de 1 cm2 cobrindo o ninho até 60 cm de profundidade desde a superfície da areia, provou ser uma medida efetiva na prevenção do acesso dos caranguejos ao ninho. Este método preventivo foi recomendado de forma a aumentar o sucesso reprodutivo em praias com declive acentuado e baixa densidade de ninhos, uma vez que aparenta ser uma medida efetiva e ecológica. A presença de investigadores, voluntários e atividades turísticas moderadas nas praias de nidificação poderá também reduzir a predação, ao reduzir a densidade de caranguejos pelo pisoteio contínuo. Em geral, os nossos resultados indicaram que a trasladação de ninhos para viveiros foi a medida de conservação mais efetiva e adequada permitindo o aumento da produção de neonatos, embora a sua escolha e aplicação deva ser baseada em condições específicas relacionadas com a densidade de ninhos e ameaças a cada ninho.

Análise multivariada da sucessão dunar na península do Ancão e ilha da Barreta

O presente estudo tem a sua localização na Ria Formosa, mais concretamente na Península do Ancão e Ilha da Barreta. A barra do Ancão (ou de S. Luís) é a que tem influência directa sobre a área de estudo em causa. Ecossistema é todo o sistema (no sentido físico) incluindo não só a complexidade de organismos mas também a complexidade de factores físicos a que se chama de ambiente. Neste conceito de ecossistema, os componentes biológicos (bióticos) e físicos (abióticos) são um único sistema interactivo. Na Ria Formosa as dunas formam-se na praia, na zona que imediatamente se segue ao domínio das marés, dando origem a uma crista, mais ou menos contínua, relativamente baixa e sensivelmente paralela à linha de costa. A sucessão ecológica pode ser definida como o padrão contínuo não sazonal, direcional, de colonização e extinção num local por populações de espécies. Assim os sistemas dunares consistem num mosaico zonal, determinado pelas características ambientais definidas pela topografia. Os objectivos deste estudo foram caracetrizar a sucessão dunar da Ria Formosa em termos de associações que relacionam as espécies com elevada correlação e validá-las. Relacionar as correlações e associações com a idade dos locais e as outras variáveis ambientais (pH, condutividade, matéria orgânica e azoto), estabelecendo os tipos de composição florística e a sua sequência espacial e comparar os tipos composição florística obtidos com a idade e os propostos na bibliografia. Pela utilização do método de transecto em banda foram amostrados sete transectos, com um espaçamento de 3 m entre estações de 1 m2. Adaptou-se a escala de abundância-dominância proposta por Braun Blanquet (1979). Analizaram-se os resultados recorrendo à análise multivariada com metodologia Monte Carlo. Utilizou-se a análise de componentes principais, análise de agrupamento, análise discriminante e regressão múltipla para analisar os dados obtidos. Verificou-se então que a análise dos factores bióticos leva a concluir que a zonação do sistema dunar está dependente quer da idade do mesmo, quer das características que o próprio habitat apresenta (gradiente de recursos e gradiente directo). A zonação completa do sistema dunar necessita de pelo menos mais de 60 anos para ocorrer; idade com a qual as dunas apresentam uma série de relações inter-específicas que tendem a ser estabilizadas. As espécies ditas pioneiras, à medida que o tempo evolui, restringem a sua ocupação à vertente oceânica da duna, uma vez que sofrem uma pressão competitiva de outras espécies que se lhes sucedem com o tempo.

Exploring an uncommon host-parasite interaction to unveil the uniqueness of Perkinsus sp as a model organism

We report the exploration of some unique metabolic pathways in Perkinsus olseni a marine protist parasite, responsible to significant mortalities in mollusks, especially in bivalves all around the world. In Algarve, south of Portugal carpet shell clam Ruditapes decussatus mortalities can reach up to 70%, causing social and economic losses. The objective of studying those unique pathways, is finding new therapeutic strategies capable of controlling/eliminating P. olseni proliferation in clams. In that sense metabolic pathways, were explored, and drugs affecting these cycles were tested for activity. The first step involved the identification of the genes behind those pathways, the reconstitution of the main steps, and molecular characterization of those genes and later on, the identification of possible targets within the genes studied. Metabolic cycles were screened due to the fact of not being present in host or differ in a critical way, such as the following pathways: shikimate, MEP-­‐ isoprenoids, Leloir cycle for chitin production, purine biosynthesis (unique among protists), the de novo synthesis of folates (absent in metazoa) and some unique genes like, the alternative oxidase (a branch of respiratory chain) and the hypoxia sensor HPH. All those pathways were covered and possible chemical inhibition using therapeutic drugs was tested with positive results. The relation between the common host Ruditapes decussatus and P. olseni was also explored in a dimension not possible some years ago. With the accessibility to second generation sequencers and microarray analysis platforms, genes involved in host defense or parasite virulence and resistance to the host were deciphered, allowing aiming to new targets (mechanisms and pathways), offering new possibilities for the control of Perkinsus in close environments. The thousands of genes, generated by this work, sequenced and analyzed from this commercial valuable clam and for Perkinsus olseni will be an important and value tool for the scientific community, allowing a better understanding of host-­‐parasite interactions, promoting the usage of P. olseni as an emerging model for alveolata parasites.

Técnicas de valorização contingencial aplicadas ao ambiente : estudo de cenários para a Ilha da Culatra

Doutoramento em Economia, Faculdade de Economia, Universidade do Algarve, 2001

Otimização da fragmentação e dos processos de fixação na reprodução assexuada do coral mole Sarcophyton sp.

Dissertação de mestrado, Aquacultura e Pescas (Aquacultura), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Definição do modo de operação, descontínuo ou semi-descontínuo, para produção de bioetanol utilizando um novo substrato misto pela levedura Kluyveromyces sp.

Dissertação de mestrado, Engenharia Biológica, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Caracterização funcional da microalga extremófila Coccomyxa sp.

Dissertação de mestrado, Biologia Molecular e Microbiana, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Dynamics of production and mortality of Aurelia SP. in thau lagoon, northwerstern Mediterranean

Dissertação de mestrado, Biologia Marinha, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Back-trajectories Show Export of Airborne Fungal Spores (Ganoderma sp.) From Forests to Agricultural and Urban Areas in England

We propose here the hypothesis that all of United Kingdom (UK) is likely to be affected by Ganoderma sp. spores, an important plant pathogen. We suggest that the main sources of this pathogen, which acts as a bioaerosol, are the widely scattered woodlands in the country, although remote sources must not be neglected. The hypothesis is based on related studies on bioaerosols and supported by new observations from a non-forest site and model calculations to support our hypothesis. Hourly concentrations of Ganoderma sp. spores were measured from 2006 to 2010 using a 7-day volumetric spore trap at the city of Worcester. The concentrations peak during the night and early in the morning. This suggests that the main spore sources are located a few hours away with respect to air masses transport and reach urban areas thanks to air masses transport. The back-trajectory analysis was applied to determine the location of Ganoderma sp. spore sources. The analysis of back-trajectories demonstrated that 78% of the air masses reached Worcester from a 180° arc direction from the East to West. Three episodes were selected for detailed investigation and they revealed that during the episodes air masses always passed main UK woodlands before the arrival in Worcester, independently of their origin, but the long distance transport under certain conditions might be possible. Our studies suggest that the sources of UK Ganoderma sp. spores are mainly to be found in UK. Hence our studies suggest that research and mitigation strategies in UK should give their main attention to national sources, without neglecting the contribution from long distance transport.

Pollen From Alder (Alnus sp.), Birch (Betula sp.) and Oak (Quercus sp.) in the UK Originate From Small Woodlands

We have analysed the pollen seasons in Worcester for the period 2005–12 for alder (Alnus), birch (Betula) and oak (Quercus) by using back trajectory calculations and produced the first detailed source maps for these three pollen types. The study shows considerable variations in the source–receptor relationship of three of the most important tree pollen types in England with respect to allergy. Long Distance Transport is observed for Quercus and Betula but not for Alnus. The new source maps show a number of high emitting areas for Betula and Quercus, mainly near London, in the Midlands and in Wales. The production of source maps is sensitive to the used type of land cover data and how well they incorporate small woodlands. Two satellite products, Corine Land Cover and Globcover, are compared with the detailed national land cover product Land Cover Map 2007. The broad scale satellite products show either up to 50% less woody coverage or a direct misplacement of woodlands. The Lagrangian back trajectory model, the pollen count observations and the source maps altogether suggest that small woodlands (below 25 ha) play a major role in the overall pollen load in urban areas in England.

Kroppenstedtia pulmonis sp. nov. and Kroppenstedtia sanguinis sp. nov., isolated from human patients

Three human clinical strains (W9323T , X0209T and X0394) isolated from lung biopsy, blood and cerebral spinal fluid, respectively, were characterized using a polyphasic taxonomic approach. Comparative analysis of the 16S rRNA gene sequences showed the three strains belonged to two novel branches within the genus Kroppenstedtia : 16S rRNA gene sequence analysis of W9323T showed closest sequence similarity to Kroppenstedtia eburnea JFMB- ATET (95.3 %), Kroppenstedtia guangzhouensis GD02T (94.7 %) and strain X0209T (94.6 %); sequence analysis of strain X0209T showed closest sequence similarity to K . eburnea JFMB- ATET (96.4 %) and K. guangzhouensis GD02T (96.0 %). Strains X0209T and X0394 were 99.9 % similar to each other by 16S rRNA gene sequence analysis. The DNA- DNA relatedness was 94.6 %, confirming that X0209T and X0394 belong to the same species. Chemotaxonomic data for strains W9323T and X0209T were consistent with those described for the genus Kroppenstedtia : whole- cell peptidoglycan contained LL- diaminopimelic acid; the major cellular fatty acids were iso- C15 and anteiso- C15 ; and the major menaquinone was MK- 7. Different endospore morphology, carbon utilization profiles, and whole cell wall sugar patterns of strains W9323T and X0209T supported by phylogenetic analysis enabled us to conclude that the strains represent two new species within the genus Kroppenstedtia , for which the names Kroppenstedtia pulmonis sp. nov. (type strain W9323T = DSM 45752T = CCUG 68107T) and Kroppenstedtia sanguinis sp. nov. (type strain X0209T = DSM 45749T = CCUG 38657T) are proposed.