Optimisation de l'utilisation des techniques de modélisation dans le passage de l'étape pré-clinique à clinique du développement d'un médicament

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Inférence exacte simulée et techniques d'estimation dans les modèles VAR et VARMA avec applications macroéconomiques

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Trois essais en bio-économie dynamique

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Identification de nouveaux substrats des kinases Erk1/2 par une approche bio-informatique, pharmacologique et phosphoprotéomique

La phosphorylation est une modification post-traductionnelle omniprésente des protéines Cette modification est ajoutée et enlevée par l’activité enzymatique respective des protéines kinases et phosphatases. Les kinases Erk1/2 sont au cœur d’une voie de signalisation importante qui régule l’activité de protéines impliquées dans la traduction, le cycle cellulaire, le réarrangement du cytosquelette et la transcription. Ces kinases sont aussi impliquées dans le développement de l’organisme, le métabolisme du glucose, la réponse immunitaire et la mémoire. Différentes pathologies humaines comme le diabète, les maladies cardiovasculaires et principalement le cancer, sont associées à une perturbation de la phosphorylation sur les différents acteurs de cette voie. Considérant l’importance biologique et clinique de ces deux kinases, connaître l’étendue de leur activité enzymatique pourrait mener au développement de nouvelles thérapies pharmacologiques. Dans ce contexte, l’objectif principal de cette thèse était de mesurer l’influence de cette voie sur le phosphoprotéome et de découvrir de nouveaux substrats des kinases Erk1/2. Une étude phosphoprotéomique de cinétique d’inhibition pharmacologique de la voie de signalisation Erk1/2 a alors été entreprise. Le succès de cette étude était basé sur trois technologies clés, soit l’enrichissement des phosphopeptides avec le dioxyde de titane, la spectrométrie de masse haut débit et haute résolution, et le développement d’une plateforme bio-informatique nommée ProteoConnections. Cette plateforme permet d’organiser les données de protéomique, évaluer leur qualité, indiquer les changements d’abondance et accélérer l’interprétation des données. Une fonctionnalité distinctive de ProteoConnections est l’annotation des sites phosphorylés identifiés (kinases, domaines, structures, conservation, interactions protéiques phospho-dépendantes). Ces informations ont été essentielles à l’analyse des 9615 sites phosphorylés sur les 2108 protéines identifiées dans cette étude, soit le plus large ensemble rapporté chez le rat jusqu’à ce jour. L’analyse des domaines protéiques a révélé que les domaines impliqués dans les interactions avec les protéines, les acides nucléiques et les autres molécules sont les plus fréquemment phosphorylés et que les sites sont stratégiquement localisés pour affecter les interactions. Un algorithme a été implémenté pour trouver les substrats potentiels des kinases Erk1/2 à partir des sites identifiés selon leur motif de phosphorylation, leur cinétique de stimulation au sérum et l’inhibition pharmacologique de Mek1/2. Une liste de 157 substrats potentiels des kinases Erk1/2 a ainsi été obtenue. Parmi les substrats identifiés, douze ont déjà été rapportés et plusieurs autres ont des fonctions associées aux substrats déjà connus. Six substrats (Ddx47, Hmg20a, Junb, Map2k2, Numa1, Rras2) ont été confirmés par un essai kinase in vitro avec Erk1. Nos expériences d’immunofluorescence ont démontré que la phosphorylation de Hmg20a sur la sérine 105 par Erk1/2 affecte la localisation nucléocytoplasmique de cette protéine. Finalement, les phosphopeptides isomériques positionnels, soit des peptides avec la même séquence d’acides aminés mais phosphorylés à différentes positions, ont été étudiés avec deux nouveaux algorithmes. Cette étude a permis de déterminer leur fréquence dans un extrait enrichi en phosphopeptides et d’évaluer leur séparation par chromatographie liquide en phase inverse. Une stratégie analytique employant un des algorithmes a été développée pour réaliser une analyse de spectrométrie de masse ciblée afin de découvrir les isomères ayant été manqués par la méthode d’analyse conventionnelle.

The role of European Union integration in post-communist democratization in Bulgaria and Macedonia

Cette recherche porte sur la dimension interprétative de l'intégration européenne et sur son rôle dans la démocratisation au sein des pays postcommunistes. Je focalise mon attention sur la signification pour les gens desdits pays que revêtent la participation politique, la compétence politique, et l’action collective. Cette signification prend forme selon des circonstances spécifiques, agencées par les relations de pouvoir asymétriques avec l’Union européenne (UE). J’examine la littérature sur le rôle de l'intégration européenne dans la démocratisation des pays postcommunistes et je distingue deux paradigmes théoriques principaux : un premier qui met l'accent sur le processus institutionnel, l’autre sur le processus instrumental stratégique. Au sein de ces deux approches, je présente différents auteurs qui voient l'UE soit comme un facteur pro-démocratique, soit comme un facteur antidémocratique dans le contexte postcommuniste de transition politique. Cette recherche ne suit pas théoriquement et méthodologiquement les études contenues dans la revue de la littérature. Plutôt, elle s’appuie sur un modèle théorique inspiré des recherches de McFalls sur la réunification culturelle allemande après 1989. Ce modèle, sans négliger les approches institutionnelles et stratégiques, met l’accent sur d'autres écoles théoriques, interprétatives et constructivistes. Mes conclusions se basent sur les résultats de séjours d'étude dans deux pays postcommunistes : la Bulgarie, membre de l'UE depuis 2007, et la Macédoine, pays-candidat. J’ai recours à des méthodes qualitatives et à des techniques ethnographiques qui triangulent des résultats puisés à des sources multiples et variées pour exposer des trajectoires dynamiques de changement culturel influencées par l'intégration européenne. Les conclusions montrent sous quelles conditions les idéaux-types de changement politique conventionnels, soit institutionnel ou stratégique, représentent des modèles utiles. Je présente aussi leurs limitations. Ma conclusion principale est que l'intégration européenne représente un phénomène complexe dans le monde des significations. C’est un facteur qui est simultanément un amplificateur et un inhibiteur de la culture politique démocratique. Les gens créent des sous-cultures différentes où des interprétations multiples du processus d'intégration européenne mènent à des effets dissemblables sur la participation politique, la compétence et l’action collective. La conversation discursive entre les gens qui composent de telles sous-cultures distinctes peut produire des effets divergents au niveau national. Cette recherche n’est pas une analyse de l’UE comme mécanisme institutionnel ; elle ne pose ainsi pas l’UE comme une institution qui détermine directement le processus de démocratisation postcommuniste. Plutôt, elle s’intéresse au processus d’intégration européenne en tant qu’interaction qui affecte la culture politique au sein des pays postcommunistes, et à la manière dont cette dernière peut agir sur le processus de démocratisation. Mon point d’intérêt central n’est donc pas l’européanisation ou le processus de devenir « comme l’Europe », à moins que l’européanisation ne devienne une composante de la culture politique avec des conséquences sur le comportement politique des acteurs.

Analyse, à l'aide d'oculomètres, de techniques de visualisation UML de patrons de conception pour la compréhension de programmes

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Cerbère au temps des " bio-maîtres " : la biométrie, servante-maîtresse d'une nouvelle ère biopolitique ? Le cas du programme US-VISIT

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Analyse de descendances : une approche bio-informatique pour estimer le risque d'hypertension et d'obésité

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Est-ce qu’une intervention de groupe réalisée auprès de pères volontaires qui fréquentent le centre de pédiatrie sociale Assistance d’enfants en difficulté (AED) et effectuée selon un cadre théorique bio-écologique et une approche d’aide mutuelle permet de modifier leur vision personnelle de l’engagement paternel?

Essai critique présenté à la Faculté des études supérieures en vue de l’obtention du grade de M.Sc. en service social

Detection and quantification of staphylococcus aureus enterotoxin B in food product using isotopic dilution techniques and mass spectrometry

L’entérotoxine B staphylococcique (SEB) est une toxine entérique hautement résistante à la chaleur et est responsable de plus de 50 % des cas d’intoxication d’origine alimentaire par une entérotoxine. L’objectif principal de ce projet de maîtrise est de développer et valider une méthode basée sur des nouvelles stratégies analytiques permettant la détection et la quantification de SEB dans les matrices alimentaires. Une carte de peptides tryptiques a été produite et 3 peptides tryptiques spécifiques ont été sélectionnés pour servir de peptides témoins à partir des 9 fragments protéolytiques identifiés (couverture de 35 % de la séquence). L’anhydride acétique et la forme deutérée furent utilisés afin de synthétiser des peptides standards marqués avec un isotope léger et lourd. La combinaison de mélanges des deux isotopes à des concentrations molaires différentes fut utilisée afin d’établir la linéarité et les résultats ont démontré que les mesures faites par dilution isotopique combinée au CL-SM/SM respectaient les critères généralement reconnus d’épreuves biologiques avec des valeurs de pente près de 1, des valeurs de R2 supérieure à 0,98 et des coefficients de variation (CV%) inférieurs à 8 %. La précision et l’exactitude de la méthode ont été évaluées à l’aide d’échantillons d’homogénat de viande de poulet dans lesquels SEB a été introduite. SEB a été enrichie à 0,2, 1 et 2 pmol/g. Les résultats analytiques révèlent que la méthode procure une plage d’exactitude de 84,9 à 91,1 %. Dans l’ensemble, les résultats présentés dans ce mémoire démontrent que les méthodes protéomiques peuvent être utilisées efficacement pour détecter et quantifier SEB dans les matrices alimentaires. Mots clés : spectrométrie de masse; marquage isotopique; protéomique quantitative; entérotoxines

Validation in-vivo des techniques d’élastographie ultrasonore, invasive et non-invasive, à l’aide d’un modèle porcin

Il est maintenant admis que la composition de la plaque athérosclérotique est un déterminant majeur de sa vulnérabilité à se rompre. Vu que la composition de la plaque affecte ses propriétés mécaniques, l'évaluation locale des propriétés mécaniques de la plaque d'athérome peut nous informer sur sa vulnérabilité. L'objectif est de comparer les techniques d’élastographie ultrasonores endovasculaire (EVE) et non-invasive (NIVE) en fonction de leur potentiel à identifier les composantes calcifiées et lipidiques de la plaque. Les acquisitions intravasculaire et extravasculaire ont été effectuées sur les artères carotidiennes de neuf porcs hypercholestérolémiques à l’aide d’un cathéter de 20 MHz et d'une sonde linéaire de 7.5 MHz, respectivement. Les valeurs de déformation radiale et axiale, rapportés par EVE et NIVE, ont été corrélées avec le pourcentage des zones histologiques calcifiées et lipidiques pour cinq plaques. Nos résultats démontrent une bonne corrélation positive entre les déformations et les composantes calcifiées (r2 = 0.82, P = 0.034 valeur par EVE et r2 = 0.80, P = 0.041 valeur par NIVE). Une forte corrélation entre les déformations axiales et les contenus lipidiques par NIVE (r2 = 0.92, P-value = 0.010) a été obtenue. En conclusion, NIVE et EVE sont des techniques potentielles pour identifier les composants de la plaque et aider les médecins à diagnostiquer précocement les plaques vulnérables.

Modélisation des bi-grappes et sélection des variables pour des données de grande dimension : application aux données d’expression génétique

Les simulations ont été implémentées avec le programme Java.

Algorithmes d'apprentissage pour la recommandation

L'ère numérique dans laquelle nous sommes entrés apporte une quantité importante de nouveaux défis à relever dans une multitude de domaines. Le traitement automatique de l'abondante information à notre disposition est l'un de ces défis, et nous allons ici nous pencher sur des méthodes et techniques adaptées au filtrage et à la recommandation à l'utilisateur d'articles adaptés à ses goûts, dans le contexte particulier et sans précédent notable du jeu vidéo multi-joueurs en ligne. Notre objectif est de prédire l'appréciation des niveaux par les joueurs. Au moyen d'algorithmes d'apprentissage machine modernes tels que les réseaux de neurones profonds avec pré-entrainement non-supervisé, que nous décrivons après une introduction aux concepts nécessaires à leur bonne compréhension, nous proposons deux architectures aux caractéristiques différentes bien que basées sur ce même concept d'apprentissage profond. La première est un réseau de neurones multi-couches pour lequel nous tentons d'expliquer les performances variables que nous rapportons sur les expériences menées pour diverses variations de profondeur, d'heuristique d'entraînement, et des méthodes de pré-entraînement non-supervisé simple, débruitant et contractant. Pour la seconde architecture, nous nous inspirons des modèles à énergie et proposons de même une explication des résultats obtenus, variables eux aussi. Enfin, nous décrivons une première tentative fructueuse d'amélioration de cette seconde architecture au moyen d'un fine-tuning supervisé succédant le pré-entrainement, puis une seconde tentative où ce fine-tuning est fait au moyen d'un critère d'entraînement semi-supervisé multi-tâches. Nos expériences montrent des performances prometteuses, notament avec l'architecture inspirée des modèles à énergie, justifiant du moins l'utilisation d'algorithmes d'apprentissage profonds pour résoudre le problème de la recommandation.

Intersection : Exploration du concept à travers la composition de trois oeuvres musicales

La version intégrale de ce mémoire est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l'Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca/MU).

Numérisation des dossiers de santé et protection des renseignements personnels:impératifs techniques, intérêts économiques, considérations politiques et émergence de nouvelles normes

Dans son texte, l’auteur tente de répondre à quatre grandes questions : le cadre juridique actuel qui régi la gestion des renseignements personnels dans le réseau de la santé et des services sociaux protège–t–il adéquatement ces données sensibles ? Peut–on tenter d’améliorer cette protection ? Quels facteurs contribuent à l’émergence des nouvelles normes ? Quel rôle les exigences techniques, les intérêts économiques et les considérations politiques jouent–ils dans l’émergence de ces nouvelles normes ? À l’égard de ces interrogations, l’auteur montre que le régime actuel, qui se distingue particulièrement par sa complexité et son opacité, ne protège pas adéquatement les renseignements personnels appelés à circuler dans l’univers numérique en émergence. Il examine donc les facteurs qui contribuent À l’émergence des nouvelles normes alors que les règles juridiques actuelles se trouvent en porte–à–faux par rapport aux développements technologiques. Par la suite, il tente de situer ou de mesurer l’influence des intérêts économiques, des considérations politiques et des impératifs techniques dans l’émergence de ces nouvelles normes. Finalement, il met de l’avant un concept nouveau, celui des aires de partage, qu’il présente comme un moyen de mieux protéger les renseignements personnels et confidentiels dans l’ère de l’information.