DNA Sequence Representation methods

DNA sequence representation methods are used to denote a gene structure effectively and help in similarities/dissimilarities analysis of coding sequences. Many different kinds of representations have been proposed in the literature. They can be broadly classified into Numerical, Graphical, Geometrical and Hybrid representation methods. DNA structure and function analysis are made easy with graphical and geometrical representation methods since it gives visual representation of a DNA structure. In numerical method, numerical values are assigned to a sequence and digital signal processing methods are used to analyze the sequence. Hybrid approaches are also reported in the literature to analyze DNA sequences. This paper reviews the latest developments in DNA Sequence representation methods. We also present a taxonomy of various methods. A comparison of these methods where ever possible is also done

A study of information-seeking behavior and user perceptions of academic researchers

The purpose of this paper is to examine the information-seeking behavior of science and social science research scholars, including service effectiveness, satisfaction level on different type of sources and various methods adopted by the scholars for keeping up to dateData were gathered using a questionnaire survey of 200, randomly selected, PhD students of science and social science departments of four universities in Kerala, IndiaAlthough similarities exist between social science and science PhD students with regard to information-seeking behavior, there are significant differences as well. There is a significant difference between science and social science scholars on the perception of the adequacy of print journals and database collection which are very relevant to the research purposes. There is no significant difference between science and social science scholars on the perception of the adequacy of e-journals, the most used source for keeping up to date. The study proved that scholars of both the fields are dissatisfied with the effectiveness of the library in keeping them up to date with latest developments

Die Privathochschulen in Ägypten und Deutschland im Vergleich

Die Privatisierung im Hochschulwesen ist eine neue internationale Tendenz, die in der Welt in den letzten 25 Jahren zu umfangreichen wissenschaftlichen Diskussionen zwischen den Experten dieses Gebietes geführt hat. Die private Hochschulbildung erstreckt sich über ein großes Feld der verschiedenen Studiengänge. Ihre Ziele und Aufgaben sowie ihre Bedeutung unterscheiden sich von Staat zu Staat. Ebenso ist die private Hochschulbildung unterschiedlich aufgebaut hinsichtlich ihrer Größe, Finanzierung usw. Die Errichtung einiger privater Hochschulen in Ägypten beeinflusste ebenfalls die wissenschaftliche Diskussion zwischen den Experten bis heute. Um die ägyptische Erfahrung in diesem Gebiet beurteilen zu können, wurde die deutsche Situation vergleichend betrachtet. Das Ziel der Dissertation ist die Beschreibung und Analyse des aktuellen Standes der Entwicklung des privaten Hochschulwesens in Ägypten und in Deutschland, um Ähnlichkeiten und Unterschiede herauszuarbeiten, Nachteile und Vorteile der Entwicklung in beiden Ländern zu bewerten sowie Vorschläge zur Verbesserung der Lage zu machen. Als Untersuchungsmethode wurde die Fallstudie benutzt, dabei wurden jeweils fünf repräsentative Hochschulen ausgewählt. Sie unterschieden sich in den Studienangeboten, der regionalen Lage, der Größe, der Hochschulart, der fachlichen Ausrichtung und dem Gründungsdatum. Das Thema wurde in zwei Teilen behandelt, in einem theoretischen und in einem praktischen Teil. Im theoretischen Teil werden die Geschichte des Hochschulwesens allgemein und seine Entwicklung, Ziele und Aufgaben sowie die gegenwärtige Situation behandelt. In diesem Kontext werden auch die Bedeutung der privaten Hochschulen, ihre Entstehung und Entwicklung, ihre Ziele und Aufgaben, ihre Finanzierung und ihre gesetzliche Lage untersucht; die ausgewählten privaten Hochschulen werden detailliert beschrieben. Der praktische Teil dieser Untersuchung erfolgte vorwiegend in Form von Befragungen an den ausgewählten privaten Hochschulen. Die wichtigsten behandelten Bereiche der Befragungen waren: - Beziehungen zwischen Staat und Hochschule, - Ziel und Aufgaben der Leistungsbewertung, - Finanzierung, - Auswahl der Studienbewerber, - Lehrkörper, - Lehrpläne und -programme. Ergebnisse: Die privaten Hochschulen in Ägypten konnten bis zum heutigen Tag ihre Ziele hinsichtlich der Lehre und der Forschung nicht erreichen. Aufgrund der häufigen Veränderungen bei den staatlichen Rahmenbedingungen wurde die angestrebte Flexibilität nicht erreicht. Zusätzlich leiden die neugegründeten privaten Hochschulen unter der mangelhaften Finanzierung, da sie sich vorwiegend aus Studiengebühren tragen. Deshalb leisten sie keinen Beitrag für die Gesamtfinanzierung des ägyptischen Hochschulsektors. Eine Ausnahme stellt die Französische Universität in Kairo dar. Die deutschen privaten Hochschulen haben ihre Ziele hinsichtlich der Lehre und der Forschung zu einem großen Anteil erreicht. Dies erfolgte vor allem durch eine größere Flexibilität, eine bessere finanzielle Ausstattung sowie zusätzliche unterschiedliche Quellen der Finanzierung. Der Beitrag einiger privater Hochschulen an der Gesamtfinanzierung des deutschen Hochschulwesens ist groß. Generell beruht die Qualität des privaten Hochschulwesens auf der Bildungsphilosophie sowie der allgemeinen Politik des Staates und darauf, wie weit den Anforderungen der Gesellschaft entsprochen wird und ob ein Beitrag zu Entwicklung des Hochschulwesens geleistet wird. Weiterhin ist deren Erfolg von einer ausreichenden Finanzierung abhängig.

Vergleichende Untersuchungen Methicillin-resistenter Staphylococcus aureus des Klinikums Kassel der Jahre 1999 bis 2004

Die vorliegende Arbeit liefert erstmals einen umfassenden Überblick über die molekulare Epidemiologie von Methicillin resistenten Staphylococcus aureus (MRSA) eines nordhessischen Krankenhauses inklusive seines Umfeldes und deren Entwicklung in einem Zeitraum von fünf Jahren. Von besonderer Bedeutung ist, dass die MRSA-Stämme hierfür nicht nur anhand ihrer SCCmec-Region (staphylococcal cassette chromosome) typisiert wurden, sondern eine weitergehende Charakterisierung auf Grund der Bestimmung des Vorkommens von Antibiotikaresistenz- und Toxingenen, sowie Plasmiden erfolgte. Dabei wurde ein neuer SCCmec-Typ entdeckt und charakterisiert und weitere noch unbekannte SCCmec-Elemente beschrieben. Bei der Charakterisierung der MRSA-Kollektive konnten bzgl. aller untersuchten Eigenschaften im Laufe der Zeit signifikante Veränderungen beobachtet werden. Am deutlichsten waren diese Unterschiede zwischen dem ältesten Kollektiv aus 1999 und allen nachfolgenden Kollektiven. Die Kollektive aus 2001, 2002, 2003 und 2004 zeigten untereinander größere Ähnlichkeiten, aber dennoch gleichzeitig eine tendenziell divergente Entwicklung einzelner Eigenschaften. Besonders auffallend war das dominante Auftreten von SCCmecIV mit 63-87% der Isolate eines Kollektivs ab 2001, gegenüber 16% in 1999. Weiterhin erfolgte eine markante Veränderung im Vorkommen einzelner Antibiotikaresistenzgene von 1999 bis 2004. So waren aacA-aphD und ermA bei MRSA aus 1999 mit 84% bzw. 90% deutlich häufiger als in allen Kollektiven der folgenden Jahre (aacA-aphD: max. 32%, ermA: max. 40%). Wohingegen ermC ein stets zunehmendes Vorkommen von 3% auf 67% über den Untersuchungszeitraum zeigte. Unkontinuierliches aber statistisch relevant vermehrtes Auftreten von tetM konnte bei Isolaten aus 1999 (40%) und 2004 (74%) nachgewiesen werden. Auch bei Toxingenen zeigten sich deutliche Unterschiede in der zeitlichen Verteilung. Ab 2001 zeigten alle Isolate wesentlich höhere Anteile an sec, seg und sei verglichen mit den MRSA aus 1999. So konnte sec im Kollektiv aus 1999 gar nicht nachgewiesen werden, in denen der Folgejahre mit 54-77%. Die Werte für seg und sei stiegen von 48% bzw. 41% in 1999 kontinuierlich auf über 90% in 2004. Die Häufigkeit von MRSA sowohl mit mehreren Resistenzgenen als auch die mit mehreren Toxingenen nahm im Laufe der Zeit zu und korrelierte mit dem Vorkommen von Plasmiden. Bezüglich seiner Korrelation mit den vorkommenden Plasmiden zeigte SCCmecIV im Erhebungszeitraum besonders deutlich eine Veränderung. So nahm über den Zeitraum der Beobachtung die Anzahl der Stämme die zusätzlich zu einem großen Plasmid ein weiteres kleines Plasmid besaßen signifikant zu. Auch beim Vergleich der SCCmec-Typen der MRSA-Isolate konnten Unterschiede bzgl. aller weiteren untersuchten Eigenschaften dargestellt werden. So zeigten z.B. alle SCCmecIIIA das sea-Gen, während dies bei allen anderen in der vorliegenden Arbeit untersuchten SCCmec-Typen nur vereinzelt vorkam. SCCmecII-Stämme wiesen sowohl die meisten Antibiotikaresistenz- als auch Toxingene auf. Es wurde ferner gezeigt, dass Stämme mit vielen Resistenzgenen auch eine hohe Anzahl Toxingene besaßen und dies im Zusammenhang mit einem erhöhten Plasmidgehalt stehen könnte. Aus den MRSA-Kollektiven isolierte Plasmide konnten aufgrund von Restriktionsanalysen als verwandt zu β-Laktamase-Plasmiden des Grundtyps pI524 und pI258 beschrieben werden. Der in vorliegender Arbeit gezeigte Zusammenhang zwischen der Anzahl von direct repeat units (dru) in der Hypervariablen Region (HVR) und dem SCCmec-Typ half den Unterschied zwischen SCCmecIV und SCCmecIVA, sowie die Sonderstellung des in vorliegender Arbeit erstmalig beschriebenen SCCmecIA/II darzustellen. Nicht alle Isolate konnten einem bekannten SCCmec-Typ zugeordnet werden, es handelt sich bei diesen Ausnahmen um weitere noch unbekannte und hier erstmalig beschriebene SCCmec-Typen. Aufgrund der vorliegenden Arbeit konnte ein neuer SCCmec-Typ definiert werden, namentlich der Typ SCCmecIA/II, der seit 1999 in der Region gehäuft vorkommt Die vorliegenden Untersuchungen zeigten somit, dass die Epidemiologie von MRSA der Region Nordhessen trotz bestehender Gemeinsamkeiten zur MRSA-Situation in ganz Deutschland auch Besonderheiten aufweist. Diese nun zu kennen kann einen Beitrag zur gezielten Verbesserung bisheriger Maßnahmen zur Ausbreitungskontrolle von MRSA in der nordhessischen Region leisten.

Using Analogy to Acquire Commonsense Knowledge from Human Contributors

The goal of the work reported here is to capture the commonsense knowledge of non-expert human contributors. Achieving this goal will enable more intelligent human-computer interfaces and pave the way for computers to reason about our world. In the domain of natural language processing, it will provide the world knowledge much needed for semantic processing of natural language. To acquire knowledge from contributors not trained in knowledge engineering, I take the following four steps: (i) develop a knowledge representation (KR) model for simple assertions in natural language, (ii) introduce cumulative analogy, a class of nearest-neighbor based analogical reasoning algorithms over this representation, (iii) argue that cumulative analogy is well suited for knowledge acquisition (KA) based on a theoretical analysis of effectiveness of KA with this approach, and (iv) test the KR model and the effectiveness of the cumulative analogy algorithms empirically. To investigate effectiveness of cumulative analogy for KA empirically, Learner, an open source system for KA by cumulative analogy has been implemented, deployed, and evaluated. (The site "1001 Questions," is available at http://teach-computers.org/learner.html). Learner acquires assertion-level knowledge by constructing shallow semantic analogies between a KA topic and its nearest neighbors and posing these analogies as natural language questions to human contributors. Suppose, for example, that based on the knowledge about "newspapers" already present in the knowledge base, Learner judges "newspaper" to be similar to "book" and "magazine." Further suppose that assertions "books contain information" and "magazines contain information" are also already in the knowledge base. Then Learner will use cumulative analogy from the similar topics to ask humans whether "newspapers contain information." Because similarity between topics is computed based on what is already known about them, Learner exhibits bootstrapping behavior --- the quality of its questions improves as it gathers more knowledge. By summing evidence for and against posing any given question, Learner also exhibits noise tolerance, limiting the effect of incorrect similarities. The KA power of shallow semantic analogy from nearest neighbors is one of the main findings of this thesis. I perform an analysis of commonsense knowledge collected by another research effort that did not rely on analogical reasoning and demonstrate that indeed there is sufficient amount of correlation in the knowledge base to motivate using cumulative analogy from nearest neighbors as a KA method. Empirically, evaluating the percentages of questions answered affirmatively, negatively and judged to be nonsensical in the cumulative analogy case compares favorably with the baseline, no-similarity case that relies on random objects rather than nearest neighbors. Of the questions generated by cumulative analogy, contributors answered 45% affirmatively, 28% negatively and marked 13% as nonsensical; in the control, no-similarity case 8% of questions were answered affirmatively, 60% negatively and 26% were marked as nonsensical.

Stimulus Simplification and Object Representation: A Modeling Study

Tsunoda et al. (2001) recently studied the nature of object representation in monkey inferotemporal cortex using a combination of optical imaging and extracellular recordings. In particular, they examined IT neuron responses to complex natural objects and "simplified" versions thereof. In that study, in 42% of the cases, optical imaging revealed a decrease in the number of activation patches in IT as stimuli were "simplified". However, in 58% of the cases, "simplification" of the stimuli actually led to the appearance of additional activation patches in IT. Based on these results, the authors propose a scheme in which an object is represented by combinations of active and inactive columns coding for individual features. We examine the patterns of activation caused by the same stimuli as used by Tsunoda et al. in our model of object recognition in cortex (Riesenhuber 99). We find that object-tuned units can show a pattern of appearance and disappearance of features identical to the experiment. Thus, the data of Tsunoda et al. appear to be in quantitative agreement with a simple object-based representation in which an object's identity is coded by its similarities to reference objects. Moreover, the agreement of simulations and experiment suggests that the simplification procedure used by Tsunoda (2001) is not necessarily an accurate method to determine neuronal tuning.

The agreement between ipsative and normative questionnaires using compositional data analysis techniques

The main instrument used in psychological measurement is the self-report questionnaire. One of its major drawbacks however is its susceptibility to response biases. A known strategy to control these biases has been the use of so-called ipsative items. Ipsative items are items that require the respondent to make between-scale comparisons within each item. The selected option determines to which scale the weight of the answer is attributed. Consequently in questionnaires only consisting of ipsative items every respondent is allotted an equal amount, i.e. the total score, that each can distribute differently over the scales. Therefore this type of response format yields data that can be considered compositional from its inception. Methodological oriented psychologists have heavily criticized this type of item format, since the resulting data is also marked by the associated unfavourable statistical properties. Nevertheless, clinicians have kept using these questionnaires to their satisfaction. This investigation therefore aims to evaluate both positions and addresses the similarities and differences between the two data collection methods. The ultimate objective is to formulate a guideline when to use which type of item format. The comparison is based on data obtained with both an ipsative and normative version of three psychological questionnaires, which were administered to 502 first-year students in psychology according to a balanced within-subjects design. Previous research only compared the direct ipsative scale scores with the derived ipsative scale scores. The use of compositional data analysis techniques also enables one to compare derived normative score ratios with direct normative score ratios. The addition of the second comparison not only offers the advantage of a better-balanced research strategy. In principle it also allows for parametric testing in the evaluation

Dynamic graphics of parametrically linked multivariate methods used in compositional data analysis

Many multivariate methods that are apparently distinct can be linked by introducing one or more parameters in their definition. Methods that can be linked in this way are correspondence analysis, unweighted or weighted logratio analysis (the latter also known as "spectral mapping"), nonsymmetric correspondence analysis, principal component analysis (with and without logarithmic transformation of the data) and multidimensional scaling. In this presentation I will show how several of these methods, which are frequently used in compositional data analysis, may be linked through parametrizations such as power transformations, linear transformations and convex linear combinations. Since the methods of interest here all lead to visual maps of data, a "movie" can be made where where the linking parameter is allowed to vary in small steps: the results are recalculated "frame by frame" and one can see the smooth change from one method to another. Several of these "movies" will be shown, giving a deeper insight into the similarities and differences between these methods

Cálculo del tiempo de concentración en hidrología con GRASS

Se presenta un programa desarrollado mediante GRASS 6.2 que permite calcular el tiempo de concentración en cuencas hidrográficas a partir del modelo digital de elevaciones. El hecho de que no haya ningún comando específico en GRASS que permita calcular el tiempo de concentración nos ha llevado a calcular éste a partir de aquellos comandos que aportan información hidrográfica, utilizando básicamente r.watershed. Además, se analizan los comandos GRASS que dan las direcciones de flujo, sus semejanzas, discrepancias y utilidades. Finalmente, se comparan los resultados obtenidos aplicando diferentes valores a la técnica de adaptación del modelo digital de elevaciones a partir de la información vectorial de la red hidrográfica existente

Richard Rorty i una aproximació pragmatista al liberalisme polític de John Rawls

Aquest article es proposa explorar la possibilitat d'apropar a la concepció del liberalisme polític metafilosòfic de John Rawls des del punt de vista pragmatista de Richard Rorty. La proposta està motivada per les similituds que es poden observar entre elles respecte de la finalitat i la sortida d'una concepció política. El resultat final de l'article és ambigua: d'una banda, no sembla tan descabellat afirmar que la teoria de Rawls es pot llegir sense més dificultats des d'una perspectiva pragmàtica, d'altra banda, hi ha alguns aspectes importants en els quals un liberalisme polític de Rawls segueix sent incompatible amb una concepció política de Rorty

Análisis comparado de las relaciones políticas entre Colombia y Ecuador y Venezuela durante la guerra de los mil días (1899-1902) y la crisis diplomática (2006-2008)

Este trabajo, a través de un análisis comparado de dos periodos muy distantes en el tiempo, muestra algunas similitudes de carácter político y diplomático, donde están involucrados los mismos actores a partir de un conflicto interno en Colombia.

Análisis y comparación de los componentes del marco teórico para la perdurabilidad empresarial con factores claves

La perdurabilidad es un tema que se ha estudiado ampliamente en el mundo. En Colombia se hizo un estudio sobre las condiciones para crear perdurabilidad en las empresas colombianas, este estudio se hizo con el grupo de investigación de la Universidad del Rosario conjunto con empresarios de organizaciones colombianas. Existen diversos estudios y casos de perdurabilidad que bien vale la pena estudiarlos. Este trabajo muestra una comparación entre los estudios hechos en la universidad y diversas fuentes de literatura en la perdurabilidad empresarial. A medida que se avanza en este trabajo se establecen relaciones entre ambos puntos de vista las cuales son claves para el entendimiento de la perdurabilidad empresarial por parte de los dirigentes de empresas. Se establecen similitudes que sirven de herramienta para afianzar el ejercicio empresarial y apuntar a que las organizaciones creen espacios y condiciones para la perdurabilidad empresarial.

Evaluación del polimorfismo en el codón 129 del gen PRNP: estudio piloto

Las enfermedades causadas por priones, llamadas encefalopatías espongiformes transmisibles, son el producto de la conversión espontánea de la proteína celular PrPC inofensiva en su forma patógena, la PrPSc. Todavía se desconoce cómo se lleva a cabo esta conversión, aunque se conocen mutaciones que pueden inducirla debido a la interacción con las partículas priónicas. También se han reportado polimorfismos que aumentan la susceptibilidad al desarrollo de este tipo de enfermedades, entre ellos, el M129V en el gen PRNP, el cual se asocia con el aumento de la susceptibilidad cuando el incluye el genotipo homocigoto para metionina. De acuerdo con lo anterior, el objetivo de este estudio fue analizar la distribución del polimorfismo M129V en la población colombiana y compararla con algunas poblaciones reportadas previamente en la literatura. El fragmento que alberga la variante M129V fue amplificado por PCR, en 202 individuos colombianos, no relacionados, de ambos géneros, y se llevó a cabo análisis por RFLPs mediante el uso de la enzima de restricción NspI. Las frecuencias génicas y genotípicas y el ajuste al equilibrio de Hardy-Weinberg fueron calculadas utilizando el software GENEPOP. Al no encontrarse estudios en la población colombiana en cuanto a la distribución del polimorfismo de estudio, es necesario realizar trabajos que determinen el riesgo de la población colombiana a desarrollar enfermedades causadas por priones.

Análisis de las rupturas y continuidades estratégicas en sus ámbitos económico, social y político entre el bloque Élmer Cárdenas de las AUC (2002-2006) y la banda criminal los Urabeños (2006-2010) presentes en el Urabá chocoano

A partir de un análisis comparado, de orden cualitativo, se analiza la existencia de continuidades y rupturas estratégicas entre el Bloque Élmer Cárdenas de las AUC y los Urabeños, con el fin de caracterizar a ambos actores armados. La investigación expone similitudes relevantes entre ambos grupos armados a fin de dilucidar la naturaleza, aun discutida, de las llamadas bandas criminales y su relación con los predecesores bloques paramilitares, además de la incidencia en las actividades económicas, la población civil y el poder político.

Dificultades y logros, de la aplicación de la convención de Ottawa sobre la prohibición del empleo, almacenamiento, producción y transferencia de minas antipersonales y sobre su destrucción, en Colombia. Análisis del caso comparativo Colombia – Angola, 1999 – 2004

Esta monografía intenta explicar cuáles son los logros y cuales las dificultades de la aplicación del convenio de Ottawa a partir de comparar su caso con el de Angola con quien comparte semejanzas.