Benefits of Selective Vitamin D Receptor Activators in Kidney Transplanted Patients

Severe chronic kidney disease may lead to disturbances, such as hyperphosphatemia, increased secretion of fibroblast growth factor -23 (FGF -23) and vitamin D deficiency. These may increase plasmatic levels of parathyroid hormone, and decrease plasmatic levels of calcium. Altogether, these may contribute to the development of secondary hyperparathyroidism, and to abnormalities in mineral metabolism. Kidney transplantation is the best option to improve longevity and quality of life in end -stage chronic kidney disease patients. Vitamin D deficiency has been associated with cardiovascular disease, which is the leading cause of death in chronic kidney disease. Therefore, diagnosing this deficiency may be pivotal for minimizing mortality in chronic kidney disease, because pharmacological treatments for this deficiency may be prescribed. Calcitriol is indicated for the treatment of vitamin D deficiency, both in chronic kidney disease and in kidney transplanted patients. However, calcitriol may increase the plasmatic levels of calcium and phosphorous, which can lead to vascular calcifications, that have been associated with cardiovascular mortality. Selective vitamin D receptor activators are indicated for the treatment of vitamin D deficiency in chronic kidney disease. These have the advantage of being associated with lower increases of plasmatic levels of calcium and phosphorous. These drugs also seem to have additional effects that may minimise patient morbidity and mortality, especially due to potentially reducing cardiovascular events. Unfortunately, there are few studies about the use of these drugs in kidney transplanted patients. Here we present a review about the physiology of vitamin D, the consequences of its deficiency in chronic kidney disease and in kidney transplanted patients, and about the diagnosis and treatment of this deficiency. Finally, we discuss the new line of research about the efficacy and safety of selective vitamin D receptor activators in kidney transplanted patients.

From perfect strangers to research partners: a study of relationships, resource sharing and perceived benefits within R&D cooperation networks

Doctoral thesis in Marketing and Strategy.

Who participates in R&D subsidy programs? The case of spanish manufacturing firms.

Empirical evidence on the effectiveness of R&D subsidies to firms has produced mixed results so far. One possible explanation is that firms and project selection rules may be quite heterogeneous both across agencies and across industries, leading to different outcomes in terms of the induced additional private effort. Here we focus on the participation stage. Using a sample of Spanish firms, we test for differences across agencies and industries. Our results suggest that firms in the same industry face different hurdles to participate in different agencies’ programs, that participation patterns may reflect a combination of agency goals, and that patterns differ across high-tech and low-tech industries.

Assessing the assignation of public subsidies: Do the experts choose the most efficient R&D projects?

The implementation of public programs to support business R&D projects requires the establishment of a selection process. This selection process faces various difficulties, which include the measurement of the impact of the R&D projects as well as selection process optimization among projects with multiple, and sometimes incomparable, performance indicators. To this end, public agencies generally use the peer review method, which, while presenting some advantages, also demonstrates significant drawbacks. Private firms, on the other hand, tend toward more quantitative methods, such as Data Envelopment Analysis (DEA), in their pursuit of R&D investment optimization. In this paper, the performance of a public agency peer review method of project selection is compared with an alternative DEA method.

Avaluació de l'experiència pilot dels tallers d'estudi assistit de la UVic dins dels plans educatius d'entorn de Manlleu, Roda de Ter i Vic (curs 2006-2007)

Aquest treball de recerca ha consistit en realitzar el seguiment dels Tallers d'Estudi Assistit (TEA) de diferents poblacions de la comarca d'Osona, per tal de conèixer-los i avaluar-los. Els TEA consisteixen en una activitat extraescolar d'acompanyament en l'etapa educativa d'alumnes de cicle mitjà, cicle superior i secundària que no disposen d'un entorn favorabale per fer una correcte escolarització. La recerca estudia dues dimensions: per una banda analitzar com la Uvic assumeix la responsabilitat de la formació i seguiment dels estudiants que participen com a monitors en els TEA, i per l'altra, contextualitzar els Tallers d'Estudi Assistit com una eina dels Plans Educatius d'Entorn, per la igualtat d'oportunitats; així com valorar el treball en xarxa que els tallers representen. Amb l'objectiu d'avaluar el funcionament dels TEA, la formació dels monitors (estudiants de la UVic) i la implicació dels agents implicats en el projecte; així com també plantejar propostes de millora per a properes edicions dels TEA.

Bioinformà tica: add-in d'anà lisi i manipulació de seqüències per Microsoft Word

L'objectiu del projecte consisteix en el desenvolupament d'un add-in d'anàlisi i manipulació de seqüències, senzill i de fàcil ús, integrable en l'entorn Microsoft Word per permetre la manipulació de seqüències genètiques directament des de Microsoft Word, estalviant temps, en evitar haver de canviar constantment de programa i format per treballar amb elles; i, també, complicacions a l'usuari final. L'add-in ha estat desenvolupat en Visual Basic + VSTO i ofereix diverses funcionalitats d'edició i anàlisi de seqüències, com ara el complement, la recerca de motius o l'alineament.

Combinatorial Synthesis and Biological Evaluation of Inhibitors of D-Ala-D-Ala-Ligase

Report for the scientific sojourn carried out at the Max Planck Institut of Molecular Phisiology, Germany, from 2006 to 2008.The work carried out during this postdoctoral stage was focused on two different projects. Firstly, identification of D-Ala D-Ala Inhibitors and the development of new synthethic approaches to obtain lipidated peptides and proteins and the use of these lipidated proteins in biological and biophysical studies. In the first project, new D-Ala D-Ala inhibitors were identified by using structural alignments of the ATP binding sites of the bacterial ligase DDl and protein and lipid kinases in complex with ATP analogs. We tested a series of commercially available kinase inhibitors and found LFM-A13 and Tyrphostine derivatives to inhibit DDl enzyme activity. Based on the initial screening results we synthesized a series of malononitrilamide and salicylamide derivatives and were able to confirm the validity of these scaffolds as inhibitors of DDl. From this investigation we gained a better understanding of the structural requirements and limitations necessary for the preparation of ATP competitive DDl inhibitors. The compounds in this study may serve as starting points for the development of bi-substrate inhibitors that incorporate both, an ATP competitive and a substrate competitive moiety. Bisubstrate inhibitors that block the ATP and D-Ala binding sites should exhibit enhanced selectivity and potency profiles by preferentially inhibiting DDl over kinases. In the second project, an optimized synthesis for tha alkylation of cysteins using the thiol ene reaction was establisehd. This new protocol allowed us to obtain large amounts of hexadecylated cysteine that was required for the synthesis of differently lipidated peptides. Afterwards the synthesis of various N-ras peptides bearing different lipid anchors was performed and the peptides were ligated to a truncated N-ras protein. The influence of this differently lipidated N-ras proteins on the partioning and association of N-Ras in model membrane subdomains was studied using Atomic Force Microscopy.

La ramaderia ecològica de boví a les Valls d'Àneu i viabilitat del producte ecològic: de la producció al consum

A les Valls d’Àneu la producció ramadera de boví ecològic és molt important, ja que, actualment, el 22% de les explotacions són ecològiques i es preveu que aquest percentatge augmenti fins al 50% en els propers dos anys. Malgrat això, la motivació principal per a convertir les explotacions convencionals en ecològiques és el factor econòmic, no la consciència ambiental. En l’anàlisi del cicle productiu carni del boví ecològic procedent de les Valls d’Àneu s’ha observat que no hi ha diferències substancials entre la producció ecològica i la convencional. Tot i així, el producte carni de boví ecològic no té gran sortida al mercat, ja que aquest és incipient i, a més, el preu del producte ecològic és molt més elevat que el del convencional. Un aspecte crític de la producció ramadera ecològica és que la seva normativa no considera els impactes ambientals que genera, com són els derivats del transport, la generació de residus d’envasos, etc. En aquest estudi es presenta una aproximació quantitativa dels impactes generats en el cicle productiu carni de boví ecològic de les Valls d’Àneu.

Implementació d'una oficina de projectes i PMBOK en un departament TIC

En els últims anys hi ha hagut un interès creixent per la disciplina de Gestió de Projectes. Durant un temps els projectes eren gestionats per gerents que tenien coneixements tècnics previs sobre un problema a resoldre. Però l’elevat índex de fracàs en aquest tipus de gestió porta canvis en la manera de dirigir els projectes. Es comença a reconèixer la gestió de projectes com una habilitat especifica i sorgeix el concepte de Oficina de Gestió de Projectes, com a òrgan responsable dels processos de gestió de projectes. L’objectiu fonamental d’aquest document és donar les pautes per implementar una Oficina de Gestió de Projectes i establir una metodologia de projecte basada en el manual de bones pràctiques PMBOK per una organització TIC, per tal de normalitzar els projectes TIC i facilitar-ne el seguiment, control i visió global.

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project.

We report the generation and analysis of functional data from multiple, diverse experiments performed on a targeted 1% of the human genome as part of the pilot phase of the ENCODE Project. These data have been further integrated and augmented by a number of evolutionary and computational analyses. Together, our results advance the collective knowledge about human genome function in several major areas. First, our studies provide convincing evidence that the genome is pervasively transcribed, such that the majority of its bases can be found in primary transcripts, including non-protein-coding transcripts, and those that extensively overlap one another. Second, systematic examination of transcriptional regulation has yielded new understanding about transcription start sites, including their relationship to specific regulatory sequences and features of chromatin accessibility and histone modification. Third, a more sophisticated view of chromatin structure has emerged, including its inter-relationship with DNA replication and transcriptional regulation. Finally, integration of these new sources of information, in particular with respect to mammalian evolution based on inter- and intra-species sequence comparisons, has yielded new mechanistic and evolutionary insights concerning the functional landscape of the human genome. Together, these studies are defining a path for pursuit of a more comprehensive characterization of human genome function.

Anà lisi ambiental de les platges de Sitges: evolució de la qualitat del litoral i estudi d'impactes

L’explosió del sector turístic experimentat en les costes catalanes des de principis dels anys 60 ha provocat un important impacte sobre el medi litoral català i el seu principal atractiu turístic, les platges. Sitges és un municipi annex a una important zona urbana (Barcelona), i s'ofereix com a indret de segona residència i ciutat de vacances, sobretot a l’estiu, incrementant fortament la pressió sobre el medi. L'objectiu principal d'aquest projecte ha estat estudiar les pertorbacions sobre alguns aspectes del sistema litoral Sitgetà: el perfil litoral i la dinàmica sedimentària, la qualitat microbiològica de les aigües i la sorra, els cabals d'aigües residuals tractades i els residus de les platges. A partir dels registres de neteja en platges, proposem el rebuig i envasos en sorra (concentració de residus, kg/m2) com a nou indicador de presència d’usuaris a les platges (usuaris/m2). La diagnosi realitzada indica que l'estat físic de les platges de Sitges respon a les actuacions en matèria d'obres marítimes en interacció amb les dinàmiques sedimentaries. Pel que fa als anàlisis microbiològics de l'aigua i la sorra trobem una situació regulada a excepció de pics provocats per pluges puntuals. Malauradament hem vist com es podrien potenciar el valors ambientals de totes les parts treballades si es fomentessin figures de protecció del medi, la regeneració d’espècies vegetals tan fora com dins de l'aigua i es garantís una gestió de l’aigua 100% eficient i sense causar intromissions en el desenvolupament dels ecosistemes.

Projecte pilot d'innovació docent de l'assignatura Estructura de Computadors I

L'objectiu del projecte ha estat la millora de la qualitat docent de l'assignatura Estructura de Computadors I, impartida a la Facultat d'Informàtica de Barcelona (UPC) dins els estudis d'Enginyeria Informàtica, Enginyeria Tècnica en Informàtica de Sistemes i Enginyeria Tècnica en Informàtica de Gestió. S'ha treballat en quatre línies d'actuació: (i) aplicació de tècniques d'aprenentatge actiu a les classes; (ii) aplicació de tècniques d'aprenentage cooperatiu no presencials; (iii) implantació de noves TIC i adaptació de les ja emprades per tal d'habilitar mecanismes d'autoavaluació i de realimentació de la informació referent a l'avaluació; i (iv) difusió de les experiències derivades de les diferents actuacions. Referent a les dues primeres mesures s'avalua l'impacte de metodologies docents que afavoreixen l'aprenentatge actiu tant de forma presencial com no presencial, obtenint-se clares millores en el rendiment respecte a altres metodologies utilitzades anteriorment enfocades a la realització de classes del tipus magistral, en què únicament es posa a l'abast dels alumnes la documentació de l'assignatura per a què puguin treballar de forma responsable. Les noves metodologies fan especial èmfasi en el treball en grup a classe i la compartició de les experiències fora de classe a través de fòrums de participació. La mesura que ha requerit més esforç en aquest projecte és la tercera, amb el desenvolupament d'un entorn d'interfície web orientat a la correcció automàtica de programes escrits en llenguatge assemblador. Aquest entorn permet l'autoavaluació per part dels alumnes dels exercicis realitzats a l'assignatura, amb obtenció d'informació detallada sobre les errades comeses. El treball realitzat dins d'aquest projecte s'ha publicat en congressos rellevants en l'àrea docent tant a nivell estatal com internacional. El codi font de l'entorn esmentat anteriorment es posa a disposició pública a través d'un enllaç a la web.

Aplicació de les TIC al treball de l'estudiant, la seva tutorització, avaluació i a la mesura del seu esforç en un marc ECTS d'ensenyament a l'assignatura Disseny Microelectrònic I de l'ensenyament d'Enginyeria en Electrònica

El projecte està associat a l'assignatura de Disseny Microelectrònic I, Troncal de 2on cicle d'Enginyeria en Electrònica a la Universitat de Barcelona. A l'actualitat aquesta assignatura incorpora tant d'estudiants de Física com d'Enginyeries Tècniques d'altres universitats. El seu enfoc és de caire formador pràctic. Temporalment l'assignatura correspon al primer quadrimestre en una carrera que a l'actualitat és només de segon cicle. Per tant correspon a un moment en el qual l'estudiant té el primer contacte amb aquest ensenyament. La introducció de nous conceptes i continguts és constant. Durant els dos anys de durada del projecte, aquest ha permès l’elaboració de material didàctic digital que ha estat incorporat satisfactòriament (ben avaluat per l’alumnat) al material didàctic i les activitats del curs. Un dels objectius principals a aconseguir amb el projecte, combatre el fracàs escolar associat a l’alt índex d’absentisme, s’assoleix amb aquest material. D’altra banda, els alumnes que opten per un seguiment continuat, seguint la metodologia activa del curs, veuen en aquest material el recolzament necessari per afrontar les activitats que se’ls plantegen. En ambdós casos i juntament amb la resta d'activitats presencials del curs, s'aconsegueix incentivar l'autoaprenentatge i motivar l’alumne de forma continuada. El material digital comprèn apunts de l'assignatura i problemes resolts de referència. Durant l’execució del projecte s’ha mesurat contínuament l’esforç de l’estudiant. Aquest era el segon principal objectiu del projecte, sense el qual una adaptació a la metodologia ECTS i a l’EEES és impossible. S'ha mesurat l'esforç que provoquen les diferents activitats, especialment aquelles activitats cooperatives que motiven més l'alumnat però que també el carreguen més. Com a eina per a l'estudiant s'ha desenvolupat un aplicatiu que permet que ell mateix conegui el seu esforç enfront de la resta d'alumnes com a mesura de la seva qualitat d'estudi.

Revisiting the size-R&D productivity relation: introducing the mediating role of decision-making style on the scale and quality of innovative output

We develop a mediation model in which firm size is proposed to affect the scale and quality of innovative output through the adoption of different decision styles during the R&D process. The aim of this study is to understand how the internal changes that firms undergo as they evolve from small to larger organizations affect R&D productivity. In so doing, we illuminate the underlying theoretical mechanism affecting two different dimensions of R&D productivity, namely the scale and quality of innovative output which have not received much attention in previous literature. Using longitudinal data of Spanish manufacturing firms we explore the validity of this mediation model. Our results show that as firms evolve in size, they increasingly emphasize analytical decision making, and consequently, large-sized firms aim for higher-quality innovations while small firms aim for a larger scale of innovative output.

Novel loci for adiponectin levels and their influence on type 2 diabetes and metabolic traits: a multi-ethnic meta-analysis of 45,891 individuals.

Circulating levels of adiponectin, a hormone produced predominantly by adipocytes, are highly heritable and are inversely associated with type 2 diabetes mellitus (T2D) and other metabolic traits. We conducted a meta-analysis of genome-wide association studies in 39,883 individuals of European ancestry to identify genes associated with metabolic disease. We identified 8 novel loci associated with adiponectin levels and confirmed 2 previously reported loci (P = 4.5×10(-8)-1.2×10(-43)). Using a novel method to combine data across ethnicities (N = 4,232 African Americans, N = 1,776 Asians, and N = 29,347 Europeans), we identified two additional novel loci. Expression analyses of 436 human adipocyte samples revealed that mRNA levels of 18 genes at candidate regions were associated with adiponectin concentrations after accounting for multiple testing (p<3×10(-4)). We next developed a multi-SNP genotypic risk score to test the association of adiponectin decreasing risk alleles on metabolic traits and diseases using consortia-level meta-analytic data. This risk score was associated with increased risk of T2D (p = 4.3×10(-3), n = 22,044), increased triglycerides (p = 2.6×10(-14), n = 93,440), increased waist-to-hip ratio (p = 1.8×10(-5), n = 77,167), increased glucose two hours post oral glucose tolerance testing (p = 4.4×10(-3), n = 15,234), increased fasting insulin (p = 0.015, n = 48,238), but with lower in HDL-cholesterol concentrations (p = 4.5×10(-13), n = 96,748) and decreased BMI (p = 1.4×10(-4), n = 121,335). These findings identify novel genetic determinants of adiponectin levels, which, taken together, influence risk of T2D and markers of insulin resistance.