Identification et caractérisation de facteurs impliqués dans la réplication et la stabilité des génomes des organelles de plantes

Comparativement au génome contenu dans le noyau de la cellule de plante, nos connaissances des génomes des deux organelles de cette cellule, soit le plastide et la mitochondrie, sont encore très limitées. En effet, un nombre très restreint de facteurs impliqués dans la réplication et la réparation de l’ADN de ces compartiments ont été identifiés à ce jour. Au cours de notre étude, nous avons démontré l’implication de la famille de protéines Whirly dans le maintien de la stabilité des génomes des organelles. Des plantes mutantes pour des gènes Whirly chez Arabidopsis thaliana et Zea mays montrent en effet une augmentation du nombre de molécules d’ADN réarrangées dans les plastides. Ces nouvelles molécules sont le résultat d’une forme de recombinaison illégitime nommée microhomology-mediated break-induced replication qui, en temps normal, se produit rarement dans le plastide. Chez un mutant d’Arabidopsis ne possédant plus de protéines Whirly dans les plastides, ces molécules d’ADN peuvent même être amplifiées jusqu’à cinquante fois par rapport au niveau de l’ADN sauvage et causer un phénotype de variégation. L’étude des mutants des gènes Whirly a mené à la mise au point d’un test de sensibilité à un antibiotique, la ciprofloxacine, qui cause des bris double brin spécifiquement au niveau de l’ADN des organelles. Le mutant d’Arabidopsis ne contenant plus de protéines Whirly dans les plastides est plus sensible à ce stress que la plante sauvage. L’agent chimique induit en effet une augmentation du nombre de réarrangements dans le génome du plastide. Bien qu’un autre mutant ne possédant plus de protéines Whirly dans les mitochondries ne soit pas plus sensible à la ciprofloxacine, on retrouve néanmoins plus de réarrangements dans son ADN mitochondrial que dans celui de la plante sauvage. Ces résultats suggèrent donc une implication pour les protéines Whirly dans la réparation des bris double brin de l’ADN des organelles de plantes. Notre étude de la stabilité des génomes des organelles a ensuite conduit à la famille des protéines homologues des polymérases de l’ADN de type I bactérienne. Plusieurs groupes ont en effet suggéré que ces enzymes étaient responsables de la synthèse de l’ADN dans les plastides et les mitochondries. Nous avons apporté la preuve génétique de ce lien grâce à des mutants des deux gènes PolI d’Arabidopsis, qui encodent des protéines hautement similaires. La mutation simultanée des deux gènes est létale et les simples mutants possèdent moins d’ADN dans les organelles des plantes en bas âge, confirmant leur implication dans la réplication de l’ADN. De plus, les mutants du gène PolIB, mais non ceux de PolIA, sont hypersensibles à la ciprofloxacine, suggérant une fonction dans la réparation des bris de l’ADN. En accord avec ce résultat, la mutation combinée du gène PolIB et des gènes des protéines Whirly du plastide produit des plantes avec un phénotype très sévère. En définitive, l’identification de deux nouveaux facteurs impliqués dans le métabolisme de l’ADN des organelles nous permet de proposer un modèle simple pour le maintien de ces deux génomes.

Impact de la récolte sur la survie et la croissance de deux plantes médicinales cries, Sarracenia purpurea et Rhododendron groenlandicum, dans le Nord du Québec

Au cours des dernières décennies, la popularité des plantes médicinales s’est accrue auprès des civilisations occidentales de sorte que la quantité de plantes récoltées, la plupart provenant de populations sauvages, a grandement augmenté. Dans ce contexte, l’objectif principal de mon mémoire est d’évaluer l’impact de la récolte de deux plantes médicinales (Sarracenia purpurea et Rhododendron groenlandicum) utilisées par la Nation Crie du Nord du Québec. Pour y parvenir, des parcelles expérimentales, simulant différentes intensités de récolte (S. purpurea) et différentes méthodes de récolte (R. groenlandicum), ont été mises en place, puis des suivis annuels de la reprise ont été réalisés. Les résultats obtenus suggèrent que les techniques de récolte chez R. groenlandicum devraient exclure les nouvelles pousses, leur exploitation causant une forte mortalité. Par ailleurs, chez S. purpurea, la récolte de 20 % des individus semble peu dommageable, mais critique lorsque plus de 50 % des plants sont récoltés. Un modèle démographique pour S. purpurea a aussi été construit à partir des observations de terrain. Ce modèle a permis de réaliser des projections temporelles en variant les taux de récoltes ainsi que les intervalles entre les récoltes. Les résultats indiquent qu’une récolte de 20 % des individus est acceptable une fois tous les 20 ans. Pour une récolte plus régulière, 5 % tous les trois ans serait soutenable. Mon projet permettra d’assurer une exploitation soutenable de deux plantes médicinales ayant un grand potentiel pour le traitement du diabète de type II.

Design écologique pour le traitement des eaux usées dans les petites collectivités nordiques et isolées : le cas d'une communauté crie de la région de la Baie James

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Redefining U.S. borders : a reading of Sandra Cisneros’s Caramelo, Cristina Garcia’s The Agüero Sisters, and David Plante’s The Family and The Native

Cette thèse propose une redéfinition de la notion de frontière dans le contexte américain, avec pour point de départ les romans de trois voix littéraires issues de trois minorités ethniques : Sandra Cisneros (Caramelo), Cristina Garcia (The Agüero Sisters) et David Plante (The Family et The Native). Je conceptualise la frontière comme fluctuation entre mouvement et immobilité, entre porosité et imperméabilité. Dans le premier chapitre, je fournis des repères sur la théorie des frontières et j'analyse les avancées de ce champ d'étude, du concept de terre frontalière (“Borderland Theories”) jusqu'aux récits d'immigration. Je propose un cadre conceptuel que j'appelle « Écrire la frontière à partir de la perspective de la frontière », lequel permet une lecture neuve des récits de frontière, et une redéfinition de la notion elle-même. Prise comme perspective, la frontière est une dynamique vivante, ce qui la rend plurielle et impossible à fixer définitivement; aussi les récits de frontière présentent-ils une grande variété d’expériences, toutes liées à des moments et à des points de vue uniques. Dans le second chapitre, j’analyse la porosité des frontières dans le contexte géopolitique contemporain, en mettant en lumière comment la colonisation, la mondialisation économique et l’immigration sont autant de mécanismes de transgression des frontières qui suivent des orientations transnationales, dénationales et postnationales. Dans le troisième chapitre, j’étudie la résurgence des frontières dans la vie des immigrants qui habitent aux États-Unis. J’identifie l’insécurité capitaliste ainsi que la marchandisation de l’espace et de l’ethnicité comme étant à l'origine du renforcement des frontières délimitant les quartiers ethniques; génératrices de stéréotypes négatifs, ces divisions physiques deviennent une technologie d’exclusion et d’injustice sociale. Le dernier chapitre présente une lecture des aspects esthétiques de la frontière, voyant comment ils peuvent contribuer à écrire la frontière à partir de la perspective de la frontière. Dans les textes à l'étude, j'examine de près la problématisation du concept de représentation, la multiplicité des points de vue narratifs, l’inaccessibilité du réel, et la partialité de la médiation. Mots clés : Théories et écrits sur les frontières, minorités ethniques aux États-Unis, multiculturalisme, culture, immigration, mondialisation, espace, place, territoire, état-nation, nationalisme, histoire, langue et langage, représentation, communauté, justice sociale, citoyenneté

Effet de la végétation sur la variabilité de la profondeur de dégel à petite échelle dans un paysage de tourbières en forêt boréale dans les Territoires du Nord-Ouest

Afin de mieux comprendre les effets des changements climatiques sur le pergélisol, il s’avère essentiel d’obtenir une meilleure connaissance des facteurs physiques et biologiques l’influençant. Même si plusieurs études font référence à l’influence de la végétation sur le pergélisol à grande échelle, l’effet de la végétation sur la profondeur du front de dégel du pergélisol à l’échelle de mètres, tel qu’exploré ici, est peu connu. L’étude s’est effectuée dans une forêt boréale tourbeuse dans la zone à pergélisol discontinu au sud des Territoires du Nord-Ouest (N61°18’, O121°18’). Nous avons comparé la profondeur de dégel aux mesures du couvert végétal suivantes : densité arborescente, couvert arbustif, indice de surface foliaire et présence de cryptogames (lichens et bryophytes). Nous avons trouvé qu’une plus grande densité arborescente menait à une moins grande profondeur de dégel tandis que le couvert arbustif (<50cm de hauteur) n’avait aucune influence. De plus, la profondeur de dégel dépendait de l’espèce des cryptogames et des microformes. Cette recherche quantifie l’influence de la végétation par strate sur la dégradation du pergélisol. Ultimement, les résultats pourront être pris en considération dans la mise en place des modèles, afin de valider les paramètres concernant la végétation, la dégradation du pergélisol et le flux du carbone.

La conservation de la biodiversité dans les aires protégées en zones périurbaines : dynamique des communautés végétales au parc national du Mont-Saint-Bruno entre 1977 et 2013

Ce mémoire visait à déterminer si un petit parc périurbain, en l’occurrence le Parc national du Mont-Saint-Bruno, est parvenu à maintenir l’intégrité de sa flore au cours des trente dernières années en dépit de pressions humaines croissantes et de perturbations naturelles passées, en plus d’identifier les principaux changements floristiques survenus au cours de cette période et les facteurs responsables. Pour répondre à ces objectifs, une étude historique a été réalisée, en comparant un inventaire floristique ancien (1977) à un inventaire récent (2013). Mes résultats montrent d’abord une forte croissance de la diversité alpha indigène au cours des 35 dernières années, accompagnée d’un déclin significatif de la diversité bêta (30%). Malgré cette homogénéisation taxonomique, la diversité fonctionnelle de la flore forestière s’est accrue, la rendant probablement plus résiliente aux événements perturbateurs. D’autre part, mes analyses ont révélé la progression de traits fonctionnels souvent associés à des habitats forestiers intensément broutés, révélant une certaine influence du cerf de Virginie sur la composition et la structure de la flore forestière. Enfin, mes résultats ont montré que les herbiers botaniques se révèlent être une alternative fiable aux méthodes traditionnelles pour documenter et évaluer l’impact des grands herbivores sur la morphologie des plantes broutées. Au final, cette étude a montré que les petites aires protégées périurbaines peuvent jouer un rôle majeur dans la préservation de la diversité floristique d’habitats forestiers d’intérêt, particulièrement lorsque leur statut de protection permet d’encadrer de manière stricte les activités humaines.

La génomique évolutive mitochondriale révèle des échanges génétiques et la ségrégation chez les Gloméromycètes

Les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) sont des organismes microscopiques du sol qui jouent un rôle crucial dans les écosystèmes naturels et que l’on retrouve dans tous les habitats de la planète. Ils vivent en relation symbiotique avec la vaste majorité des plantes terrestres. Ils sont des biotrophes obligatoires, c'est-à-dire qu'ils ne peuvent croître qu'en présence d'une plante hôte. Cette symbiose permet entre autres à la plante d'acquérir des nutriments supplémentaires, en particulier du phosphore et du nitrate. Malgré le fait que cette symbiose apporte des services importants aux écosystèmes, la richesse des espèces, la structure des communautés, ainsi que la diversité fonctionnelle des CMA sont mal connues et l'approfondissement des connaissances dans ces domaines dépend d’outils de diagnostic moléculaire. Cependant, la présence de polymorphisme nucléaire intra-isolat combiné à un manque de données génomiques dans différents groupes phylogénétique de ces champignons complique le développement de marqueurs moléculaires et la détermination de l'affiliation évolutive à hauts niveaux de résolution (c.a.d. entre espèces génétiquement similaires et/ou isolats de la même espèce). . Pour ces raisons, il semble une bonne alternative d’utiliser un système génétique différent en ciblant le génome mitochondrial, qui a été démontré homogène au sein d'un même isolat de CMA. Cependant, étant donné le mode de vie particulier de ces organismes, une meilleure compréhension des processus évolutifs mitochondriaux est nécessaire afin de valoriser l'utilisation de tels marqueurs dans des études de diversité et en génétique des populations. En ce sens, mon projet de doctorat consistait à investiguerétudier: i) les vecteurs de divergences inter-isolats et -espèces génétiquement rapprochéesphylogénétiquement apparentées, ii) la plasticité des génomes mitochondriaux, iii) l'héritabilité mitochondriale et les mécanismes potentiels de ségrégation, ainsi que iv) la diversité mitochondriale intra-isolat in situ. À l'aide de la génomique mitochondriale comparative, en utilisant le séquençage nouvelle génération, on a démontré la présence de variation génétique substantielle inter-isolats et -espèces, engendrées par l'invasion d'éléments mobiles dans les génomes mitochondriaux des CMA, donnant lieu à une évolution moléculaire rapide des régions intergéniques. Cette variation permettait de développer des marqueurs spécifiques à des isolats de la même espèce. Ensuite, à l'aide d'une approche analytique par réseaux de gènes sur des éléments mobiles, on a été en mesure de démontrer des évènements de recombinaisons homologues entre des haplotypes mitochondriaux distincts, menant à des réarrangements génomiques. Cela a permis d'ouvrir les perspectives sur la dynamique mitochondriale et l'hétéroplasmie dans un même isolatsuggère une coexistence de différents haplotypes mitochondriaux dans les populations naturelles et que les cultures monosporales pourraient induirent une sous-estimation de la diversité allélique mitochondriale. Cette apparente contradiction avec l'homogénéité mitochondriale intra-isolat généralement observée, a amené à investiguer étudier les échanges génétiques à l'aide de croisements d'isolats génétiquement distincts. Malgré l'observation de quelques spores filles hétéroplasmiques, l'homoplasmie était le statut par défaut dans toutes les cultures monosporales, avec un biais en faveur de l'un des haplotypes parentaux. Ces résultats suggèrent que la ségrégation opère durant la formation de la spore et/ou le développement de la coloniedu mycélium. De plus, ils supportent la présence d'une machinerie protéique de ségrégation mitochondriale chez les CMAAMF, où l'ensemble des gènes impliqués dans ce mécanisme ont été retrouvé et sont orthologues aux autres champignons. Finalement, on est revenue aux sources avecon a étudié le polymorphisme mitochondrial intra-isolat à l'aide d'une approche conventionnelle de PCR en utilisant une Taq polymérase de haute fidélité, suivie de clonage et de séquençage Sanger, sur deux isolats de R. irregularis. Cela a permis l'observation d'hétéroplasmie in situ, ainsi que la co-expression de variantes de variantes de protéines'ARNm dans une souche in vitro. Les résultats suggèrent que d'autres études basées sur le séquençage nouvelle génération aurait potentiellement ignorée cette variation, offrant ainsi plusieurs nouveaux arguments permettant de considérer les CMA comme des organismes possédant une population de génomes mitochondriaux et nucléaires distincts.

Évaluation de l’effet antidiabétique de plantes médicinales de la forêt boréale et identification des principes actifs de deux espèces prometteuses

Le diabète de type 2 est une maladie chronique dont l’incidence est en augmentation continuelle. Le risque de développer le diabète de type 2 chez les populations autochtones du Canada est de trois à cinq fois plus élevé que le reste de la population canadienne. La forêt boréale comporte plusieurs plantes médicinales ayant un potentiel pour le traitement ou la prévention du diabète. Certaines de ces plantes font partie de la médecine traditionnelle et alternative Crie. Des enquêtes ethnobotaniques ont amené notre équipe de recherche à identifier 17 extraits de plantes médicinales utilisées par les Cris d’Eeyou Istchee (Baie James, Québec) pour traiter les symptômes du diabète. Parmi ces extraits, certains ont montré des activités anti-diabétiques au niveau des cellules musculaires, des adipocytes et dans des études in vivo réalisées chez des animaux. Le but de cette thèse est d’élucider l’effet de ces 17 plantes sur l’homéostasie hépatique de glucose, d’identifier l’espèce la plus prometteuse et isoler ces constituants actifs. De même, le bleuet nain du genre Vaccinium angustifolium fait partie de la forêt boréale canadienne et est connu pour ses activités anti-diabétiques. Une biotransformation du jus de bleuet lui confère une activité antioxydante accrue et un profil biologique différent. Le deuxième but de cette thèse est d’élucider les mécanismes d’action par lesquels le jus de bleuet biotransformé (BJ) exerce son effet anti-diabétique et d’identifier ses principes actifs. Les résultats ont montré que trois extraits de plantes Cris se sont démarqués par leur effet sur l’homéostasie hépatique de glucose. Picea glauca exerce son effet en diminuant la production de glucose alors que Larix laricina agit en augmentant le stockage de glucose. Abies balsamea a montré le profil le plus prometteur, elle agit simultanément en diminuant l’activité de la Glucose-6-phosphatase (G6Pase) via la stimulation des voies insulino-dépendante et - indépendante et en augmentant l’activité de la Glycogène synthétase (GS) suite à la phosphorylation de la Glycogène synthase kinase-3. Le fractionnement de l’extrait d’Abies balsamea guidé par les deux bioessais a mené à l’isolation de trois composés actifs; l’acide abiétique (AA), l’acide déhydroabiétique (DAA) et le squalène (SQ). Les principes actifs ont montré le même mécanisme d’action que l’extrait brut en diminuant l’activité de la G6Pase et augmentant celle de la GS ainsi qu’en activant les voies de signalisation impliquées. Le DAA ii s’est démarqué par son effet le plus puissant et très comparable à celui de l’extrait d’Abies balsamea dans toutes les expériences. De son côté le BJ a montré un effet sur la diminution de la production hépatique de glucose, l’augmentation de son stockage ainsi que l’augmentation de son transport dans le muscle. Son fractionnement guidé par les bioessais a permis d’isoler sept fractions dont trois étaient les plus actives. L’identification des constituants de ces fractions actives a mené à isoler quatres composés phénoliques; l’acide chlorogénique, l’acide gallique, l’acide protocatéchique et le catéchol. Le catéchol s’est démarqué avec ses effets les plus puissants en diminuant l’activité de la G6Pase, augmentant celle de la GS et en stimulant le transport de glucose dans le muscle. Les résultats de cette thèse indiquent que la diminution de la production hépatique de glucose peut s’ajouter au profil anti-diabétique de certaines plantes médicinales Cries et surtout à celui d’A.balsamea dont les composés actifs peuvent aider dans le développement de nouvelles molécules anti-diabétiques. De plus, les résultats de cette thèse ont montré que l’activité antidiabétique du BJ implique le contrôle de l’homéostasie de glucose au niveau du foie et du muscle. L’identification du catéchol comme principe actif avec potentiel anti-diabétique prometteur pourra servir pour des fins thérapeutiques ultérieures.

Proposta de millora de la qualitat de les aigües residuals de Sant Martí Sescorts

Diagnòsi de les aigües residuals de sant martí Sescorts i proposta de millora de la qualitat d' aquestes aigues residuals

Les Emocions dels nens/es en edat escolar

L'article vol dibuixar una imatge del desenvolupament emocional dels nens i les nenes qeu es troben en edat escolar a partir d'un ventall d'estudis que s'han realitzat fins a l'actualitat

Autoavaluació i desenvolupament de competències transversals: experimentant amb l'eina Cicloyd

Aquest treball presenta una experimentació amb Cycloid, que és una eina basada en les TIC que permet autoavaluar un conjunt de 30 competències personals i socials, estructurades en sis grups de competències

Recerca i transferència tecnològica: Tres grups de recerca de l'Escola Politècnica Superior expliquen algunes de les seves línies de recerca

El Laboratori de Gràfics i Imatge (GILab) és un grup de recerca de la Universitat de Girona, dirigit pel Dr. Mateu Sbert, i que està adscrit a l'Institut d'Informàtica i Aplicacions i a l'Institut d'Investigació Biomèdica de Girona. Està format per 6 doctors, 8 estudiants de doctorat i un nombre important d'estudiants en formació que col•laboren en diversos projectes. La recerca i transferència del grup es desenvolupen principalment en els camps d'informàtica gràfica i processament d'imatge

Gestió de les dejeccions ramaderes d'una explotació avícola mitjançant compostatge

Estudi de la la problemàtica de la gestió de les dejeccions ramaderes presentada per una empresa dedicada a la integració avícola

Gestió de les tesis de màster basades en competències

La tesi de màster o treball final d’estudis es pot definir com un treball individual i tutoritzat en el qual l’estudiant desenvolupa diferents competències per tal d’assolir un objectiu ben definit. Aquestes competències normalment són un subconjunt d’aquelles que defineixen el programa de màster i que possiblement es desenvolupen parcialment o totalment en les diferents assignatures del màster. Atès que la tesi de màster acostuma a ser l’activitat amb més ECTS i temps de dedicació en la majoria dels programes de màster, es considera que una gestió i seguiment acurat de l’activitat que es porta terme és molt necessària per assegurar l’assoliment de competències, per part de l’estudiant. Les competències variaran d’una tesi a l’altra; no solament pel fet que els objectius puguin ser diferents, també per la pròpia naturalesa del màster (tecnològic, ciències experimentals, humanitats, econòmiques, etc.) i per la seva orientació (recerca, acadèmic, professionalitzador o mixt). No obstant això, s’ha de poder garantir que l’estudiant, mentre executa les activitats i tasques associades al compliment dels objectius del projecte, vagi desenvolupant i assolint les competències previstes. Partint d’aquesta base s’ha realitzat una anàlisi exhaustiva de com s’ha de desenvolupar i gestionar una tesi de màster orientada a competències. El treball s’ha realitzat en el context del Màster Oficial en Informàtica Industrial i Automàtica (MOIIA) de la UdG (MO2006-00276). Es tracta d’un màster de l’àmbit tecnològic orientat a la recerca (bàsica i Girona, juny 2008 Universitat de Girona aplicada) en què es desenvolupen tant competències metodològiques (derivades dels trets comuns de la recerca en aquest àmbit) com específiques de cada un dels perfils de recerca definits en el màster. Per tant, tot i que l’anàlisi efectuada està molt centrada en aquest màster, les conclusions i la proposta final per implementar una guia d’execució de la tesi de màster és prou genèrica com perquè pugui prendre’s com a referència per al desenvolupament de guies similars en altres estudis

Avaluació de les actituds cooperatives en els estudiants de magisteri

L’objectiu d’aquest treball és validar els criteris de Johnson i Johnson (1992) com a indicadors d’avaluació d’actituds cooperatives. Ens proposem definir, contrastar i avaluar noves eines d’actuació. Volem analitzar i valorar algunes de les interaccions, que es produeixen en el desenvolupament d’actituds cooperatives, assenyalant els punts forts i febles observats a través de l’observació directa i amb l’ajuda de l’enregistrament de vídeo, què ens permetrà copsar de manera contrastable les interaccions verbals i no verbals dels alumnes, aspecte que a través de l’observació directa no és possible. És la nostra intenció intentar donar resposta a diversos interrogants respecte el nostre objecte d’estudi, oferint elements de reflexió i cercant criteris per avaluar les actituds cooperatives, assenyalant quins són els trets que s’observen en major o en menor grau en relació amb Johnson i Johnson en els estudiants de magisteri. Per centrar els objectius de la recerca tindrem en compte una triple perspectiva: - La perspectiva del professorat - la perspectiva de l’alumnat - La perspectiva de les activitats Pretenem relacionar cada un dels criteris de Johnson i Johnson amb indicadors observables i poder fer valoracions respecte allò que són capaços de fer i en relació quan tenen dificultats. Com a avaluació d’aquesta contrastació volem recollir prioritàriament aquelles consideracions que ens ajudin a establir un bon plantejament dels resultats. Com a professors en la formació inicial de futurs mestres, creiem que és fonamental fomentar estratègies d’acció cooperatives per afavorir un procés d’ensenyament més creatiu, més sòlid i més enriquidor, en la mesura que el professorat i l’alumnat s’impliquin en la construcció i transmissió del coneixement. La nostra proposta es troba dins del plantejament del nou model d’educació superior que comporta el procés de Convergència Europea, en el qual el principal protagonista és l’estudiant. Amb el treball que presentem volem oferir un al·licient i un estímul per promoure noves metodologies participatives en el mon universitari que fomentin noves actituds i consolidin els valors democràtics. És la nostra intenció reflexionar sobre la realitat actual dels nostres estudiants que en un futur no gaire llunyà hauran de ser educadors referents i competents