Developing Bioimage Informatics – from Microscopy to Software Solutions – with alpha2beta1 Integrin as a Case Study

Biokuvainformatiikan kehittäminen – mikroskopiasta ohjelmistoratkaisuihin – sovellusesimerkkinä α2β1-integriini Kun ihmisen genomi saatiin sekvensoitua vuonna 2003, biotieteiden päätehtäväksi tuli selvittää eri geenien tehtävät, ja erilaisista biokuvantamistekniikoista tuli keskeisiä tutkimusmenetelmiä. Teknologiset kehitysaskeleet johtivat erityisesti fluoresenssipohjaisten valomikroskopiatekniikoiden suosion räjähdysmäiseen kasvuun, mutta mikroskopian tuli muuntua kvalitatiivisesta tieteestä kvantitatiiviseksi. Tämä muutos synnytti uuden tieteenalan, biokuvainformatiikan, jonka on sanottu mahdollisesti mullistavan biotieteet. Tämä väitöskirja esittelee laajan, poikkitieteellisen työkokonaisuuden biokuvainformatiikan alalta. Väitöskirjan ensimmäinen tavoite oli kehittää protokollia elävien solujen neliulotteiseen konfokaalimikroskopiaan, joka oli yksi nopeimmin kasvavista biokuvantamismenetelmistä. Ihmisen kollageenireseptori α2β1-integriini, joka on tärkeä molekyyli monissa fysiologisissa ja patologisissa prosesseissa, oli sovellusesimerkkinä. Työssä saavutettiin selkeitä visualisointeja integriinien liikkeistä, yhteenkeräytymisestä ja solun sisään siirtymisestä, mutta työkaluja kuvainformaation kvantitatiiviseen analysointiin ei ollut. Väitöskirjan toiseksi tavoitteeksi tulikin tällaiseen analysointiin soveltuvan tietokoneohjelmiston kehittäminen. Samaan aikaan syntyi biokuvainformatiikka, ja kipeimmin uudella alalla kaivattiin erikoistuneita tietokoneohjelmistoja. Tämän väitöskirjatyön tärkeimmäksi tulokseksi muodostui näin ollen BioImageXD, uudenlainen avoimen lähdekoodin ohjelmisto moniulotteisten biokuvien visualisointiin, prosessointiin ja analysointiin. BioImageXD kasvoi yhdeksi alansa suurimmista ja monipuolisimmista. Se julkaistiin Nature Methods -lehden biokuvainformatiikkaa käsittelevässä erikoisnumerossa, ja siitä tuli tunnettu ja laajalti käytetty. Väitöskirjan kolmas tavoite oli soveltaa kehitettyjä menetelmiä johonkin käytännönläheisempään. Tehtiin keinotekoisia piidioksidinanopartikkeleita, joissa oli "osoitelappuina" α2β1-integriinin tunnistavia vasta-aineita. BioImageXD:n avulla osoitettiin, että nanopartikkeleilla on potentiaalia lääkkeiden täsmäohjaussovelluksissa. Tämän väitöskirjatyön yksi perimmäinen tavoite oli edistää uutta ja tuntematonta biokuvainformatiikan tieteenalaa, ja tämä tavoite saavutettiin erityisesti BioImageXD:n ja sen lukuisten julkaistujen sovellusten kautta. Väitöskirjatyöllä on merkittävää potentiaalia tulevaisuudessa, mutta biokuvainformatiikalla on vakavia haasteita. Ala on liian monimutkainen keskimääräisen biolääketieteen tutkijan hallittavaksi, ja alan keskeisin elementti, avoimen lähdekoodin ohjelmistokehitystyö, on aliarvostettu. Näihin seikkoihin tarvitaan useita parannuksia,

Learjet 35 A/S - muutos monitoimisuihkukoneesta matkustajien kuljetukseen

Tutkimuksessa tarkastellaan puolustusvoimien vaatimustenhallinnan menetelmän käyttöä Learjet 35 A/S -koneiden avioniikkajärjestelmän modifiointiin. Tarkastelu toteutetaan alijärjestelmätasolla. Tutkimus selvittää, mitkä vaatimukset ovat keskeisiä päivitettäessä Learjet -koneiden suorituskykyä ja minkälaisia reunaehtoja viranomaiset luovat järjestelmien päivitykseen. Tutkimus on ajankohtainen sillä Euroopan ilmatilavaatimukset elävät muutoksen aikaa kasvavien liikennemäärien myötä. Learjet -koneiden suorituskykyä käytetään vuoden 2017 huoltojen jälkeen pääsääntöisesti matkustajien kuljetukseen Euroopan alueella. Tutkimuksen tuloksena todettiin että Learjet -koneiden huoltojen ja avioniikkajärjestelmän päivityksen keskeisimmät vaatimukset ovat sidosryhmien tunnistaminen ja järjestelmävaatimukset. Sidosryhmien tunnistaminen mahdollistaa kattavan vaatimusmäärittelyn ja järjestelmävaatimukset auttavat huomioimaan kaikki projektin osa-alueet. Viranomaisten säädökset luovat avioniikkajärjestelmän päivitykselle useita reunaehtoja. Tutkimuksen perusteella voidaan todeta että ilmavoimien Learjet -koneiden avioniikkajärjestelmän tulisi olla vastaava kuin siviilissä käytettävien Learjet -koneiden. Tutkimuksen tuloksien perusteella puolustusvoimien vaatimustenhallintaa voidaan hyödyntää tulevassa avioniikkajärjestelmän päivityksessä.

BigTac-ilmataistelusimulointi häivetekniikan hyötyjen tutkimisessa

Ilmavoimat pohtii uuden hävittäjäkaluston ostamista 2020-luvulla poistuvan F-18 Hornetin tilalle. Uusien hävittäjien kasvaneet hankintahinnat herättävät keskustelua niiden Stealth- eli häiveominaisuuksien välttämättömyydestä. Vastakkain asettuvat häivetekniikan tuottama operatiivinen suorituskyky ja suorituskyvyn hinta. Häivetekniikan tuomista mahdollisuuksista ei ole riittävän perusteltua tietoa. Tutkielman tavoitteena on luoda perusta häivetekniikan kustannustehokkuuden tarkastelulle taktiikan näkökulmasta. Tulevien hankintakustannusten tarkastelun perustaksi tarvitaan tietoa siitä, miten BigTac-simulointia voidaan käyttää ilmasotataktiikan tutkimisen työkaluna määritel-lyssä skenaariossa, jossa käytetään häivetekniikkaa. Tämän kysymyksen vastauksena on tar-koitus tuottaa ohjeistus, jonka perusteella häivetekniikan tuomia hyötyjä voidaan tutkia Big-Tac-simuloinnilla. Tässä tutkielmassa tarkastellaan kohteen tutkapoikkipinta-alan vaikutusta uhkajärjestelmien tutkien havaintoetäisyyteen sekä ammuntaetäisyyteen. Tutkielmassa testataan kokein tut-kayhtälön ilmenemistä BigTac-simulaatiossa muutettaessa kohteen tutkapoikkipinta-alaa, ja uhkajärjestelmän päätöksentekoetäisyyden muutosta vaihdettaessa kohteen tutkapoikkipinta-alaa. Näiden kokeiden jälkeen suoritettaan skenaariotarkastelu kahdella eri tutkapoikkipinta-alalla. Ilmasotataktiikan onnistumisen mittaamiseksi skenaariossa mitataan kolmea ominai-suutta, lentoturvallisuutta, selviytymistä ja tehtävän toteutumista. Eri tutkapoikkipinta-aloilla saatuja tuloksia vertaillaan erojen löytämiseksi. Ensimmäisen kokeen tuloksen perusteella ensimmäinen hypoteesi todettiin vääräksi. Hypo-teesissa ilmakehän vaimennus määriteltiin läpäisykerroinvakioksi. Kun läpäisykerroinvakio muutettiin eksponentiaalisesti kasvavaksi vaimennukseksi, tutkayhtälö toteutui BigTac-simulaatiossa. Toisen kokeen tuloksen perusteella toinen hypoteesi osoitettiin todeksi. Uhka ampui aina samalla viiveellä kohteen havaitsemisen jälkeen. Viive esiintyi riippumatta siitä miltä etäisyydeltä uhkan tutka havaitsi kohteen. Kahden kokeen perusteella todettiin, että kohteen tutkapoikkipinta-ala vaikutti oletetusti uhkajärjestelmän tutkan havaintoetäisyyteen ja ammuntaetäisyyteen. Tutkielman skenaariossa tutkapoikkipinta-alan pienentäminen vaikutti ainoastaan kohteiden selviytymiseen. BigTac ei sellaisenaan tarjoa työkalua häivetekniselle tarkastelulle. Jotta tutkimuksesta saadaan vertailukelpoisia tuloksia, on käytettävä asiantuntijaa skenaarion alus-tuksen ja kohteiden toimintatapojen muokkaamiseksi. Skenaarion perusteella esitettiin oh-jeistus BigTacin käyttöohjeeksi tuleville tutkimuksille.

Morfo-anatomia e ontogênese do fruto e da semente de Tipuana tipu (Benth.) O. Kuntze (Fabaceae: Faboideae)

Frutos e sementes de Tipuana tipu foram analisados morfo-anatomicamente, durante seu desenvolvimento, objetivando descrever sua estrutura, esclarecer a origem da ala pericárpica e verificar a ocorrência de poliembrionia, hipótese levantada a partir de dados de literatura. Para tanto, preparou-se o laminário segundo técnicas convencionais e foram observados morfologicamente os embriões das sementes obtidas de 100 frutos. O fruto de T. tipu é uma sâmara, cuja ala se desenvolve a partir da região látero-apical do ovário e lateral do estilete, já estando delineada no ovário de botões florais jovens. As sementes, provenientes de óvulos bitegumentados, são unitegumentadas e testais. A testa não exibe a estrutura característica do tegumento das leguminosas, como é freqüente em espécies de frutos indeiscentes. O hilo, contudo, apresenta a típica estrutura das Faboideae. São sementes exalbuminosas, contendo embrião com eixo e cotilédones bem diferenciados. Dos 100 frutos analisados morfologicamente, 61% eram monospérmicos, 34% dispérmicos e apenas 5% trispérmicos. Do total de 144 sementes avaliadas, somente 2% eram poliembriônicas, com dois embriões por unidade.

Lehmästä leopardiin : eläinlääkärityön muistoja

Kirjallisuusarvostelu

Morfoanatomia e ontogênese da sâmara de Pterocarpus violaceus Vogel (Fabaceae: Faboideae)

Neste trabalho, os frutos e sementes de P. violaceus foram descritos morfoanatômica e ontogeneticamente, visando a verificar a origem da ala pericárpica e checar a ocorrência de poliembrionia, previamente descrita para outros gêneros da tribo Dalbergieae. Observouse que o fruto é uma sâmara circular, de aspecto glabro e que a semente possui alguns caracteres típicos de Faboideae, especialmente os relacionados ao hilo. Foram caracterizados atomicamente seis estádios de desenvolvimento. A ala pericárpica origina-se da parede ovariana, por extensões dorso-ventral, apical e basal, produzindo uma estrutura achatada. Não foi possível encontrar poliembrionia, mesmo analisando-se grande número de sementes. Pôde-se também concluir que, no que se refere à estrutura do fruto, P. violaceus é filogeneticamente derivada com relação às outras espécies de Dalbergieae já registradas na literatura, devido à presença de fusão dos feixes ventrais do carpelo.

Opas ojitusyhteisölle uoman kunnossapito- ja peruskorjaushankkeeseen

Suomen pelloista pääosa on ojitettu jo ennen 1970-lukua ja tällä hetkellä viljelyksessä oleva peltopinta-ala on ainakin kertaalleen peruskuivatettu. Vesihallinto perustettiin vuonna 1970 ja kuivatustehtävät siirtyivät maanviljelysinsinööripiireistä vesipiireille, jonka jälkeen ojituksia tehtiin taas runsaammin. Nykyiset ojitustoimitushakemukset, joita tehdään ELY-keskuksille, ovat selvästi vähentyneet 1990-luvun jälkeen ja tänä päivänä tehtävät toimenpiteet ovat lähinnä ojitusten kunnostuksia sekä peruskorjauksia. Peltoalueilla tehtävät ojitushankkeet koskettavat usein monia maanomistajia ja isoissa hankkeissa tarvitaan maanomistajien kesken hyvää yhteistyökykyä, osaamista ja halua toteuttaa hanke niin, että siitä on mahdollisimman suuri hyöty kaikille ojitusyhteisön jäsenille. Ojitusyhteisön kokouksista ilmoitetaan yleensä paikallisessa lehdessä ja näissä kokouksissa päätetään niistä toimista, joihin hankkeessa ryhdytään. Osallistumalla näihin kokouksiin pääsee ojitusyhteisön jäsen vaikuttamaan toimitsijoiden valintaan ja niihin toimenpiteisiin, joita hankkeessa tullaan tekemään. Vesien suojelun ja vesistön hoidon tarpeissa on tapahtunut muutoksia. Kunnossapidossa on otettava huomioon kuivatusalueen ja sen alapuolisen vesistön veden laatu ja kuivatusalueeseen kuuluvien uomien luonnonarvojen säilyttäminen. Vesilain mukaan luonnontilaisen kaltaiseksi muuttuneen ojan kunnossapito voi edellyttää uutta suunnitelmaa ja ojitustoimitusta. Uomien perkauksesta aiheutuvien vedenlaatu- ja muiden haittojen vähentämiseksi on kehitetty ns. luonnonmukaisen vesirakentamisen toimenpiteitä, joita voidaan soveltaa uoman kunnossapidossa. Ojitushankkeiden toimitsijoilla on tulevaisuudessa yhä suurempi vastuu hankkeen etenemisestä ja hankkeen valmistumisen jälkeen uomien kunnossapidosta. Muuttuneen käytännön ja vesilain uudistusten vuoksi katsottiin, että ojitushankkeiden toimitsijoilla tulisi olla oma ajan tasalla oleva opas, mistä löytyy toimitsijalle kuuluvat tehtävät. Tähän oppaaseen on koottu ojitusyhteisön toimitsijan tehtävät uoman kunnossapito- ja peruskorjaushankkeen aikana sekä hankkeen valmistumisen jälkeiset tehtävät.

Hiilijalanjäljen pienentämismahdollisuuksien tunnistaminen mediatalossa

Tässä diplomityössä on tutkittu mediatalon hiilijalanjäljen pienentämismahdollisuuksia yhteistyössä Otava-konsernin kanssa. Työ on siis osa Otava-konsernin yritysvastuun kehittämistä. Yritysvastuuseen ja sen raportointiin on perehdytty myös yleisesti mediasektorin tasolla. Työssä perehdytään myös hiilijalanjäljen laskentaohjeisiin sekä lasketaan Otavakonsernin hiilijalanjälki tietyin rajauksin. Yrityksen hiilijalanjäljen laskentaa voidaan toteuttaa esimerkiksi Greenhouse Gas Protokollan laskentaohjeiden mukaisesti. Yleisiä ohjeita kasvihuonekaasuinventaarin laskentaan antaa ISO 14064-1 standardi. Otava-konsernin laskenta on toteutettu ClimateCalc-laskuria soveltuvilta osin hyväksikäyttäen. Laskennan tulokset on esitetty konsernin yhtiöittäin vuoden 2013 tietojen pohjalta. Valittu laskuri toimi parhaiten kirjapainon käytössä. Muiden konsernin yhtiöiden osalta laskuria on jouduttu soveltamaan. Konsernin päästöistä myös merkittävä osa syntyi kirjapainossa, mikä osaltaan johtuu muita yhtiöitä laajemmasta laskennasta. Tulevaisuudessa laskentaa on hyvä laajentaa myös muiden yhtiöiden osalta, jolloin laskurin ominaisuuksia pystytään käyttämään laajemmin hyväksi.

Johdatus suomalaiseen sotilassosiologian tutkimukseen : joitakin piirteitä sotilassosiologian tutkimuskohteista, menetelmistä ja puolustusvoimissa tehdyistä tutkimuksista

Sotilassosiologia on yksi Maanpuolustuskorkeakoulussa edustettuina olevista sotatieteistä. Äärimmilleen tiivistäen voisi sanoa, että sotilassosiologiassa tutkitaan pienten ja suurempien sotilasryhmien käyttäytymistä rauhan ajan koulutuksessa ja sodan olosuhteissa. Sotilassosiologia on monipuolisen, teoreettiseen käsitteenmuodostukseen pyrkivä, mutta tiukasti empiirisiin mittauksiin perustuva tutkimusala, jolla on runsaasti yhtymäkohtia ja käytännön soveltamismahdollisuuksia joukko-osastojen ja muiden sotilaslaitosten arkipäivän toiminnassa. Mikäli nämä joukko-osastot ja sotilaslaitokset joskus joutuisivat sotaan, yhtymäkohtia sotilassosiologiaan löytyy tässäkin toimintaympäristössä. Tästä ovat ulkomaisina esimerkkeinä Israelin ja USA:n asevoimien monet uudehkot, empiiriset sodan ajan sotilassosiologiset tutkimukset. Eri maiden yliopistoissa on 1900-luvun alkupuolelta lähtien, joissakin tapauksissa aikaisemminkin, tutkittu erisuuruisia ryhmiä ja organisaatiota ja ihmisten käyttäytymistä niissä. Erityisesti näitä asioita on tutkittu sosiaalipsykologiassa ja sosiologiassa. Empiirisiä ja jopa kontrolloituja kokeellisia tutkimuksia on tehty hyvin suuri määrä ja samalla tutkimusmenetelmät (mm. empiiristen aineistojen tilastolliset analyysimenetelmät) ovat kehittyneet. Sotilassosiologiassa on lähtökohtana se, että sotilassosiologinen tutkimustieto tuo ”siviili” yliopistojen sosiologian ja sosiaalipsykologian tieteenaloilla (ns. ”emotieteet”) kerätyn laajan relevantin tietämyksen perustaksi tutkimuksiin, joissa on kohteena nimenomaan sotilasryhmien ja sotilasorganisaatioiden puitteissa tapahtuva sotilaiden käyttäytyminen. Tällaista sotilassosiologiaksi kutsuttua tutkimusta on tehty eri maiden asevoimien tutkimuslaitoksissa jo vuosikymmenien ajan. Tarkoituksena ei useinkaan ole ollut tehdä ”tiedettä tieteen vuoksi”, vaan asevoimien ylemmissä opetuslaitoksissa ja tutkimuslaitoksissa sekä eri sodissa kehitetyt “emotieteiden” sotilassovellutukset on useimmiten tarkoitettu hyödyttämään asevoimien toimintaa. Esimerkiksi USA:n asevoimissa panostettiin voimakkaasti soveltavaan sotilassosiologiseen tutkimukseen toisen maailmansodan aikana. Aihetta käsitellään jäljempänä tässä julkaisussa. Sotilassosiologiassa käytetään sekä laadullisia tutkimusmenetelmiä (esim. systemaattinen osallistuva havainnointi sotilasyksikössä, taisteluharjoituksen videointi ja kuva- ja äänimateriaalin analysointi, sotilaiden muistelmien ja sotaa koskevan kaunokirjallisuuden analysointi, propagandan sisällön analysointi jne.) että sosiologian ja sosiaalipsykologian määrällisiä tutkimusmenetelmiä (survey-tyyppinen kysely tilastollisine aineistojen analysointimenetelmineen, haastattelu, sosiometrinen mittaus jne.). Joitakin esimerkkejä eri menetelmien käytöstä löytyy nyt käsillä olevasta julkaisusta. Sotilassosiologialla on kiinteä linkki myös sotahistoriaan, jonka aineistoja ja menetelmiä sovelletaan tarvittaessa. Tutkimusmenetelmän valinnan kussakin tilanteessa määräävät tutkittava kohde ja tarkoituksenmukaisuus. – Sotilassosiologian tutkimusmenetelmillä on kuitenkin se erikoinen piirre, että niiden on tarvittaessa toimittava myös kenttäolosuhteissa. Kirjoittamisen helpottamiseksi julkaisuun on otettu melko runsaasti esimerkkejä sellaisista tutkimuksista, joihin kirjoittaja on itse osallistunut ja jotka siten tuntee hyvin. Tutkimustoiminnan lisäksi sotilassosiologiaa on Suomessa jo 1990-luvun loppupuolelta alkaen myös opetettu esimerkiksi Kadettikoulussa. – Olennainen, ellei peräti keskeinen sodankäyntiin kuuluva piirre on aseiden käytön ja sillä uhkaamisen erikoislaatuinen vaikutus ihmisten käyttäytymiseen. Jos oman aselajinsa taktiikassa hyvät tiedot omaavalla kadetilla tai nuorella upseerilla ei taktisen ja aselajitiedon lisäksi ole tutkimusperäistä, käyttäytymistieteellistä tietoa alaisena olevien joukkojen käyttäytymisilmiöistä ja reagointitavoista erilaisissa sodan ajan tilanteissa ja vaikeimmissa rauhanturvaamistehtävissä, mutta myös varusmieskoulutuksessa ja kertausharjoituksissa, johtamistaidolliset valmiudet eivät ole riittävät. Nämä valmiudet (tai niiden opetus) eivät tällöin luonnollisestikaan ole riittävän lujalla tieteellisellä perustalla. Tämän takia sotilassosiologiaa (sotilaspsykologian lisäksi) olisi tärkeää opettaa nykyistä enemmän kadeteille ja muille oppilasupseereille. – Kun sotilaspsykologia antaa tutkimusperusteista tietoa yksittäisen sotilaan käyttäytymisestä, olipa hän sitten miehistöön kuuluva tai johtaja, tutkii sotilassosiologia käyttäytymistä sotilasryhmissä ja eri kokoisissa organisaatioissa, jääkäriryhmistä, jääkärijoukkueista ja jaoksista alkaen. Toivottavasti tämä lähinnä kadeteille tarkoitettu suppea julkaisu voi antaa jonkinlaisen mielikuvan siitä, mihin kaikkeen sotilassosiologia puolustusvoimissa liittyy, ja mitä toistaiseksi käyttämättömiä soveltamismahdollisuuksia tämä esimerkiksi taktiikkaan verrattuna uusi sotatieteiden ala voi tulevaisuudessa vielä tarjota.

Sotilaspedagogiikka : professori Juha Mäkisen 50-vuotisjuhlakirja

Sotilaspedagogiikan juuret ulottuvat suomessa aina Maanpuolustuskorkeakoulun syntyajoille 1700-luvulle saakka. Tämä pitkä historia on monin tavoin aistittavissa. Sotilaspedagogiikan ala liittyy sotilaalliseen tutkimukseen, laajalti ihmistieteisiin ja yleiseen filosofis-kulttuuriseen keskusteluun. Tämä tekee sotilaspedagogiikasta erityisen kiehtovan, mutta samalla haastavan tutkimusalan. Sotilaspedagogiikka on kytkeytynyt ajankohtaiseen tieteelliseen ja kulttuuriseen keskusteluun, kuitenkin samalla pitänyt elävän yhteyden sekä tieteen historiaan että sotilaskulttuuriin. Tämä on tehnyt sotilaspedagogiikasta laajalti kiinnostavan tutkimusalan. Professori Juha Mäkinen täyttää 50 vuotta 16.10.2014. Juha on tehnyt vaativaa empiiris-tieteellistä ja syvällistä filosofis-käsitteellistä tutkimusta, mutta osallistunut myös ajankohtaiseen yhteiskunnalliseen keskusteluun. Tutkimuksissaan Juha on etsinyt tieteenalaa edistäviä kysymyksenasetteluja, hakenut aktiivisesti uusia yhteistyöaloja ja yhteiskunnalliseen keskusteluun osallistuessaan hän on pureutunut tärkeisiin ja usein myös vaikeisiin kantaaottaviin asioihin. Tämä on juuri sellaista työtä, jota sivistysyliopisto parhaimmillaan tuottaa: tarkkaa, syvällistä ja tiedeperustaisesti kantaaottavaa. Me kollegat, opiskelijat ja ystävät päätimme julistaa juhlapäivää tämän kirjan muodossa. On selvää, ettei ollut järkevää keskittää artikkeleiden teemoja vain Juhan omien tutkimusten teemoihin, vaan halusimme samalla tuoda esiin sotilaspedagogiikan laaja-alaisuuden. Tämä myös mahdollistaa tuoda esiin sitä verkostomaista tapaa tieteen tekemiseen, joka on ollut sotilaspedagogiikalle pitkään luontevaa. Lisäksi tämä on mahdollistanut tuoda esiin myös sotilaspedagogiikan yleisenä kantaaottavana ja subjektiivisenakin kulttuuritieteenä. Valintamme ei tee oikeutta Juhan oman työn esittelyn kannalta, mutta tuo esiin Juhan tavan tehdä tiedettä yhteistoiminnassa erilaisissa verkostoissa perinteitä kunnioittaen, mikä on pitänyt sotilaspedagogiikan syvällisenä kulttuuritieteenä. Toivotamme tämän kirjan muodossa sinulle Juha erinomaisen hyvää 50-vuotissyntymäpäivää ja menestystä tulevissa toimissasi.

Partial sequence and toxic effects of granulitoxin, a neurotoxic peptide from the sea anemone Bunodosoma granulifera

A neurotoxic peptide, granulitoxin (GRX), was isolated from the sea anemone Bunodosoma granulifera. The N-terminal amino acid sequence of GRX is AKTGILDSDGPTVAGNSLSGT and its molecular mass is 4958 Da by electrospray mass spectrometry. This sequence presents a partial degree of homology with other toxins from sea anemones such as Bunodosoma caissarum, Anthopleura fuscoviridis and Anemonia sulcata. However, important differences were found: the first six amino acids of the sequence are different, Arg-14 was replaced by Ala and no cysteine residues were present in the partial sequence, while two cysteine residues were present in the first 21 amino acids of other toxins described above. Purified GRX injected ip (800 µg/kg) into mice produced severe neurotoxic effects such as circular movements, aggressive behavior, dyspnea, tonic-clonic convulsion and death. The 2-h LD50 of GRX was 400 ± 83 µg/kg.

Effects of aluminum sulfate on delta-aminolevulinate dehydratase from kidney, brain, and liver of adult mice

The purpose of the present study was to investigate the in vitro and in vivo effects of aluminum sulfate on delta-aminolevulinic acid dehydratase (ALA-D) activity from the brain, liver and kidney of adult mice (Swiss albine). In vitro experiments showed that the aluminum sulfate concentration needed to inhibit the enzyme activity was 1.0-5.0 mM (N = 3) in brain, 4.0-5.0 mM (N = 3) in liver and 0.0-5.0 mM (N = 3) in kidney. The in vivo experiments were performed on three groups for one month: 1) control animals (N = 8); 2) animals treated with 1 g% (34 mM) sodium citrate (N = 8) and 3) animals treated with 1 g% (34 mM) sodium citrate plus 3.3 g% (49.5 mM) aluminum sulfate (N = 8). Exposure to aluminum sulfate in drinking water inhibited ALA-D activity in kidney (23.3 ± 3.7%, mean ± SEM, P<0.05 compared to control), but enhanced it in liver (31.2 ± 15.0%, mean ± SEM, P<0.05). The concentrations of aluminum in the brain, liver and kidney of adult mice were determined by graphite furnace atomic absorption spectrometry. The aluminum concentrations increased significantly in the liver (527 ± 3.9%, mean ± SEM, P<0.05) and kidney (283 ± 1.7%, mean ± SEM, P<0.05) but did not change in the brain of aluminum-exposed mice. One of the most important and striking observations was the increase in hepatic aluminum concentration in the mice treated only with 1 g% sodium citrate (34 mM) (217 ± 1.5%, mean ± SEM, P<0.05 compared to control). These results show that aluminum interferes with delta-aminolevulinate dehydratase activity in vitro and in vivo. The accumulation of this element was in the order: liver > kidney > brain. Furthermore, aluminum had only inhibitory properties in vitro, while in vivo it inhibited or stimulated the enzyme depending on the organ studied.

Informaatiopalveluiden muutosvoimat, muutokset ja liikkuvuusesteet

Tutkimuksessa kartoitettiin informaatiopalveluiden liiketoiminta-alueella Suomessa toimivien yritysten maantieteellisiä ja palvelukohtaisia strategisia valintoja ja näissä tapahtuneita muutoksia. Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää informaatiopalveluiden määritelmää ja strategisten ryhmien teoriaa apuna käyttäen mahdollisia muutoksia informaatiopalveluja Suomessa kuluttajille tarjoavien yritysten perinteisissä toimialoissa tutkimuksen kattamina vuosina 2007–2012. Edelleen tavoitteena oli kuvata yleisten muutosvoimien ja alaan vaikuttavien megatrendien sekä alalla havaittujen liikkuvuusesteiden avulla liiketoimintaympäristössä tapahtuneita muutoksia ja pyrkiä löytämään näihin muutoksiin vaikuttavia syitä. Yrityksiä analysoitiin vuosikertomusten perusteella ja tutkimusotteena käytettiin grounded theoryä. Informaatiopalveluilla tarkoitetaan tietotekniikka-, tietoliikenne-, kustannus- ja audiovisuaalisen toiminnan palveluja. Suoritettujen ryhmittelyjen perusteella pystyttiin havaitsemaan, että osa tutkittavista yrityksistä oli laajentanut toimintaansa perinteisten toimialarajojensa ulkopuolelle johonkin toiseen informaatiopalveluiden liiketoiminta-alueella olevaan toimialaan. Aineistosta ei muodostunut perinteisten toimialajaottelujen mukaisia yritysryhmiä. Suurimmat muutokset näyttivät tapahtuneen perinteisen tietoliikennepalveluiden toimialalla. Vuosikertomuksista tunnistettuja yritysten liiketoimintaympäristössä tapahtuneita muutoksia ja niihin vaikuttavia liikkuvuusesteitä ja muita palveluiden laajuuteen ja alueelliseen ulottuvuuteen vaikuttavia seikkoja ryhmiteltiin yhteiskuntasuhteiden kehikkoon kategorioihin: poliittiset ja lainsäädännölliset, teknologiset, sosiaaliset ja kulttuuriset, fyysiset, taloudelliset ja ekologiset tekijät. Muutosvoimista globalisaatio ja teknologinen kehitys vaikuttavat voimakkaasti ja muovaavat informaatiopalveluiden liiketoiminta-alueen yrityksiä. Internetin nopea kasvu, tiedon digitalisoituminen ja rajattoman, aina läsnä olevan viestinnän lisääntyminen ovat vaikuttaneet kuluttajien käyttäytymiseen luomalla ajasta ja paikasta riippumattoman viestimien ja palveluiden hyödyntämisen. Näiden mega-trendien vaikutus välittyy vuosikertomuksista. Juridiset ja poliittiset tekijät vaikuttavat voimakkaasti informaatiopalveluiden alueella eikä lainsäädäntö näytä vielä riittävästi tukevan innovatiivisia digitaalisia globaaleita palveluja vaan muodostaa liik-kuvuusesteitä. Kuluttajakäyttäytyminen muovaa markkinoita ja edistää teknologista kehitystä. Ala on ollut hyvin teknologiavetoinen, mutta vuosikertomusten perusteella olisi pääteltävissä, että asiakasnäkökulma on tutkimusvuosien aikana vahvistunut. Asiakaskäyttäytyminen ja siihen liittyvät tiedot tuovat tulevaisuudessa kilpailuetua.

Purification and partial characterization of Phaseolus vulgaris seed aminopeptidase

The aminopeptidase activity of Phaseolus vulgaris seeds was measured using L-Leu-p-nitroanilide and the L-aminoacyl-ß-naphthylamides of Leu, Ala, Arg and Met. A single peak of aminopeptidase activity on Leu-ß-naphthylamide was eluted at 750 µS after gradient elution chromatography on DEAE-cellulose of the supernatant of a crude seed extract. The effluent containing enzyme activity was applied to a Superdex 200 column and only one peak of aminopeptidase activity was obtained. SDS-polyacrylamide gel electrophoresis (10%) presented only one protein band with molecular mass of 31 kDa under reducing and nonreducing conditions. The aminopeptidase has an optimum pH of 7.0 for activity on all substrates tested and the highest Vmax/KM ratio for L-Leu-ß-naphthylamide. The enzyme activity was increased 40% by 0.15 M NaCl, inhibited 94% by 2.0 mM Zn2+, inhibited 91% by sodium p-hydroxymercuribenzoate and inhibited 45% by 0.7 mM o-phenanthroline and 30 µM EDTA. Mercaptoethanol (3.3 mM), dithioerythritol (1.7 mM), Ala, Arg, Leu and Met (70 µM), p-nitroaniline (0.25 mM) and ß-naphthylamine (0.53 mM) had no effect on enzyme activity when assayed with 0.56 mM of substrate. Bestatin (20 µM) inhibited 18% the enzyme activity. The aminopeptidase activity in the seeds decayed 50% after two months when stored at 4oC and room temperature. The enzyme is leucyl aminopeptidase metal- and thiol group-dependent.