Parameter estimation in the presence of auxiliary information

Dissertação para obtenção do Grau de Doutora em Estatística e Gestão de Risco, Especialidade em Estatística

Automatic information retrieval through text-mining

The dissertation presented for obtaining the Master’s Degree in Electrical Engineering and Computer Science, at Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

O erro na fase pré-analítica : amostras não conformes versus procedimentos

RESUMO: As Análises Clínicas são um precioso elemento entre os meios complementares de diagnóstico e terapêutica permitindo uma enorme panóplia de informações sobre o estado de saúde de determinado utente. O objetivo do laboratório é fornecer informação analítica sobre as amostras biológicas, sendo esta caracterizada pela sua fiabilidade, relevância e facultada em tempo útil. Assim, tratando-se de saúde, e mediante o propósito do laboratório, é notória a sua importância, bem como, a dos fatores associados para o cumprimento do mesmo. O bom desenrolar do ciclo laboratorial, compreendido pelas fases pré-analítica, analítica e pós-analítica é crucial para que o objetivo do laboratório seja cumprido com rigor e rapidez. O presente trabalho “O Erro na Fase Pré-Analítica: Amostras Não Conformes versus Procedimentos”, enquadrado no mestrado de Qualidade e Organização no Laboratório de Análises Clínicas, pretendeu enfatizar a importância da fase pré- analítica, sendo ela apontada como a primordial em erros que acabam por atrasar a saída de resultados ou por permitir que os mesmos não sejam fidedignos como se deseja, podendo acarretar falsos diagnósticos e decisões clínicas erradas. Esta fase, iniciada no pedido médico e finalizada com a chegada das amostras biológicas ao laboratório está entregue a uma diversidade de procedimentos que acarretam, por si só, uma grande diversidade de intervenientes, para além de uma variabilidade de factores que influenciam a amostra e seus resultados. Estes fatores, que podem alterar de algum modo a “veracidade” dos resultados analíticos, devem ser identificados e tidos em consideração para que estejamos convitos que os resultados auxiliam diagnósticos precisos e uma avaliação correta do estado do utente. As colheitas que por quaisquer divergências não originam amostras que cumpram o objectivo da sua recolha, não estando por isso em conformidade com o pretendido, constituem uma importante fonte de erro para esta fase pré-analítica. Neste estudo foram consultados os dados relativos a amostras de sangue e urina não conformes detetadas no laboratório, em estudo, durante o 1º trimestre de 2012, para permitir conhecer o tipo de falhas que acontecem e a sua frequência. Aos Técnicos de Análises Clínicas, colaboradores do laboratório, foi-lhes pedido que respondessem a um questionário sobre os seus procedimentos quotidianos e constituíssem, assim, a população desta 2ª parte do projeto. Preenchido e devolvido de forma anónima, este questionário pretendeu conhecer os procedimentos na tarefa de executar colheitas e, hipoteticamente, confrontá-los com as amostras não conformes verificadas. No 1ºsemestre de 2012 e num total de 25319 utentes registaram-se 146 colheitas que necessitaram de repetição por se verificarem não conformes. A “amostra não colhida” foi a não conformidade mais frequente (50%) versus a “má identificação” que registou somente 1 acontecimento. Houve ainda não conformidades que não se registaram como “preparação inadequada” e “amostra mal acondicionada”. Os técnicos revelaram-se profissionais competentes, conhecedores das tarefas a desempenhar e preocupados em executá-las com qualidade. Eliminar o erro não estará, seguramente, ao nosso alcance porém admitir a sua presença, detetá-lo e avaliar a sua frequência fará com que possamos diminuir a sua existência e melhorar a qualidade na fase pré-analítica, atribuindo-lhe a relevância que desempenha no processo laboratorial.-----------ABSTRACT:Clinical analyses are a precious element among diagnostic and therapeutic tests as they allow an enormous variety of information on the state of health of a user. The aim of the laboratory is to supply reliable, relevant and timely analytical information on biological samples. In health-related matters, in accordance with the objective of the laboratory, their importance is vital, as is the assurance that all the tools are in place for the fulfillment of its purpose. A good laboratory cycle, which includes the pre-analytical, analytical and post-analytical phases, is crucial in fulfilling the laboratory’s mission rapidly and efficiently. The present work - "Error in the pre-analytical phase: non-compliant samples versus procedures”, as part of the Master’s in Quality and Organization in the Clinical Analyses Laboratory, wishes to emphasize the importance of the pre-analytical phase, as the phase containing most errors which eventually lead to delays in the issue of results, or the one which enables those results not to be as reliable as desired, which can lead to false diagnosis and wrong clinical decisions. This phase, which starts with the medical request and ends with the arrival of the biological samples to the laboratory, entails a variety of procedures, which require the intervention of different players, not to mention a great number of factors, which influence the sample and the results. These factors, capable of somehow altering the “truth” of the analytical results, must be identified and taken into consideration so that we may ensure that the results help to make precise diagnoses and a correct evaluation of the user’s condition. Those collections which, due to any type of differences, do not originate samples capable of fulfilling their purpose, and are therefore not compliant with the objective, constitute an important source of error in this pre-analytical phase. In the present study, we consulted data from non-compliant blood and urine samples, detected at the laboratory during the 1st quarter of 2012, to find out the type of faults that happen and their frequency. The clinical analysis technicians working at the laboratory were asked to fill out a questionnaire regarding their daily procedures, forming in this way the population for this second part of the project. Completed and returned anonymously, this questionnaire intended to investigate the procedures for collections and, hypothetically, confront them with the verified non-compliant samples. In the first semester of 2012, and out of a total of 25319 users, 146 collections had to be repeated due to non-compliance. The “uncollected sample” was the most frequent non-compliance (>50%) versus “incorrect identification” which had only one occurrence. There were also unregistered non-compliance issues such as “inadequate preparation” and “inappropriately packaged sample”. The technicians proved to be competent professionals, with knowledge of the tasks they have to perform and eager to carry them out efficiently. We will certainly not be able to eliminate error, but recognizing its presence, detecting it and evaluating its frequency will help to decrease its occurrence and improve quality in the pre-analytical phase, giving it the relevance it has within the laboratory process.

Análise comparativa do impacto das ULS (Unidade Locais de Saúde) e dos ACeS (Agrupamentos de Centros de Saúde) no processo de articulação entre os cuidados de saúde primários e os cuidados de saúde hospitalares

RESUMO - Introdução: O presente trabalho, desenvolvido ao longo dos últimos meses, teve como objetivo analisar comparativamente o impacto das Unidades Locais de Saúde e dos Agrupamentos de Centros de Saúde no processo de articulação entre cuidados de saúde primários e hospitais. Para tal, foram avaliadas as seguintes variáveis: frequência de contacto entre médicos de família e especialistas; percentagem de informação de retorno recebida pelos médicos de família; percentagem de recusas recebida pelos médicos de família; e tempo de espera entre o pedido das consultas hospitalares e a efetivação das mesmas para as especialidades mais referenciadas. As instituições escolhidas para o estudo foram a Unidade Local de Saúde de Castelo Branco e o ACeS Cova da Beira. Metodologia: O instrumento de medida utilizado para este estudo foi um questionário, com questões de resposta aberta e fechada, dirigido a médicos de família da Unidade Local de Saúde de Castelo Branco e do ACeS Cova da Beira, pretendendo assim averiguar a perceção que os mesmos têm em relação às variáveis descritas no tópico da Introdução. Resultados: Segundo dados estatísticos, meramente descritivos, os médicos de família da ULSCB apresentaram uma frequência de contacto inferior aos médicos de família do ACeS com os médicos hospitalares, e a percentagem de informação de retorno recebida pelos médicos de família da ULSCB revelou ser também inferior à recebida pelos médicos de família do ACeS. No entanto, as diferenças encontradas não puderam ser confirmadas para a amostra existente, uma vez que o teste Qui-quadrado foi inconclusivo. Quanto à percentagem de recusas recebida pelos médicos de família de ambas as instituições, e aos tempos de espera para a realização das consultas das especialidades mais referenciadas pelo ACeS Cova da Beira e pela ULSCB, a ULSCB não mostrou desvantagem significativa, mas também não revelou superioridade. Conclusão: As principais conclusões extraídas deste estudo vão no sentido de questionar a eficácia do modelo de organização institucional das ULS | Unidades Locais de Saúde no que diz respeito à articulação entre cuidados de saúde primários e cuidados de saúde hospitalares, em particular, no que se refere à partilha de informação clínica e à eficiência do processo de referenciação para consultas hospitalares.

Improvisation in tightly controlled work environments: The case of medical practice

We present a qualitative analysis of organizational improvisation and provide a preliminary insight into the following question: how is improvisation present in tightly controlled work environments? We conducted in situ observations of, and interviews with, several emergency medical teams and complemented this information with statistical and media data. Using grounded theory, we developed four propositions that were arranged into a model that allowed the identification of two use levels of established routines: (1) the visible side that accommodates contextual requirements, and (2) the improvisational side that provides a response to activity characteristics. This dual process is related to the existence of pressures that operate at the institutional level with practical needs emerging from the operational domain. In contrast with most of the literature, this study reveals that the presence of a broad procedural organizational memory does not restrict improvisation but enables a bureaucratic system to produce flexible improvised performance.

The internationalization process of mychild to São Paulo, Brazil

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Automated Generation of Indoor Accessibility Information for Mobility-Impaired Individuals

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

How training evaluation can be used to potentiate employee development in an organization

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Case study - Herdade Vale da Rosa – The fruits of passion: The role of a positive entrepreneur vision in the success of an organization from a depressed sector and region

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Reconceptualising public spaces of (IN)equality: sensing and creating layers of visibility

Tese apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Doutor em Geografia e Planeamento Territorial - Especialidade: Geografia Humana

Suicide study : a psychological autopsy

RESUMO: O'suicídio'é'atualmente'um'problema'de'saúde'pública.'Estimarse'que'um'milhão'de'pessoas' morra'anualmente'devido'ao'suicídio.'De'acordo'com'diversas'agências'e'organizações'estimar 'que'ocorram'entre'20'a'40'tentativas'de'suicídio'por'cada'suicídio'consumado.'Os'custos'associados'ao'suicídio,'quer'humanos'quer'económicos'são'enormes'e'estendemrse'à'família,'emprego,'economia'e'finanças.'Os'números'oficiais'do'suicídio'em'Portugal'indicam'uma'taxa ligeiramente'acima'dos'10'por' cada'100'000'habitantes'mas' comportando' regiões'onde' são'observadas' taxas' muito' elevadas,' como' no' Sudoeste' de' Portugal' onde' se' observam particularmente taxas 3'vezes'acima'da'média'nacional.' Investigámos' o' fenómeno' com' os' objetivos' de' validar' a' técnica' de' autópsia' psicológica' em' contexto' comunitário' nunca' realizado' em' Portugal,' e' dar' um' contributo' para' uma' compreensão'mais'alargada'deste'problema'de'saúde'pública,'especialmente'nesta'região'de' Odemira.' A' autópsia' psicológica' consiste' em' reunir' detalhadamente' informação' sobre' a'personalidade' e' vida' de' alguém' que' morreu' em' circunstâncias' equívocas' (por' suicídio,' homicídio' ou' acidente)'recorrendo'ainda'a'registos'e'documentação,'bem'como'procedendo'a entrevistas' com' familiares,' colegas' ou' amigos.' Foi' feita' uma' adaptação' de' uma' entrevista' semirestruturada' para' o' efeito.' Foram' recrutados' 2' grupos' de' participantes:' um' grupo' de familiares de pessoas que cometeram'suicídio'(n=30)'e'um'grupo'de'familiares'de'pessoas'que morreram de causas' naturais' (n=24).' O' estudo' decorreu' em' 3' momentos' com' sessões' de' apresentação' (i),' sessões' de' preparação' (ii)' e' entrevistas' para' recolha' de' informação' e'monitorização.'' Os' principais' resultados'mostram' que' existiram' dificuldades' na' obtenção' da' informação' a'partir' dos' entrevistados,' a'maioria' dos' suicidas' eram'homens' acima' dos' 40' anos' de' idade,' afetados' por' lesões' graves' ou' doenças' graves' ' no' período' adulto' embora' apresentassem'condições' válidas' para' trabalhar,' reformados,' vivendo' em' família,' com' traços' de'personalidade' amargurados,' tristes' ou' pessimistas,' com' escassas' atividades' nos' tempos' de' lazer,' sem' problemas' somáticos' significativos' ou' perturbações'mentais' que' comunicaram' a intenção de morrer previamente'e'provenientes'de'famílias'sem'dificuldades'económicas'ou'relações'familiares'desadequadas.' Tendo'em'conta'a'literatura,'algumas'das'características'parecem'ser'muito'particulares'desta'população.'Aparentemente'o'suicídio'poderá'ter'implicações'genéticas'que'deveriam'ser'tidas'em'conta'em'futuras'investigações.' A'integração'da'saúde'mental'nos'cuidados'de'saúde'primários'afigurarse'urgente'tendo'em' conta' que' a' escassez' de' profissionais' de' saúde'mental' é' enorme' numa' parte' do' país' onde'ocorre' o'maior'número'de' suicídios.'Mudar'de'modelo'e'reorganizar'os' serviços'de' forma'a' poder' dar' uma' resposta' ao' défice' de' tratamento' de' saúde' mental' e' ter' em' conta' os' determinantes'sociais'da'saúde'para'fazer'face'ao'isolamento'é'fundamental.' ---------------ABSTRACT: Suicide' is,'nowadays,' a'public'health'problem.'A'million'dies' annually'by' suicide'worldwide.' According'to'several'agencies'and'organizations'an'estimation'of'20'to'40'suicide'attempts'is advanced for each complete' suicide. Associated'costs'to'suicide,'both'human'and'economic,'are' huge' and' spread' on' family,' jobs,' economy,' and' finances.' Official' available' figures' for' suicide' in' Portugal' indicate' a' rate' slightly' over' 10' for' each' 100' 000' inhabitants,' but' with'regions'where'one' can' actually' find'extremely'high' rates,' like' for' instance' in' the'Southwest' part' of' the' country,' where' are' regularly' found' rates' 3' times' higher,' when' compared' to'national'average.'' We' have' investigated' the' phenomenon' aiming' to' validate' the' technique' of' psychological'autopsy' in' a' community' context' never' explored' before' in' Portugal' and' to' contribute' for' a' wider' understanding' of' this' public' health' problem,' especially' in' this' region' of' Odemira.' Psychological'autopsy'consists'into'a'detailed'gathering'of'information'about'the'personality'and' life' of' someone' died' in' equivocal' circumstances' (suicide,' homicide,' accident),' registries and other'documentation'as'well'as'interviews'with'family'members,'corworkers'and'friends.' An' adaptation' of' a' semirstructured' interview' was' made.' Two' groups' of' participants' were'recruited: a'group of'relatives'of'people'committing'suicide'(n=30),'and'a'group'of'relatives'of'people' whose' death' was' after' natural' causes' (n=24).' Study' was'made' in' 3'moments' with'presentation'sessions;'(i)'preparation'sessions;'(ii)'interviewing'data'collection'and'monitoring' iii).'' Main'results'showed'difficulties'to'obtain'information'from'interviewees,'most'suicides'were' from males over 40 years old, affected'by'serious'illness'or'severe'injury'in'adulthood'but'valid'to'work,'retired,'living'in'family,'with'bitterness,'sad'or'pessimistic'as'personality'traits,'with'few' leisure' activities,' without' significant' health' somatic' problems' or' mental' disorders,'communicating'intention'to'die'previously,'coming'from'families'with'no'indication'of'financial'distress'or'inadequate'family'relationship.' Taking'into'account'the'literature'it'looks'like'some'features'seem'to'be'quiet'particular'from'this'population.'Apparently'one'might'say'that'suicide'could'have'genetic'implications'which'further'research'should'account'in'the'future.' Integration' of'mental' health' into' primary' care' is' urgent' once' the' scarcity' of'mental' health' professionals' is' enormous' in' a' part' of' the' country' where' most' suicides' occur.' Scaling' up services must go in order'to'address'to'treatment'gap'and'social'determinants'of'health'should'be'taken'into'account'to'face'isolation.' Results' show' that' the' profile' of' the' suicidal' in' the' region' of' Odemira' is' particular' and'implications' of' genetics' should' be' taken' into' account.' Moreover' much' can' be' done' in'organization' of' services' in' the' region' where' we' performed' the' present' study' in' order' to'address'to'treatment'gap'for'mental'disorders'and'to'the'social'determinants'of'health.

Diving into the depth of primary motor cortex: a high-resolution investigation of the motor system using 7Tesla fMRI

Dissertação para a obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Biomédica

The implementation of an Enterprise Geographical Information System to support Cadastre and Expropriation activities.

The processes of mobilization of land for infrastructures of public and private domain are developed according to proper legal frameworks and systematically confronted with the impoverished national situation as regards the cadastral identification and regularization, which leads to big inefficiencies, sometimes with very negative impact to the overall effectiveness. This project report describes Ferbritas Cadastre Information System (FBSIC) project and tools, which in conjunction with other applications, allow managing the entire life-cycle of Land Acquisition and Cadastre, including support to field activities with the integration of information collected in the field, the development of multi-criteria analysis information, monitoring all information in the exploration stage, and the automated generation of outputs. The benefits are evident at the level of operational efficiency, including tools that enable process integration and standardization of procedures, facilitate analysis and quality control and maximize performance in the acquisition, maintenance and management of registration information and expropriation (expropriation projects). Therefore, the implemented system achieves levels of robustness, comprehensiveness, openness, scalability and reliability suitable for a structural platform. The resultant solution, FBSIC, is a fit-for-purpose cadastre information system rooted in the field of railway infrastructures. FBSIC integrating nature of allows: to accomplish present needs and scale to meet future services; to collect, maintain, manage and share all information in one common platform, and transform it into knowledge; to relate with other platforms; to increase accuracy and productivity of business processes related with land property management.

A solution for estimates in software development projects

The Corporate world is becoming more and more competitive. This leads organisations to adapt to this reality, by adopting more efficient processes, which result in a decrease in cost as well as an increase of product quality. One of these processes consists in making proposals to clients, which necessarily include a cost estimation of the project. This estimation is the main focus of this project. In particular, one of the goals is to evaluate which estimation models fit the Altran Portugal software factory the most, the organization where the fieldwork of this thesis will be carried out. There is no broad agreement about which is the type of estimation model more suitable to be used in software projects. Concerning contexts where there is plenty of objective information available to be used as input to an estimation model, model-based methods usually yield better results than the expert judgment. However, what happens more frequently is not having this volume and quality of information, which has a negative impact in the model-based methods performance, favouring the usage of expert judgement. In practice, most organisations use expert judgment, making themselves dependent on the expert. A common problem found is that the performance of the expert’s estimation depends on his previous experience with identical projects. This means that when new types of projects arrive, the estimation will have an unpredictable accuracy. Moreover, different experts will make different estimates, based on their individual experience. As a result, the company will not directly attain a continuous growing knowledge about how the estimate should be carried. Estimation models depend on the input information collected from previous projects, the size of the project database and the resources available. Altran currently does not store the input information from previous projects in a systematic way. It has a small project database and a team of experts. Our work is targeted to companies that operate in similar contexts. We start by gathering information from the organisation in order to identify which estimation approaches can be applied considering the organization’s context. A gap analysis is used to understand what type of information the company would have to collect so that other approaches would become available. Based on our assessment, in our opinion, expert judgment is the most adequate approach for Altran Portugal, in the current context. We analysed past development and evolution projects from Altran Portugal and assessed their estimates. This resulted in the identification of common estimation deviations, errors, and patterns, which lead to the proposal of metrics to help estimators produce estimates leveraging past projects quantitative and qualitative information in a convenient way. This dissertation aims to contribute to more realistic estimates, by identifying shortcomings in the current estimation process and supporting the self-improvement of the process, by gathering as much relevant information as possible from each finished project.

Epidemiological pattern of leprosy in an endemic area of North-East Brazil, 1996-2005: the supporting role of a Nongovernmental Organization

In an endemic area of North-East Brazil (the town of Picos, State of Piauí), a nongovernmental organization (NGO) supported the activity against leprosy in connection with governmental health organizations and local agents. The indicators of leprosy elimination were compared over time (within Picos) and across space (Picos versus Piauí). The case detection rate, above 8 per 10,000 people in the last two years of observation, increased over time in Picos (p=0.010). This finding could be due to active detection activities rather than expanding endemicity, as suggested by the reduction in leprosy in children (p=0.053) and the decrease in the proportion of new cases with grade 2 disability (p<0.001). These indicators showed a more favorable time trend in the city than in the State, suggesting that NGO activity was supportive in the battle towards leprosy control.