Coevolution of restriction factors and retroviruses

Les virus exploitent la machinerie cellulaire de l'hôte pour se répliquer. Ils doivent s'adapter pour infecter la cellule hôte de manière optimale tout en échappant à la vigilance du système de défense de l'hôte. Ainsi l'hôte et les virus se livrent à de constantes batailles évolutives. Mon travail de thèse a porté sur l'étude des signatures évolutives de facteurs de l'hôte agissant comme des 'facteurs de restriction' en bloquant la réplication rétrovirale chez les primates. Plus spécifiquement, mon travail a visé à utiliser des données évolutives pour renseigner les analyses fonctionnelles et la biologie. Nous avons étudié le facteur anti-VIH-1 nommé TRIM5a (i) chez les prosimiens pour mieux comprendre son rôle dans le contrôle d'un lentivirus endogène, (ii) dans son activité contre d'autres anciennes infections représentées par des rétrovirus endogènes humains et (iii) en tant que protéine capable de générer des mutants de la capside. Premièrement nous nous sommes intéressés à TRIM5a chez deux espèces de lémuriens dont Microcebus murinus qui porte le lentivirus endogène PSIV dans son génome depuis plusieurs millions d'années,. Nous avons observé que TRIM5a chez M. murinus a un spectre d'activité antivirale réduit à l'opposé de TRIM5a chez le Lemur catta - non porteur du PSIV endogène - qui bloque une large variété de rétrovirus dont le PSIV. De ce fait TRIM5a aurait pu contribuer à protéger certaines espèces de lémuriens vis-à-vis d'anciennes infections par le PSIV. A l'inverse du PSIV, des virus dérivés des rétrovirus endogènes humains HERV-K and HERV-H se sont révélés largement résistants à l'inhibition par TRIM5a. Ces données illustrent une absence de protection par TRIM5a face à d'autres anciennes infections rétrovirales. Puis, pour évaluer l'impact de la protéine TRIM5a humaine sur le VIH-1, nous avons testé l'effet de mutations des résidues sous sélection positive dans la capside du VIH-1 sur l'inhibition par TRIM5a. Nos résultats montrent que TRIM5a ne jouerait pas un rôle significatif dans l'évolution de la capside du VIH-1. Enfin notre travail a porté sur le facteur anti-VIH-1 SAMHD1 récemment découvert, que nous avons séquencé chez 25 espèces de primates. L'analyse évolutive des sites sous sélection positive et des expériences fonctionnelles ont permis d'identifier le domaine de SAMHD1 interagissant avec la protéine lentivirale Vpx. De même que d'autres protéines virales contrecarrent les facteurs de restriction en les menant à la dégradation, nous avons observé que Vpx induit la dégradation de SAMHD1 de manière spécifique à l'espèce. Ces découvertes contribuent à comprendre comment les facteurs de restriction et les virus co-évoluent pour se neutraliser l'un l'autre. - Viruses hijack the host cellular machinery to replicate. They adapt to infect optimally host cells while escaping host defense systems. Viruses and the host coevolve in an evolutionary struggle. My thesis work has been devoted to study the evolutionary signatures of host factors acting as restriction factors that block retroviral replication in primates. Specifically, my work aimed at using evolutionary data to inform functional analyses and biology. We studied the anti-HIV-1 factor TRIM5a (i) in prosimians to better understand its possible role in the control of an endogenous lentivirus, (ii) in its activity against other ancient infections - as represented by HERVs, and (iii) as a protein capable of generating escape mutants in the viral capsid. First, my work focused on two lemur species, one of which was the gray mouse lemur that carries the endogenous lentivirus PSIV integrated in its genome for several million years. TRIM5a from gray mouse lemur exhibited a limited antiviral spectrum as opposed to TRIM5a from ring-tailed lemur - not a host of PSIV - that is able to block diverse retroviruses notably PSIV. These results support the possible contribution of TRIM5a in protecting lemur species from ancient infection by PSIV. In contrast, chimeric viruses derived from two human endogenous retroviruses were broadly resistant to TRIM5a-mediated restriction, suggesting TRIM5a lack of activity against other types of ancient infections. To evaluate the recent impact of human TRIM5a on HIV-1 evolution, we tested whether variants at positively selected sites in the HIV-1 capsid affected the ability of human TRIM5a alleles to restrict HIV-1. Our results indicate that TRIM5a does not play a significant role in the evolution of HIV1 capsid. At last, our work concentrated on the newly discovered anti-HIV-1 restriction factor SAMHD1. We determined its coding sequence in a panel of 25 species of primates. Evolutionary analyses of positively selected sites in SAMHD1 domains and functional assays identified the domain of SAMHD1 interacting with the lentiviral protein Vpx. Similar to other viral countermeasures targeting cellular restriction factors, Vpx was responsible of the degradation of SAMHD1 orthologs in a species-specific manner. These findings contributed to understanding how restriction factors and viruses evolve to counteract each other.

Molecular estimation of dispersal for ecology and population genetics

The dispersal process, by which individuals or other dispersing agents such as gametes or seeds move from birthplace to a new settlement locality, has important consequences for the dynamics of genes, individuals, and species. Many of the questions addressed by ecology and evolutionary biology require a good understanding of species' dispersal patterns. Much effort has thus been devoted to overcoming the difficulties associated with dispersal measurement. In this context, genetic tools have long been the focus of intensive research, providing a great variety of potential solutions to measuring dispersal. This methodological diversity is reviewed here to help (molecular) ecologists find their way toward dispersal inference and interpretation and to stimulate further developments.

Pervasive positive selection on duplicated and nonduplicated vertebrate protein coding genes.

A stringent branch-site codon model was used to detect positive selection in vertebrate evolution. We show that the test is robust to the large evolutionary distances involved. Positive selection was detected in 77% of 884 genes studied. Most positive selection concerns a few sites on a single branch of the phylogenetic tree: Between 0.9% and 4.7% of sites are affected by positive selection depending on the branches. No functional category was overrepresented among genes under positive selection. Surprisingly, whole genome duplication had no effect on the prevalence of positive selection, whether the fish-specific genome duplication or the two rounds at the origin of vertebrates. Thus positive selection has not been limited to a few gene classes, or to specific evolutionary events such as duplication, but has been pervasive during vertebrate evolution.

Passive Solar Building Design Using Genetic Programming

Passive solar building design is the process of designing a building while considering sunlight exposure for receiving heat in winter and rejecting heat in summer. The main goal of a passive solar building design is to remove or reduce the need of mechanical and electrical systems for cooling and heating, and therefore saving energy costs and reducing environmental impact. This research will use evolutionary computation to design passive solar buildings. Evolutionary design is used in many research projects to build 3D models for structures automatically. In this research, we use a mixture of split grammar and string-rewriting for generating new 3D structures. To evaluate energy costs, the EnergyPlus system is used. This is a comprehensive building energy simulation system, which will be used alongside the genetic programming system. In addition, genetic programming will also consider other design and geometry characteristics of the building as search objectives, for example, window placement, building shape, size, and complexity. In passive solar designs, reducing energy that is needed for cooling and heating are two objectives of interest. Experiments show that smaller buildings with no windows and skylights are the most energy efficient models. Window heat gain is another objective used to encourage models to have windows. In addition, window and volume based objectives are tried. To examine the impact of environment on designs, experiments are run on five different geographic locations. Also, both single floor models and multi-floor models are examined in this research. According to the experiments, solutions from the experiments were consistent with respect to materials, sizes, and appearance, and satisfied problem constraints in all instances.

Towards reverse engineering of Photosystem II: Synergistic Computational and Experimental Approaches

ABSTRACT Photosystem II (PSII) of oxygenic photosynthesis has the unique ability to photochemically oxidize water, extracting electrons from water to result in the evolution of oxygen gas while depositing these electrons to the rest of the photosynthetic machinery which in turn reduces CO2 to carbohydrate molecules acting as fuel for the cell. Unfortunately, native PSII is unstable and not suitable to be used in industrial applications. Consequently, there is a need to reverse-engineer the water oxidation photochemical reactions of PSII using solution-stable proteins. But what does it take to reverse-engineer PSII’s reactions? PSII has the pigment with the highest oxidation potential in nature known as P680. The high oxidation of P680 is in fact the driving force for water oxidation. P680 is made up of a chlorophyll a dimer embedded inside the relatively hydrophobic transmembrane environment of PSII. In this thesis, the electrostatic factors contributing to the high oxidation potential of P680 are described. PSII oxidizes water in a specialized metal cluster known as the Oxygen Evolving Complex (OEC). The pathways that water can take to enter the relatively hydrophobic region of PSII are described as well. A previous attempt to reverse engineer PSII’s reactions using the protein scaffold of E. coli’s Bacterioferritin (BFR) existed. The oxidation potential of the pigment used for the BFR ‘reaction centre’ was measured and the protein effects calculated in a similar fashion to how P680 potentials were calculated in PSII. The BFR-RC’s pigment oxidation potential was found to be 0.57 V, too low to oxidize water or tyrosine like PSII. We suggest that the observed tyrosine oxidation in BRF-RC could be driven by the ZnCe6 di-cation. In order to increase the efficiency of iii tyrosine oxidation, and ultimately oxidize water, the first potential of ZnCe6 would have to attain a value in excess of 0.8 V. The results were used to develop a second generation of BFR-RC using a high oxidation pigment. The hypervalent phosphorous porphyrin forms a radical pair that can be observed using Transient Electron Paramagnetic Resonance (TR-EPR). Finally, the results from this thesis are discussed in light of the development of solar fuel producing systems.

L'évolution de l'appui à la souveraineté du Québec: effets de la formulation de la question et effets de contexte.

Cette recherche étudie l'évolution de l'appui à la souveraineté du Québec entre 1976 et aujourd'hui, en considérant les diverses formulations de la question utilisées par les acteurs politiques et par les sondeurs. Cette question est abordée en faisant une analyse longitudinale multiniveaux de plus de 800 sondages. Une telle approche suggère que les caractéristiques des sondages sont nichées à l'intérieur d'unités contextuelles plus larges, des unités de temps. Cela permet d'une part d'observer quels sont les facteurs liés à la mesure qui influencent l'appui à la souveraineté du Québec et ensuite de voir comment ces mêmes effets varient à travers le temps et comment ils sont influencés par certains événements jugés importants. Il ressort de ces analyses que les propositions séparation, indépendance, souveraineté et souveraineté-association/partenariat entraînent généralement des appuis moyens significativement différents les uns des autres. Il apparaît aussi que certains événements ont eu une influence significative sur l'évolution de l'appui à ces diverses propositions. Enfin, il a été tenté de voir si les appuis propres à ces diverses propositions évoluaient de manière parallèle, s'ils réagissaient similairement aux différents événements considérés dans les analyses ou si au contraire ces appuis pouvaient parfois évoluer de manière différente. Les résultats à cet égard sont intéressants mais non concluants.

Lecture sociodémographique de l'évolution de la mortalité par suicide au Québec (1926-2004): la question de l'âge et des générations.

Depuis deux siècles, les transformations les plus remarquables du phénomène du suicide concernent la relation avec la variable âge. En effet, le suicide a longtemps progressé avec l'âge pour culminer à la vieillesse, mais le dernier quart de siècle au Québec a vu ce rapport modifié, suggérant qu'il s'agit désormais d'un phénomène de jeunes. Notre étude examine les tendances récentes de l'évolution de la mortalité par suicide au Québec du point de vue de l'âge, discute des effets respectifs possibles de l'âge, de la période et de la génération de 1926 à 2004 et offre des pistes d'interprétation sociologique. Nous présentons dans un premier temps les transformations de la société québécoise depuis 1930 ainsi qu'un bilan synthétique des connaissances sur le suicide au Québec par rapport aux tendances internationales, ceci du point de vue de différentes variables sociodémographiques. Notre étude rappelle ensuite les grandes théories et idées sur le suicide, de la littérature classique aux réflexions contemporaines. On y remarque que la variable âge est rarement au coeur de ces conceptions, mais plutôt en marge de celles-ci, médiatisées par d'autres variables sociales. Les résultats de notre analyse montrent la présence d'un net effet de génération dans l'évolution de la mortalité masculine due au suicide au Québec. Ce phénomène n'est pas présent chez les femmes. Les générations récentes adoptent toutefois un comportement différent de celles des baby-boomers et il sera intéressant de suivre leur trajectoire dans l'avenir.

La signification de l’expérience d’« être avec » la personne soignée et sa contribution à la réadaptation : la perception d’infirmières

De multiples auteurs de la discipline infirmière réclament la valeur inestimable de la relation de caring et de ses bienfaits pour la clientèle nécessitant des soins et services de réadaptation. En dépit de cette importance, la recherche concernant les bienfaits thérapeutiques de la relation de caring pour la clientèle de réadaptation demeure encore un domaine peu exploité. Actuellement, aucune étude scientifique québécoise, canadienne ou internationale, issue de la discipline infirmière, ne porte sur la compréhension de l’expérience d’« être avec » la personne soignée dans un contexte de réadaptation, aspect qui s’avère central à la relation de caring selon Watson. Au cœur même de la philosophie du Human Caring de Watson, la présente étude vise à explorer, par des entrevues qualitatives auprès de 17 infirmières oeuvrant en contexte de réadaptation, la signification de l’expérience d « être avec » la personne soignée, de même que leur perception de la contribution de cette expérience à la réadaptation de la personne soignée. Cinquante et une entrevues, c’est-à-dire trois entrevues réalisées pour chaque participant de recherche, ont été analysées à l’aide de la méthode phénoménologique intitulée « Relational Caring Inquiry » développée par Cara (1997). Le processus de recrutement des participants a impliqué la direction des soins infirmiers des deux centres de réadaptation ciblés par l’étude. Une attention particulière a été mise afin de favoriser une diversité de participants (par exemple : genre, niveau éducationnel, quart de travail, unité de soins). Le processus d’analyse des données a permis la découverte de cinq eidos-thèmes. Parmi ces eidos-thèmes, quatre se rapportent à la signification de l’expérience d’«être avec» la personne soignée (première question de recherche), à savoir : (a) l’importance des valeurs humanistes au centre du soin, (b) l’investissement de l’infirmière et de la personne soignée, (c) les dimensions réciproque et relationnelle du soin et, finalement, (d) l’expérience de soin irremplaçable d’une complexité contextuelle. De façon plus détaillée, le premier eidos-thème dévoile les fondements humanistes à la base de l’expérience d’« être avec » la personne soignée. Le deuxième manifeste l’implication substantielle de l’infirmière et de la personne soignée. Le troisième eidos-thème met en lumière la réciprocité et la dimension relationnelle comme étant des éléments centraux à l’expérience d’« être avec » la personne soignée. Le quatrième eidos-thème documente les natures fondamentale et complexe de cette expérience de soin unique, de même que les conditions contextuelles qui la facilitent et la contraignent. Le cinquième et dernier eidos-thème ayant émergé de la présente étude, « rehaussement de l’harmonie corps-âme-esprit chez la personne soignée et l’infirmière », illustre la perception des participantes quant à la contribution thérapeutique de l’expérience d’« être avec » la personne soignée à la réadaptation de cette dernière (deuxième question de recherche). Cette contribution se situe en termes de répondre aux besoins du patient, d’optimiser les progrès de réadaptation de la personne soignée, de promouvoir le niveau de bien-être de la personne soignée et de l’infirmière et, finalement, de hausser la croissance intérieure des personnes engagées dans cette expérience de soin extraordinaire. La reconnaissance des cinq eidos-thèmes a favorisé l’émergence de l’essence universelle du phénomène à l’étude qui s’intitule « la rencontre humaine profonde, thérapeutique et transformatrice ». La présente étude contribue de façon novatrice au développement des connaissances, notamment en permettant une meilleure compréhension de ce que signifie l’expérience d’« être avec » la personne soignée, pour des infirmières en réadaptation et en proposant une multitude de résultats probants pouvant servir de guide à la promulgation de soins infirmiers en contexte de réadaptation. En déterminant la signification ontologique de cette expérience de soin, la présente étude permet de préciser la place du phénomène d’« être avec » la personne soignée au centre de la théorie du caring. Ces résultats qui découlent de la deuxième question de recherche participent au développement initial d’un corpus de connaissances. Ces résultats probants serviront de guide au renouvellement de la pratique infirmière en contexte de réadaptation. De plus, en identifiant les bienfaits de cette expérience de soin, la présente étude reconnaît l’élément au cœur de la relation transpersonnelle de caring, qui contribue à rehausser l’harmonie corps-âme-esprit chez la personne soignée et l’infirmière. En plus de la clinique, des recommandations au niveau de la formation et de la recherche en sciences infirmières découlent de la présente étude.

Les théories de la complexité et la systémique en gouvernance clinique: le cas des soins intensifs chirurgicaux

Deux thématiques importantes des technologies de la santé: la pratique médicale fondée sur des preuves probantes et l’évaluation des interventions en médecine sont fondées sur une approche positiviste et une conception mécaniste des organisations en santé. Dans ce mémoire, nous soulevons l’hypothèse selon laquelle les théories de la complexité et la systémique permettent une conceptualisation différente de ces deux aspects de la gouvernance clinique d’une unité de Soins Intensifs Chirurgicaux (SIC), qui est considérée comme un système adaptatif dynamique non linéaire qui nécessite une approche systémique de la cognition. L’étude de cas d’une unité de SIC, permet de démontrer par de nombreux exemples et des analyses de micro-situations, toutes les caractéristiques de la complexité des patients critiques et instables et de la structure organisationnelle des SIC. Après une critique épistémologique de l’Evidence-Based Medicine nous proposons une pratique fondée sur des raisonnements cliniques alliant l’abduction, l’herméneutique et la systémique aux SIC. En nous inspirant des travaux de Karl Weick, nous suggérons aussi de repenser l’évaluation des modes d’interventions cliniques en s’inspirant de la notion d’organisation de haute fiabilité pour mettre en place les conditions nécessaires à l’amélioration des pratiques aux SIC.

Recherche qualitative des enjeux de la mise en lumière urbaine : création d’un modèle opératoire pour la conception des projets d’éclairage

Cette étude traite de la complexité des enjeux de la mise en lumière urbaine et de sa conception. Le but est de déceler les mécanismes opératoires du projet d’éclairage afin de générer une analyse et une compréhension de ce type d’aménagement. Cette recherche met à jour les enjeux lumineux à différents niveaux comme l’urbanisme, l’environnement, la culture, la communication, la vision et la perception mais aussi au niveau des acteurs et de leurs pratiques sur le terrain. En utilisant une approche qualitative déductive, cette recherche théorique cherche à mieux comprendre les différentes significations du phénomène lumineux : comment dans la réalité terrain ces enjeux de la lumière sont compris, interprétés et traduits au travers de la réalisation des projets et des processus mis en place pour répondre aux besoins d’éclairage ? La pertinence de cette recherche est de questionner les enjeux complexes de la mise en lumière afin de savoir comment concevoir un « bon éclairage ». Comment se déroule un projet d’éclairage de sa conception à sa réalisation ? Quels sont les différents acteurs, leurs modes d’intervention et leurs perceptions du projet d’éclairage ? Le but est de vérifier comment ces enjeux se concrétisent sur le terrain, notamment au travers de l’activité et de l’interprétation des professionnels. Nous souhaitons créer un modèle opératoire qui rende compte des enjeux et du processus de ce type de projet. Modèle qui servira alors de repère pour la compréhension des mécanismes à l’œuvre comme le contexte, les acteurs, les moyens et les finalités des projets. Une étude des recherches théoriques nous permettra de comprendre la polysémie du phénomène lumineux afin d’en déceler la complexité des enjeux et de créer une première interprétation de ce type de projet. Nous déterminerons théoriquement ce que recouvre la notion de « bon éclairage » qui nous permettra de créer une grille analytique pour comparer notre approche avec la réalité sur le terrain. Ces recherches seront ensuite confrontées au recueil des données des études de cas, des stages en urbanisme et en conception lumière, et des interviews de professionnels dans le domaine. Nous confronterons les enjeux définis théoriquement aux collectes de données issues du terrain. Ces données seront collectées à partir de projets réalisés avec les professionnels durant la recherche immersive. La recherche-action nous permettra de collaborer avec les professionnels pour comprendre comment ils sélectionnent, déterminent et répondent aux enjeux des projets d’éclairage. Nous verrons grâce aux entretiens semi-dirigés comment les acteurs perçoivent leurs propres activités et nous interprèterons les données à l’aide de la « théorisation ancrée » pour dégager le sens de leurs discours. Nous analyserons alors les résultats de ces données de manière interprétative afin de déterminer les points convergeant et divergent entre les enjeux théoriques définis en amont et les enjeux définis en aval par la recherche-terrain. Cette comparaison nous permettra de créer une interprétation des enjeux de la mise en lumière urbaine dans toutes leurs complexités, à la fois du point de vue théorique et pratique. Cette recherche qualitative et complexe s’appuie sur une combinaison entre une étude phénoménologique et les méthodologies proposées par la « théorisation ancrée ». Nous procéderons à une combinaison de données issues de la pratique terrain et de la perception de cette pratique par les acteurs de l’éclairage. La recherche d’un « bon éclairage » envisage donc par une nouvelle compréhension l’amélioration des outils de réflexion et des actions des professionnels. En termes de résultat nous souhaitons créer un modèle opératoire de la mise en lumière qui définirait quels sont les différents éléments constitutifs de ces projets, leurs rôles et les relations qu’ils entretiennent entre eux. Modèle qui mettra en relief les éléments qui déterminent la qualité du projet d’éclairage et qui permettra de fournir un outil de compréhension. La contribution de ce travail de recherche est alors de fournir par cette nouvelle compréhension un repère méthodologique et analytique aux professionnels de l’éclairage mais aussi de faire émerger l’importance du phénomène de mise en lumière en suscitant de nouveaux questionnements auprès des activités liées au design industriel, à l’architecture et à l’urbanisme.

Étude du polymorphisme du gène majeur d’histocompatibilité de classe IIb (MHIIb) chez l’omble de fontaine (Salvelinus fontinalis)

Les molécules classiques du complexe majeur d’histocompatibilité de classe II (CMHII) sont des glycoprotéines de surface spécialisées dans la présentation de peptides, principalement dérivés de pathogènes extracellulaires, aux récepteurs des lymphocytes T CD4+ afin d’initier la réponse immunitaire adaptative. Elles sont encodées, avec celles du CMH de classe I, par les gènes les plus polymorphiques identifiés jusqu’à maintenant, avec plusieurs loci et une grande diversité allélique à chacun d’eux. De plus, le polymorphisme des gènes du CMHII n’est pas limité qu’aux séquences codantes. Il est également observé dans les promoteurs où on a démontré ses effets sur le niveau d’expression des gènes. La variation de la régulation d’un gène est considérée comme un facteur important et pour laquelle des modifications morphologiques, physiologiques et comportementales sont observées chez tous les organismes. Des séquences d’ADN répétées impliquées dans cette régulation ont été identifiées dans les régions non-codantes des génomes. D’un autre côté, la sélection par les pathogènes permettrait l’évolution et le maintien du polymorphisme des gènes du CMH chez les vertébrés. À ce sujet, plusieurs études ont montré l’implication de différents allèles du CMH dans la résistance ou la susceptibilité aux maladies. Cette étude avait pour objectifs de caractériser le polymorphisme du gène MHIIb chez l’omble de fontaine (Salvelinus fontinalis) et de documenter ses effets au niveau de la survie conférée par des allèles et/ou génotypes particuliers lors d’une infection, ainsi que sur la variation du niveau d’expression du gène dans différentes conditions. Dans une première partie, nous avons identifié un total de 6 allèles du gène MHIIb, désignés Safo-DAB*0101 à Safo-DAB*0601, qui montrent une grande similarité avec les séquences codantes provenant de poissons téléostéens et de l’humain. L’analyse des séquences du domaine b1 a permis de détecter l’effet d’une pression sélective positive pour maintenir le polymorphisme dans cette région de la molécule. Quatre de ces allèles ont été testés lors d’une expérience d’infection avec le pathogène Aeromonas salmonicida afin d’évaluer l’effet qu’ils pouvaient avoir sur la survie des poissons. Nous avons trouvé que l’allèle DAB*0101 était significativement associé à la résistance à la furonculose. En plus d’avoir été identifié chez les individus homozygotes pour cet allèle, l’effet a également été remarqué au niveau de la survie les poissons de génotype DAB*0101/*0201. À l’opposé, les facteurs de risque élevé obtenus pour les génotypes DAB*0201/*0301 et DAB*0301/*0401 suggèrent plutôt une association à la susceptibilité. Étant donné la faible fréquence à laquelle l’allèle DAB*0101 a été retrouvé dans la population, le modèle de la sélection dépendante de la fréquence pourrait expliquer l’avantage conféré par ce dernier et souligne l’importance de ce mécanisme pour le maintien du polymorphisme du gène MHIIb chez l’omble de fontaine. Dans une seconde partie, nous avons rapporté la présence d’un minisatellite polymorphique formé d’un motif de 32 nucléotides dans le second intron du gène MHIIb, et pour lequel un nombre exclusif de répétitions du motif a été associé à chaque allèle (69, 27, 20, 40, 19 et 25 répétitions pour les allèles DAB*0101 à DAB*0601 respectivement). L’expression relative de quatre allèles a été évaluée dans des poissons hétérozygotes aux températures de 6 ºC et 18 ºC. Les résultats indiquent que les allèles possédant un long minisatellite montrent une réduction de l’expression du gène d’un facteur 1,67 à 2,56 par rapport aux allèles qui en contiennent un court. De même, des allèles qui incluent des minisatellites de tailles similaires n’affichent pas de différence significative au niveau de l’abondance du transcrit aux deux températures. De plus, l’effet répressif associé aux longs minisatellites est amplifié à la température de 18 ºC dans des poissons de trois génotypes différents. Nous avons finalement observé une augmentation significative par un facteur 2,08 de l’expression totale du gène MHIIb à la température de 6 ºC. Ces résultats appuient l’implication des séquences d’ADN répétées dans la régulation de l’activité transcriptionnelle d’un gène et suggèrent qu’un minisatellite sensible aux différences de températures pourrait être soumis aux forces sélectives et jouer un rôle important dans l’expression de gènes et l’évolution des organismes poïkilothermes.

L'évolution de l'éthique des affaires aux États-Unis (1961-2002): la théorie institutionnelle en action

En dépit de toute l'histoire philosophique et théologique qui a relié l'éthique à l'économie, l'éthique des affaires comme champ de recherche est véritablement né aux États-Unis à la fin des années 1960. Nous avons identifié trois périodes dans l'évolution de l'éthique des affaires aux États-Unis: (1) les prolégomènes d'un intérêt porté à l'éthique dans le milieu des affaires américain (1961-1976); (2) l'effervescence d'une préoccupation éthique dans les grandes entreprises américaines (1977-1990); (3) l'instrumentalisation de l'éthique supportée par l'appareil gouvernemental (1991-2002). À travers ces trois périodes, nous ferons ressortir l'apport des recherches les plus marquantes en éthique des affaires, qu'elles aient adopté une perspective descriptive, normative ou analytique.

Moyens informatiques de restitution en archéologie monumentale : cas du temple de Karnak

L’objectif de notre recherche est l’exploration et l’étude de la question de l’instrumentation informatique des projets de reconstitution archéologiques en architecture monumentale dans le but de proposer de nouveaux moyens. La recherche a pour point de départ une question, à savoir : « Comment, et avec quels moyens informatiques, les projets de reconstitution architecturale pourraient-ils être menés en archéologie? ». Cette question a nécessité, en premier lieu, une étude des différentes approches de restitution qui ont été mises à contribution pour des projets de reconstitution archéologiques, et ceci, à ses différentes phases. Il s’agit de comprendre l’évolution des différentes méthodologies d’approche (épistémologiquement) que les acteurs de ce domaine ont adoptées afin de mettre à contribution les technologies d’information et de communication (TIC) dans le domaine du patrimoine bâti. Cette étude nous a permis de dégager deux principales avenues: une première qui vise exclusivement la « représentation » des résultats des projets et une seconde qui vise la modélisation de ce processus dans le but d’assister l’archéologue dans les différentes phases du projet. Nous démontrons que c’est la deuxième approche qui permet la combinaison et met à la disposition des archéologues une meilleure exploitation des possibilités que l’outil informatique peut et pourra présenter. Cette partie permet de démontrer la nature systémique et complexe de la mise à contribution des TICs dans le domaine de la restitution archéologique. La multitude des acteurs, des conditions techniques, culturelles et autres, des moyens utilisés ainsi que la variété des objectifs envisagés dans les projets de reconstitution archéologiques poussent à explorer une nouvelle approche qui tient compte de cette complexité. Pour atteindre notre objectif de recherche, la poursuite de l’étude de la nature de la démarche archéologique s’impose. Il s’agit de comprendre les liens et les interrelations qui s’établissent entre les différentes unités techniques et intellectuelles en jeu ainsi que les différents modes de réflexions présents dans les projets de reconstitution archéologique du patrimoine bâti. Cette étude met en évidence le rapport direct entre le caractère subjectif de la démarche avec la grande variabilité des approches et des raisonnements mis en œuvre. La recherche est alors exploratoire et propositionnelle pour confronter notamment le caractère systémique et complexe de l’expérience concrète et à travers les publications savantes, les éléments de la réalité connaissable. L’étude des raisonnements archéologiques à travers les publications savantes nous permet de proposer une première typologie de raisonnements étudiés. Chacune de ces typologies reflète une méthodologie d’approche basée sur une organisation d’actions qui peut être consignée dans un ensemble de modules de raisonnements. Cette recherche fait ressortir, des phénomènes et des processus observés, un modèle qui représente les interrelations et les interactions ainsi que les produits spécifiques de ces liaisons complexes. Ce modèle témoigne d’un processus récursif, par essais et erreurs, au cours duquel l’acteur « expérimente » successivement, en fonction des objectifs de l’entreprise et à travers des modules de raisonnements choisis, plusieurs réponses aux questions qui se posent à lui, au titre de la définition du corpus, de la description, de la structuration, de l’interprétation et de la validation des résultats, jusqu’à ce que cette dernière lui paraisse satisfaire aux objectifs de départ. Le modèle établi est validé à travers l’étude de cas du VIIème pylône du temple de Karnak en Égypte. Les résultats obtenus montrent que les modules de raisonnements représentent une solution intéressante pour assister les archéologues dans les projets de reconstitution archéologiques. Ces modules offrent une multiplicité de combinaisons des actions et avantagent ainsi une diversité d’approches et de raisonnements pouvant être mis à contribution pour ces projets tout en maintenant la nature évolutive du système global.

Créer : le phénomène de la création en donnant la réplique à Antonin Artaud

Le phénomène de la création dans le cadre d’un discours sur la création – la production littéraire et artistique – ne va pas de soi. La tâche de le circonscrire comme un objet est antinomique : l’expérience du discours est en soi une création. Alors que le langage écrit semble au plus souvent «supprimer» l’auteur, le processus de création implique un «Je» créateur qui pense, qui se transforme, qui vit et dont la pensée s’imbrique à son objet qui, quant à lui, est «supprimé»; car il n’est pas extérieur à la pensée mais en relation avec elle. Ce travail, qui démontre le rapport complexe entre l’objet, la critique, le sujet et le commentaire, se penche donc sur l’«avant», le «pendant» et l’«après» de la création, dans un acte de mémoire, qui découle d’une performance littéraire sur la création. Des forces motrices informes et inconscientes, à la mise en forme jusqu’à la transmission, qui lui redonne un caractère d’informe, la création est en mouvement, comme le savoir est toujours prisonnier d’un «work in progress». Tributaire d’Antonin Artaud, le texte s’inscrit à partir de l’artiste en guise d’archétype existentiel, et s’y réfère constamment pour témoigner de la création sans la détacher de la vie et de ses expériences. Pour accéder au mystère du processus de création, lié à la pensée subjective, inobjectivable et irréductible au discours linéaire, ce travail met l’accent sur les associations de la pensée qui procède, exprimées par un «Je» exemplaire omniprésent, tatoué par l’expérience, mais à la position ambiguë à titre d’auteur. Processus de vie, de pensée et de création sont non seulement entremêlés, mais traversés par le champ du tout autre, historique, mondial et social, en perpétuelle évolution. Le rôle du créateur n’est pas de ne créer qu’à partir des connaissances extérieures à lui, mais à partir de lui-même – de son moi multiple et de sa pensée imprégnée de lectures et de ce qui le traverse et l’habite dans un temps donné – pour aboutir à la mise en forme d’un texte cohérent, d’une gravure particulière de l’esprit en marche vers le savoir, qui se situe toujours dans le devenir.