Expanding molecular modeling and design tools to non-natural sidechains.

Protein-protein interactions encode the wiring diagram of cellular signaling pathways and their deregulations underlie a variety of diseases, such as cancer. Inhibiting protein-protein interactions with peptide derivatives is a promising way to develop new biological and therapeutic tools. Here, we develop a general framework to computationally handle hundreds of non-natural amino acid sidechains and predict the effect of inserting them into peptides or proteins. We first generate all structural files (pdb and mol2), as well as parameters and topologies for standard molecular mechanics software (CHARMM and Gromacs). Accurate predictions of rotamer probabilities are provided using a novel combined knowledge and physics based strategy. Non-natural sidechains are useful to increase peptide ligand binding affinity. Our results obtained on non-natural mutants of a BCL9 peptide targeting beta-catenin show very good correlation between predicted and experimental binding free-energies, indicating that such predictions can be used to design new inhibitors. Data generated in this work, as well as PyMOL and UCSF Chimera plug-ins for user-friendly visualization of non-natural sidechains, are all available at http://www.swisssidechain.ch. Our results enable researchers to rapidly and efficiently work with hundreds of non-natural sidechains.

Genomewide association study using a high-density single nucleotide polymorphism array and case-control design identifies a novel essential hypertension susceptibility locus in the promoter region of endothelial NO synthase.

Essential hypertension is a multifactorial disorder and is the main risk factor for renal and cardiovascular complications. The research on the genetics of hypertension has been frustrated by the small predictive value of the discovered genetic variants. The HYPERGENES Project investigated associations between genetic variants and essential hypertension pursuing a 2-stage study by recruiting cases and controls from extensively characterized cohorts recruited over many years in different European regions. The discovery phase consisted of 1865 cases and 1750 controls genotyped with 1M Illumina array. Best hits were followed up in a validation panel of 1385 cases and 1246 controls that were genotyped with a custom array of 14 055 markers. We identified a new hypertension susceptibility locus (rs3918226) in the promoter region of the endothelial NO synthase gene (odds ratio: 1.54 [95% CI: 1.37-1.73]; combined P=2.58 · 10(-13)). A meta-analysis, using other in silico/de novo genotyping data for a total of 21 714 subjects, resulted in an overall odds ratio of 1.34 (95% CI: 1.25-1.44; P=1.032 · 10(-14)). The quantitative analysis on a population-based sample revealed an effect size of 1.91 (95% CI: 0.16-3.66) for systolic and 1.40 (95% CI: 0.25-2.55) for diastolic blood pressure. We identified in silico a potential binding site for ETS transcription factors directly next to rs3918226, suggesting a potential modulation of endothelial NO synthase expression. Biological evidence links endothelial NO synthase with hypertension, because it is a critical mediator of cardiovascular homeostasis and blood pressure control via vascular tone regulation. This finding supports the hypothesis that there may be a causal genetic variation at this locus.

iLOGP: A Simple, Robust, and Efficient Description of n-Octanol/Water Partition Coefficient for Drug Design Using the GB/SA Approach.

The n-octanol/water partition coefficient (log Po/w) is a key physicochemical parameter for drug discovery, design, and development. Here, we present a physics-based approach that shows a strong linear correlation between the computed solvation free energy in implicit solvents and the experimental log Po/w on a cleansed data set of more than 17,500 molecules. After internal validation by five-fold cross-validation and data randomization, the predictive power of the most interesting multiple linear model, based on two GB/SA parameters solely, was tested on two different external sets of molecules. On the Martel druglike test set, the predictive power of the best model (N = 706, r = 0.64, MAE = 1.18, and RMSE = 1.40) is similar to six well-established empirical methods. On the 17-drug test set, our model outperformed all compared empirical methodologies (N = 17, r = 0.94, MAE = 0.38, and RMSE = 0.52). The physical basis of our original GB/SA approach together with its predictive capacity, computational efficiency (1 to 2 s per molecule), and tridimensional molecular graphics capability lay the foundations for a promising predictor, the implicit log P method (iLOGP), to complement the portfolio of drug design tools developed and provided by the SIB Swiss Institute of Bioinformatics.

Iowa Client Assistance Program Annual Report 2008

Annual report for federal fiscal year 2008 submitted to the Rehabilitation Services Administration, Office of Special Education and Rehabilitative Services, U.S. Department of Education. This report is requied to be submitted each year by December 31th for the pervious fiscal year as part of the federal grant requirements for the Client Assistance Program grantee in each state. In Iowa, the Client Assistance Program is housed in the Division of Persons with Disabilities, Department of Human Rights and provides information and referral services and advocacy services as outlined under the Rehabilitation Act of 1973, as amended.

Design effect and interviewer effects: Evidence from the Spanish ESS3-2006 Data

In 2007 the first Quality Enhancement Meeting on sampling in the European SocialSurvey (ESS) took place. The discussion focused on design effects and inteviewereffects in face-to-face interviews. Following the recomendations of this meeting theSpanish ESS team studied the impact of interviewers as a new element in the designeffect in the response s variance using the information of the correspondent SampleDesign Data Files. Hierarchical multilevel and cross-classified multilevel analysis areconducted in order to estimate the amount of responses variation due to PSU and tointerviewers for different questions in the survey. Factor such as the age of theinterviewer, gender, workload, training and experience and respondent characteristicssuch as age, gender, renuance to participate and their possible interactions are alsoincluded in the analysis of some specific questions like trust in politicians and trustin legal system . Some recomendations related to future sampling designs and thecontents of the briefing sessions are derived from this initial research.

O Estereótipo na Publicidade em Cabo verde Estudo de Caso das Publicidades produzidas pela Design Comunicação e Imagem (DECO)

O presente trabalho monográfico intitulado “O estereótipo na publicidade em Cabo Verde – Estudo de Caso das Publicidades Produzida pela Design Comunicação e Imagem”, enquadra-se no âmbito do curso de licenciatura em Ciências da Comunicação, vertente Publicidade realizado pela universidade Jean Piaget de Cabo Verde. O presente trabalho visa apresentar as noções conceptuais do estereótipo e a sua dinâmica na publicidade e argumentar sobre alguns efeitos que este elemento pode promover no discurso publicitário. Assim, propôs-se como estudo de caso as publicidades criadas pela empresa DECO: O objectivo é, essencialmente, caracterizar a publicidade que se faz em Cabo Verde, verificando se os publicitários cabo-verdianos estão a explorar os recursos de que dispõem, designadamente os valores, os estilos de vida, estereótipos, etc., para chegar aos seus consumidores. Com a realização deste trabalho, chegou-se a conclusão que, o estereótipo faz parte da vida do homem para o bem ou para o mal. Sem a sua presença seria muito complicado perceber ou descodificar alguns fenómenos que acontecem na sociedade. O estereótipo ajuda na compreensão de informações que a primeira seria complexo de interpretar, tornando-a fácil.

Design of new promoters and of a dual-bioreporter based on cross-activation by the two regulatory proteins XylR and HbpR.

The HbpR protein is the sigma54-dependent transcription activator for 2-hydroxybiphenyl degradation in Pseudomonas azelaica. The ability of HbpR and XylR, which share 35% amino acid sequence identity, to cross-activate the PhbpC and Pu promoters was investigated by determining HbpR- or XylR-mediated luciferase expression and by DNA binding assays. XylR measurably activated the PhbpC promoter in the presence of the effector m-xylene, both in Escherichia coli and Pseudomonas putida. HbpR weakly stimulated the Pu promoter in E. coli but not in P. azelaica. Poor HbpR-dependent activation from Pu was caused by a weak binding to the operator region. To create promoters efficiently activated by both regulators, the HbpR binding sites on PhbpC were gradually changed into the XylR binding sites of Pu by site-directed mutagenesis. Inducible luciferase expression from mutated promoters was tested in E. coli on a two plasmid system, and from mono copy gene fusions in P. azelaica and P. putida. Some mutants were efficiently activated by both HbpR and XylR, showing that promoters can be created which are permissive for both regulators. Others achieved a higher XylR-dependent transcription than from Pu itself. Mutants were also obtained which displayed a tenfold lower uninduced expression level by HbpR than the wild-type PhbpC, while keeping the same maximal induction level. On the basis of these results, a dual-responsive bioreporter strain of P. azelaica was created, containing both XylR and HbpR, and activating luciferase expression from the same single promoter independently with m-xylene and 2-hydroxybiphenyl.

Dealing with clients' diversity in test situations: Client categorisations in psychologists' accounts of their practices

Reducing a test administration to standardised procedures reflects the test designers' standpoint. However, from the practitioners' standpoint, each client is unique. How do psychologists deal with both standardised test administration and clients' diversity? To answer this question, we interviewed 17 psychologists working in three public services for children and adolescents about their assessment practices. We analysed the numerous "client categorisations" they produced in their accounts. We found that they had shared perceptions about their clients' diversity, and reported various non-standard practices that complemented standardised test administration, but also differed from them or were even forbidden. They seem to experience a dilemma between: (a) prescribed and situated practices; (b) scientific and situated reliability; (c) commutative and distributive justice. For practitioners, dealing with clients' diversity this is a practical problem, halfway between a problem-solving task and a moral dilemma.

A double-quadrature radiofrequency coil design for proton-decoupled carbon-13 magnetic resonance spectroscopy in humans at 7T

Purpose Carbon-13 magnetic resonance spectroscopy (13C-MRS) is challenging because of the inherent low sensitivity of 13C detection and the need for radiofrequency transmission at the 1H frequency while receiving the 13C signal, the latter requiring electrical decoupling of the 13C and 1H radiofrequency channels. In this study, we added traps to the 13C coil to construct a quadrature-13C/quadrature-1H surface coil, with sufficient isolation between channels to allow simultaneous operation at both frequencies without compromise in coil performance. Methods Isolation between channels was evaluated on the bench by measuring all coupling parameters. The quadrature mode of the quadrature-13C coil was assessed using in vitro 23Na gradient echo images. The signal-to-noise ratio (SNR) was measured on the glycogen and glucose resonances by 13C-MRS in vitro, compared with that obtained with a linear-13C/quadrature-1H coil, and validated by 13C-MRS in vivo in the human calf at 7T. Results Isolation between channels was better than â^'30 dB. The 23Na gradient echo images indicate a region where the field is strongly circularly polarized. The quadrature coil provided an SNR enhancement over a linear coil of 1.4, in vitro and in vivo. Conclusion It is feasible to construct a double-quadrature 13C-1H surface coil for proton decoupled sensitivity enhanced 13C-NMR spectroscopy in humans at 7T. Magn Reson Med, 2014. © 2014 Wiley Periodicals, Inc.

Automatització d'un procés de fabricació de peces plàstiques

RESUM L'automatització s'utilitza des de fa molts anys, tot i que va començar a agafar la definició que coneixem actualment al voltant dels anys seixanta i setanta, moment en què es comencen a comercialitzar els primers PLC. A partir d'aquí, el seu creixement ha estat exponencial. En aquest sentit, la tecnologia ha anat avançant i ha augmentat els components que la forma, per això a hores d'ara encara no sabem fins on podrà arribar i què aconseguirà. Per a la indústria tot això ha significat l'automatització de processos que fins ara utilitzaven molt mà d'obra, reduint-la dràsticament. Una de les indústries que més s'ha beneficiat de tots aquests avenços ha estat la de l'automoció, concretament les seves grans línies de producció, automatitzades a uns nivells que fins fa poc temps eren impensables. Aquest projecte forma part d'aquesta indústria, no directament per a la construcció de l'automòbil, sinó indirectament, ja que l'empresa per a la qual s'ha fet l'automatització fabrica peces plàstiques per a automòbils. Concretament, unes peces amb uns injerts metàl•lics conductors que es munten a tots els vehicles i s'utilitzen per accionar els neteja vidres dels cotxes. Aquest fet implica que la fabricació i el disseny de la peça sigui curosament vigilat i controlat per al client final, amb uns controls de qualitat extremadament exigents. El funcionament del procés de fabricació es fa a partir d'unes peces de plàstic produïdes per una injectora que es fan passar per unes estacions automatitzades, cada una de les quals fa una acció concreta per aconseguir el muntatge final.

Gestió de pressupostos per a la construcció

En els últims anys el sector de la construcció ha experimentat un creixement exponencial. Aquest creixement ha repercutit sobre molts aspectes: des de la necessitat de tenir més personal a les obres, la implantació d’unes oficines per a poder gestionar la compatibilitat i portar un control sobre les obres fins a la necessitat d’haver de disposar de programes informàtics específics que ajudin a realitzar la feina de la manera més còmode i àgil possible. El projecte que s’ha dut a terme consisteix a cobrir una d’aquestes necessitats, que és la de la gestió dels pressupostos en les diferents obres que els constructors realitzen. Utilitza la base de dades de l’ITEC (institut de Tecnologia de la Construcció de Catalunya) sobre la qual treballen la immensa majoria dels arquitectes quan dissenyen les obres, però també permet entrar les pròpies dades que el constructor vulgui. L’usuari de l’aplicació podrà fer pressupostos per obres de nova construcció, reformes ... agrupant cada una d’elles per capítols. Aquests capítols els podem entendre com les diferents fases a dur a terme, per exemple: la construcció dels fonaments, l’aixecament de les parets o fer la teulada. Dins dels capítols hi trobem les partides, que és un conjunt de materials i hores de feina i maquinària per a dur a terme una part de l’obra, com per exemple seria fer un envà de separació entre habitacions. En aquest cas hi tindríem els diferents materials que necessitaríem, totxanes, morter; les hores de manobre necessàries per aixecar-la, el transport de tot el material fins a l’obra... Tots aquests paràmetres (materials, hores, transport...) s’anomenen articles i van inclosos a dins de les partides. Aquesta aplicació està dissenyada per funcionar en un entorn client/servidor, utilitzant com a servidor un Linux OpenSuse 10.2 i com a clients estacions de treball amb Windows XP, tot i que també podríem utilitzar d’altres versions dels sistemes operatius de Microsoft. L’entorn de desenvolupament utilitzat és el del llenguatge FDS , el qual ja porta integrat un gestor de fitxers que és el que es farà servir.

Projecte P.I.T.O.S (Projecte d'informació telefònica d'orientació al S.A.T)

JCM és una empresa dedicada al disseny de sistemes de control d’accés. Disposa d’uns equips elèctrics amb molts paràmetres configurables, així es poden utilitzar en molts tipus d’instal•lació. Aquets paràmetres són configurables pels clients. JCM, disposa d’un servei d’atenció telefònica (SAT), que intenta donar solucions a tots els problemes que puguin sorgir als clients. Sovint, no poden donar suport als dubtes dels clients per culpa de la poca informació que reben a través del client. L'objectiu del projecte és resoldre el problema de falta d'informació i mala comunicació per millorar la qualitat del servei que ofereix el SAT. La solució, no ha d’alterar el cost de producció del producte. S’ha de tenir en compte també que els equips poden estar instal•lats en qualsevol part del món i que només es poden utilitzar recursos de fàcil accés per tots els clients. Per complir amb aquests objectius, emetrem un missatge, a través del brunzidor del equip, amb la informació de configuració de l'equip. Aquest missatge viatjarà a través de la xarxa telefònica fins al SAT. Un cop allà, el descodificarem i n'enviarem les dades a un PC perquè pugui presentar les dades sobre la configuració de una forma clara pel SAT.

Implantació d'un sistema de gestió integrada: ISO 9001:00, ISO 14001:04 i OHSAS 18001:07, en un centre d'estètica i perruqueria

En aquests últims anys, són moltes les empreses que han optat per la utilització de sistemes de gestió normalitzats, per a garantir la rendibilitat i fiabilitat dels resultats de la implantació del sistema de gestió en qüestió. A la dècada dels 90 va ser quan la implantació de sistemes de gestió va començar a ser important en la majoria de sectors econòmics. L’evolució en els sistemes de gestió a trets generals va iniciar-se primerament en l’àmbit de la qualitat, seguidament en la gestió ambiental i en última instància en la prevenció de riscos laborals. Aquests tres tipus de sistemes de gestió, en els últims anys s’han anat integrant, de manera que s’han reduït els recursos i els esforços emprats en la gestió, millorant significativament l’eficàcia i l’eficiència d’aquests sistemes. L’objectiu principal que persegueix aquest projecte, és definir un sistema de gestió que permeti a l’empresa conduir les seves activitats de forma simplificada i ordenada, i que alhora faciliti la informació necessària per a corregir i millorar les activitats. Un altre objectiu que pretén aconseguir aquest projecte, és el de dissenyar un SGI que aprofiti les sinèrgies generades en els diferents àmbits de la pròpia empresa i fomenti les interaccions entre els diferents nivells de l’organització. En conseqüència, millorarà de forma important els fluxos d’informació dins de l’empresa minimitzant els esforços i la pèrdua d’informació. El mètode escollit per a la implantació del SGI, ha estat la Gestió per Processos, la qual es basa en la definició i seguiment dels processos de l’empresa, partint de les necessitats del client i acabant quan aquestes estan satisfetes. En conclusió, a la finalització del present projecte s’obtindrà un SGI, amb tots els processos de l’empresa definits i implantats, que doni compliment a les normes UNEEN-ISO 9001:00, UNE-EN-ISO 14001:04 i OHSAS 18001:07. Aquest SGI, que s’ha realitzat des d’un punt de vista documental i teòric, suposarà una millora de l’eficàcia operativa dels processos i una important millora competitiva de l’empresa.