Biochemical and functional characterization of the tumor suppressors BRCA1 and BAP1

L’ubiquitination est une modification post-traductionnelle qui joue un rôle majeur dans la régulation d’une multitude de processus cellulaires. Dans cette thèse, je discuterai de la caractérisation de deux protéines, BRCA1 et BAP1, soit deux suppresseurs de tumeurs fonctionnellement reliés. BRCA1, une ubiquitine ligase qui catalyse la liaison de l’ubiquitine à une protéine cible, est mutée dans les cancers du sein et de l'ovaire. Il est bien établi que cette protéine aide à maintenir la stabilité génomique suite à un bris double brin de l’ADN (BDB), et ce, à l’aide d’un mécanisme de réparation bien caractérisé appelé recombinaison homologue. Cependant, les mécanismes de régulation de BRCA1 suite à des stresses génotoxiques n’impliquant pas directement un BDB ne sont pas pleinement élucidés. Nous avons démontré que BRCA1 est régulée par dégradation protéasomale suite à une exposition des cellules à deux agents génotoxiques reconnus pour ne pas directement générer des BDBs, soit les rayons UV, qui provoquent la distorsion de l’hélice d’ADN, et le méthyle méthanesulfonate (MMS), qui entraîne l’alkylation de l’ADN. La dégradation de BRCA1 est réversible et indépendante des kinases associées à la voie des PI3 kinase, soit ATM, ATR et DNA-PK, protéines qui sont rapidement activées par les dommages à l’ADN. Nous proposons que la dégradation de BRCA1 prévienne son recrutement intempestif, ainsi que celui des facteurs qui lui sont associés, à des sites de dommages d’ADN qui ne sont pas des BDBs, et que cette régulation coordonne la réparation de l’ADN. L’enzyme de déubiquitination BAP1 a initialement été identifiée comme une protéine capable d’interagir avec BRCA1 et de réguler sa fonction. Elle est également connue pour sa capacité à se lier avec les protéines du groupe Polycomb, ASXL1 et ASXL2. Cependant, l’importance de ces interactions n’a toujours pas été établie. Nous avons démontré que BAP1 forme deux complexes protéiques mutuellement exclusifs avec ASXL1 et ASXL2. Ces interactions sont critiques pour la liaison de BAP1 à l’ubiquitine ainsi que pour la stimulation de son activité enzymatique envers l’histone H2A. Nous avons également identifié des mutations de BAP1 dérivées de cancers qui empêchent à la fois son interaction avec ASXL1 et AXSL2, et son activité de déubiquitinase, ce qui fournit un lien mécanistique direct entre la déubiquitination de H2A et la tumorigenèse. Élucider les mécanismes de régulation de BRCA1 et BAP1 menera à une meilleure compréhension de leurs rôles de suppresseurs de tumeurs, permettant ainsi d’établir de nouvelles stratégies de diagnostic et traitement du cancer.

Implications physiopathologiques de la Nestine lors du remodelage pulmonaire et cardiaque à la suite de l’infarctus du myocarde, du diabète et de l’hypertension pulmonaire

Il est reconnu que la protéine filamenteuse intermédiaire Nestine est exprimée lors du processus de cicatrisation et du remodelage fibrotique. De plus, nous avons identifié l’expression de la Nestine au sein de deux populations distinctes qui sont directement impliquées dans les réponses de fibroses réparative et réactive. Ainsi, une population de cellules souches neurales progénitrices résidentes du coeur de rat adulte exprime la Nestine et a été identifiée à titre de substrat de l’angiogenèse et de la neurogenèse cardiaque. Également, la Nestine est exprimée par les myofibroblastes cicatriciels cardiaques et il a été établi que la protéine filamenteuse intermédiaire joue un rôle dans la prolifération de ces cellules. Ainsi, l’objectif général de cette thèse était de mieux comprendre les évènements cellulaires impliqués dans la réponse neurogénique des cellules souches neurales progénitrices résidentes cardiaques Nestine(+) (CSNPRCN(+)) lors de la fibrose réparative cardiaque et d’explorer si l’apparition de fibroblastes Nestine(+) est associée avec la réponse de fibrose réactive secondaire du remodelage pulmonaire. Une première publication nous a permis d’établir qu’il existe une régulation à la hausse de l’expression de la GAP43 (growth associated protein 43) et que cet événement transitoire précède l’acquisition d’un phénotype neuronal par les CSNPRCN(+) lors du processus de cicatrisation cardiaque chez le rat ayant subi un infarctus du myocarde. De plus, la surimposition de la condition diabétique de type 1, via l’injection unique de Streptozotocine chez le rat, abolit la réponse neurogénique des CSNPRCN(+), qui est normalement induite à la suite de l’ischémie cardiaque ou de l’administration de 6-hydroxydopamine. Le second article a démontré que le développement aigu de la fibrose pulmonaire secondaire de l’infarctus du myocarde chez le rat est associé avec une augmentation de l’expression protéique de la Nestine et de l’apparition de myofibroblastes pulmonaires Nestine(+). Également, le traitement de fibroblastes pulmonaires avec des facteurs de croissances peptidiques pro-fibrotiques a augmenté l’expression de la Nestine par ces cellules. Enfin, le développement initial de la condition diabétique de type 1 chez le rat est associé avec une absence de fibrose réactive pulmonaire et à une réduction significative des niveaux protéiques et d’ARN messager de la Nestine pulmonaire. Finalement, la troisième étude représentait quant à elle un prolongement de la deuxième étude et a alors examiné le remodelage pulmonaire chronique chez un modèle établi d’hypertension pulmonaire. Ainsi, les poumons de rats adultes mâles soumis à l’hypoxie hypobarique durant 3 semaines présentent un remodelage vasculaire, une fibrose réactive et une augmentation des niveaux d’ARN messager et de la protéine Nestine. De plus, nos résultats ont démontré que la Nestine, plutôt que l’alpha-actine du muscle lisse, est un marqueur plus approprié des diverses populations de fibroblastes pulmonaires activés. Également, nos données suggèrent que les fibroblastes pulmonaires activés proviendraient en partie de fibroblastes résidents, ainsi que des processus de transition épithélio-mésenchymateuse et de transition endothélio-mésenchymateuse. Collectivement, ces études ont démontré que des populations distinctes de cellules Nestine(+) jouent un rôle majeur dans la fibrose réparative cardiaque et la fibrose réactive pulmonaire.

Dibutade 2.0 : la "femme-auteur" à l'ère du numérique

Prenant le parti d’étudier la culture numérique émergente selon des rapports de continuité plutôt que de rupture, cet article envisage la question de l’auctorialité féminine sur le web au regard du mythe antique de Dibutade. Il semble en effet que Dibutade, en sa qualité de figure fondatrice de nombreuses pratiques artistiques, nous permet de porter un éclairage tout à fait intéressant sur la façon dont certaines bloggeuses affirment leur statut de femme auteur, jouant rôle majeur et moteur dans l’émergence et la reconnaissance d’une littérature numérique (conçue en ligne, publiée en ligne). Les analyses conduites dans cet article entendent souligner le potentiel esthétique de certaines pratiques d’écriture en ligne souvent ignorées par les études littéraires : les profils Facebook, les blogues érotiques voire pornographiques.

Introduction

Ce que nous sommes, en tant qu’êtres humains et en tant que sociétés, est profondément façonné par les formes de production et de circulation du savoir : comprendre ces formes, être capable de les analyser et d’en repérer les enjeux, n’est pas qu’une question de compétences techniques ou disciplinaires, c’est en fait la clé pour avoir une prise sur notre monde. Le numérique a engendré une transformation profonde des modèles de production et de circulation des contenus que nous connaissons depuis le XVIIIe siècle. Le web, en particulier, a déterminé un bouleversement majeur du sens même des contenus : nous étions dans une économie de la rareté, nous sommes aujourd’hui dans une surabondance d’informations. [...]

Développement et utilisation de modèles in vitro et de données précliniques pour augmenter la prédictibilité de la perméabilité et du métabolisme intestinal chez l'humain

Tout médicament administré par la voie orale doit être absorbé sans être métabolisé par l’intestin et le foie pour atteindre la circulation systémique. Malgré son impact majeur sur l’effet de premier passage de plusieurs médicaments, le métabolisme intestinal est souvent négligé comparativement au métabolisme hépatique. L’objectif de ces travaux de maîtrise est donc d’utiliser, caractériser et développer différents outils in vitro et in vivo pour mieux comprendre et prédire l’impact du métabolisme intestinal sur l’effet de premier passage des médicaments comparé au métabolisme hépatique. Pour se faire, différents substrats d’enzymes du métabolisme ont été incubés dans des microsomes intestinaux et hépatiques et des différences entre la vitesse de métabolisme et les métabolites produits ont été démontrés. Afin de mieux comprendre l’impact de ces différences in vivo, des études mécanistiques chez des animaux canulés et traités avec des inhibiteurs enzymatiques ont été conduites avec le substrat métoprolol. Ces études ont démontré l’impact du métabolisme intestinal sur le premier passage du métoprolol. De plus, elles ont révélé l’effet sur la vidange gastrique du 1-aminobenzotriazole, un inhibiteur des cytochromes p450, évitant ainsi une mauvaise utilisation de cet outil dans le futur. Ces travaux de maîtrise ont permis d’améliorer les connaissances des différents outils in vitro et in vivo pour étudier le métabolisme intestinal tout en permettant de mieux comprendre les différences entre le rôle de l’intestin et du foie sur l’effet de premier passage.

Modularisation épistatique des loci à trait quantitatif associés à la pression artérielle et identification de gènes candidats pour l’hypertension

Problématique: L’hypertension artérielle essentielle, facteur de risque majeur dans le développement des maladies cardiovasculaires, est un trait multigénique complexe dont les connaissances sur le déterminisme génétique nécessitent d’être approfondies. De nombreux loci à trait quantitatif (QTLs); soit des gènes responsables de faire varier la pression artérielle (PA), ont été identifiés chez l’humain et le modèle animal. Cependant, le mystère plane encore sur la façon dont ces gènes fonctionnent ensemble pour réguler la PA. Hypothèse et objectif: Plutôt qu’une addition de QTLs ayant chacun une action infinitésimale sur la PA, une interaction épistatique entre les gènes serait responsable du phénotype hypertendu. Ainsi, l’étude de cette épistasie entre les gènes impliqués, directement ou indirectement, dans l’homéostasie de la PA nous permettrait d’explorer de nouvelles voies de régulation moléculaire en cause dans cette maladie. Méthodes: Via la réalisation de souches congéniques de rats, où un segment chromosomique provenant d’une souche receveuse hypertendue (Dahl Salt Sensitive, SS/Jr) est remplacé par son homologue provenant d’une souche donneuse normotendue (Lewis, LEW), des QTLs peuvent être mis en évidence. Dans ce contexte, la combinaison de QTLs via la création de doubles ou multiples congéniques constitue la première démonstration fonctionnelle des interactions intergéniques. Résultats: Vingt-sept combinaisons au total nous ont menés à l’appréciation d’une modularisation des QTLs. Ces derniers ont été catégorisés selon deux principaux modules épistatiques (EMs) où les QTLs appartenant à un même EM sont épistatiques entre eux et participent à une même voie régulatrice. Les EMs/cascades agissent alors en parallèle pour réguler la PA. Grâce à l’existence de QTLs ayant des effets opposés sur la PA, nous avons pu établir l’ordre hiérarchique entre trois paires de QTLs. Cependant, lorsque cette suite régulatrice ne peut être déterminée, d’autres approches sont nécessaires. Nos travaux nous ont mené à l’identification d’un QTL situé sur le chromosome 16 du rat (C16QTL), appartenant au EM1 et qui révélerait une nouvelle voie de l’homéostasie de la PA. Le gène retinoblastoma-associated protein 140 (Rap140)/family with sequence similarity 208 member A (Fam208a), présentant une mutation non synonyme entre SS/Jr et LEW est le gène candidat le plus plausible pour représenter C16QTL. Celui-ci code pour un facteur de transcription et semblerait influencer l’expression de Solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ system) member 12 (Slc7a12), spécifiquement et significativement sous exprimé dans les reins de la souche congénique portant C16QTL par rapport à la souche SS/Jr. Rap140/Fam208a agirait comme un inhibiteur de la transcription de Slc7a12 menant à une diminution de la pression chez Lewis. Conclusions: L’architecture complexe de la régulation de la PA se dévoile mettant en scène de nouveaux acteurs, pour la plupart inconnus pour leur implication dans la PA. L’étude de la nouvelle voie de signalisation Rap140/Fam208a - Slc7a12 nous permettra d’approfondir nos connaissances quant à l’homéostasie de la pression artérielle et de l’hypertension chez SS/Jr. À long terme, de nouveaux traitements anti-hypertenseurs, ciblant plus d’une voie de régulation à la fois, pourraient voir le jour.

Investigation du rôle de Myo9b dans la migration des interneurones GABAergiques corticaux

Les encéphalopathies épileptogènes sont des maladies graves de l’enfance associant une épilepsie, souvent réfractaire, et un retard de développement. Les mécanismes sous-tendant ces maladies sont peu connus. Cependant, nous postulons que ces épilepsies puissent être causées par une dysfonction du réseau inhibiteur. En effet, des défauts de migration ou de maturation des interneurones GABAergiques (INs) corticaux induisent l’épilepsie, tant chez l’humain que chez la souris. Dans le but d’étudier les causes génétiques des encéphalopathies épileptogènes sporadiques inexpliquées, le laboratoire de la Dre Rossignol a procédé au séquençage d’exome entier d’une cohorte d’enfants atteints. Cela a permis d’identifier, chez un patient, une nouvelle mutation de novo, possiblement pathogène, dans le gène MYO9b. MYO9b est impliqué dans la migration de cellules immunitaires et cancéreuses et est exprimée durant le développement cérébral. Nous émettons l’hypothèse voulant que MYO9b puisse être importante pour la migration des INs corticaux. Les résultats présentés dans ce mémoire démontrent que Myo9b est exprimé dès le stade embryonnaire par les progéniteurs des INs corticaux et que son expression se restreint aux INs dans le cortex mature. De plus, nous démontrons que la répression ex vivo de Myo9b sélectivement dans les INs au sein de tranches corticales organotypiques embryonnaires mène à des défauts morphologiques majeurs de ces cellules en migration. En effet, ces cellules présentent une morphologie multipolaire et des neurites rostraux plus longs et plus complexes. Ces changements morphologiques pourraient avoir un impact majeur sur la migration des INs et ainsi perturber le développement des réseaux inhibiteurs.

A Study of the Physical and Engineering Behaviour of Cochin Marine Clays

With the increase in population, housing and construction of various facilities have been a problem with urbanization. Having exhausted all the trouble free hand, man is nowon the lookout for techniques to improve areas which were originally considered uninhabitable. Thus this study is based on the nature and engineering behavior of soft clays covering long stretches of coastal line and methods to improve their geotechnical properties .The main aim of the present investigation is to study in detail the physical and engineering behavior of the marine clays of Cochin. While it is well known that the marine clays have been posing numerous problems to foundation engineers all along, the relevant literature reveals that no systematic and comprehensive study has been attempted to date. The: knowledge gained through the study is suitably used to improve these properties with appropriate additives.

Investigations on pathologies in higher spin field theories

The present thesis deals with the studies on certain aspects of pathological higher field theories .It brings to light some new abnormalities and new samples of abnormal theories and also puts forward a novel approach towards the construction of trouble free theories

Water Quality Variation, its Influence on Drinking Water Treatment and Remedial Measures - A Case Study of Peechi reservoir, Thrissur, Kerala

The Kerala Water Authority requested the School of Environmental Studies to carry out investigations on the mechanism of sporadic mobilization of iron and odour in the raw water drawn to the drinking water treatment plant. The currently used treatment process failed to remove iron completely. This led to problems in the filter and complaints of taste and colour due to iron in the finished water. The sporadic nature of the problem itself made the trouble shooting difficult. The problem was looked in from three points of view. 1. Influence of environmental (climatic) conditions on the dynamics of the relevant basin of the reservoir. 2. Influence of the physical dynamics on the physico — chemical quality of water. 3. Identification of cost-effective treatment processes to suit the existing plant. Since the problem emerged only during the post- monsoon to pre-monsoon months, a related problem was investigated, namely, influence of anions on the oxidation of Fe(II) in natural waters by air. This is presented in Part II of the dissertation.

An Effective Path Protection Method to Attain the Route Stability in MANET

With the increasing popularity of wireless network and its application, mobile ad-hoc networks (MANETS) emerged recently. MANET topology is highly dynamic in nature and nodes are highly mobile so that the rate of link failure is more in MANET. There is no central control over the nodes and the control is distributed among nodes and they can act as either router or source. MANTEs have been considered as isolated stand-alone network. Node can add or remove at any time and it is not infrastructure dependent. So at any time at any where the network can setup and a trouble free communication is possible. Due to more chances of link failures, collisions and transmission errors in MANET, the maintenance of network became costly. As per the study more frequent link failures became an important aspect of diminishing the performance of the network and also it is not predictable. The main objective of this paper is to study the route instability in AODV protocol and suggest a solution for improvement. This paper proposes a new approach to reduce the route failure by storing the alternate route in the intermediate nodes. In this algorithm intermediate nodes are also involved in the route discovery process. This reduces the route establishment overhead as well as the time to find the reroute when a link failure occurs.

El problema de la escritura en las relaciones entre filosofía y literatura : Lyotard, Bajtín y Derrida

El artículo examina las relaciones entre filosofía y literatura, partir de un examen de la noción de Archipiélago de Lyotard. Lyotard propone una comprensión del lenguaje como la multitud de las formas de constitución de los discursos. La obra literaria se toma como la posibilidad de la convivencia de la multitud de los discursos. Entonces se examinan las propuestas de Bajtín y Derrida, para mostrar cómo la filosofía se apropia del texto literario. Bajtín habla de una polifonía de la obra literaria, en la cual diversas voces confluyen al interior del texto. Derrida se apropia de esta polifonía, y su filosofía es una construcción de espacios para la convivencia de muchas y contradictorias escrituras al interior de sus obras. De esta forma, la literatura se entiende como una manera de habitar el lenguaje, que pretende abrirse hacia diferentes voces, diferentes otredades. La filosofía, al aproximarse a estas escrituras, se abre ella misma hacia la experiencia de un afuera en el que residen multitudes de otros.

Thanatos Empresarial : muerte empresarial en el sector minero causas y consecuencias

Este trabajo hace parte del proyecto de investigación de Thanatos Empresarial, el propósito del tema fue seleccionado con el fin de encontrar un factor o patrón común existente entre las empresas del sector minero colombiano, teniendo en cuenta aquellas que hayan sido liquidadas, estén cursando un proceso de liquidación obligatoria o aun estén desarrollando actividades. El trabajo fue dividido en tres partes principales. En la primera expresamos la problemática que cursa el país por la mortalidad prematura de empresas en el país, problemática que en lugar de disminuir sigue aumentando, pese a que desde hace más de cuatro décadas se han venido creando y modernizando leyes que buscan fomentar la creación de empresas sostenibles y de la misma manera ayudar a aquellas que se vean en la necesidad de entrar en un proceso de liquidación. La segunda parte de la investigación esta nutrida de datos recogidos por entidades, principalmente del estado, durante los últimos 15 años, por medio de los cuales se puede ver detalladamente las cifras de empresas que han venido entrando a procesos de liquidación, concordato, reorganización etc. y como pese a las leyes, muy pocas son las que logran sobrevivir a este proceso. Los resultados obtenidos mediante el análisis de estos datos corroboran de manera precisa esta premisa, las leyes existentes no están siendo suficientes para frenar la mortalidad de empresas en lo que respecta al sector minero nacional. Las empresas no toman decisiones por si solas, al mando de ellas están diferentes personas que como capitanes de un barco dirigen el rumbo de la misma, dependiendo de qué decisiones se tomen desde la dirección y la gerencia la empresa lograra recorrer el camino del éxito o del fracaso. Lamentablemente muchos de los emprendedores colombianos deciden dirigir su compañía sin buscar ayuda de algunos estamentos que fueron creados para ayudarlos y evitar la crisis de las empresas, tales como las cámaras de comercio, y por lo mismo debido a su inexperiencia o al abuso de toma de decisiones arriesgadas terminan por echar por la borda la empresa y poniendo en dificultades a todos los que de una u otra forma interactuaban con esta. Esta investigación cobra importancia cuando aquellas personas que desean crear empresa, buscan informarse con anterioridad sobre los problemas pueden cursar cuando entren en el mercado, encontrando en este trabajo una herramienta valiosísima en la gestión de la crisis la cual hace las veces de guía para evitar repetir el patrón que causa la muerte prematura de muchas empresas en el sector minero y en general en la economía Colombiana.

Using Problem Steps Recorder on Windows 7

Problem Steps Recorder is a standard piece of software on Windows 7 computers, which allows you to record a sequence of actions on your computer, along with screenshots. It can help ServiceLine diagnose any problems that you might be experiencing.

L’intervention en santé mentale au travail: Une lecture interactionniste

Les atteintes psychologiques au travail (épuisements, harcèlements, stress, violences) sont devenues un des sujets de préoccupation majeur de la prévention des risques professionnels. Outre la nécessité de connaître et décrire les secteurs et populations les plus exposés, ainsi que de caractériser les divers facteurs en cause, il apparaît tout aussi important de débattre des modalités théoriques et pratiques des interventions mises en oeuvre. Dans un langage accessible aux professionnels de terrain qu’interpellent cette difficile question de la santé mentale au travail, ce texte propose des pistes de réflexion, ceci du point de vue de la contribution croisée des individus et des organisations à l’origine des souffrances professionnelles observées.