BioSWR - Semantic Web services Registry for Bioinformatics

Article About the Authors Metrics Comments Related Content Abstract Introduction Functionality Implementation Discussion Acknowledgments Author Contributions References Reader Comments (0) Figures Abstract Despite of the variety of available Web services registries specially aimed at Life Sciences, their scope is usually restricted to a limited set of well-defined types of services. While dedicated registries are generally tied to a particular format, general-purpose ones are more adherent to standards and usually rely on Web Service Definition Language (WSDL). Although WSDL is quite flexible to support common Web services types, its lack of semantic expressiveness led to various initiatives to describe Web services via ontology languages. Nevertheless, WSDL 2.0 descriptions gained a standard representation based on Web Ontology Language (OWL). BioSWR is a novel Web services registry that provides standard Resource Description Framework (RDF) based Web services descriptions along with the traditional WSDL based ones. The registry provides Web-based interface for Web services registration, querying and annotation, and is also accessible programmatically via Representational State Transfer (REST) API or using a SPARQL Protocol and RDF Query Language. BioSWR server is located at http://inb.bsc.es/BioSWR/and its code is available at https://sourceforge.net/projects/bioswr/​under the LGPL license.

Peatlands and plantations in Sumatra, Indonesia : Complex realities for resource governance, rural development and climate change mitigation

Peatlands play a crucial role in Indonesia's economic development, and in its stated goal of reducing greenhouse gas emissions. Improved peatland management - including a national moratorium on the granting of any new conversion licenses - forms a cornerstone of Indonesia's climate change mitigation commitment. At the same time, rapid expansion of the plantation sector is driving wide-scale drainage and conversion of peat swamp ecosystems. The province of Riau, in central Sumatra, finds itself at the crossroads of these conflicting agendas. This essay presents a case study of three islands on Riau's east coast affected by industrial timber plantation concessions. It examines the divergent experiences, perceptions and responses of communities on the islands. A mix of dramatic protests, localised everyday actions and constructive dialogue has succeeded in delaying or perhaps halting one of the concessions, while negotiations and contestation with the other two continue. With the support of regional and national non-governmental organisations and local government, communities are pursuing alternative development strategies, including the cultivation of sago, which requires no peat drainage. While a powerful political economy of state and corporate actors shapes the contours of socio-environmental change, local social movements can alter trajectories of change, promoting incremental improvements and alternative pathways.

Interdependency management in universities: a case study

There remains uncertainty in scientific discussions regarding the governance of universities in new public management regimes in terms of who actually 'rules' in the university. Apparently, a strengthened management leadership is confronted with continuing elements of academic self-regulation and professional autonomy in knowledge production and diffusion. Organisational and academic rationales coexist in today's management of universities. This article endeavours to clarify some of the ambiguities pertaining to the coexistence of two authorities by demonstrating the working of 'interdependency management' that is taking place within universities. For this purpose, the authors have scrutinised research, teaching and recruitment policies in one Swiss university that is subject to such ambiguities. The study confirms existing research in that a command-and-control system is not applied. Policymaking in universities is instead based on a mix of negotiations in faculties that are taking place in the 'shadow of hierarchy', negotiated bargaining between faculties and leaders and occasional unilateral decisions of leaders. This mitigates latent conflicts between management and the academic community: strategic orientations of the university are generally accepted by the academic community while the academic community has influence on policy formulation and maintains defining powers over policy substance.

World Polarization in carbon emissions, potential conflict and groups: an updated revision

Typically, conflicts in world environmental negotiations are related, amongst other aspects, to the level of polarization of the countries in groups with conflicting interests. Given the predictable relationship between polarization and conflict, it would seem logical to evaluate the degree to which the distribution of countries – for example, in terms of their CO2 emissions per capita – would be structured through groups which in themselves are antagonistic, as well as their evolution over time. This paper takes the concept of polarization to explore this distribution for the period 1992-2010, looking at different analytic approaches related to the concept. Specifically, it makes a comparative evaluation of the results associated with endogenous multi-polarization measures (i.e. EGR and DER indices), exogenous measures (i.e. Z-K or multidimensional index) and strict bipolarization measures (i.e. Wolfson’s measure). Indeed, the interest lies not only in evaluating the global situation of polarization by comparing the different approaches and their temporal patterns, but also in examining the explanatory capacity of the different proxy groups used as a possible reference for designing global environmental policy from a group premise. JEL codes: D39; Q43; Q56. Key words: polarization; carbon emissions; conflict;

Comparison of differential gene expression to water stress among bacteria with relevant pollutant-degradation properties.

Resistance to semi-dry environments has been considered a crucial trait for superior growth and survival of strains used for bioaugmentation in contaminated soils. In order to compare water stress programmes, we analyse differential gene expression among three phylogenetically different strains capable of aromatic compound degradation: Arthrobacter chlorophenolicus A6, Sphingomonas wittichii RW1 and Pseudomonas veronii 1YdBTEX2. Standardized laboratory-induced water stress was imposed by shock exposure of liquid cultures to water potential decrease, induced either by addition of solutes (NaCl, solute stress) or by addition of polyethylene glycol (matric stress), both at absolute similar stress magnitudes and at those causing approximately similar decrease of growth rates. Genome-wide differential gene expression was recorded by micro-array hybridizations. Growth of P. veronii 1YdBTEX2 was the most sensitive to water potential decrease, followed by S. wittichii RW1 and A. chlorophenolicus A6. The number of genes differentially expressed under decreasing water potential was lowest for A. chlorophenolicus A6, increasing with increasing magnitude of the stress, followed by S. wittichii RW1 and P. veronii 1YdBTEX2. Gene inspection and gene ontology analysis under stress conditions causing similar growth rate reduction indicated that common reactions among the three strains included diminished expression of flagellar motility and increased expression of compatible solutes (which were strain-specific). Furthermore, a set of common genes with ill-defined function was found between all strains, including ABC transporters and aldehyde dehydrogenases, which may constitute a core conserved response to water stress. The data further suggest that stronger reduction of growth rate of P. veronii 1YdBTEX2 under water stress may be an indirect result of the response demanding heavy NADPH investment, rather than the presence or absence of a suitable stress defence mechanism per se.

A Formal Framework for Specifying, Reusing and Implementing Educational Settings. Second level

Peer-reviewed

A Virtual Laboratory Structure for Developing Programming Labs

Virtual Laboratories are an indispensablespace for developing practical activities in a Virtual Environment. In the field of Computer and Software Engineering different types of practical activities have tobe performed in order to obtain basic competences which are impossible to achieve by other means. This paper specifies an ontology for a general virtual laboratory.The proposed ontology provides a mechanism to select the best resources needed in a Virtual Laboratory once a specific practical activity has been defined and the maincompetences that students have to achieve in the learning process have been fixed. Furthermore, the proposed ontology can be used to develop an automatic and wizardtool that creates a Moodle Classroom using the practical activity specification and the related competences.

Towards personalization in digital libraries through ontologies

In this paper we describe a browsing and searching personalization system for digitallibraries based on the use of ontologies for describing the relationships between all theelements which take part in a digital library scenario of use. The main goal of thisproject is to help the users of a digital library to improve their experience of use bymeans of two complementary strategies: first, by maintaining a complete history recordof his or her browsing and searching activities, which is part of a navigational userprofile which includes preferences and all the aspects related to community involvement; and second, by reusing all the knowledge which has been extracted from previous usage from other users with similar profiles. This can be accomplished in terms of narrowing and focusing the search results and browsing options through the use of a recommendation system which organizes such results in the most appropriatemanner, using ontologies and concepts drawn from the semantic web field. The complete integration of the experience of use of a digital library in the learning process is also pursued. Both the usage and information organization can be also exploited to extract useful knowledge from the way users interact with a digital library, knowledge that can be used to improve several design aspects of the library, ranging from internal organization aspects to human factors and user interfaces. Although this project is still on an early development stage, it is possible to identify all the desired functionalities and requirements that are necessary to fully integrate the use of a digital library in an e-learning environment.

Conceptual Interpretation of LOM and its Mapping to Common Sense Ontologies

Peer-reviewed

Statistical Methods for Conservation and Alignment Quality in Proteins

Construction of multiple sequence alignments is a fundamental task in Bioinformatics. Multiple sequence alignments are used as a prerequisite in many Bioinformatics methods, and subsequently the quality of such methods can be critically dependent on the quality of the alignment. However, automatic construction of a multiple sequence alignment for a set of remotely related sequences does not always provide biologically relevant alignments.Therefore, there is a need for an objective approach for evaluating the quality of automatically aligned sequences. The profile hidden Markov model is a powerful approach in comparative genomics. In the profile hidden Markov model, the symbol probabilities are estimated at each conserved alignment position. This can increase the dimension of parameter space and cause an overfitting problem. These two research problems are both related to conservation. We have developed statistical measures for quantifying the conservation of multiple sequence alignments. Two types of methods are considered, those identifying conserved residues in an alignment position, and those calculating positional conservation scores. The positional conservation score was exploited in a statistical prediction model for assessing the quality of multiple sequence alignments. The residue conservation score was used as part of the emission probability estimation method proposed for profile hidden Markov models. The results of the predicted alignment quality score highly correlated with the correct alignment quality scores, indicating that our method is reliable for assessing the quality of any multiple sequence alignment. The comparison of the emission probability estimation method with the maximum likelihood method showed that the number of estimated parameters in the model was dramatically decreased, while the same level of accuracy was maintained. To conclude, we have shown that conservation can be successfully used in the statistical model for alignment quality assessment and in the estimation of emission probabilities in the profile hidden Markov models.

Liiketoimintastrategisten vaatimusten syntyminen ja niiden toteutumisen arviointi keskisuurten yritysten toiminnanohjausjärjestelmähankkeissa. Tapaustutkimus kolmesta teollisuusyrityksestä ja aineistolähtöinen teoria

Tietojärjestelmien strateginen kehittäminen on ollut niin liike-elämän kiinnostuksen kuin akateemisen tutkimuksenkin kohteena jo pitkään. Aihe on edelleen ajankohtainen, eikä ajankohtaisuus osoita laantumisen merkkejä. Valtaosa tutkimuksesta on kohdistunut suuryrityksiin ja jonkin verran pk-yrityksiin yhtenä ryhmänä. Tutkimus on kohdistunut aiheeseen tarkastelemalla onko tietojärjestelmien ja liiketoimintastrategian välillä yhteyttä, ja jos, onko sillä merkitystä yrityksen menestykselle. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli pureutua syvemmälle siihen tapaan, jolla yritys kytkee liiketoimintastrategiansa tietojärjestelmähankintaan. Kohdetietojärjestelmäksi tutkimuksessa valittiin toiminnanohjausjärjestelmät ja yrityskooksi keskisuuret yritykset. Toiminnanohjausjärjestelmän valintaa voidaan perustella sen kattavuudella yrityksen toiminnassa eri sidosryhmien suunnasta katsottaessa. Keskisuuret yritykset valittiin osittain sen vuoksi, koska niistä ei ole paljoakaan omaa tutkimusta, osittain sen vuoksi, että niiden luonne kehityspolun epäjatkumokohdassa haluttiin nostaa esille. Tutkimuksen empiirinen osa pohjautuu kolmeen tutkimustapaukseen, kolmen keskisuuren yrityksen toiminnanohjaushankkeeseen. Tapausyritysten liiketoiminta- ja ITjohtoa haastateltiin, ja lisäksi käytettiin kaikkea saataville ollutta kirjallista arkistoaineistoa. Tutkimuksen päämenetelmä oli Grounded Theory (GT). Tutkimustavassa ei, poiketen useista muista laadullisista tutkimustavoista, ole ennalta määrättyä viitekehystä, vaan tutkimus lähtee liikkeelle ns. puhtaalta pöydältä ilman esioletuksia luoden tutkimusprosessin kuluessa uutta teoriaa. Tutkimustavan etuna voidaan pitää ennakkoluulottomuutta. Aikaisemman tutkimuksen rooli tässä tutkimuksessa oli ensinnäkin kartoittaa tutkimusaluetta ja olla johdantona tutkimukselle, toisaalta tuloksia vertailtiin aikaisempaan tutkimukseen. Tutkimusaineisto analysoitiin tarkasti. Ensin aineisto käytiin läpi koodaamalla se aineistosta esille nousseiden käsitteiden alle. Seuraavaksi saatu tulos luokiteltiin aineistosta nousseisiin luokkiin sekä muodostettiin käsitteiden ja luokkien väliset yhteydet. Lopuksi muodostumassa oleva teoria konkretisoitiin 18 hypoteesin ja hypoteesit yhdistävän mallin avulla. Tutkimuksessa saatiin uutta tietoa siitä, miten vaatimusprosessi etenee ja miten keskisuuren yrityksen ominaispiirteet vaikuttavat vaatimusprosessiin. Lisäksi saatiin uutta tietoa siitä, mitkä ovat kriittisiä menestystekijöitä keskisuuren yrityksen toiminnanohjaushankkeessa. Keskisuuretyritykset näyttävät tämän tutkimuksen aineiston perusteella osaavan asettaa vaatimuksia toiminnanohjausjärjestelmälle liiketoimintastrategian, prosessikuvausten ja toiminnanohjausjärjestelmien tarjoamien mahdollisuuksien suunnista. Vaatimusten toteutumisenarviointi on keskisuurilla yrityksillä epäsystemaattista, kuten aikaisemmassa tutkimuksessa on todettu olevan myös suurilla yrityksillä. Resurssivaje vaikeuttaa toiminnanohjausjärjestelmän liiketoimintastrategisten vaatimusten toteutumista. Tutkimusaineiston perusteella voidaan päätellä, että keskisuurissa yrityksissä – huolimatta siitä, että niissä on olemassa prosessikuvaukset – ei ole varsinaista prosessiajattelua tai prosessijohtamista. Keskisuuret yritykset eivät tämän tutkimuksen aineiston perusteella näytä muodostavan poikkeusta, vaan mittariston käyttö on epäkypsää, eikä mittaristoa pystytä hyödyntämään tietojärjestelmähankkeen tukena. Tulosten pohjalta voidaan arvioida, että strategisen johtamisen komponentit ovat keskisuuressa yrityksessä toisistaan irrallisia. Vaikka toiminnanohjaushankkeen vaatimuksia asetettaessa liiketoimintastrategia on vahvasti mukana, jää vaatimuksenasettelu karkealle tasolle, eikä konkretisoidu prosesseihin ja mittarointiin. Sen seurauksena toiminnanohjausjärjestelmästä ei saada kaikkea sitä hyötyä ja tukea liiketoimintastrategialle, mikä olisi mahdollista. Tutkimuksessa tuli myös esille resurssi- ja osaamispuutteen haittavaikutuksia keskisuurten yritysten toiminnanohjaushankkeiden vaatimusprosessissa. Puutteet yhdistettynä hajallaan oleviin strategisen johtamisen komponentteihin muodostavat yhdessä vaikean lähtökohdan strategiselle toiminnanohjaushankkeelle.

Ontologia de LinkedIn : El primer pas per inferir informació a partir de les ofertes de feina

Amb aquest treball de final de carrera de la titulació d'enginyeria tècnica en informàtica de gestió es pretén fer una primera aproximació al món de l'anàlisi semàntic de webs. Consisteix, per una banda, en la creació d'una ontologia per emmagatzemar informació provinent de la web de LinkedIn de manera que després pugui ser analitzada i permeti filtrar les dades de manera pràctica evitant l'excés d'informació no útil. Per altra banda, el treball inclou el desenvolupament d'una aplicació per a l'obtenció de la informació de la web de LinkedIn de manera automàtica, i un mètode per a la importació a l'ontologia creada.

Ontologia del LinkedIn : Primer pas per inferir informació a partir de les ofertes de feina

El cas que ens ocupa és la xarxa social LinkedIn. La quantitat d'ofertes i demandes de feina fan a vegades difícil extreure'n la informació necessària. Es vol crear una ontologia per tal de nodrir les dades presents en la web LinkedIn amb informació semàntica. Mitjançant el programari Protégé es pretén crear aquesta ontologia i, mitjançant les API que ofereix LinkedIn, un mitjà per inferir informació respecte a les ofertes i demandes de feina.

Mekaanisen kunnossapidon palvelutuotekehitys

Teollisuuden kunnossapitoa on Suomessa perinteisesti hoidettu tehtaiden omien kunnossapito-organisaatioiden toimesta. Globaalin kilpailutilanteen vuoksi tehtaat ovat pyrkineet vähentämään kustannuksiaan vastatakseen kilpailuun. Kunnossapidon osalta tämä on tarkoittanut muun muassa tehtaiden omien kunnossapito-organisaatioiden pienentämistä ja samalla tehtaiden ulkopuolisen työvoiman käytön lisäämistä. Kilpailu kunnossapitotöistä alihankkijoiden kesken on kiivasta. Perinteisellä tuntiperusteisella laskutusmenetelmällä toimittaessa erottautuminen kilpailijoista muulla, kuin hinnalla, on monesti vaikeaa. Lisäksi kiivas hintakilpailu ei ole pitkällä aikavälillä asiakkaidenkaan etu, sillä osa toimittajista voi kaatua jättäen suuremman markkinaosuuden ja täten suuremman neuvotteluvallan pienemmälle ryhmälle. Kunnossapitotöiden organisoimisessa päästään parempaan tulokseen tuotteistamalla kunnossapitopalveluja palvelupaketeiksi. Palvelupaketti sisältää ennalta sovitun palvelukokonaisuuden ennalta sovittuun hintaa sopimusajaksi.