Highlights in Analytical Chemistry in Switzerland: OMA & OPA - A Software Tool for Mass Spectrometric Sequencing of Nucleic Acids

Oligonucleotides comprising unnatural building blocks, which interfere with the translation machinery, have gained increased attention for the treatment of gene-related diseases (e.g. antisense, RNAi). Due to structural modifications, synthetic oligonucleotides exhibit increased biostability and bioavailability upon administration. Consequently, classical enzyme-based sequencing methods are not applicable to their sequence elucidation and verification. Tandem mass spectrometry is the method of choice for performing such tasks, since gas-phase dissociation is not restricted to natural nucleic acids. However, tandem mass spectrometric analysis can generate product ion spectra of tremendous complexity, as the number of possible fragments grows rapidly with increasing sequence length. The fact that structural modifications affect the dissociation pathways greatly increases the variety of analytically valuable fragment ions. The gas-phase dissociation of oligonucleotides is characterized by the cleavage of one of the four bonds along the phosphodiester chain, by the accompanying loss of nucleases, and by the generation of internal fragments due to secondary backbone cleavage. For example, an 18-mer oligonucleotide yields a total number of 272’920 theoretical fragment ions. In contrast to the processing of peptide product ion spectra, which nowadays is highly automated, there is a lack of tools assisting the interpretation of oligonucleotide data. The existing web-based and stand-alone software applications are primarily designed for the sequence analysis of natural nucleic acids, but do not account for chemical modifications and adducts. Consequently, we developed a software to support the interpretation of mass spectrometric data of natural and modified nucleic acids and their adducts with chemotherapeutic agents.

Differences in coronary risk factors, procedural characteristics, mortality and stent thrombosis between two all-comers percutaneous coronary intervention registries from Europe and Japan: a patient-level data analysis of the Bern-Rotterdam and j-Cypher registries

Aims: The reported rate of stent thrombosis (ST) after drug-eluting stent (DES) implantation varies among registries. To investigate differences in baseline characteristics and clinical outcome in European and Japanese all-comers registries, we performed a pooled analysis of patient-level data. Methods and results: The j-Cypher registry (JC) is a multicentre observational study conducted in Japan, including 12,824 patients undergoing SES implantation. From the Bern-Rotterdam registry (BR) enrolled at two academic hospitals in Switzerland and the Netherlands, 3,823 patients with SES were included in the current analysis. Patients in BR were younger, more frequently smokers and presented more frequently with ST-elevation myocardial infarction (MI). Conversely, JC patients more frequently had diabetes and hypertension. At five years, the definite ST rate was significantly lower in JC than BR (JC 1.6% vs. BR 3.3%, p<0.001), while the unadjusted mortality tended to be lower in BR than in JC (BR 13.2% vs. JC 14.4%, log-rank p=0.052). After adjustment, the j-Cypher registry was associated with a significantly lower risk of all-cause mortality (HR 0.56, 95% CI: 0.49-0.64) as well as definite stent thrombosis (HR 0.46, 95% CI: 0.35-0.61). Conclusions: The baseline characteristics of the two large registries were different. After statistical adjustment, JC was associated with lower mortality and ST.

„Lessons learned“ in der Revision von schriftlichen Prüfungs-Fragen

Fragestellung/Einleitung: Bisher existieren kaum Daten für den deutschsprachigen Raum, welche Fehler häufig bei der Erstellung von schriftlichen Prüfungsfragen gemacht werden. Diese Erkenntnisse könnten hilfreich sein, um Autoren in Schulungsworkshops mit dem Fokus auf die häufigsten Fehler zu schulen. Im vorliegenden Projekt wird der Frage nachgegangen, welche Fehler am häufigsten bei der Erstellung von schriftlichen Prüfungsfragen gemacht werden, und welche Schlussfolgerungen daraus für Autorenschulungen gezogen werden können. Methoden: Am Institut für Medizinische Lehre Bern werden die mit der inhaltlichen und/oder formalen Fragenrevision befassten MitarbeiterInnen (N=14) anhand von semi-strukturierten Interviews befragt, mit welcher Art von Mängeln sie bei den Fragen der von ihnen betreuten schriftlichen Prüfungen am häufigsten umgehen. Weiter wird erhoben, wie dem Revisionsbedarf aus ihrer Sicht in Schulungen am besten begegnet werden kann. Ergebnisse: Die vorläufigen Ergebnisse weisen darauf hin, dass in folgenden Bereichen am häufigsten Revisionsbedarf besteht: eindeutiger Focus auf ein konkretes Lernziel authentische und relevante Vignette für den Ausbildungsstand angemessener Schwierigkeitsgrad eindeutige Lösung formale und sprachliche Korrektheit Dementsprechend sollte auf diese Themenbereiche ein besonderer Schwerpunkt bei Schulungen gelegt werden. Diskussion/Schlussfolgerung: Die vorläufigen Ergebnisse weisen darauf hin, dass Mängel von schriftlichen Prüfungsfragen häufig in den Bereichen Focus, Vignette, Schwierigkeitsgrad, Eindeutigkeit und formal-sprachlichen Aspekten liegen. Autorenschulungen sollten diese Aspekte in den Vordergrund stellen. Unsere zum Zeitpunkt der GMA-Tagung vorliegenden definitiven Ergebnisse können dazu beitragen, Workshops zur Fragenerstellung noch besser am Schulungsbedarf auszurichten.

Gedächtnisrede zu Ehren des verewigten Vorsitzenden der Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaft des Judentums, des Prof. Dr. Martin Philippson, gehalten in d. Mitgliederversammlung zu Berlin am 27 Dez. 1916

von Philipp Bloch

Wie über Wolken. Jüdische Lebens- und Denkwelten in Stadt und Region Bern, 1200 – 2000

Der bildhafte Titel dieses Buches ist einem Brief der Lyrikerin Else Lasker-Schüler aus den 1930er Jahren entnommen und schildert ihre hohe Stimmung beim Flanieren durch die ruhige Stadt Bern. «Solche Spaziergänge, schwebend, lassen das Leben ertragen», schreibt sie weiter. Dass das Leben zu ertragen sei, ja mitunter «stratosphärisch» leicht sich anfühle, verweist jedoch auch auf die Lasten und die Bedrängnis jener Jahre, die Anfechtungen, denen Juden und Jüdinnen vielerorts in Europa ausgesetzt waren. Der Titel verdeutlicht, dass hier Texte versammelt sind, die ein breites Spektrum an jüdischen Erfahrungen, Denkvorgängen und Erinnerungsfiguren aus verschiedenen Epochen dokumentieren: vom mittelalterlichen Privileg über die stigmatisierende Ausschliessung bis zur gewaltsamen Vertreibung, von der bürgerlichen Emanzipation im 19. Jahrhundert über die Ohnmacht während der Zeit der Schoah bis zur öffentlich-rechtlichen Anerkennung der jüdischen Religionsgemeinschaft. Durch die Verbindungen jüdischer Intellektueller mit Bern ergeben sich Einblicke in Sternstunden des europäischen Geisteslebens. Die jüdische künstlerische und politische Moderne war geprägt von Aufbruchstimmung und Exilerfahrung. Für viele wurde Bern zum Ort, wo ihr Traum vom Studium in Erfüllung ging. Und immer wieder spiegelt das Bild von der Wolkenstadt den Wechsel des Klimas: zwischen Judenhut und Alpenparadies, Schwermut und Traumhaftigkeit, Eigensinn und Höhenflug, Bangen und Bürgerlichkeit, liberalem Empfinden und Streben nach sozialer Beteiligung.