Geochemistry of Chixulub ejecta in ODP Leg 207 holes

An up to 2-cm thick Chicxulub ejecta deposit marking the Cretaceous-Paleogene (K-Pg) boundary (the "K-T" boundary) was recovered in six holes drilled during ODP Leg 207 (Demerara Rise, tropical western Atlantic). Stunning features of this deposit are its uniformity over an area of 30 km2 and the total absence of bioturbation, allowing documentation of the original sedimentary sequence. High-resolution mineralogical, petrological, elemental, isotopic (Sr-Nd), and rock magnetic data reveal a distinct microstratigraphy and a range of ejecta components. The deposit is normally graded and composed predominantly of rounded, 0.1- to max. 1-mm sized spherules. Spherules are altered to dioctahedral aluminous smectite, though occasionally relict Si-Al-rich hydrated glass is also present, suggesting acidic precursor lithologies. Spherule textures vary from hollow to vesicle-rich to massive; some show in situ collapse, others include distinct Fe-Mg-Ca-Ti-rich melt globules and lath-shaped Al-rich quench crystals. Both altered glass spherules and the clay matrix (Site 1259B) display strongly negative epsilon-Nd (T=65Ma) values (-17) indicating uptake of Nd from contemporaneous ocean water during alteration. Finally, Fe-Mg-rich spherules, shocked quartz and feldspar grains, few lithic clasts, as well as abundant accretionary and porous carbonate clasts are concentrated in the uppermost 0.5-0.7 mm of the deposit. The carbonate clasts display in part very unusual textures, which are interpreted to be of shock-metamorphic origin. The preservation of delicate spherule textures, normal grading with lack of evidence for traction transport, and sub-millimeter scale compositional trends provide evidence for this spherule deposit representing a primary air-fall deposit not affected by significant reworking. The ODP Leg 207 spherule deposit is the first known dual-layer K-Pg boundary in marine settings; it incorporates compositional and stratigraphic aspects of both proximal and distal marine sites. Its stratigraphy strongly resembles the dual-layer K-Pg boundary deposits in the terrestrial Western Interior of North America (although there carbonate phases are not preserved). The occurrence of a dual ejecta layer in these quite different sedimentary environments - separated by several thousands of kilometers - provides additional evidence for an original sedimentary sequence. Therefore, the layered nature of the deposit may document compositional differences between ballistic Chicxulub ejecta forming the majority of the spherule deposit, and material falling out from the vapor (ejecta) plume, which is concentrated in the uppermost part.

Carbon14 ages of surface sediment samples from ther Persian Gulf

A simplified classification of the Holocene sediments based on textures and grain type results in fourteen major units, twelve of which are essentially carbonate in composition. A brief description and photographic illustration of these units, together with the sedimentary and diagenetic processes which have contributed to their formation, is designed to give the reader a broad but valid impression of Persian Gulf sediments. The distribution of the fourteen sediment units throughout the Arabian parts of the basin, although complicated by numerous local bathymetric highs and depressions, is relatively simple. Because the Arabian sea floor slopes progressively from a windward shoreline to the basin center there is increasing protection from wave action towards the center of the basin. As a result sediments grade from skeletal, oolitic and pelletoidal sands (and muds in coastal lagoons) and fringing reefs, through an irregular zone of compound grain sands,into widespread skeletal muddy sands, and finally into basin center muds. These simple relationships vary laterally around the Arabian side of the gulf. Lateral variation is dependant upon orientation of the regional slope with respect to the prevailing NW wind-driven waves, angle of slope, and presence or absence of regional, structurally based barriers.

Age determination on monazite from Forefinger Point granulites, East Antarctica (Table 2.6-1)

Electron microprobe (EMP) dating on monazite in granulite- facies rocks from Forefinger Point, East Antarctica, yielded dominant ages of 500 Ma on matrix monazites.They are associated with secondary cordierite, biotite and sapphirine, formed during nearly isothermal decompression after the high P-T assemblages involving garnet, orthopyroxene and sillimanite. Older ages around 750-1000 Ma are detected in monazite cores and in monazite inclusions in garnet porphyroblast. Combining the available age data and the reaction textures, it becomes evident that the Forefinger Point granulites have been overprinted by a granulite-facies decompressional event of Pan-African age. Moreover, EMP monazite dating imply that the Forefinger Point granulites have experienced at least two stages of metamorphic evolution.

Quartz grain microtextures of sediments from ODP Hole 188-1166A (Table 1)

This paper presents the results of the scanning electron microscopic (SEM) analysis of quartz grains from a selection of samples at Site 1166. Ocean Drilling Program Leg 188 drilled Site 1166 on the Prydz Bay continental shelf, Antarctica, to document onset and fluctuations of East-Antarctic glaciation. This site recovered Upper Pliocene-Holocene glacial sediments directly above Cretaceous through Lower Oligocene sediments recording the transition from preglacial to early glacial conditions. SEM analysis of quartz grains at Site 1166 was used to characterize the glacial and preglacial sediments by their diagnostic textures. Angular edges, edge abrasion as well as arcuate to straight steps, are the most frequent features in glacial deposits. The highest frequency of grains with round edges is present in Middle-Late Eocene fluvio-deltaic sands. However, angular outlines, fractured plates with subparallel linear fractures and edge abrasion indicating glacier influence are also present. Preglacial carbonaceous mudstone and laminated gray claystone show distinctive high relief quartz grains and some chemical weathering on grain surfaces. The results of the microtextural analysis of quartz grains are used to verify some critical periods of ice sheet evolution, such as the transition from the East Antarctic preglacial to glacial conditions on the continental shelf from Middle/Late Eocene to Late Eocene/Early Oligocene time.

Structural evolution of the Lesser Himalayan fold-thrust belt of west central Nepal

The Lesser Himalayan fold-thrust belt on the south flank of the Jajarkot klippe in west central Nepal was mapped in detail between the Main Central thrust in the north and the Main Boundary thrust in the south. South of the Jajarkot klippe, the fold-thrust belt involves sandstone, shale and carbonate rocks that are unmetamorphosed in the foreland and increase in metamorphic grade with higher structural position to sub-greenschist facies towards the hinterland. The exposed stratigraphy is correlative with the Proterozoic Ranimata, Sangram, Galyang, Syangia Formations and Lakharpata Group of Western Nepal and overlain by the Paleozoic Tansen and Kali Gandaki Groups. Based on field mapping and cross-section construction, three distinct thrust sheets were identified separated by top-to-the-south thrust faults. From the foreland (south) to the hinterland (north), the first thrust sheet in the immediate hanging wall of the Main Boundary thrust defines an open syncline. The second thrust sheet contains a very broad synformal duplex, which is structurally stacked against the third thrust sheet containing a homoclinal panel of the oldest exposed Proterozoic stratigraphy. Outcrop scale folds throughout the study area are predominantly south vergent, open, and asymmetric reflecting the larger regional scale folding style, which corroborate the top-to-the-south deformation style seen in the faults of the region. Field techniques were complemented with microstructural and quartz crystallographic c-axis preferred orientation analyses using a petrographic microscope and a fabric analyzer, respectively. Microstructural analysis identified abundant strain-induced recrystallization textures and occasional occurrences of top-to-the-south shear-sense indicators primarily in the hinterland rocks in the immediate footwall of the Main Central Thrust. Top-to-the-south shearing is also supported by quartz crystallographic c-axis preferred orientations. Quartz recrystallization textures indicate an increase in deformation temperature towards the Main Central thrust. A line balance estimate indicates that approximately 15 km of crustal shortening was accommodated by folding and faulting in the fold-thrust belt south of the Jajarkot klippe. Additionally, estimations of shortening velocity suggest that the shortening velocity operating in this section of the fold-thrust belt between 23 to 14 Ma was slower than what is currently observed as a result of the ongoing deformation of the Sub-Himalayan fold-thrust belt.

Plus ça change...Le renouvellement de la tradition chez Régine Robin, Dany Laferrière et Ying Chen

Cette thèse analyse la manifestation de la tradition dans certains textes des écrivains migrants au Québec, nommément La Québécoite et L’Immense fatigue des pierres de Régine Robin, Comment faire l’amour avec un nègre sans se fatiguer, Cette grenade dans la main du jeune nègre est-elle une arme ou un fruit ?, Pays sans chapeau et L’Énigme du retour de Dany Laferrière et, enfin L’Ingratitude et Immobile de Ying Chen. Les références à des récits, à des croyances et à des pratiques collectives qui se trouvent dans ces textes signalent une transformation de la transmission de l’héritage culturel d’une génération à l’autre. Afin de parvenir à une meilleure compréhension des liens entre la mémoire collective et la communauté culturelle se définissant dans le présent, je me sers du travail de folkloristes comme Alan Dundes, Simon Bronner et Richard Handler de même que des théories sur la faculté de la tradition proposées par Paul Ricœur, Walter Benjamin et Pierre Nora. Dans la première partie de la thèse, j’étudie l’imaginaire populaire du XIXe siècle et son incorporation dans la littérature canadienne-française de l’époque. Ensuite, j’analyse la remise en question de la tradition – de même que le rôle sous-jacent qu’elle continue de jouer, lors de la Révolution tranquille. Par rapport à ces deux périodes précédentes, l’usage du folklore chez les auteurs migrants laisse présager une nouvelle opération de la tradition dans un contexte où plusieurs groupes culturels se rencontrent. Dans un contexte pluraliste, l’idée de la communauté culturelle est fabriquée en fonction de notre appartenance à plusieurs groupes. Je m’intéresse à comment les gens qui habitent ensemble formulent des liens au passé même dans une situation dans laquelle ils ne partagent pas les mêmes rapports à la mémoire collective. Explorant le renouvellement, qui peut sembler paradoxal, de la tradition, je forme l’hypothèse qu’il est possible pour un groupe de se définir en fonction de valeurs culturelles puisées dans un passé collectif qui s’adaptent constamment à la réalité actuelle.

On the microstructure, growth pattern and original porosity of belemnite rostra: insights from calcitic Jurassic belemnites

Calcitic belemnite rostra are usually employed to perform paleoenvironmental studies based on geochemical data. However, several questions, such as their original porosity and microstructure, remain open, despite they are essential to make accurate interpretations based on geochemical analyses.This paper revisits and enlightens some of these questions. Petrographic data demonstrate that calcite crystals of the rostrum solidum of belemnites grow from spherulites that successively develop along the apical line, resulting in a “regular spherulithic prismatic” microstructure. Radially arranged calcite crystals emerge and diverge from the spherulites: towards the apex, crystals grow until a new spherulite is formed; towards the external walls of the rostrum, the crystals become progressively bigger and prismatic. Adjacent crystals slightly vary in their c-axis orientation, resulting in undulose extinction. Concentric growth layering develops at different scales and is superimposed and traversed by a radial pattern, which results in the micro-fibrous texture that is observed in the calcite crystals in the rostra.Petrographic data demonstrate that single calcite crystals in the rostra have a composite nature, which strongly suggests that the belemnite rostra were originally porous. Single crystals consistently comprise two distinct zones or sectors in optical continuity: 1) the inner zone is fluorescent, has relatively low optical relief under transmitted light (TL) microscopy, a dark-grey color under backscatter electron microscopy (BSEM), a commonly triangular shape, a “patchy” appearance and relatively high Mg and Na contents; 2) the outer sector is non-fluorescent, has relatively high optical relief under TL, a light-grey color under BSEM and low Mg and Na contents. The inner and fluorescent sectors are interpreted to have formed first as a product of biologically controlled mineralization during belemnite skeletal growth and the non-fluorescent outer sectors as overgrowths of the former, filling the intra- and inter-crystalline porosity. This question has important implications for making paleoenvironmental and/or paleoclimatic interpretations based on geochemical analyses of belemnite rostra.Finally, the petrographic features of composite calcite crystals in the rostra also suggest the non-classical crystallization of belemnite rostra, as previously suggested by other authors.

Estudiantes de primera generación en Chile: una aproximación cualitativa a la experiencia universitaria

El propósito de este artículo es analizar la experiencia universitaria de un grupo de estudiantes de primera generación de tres universidades ubicadas en Concepción, Chile. En un contexto de fuerte masificación de la educación superior, la experiencia de los estudiantes cuyos padres completaron como máximo la educación secundaria, se ha transformado en un ámbito de incipiente interés. En función de los objetivos, la investigación fue abordada desde el paradigma constructivista y diseñada de acuerdo al método biográfico, cuya principal técnica de recolección de datos fueron las entrevistas semi-estructuradas. Los resultados de esta investigación, de carácter exploratorio, revelan que la construcción de un proyecto de estudios universitarios se encuentra notablemente influenciado por los padres, quienes se transforman en una fuente fundamental de apoyo. Asimismo, los estudiantes configuran tres significaciones a su experiencia universitaria: la movilidad social ascendente, la vocación y la retribución a los padres. Finalmente, se discuten los resultados a partir de los cuales se proponen nuevos interrogantes.

La presencia del "flâneur" en "Tetralogie der Erinnerung" de Dieter Forte

Reflejando la ciudad moderna, el flâneur se encuentra atrapado entre dos tiempos: el presente, que se transforma continuamente, y el pasado, que permanece en forma de vestigios materiales. Desde su aparición en la literatura, la trayectoria del flâneur va ligada a los principales cambios históricos, sociales y culturales, que se plasman en distintas texturas urbanas. En todas ellas ejerce una función de nexo entre la ciudad antigua y la nueva que se superpone. El objeto del presente artículo es analizar la evolución de esta figura histórico y literaria como punto de partida para interpretar la obra en prosa Tetralogie der Erinnerung (1992-2004) de Dieter Forte.

Ravel’s Gaspard de la Nuit: Extra-musical subtext, and its role within interpretive performance

Few works within the realm of the piano repertoire have amassed a reputation as formidable as Gaspard de la Nuit. These three pieces, each unique in character and pianistic requirements, arguably represent a pinnacle of early 20th-century French piano music. This paper seeks to illuminate points for consideration for the pianist who wishes to embark upon studying the work for performance, and for the musicologist.

I shall first consider the three character poems of Aloysius Bertrand that inspired the suite, as an understanding of these Diabolic creations is essential to understanding the piece analytically and programmatically. I shall then explore the subtitle of Bertrand’s Gaspard de la Nuit: ‘Fantaisies À La Manière De Rembrandt Et De Callot’, as an acknowledgement of these artists helps us better to engage with Bertrand’s poetry, and provides us with a direct link to the visual stimuli for Ravel’s compositions.

Finally, using Ondine as a case study, I shall explore how the composer unifies his inspirations to paint a musical portrait of both the character and the content of Bertrand’s poem. I shall focus on three particular aspects of Ravel’s style: the refined textures that create washes of watery colour, subtle rhythmic variations that imply the ‘deep, rolling currents of the sleeping lake’, and the simple melodic lines sung by the water nymph in the manner of a French air. Each element plays its part in the thematic development that illustrates Ondine’s seductive powers.

Ecological effects of flow and temperature regimes on fish communities in temperate rivers

Les organismes aquatiques sont adaptés à une grande variabilité hydrique et thermique des rivières. Malgré ceci, la régulation des eaux suscite des changements aux débits qui peuvent provoquer des impacts négatifs sur la biodiversité et les processus écologiques en rivière. Celle-ci peut aussi causer des modifications au niveau des régimes thermiques et des caractéristiques de l’habitat du poisson. Des données environnementales et biologiques décrivant l’habitat du poisson existent, mais elles sont incomplètes pour plusieurs rivières au Canada et de faible qualité, limitant les relations quantitatives débit-température-poissons à un petit nombre de rivières ou à une région étudiée. La recherche menée dans le cadre de mon doctorat concerne les impacts de la génération d'hydroélectricité sur les rivières; soit les changements aux régimes hydriques et thermiques reliés à la régulation des eaux sur la variation des communautés ichtyologiques qui habitent les rivières régulées et naturelles au Canada. Suite à une comparaison d’échantillonnage de pêche, une méthode constante pour obtenir des bons estimés de poisson (richesse, densité et biomasse des espèces) a été établie pour évaluer la structure de la communauté de poissons pour l’ensemble des rivières ciblées par l’étude. Afin de mieux comprendre ces changements environnementaux, les principales composantes décrivant ces régimes ont été identifiées et l’altération des régimes hydriques pour certaines rivières régulées a été quantifiée. Ces résultats ont servi à établir la relation significative entre le degré de changement biotique et le degré de changement hydrique pour illustrer les différences entre les régimes de régulation. Pour faire un complément aux indices biotiques déjà calculés pour l’ensemble des communautés de poissons (diversité, densité et biomasse des espèces par rivière), les différences au niveau des guildes de poissons ont été quantifiées pour expliquer les divers effets écologiques dus aux changements de régimes hydriques et thermiques provenant de la gestion des barrages. Ces derniers résultats servent à prédire pour quels traits écologiques ou groupes d’espèces de poissons les composantes hydriques et thermiques sont importantes. De plus, ces derniers résultats ont servi à mettre en valeur les variables décrivant les régimes thermiques qui ne sont pas toujours inclues dans les études hydro-écologiques. L’ensemble des résultats de cette thèse ont des retombées importantes sur la gestion des rivières en évaluant, de façon cohérente, l’impact de la régulation des rivières sur les communautés de poissons et en développant des outils de prévision pour la restauration des écosystèmes riverains.

Exploration génétique de l'hypothyroïdie congénitale par dysgénésie thyroïdienne

L'hypothyroïdie congénitale par dysgénésie thyroïdienne (HCDT, ectopie dans plus de 80 %) a une prévalence de 1 cas sur 4000 naissances vivantes. L’HCDT est la conséquence d'une défaillance de la thyroïde embryonnaire à se différencier, à se maintenir ou à migrer vers sa localisation anatomique (partie antérieure du cou), qui aboutit à une absence totale de la thyroïde (athyréose) ou à une ectopie thyroïdienne (linguale ou sublinguale). Les HCDT sont principalement non-syndromiques (soit 98% des cas sont non-familiale), ont un taux de discordance de 92% chez les jumeaux monozygotes, et ont une prédominance féminine et ethnique (i.e., Caucasienne). La majorité des cas d’HCDT n’a pas de cause connue, mais est associée à un déficit sévère en hormones thyroïdiennes (hypothyroïdie). Des mutations germinales dans les facteurs de transcription liés à la thyroïde (NKX2.1, FOXE1, PAX8, NKX2.5) ont été identifiées dans seulement 3% des patients atteints d’HCDT sporadiques et l’analyse de liaisons exclue ces gènes dans les rares familles multiplex avec HCDT. Nous supposons que le manque de transmission familiale claire d’HCDT peut résulter de la nécessité d’au moins deux « hits » génétiques différents dans des gènes importants pour le développement thyroïdien. Pour répondre au mieux nos questions de recherche, nous avons utilisé deux approches différentes: 1) une approche gène candidat, FOXE1, seul gène impliqué dans l’ectopie dans le modèle murin et 2) une approche en utilisant les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) afin de trouver des variants génétiques pouvant expliquer cette pathologie au sein d’une cohorte de patients avec HCDT. Pour la première approche, une étude cas-contrôles a été réalisée sur le promoteur de FOXE1. Il a récemment été découvert qu’une région du promoteur de FOXE1 est différentiellement méthylée au niveau de deux dinucléotides CpG consécutifs, définissant une zone cruciale de contrôle de l’expression de FOXE1. L’analyse d’association basée sur les haplotypes a révélé qu’un haplotype (Hap1: ACCCCCCdel1C) est associé avec le HCDT chez les Caucasiens (p = 5x10-03). Une réduction significative de l’activité luciférase est observée pour Hap1 (réduction de 68%, p<0.001) comparé au promoteur WT de FOXE1. Une réduction de 50% de l’expression de FOXE1 dans une lignée de cellules thyroïdienne humaine est suffisante pour réduire significativement la migration cellulaire (réduction de 55%, p<0.05). Un autre haplotype (Hap2: ACCCCCCC) est observé moins fréquemment chez les Afro-Américain comparés aux Caucasiens (p = 1.7x10-03) et Hap2 diminue l’activité luciférase (réduction de 26%, p<0.001). Deux haplotypes distincts sont trouvés fréquemment dans les contrôles Africains (Black-African descents). Le premier haplotype (Hap3: GTCCCAAC) est fréquent (30.2%) chez les contrôles Afro-Américains comparés aux contrôles Caucasiens (6.3%; p = 2.59 x 10-9) tandis que le second haplotype (Hap4: GTCCGCAC) est trouvé exclusivement chez les contrôles Afro-Américains (9.4%) et est absent chez les contrôles Caucasiens (P = 2.59 x 10-6). Pour la deuxième approche, le séquençage de l’exome de l’ADN leucocytaire entre les jumeaux MZ discordants n’a révélé aucune différence. D'où l'intérêt du projet de séquençage de l’ADN et l’ARN de thyroïdes ectopiques et orthotopiques dans lesquelles de l'expression monoallélique aléatoire dans a été observée, ce qui pourrait expliquer comment une mutation monoallélique peut avoir des conséquences pathogéniques. Finalement, le séquençage de l’exome d’une cohorte de 36 cas atteints d’HCDT a permis d’identifier de nouveaux variants probablement pathogéniques dans les gènes récurrents RYR3, SSPO, IKBKE et TNXB. Ces quatre gènes sont impliqués dans l’adhésion focale (jouant un rôle dans la migration cellulaire), suggérant un rôle direct dans les défauts de migration de la thyroïde. Les essais de migration montrent une forte diminution (au moins 60% à 5h) de la migration des cellules thyroïdiennes infectées par shRNA comparés au shCtrl dans 2 de ces gènes. Des zebrafish KO (-/- et +/-) pour ces nouveaux gènes seront réalisés afin d’évaluer leur impact sur l’embryologie de la thyroïde.

Improving photofermentative hydrogen production through metabolic engineering and DOE (Design of Experiments)

A l’heure actuelle, les biocarburants renouvelables et qui ne nuit pas à l'environnement sont à l'étude intensive en raison de l'augmentation des problèmes de santé et de la diminution des combustibles fossiles. H2 est l'un des candidats les plus prometteurs en raison de ses caractéristiques uniques, telles que la densité d'énergie élevée et la génération faible ou inexistante de polluants. Une façon attrayante pour produire la H2 est par les bactéries photosynthétiques qui peuvent capter l'énergie lumineuse pour actionner la production H2 avec leur système de nitrogénase. L'objectif principal de cette étude était d'améliorer le rendement de H2 des bactéries photosynthétiques pourpres non sulfureuses utilisant une combinaison de génie métabolique et le plan des expériences. Une hypothèse est que le rendement en H2 pourrait être améliorée par la redirection de flux de cycle du Calvin-Benson-Bassham envers du système de nitrogénase qui catalyse la réduction des protons en H2. Ainsi, un PRK, phosphoribulose kinase, mutant « knock-out » de Rhodobacter capsulatus JP91 a été créé. L’analyse de la croissance sur des différentes sources de carbone a montré que ce mutant ne peut croître qu’avec l’acétate, sans toutefois produire d' H2. Un mutant spontané, YL1, a été récupéré qui a retenu l'cbbP (codant pour PRK) mutation d'origine, mais qui avait acquis la capacité de se développer sur le glucose et produire H2. Une étude de la production H2 sous différents niveaux d'éclairage a montré que le rendement d’YL1 était de 20-40% supérieure à la souche type sauvage JP91. Cependant, il n'y avait pas d'amélioration notable du taux de production de H2. Une étude cinétique a montré que la croissance et la production d'hydrogène sont fortement liées avec des électrons à partir du glucose principalement dirigés vers la production de H2 et la formation de la biomasse. Sous des intensités lumineuses faibles à intermédiaires, la production d'acides organiques est importante, ce qui suggère une nouvelle amélioration additionnel du rendement H2 pourrait être possible grâce à l'optimisation des processus. Dans une série d'expériences associées, un autre mutant spontané, YL2, qui a un phénotype similaire à YL1, a été testé pour la croissance dans un milieu contenant de l'ammonium. Les résultats ont montré que YL2 ne peut croître que avec de l'acétate comme source de carbone, encore une fois, sans produire de H2. Une incubation prolongée dans les milieux qui ne supportent pas la croissance de YL2 a permis l'isolement de deux mutants spontanés secondaires intéressants, YL3 et YL4. L'analyse par empreint du pied Western a montré que les deux souches ont, dans une gamme de concentrations d'ammonium, l'expression constitutive de la nitrogénase. Les génomes d’YL2, YL3 et YL4 ont été séquencés afin de trouver les mutations responsables de ce phénomène. Fait intéressant, les mutations de nifA1 et nifA2 ont été trouvés dans les deux YL3 et YL4. Il est probable qu'un changement conformationnel de NifA modifie l'interaction protéine-protéine entre NifA et PII protéines (telles que GlnB ou GlnK), lui permettant d'échapper à la régulation par l'ammonium, et donc d'être capable d'activer la transcription de la nitrogénase en présence d'ammonium. On ignore comment le nitrogénase synthétisé est capable de maintenir son activité parce qu’en théorie, il devrait également être soumis à une régulation post-traductionnelle par ammonium. Une autre preuve pourrait être obtenue par l'étude du transcriptome d’YL3 et YL4. Une première étude sur la production d’ H2 par YL3 et YL4 ont montré qu'ils sont capables d’une beaucoup plus grande production d'hydrogène que JP91 en milieu d'ammonium, qui ouvre la porte pour les études futures avec ces souches en utilisant des déchets contenant de l'ammonium en tant que substrats. Enfin, le reformage biologique de l'éthanol à H2 avec la bactérie photosynthétique, Rhodopseudomonas palustris CGA009 a été examiné. La production d'éthanol avec fermentation utilisant des ressources renouvelables microbiennes a été traitée comme une technique mature. Cependant, la plupart des études du reformage de l'éthanol à H2 se sont concentrés sur le reformage chimique à la vapeur, ce qui nécessite généralement une haute charge énergetique et résultats dans les émissions de gaz toxiques. Ainsi le reformage biologique de l'éthanol à H2 avec des bactéries photosynthétiques, qui peuvent capturer la lumière pour répondre aux besoins énergétiques de cette réaction, semble d’être plus prometteuse. Une étude précédente a démontré la production d'hydrogène à partir d'éthanol, toutefois, le rendement ou la durée de cette réaction n'a pas été examiné. Une analyse RSM (méthode de surface de réponse) a été réalisée dans laquelle les concentrations de trois facteurs principaux, l'intensité lumineuse, de l'éthanol et du glutamate ont été variés. Nos résultats ont montré que près de 2 moles de H2 peuvent être obtenus à partir d'une mole d'éthanol, 33% de ce qui est théoriquement possible.

Molecular characterization of extended-spectrum cephalosporin-resistance in Escherichia coli in pigs on-farm and from clinical cases throughout Quebec, Canada during 16 years

Le développement de la multirésistance chez Escherichia coli est un problème important en médecine animale et humaine. En outre, l’émergence et la diffusion des déterminants de résistance aux céphalosporines à larges spectres de troisième génération (ESCs) parmi les isolats, incluant des céphalosporines essentielles en médecine humaine (ex. ceftriaxone et ceftiofur), est un problème majeur de santé publique. Cette thèse visait trois objectifs. D’abord étudier la dynamique de la résistance aux antimicrobiens (AMR) ainsi que la virulence et les profils génétiques de la AMR des E. coli isolées de porcs recevant une nourriture post-sevrage supplémentée avec de la chlortétracycline et de la pénicilline G, et, accessoirement, évaluer les effets d'additifs alimentaires sur cette dynamique en prenant pour exemple d'étude un minéral argileux, la clinoptilolite, étant donné son possible lien avec le gène blaCMY-2 qui confère la résistance au ceftiofur. L'objectif suivant était d'investiguer les mécanismes menant à une augmentation de la prévalence du gène blaCMY-2 chez les porcs qui reçoivent de la nourriture médicamentée et qui n'ont pas été exposés au ceftiofur Ici encore,nous avons examiné les effets d’un supplément alimentaire avec un minéral argileux sur ce phénomène. Enfin, notre dernier objectif était d’étudier, dans le temps, les génotypes des isolats cliniques d'E. coli résistant au ceftiofur, isolés de porcs malades au Québec à partir du moment où la résistance au ceftiofur a été rapportée, soit de 1997 jusqu'à 2012. Dans l'étude initiale, la prévalence de la résistance à 10 agents antimicrobiens, incluant le ceftiofur, s’accroît avec le temps chez les E.coli isolées de porcelets sevrés. Une augmentation tardive de la fréquence du gène blaCMY-2, encodant pour la résistance au ceftiofur, et la présence des gènes de virulence iucD et tsh a été observée chez les isolats. La nourriture supplémentée avec de la clinoptilolite a été associée à une augmentation rapide mais, par la suite, à une diminution de la fréquence des gènes blaCMY-2 dans les isolats. En parallèle, une augmentation tardive dans la fréquence des gènes blaCMY-2 et des gènes de virulence iucD et tsh a été observée dans les isolats des porcs contrôles, étant significativement plus élevé que dans les porcs ayant reçu l'additif au jour 28. La diversité, au sein des E. coli positives pour blaCMY-2 , a été observée au regard des profils AMR. Certaines lignées clonales d'E.coli sont devenues prédominantes avec le temps. La lignée clonale du phylotype A prédominait dans le groupe supplémenté, alors que les lignées clonales du phylotype B1, qui possèdent souvent le gène de virulence iucD associé aux ExPEC, prédominaient dans le groupe contrôle. Les plasmides d'incompatibilité (Inc) des groupes, I1, A/C, et ColE, porteurs de blaCMY-2, ont été observés dans les transformants. Parmi les souches cliniques d'E.coli ESC-résistantes, isolées de porcs malades au Québec de 1997 à 2012, blaCMY-2 était le gène codant pour une β-lactamase le plus fréquemment détecté; suivi par blaTEM et blaCTX-M,. De plus, les analyses clonales montrent une grande diversité génétique. Par contre, des isolats d'E. coli avec des profils PFGE identiques ont été retrouvés dans de multiples fermes la même année mais aussi dans des années différentes. La résistance à la gentamicine, kanamycine, chloramphenicol, et la fréquence de blaTEM et de IncA/C diminuent significativement au cour de la période étudiée, alors que la fréquence de IncI1 et de la multirésistance à sept catégories d'agents antimicrobiens augmente significativement avec le temps. L'émergence d'isolats d'E. coli positifs pour blaCTX-M, une β-lactamase à large spectre et produisant des ESBL, a été observée en 2011 et 2012 à partir de lignées clonales distinctes et chez de nombreuses fermes. Ces résultats, mis ensemble, apportent des précisions sur la dissémination de la résistance au ceftiofur dans les E. coli isolées de porcs. Au sein des échantillons prélevés chez les porcs sevrés recevant l'alimentation médicamentée sur une ferme, et pour laquelle une augmentation de la résistance au ceftiofur a été observée, les données révèlent que les souches d'E. coli positives pour blaCMY-2 et résistantes aux ESCs appartenaient à plusieurs lignées clonales différentes arborant divers profils AMR. Le gène blaCMY-2 se répand à la fois horizontalement et clonalement chez ces E. coli. L'ajout de clinoptilotite à la nourriture et le temps après le sevrage influencent la clonalité et la prévalence du gène blaCMY-2 dans les E. coli. Durant les 16 années d'étude, plusieurs lignées clonales différentes ont été observées parmi les souches d'E. coli résistantes au ceftiofur isolées de porc malades de fermes québécoises, bien qu’aucune lignée n'était persistante ou prédominante pendant l'étude. Les résultats suggèrent aussi que le gène blaCMY-2 s'est répandu à la fois horizontalement et clonalement au sein des fermes. De plus, blaCMY-2 est le gène majeur des β-lactamases chez ces isolats. À partir de 2011, nous rapportons l'émergence du gène blaCTX-M dans des lignées génétiques distinctes.