Biological predictors of survival in limphoma and mechanisms underlying follicular lymphoma transformaion into diffuse large B cell lymphoma (vol I e II)

RESUMO: Os biomarcadores tumorais permitem identificar os doentes com maior risco de recorrência da doença, predizer a resposta tumoral à terapêutica e, finalmente, definir candidatos a novos alvos terapêuticos. Novos biomarcadores são especialmente necessários na abordagem clínica dos linfomas. Actualmente, esses tumores são diagnosticados através de uma combinação de características morfológicas, fenotípicas e moleculares, mas o prognóstico e o planeamento terapêutico estão quase exclusivamente dependentes de características clínicas. Estes factores clínicos são, na maioria dos linfomas, insuficientes numa proporção significativa dos doentes, em particular, aqueles com pior prognóstico. O linfoma folicular (LF) é, globalmente, o segundo subtipo mais comum de linfoma. É tipicamente uma doença indolente com uma sobrevida média entre os 8 e 12 anos, mas é geralmente fatal quando se transforma num linfoma agressivo de alto grau, habitualmente o linfoma difuso de grandes células B (LDGCB). Morfologicamente e funcionalmente, as células do LF recapitulam as células normais do centro germinativo na sua dependência de sobrevivência do microambiente não-tumoral, especialmente das células do sistema imunológico. Biomarcadores preditivos de transformação não existem pelo que um melhor conhecimento da biologia intrínseca de progressão do LF poderá revelar novos candidatos. Nesta tese descrevo duas abordagens distintas para a descoberta de novos biomarcadores. A primeira, o estudo da expressão global de genes ('genomics') obtidos por técnicas de alto rendimento que analisam todo o genoma humano sequenciado, permitindo identificar novas anomalias genéticas que possam representar mecanismos biológicos importantes de transformação. São descritos novos genes e alterações genómicas associados à transformação do LF, sendo especialmente relevantes as relacionadas com os eventos iniciais de transformação em LDGCB. A segunda, baseou-se em várias hipóteses centradas no microambiente do LF, rico em vários tipos de células nãomalignas. Os estudos imunoarquitectural de macrófagos, células T regulatórias e densidade de microvasos efectuado em biopsias de diagnóstico de doentes com LF tratados uniformemente correlacionaram-se significativamente, e independentemente dos critérios clínicos, com a evolução clínica e, mais importante, com o risco de transformação em LDGCB. Nesta tese, foram preferencialmente utilizadas (e optimizadas) técnicas que permitam o uso de amostras fixadas em parafina e formalina (FFPET). Estas são facilmente acessíveis a partir das biopsias de diagnóstico de rotina presentes nos arquivos de todos os departamentos de patologia, facilitando uma transição rápida dos novos marcadores para a prática clínica. Embora o FL fosse o tema principal da tese, os novos achados permitiram estender facilmente hipóteses semelhantes a outros subtipos de linfoma. Assim, são propostos e validados vários biomarcadores promissores e relacionados com o microambiente não tumoral, sobretudo dependentes das células do sistema imunológico, como contribuintes importantes para a biologia dos linfomas. Estes sugerem novas opções para a abordagem clínica destas doenças e, eventualmente, novos alvos terapêuticos.------------- ABSTRACT: Cancer biomarkers provide an opportunity to identify those patients most at risk for disease recurrence, predict which tumours will respond to different therapeutic approaches and ultimately define candidate biomarkers that may serve as targets for personalized therapy. New biomarkers are especially needed in the management of lymphoid cancers. At present, these tumours are diagnosed using a combination of morphologic, phenotypic and molecular features but prognosis and overall survival are mostly dependent on clinical characteristics. In most lymphoma types, these imprecisely assess a significant proportion of patients, in particular, those with very poor outcomes. Follicular lymphoma (FL) is the second most common lymphoma subtype worldwide. It is typically an indolent disease with current median survivals in the range of 8-12 years, but is usually fatal when it transforms into an aggressive high-grade lymphoma, characteristically Diffuse Large B Cell Lymphoma (DLBCL). Morphologically and functionally it recapitulates the normal cells of the germinal center with its survival dependency on non-malignant immune and immunerelated cells. Informative markers of transformation related to the intrinsic biology of FL progression are needed. Within this thesis two separate approaches to biomarker discovery were employed. The first was to study the global expression of genes (‘genomics’) obtained using high-throughput, wholegenome-wide approaches that offered the possibility for discovery of new genetic abnormalities that might represent the important biological mechanisms of transformation. Gene signatures associated with early events of transformation were found. Another approach relied on hypothesis-driven concepts focusing upon the microenvironment, rich in several non-malignant cell types. The immunoarchitectural studies of macrophages, regulatory T cells and microvessel density on diagnostic biopsies of uniformly treated FL patients significantly predicted clinical outcome and, importantly, also informed on the risk of transformation. Techniques that enabled the use of routine formalin fixed paraffin embedded diagnostic specimens from the pathology department archives were preferentially used in this thesis with the goal of fulfilling a rapid bench-to-beside” translation for these new findings. Although FL was the main subject of the thesis the new findings and hypotheses allowed easy transition into other lymphoma types. Several promising biomarkers were proposed and validated including the implication of several non-neoplastic immune cells as important contributors to lymphoma biology, opening new options for better treatment planning and eventually new therapeutic targets and candidate therapeutics.

Fototerapia como Adjuvante da Terapêutica Biológica na Psoríase

Introdução: A associação terapêutica é uma estratégia frequentemente usada no tratamento da psoríase. Contudo, a associação de fármacos biológicos com terapêuticas convencionais, e em particular com fototerapia, tem sido pouco explorada. Objectivo: Caracterizar a eficácia e a segurança da associação fototerapia-terapêutica biológica no tratamento da psoríase. Métodos: Foram analisados retrospectivamente os processos clínicos de doentes com o diagnóstico de psoríase vulgar ou artropática com seguimento em Consulta de Psoríase entre 2003 e 2011, e identificados aqueles com história de associação entre fármaco biológico e fototerapia e pelo menos um ano de follow-up. Resultados: Dos 231 doentes em terapêutica biológica por psoríase vulgar ou artropática, 10 (4,3%) efectuaram fototerapia adjuvante, num total de 13 ciclos de tratamento. Nestes 10 doentes a média etária foi de 38,8 anos e tinham em média 13,7 anos de evolução de doença. Cinco (50%) tinham sido previamente tratados com fototerapia (80% dos quais não responderam). A fototerapia em associação foi instituída em média 2 anos após o início de terapêutica com etanercept (n=9) e adalimumab (n=1). Foram efectuados 9 ciclos de tratamento com PUVA sistémico, um com PUVA tópico, um com PUVA sistémico e tópico e 2 com UVB-nb. Em 85% dos ciclos de tratamento observou-se resposta à associação terapêutica (PASI 100 em 54%; PASI 50-75 em 31%). Verificou-se uma ausência de resposta e um agravamento clínico. Não se registaram efeitos adversos graves aquando dos tratamentos ou durante o follow-up (follow-up médio 3 anos). Foi possível manter o biológico em curso após 12 dos ciclos (92%). Conclusão: A associação da fototerapia, como adjuvante da terapêutica biológica, afigura-se como uma opção eficaz e de baixo custo na psoríase refractária ou agudizada. São necessários estudos mais alargados para determinar a sua segurança a longo prazo.

Hortas urbanas – contributo para a sustentabilidade. Caso de estudo: “Hortas comunitárias de Cascais”

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia do Ambiente – Perfil Ordenamento do Território e Avaliação de Impactes Ambientais

Índice Proliferativo Ki-67 no Cancro Gástrico

Introdução: O cancro gástrico representa ainda uma das principais causas de mortalidade por doença oncológica a nível mundial, apesar da evolução substancial no seu tratamento. Diversos marcadores biológicos têm sido introduzidos com intuito prognóstico da doença. A proteína Ki-67 através de técnicas imunocitoquímicas tem sido utilizada como um indicador da actividade proliferativa tumoral. No cancro gástrico o seu valor prognóstico ainda não foi estabelecido, sendo os resultados na literatura controversos. Este estudo pretende avaliar o significado biológico do índice proliferativo Ki-67 no cancro gástrico. Métodos: Foram estudados 50 doentes com cancro gástrico submetidos a cirurgia ressectiva. A proteína Ki-67 foi analisada por imunocitoquímica nas peças operatórias. O índice proliferativo Ki-67 foi definido como a percentagem de células tumorais positivas para a proteína. Resultados: Dos 50 casos estudados foi obtido um índice proliferativo Ki-67 de 68.9 ± 24.1%. Foram correlacionadas as variáveis sexo, idade, localização e dimensão tumoral, classificação TNM, estadio e tipo histológico de Lauren. Apenas esta última revelou diferenças estatisticamente significativas entre os respectivos tipos (P = 0.004). Conclusão: Os achados encontrados não permitem definir inequivocamente o valor prognóstico do índice proliferativo Ki-67. Será importante prosseguir o estudo com uma amostra populacional superior, para que conclusões estatisticamente significativas possam ser elaboradas.

Avaliação de funcionamento de duas estações de tratamento de águas residuais do interior de Vila Nova de Gaia

Esta dissertação descreve o trabalho desenvolvido ao longo de um ano e um mês desde a pesquisa teórica até à prática experimental no âmbito da unidade curricular de Dissertação/estágio do Mestrado em Engenharia Química, no ramo Tecnologias em Proteção Ambiental. O tema desta dissertação consiste na avaliação do funcionamento de duas estações de tratamento de águas residuais (ETAR) do interior do município de Vila Nova de Gaia no que diz respeito ao possível aumento da resistência a antibióticos na ETAR de Febros e na ETAR de Lever. Os testes de sensibilidade a antibióticos (TSA) foram executados para ambas as ETAR, sendo as amostras de água recolhidas na entrada e na saída dos reatores biológicos (tratamento secundário). Além disso, foram realizados testes de avaliação da eficiência de desinfeção por radiação ultravioleta (UV) relativamente à Escherichia coli (E. coli) na ETAR de Lever. Os antibióticos selecionados para a realização deste trabalho foram a Eritromicina, a Azitromicina, a Claritromicina, a Ofloxacina, a Ciprofloxacina, o Sulfametoxazol, o Trimetoprim e o Metronidazol. Esta seleção baseou-se no facto de estes serem alguns dos antibióticos mais consumidos e mais persistentes no meio ambiente. A bactéria E. coli (isolada a partir de amostras das águas residuais estudadas) foi escolhida para a realização deste estudo uma vez que está sempre presente nas águas residuais domésticas e está associada a fenómenos de multirresistência a antibióticos. Os testes de TSA foram realizados seguindo a metodologia de difusão por discos. No período do estudo (Março a Junho de 2015) identificaram-se situações quer de aumento de resistência quer de aumento de sensibilidade aos antibióticos testados. As situações mais graves de aumento de resistência, a que corresponderam a halos nulos, verificaram-se para os antibióticos Claritromicina, Trimetoprim e Metronidazol, ocorrendo com maior frequência para os dois últimos, que aliás são fármacos que são administrados em simultâneo. Os períodos mais problemáticos em termos de aumento das resistências foram ligeiramente diferentes nas duas ETAR. No caso da ETAR de Febros correspondeu ao mês Abril e na ETAR de Lever ocorreu entre o final de Abril e o início de Maio. Considera-se que estes períodos poderão coincidir com um aumento do consumo destes fármacos devido à sua utilização no combate a infeções respiratórias muito comuns nesta altura do ano. Não se observou qualquer sensibilidade da E. coli para o Metronidazol porque é um antibiótico com indicação para algumas bactérias anaeróbias, fungos e giardia, e que à partida não tem capacidade para eliminar a E. coli. A eficiência da desinfeção na ETAR de Lever relativamente à remoção de E. coli foi satisfatória. Sendo de salientar a importância da manutenção, no que se refere à identificação de possíveis avarias nas lâmpadas e correspondente limpeza. Os resultados deste trabalho provam a existência de estirpes da bactéria E. coli resistentes a alguns dos antibióticos estudados, o que reforça a importância da desinfeção no tratamento de águas residuais domésticas.

Asialotransferrina Discriminante do Consumo Excessivo Activo de Álcool, Sub-Agudo e Crónico. Utilidade Clínica na Doença Hepática

A determinação dos níveis séricos de transferrina deficiente em carbo-hidratos (CDT) e do rácio de transferrina no consumidor abusivo persistente de álcool aparece com promissora utilidade na área da alcoologia. Na série actual demonstra-se excelente especificidade (970 o) no entanto com fraca sensibilidade (52° o) para o CDT. Contudo o rácio CDT Tft adiciona-lhe uma sensibilidade acrescida atingindo 740 o mantendo a elevada especificidade. Nos consumidores abusivos 70g dia) persistentes, este índice que se correlaciona positivamente com a transferrina sérica, é capaz de escurtinar em elevada frequência estas capitações de álcool e mostra uma informação independente pois não se correlaciona significativamente com os níveis dos marcadores biológicos tradicionais (AST, ALT, GGT, VGM). Embora com limitações metodológicas definidas, estes índices prenunciam, com melhoria da acessibilidade técnica, uma aplicabilidade prática no rastreio de consumidores abusivos crónicos. Na área da hepatologia o comportamento do CDT e ácio da transferrina é capaz de afirmar em elevada frequência o envolvimento do etanol no estudo da natureza de uma doença hepática crónica. No entanto, o grau de lesão do figado tomado pelo índice hepático PGA, não influencia apreciavelmente os níveis séricos do CDT e rácio de transferrina. Na presente série, as circunstancias e condições do consumo de álcool parecem ser o determinante independente do carácter informativo que estes índices revelam.

Estudo da biodisponibilidade de princípios activos farmacêuticos por utilização de líquidos iónicos

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau Mestre em Biotecnologia

Saccharomyces cerevisiae como biossensor de arsénio na água: caso de estudo da Ribeira do Bodelhão e do Rio Zêzere

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Tecnologia e Segurança Alimentar

Evidence for Nevirapine Bioactivation in Man: Searching for the First Step in the Mechanism of Nevirapine Toxicity

Despite its efficacy, including in the prevention of vertical transmission, the antiretroviral nevirapine is associated with severe idiosyncratic hepatotoxicity and skin rash. The mechanisms underlying nevirapine toxicity are not fully understood, but drug bioactivation to reactive metabolites capable of forming stable protein adducts is thought to be involved. This hypothesis is based on the paradigm that drug reactive metabolites have the potential to bind to self-proteins, which results in drug-modified proteins being perceived as foreign by the immune system. The aim of the present work was to identify hemoglobin adducts in HIV patients as biomarkers of nevirapine haptenation upon bioactivation. The ultimate goal is to develop diagnostic methods for predicting the onset of nevirapine-induced toxic reactions. All included subjects were adults on nevirapine-containing antiretroviral therapy for at least 1month. The protocol received prior approval from the Hospital Ethics Committees and patients gave their written informed consent. Nevirapine-derived adducts with the N-terminal valine of hemoglobin were analyzed by an established liquid chromatography-electrospray ionization-tandem mass spectrometry method and characterized on the basis of retention time and mass spectrometric fragmentation pattern by comparison with adduct standards prepared synthetically. The nevirapine adducts were detected in 12/13 patient samples, and quantified in 11/12 samples (2.58±0.8 fmol/g of hemoglobin). This work represents the first evidence of nevirapine-protein adduct formation in man and confirms the ability of nevirapine to modify self-proteins, thus providing clues to the molecular mechanisms underlying nevirapine toxicity. Moreover, the possibility of assessing nevirapine-protein adduct levels has the potential to become useful for predicting the onset of nevirapine-induced adverse reactions.

Monitoring Abacavir Bioactivation in Humans: Screening for an Aldehyde Metabolite

The anti-HIV drug abacavir is associated with idiosyncratic hypersensitivity reactions and cardiotoxicity. Although the mechanism underlying abacavir-toxicity is not fully understood, drug bioactivation to reactive metabolites may be involved. This work was aimed at identifying abacavir-protein adducts in the hemoglobin of HIV patients as biomarkers of abacavir bioactivation and protein modification. The protocol received prior approval from the Hospital Ethics Committee, patients gave their written informed consent and adherence was controlled through a questionnaire. Abacavir-derived Edman adducts with the N-terminal valine of hemoglobin were analyzed by an established liquid chromatography-electrospray ionization-tandem mass spectrometry method. Abacavir-valine adducts were detected in three out of ten patients. This work represents the first evidence of abacavir-protein adduct formation in humans. The data confirm the ability of abacavir to modify self-proteins and suggest that the molecular mechanism(s) of some abacavir-induced adverse reactions may require bioactivation.

Síntese de algicidas da família da bacilamida e rearranjos de dióximas-1,3 cíclicas com vista a dessimetrização funcional

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Química Orgânica

Síndrome de Klinefelter. Experiência de uma Consulta de Infertilidade

O Síndrome de Klinefelter é uma das causas mais frequentes de hipogonadismo masculino. As manifestações clínicas do Síndrome de Klinefelter variam consideravelmente de indivíduo para indivíduo. Assim, alguns doentes têm alterações no desenvolvimento dos caracteres sexuais secundários, enquanto que outros não se distinguem de indivíduos saudáveis. Os autores avaliaram a variabilidade de apresentação clínica em 25 doentes com S. de Klinefelter, diagnosticados numa consulta de infertilidade.

Anticorpos Anti-Receptor da TSH na Doença de Graves

Neste trabalho os AA avaliam a sensibilidade, especificidade e valor predictivo do doseamen to dos anticorpos anti-receptor da TSH (TRAb) no diagnóstico da doença de Graves. A população estudada incluiu 80 doentes com doença de Graves recentemente diagnosticada e sem tratamento prévio (grupo 1), 63 doentes com outras patologias tiroideias (grupo II) e 60 indivíduos sem patologia tiroideia (grupo III). Utilizaram uma técnica de radioreceptor, o kit TRAK Henning, que considera positividade> 14 U TRAb L, negatividade 9 e zona cinzenta entre estes 2 valores. No grupo 1, 11 doentes tinham TRAb negativo e 7 situavam-se na zona cinzenta. No grupo II apenas 2 doentes tinham TRAb de 9 e todos os indivíduos do grupo controlo tinham TRAb negativo. Para efeito estatístico foram excluidos os doentes com valores na zona cinzenta. Os valores de sensibilidade e especificidade para o método ensaiado foram respectivamente de 84,5° o e 10000. O valor predictivo foi de 1000 o, o que permite afirmar com segurança que um doente com hipertiroidismo e TRAb positivo tem doença de Graves.

Um estudo sôbre a eosinofilia nas helmintoses

1 - Foram examinadas as fezes de 2.666 indivíduos, operários e funcionários de duas Emprésas industriais, situadas, uma na cidade do Rio de Janeiro e outra no Estado do Rio (Brasil); 2 - Dos 2.666 indivíduos, 1941 (72.80%) estavam parasitados por um ou mais helmintos e 725 (27,20%) tinham seus exames de fezes negativos; 3 - De cada um dos 2.666 indivíduos foi feito um hemograma completo, tendo sido aproveitada a taxa de eosinófilos que, em associação com os exames de fezes, constituiu o objeto principal dêste trabalho. 4 - Na Tabela A observa-se o número de vêzes em que cada um dos vermes foi observado e seus respectivos percentuais. Embora não seja um trabalho de epidemiologia, verifica-se que 46,81% são infestados pelo Trichuris trichiura; 23,85% pelo Strongyloides stercoralis; 22,46% pelo Necator americanus e/ou Ancylostoma duodenale; 20,51% pelo Ascaris lumbricóides; 1,65% pelo Schistosoma mansoni; 0.67% pelo Enterobius vermicularis; 0,26% por Taenia solium ou T. saginata e 0,11% por Hymenolepis nana; 5 - Os exames de fezes foram feitos pelos métodos de Faust (ou de Ritchie), de Willis, de Baermann e de sedimentação; 6 - A eosinofilia anotada foi a relativa ou em seu percentual, sendo considerada hipereosinofilia uma taxa de eosinófilos igual ou superior a 5% (Eo > 5%); 7 - Foram abordados de modo conciso os fatores que provocam oscilações na eosinofilia normal tais como a idade, a raça, as horas do nictêmero, os fatores físicos, o sexo, os fatores químicos e outros; 8 - Tratou-se de modo mais extenso das diferenças entre as hipereosinofilias parasitárias e não parasitárias, tendo sido focalizada a dinâmica da eosinofilia traduzida na curva de Lavier. 9 - A distribuição dos 2.666 casos foi feita pelos diferentes graus de eosinofilia, tendo sido levantados gráficos e traçadas curvas sôbre a distribuição de cada helminto e de suas associações. 10 - Por ser necessário à explanação do assunto, foi criado o "índice eosinofilico", o qual corresponde à relação entre o número de casos de um determinado grupo com Eo > 5% e Eo < 5%. Para o total de casos positivos, ao "índice eosinofílico" denominamos "índice eosinofílico médio" em para o total dos negativos "índice eosinofílico residual"; 11 - Estabelecendo-se o "índice eosinofílico", pode-se ajuizar a capacidade eosinofilogênica de cada helminto isoladamente, bem como a de suas associações; 12 - Atenção especial foi dada aos problemas da existência da hipereosinofilia nos casos com exames coprológicos negativos para helmintos, tendo-se passado em revista vários dos aspectos biológicos que o assunto comporta; 13 - Outra questão de grande importância clínica explanada neste trabalho é a do encontro de casos de parasitismo por vermes, sem hipereosinofilia. O autor, baseado em seus dados e em outros colhidos na literatura sôbre o assunto, discute a fisiopatologia da eosinopoiese nas helmintoses e ojerece uma interpretação para êste fato ainda não defintivamente esclarecido.