Unexpected genomic variability in clinical and environmental strains of the pathogenic yeast Candida parapsilosis

Invasive candidiasis is the most commonly reported invasive fungal infection worldwide. Although Candida albicans remains the main cause, the incidence of emerging Candida species, such as C. parapsilosis is increasing. It has been postulated that C. parapsilosis clinical isolates result from a recent global expansion of a virulent clone. However, the availability of a single genome for this species has so far prevented testing this hypothesis at genomic scales. We present here the sequence of three additional strains from clinical and environmental samples. Our analyses reveal unexpected patterns of genomic variation, shared among distant strains, that argue against the clonal expansion hypothesis. All strains carry independent expansions involving an arsenite transporter homolog, pointing to the existence of directional selection in the environment, and independent origins of the two clinical isolates. Furthermore, we report the first evidence for the existence of recombination in this species. Altogether, our results shed new light onto the dynamics of genome evolution in C. parapsilosis.

Binary proposal for assessing quality of Open Access Institutional Repositories : the case of Spanish repositories

The reason for this study is to propose a new quantitative approach on how to assess the quality of Open Access University Institutional Repositories. The results of this new approach are tested in the Spanish University Repositories. The assessment method is based in a binary codification of a proposal of features that objectively describes the repositories. The purposes of this method are assessing the quality and an almost automatically system for updating the data of the characteristics. First of all a database was created with the 38 Spanish institutional repositories. The variables of analysis are presented and explained either if they are coming from bibliography or are a set of new variables. Among the characteristics analyzed are the features of the software, the services of the repository, the features of the information system, the Internet visibility and the licenses of use. Results from Spanish universities ARE provided as a practical example of the assessment and for having a picture of the state of the development of the open access movement in Spain.

Testing of Vacuum Drum Filter

Tämän diplomityön tavoitteena oli testata ja optimoida erään alipainerumpusuodattimen toimivuutta, ja lisäksi maksimoida tuottavuus ja vertailla erilaisten pesumenetelmientehokkuutta. Testilietteiden ¿ rautarikasteen ja täyteainepastan ¿ karakterisointi oli myös tärkeää. Kirjallisuusosassa tarkasteltiin lyhyesti neste-kiintoaine-erotuksen teoriaa, erityisesti alipainesuodatusta ja alipainerumpusuodattimia. Lisäksi käsiteltiin kapillaarisuodatuksen toimintaperiaatteita sekä selvitettiin kaivosteollisuuden veden talteenottokeinoja, kiintoainejäämien käsittelymenetelmiä ja Chilen kaivosteollisuuden nykytilaa. Työn kokeellinen osa suoritettiin käyttämällä raskaita ja kiintoainepitoisuuksiltaan korkeita lietteitä, eli rautarikastetta ja täyteainepastaa. Kokeet suoritettiin erityisellä alipainerumpusuodattimella, joka oli muokattu perinteisestäpäältä syötettävästä alipainerumpusuodattimesta. Kokeissa tutkittiin pyörimisnopeuden ja erilaisten pesumenetelmien vaikutusta kakun kosteuteen ja suodatuskapasiteettiin. Koelietteiden karakterisointi suoritettiin analysoimalla partikkelikokojakauma, kiintoainepitoisuus, metallipitoisuus ja koostumus. Kokeiden perusteella havaittiin, että rummun pyörimisnopeudella ja lietteen kiintoainepitoisuudella on merkittävä vaikutus suodatuskapasiteettiin ja kakun kosteuspitoisuuteen. Havaittiin myös, että kakun kosteuspitoisuuksissa ja rummun suodatuskapasiteeteissa oli eroja, kun verrattiin eri suodatinväliaineen pesumenetelmiä. Täten oikean pesumenetelmän valinta on tärkeää, ja sillä pystytään lisäämään suodatinväliaineen käyttöikää.

Test automation in Basic Acceptance Testing of S60 platform

Perushyväksymistestaus on oleellinen osa S60 alustan julkaisukandidaatin maturiteetin seurannassa. Perushyväksymistestausta tehdään myös ohjelmiston julkistamiskelpoisuuden varmistamiseksi. Testaustulokset halutaan aina mahdollisimman nopeasti. Lisäksi testaustiimin työmäärä on hiljalleen kasvanut, koska projekteja onenemmän ja korjauksia sisältäviä ja räätälöityjä settejä testataan enemmän. Tässä diplomityössä tutkitaan lyhentäisikö testisetin osan automatisointi testien ajoaikaa ja helpottaisiko se testaajien työtaakkaa. Tarkastelu toteutetaan automatisoimalla osa testisetistä ja kokemuksia esitellään tässä lopputyössä.

Automated User Interface testing in Symbian Operating System

Tässä diplomityössä tutkitaan automatisoitua testausta ja käyttöliittymätestauksen tekemistä helpommaksi Symbian-käyttöjärjestelmässä. Työssä esitellään Symbian ja Symbian-sovelluskehityksessä kohdattavia haasteita. Lisäksi kerrotaan testausstrategioista ja -tavoista sekä automatisoidusta testaamisesta. Lopuksi esitetään työkalu, jolla testitapausten luominen toiminnalisuus- ja järjestelmätestaukseen tehdään helpommaksi. Graafiset käyttöliittymättuovat ainutlaatuisia haasteita ohjelmiston testaamiseen. Ne tehdään usein monimutkaisista komponenteista ja niitä suunnitellaan jatkuvasti uusiksi ohjelmistokehityksen aikana. Graafisten käyttöliittymien testaukseen käytetään usein kaappaus- ja toistotyökaluja. Käyttöliittymätestauksen testitapausten suunnittelu ja toteutus vaatii paljon panostusta. Koska graafiset käyttöliittymät muodostavat suuren osan koodista, voitaisiin säästää paljon resursseja tekemällä testitapausten luomisesta helpompaa. Käytännön osuudessa toteutettu projekti pyrkii tähän tekemällä testiskriptien luomisesta visuaalista. Näin ollen itse testien skriptikieltä ei tarvitse ymmärtää ja testien hahmottaminen on myös helpompaa.

Monitoring System Resources During Automated Testing in Symbian Operating System

Tässä diplomityössä esitellään ohjelmistotestauksen ja verifioinnin yleisiä periaatteita sekä käsitellään tarkemmin älypuhelinohjelmistojen verifiointia. Työssä esitellään myös älypuhelimissa käytettävä Symbian-käyttöjärjestelmä. Työn käytännön osuudessa suunniteltiin ja toteutettiin Symbian-käyttöjärjestelmässä toimiva palvelin, joka tarkkailee ja tallentaa järjestelmäresurssien käyttöä. Verifiointi on tärkeä ja kuluja aiheuttava tehtävä älypuhelinohjelmistojen kehityssyklissä. Kuluja voidaan vähentää automatisoimalla osa verifiointiprosessista. Toteutettu palvelin automatisoijärjestelmäresurssien tarkkailun tallentamalla tietoja niistä tiedostoon testien ajon aikana. Kun testit ajetaan uudestaan, uusia tuloksia vertaillaan lähdetallenteeseen. Jos tulokset eivät ole käyttäjän asettamien virherajojen sisällä, siitä ilmoitetaan käyttäjälle. Virherajojen ja lähdetallenteen määrittäminen saattaa osoittautua vaikeaksi. Kuitenkin, jos ne määritetään sopivasti, palvelin tuottaa hyödyllistä tietoa poikkeamista järjestelmäresurssien kulutuksessa testaajille.

Five-year monitoring of a gay-friendly voluntary counselling and testing facility in Switzerland: who got tested and why?

ABSTRACT: BACKGROUND: An increase in new HIV cases among men who have sex with men (MSM) has been reported in Switzerland since 2001. A rapid result HIV testing for MSM through voluntary counselling and testing (VCT) facility ("Checkpoint") was opened in Geneva in 2005. This gay-friendly facility, the first to open in Switzerland, provides testing for sexually transmitted infections (STI) and rapid result HIV testing and counselling. Our objective was to analyze Checkpoint's activity over its first five years of activity and its ability to attract at-risk MSM. METHODS: We used routine data collected anonymously about the facility activity (number of clients, number of tests, and test results) and about the characteristics of the clientele (sociodemographic data, sexual risk behaviour, and reasons for testing) from 2005 to 2009. RESULTS: The yearly number of HIV tests performed increased from 249 in 2005 to 561 in 2009. The annual proportion of positive tests among tests performed varied between 2% and 3%. Among MSM clients, the median annual number of anal intercourse (AI) partners was three. Roughly 30% of all MSM clients had at least one unprotected anal intercourse (UAI) experience in the previous 12 months with a partner of different/unknown HIV status.The main reason for testing in 2007, 2008, and 2009 was "sexual risk exposure" (~40%), followed by "routine" testing (~30%) and "condom stopping in the beginning of a new steady relationship" (~10%). Clients who came to the facility after a sexual risk exposure, compared to clients who came for "routine testing" or "condom stopping" reasons, had the highest number of AI partners in the previous 12 months, were more likely to have had UAI with a partner of different/unknown HIV status in the previous 12 months (respectively 57.3%, 12.5%, 23.5%), more likely to have had an STI diagnosed in the past (41.6%, 32.2%, 22.9%), and more likely to report recent feelings of sadness or depression (42.6%; 32.8%, 18.5%). CONCLUSION: Many of Checkpoint's clients reported elevated sexual risk exposure and risk factors, and the annual proportion of new HIV cases in the facility is stable. This VCT facility attracts the intended population and appears to be a useful tool contributing to the fight against the HIV epidemic among MSM in Switzerland.

Unlicensed Mobile Access Concept from Testing Point of View

Viime vuosikymmenien aikana kommunikaatioteknologiat ovat kehittyneet erittäin paljon. Uusia verkkoja, liityntätekniikoita, protokollia ja päätelaitteita on luotu alati kehittyvällä vauhdilla, eikä hidastumisen merkkejä ole näkyvissä. Varsinkin mobiilisovellukset ovat kasvattaneet markkinaosuuksiaan viime aikoina. Unlicensed MobileAccess (UMA) on uusi liityntätekniikka mobiilipäätelaitteille, joka mahdollistaa liitynnän GSM- runkoverkkoon WLAN- tai Bluetooth - tekniikoiden avulla. Tämä diplomityö keskittyy UMAan liittyviin teknologioihin, joita tarkastellaan lähemmin ensimmäisissä kappaleissa. Tavoitteena on esitellä, mitä UMA merkitsee, ja kuinka eri tekniikoita voidaan soveltaa sen toteutuksissa. Ennenkuin uusia teknologioita voidaan soveltaa kaupallisesti, täytyy niiden olla kokonaisvaltaisesti testattuja. Erilaisia testausmenetelmiä sovelletaan laitteistonja ohjelmiston testaukseen, mutta tavoite on kuitenkin sama, eli vähentää testattavan tuotteen epäluotettavuutta ja lisätä sen laatua. Vaikka UMA käsittääkin pääasiassa jo olemassa olevia tekniikoita, tuo se silti mukanaan uuden verkkoelementin ja kaksi uutta kommunikaatioprotokollaa. Ennen kuin mitään UMAa tukevia ratkaisuja voidaan tuoda markkinoille, monia erilaisia testausmenetelmiä on suoritettava, jotta varmistutaan uuden tuotteen oikeasta toiminnallisuudesta. Koska tämä diplomityö käsittelee uutta tekniikkaa, on myös testausmenetelmien yleisen testausteorian käsittelemiselle varattu oma kappale. Kappale esittelee erilaisia testauksen näkökulmia ja niihin perustuen rakennetaan myös testausohjelmisto. Tavoitteena on luoda ohjelmisto, jota voidaan käyttää UMA-RR protokollan toiminnan varmentamiseen kohdeympäristössä.

Testing of Access Network's Internet Protocol Television Features

Testaus on tänä päivänä olennainen osa tuotekehitysprosessia koko tuotteen elinkaaren ajan, myös tietoliikennetekniikassa. Tietoverkoille asetetut tiukat vaatimukset ympärivuorokautisen toimivuuden suhteen nostavatmyös niiden testauksen tason ja laadun merkitystä. Erityisesti verkkojen uudet toiminnallisuudet, joilla ei ole vielä vuosia kestäneen käytön ja kehityksen tuomaa varmuus- ja laatutasoa, tuovat haasteita testauksen toteutukselle. Televisiokuvan välityksen Internetin yli mahdollistavat ominaisuudet ovat esimerkki tällaisista toiminnallisuuksista. Tässä diplomityössä käsitellään Tellabs Oy:n tuotekehitysosastolla vuosina 2005 ja 2006 toteutetun, erään operaattorin laajakaistaliityntäverkon päivitysprojektin testausosuutta. Kattavamman tarkastelun kohteena ovat erityisesti verkkoon lisättyjen laajakaistatelevisio- eli IPTV-toiminnallisuuksien integraatio- ja systeemitestausmenetelmät.

Pulmonary embolism severity index and troponin testing for the selection of low-risk patients with acute symptomatic pulmonary embolism.

Summary Background: The combination of the Pulmonary Embolism Severity Index (PESI) and troponin testing could help physicians identify appropriate patients with acute pulmonary embolism (PE) for early hospital discharge. Methods: This prospective cohort study included a total of 567 patients from a single center registry with objectively confirmed acute symptomatic PE. On the basis of the PESI, each patient was classified into 1 of 5 classes (I to V). At the time of hospital admission, patients had troponin I (cTnI) levels measured. The endpoint of the study was all-cause mortality within 30 days after diagnosis. We calculated the mortality rates in 4 patient groups: group 1: PESI class I-II plus cTnI <0.1 ng mL(-1); group 2: PESI classes III-V plus cTnI <0.1 ng mL(-1); group 3: PESI classes I-II plus cTnI >/= 0.1 ng mL(-1); and group 4: PESI classes III-V plus cTnI >/= 0.1 ng mL(-1). Results: The study cohort had a 30-day mortality of 10% (95% confidence interval [CI], 7.6 to 12.5%). Mortality rates in the 4 groups were 1.3%, 14.2%, 0% and 15.4%, respectively. Compared to non-elevated cTnl, the low-risk PESI had a higher negative predictive value (NPV) (98.9% vs 90.8%) and negative likelihood ratio (NLR) (0.1 vs 0.9) for predicting mortality. The addition of non-elevated cTnI to low-risk PESI did not improve the NPV or the NLR compared to either test alone. Conclusions: Compared to cTnl testing, PESI classification more accurately identified patients with PE who are at low risk of all-cause death within 30-days of presentation.

A case of acute retinal pigment epithelitis: spectral domain optical coherence tomography time course and physiopathologic hypothesis.

PURPOSE: To report the time course of retinal morphologic changes in a patient with acute retinal pigment epithelitis (ARPE) using spectral domain optical coherence tomography (SD-OCT). METHODS: A 30-year old man was referred for blurred vision of his right eye after five days that appeared suddenly 15 days after recovery from a flu-like syndrome. SD-OCT was performed immediately, followed by fluorescein and infracyanine angiography at eight days and then at three weeks. RESULTS: At presentation, a bubble of sub-macular deposit was observed on the right macula with central golden micronodules in a honeycomb pattern. SD-OCT showed an "anterior dislocation" of all the retinal layers up to the inner/outer segment (IS/OS) line and irregular deposits at the OS level together with thickening of the retinal pigment epithelial (RPE) layer. As visual acuity increased, eight days later, the OCT showed reduction of the sub-retinal deposits and an abnormal hyperflectivity of the sub-retinal and RPE layers was observed. The patient showed a positive serology for picornavirus. DISCUSSION: The acute SD-OCT sections of this patient with ARPE were compared with histological sections of a 35 day old Royal College of Surgeons rat. Similar findings could be observed, with preservation of the IS/OS line and accumulation of debris at the OS level, suggesting that ARPE symptoms could result from a transient phagocytic dysfunction of the RPE at the fovea, inducing reversible accumulation of undigested OS. Picornaviruses comprising enterovirus and coxsachievirus described as being associated with acute chorioretinitis. In this case, it was responsible for ARPE. CONCLUSION: We hypothesize that ARPE syndrome results from a transient dysfunction of RPE, which can occur as a post viral reaction.

Strategies and tools for preventing neurotoxicity: to test, to predict and how to do it

A change in paradigm is needed in the prevention of toxic effects on the nervous system, moving from its present reliance solely on data from animal testing to a prediction model mostly based on in vitro toxicity testing and in silico modeling. According to the report published by the National Research Council (NRC) of the US National Academies of Science, high-throughput in vitro tests will provide evidence for alterations in"toxicity pathways" as the best possible method of large scale toxicity prediction. The challenges to implement this proposal are enormous, and provide much room for debate. While many efforts address the technical aspects of implementing the vision, many questions around it need also to be addressed. Is the overall strategy the only one to be pursued? How can we move from current to future paradigms? Will we ever be able to reliably model for chronic and developmental neurotoxicity in vitro? This paper summarizes four presentations from a symposium held at the International Neurotoxicology Conference held in Xi"an, China, in June 2011. A. Li reviewed the current guidelines for neurotoxicity and developmental neurotoxicity testing, and discussed the major challenges existing to realize the NCR vision for toxicity testing. J. Llorens reviewed the biology of mammalian toxic avoidance in view of present knowledge on the physiology and molecular biology of the chemical senses, taste and smell. This background information supports the hypothesis that relating in vivo toxicity to chemical epitope descriptors that mimic the chemical encoding performed by the olfactory system may provide a way to the long term future of complete in silico toxicity prediction. S. Ceccatelli reviewed the implementation of rodent and human neural stem cells (NSCs) as models for in vitro toxicity testing that measures parameters such as cell proliferation, differentiation and migration. These appear to be sensitive endpoints that can identify substances with developmental neurotoxic potential. C. Sun ol reviewed the use of primary neuronal cultures in testing for neurotoxicity of environmental pollutants, including the study of the effects of persistent exposures and/or in differentiating cells, which allow recording of effects that can be extrapolated to human developmental neurotoxicity.

Development of a Testing Method for Convertibility of Paperboard

Työssä tutkittiin muovattujen kartonkivuokien sekä muovattujen kartonkinäytteiden rinnastettavuutta. Puristusvaiheen prosessiolosuhteiden miellettiin vaikuttavan eniten multidimensionaliseen muodonmuutokseen. Multidimensionaalista muodonmuutosta simuloitiin uudella muovaamiseen soveltuvalla muovauslaitteella. Kirjallisuusosassa keskeisiä teemoja ovat kartongin muovaus sekä kuitupohjaisen materiaalin reologinen käyttäytyminen. Kirjallisuusosassa esitellään lisäksi yksi tekninen sovellus, jonka avulla kyetään ennustamaan kuitumateriaalin muovautuvuutta sekä mittaamaan tapahtunutta muodonmuutosta. Prosessiparametrien teoreettista vaikutustakuituihin tarkastellaan myös kirjallisuusosassa. Kokeellisessa osassa toteutettiin kartonkivuokien valmistus puristamalla. Vastaavilla prosessiparametreilla muovattiin myös pienemmät testinäytteet. Perinteiset yksidimensionaliset deformaatiomittaukset toteutettiin lujuusominaisuuksien laboratoriomäärityksinä. Myös kitka, joka toimii tärkeänä muuttujana prässäysprosessissa, mitattiin laboratorio-olosuhteissa. Tämän työn tulokset osoittavat uuden kehitetyn muovausmenetelmän toimivuuden. Asema-voima kuvaajat ovat selkeitä sekä helposti luettavia. Tuloksissa havaittiin materiaalin muovauspotentiaalin sekä asema-voima kuvaajan välillä vallitseva yhteys. Erittäin merkittävä huomio oli myös, että muovipäällystetyllä kartongilla oli yhteys päällystämättömän kartongin asema-voima kuvaajaan. Tämä tulos osoittaa, että muovipäällystetyn kartongin muovautuvuutta voi olla mahdollista ennustaa pohjakartongin muovautuvuustulosten perusteella. Perinteiset yksidimensionaliset laboratoriomittaukset eivät kykene antamaan riittävää informaatiota muovautuvuuden ennustamiseen. Tästä näkökulmasta on tärkeää että kartongin multidimensionalista muotoutuvuutta voidaankin tutkia kehitetyllä muovausmenetelmällä.