tmRDB (tmRNA database)

The tmRNA database (tmRDB) is maintained at the University of Texas Health Science Center at Tyler, Texas, and accessible on the World Wide Web at the URL http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html. Mirror sites are located at Auburn University, Auburn, Alabama (http://www.ag.auburn.edu/mirror/tmRDB/) and the Institute of Biological Sciences, Aarhus, Denmark (http://www.bioinf.au.dk/tmRDB/). The tmRDB provides information and citation links about tmRNA, a molecule that combines functions of tRNA and mRNA in trans-translation. tmRNA is likely to be present in all bacteria and has been found in algae chloroplasts, the cyanelle of Cyanophora paradoxa and the mitochondrion of the flagellate Reclinomonas americana. This release adds 26 new sequences and corresponding predicted tmRNA-encoded tag peptides for a total of 86 tmRNAs, ordered alphabetically and phylogenetically. Secondary structures and three-dimensional models in PDB format for representative molecules are being made available. tmRNA alignments prove individual base pairs and are generated manually assisted by computational tools. The alignments with their corresponding structural annotation can be obtained in various formats, including a new column format designed to improve and simplify computational usability of the data.

SRPDB (Signal Recognition Particle Database)

Signal recognition particle (SRP) is a stable cytoplasmic ribonucleoprotein complex that serves to translocate secretory proteins across membranes during translation. The SRP Database (SRPDB) provides compilations of SRP components, ordered alphabetically and phylogenetically. Alignments emphasize phylogenetically-supported base pairs in SRP RNA and conserved residues in the proteins. Data are provided in various formats including a column arrangement for improved access and simplified computational usability. Included are motifs for identification of new sequences, SRP RNA secondary structure diagrams, 3-D models and links to high-resolution structures. This release includes 11 new SRP RNA sequences (total of 129), two protein SRP9 sequences (total of seven), two protein SRP14 sequences (total of 10), two protein SRP19 sequences (total of 16), 10 new SRP54 (ffh) sequences (total of 66), two protein SRP68 sequences (total of seven) and two protein SRP72 sequences (total of nine). Seven sequences of the SRP receptor α-subunit and its FtsY homolog (total of 51) are new. Also considered are β-subunit of SRP receptor, Flhf, Hbsu, CaM kinase II and cpSRP43. Access to SRPDB is at http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html and the European mirror http://www.medkem.gu.se/dbs/SRPDB/SRPDB.html

The Zebrafish Information Network (ZFIN): a resource for genetic, genomic and developmental research

The Zebrafish Information Network, ZFIN, is a WWW community resource of zebrafish genetic, genomic and developmental research information (http://zfin.org). ZFIN provides an anatomical atlas and dictionary, developmental staging criteria, research methods, pathology information and a link to the ZFIN relational database (http://zfin.org/ZFIN/). The database, built on a relational, object-oriented model, provides integrated information about mutants, genes, genetic markers, mapping panels, publications and contact information for the zebrafish research community. The database is populated with curated published data, user submitted data and large dataset uploads. A broad range of data types including text, images, graphical representations and genetic maps supports the data. ZFIN incorporates links to other genomic resources that provide sequence and ortholog data. Zebrafish nomenclature guidelines and an automated registration mechanism for new names are provided. Extensive usability testing has resulted in an easy to learn and use forms interface with complex searching capabilities.

Scientific bases of human-machine communication by voice.

The scientific bases for human-machine communication by voice are in the fields of psychology, linguistics, acoustics, signal processing, computer science, and integrated circuit technology. The purpose of this paper is to highlight the basic scientific and technological issues in human-machine communication by voice and to point out areas of future research opportunity. The discussion is organized around the following major issues in implementing human-machine voice communication systems: (i) hardware/software implementation of the system, (ii) speech synthesis for voice output, (iii) speech recognition and understanding for voice input, and (iv) usability factors related to how humans interact with machines.

Avaliação de incertezas na calibração automática do modelo SWMM

Este trabalho é referente ao desenvolvimento de um calibrador multiobjetivo automático do modelo SWMM (Storm Water Management Model), e avaliação de algumas fontes de incertezas presentes no processo de calibração, visando à representação satisfatória da transformação chuva-vazão. O código foi escrito em linguagem C, e aplica os conceitos do método de otimização multiobjetivo NSGAII (Non Dominated Sorting Genetic Algorithm) com elitismo controlado, além de utilizar o código fonte do modelo SWMM para a determinação das vazões simuladas. Paralelamente, também foi criada uma interface visual, para melhorar a facilidade de utilização do calibrador. Os testes do calibrador foram aplicados a três sistemas diferentes: um sistema hipotético disponibilizado no pacote de instalação do SWMM; um sistema real de pequenas dimensões, denominado La Terraza, localizado no município de Sierra Vista, Arizona (EUA); e um sistema de maiores dimensões, a bacia hidrográfica do Córrego do Gregório, localizada no município de São Carlos (SP). Os resultados indicam que o calibrador construído apresenta, em geral, eficiência satisfatória, porém é bastante dependente da qualidade dos dados observados em campo e dos parâmetros de entrada escolhidos pelo usuário. Foi demonstrada a importância da escolha dos eventos utilizados na calibração, do estabelecimento de limites adequados nos valores das variáveis de decisão, da escolha das funções objetivo e, principalmente, da qualidade e representatividade dos dados de monitoramento pluvio e fluviométrico. Conclui-se que estes testes desenvolvidos contribuem para o entendimento mais aprofundado dos processos envolvidos na modelagem e calibração, possibilitando avanços na confiabilidade dos resultados da modelagem.

RADIANCE-A planning software for intra-operative radiation therapy

In the last decades accumulated clinical evidence has proven that intra-operative radiation therapy (IORT) is a very valuable technique. In spite of that, planning technology has not evolved since its conception, being outdated in comparison to current state of the art in other radiotherapy techniques and therefore slowing down the adoption of IORT. RADIANCE is an IORT planning system, CE and FDA certified, developed by a consortium of companies, hospitals and universities to overcome such technological backwardness. RADIANCE provides all basic radiotherapy planning tools which are specifically adapted to IORT. These include, but are not limited to image visualization, contouring, dose calculation algorithms-Pencil Beam (PB) and Monte Carlo (MC), DVH calculation and reporting. Other new tools, such as surgical simulation tools have been developed to deal with specific conditions of the technique. Planning with preoperative images (preplanning) has been evaluated and the validity of the system being proven in terms of documentation, treatment preparation, learning as well as improvement of surgeons/radiation oncologists (ROs) communication process. Preliminary studies on Navigation systems envisage benefits on how the specialist to accurately/safely apply the pre-plan into the treatment, updating the plan as needed. Improvements on the usability of this kind of systems and workflow are needed to make them more practical. Preliminary studies on Intraoperative imaging could provide an improved anatomy for the dose computation, comparing it with the previous pre-plan, although not all devices in the market provide good characteristics to do so. DICOM.RT standard, for radiotherapy information exchange, has been updated to cover IORT particularities and enabling the possibility of dose summation with external radiotherapy. The effect of this planning technology on the global risk of the IORT technique has been assessed and documented as part of a failure mode and effect analysis (FMEA). Having these technological innovations and their clinical evaluation (including risk analysis) we consider that RADIANCE is a very valuable tool to the specialist covering the demands from professional societies (AAPM, ICRU, EURATOM) for current radiotherapy procedures.

Desenvolvimento de video educativo para a aprendizagem do autocateterismo vesical intermitente

A bexiga neurogênica é uma disfunção vesical decorrente principalmente da lesão medular. O cateterismo vesical intermitente é o tratamento mais indicado na atualidade, deve ser realizado de 4 a 6 vezes ao dia, durante toda a vida, visando a proteção do trato urinário superior e a aquisição da continência urinária. Na reabilitação desses indivíduos, a autocateterização vesical é um desafio enfrentado na busca pela autonomia, privacidade, inserção social e participação. Os vídeos educativos são utilizados para o aprendizado do autocateterismo em vários países, por serem de fácil utilização e acesso via internet. Apesar disso, não existem vídeos realizados para o contexto brasileiro, levando em consideração os cateteres urinários e a técnica utilizada no Brasil. Este estudo teve como objetivo desenvolver e validar um vídeo educativo para a realização do autocateterismo vesical intermitente limpo. Trata-se de um estudo quantitativo, desenvolvido em duas fases: 1ª fase com a avaliação de vídeos educativos públicos direcionados para a aprendizagem do autocateterismo vesical intermitente com a técnica limpa; e 2ª Fase, com o desenvolvimento e validação de um vídeo educativo voltado para aprendizagem do autocateterismo. O levantamento dos vídeos utilizou um site de compartilhamento de vídeos utilizando o descritor \"autocateterismo\". Os vídeos foram avaliados por três juízes da área de saúde. O processo de desenvolvimento e validação do roteiro do vídeo educativo utilizou questionários previamente ratificados. Participaram dessas etapas, respectivamente, 18 e 17 juízes experts em reabilitação e/ou no ensino em saúde. O levantamento mostrou que apenas 3,5% (172) do total de vídeos disponíveis no site pesquisado eram voltados para o aprendizado do autocateterismo no contexto brasileiro. Seis vídeos eram específicos para o autocateterismo, dos quais quatro tinham informações desatualizadas ou incorretas, apenas dois atingiram a pontuação aceitável. Na validação do roteiro observou-se um predomínio de participantes do sexo feminino (94,44%), com idade de 30 a 60 anos, dos quais 72,22% possuíam mestrado e 50% atuavam há mais de cinco anos na área de reabilitação. O roteiro foi considerado validado com 96,29% das respostas dos juízes \"concordo\" ou \"concordo totalmente\" nas questões referentes ao quesito objetivo, 91,09% para quesito conteúdo, 98,12% em relação ao quesito relevância, 75% quanto ao quesito ambiente, 71,11% no quesito linguagem verbal e 92,70% referente à inclusão de tópicos. A produção do vídeo contou com uso de tecnologia 3D e apoio de uma equipe técnica especializada. No que se refere à validação do conteúdo do vídeo educativo, o conteúdo do vídeo foi considerado validado com 100% dos juízes que responderam \"concordo\" ou \"concordo totalmente\" nas questões referentes à funcionalidade, 86,27% referentes à usabilidade, 97,06% no quesito eficiência, 100% para técnica audiovisual, 94,11% quanto ao ambiente e 97,05% procedimento. O vídeo educativo foi avaliado positivamente tanto pela qualidade das informações quanto pela didática do ensino, mostrando a relevância da validação de materiais educativos. A expectativa é disseminar o vídeo educativo em diferentes centros de reabilitação e Universidades, visando propagar e tornar o conhecimento sobre a temática mais acessível à sociedade e aos profissionais de saúde, em especial os de reabilitação. Além de incentivar e embasar metodologicamente o desenvolvimento de outros vídeos educativos na área da saúde

Koala: sistema para integração de métodos de predição e análise de estruturas de proteína

A Biologia Computacional tem desenvolvido algoritmos aplicados a problemas relevantes da Biologia. Um desses problemas é a Protein Structure Prediction (PSP). Vários métodos têm sido desenvolvidos na literatura para lidar com esse problema. Porém a reprodução de resultados e a comparação dos mesmos não têm sido uma tarefa fácil. Nesse sentido, o Critical Assessment of protein Structure Prediction (CASP), busca entre seus objetivos, realizar tais comparações. Além disso, os sistemas desenvolvidos para esse problema em geral não possuem interface amigável, não favorecendo o uso por não especialistas da computação. Buscando reduzir essas dificuldades, este trabalho propões o Koala, um sistema baseado em uma plataforma web, que integra vários métodos de predição e análises de estruturas de proteínas, possibilitando a execução de experimentos complexos com o uso de fluxos de trabalhos. Os métodos de predição disponíveis podem ser integrados para a realização de análises dos resultados, usando as métricas RMSD, GDT-TS ou TM-Score. Além disso, o método Sort by front dominance (baseado no critério de optimalidade de Pareto), proposto nesse trabalho, consegue avaliar predições sem uma estrutura de referência. Os resultados obtidos, usando proteínas alvo de artigos recentes e do CASP11, indicam que o Koala tem capacidade de realizar um conjunto relativamente grande de experimentos estruturados, beneficiando a determinação de melhores estruturas de proteínas, bem como o desenvolvimento de novas abordagens para predição e análise por meio de fluxos de trabalho.

Desenvolvimento de um aplicativo do Kinect para fins de intervenção com pacientes com hanseníase

Os sistemas interativos estão cada vez mais presentes como recursos tecnológicos utilizados pelo homem, sendo que para que a interação ocorra é necessária uma adaptação destes aparatos às reais necessidades do homem. Para garantir a qualidade de interação é preciso focar no princípio da usabilidade do sistema, desenvolvido por Jakob Nielsen, (1994) aprimorando com isso aspectos de acessibilidade, flexibilidade e eficiência no uso, para que o recurso tecnológico torne-se um objeto de modificação nesta relação. Objetivo: desenvolver um painel interativo utilizando a tecnologia Kinect e com isso fornecer informações sobre autocuidado e prevenção de incapacidades da hanseníase para pacientes e profissionais da saúde. Metodologia: Está baseada no modelo consensual que propõe uma solução para o problema de projeto e apresenta-se dividida em quatro fases: (1) projeto informacional; (2) projeto conceitual; (3) projeto preliminar e (4) projeto detalhado. Resultados: foi produzido um protótipo contendo imagens, texto e vídeos com informações sobre a Hanseníase. Este é composto por material coletado nos manuais produzidos pelo Ministério da Saúde para orientação de cuidados na Hanseníase e um vídeo inserido para demonstrar como seria o acesso a este recurso, acessados por meio dos movimentos dos membros superiores no qual a pessoa posiciona-se, em frente ao painel, a uma distância de 80 cm, e seleciona o que deseja ver com uma das mãos, que se torna a \"mão virtual\" movida na tela e seleciona o material instrucional. Os requisitos funcionais e não funcionais foram organizados contendo a caracterização das imagens de forma legível e nítida e opções de textos buscando a compreensão e o acesso da população. Foram desenvolvidos 16 vídeos que ensinam como realizar os exercícios para prevenir incapacidades e possíveis deformidades, estimulando assim o autocuidado. Conclusão: O desenvolvimento de material educacional sobre a Hanseníase que utilize as novas tecnologias é escasso e pouco explorado pelos profissionais da reabilitação na hanseníase. Investir em ações que visem tornar a pessoa mais informada sobre sua doença e segura sobre seu tratamento, pode contribuir para a autonomia em parte dos cuidados e as novas tecnologias podem funcionar como importante aliado neste processo.

Development of the DORI-TBI: An Investigation to Develop a New Screening Measure to Determine Consultation with a School-Based Brain Injury Resource Team

Brain injury is the leading cause of disability and death in children in the United States. Student re-entry into the school setting following a traumatic brain injury is crucial to student success. Multidisciplinary teams within the school district comprised of individuals with expertise in brain injury are ideal in implementing student specific treatment plans given their specialized training and wide range of expertise addressing student needs. Therefore, the purpose of this study is to develop and initially validate a quantitative instrument that school personnel can use to determine if a student, identified as having a traumatic brain injury, will benefit from district-level consultation from a brain injury team. Three studies were designed to investigate the research questions. In study one, the planning and construction of the DORI-TBI was completed. Study two addressed the content validity of the DORI-TBI through a comparison analysis with other referral forms, content review with experts in the field of TBI, and cognitive interviews with professionals to test the usability of the new screening tool. In study three, a field administration was conducted using vignettes to measure construct validity. Results produced a valid and reliable new screening instrument that can aid school-based teams to more efficiently utilize district level consultation with a brain injury support team.

Design of online practical lessons in colorimetry

Applied colorimetry is an important module in the program of the elective subject "Colour Science: industrial applications”. This course is taught in the Optics and Optometry Degree and it has been used as a testing for the application of new teaching and assessment techniques consistent with the new European Higher Education Area. In particular, the main objective was to reduce the attendance to lessons and encourage the individual and collective work of students. The reason for this approach is based on the idea that students are able to work at their own learning pace. Within this dynamic work, we propose online lab practice based on Excel templates that our research group has developed ad-hoc for different aspects of colorimetry, such as conversion to different colour spaces, calculation of perceptual descriptors (hue, saturation, lightness), calculation of colour differences, colour matching dyes, etc. The practice presented in this paper is focused on the learning of colour differences. The session is based on a specific Excel template to compute the colour differences and to plot different graphs with these colour differences defined at different colour spaces: CIE ΔE, CIE ΔE94 and the CIELAB colour space. This template is implemented on a website what works by addressing the student work at a proper and organized way. The aim was to unify all the student work from a website, therefore the student is able to learn in an autonomous and sequential way and in his own pace. To achieve this purpose, all the tools, links and documents are collected for each different proposed activity to achieve guided specific objectives. In the context of educational innovation, this type of website is normally called WebQuest. The design of a WebQuest is established according to the criteria of usability and simplicity. There are great advantages of using WebQuests versus the toolbox “Campus Virtual” available in the University of Alicante. The Campus Virtual is an unfriendly environment for this specific purpose as the activities are organized in different sectors depending on whether the activity is a discussion, an activity, a self-assessment or the download of materials. With this separation, it is more difficult that the student follows an organized sequence. However, our WebQuest provides a more intuitive graphical environment, and besides, all the tasks and resources needed to complete them are grouped and organized according to a linear sequence. In this way, the student guided learning is optimized. Furthermore, with this simplification, the student focuses on learning and not to waste resources. Finally, this tool has a wide set of potential applications: online courses of colorimetry applied for postgraduate students, Open Course Ware, etc.

Viabilidad de utilización de una pasta de cemento con nanofibras de carbono como ánodo en la extracción electroquímica de cloruros en hormigón

En la aplicación de la técnica de extracción electroquímica de cloruros (EEC), tradicionalmente se ha venido empleando como ánodo externo una malla de Ti-RuO2. En este artículo se aportan los resultados de investigaciones basadas en la utilización de ánodos formados por pasta de cemento conductora con adición de nanofibras de carbono (NFC) y su aplicación en EEC. Las experiencias se desarrollaron en probetas de hormigón contaminado previamente con cloruro. Las eficiencias alcanzadas se compararon con las obtenidas empleando un ánodo tradicional (Ti-RuO2), así como pastas de cemento con adición de otros materiales carbonosos. Los resultados muestran la viabilidad en la utilización de la pasta de cemento conductora con NFC como ánodo en la aplicación en EEC en hormigón, encontrándose eficiencias similares a las obtenidas con la tradicional malla de Ti-RuO2 pero teniendo la ventaja añadida sobre esta de que es posible adaptarla a geometrías estructurales complejas al ser aplicada en forma de pasta.

Opinión de los futuros maestros sobre el diseño y uso de murales multimedia como recurso didáctico

En este artículo se presenta una investigación que muestra la opinión de los futuros docentes sobre el diseño y creación de murales multimedia como recurso didáctico en el aula. Se ha recogido la opinión de alumnos de segundo curso del Grado de Maestro en Educación Infantil de la Universidad de Alicante mediante la aplicación de un cuestionario online centrado en las dimensiones: usabilidad, motivación, satisfacción en los resultados que genera, ventajas y desventajas de la herramienta, y uso e importancia del recurso. Los resultados ponen de relieve la importancia de la alfabetización tecnológica a partir de la creación de e-contenidos.

Evaluación de la ansiedad escolar: revisión de cuestionarios, inventarios y escalas

El objetivo de este trabajo fue doble. En primer lugar se describen los cuestionarios, inventarios y escalas de ansiedad escolar elaborados y validados para población infantil y adolescente: Cuestionario de Ansiedad Escolar, Inventario de Miedos Escolares, Catálogo de Situaciones Escolares, Escala Visual Análoga para la Ansiedad-Revisada, Escala Magallanes de Problemas de Ansiedad e Inventario de Ansiedad Escolar. En segundo lugar se analiza la fiabilidad (consistencia interna y estabilidad temporal) y la validez (estructura factorial, relación con otros cuestionarios, relación con otros procedimientos de evaluación y diferenciación entre grupos) de la puntuación de estos instrumentos, con el fin de conocer sus propiedades psicométricas y poder tomar decisiones sobre su uso en la práctica clínica o educativa sobre la base de criterios empíricos. Los resultados permiten concluir que actualmente existen autoinformes que presentan garantías psicométricas satisfactorias para llevar a cabo una interpretación fiable y válida de sus puntuaciones, siendo por tanto útiles en la práctica clínica y educativa.

A Computational Method based on Radio Frequency Technologies for the Analysis of Accessibility of Disabled People in Sustainable Cities

The sustainability strategy in urban spaces arises from reflecting on how to achieve a more habitable city and is materialized in a series of sustainable transformations aimed at humanizing different environments so that they can be used and enjoyed by everyone without exception and regardless of their ability. Modern communication technologies allow new opportunities to analyze efficiency in the use of urban spaces from several points of view: adequacy of facilities, usability, and social integration capabilities. The research presented in this paper proposes a method to perform an analysis of movement accessibility in sustainable cities based on radio frequency technologies and the ubiquitous computing possibilities of the new Internet of Things paradigm. The proposal can be deployed in both indoor and outdoor environments to check specific locations of a city. Finally, a case study in a controlled context has been simulated to validate the proposal as a pre-deployment step in urban environments.