Laterally transferred genomic islands in Xanthomonadales related to pathogenicity and primary metabolism

Lateral gene transfer (LGT) is considered as one of the drivers in bacterial genome evolution, usually associated with increased fitness and/or changes in behavior, especially if one considers pathogenic vs. non-pathogenic bacterial groups. The genomes of two phytopathogens, Xanthomonas campestris pv. campestris and Xanthomonas axonopodis pv. citri, were previously inspected for genome islands originating from LGT events, and, in this work, potentially early and late LGT events were identified according to their altered nucleotide composition. The biological role of the islands was also assessed, and pathogenicity, virulence and secondary metabolism pathways were functions highly represented, especially in islands that were found to be recently transferred. However, old islands are composed of a high proportion of genes related to cell primary metabolic functions. These old islands, normally undetected by traditional atypical composition analysis, but confirmed as product of LGT by atypical phylogenetic reconstruction, reveal the role of LGT events by replacing core metabolic genes normally inherited by vertical processes.

ADCK3, an ancestral kinase, is mutated in a form of recessive ataxia associated with coenzyme Q(10) deficiency

Muscle coenzyme Q(10) (CoQ(10) or ubiquinone) deficiency has been identified in more than 20 patients with presumed autosomal-recessive ataxia. However, mutations in genes required for CoQ(10) biosynthetic pathway have been identified only in patients with infantile-onset multisystemic diseases or isolated nephropathy. Our SNP-based genome-wide scan in a large consanguineous family revealed a locus for autosomal-recessive ataxia at chromosome 1q41. The causative mutation is a homozygous splice-site mutation in the aarF-domain-containing kinase 3 gene (ADCK3). Five additional mutations in ADCK3 were found in three patients with sporadic ataxia, including one known to have CoQ(10) deficiency in muscle. All of the patients have childhood-onset cerebellar ataxia with slow progression, and three of six have mildly elevated lactate levels. ADCK3 is a mitochondrial protein homologous to the yeast COQ8 and the bacterial UbiB proteins, which are required for CoQ biosynthesis. Three out of four patients tested showed a low endogenous pool of CoQ(10) in their fibroblasts or lymphoblasts, and two out of three patients showed impaired ubiquinone synthesis, strongly suggesting that ADCK3 is also involved in CoQ(10) biosynthesis. The deleterious nature of the three identified missense changes was confirmed by the introduction of them at the corresponding positions of the yeast COQ8 gene. Finally, a phylogenetic analysis shows that ADCK3 belongs to the family of atypical kinases, which includes phosphomositide and choline kinases, suggesting that ADCK3 plays an indirect regulatory role in ubiquinone biosynthesis possibly as part of a feedback loop that regulates ATP production.

Replacement of the arginine biosynthesis operon in Xanthomonadales by ateral gene transfer

The role of lateral gene transfer (LGT) in prokaryotes has been shown to rapidly change the genome content, providing new gene tools for environmental adaptation. Features related to pathogenesis and resistance to strong selective conditions have been widely shown to be products of gene transfer between bacteria. The genomes of the gamma-proteobacteria from the genus Xanthomonas, composed mainly of phytopathogens, have potential genomic islands that may represent imprints of such evolutionary processes. In this work, the evolution of genes involved in the pathway responsible for arginine biosynthesis in Xanthomonadales was investigated, and several lines of evidence point to the foreign origin of the arg genes clustered within a potential operon. Their presence inside a potential genomic island, bordered by a tRNA gene, the unusual ranking of sequence similarity, and the atypical phylogenies indicate that the metabolic pathway for arginine biosynthesis was acquired through LGT in the Xanthomonadales group. Moreover, although homologues were also found in Bacteroidetes (Flavobacteria group), for many of the genes analyzed close homologues are detected in different life domains (Eukarya and Archaea), indicating that the source of these arg genes may have been outside the Bacteria clade. The possibility of replacement of a complete primary metabolic pathway by LGT events supports the selfish operon hypothesis and may occur only under very special environmental conditions. Such rare events reveal part of the history of these interesting mosaic Xanthomonadales genomes, disclosing the importance of gene transfer modifying primary metabolism pathways and extending the scenario for bacterial genome evolution.

Mycoflora and fumonisin contamination in Brazilian sorghum from sowing to harvest

BACKGROUND: The aim of this study was to characterise the mycoflora and the presence of fumonisin in sorghum grains, correlating the results with the environment and abiotic factors. RESULTS: Fifty samples (five collections of ten samples each) of sorghum were analysed. All samples were found to be contaminated with fungi, with higher frequencies of Cladosporium spp. (61.8%) and Helminthosporium spp. (33.4%). Fusarium verticillioides was isolated from 15.1% of the samples, with 38% of them being contaminated with fumonisin B(1) (FB(1)) at levels ranging from 50 to 368.78 ng g(-1). Regarding abiotic factors, temperature, water activity and rainfall showed a positive correlation with the frequency of F. verticillioides and FB(1) production. There was a significant positive correlation between relative air humidity and FB(1) production. The results obtained from sexual crosses between standard F mating tester strains and the isolated strains confirmed that the strains isolated were F. verticillioides. CONCLUSION: It can be concluded that the decrease in F. verticillioides and fumonisin contamination occurred owing to atypical climatic factors during the period of sorghum cultivation, when there was any occurrence of rain and the level of water activity of grains did not reach 0.58. (C) 2010 Society of Chemical Industry

Domestic Cats Constitute a Natural Reservoir of Human Enteropathogenic Escherichia coli Types

Feces of 70 diarrhoeic and 230 non-diarrhoeic domestic cats from Sao Paulo, Brazil were investigated for enteropathogenic (EPEC), enterohaemorrhagic (EHEC) and enterotoxigenic (ETEC) Escherichia coli types. While ETEC and EHEC strains were not found, 15 EPEC strains were isolated from 14 cats, of which 13 were non-diarrhoeic, and one diarrhoeic. None of 15 EPEC strains carried the bfpA gene or the EPEC adherence factor plasmid, indicating atypical EPEC types. The EPEC strains were heterogeneous with regard to intimin types, such as eae-theta (three strains), eae-kappa (n = 3), eae-alpha 1 (n = 2), eae-iota (n = 2), one eae-alpha 2, eae-beta 1 and eae-eta each, and two were not typeable. The majority of the EPEC isolates adhered to HEp-2 cells in a localized adherence-like pattern and were positive for fluorescence actin staining. The EPEC strains belonged to 12 different serotypes, including O111:H25 and O125:H6, which are known to be pathogens in humans. Multi locus sequence typing revealed a close genetic similarity between the O111:H25 and O125:H6 strains from cats, dogs and humans. Our results show that domestic cats are colonized by EPEC, including serotypes previously described as human pathogens. As these EPEC strains are also isolated from humans, a cycle of mutual infection by EPEC between cats and its households cannot be ruled out, though the transmission dynamics among the reservoirs are not yet understood clearly.

Biochemical characterization of serine acetyltransferase and cysteine desulfhydrase from Leishmania major

Cysteine metabolism exhibits atypical features in Leishmania parasites. The nucleotide sequence annotated as LmjF32.2640 encodes a cysteine desulfhydrase, which specifically catalyzes the breakdown of cysteine into pyruvate, NH(3) and H(2)S. Like in other pathogens, this capacity might be associated with regulatory mechanisms to control the intracellular level of cysteine, a highly toxic albeit essential amino acid, in addition to generate pyruvate for energy production. Besides, our results provide the first insight into the biochemical properties of Leishmania major serine acetyltransferase (SAT), which is likely involved in the two routes for de novo synthesis of cysteine in this pathogen. When compared with other members of SAT family, the N-terminal region of L. major homologue is uniquely extended, and seems to be essential for proper protein folding. Furthermore, unlike plant and bacterial enzymes, the carboxy-terminal-C(10) sequence stretch of L major SAT appears not to be implicated in forming a tight bi-enzyme complex with cysteine synthase. (C) 2010 Elsevier B.V. All rights reserved.

DIAGNOSTIC TECHNIQUES OF LOCAL INFLUENCE IN SPATIAL ANALYSIS OF SOYBEAN YIELD

Modeling of spatial dependence structure, concerning geoestatistics approach, is an indispensable tool for fixing parameters that define this structure, applied on interpolation of values in places that are not sampled, by kriging techniques. However, the estimation of parameters can be greatly affected by the presence of atypical observations on sampled data. Thus, this trial aimed at using diagnostics techniques of local influence in spatial linear Gaussians models, applied at geoestatistics in order to evaluate sensitivity of maximum likelihood estimators and restrict maximum likelihood to small perturbations in these data. So, studies with simulated and experimental data were performed. Those results, obtained from the study of real data, allowed us to conclude that the presence of atypical values among the sampled data can have a strong influence on thematic maps, changing, therefore, the spatial dependence. The application of diagnostics techniques of local influence should be part of any geoestatistic analysis, ensuring that the information from thematic maps has better quality and can be used with greater security by farmers.

Handhygien : sjukvårdspersonalens följsamhet och efterlevnad : en systematisk litteraturstudie

Syftet med litteraturstudien var att finna vilka faktorer som påverkar sjukvårdspersonal att inte tvätta sina händer samt vilka åtgärder som kan göras för att basal handhygien lättare skall efterlevas. Studien skulle även beskriva vilka vårdrelaterade infektioner som kan förekomma när handhygien inte utförs adekvat. En systematisk litteraturstudie med artiklar från stora delar av världen genomfördes. Totalt användes 19 artiklar i resultatet varav 3 artiklar även i introduktionen. Artiklarna söktes via databaserna ELIN@dalarna, Blackwell Synergy, PubMed och CINAHL, och var publicerade mellan 1995 – 2006 och skrivna på svenska eller engelska. Resultatet visade att en av orsakerna till bristande följsamhet var att sjukvårdspersonalen ansåg att det var för tidskrävande att följa fastställda handhygienrutiner. Resultatet visade vidare att attityder, kunskap och vilja samt ålder och antal verksamma år i yrket hade betydelse för följsamheten. Tidigare allergi då sjuksköterskorna lättare fick eksem på sina händer vid handhygien och handspritens och tvättfatens placering hade också betydelse. Läkare hade generellt lägre följsamhet än sjuksköterskor. Stafylococcus Aureus, Rotavirus och Hepatit A virus hade bäst överlevnad i vårdmiljö men de sjukhusrelaterade infektionerna skilde sig något åt beroende på i vilket land studierna gjorts.

Intent and Method: A Study of Female Characters in Aeschylean and Euripidean Drama

Aeschylus and Euripides used tragic female characters to help fulfill the purpose of religious celebration and to achieve the motivation of public reaction. The playwrights, revising myths about tragic woman and redefining the Greek definition of appropriate femininity, supported or questioned the very customs which they changed. Originally composed as part of a religious festival for Dionysus, the god of wine, revelry and fertility, the tragedies of Aeschylus and Euripides were evaluated by Aristotle. He favored Aeschylus over Euripides, but it appears as if his stipulations for tragic characterization do not apply to Aeschylean and Euripidean women. Modem critics question both Aristotle's analysis in the Poetics as well as the tragedies which he evaluated. As part of the assessment of Aeschylus, the character of the Persian Queen, Atossa, appears as a conradiction the images that Greeks maintain of non-Greeks. The Persians is discussed in relation to modem criticisms and as on its function as a warning against radical changes in Athenian domestic life. The Oresteia, a trilogy, also charts the importance of an atypical woman in Aeschylean tragedy, and how this role, Clytaemnestra, represents an extreme example of the natural and necessary evolution of families, households and kingdoms. In contrast to Aeschylus' plea to retain nomoi (traditional custom and law), EUripides' tragedy, the Medea, demonstrates the importance of a family and a country to provide security, especially for women. Medea's abandonment by Jason and subsequent desperation drives her to commit murder in the hope of revenge. Ultimately, Euripides advocates changes in social convention away from the alienation of non-Greek, non-citizens, and females. Euripides is, unfortunately, tagged a misogynist by some in this tragedy and another example-the Hippolytus. Euripides' Phaedra becomes entangled in a scheme of divine vengeance and ultimately commits suicide in an attempt to avoid societal shame. Far from treatises of hate, Euripidean women take advantage of the little power they possess within a constrictive social system. While both Aeschylus and Euripides revise customary images and expectations of women in the context of religiously-motivated drama, one playwright intends to maintain civic order and the other intends to challenge the secular norm.

Impacto clínico e econômico da redefinição dos critérios diagnósticos de infarto do miocárdio

Introdução: Estudos sobre implicações clínicas da nova definição de infarto do miocárdio (IAM), incorporando novos marcadores de lesão miocárdica, são escassos na literatura. A prevalência de IAM e das suas complicações são diretamente dependentes do critério diagnóstico utilizado. Objetivo: Avaliar o impacto diagnóstico, prognóstico e econômico da nova definição de IAM proposta pela AHA/ ESC usando troponina T (TnT) como marcador de lesão cardíaca. Métodos: Um total de 740 pacientes com dor torácica admitidos na Emergência do Hospital de Clínicas de Porto Alegre no período de julho/ 1999 a janeiro/ 2002 foram incluídos no estudo. Creatina quinase total (CK), CK-MB atividade e TnT foram dosados em uma amostra de 363 pacientes, representativa de toda a coorte. Para redefinição de IAM foram utilizados como ponto de corte valores pico de TnT > 0,2 mg/dl. Os desfechos avaliados foram classificados como eventos cardíacos maiores (angina recorrente, insuficiência cardíaca congestiva, choque cardiogênico e óbito) e como procedimentos de revascularização. Também foram avaliados o manejo prescrito, os custos e o faturamento hospitalar. Resultados: Nos 363 pacientes com marcadores dosados, foram diagnosticados 59 casos de IAM (16%) pelos critérios clássicos; enquanto 40 pacientes (11%) tiveram o diagnóstico de IAM pelo critério redefinido, o que corresponde a um incremento de 71% na incidência. Pacientes com IAM redefinido eram significativamente mais idosos e do sexo masculino, apresentaram mais dor atípica e diabetes mellitus. Na análise multivariada, pacientes com infarto redefinido tiveram um risco 5,1 [IC 95% 1,0-28] vezes maior para óbito hospitalar e 3,4 [IC 95% 1,1-10] vezes maior para eventos combinados em relação aqueles sem IAM. O manejo dos casos de IAM redefinido foi semelhante ao manejo daqueles com IAM tradicional, exceto pelos procedimentos de revascularização que foram menos freqüentes (25% vs. 51%, P < 0,001). O grupo com IAM redefinido permaneceu mais tempo internado e foi submetido a procedimentos mais tardiamente. Do ponto de vista institucional, o uso dos novos critérios para IAM poderia resultar em um aumento de 9% (mais R$ 2.756,00 por grupo de 100 pacientes avaliados) no faturamento baseado em diagnóstico segundo a tabela do SUS. Conclusões: O novo diagnóstico de IAM acrescenta um número expressivo de indivíduos com infarto aos serviços de emergência. A incorporação deste critério é importante na medida que estes pacientes têm um prognóstico semelhante aos demais casos tradicionalmente diagnosticados. Como a identificação destes casos poderia resultar em um manejo mais qualificado e eficiente destes pacientes, esforços deveriam ser adotados para reforçar a adoção da redefinição de IAM.

O posicionamento dos tribunais perante os contratos de distribuição (1980-1999)

Esta pesquisa tem por objeto a análise sistemática da jurisprudência brasileira sobre os contratos de distribuição entre os anos de 1.980 e 2.000, procurando identificar qual a posição dos nossos Tribunais face a esses contratos. Nessa linha, constatou-se que os casos (acórdãos) abrem-se em cinco grandes blocos, quais sejam: (1) atribuição/divisão territorial; (2) questões possessórias; (3) renovatória de locação; (4) rescisão dos contratos de distribuição. Este grupo divide-se (i) naqueles contratos sujeitos à Lei Ferrari, (ii) naqueles referentes ao setor de combustíveis e derivados e (iii) naqueles não subsumíveis a tal diploma; (5) questões processuais relevantes, dividido em (i) litisconsórcio necessário e (ii) título executivo extrajudicial. Além disso, por se tratar de uma avenca atípica na maioria dos casos, a pesquisa procurou extrair de cada um dos casos qual o conceito de contrato de distribuição adotado.

Políticas de empregabilidade: o estado da arte na virada do século

O crescimento do desemprego involuntário condiciona preocupações recentes com políticas de empregabilidade. Estratégias na regulação do mercado de trabalho e a terceira geração na Teoria do Capital Humano buscam codificar e/ou equacionar essas políticas. O surgimento do conceito de Economia Plural oferece uma revisão para a dinâmica do setor informal, tradicional ou moderno, na geração de empregos atípicos. A noção de Economia Plural ressalta também o papel catalizador das empresas sociais e organizações não governamentais na reinserção dos excluídos sociais. As flexibilizações do tempo de trabalho em políticas de empregabilidade são desenvolvidas através de reflexões, impactos comportamentais na qualidade de vida e experiências negociadas nos setores metalúrgico, de distribuição e de prestação de serviços de saúde. Desafios se colocam para o poder público e entidades de classe na regulamentação e ou negociações da empregabilidades atípica.

Fatores de decisão em situações de incentivos divergentes: seleção de projetos de eficiência pelas concessionárias de energia elétrica

Normalmente, o processo de tomada de decisão para seleção de um novo projeto considera o retorno financeiro e estratégico por meio de indicadores e métodos diversos. Porém, no caso abordado aqui, há uma situação atípica: uma verba mínima estabelecida, e de uso obrigatório, para implementação de projetos antagônicos aos objetivos da empresa. Por força de lei, todas as concessionárias distribuidoras de energia elétrica no Brasil devem direcionar recursos para projetos de eficiência energética a serem aplicados em seus clientes, ou seja, aqueles que consomem e geram lucro para as empresas. A existência deste tipo de situação não é comum no meio empresarial. Ou seja, enfrentar um processo decisório onde o que se busca são resultados contrários ao objetivo das empresas em questão. Assim, o principal objetivo desta pesquisa é compreender os fatores de decisão em situações de incentivos divergentes. Este trabalho mostra que a existência da situação de incentivo divergente alterou os fatores considerados pelos decisores no processo de tomada de decisões. No lugar de fatores financeiros normalmente adotados em projetos em situação normal e mesmo em projetos de eficiência energética, obtiveram maior importância os fatores diretamente ligados ao sucesso e resultados específicos dos projetos, minimizando a importância de buscar conexão com as diretrizes de governança das organizações.

Métodos para detecção de outliers em séries de preços do índice de preços ao consumidor

Outliers são observações que parecem ser inconsistentes com as demais. Também chamadas de valores atípicos, extremos ou aberrantes, estas inconsistências podem ser causadas por mudanças de política ou crises econômicas, ondas inesperadas de frio ou calor, erros de medida ou digitação, entre outras. Outliers não são necessariamente valores incorretos, mas, quando provenientes de erros de medida ou digitação, podem distorcer os resultados de uma análise e levar o pesquisador à conclusões equivocadas. O objetivo deste trabalho é estudar e comparar diferentes métodos para detecção de anormalidades em séries de preços do Índice de Preços ao Consumidor (IPC), calculado pelo Instituto Brasileiro de Economia (IBRE) da Fundação Getulio Vargas (FGV). O IPC mede a variação dos preços de um conjunto fixo de bens e serviços componentes de despesas habituais das famílias com nível de renda situado entre 1 e 33 salários mínimos mensais e é usado principalmente como um índice de referência para avaliação do poder de compra do consumidor. Além do método utilizado atualmente no IBRE pelos analistas de preços, os métodos considerados neste estudo são: variações do Método do IBRE, Método do Boxplot, Método do Boxplot SIQR, Método do Boxplot Ajustado, Método de Cercas Resistentes, Método do Quartil, do Quartil Modificado, Método do Desvio Mediano Absoluto e Algoritmo de Tukey. Tais métodos foram aplicados em dados pertencentes aos municípios Rio de Janeiro e São Paulo. Para que se possa analisar o desempenho de cada método, é necessário conhecer os verdadeiros valores extremos antecipadamente. Portanto, neste trabalho, tal análise foi feita assumindo que os preços descartados ou alterados pelos analistas no processo de crítica são os verdadeiros outliers. O Método do IBRE é bastante correlacionado com os preços alterados ou descartados pelos analistas. Sendo assim, a suposição de que os preços alterados ou descartados pelos analistas são os verdadeiros valores extremos pode influenciar os resultados, fazendo com que o mesmo seja favorecido em comparação com os demais métodos. No entanto, desta forma, é possível computar duas medidas através das quais os métodos são avaliados. A primeira é a porcentagem de acerto do método, que informa a proporção de verdadeiros outliers detectados. A segunda é o número de falsos positivos produzidos pelo método, que informa quantos valores precisaram ser sinalizados para um verdadeiro outlier ser detectado. Quanto maior for a proporção de acerto gerada pelo método e menor for a quantidade de falsos positivos produzidos pelo mesmo, melhor é o desempenho do método. Sendo assim, foi possível construir um ranking referente ao desempenho dos métodos, identificando o melhor dentre os analisados. Para o município do Rio de Janeiro, algumas das variações do Método do IBRE apresentaram desempenhos iguais ou superiores ao do método original. Já para o município de São Paulo, o Método do IBRE apresentou o melhor desempenho. Em trabalhos futuros, espera-se testar os métodos em dados obtidos por simulação ou que constituam bases largamente utilizadas na literatura, de forma que a suposição de que os preços descartados ou alterados pelos analistas no processo de crítica são os verdadeiros outliers não interfira nos resultados.

Robust statistical modeling of portfolios

Atypical points in the data may result in meaningless e±cient frontiers. This follows since portfolios constructed using classical estimates may re°ect neither the usual nor the unusual days patterns. On the other hand, portfolios constructed using robust approaches are able to capture just the dynamics of the usual days, which constitute the majority of the business days. In this paper we propose an statistical model and a robust estimation procedure to obtain an e±cient frontier which would take into account the behavior of both the usual and most of the atypical days. We show, using real data and simulations, that portfolios constructed in this way require less frequent rebalancing, and may yield higher expected returns for any risk level.