Quantitative, Time-Resolved Proteomic Analysis Using Bio-Orthogonal Non-Canonical Amino Acid Tagging

Bio-orthogonal non-canonical amino acid tagging (BONCAT) is an analytical method that allows the selective analysis of the subset of newly synthesized cellular proteins produced in response to a biological stimulus. In BONCAT, cells are treated with the non-canonical amino acid L-azidohomoalanine (Aha), which is utilized in protein synthesis in place of methionine by wild-type translational machinery. Nascent, Aha-labeled proteins are selectively ligated to affinity tags for enrichment and subsequently identified via mass spectrometry. The work presented in this thesis exhibits advancements in and applications of the BONCAT technology that establishes it as an effective tool for analyzing proteome dynamics with time-resolved precision.

Chapter 1 introduces the BONCAT method and serves as an outline for the thesis as a whole. I discuss motivations behind the methodological advancements in Chapter 2 and the biological applications in Chapters 2 and 3.

Chapter 2 presents methodological developments that make BONCAT a proteomic tool capable of, in addition to identifying newly synthesized proteins, accurately quantifying rates of protein synthesis. I demonstrate that this quantitative BONCAT approach can measure proteome-wide patterns of protein synthesis at time scales inaccessible to alternative techniques.

In Chapter 3, I use BONCAT to study the biological function of the small RNA regulator CyaR in Escherichia coli. I correctly identify previously known CyaR targets, and validate several new CyaR targets, expanding the functional roles of the sRNA regulator.

In Chapter 4, I use BONCAT to measure the proteomic profile of the quorum sensing bacterium Vibrio harveyi during the time-dependent transition from individual- to group-behaviors. My analysis reveals new quorum-sensing-regulated proteins with diverse functions, including transcription factors, chemotaxis proteins, transport proteins, and proteins involved in iron homeostasis.

Overall, this work describes how to use BONCAT to perform quantitative, time-resolved proteomic analysis and demonstrates that these measurements can be used to study a broad range of biological processes.

Quantitative data on the feeding of Cyclops strenuus Fischer and Cyclops viridis Jurine. [Translation from: Trudy saratov.Otd.vses.nauchno-issled.Inst.ozer.rech.ryb.Khoz. 1, 163-176, 1951.]

Cyclopids, exactly in the same way as daphnids, significant component in the nutrition of plankton-f and the young of the majority of fishes. It is established that the food spectrum of cyclopids is extremely broad: daphnids, planarians, Copepodite stages of copepods (cannibalism), rotifers, protists, bacteria, phytoplankton and so on. It is clear that the problem of studying these or other components of feeding in the general food spectrum can be definitely resolved only after obtaining exact quantitative data on the feeding of cyclopids. This article attempts to fill the gap in the study of the quantitative side of the feeding of cyclopias; in it is investigated the size of the 24-hour ration of cyclopids feeding on protists, the dependence of the ration on some factors of the external medium, and the difference of 24-hour consumption per unit weight of tody with two species of cyclopids (Cyclops strenuus and Cyclops viridis).

Impacto solvencia II en un seguro de vida

La actividad aseguradora supone la transferencia de riesgos del asegurado al asegurador. El asegurador se compromete al pago de una prestación si el riesgo se realiza. Se produce un cambio en el ciclo productivo. El asegurador vende una cobertura sin conocer el momento y el coste exacto de dicha cobertura. Esta particularidad de la actividad aseguradora explica la necesidad para una entidad aseguradora de ser solvente en cada momento y ante cualquier imprevisto. Por ello, la solvencia de las entidades aseguradoras es un aspecto que se ha ido recogiendo en las distintas normativas que han regulado la actividad aseguradora y al que se ha ido dando cada vez más importancia. Actualmente la legislación vigente en materia de solvencia de las aseguradoras esta regulada por la directiva europea Solvencia I. Esta directiva establece dos conceptos para garantizar la solvencia: las provisiones técnicas y el margen de solvencia. Las provisiones técnicas son las calculadas para garantizar la solvencia estática de la compañía, es decir aquella que hace frente, en un instante temporal determinado, a los compromisos asumidos por la entidad. El margen de solvencia se destina a cubrir la solvencia dinámica, aquella que hace referencia a eventos futuros que puedan afectar la capacidad del asegurador. Sin embargo en una corriente de gestión global del riesgo en la que el sector bancario ya se había adelantado al sector asegurador con la normativa Basilea II, se decidió iniciar un proyecto europeo de reforma de Solvencia I y en noviembre del 2009 se adoptó la directiva 2009/138/CE del parlamento europeo y del consejo, sobre el seguro de vida, el acceso a la actividad de seguro y de reaseguro y su ejercicio mas conocida como Solvencia II. Esta directiva supone un profundo cambio en las reglas actuales de solvencia para las entidades aseguradoras. Este cambio persigue el objetivo de establecer un marco regulador común a nivel europeo que sea más adaptado al perfil de riesgo de cada entidad aseguradora. Esta nueva directiva define dos niveles distintos de capital: el SCR (requerimiento estándar de capital de solvencia) y el MCR (requerimiento mínimo de capital). Para el calculo del SCR se ha establecido que el asegurador tendrá la libertad de elegir entre dos modelos. Un modelo estándar propuesto por la Autoridad Europea de Seguros y Pensiones de Jubilación (EIOPA por sus siglas en inglés), que permitirá un calculo simple, y un modelo interno desarrollado por la propia entidad que deberá ser aprobado por las autoridades competentes. También se contempla la posibilidad de utilizar un modelo mixto que combine ambos, el estándar y el interno. Para el desarrollo del modelo estándar se han realizado una serie de estudios de impacto cuantitativos (QIS). El último estudio (QIS 5) ha sido el que ha planteado de forma más precisa el cálculo del SCR. Plantea unos shocks que se deberán de aplicar al balance de la entidad con el objetivo de estresarlo, y en base a los resultados obtenidos constituir el SCR. El objetivo de este trabajo es realizar una síntesis de las especificaciones técnicas del QIS5 para los seguros de vida y realizar una aplicación práctica para un seguro de vida mixto puro. En la aplicación práctica se determinarán los flujos de caja asociados a este producto para calcular su mejor estimación (Best estimate). Posteriormente se determinará el SCR aplicando los shocks para los riesgos de mortalidad, rescates y gastos. Por último, calcularemos el margen de riesgo asociado al SCR. Terminaremos el presente TFG con unas conclusiones, la bibliografía empleada así como un anexo con las tablas empleadas.

Quantitative measurement of domain inversion in RuO2 : LiNbO3 crystal by digital holographic interferometry

We quantitatively study the domain inversion in a RuO2:LiNbO3 crystal wafer by the digital holographic interferometry. The crystal wafer is placed into one arm of a Mach-Zehnder-type interferometer to record a series of holograms. Making use of the angular spectrum backward propagation algorithm, we reconstruct the optical wave field in the crystal plane. The extracted phase difference from the reconstructed optical wave field is a well linear function of the applied external voltage. We deduce that the linear electro-optic coefficient of the detected RuO2:LiNbO3 crystal sample is 9.1x10(-12) m/V. An unexpected phase contrast at the antiparallel domain wall is observed and the influence of the applied external voltage on it is studied in detail. Also the built-in internal field is quantitatively measured as 0.72 kV/mm. (c) 2006 American Institute of Physics.

O papel dos grupos de interesse no "trade policy making" brasileiro: o caso das negociações Brasil-Argentina para o setor automotivo

Desde a redemocratização do país em 1985 o MRE já vinha se posicionando à favor do diálogo com os mais diversos grupos e entidades sociais. Neste sentido, observou-se ao longo dos últimos anos um aprofundamento da interação com parlamentares, governos estaduais e municipais, empresários, sindicalistas, ONGs e imprensa. A construção de vínculos entre as organizações da sociedade civil críticas das negociações comerciais ao longo da década de 1990 permite falar na criação de um novo campo de ação coletiva transnacional, definido como um espaço de ação política formado por indivíduos e organizações da sociedade civil que participam do processo de elaboração de um conjunto comum de práticas, objetivos e crenças. O que se pode concluir é que diante de um contexto mais competitivo e globalizado, após processo de abertura comercial e intensificação da participação brasileira nas negociações internacionais, a representação dos interesses da classe empresarial teve que se adaptar criando uma nova forma de organização. Desse modo, o presente trabalho visa analisar a crescente interferência de grupos de interesse no processo de tomada de decisão, no que tange aos assuntos de política externa comercial brasileira, tais como as negociações comerciais internacionais por se tratar de um ambiente cujos interesses da classe empresarial mais podem ser afetados. As negociações comerciais internacionais é o ambiente em que a atuação empresarial mais pode ser percebida. As negociações do Mercosul e da ALCA possibilitam observar a participação ativa destes novos atores. Sendo assim, o trabalho apresenta a nova dinâmica de relacionamento entre Estado e grupos da sociedade civil (classe empresarial) para temas ligados a comércio exterior.

Duzentos anos de ensino médico no Brasil

Esta tese analisa o ensino médico brasileiro, nos 200 anos de existência, identificando os marcos e o contexto político, econômico, social e mundial. A metodologia escolhida foi a grounded teory (teoria fundamentada). A análise dos dados foi feita sob a luz do referencial teórico. Do levantamento quantitativo e qualitativo das escolas médicas brasileiras destacam-se distintos momentos de expansão das escolas médicas no Brasil. Registram-se, também, a evolução da criação das escolas médicas, a distribuição regional e os processos de avaliação governamental (Provão/SINAES) e da sociedade (CINAEM). Discute o papel indutor dos mecanismos de incentivos conduzidos pelo Estado, na interface da saúde e da educação. Foi detalhada a distribuição atual das 167 escolas médicas, que ofertaram 16.228 vagas no processo vestibular de 2007.

Práticas sociais de efetivação e reivindicação do direito à saúde : uma análise do Brasil e Portugal

Com as transformações do Estado-Providência e das sociedades contemporâneas no que concerne ao exercício de direitos, observam-se alterações substantivas na estrutura, dimensões de ação e estratégias próprias dos mecanismos de reivindicação. No caso do direito à saúde, a análise dos casos de Brasil e Portugal permite discutir a interface entre Estado, sociedade e instituições jurídicas a partir da dimensão da cultura de participação dos cidadãos, das redes de solidariedade que constituem no espaço local e na utilização de mecanismos estatais e não-estatais. A respeito do arcabouço jurídico-institucional similar, a diversidade de repertórios de ação coletiva para reivindicar a efetivar este direito em ambos os países foi a tônica desta pesquisa, que se desenvolveu em 2011 em ambas as localidades. O objetivo do trabalho consiste em discutir as estratégias e formas de efetivação da saúde como direito, de modo a refletir sobre as oportunidades políticas e a cultura política de cada experiência. Para tal, foi realizada uma pesquisa qualitativa e quantitativa, com o objetivo de discutir os desafios de efetivação do direito à saúde com foco no acesso à justiça e nos repertórios de ação coletiva. As hipóteses foram: a) há diferenças no que concerne aos itinerários do cuidado em saúde, ora enfatizando a centralidade do Estado no cuidado (Brasil), ora responsabilidade o indivíduo pela sua própria saúde (Portugal), o que enseja impactos na própria cultura de participação dos indivíduos em ambos os países; b) há diferenças no que concerne à relação ente Judiciário e sociedade, ora estabelecendo políticas de proximidade com o cidadão (Brasil), ora estabelecendo políticas de desjudicialização (Portugal), o que enseja repercussões na própria forma como os indivíduos concebem o sistema judicial e o ativam em seu cotidiano; c) os sistemas de saúde de ambos os países foram construídos por influência predominantemente internacional (Portugal) ou dos movimentos sociais (Brasil), de modo que isto permitiu constituir em cada um destes países formas distintas de lidar com o direito à saúde pelos cidadãos. Os resultados videnciam que a complexidade da eleição do mecanismo estatal ou não-estatal está fortemente relacionada à cultura política dos cidadãos, além de fatores políticos e econômicos oriundos das oportunidades políticas de cada um dos países