Étude de l’enzyme UGT2B28 et son rôle dans le cancer de la prostate

Contexte: L’inactivation des androgènes est majoritairement régulée par des enzymes du métabolisme de la famille des UDP-glucuronosyltransferase (UGT). Ce procédé métabolique permet de contrôler la biodisponibilité des hormones stéroïdiennes systémiques et locales. Objectif : L’objectif était d’étudier la relation entre l’expression de l’enzyme UDP-glucuronosyltransferase 2B polypeptide 28 (UGT2B28), impliquée dans la biotransformation des hormones, avec les niveaux hormonaux circulants, et les caractéristiques clinico-pathologiques dans le cancer de la prostate (CaP). Conception et participants : Nous avons utilisé dans cette étude la technique d’immunohostochimie à grande échelle (tissue microarray) sur les tissus de 239 patients ayant un CaP localisé. L’étude des 51 patients additionnels ne possédant pas l’enzyme UGT2B28 dans leur génome, a été effectuée pour confirmer l’importance de cette enzyme sur les niveaux hormonaux circulants. Résultats : La surexpression de l’enzyme UGT2B28 a été associée à des niveaux d’antigène prostatique spécifique (APS) au diagnostic plus faibles, à un score de Gleason plus élevé, à des marges et statuts nodaux positifs, et fut associée de façon indépendante au risque de progression. La surexpression de l’enzyme fut également associée à des niveaux circulants de testostérone (T) et dihydrotestostérone (DHT) plus élevés. Les patients n’exprimant pas le gène UGT2B28 avaient des niveaux plus bas de T (19%), de DHT (17%), de métabolites glucuronidés (18-38%), et des niveaux plus élevés du précurseur surrénalien androsténédione (36%). Conclusion : L’enzyme UGT2B28 modifie les niveaux circulants de T et DHT, et sa surexpression est associée avec un CaP à plus haut grade. Notre étude a permis de découvrir un nouveau rôle d’UGT2B28, celui de régulateur de la stéroïdogenèse, et a souligné l’interconnexion entre les capacités de biotransformation hormonale des cellules cancéreuses, des niveaux hormonaux, des caractéristiques clinicopathologiques et du risque de progression.

Development of new approaches for the synthesis and decoding of one-bead one-compound cyclic peptide libraries

La plupart des processus cellulaires et biologiques reposent, à un certain niveau, sur des interactions protéine-protéine (IPP). Leur manipulation avec des composés chimiques démontre un grand potentiel pour la découverte de nouveaux médicaments. Malgré la demande toujours croissante en molécules capables d’interrompre sélectivement des IPP, le développement d’inhibiteurs d’IPP est fortement limité par la grande taille de la surface d’interaction. En considérant la nature de cette surface, la capacité à mimer des structures secondaires de protéines est très importante pour lier une protéine et inhiber une IPP. Avec leurs grandes capacités peptidomimétiques et leurs propriétés pharmacologiques intéressan-tes, les peptides cycliques sont des prototypes moléculaires de choix pour découvrir des ligands de protéines et développer de nouveaux inhibiteurs d’IPP. Afin d’exploiter pleinement la grande diversité accessible avec les peptides cycliques, l’approche combinatoire «one-bead-one-compound» (OBOC) est l’approche la plus accessible et puissante. Cependant, l’utilisation des peptides cycliques dans les chimiothèques OBOC est limitée par les difficultés à séquencer les composés actifs après le criblage. Sans amine libre en N-terminal, la dégradation d’Edman et la spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) ne peuvent pas être utilisées. À cet égard, nous avons développé de nouvelles approches par ouverture de cycle pour préparer et décoder des chimiothèques OBOC de peptides cycliques. Notre stratégie était d’introduire un résidu sensible dans le macrocycle et comme ancrage pour permettre la linéarisation des peptides et leur largage des billes pour le séquençage par MS/MS. Tout d’abord, des résidus sensibles aux nucléophiles, aux ultraviolets ou au bromure de cyanogène ont été introduits dans un peptide cyclique et leurs rendements de clivage évalués. Ensuite, les résidus les plus prometteurs ont été utilisés dans la conception et le développement d’approches en tandem ouverture de cycle / clivage pour le décodage de chimiothèques OBOC de peptides cycliques. Dans la première approche, une méthionine a été introduite dans le macrocycle comme ancrage pour simultanément permettre l’ouverture du cycle et le clivage des billes par traitement au bromure de cyanogène. Dans la seconde approche, un résidu photosensible a été utilisé dans le macrocycle comme ancrage pour permettre l’ouverture du cycle et le clivage suite à une irradiation aux ultraviolets. Le peptide linéaire généré par ces approches peut alors être efficacement séquencé par MS/MS. Enfin, une chimiothèque OBOC a été préparée et criblée la protéine HIV-1 Nef pour identifier des ligands sélectifs. Le développement de ces méthodologies permttra l’utilisation de composés macrocycliques dans les chimiothèques OBOC et constitue une contribution importante en chimie médicinale pour la découverte de ligands de protéines et le développement d’inhibiteurs d’IPP.

La demande d’aide chez les parents vivant des difficultés avec leur adolescent - exploration de trajectoires à travers les réseaux d’aide formelle et informelle

Cette recherche, de nature exploratoire et descriptive, s’intéresse à la trajectoire de recherche d’aide chez les parents vivant des difficultés avec leur adolescent. Cette recherche utilise une méthodologie qualitative et vise à améliorer la compréhension actuelle des processus de recherche d’aide des parents et à identifier l’influence des dynamiques relationnelles et de la réponse sociale obtenue. Notre échantillon est composé de dix parents ayant eu recours à une aide professionnelle concernant des difficultés avec leur adolescent. Notre cueillette de données s’est faite à l’aide d’une entrevue semi-structurée à questions ouvertes et nous avons procédé à une analyse thématique de celles-ci. Les résultats révèlent la complexité derrière les comportements de recherches d’aide et les différentes difficultés rencontrées. Dans leurs trajectoires, trois principaux moments-clés sont distinguables : la reconnaissance du problème, la recherche de solutions et la réponse à la demande d’aide. Les différentes influences et interactions des membres du réseau d’aide informelle, du milieu scolaire et du système de services sont également détaillées. Les résultats mettent en lumière l’importance des dynamiques de négociation au sein du couple parental et l’impact des listes d’attente et des interruptions dans les services d’aide. Les résultats exposent que cette expérience est assez éprouvante pour les parents. Bien qu’elle ne permette pas de résoudre tous les problèmes rencontrés, elle se révèle avec le recul être salutaire, pour la plupart des parents.

Paléoécologie du Quaternaire dans la région de Wainwright en Alberta

En 2012, la Commission géologique du Canada a procédé à une série de forages dans les dépôts quaternaires de la région de Wainwright dans le centre-est de l’Alberta dans le cadre d’un projet en hydrogéologie. Les forages, qui atteignent plus de 60 m de profondeur, montrent la présence de niveaux organiques intercalés dans les unités stratigraphiques minérales, dont certains contiennent des morceaux de bois qui suggèrent la présence passée in situ d’une végétation ligneuse. La position stratigraphique des sables contenant des niveaux organiques sous le till régional (Wisconsinien supérieur) laisse penser qu’ils correspondraient à des épisodes interstadiaires, voire même de l’interglaciaire Sangamonien, des datations 14C ayant livré des âges non-finis (>43 500 ans A.A.). L’objectif principal de la présente étude était de documenter la composition du couvert végétal associé aux niveaux organiques à l’aide de l’analyse pollinique et macrofossile. Plusieurs des niveaux se sont avérés pauvres ou même stériles en grains de pollen et en macrorestes végétaux. Les assemblages polliniques sont le plus souvent dominés par des espèces herbacées (p. ex.: Cyperaceae, Artemisia sp.) et des fougères. Chez les arbres, l’épinette est l’espèce la mieux représentée mais elle montre des pourcentages polliniques relativement faibles. Les assemblages macrofossiles sont notamment caractérisés par la présence de matière ligneuse, de l’épinette et de plantes aquatiques. Plusieurs échantillons contiennent aussi des charbons de bois qui témoignent de l’incidence de feux. Les résultats des analyses paléoécologiques suggèrent que le couvert végétal contemporain du dépôt des niveaux organiques était à caractère boréal ouvert. Ces niveaux auraient donc été mis en place au cours d’un intervalle climatique plus froid que l’actuel, présumément un interstade wisconsinien plutôt qu’au cours du dernier interglaciaire (Sangamonien).

Cystathionine beta-synthase variants : identification, characterization and modulation by thiol compounds

Tese de doutoramento, Farmácia (Bioquímica), Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2014

Genetic characterization of the South Portugal population with GlobalFilerTM Express kit - internal validation and forensic applications

Tese de mestrado. Biologia (Biologia Humana e Ambiente). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014

Translating proteomics into environmental health : biomarkers discovery for tobacco smoke-induced biological damage

Tese de doutoramento, Biologia (Biologia Molecular), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2015

New insights into host-parasite ubiquitin proteome dynamics in P. falciparum infected red blood cells using a TUBEs-MS approach

Malaria, caused by Plasmodium falciparum (P. falciparum), ranks as one of the most baleful infectious diseases worldwide. New antimalarial treatments are needed to face existing or emerging drug resistant strains. Protein degradation appears to play a significant role during the asexual intraerythrocytic developmental cycle (IDC) of P. falciparum. Inhibition of the ubiquitin proteasome system (UPS), a major intracellular proteolytic pathway, effectively reduces infection and parasite replication. P. falciparum and erythrocyte UPS coexist during IDC but the nature of their relationship is largely unknown. We used an approach based on Tandem Ubiquitin-Binding Entities (TUBEs) and 1D gel electrophoresis followed by mass spectrometry to identify major components of the TUBEs-associated ubiquitin proteome of both host and parasite during ring, trophozoite and schizont stages. Ring-exported protein (REX1), a P. falciparum protein located in Maurer's clefts and important for parasite nutrient import, was found to reach a maximum level of ubiquitylation in trophozoites stage. The Homo sapiens (H. sapiens) TUBEs associated ubiquitin proteome decreased during the infection, whereas the equivalent P. falciparum TUBEs-associated ubiquitin proteome counterpart increased. Major cellular processes such as DNA repair, replication, stress response, vesicular transport and catabolic events appear to be regulated by ubiquitylation along the IDC P. falciparum infection.

Analysing organochlorine pesticides in strawberry jams using GC-ECD, GC-MS/MS and QuEChERS sample preparation

This paper describes a comparison of adaptations of the QuEChERS (quick, easy, cheap, effective, rugged and safe) approach for the determination of 14 organochlorine pesticide (OCP) residues in strawberry jam by concurrent use of gas chromatography (GC) coupled to electron capture detector (ECD) and GC tandem mass spectrometry (GC-MS/MS). Three versions were tested based on the original QuEChERS method. The results were good (overall average of 89% recoveries with 15% RSD) using the ultrasonic bath at five spiked levels. Performance characteristics, such as accuracy, precision, linear range, limits of detection (LOD) and quantification (LOQ), were determined for each pesticide. LOD ranged from 0.8 to 8.9 microg kg-1 ; LOQ was in the range of 2.5–29.8 microg kg- 1; and calibration curves were linear (r2>0.9970) in the whole range of the explored concentrations (5–100 microg kg- 1). The LODs of these pesticides were much lower than the maximum residue levels (MRLs) allowed in Europe for strawberries. The method was successfully applied to the quantification of OCP in commercially available jams. The OCPs were detected lower than the LOD.

Development of a simple analytical method for the simultaneousdetermination of paracetamol, paracetamol-glucuronide andp-aminophenol in river water

Paracetamol is among the most worldwide consumed pharmaceuticals. Although its occurrence in the environment is well documented, data about the presence of its metabolites and transformation products is very scarce. The present work describes the development of an analytical method for the simultaneous determination of paracetamol, its principal metabolite (paracetamol-glucuronide) and its main transformation product (p-aminophenol) based on solid phase extraction (SPE) and high performance liquid chromatography coupled to diode array detection (HPLC-DAD). The method was applied to analysis of river waters, showing to be suitable to be used in routine analysis. Different SPE sorbents were compared and the use of two Oasis WAX cartridges in tandem proved to be the most adequate approach for sample clean up and pre-concentration. Under optimized conditions, limits of detection in the range 40–67 ng/L were obtained, as well as mean recoveries between 60 and 110% with relative standard deviations (RSD) below 6%. Finally, the developed SPE-HPLC/DAD method was successfully applied to the analysis of the selected compounds in samples from seven rivers located in the north of Portugal. Nevertheless all the compounds were detected, it was the first time that paracetamol-glucuronide was found in river water at concentrations up to 3.57 μg/L.

Digital storytelling: emotions in higher education

The results presented in the article are part of a wider PhD project developed under the Doctoral program in Multimedia in Education from the University of Aveiro. The project, which sought to understand student ID in Higher education through the use of Digital Storytelling, was made possible through the Doctoral Grant awarded by Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT).

Analysis of pesticide residues in strawberries and soils by GC-MS/MS, LC-MS/MS and two-dimensional GC-timeof- flight MS comparing organic and integrated pest management farming

This study analysed 22 strawberry and soil samples after their collection over the course of 2 years to compare the residue profiles from organic farming with integrated pest management practices in Portugal. For sample preparation, we used the citrate-buffered version of the quick, easy, cheap, effective, rugged, and safe (QuEChERS) method. We applied three different methods for analysis: (1) 27 pesticides were targeted using LC-MS/MS; (2) 143 were targeted using low pressure GC-tandem mass spectrometry (LP-GC-MS/MS); and (3) more than 600 pesticides were screened in a targeted and untargeted approach using comprehensive, two-dimensional gas chromatography time-of-flight mass spectrometry (GC × GC-TOF-MS). Comparison was made of the analyses using the different methods for the shared samples. The results were similar, thereby providing satisfactory confirmation of both similarly positive and negative findings. No pesticides were found in the organic-farmed samples. In samples from integrated pest management practices, nine pesticides were determined and confirmed to be present, ranging from 2 μg kg−1 for fluazifop-pbutyl to 50 μg kg−1 for fenpropathrin. Concentrations of residues in strawberries were less than European maximum residue limits.

Effect of active components from Garlic on AGEs formation

Advanced glycation end-products are Maillard reaction products that are found in thermal processed food. This compounds are often referred as unhealthy for human diet, namely because of their capacity to form amino-acid dimers. There is a broad range of answers to get about how these products are formed, how they interact with the organism and how these reactions can be inhibited to prevent the referred effects. Some compounds from garlic are thought to be able to inhibit these reactions. This study using spectrophotometric, High Performance Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry (HPLC-MS/MS) and Fourier transformed infrared spectroscopy (FTIR) analysis, helps to understand better not only not only the effect of some compounds obtained from garlic, diallyl sulfide (DAS), diallyl disulfide (DADS) and diallyl trisulfide (DATS), on these AGEs production reaction, but also helped to understand better the reaction itself.

Development of a SPE–UHPLC–MS/MS methodology for thedetermination of non-steroidal anti-inflammatory and analgesicpharmaceuticals in seawaterPaula

An analytical methodology for the simultaneous determination of seven pharmaceuticals and two metabolites belonging to the non-steroidal anti-inflammatory drugs (NSAIDs) and analgesics therapeutic groups was developed based on off-line solid-phase extraction and ultra-high performance liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry (SPE–UHPLC–MS/MS). Extraction conditions were optimized taking into account parameters like sorbent material, sample volume and sample pH. Method detection limits (MDLs) ranging from 0.02 to 8.18 ng/L were obtained. This methodology was successfully applied to the determination of the selected pharmaceuticals in seawater samples of Atlantic Ocean in the Northern Portuguese coast. All the pharmaceuticals have been detected in the seawater samples, with pharmaceuticals like ibuprofen, acetaminophen, ketoprofen and the metabolite hydroxyibuprofen being the most frequently detected at concentrations that can reach some hundreds of ng/L.

Molecular tools in the diagnostic and epidemiology of infections caused by members of Mycobacterium avium Complex

Mycobacterium avium Complex (MAC) comprises microorganisms that affect a wide range of animals including humans. The most relevant are Mycobacterium avium subspecies hominissuis (Mah) with a high impact on public health affecting mainly immunocompromised individuals and Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (Map) causing paratuberculosis in animals with a high economic impact worldwide. In this work, we characterized 28 human and 67 porcine Mah isolates and evaluated the relationship among them by Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis (MLVA). We concluded that Mah population presented a high genetic diversity and no correlations were inferred based on geographical origin, host or biological sample. For the first time in Portugal Map strains, from asymptomatic bovine faecal samples were isolated highlighting the need of more reliable and rapid diagnostic methods for Map direct detection. Therefore, we developed an IS900 nested real time PCR with high sensitivity and specificity associated with optimized DNA extraction methodologies for faecal and milk samples. We detected 83% of 155 faecal samples from goats, cattle and sheep, and 26% of 98 milk samples from cattle, positive for Map IS900 nested real time PCR. A novel SNPs (single nucleotide polymorphisms) assay to Map characterization based on a Whole Genome Sequencing analysis was developed to elucidate the genetic relationship between strains. Based on sequential detection of 14 SNPs and on a decision tree we were able to differentiate 14 phylogenetic groups with a higher discriminatory power compared to other typing methods. A pigmented Map strain was isolated and characterized evidencing for the first time to our knowledge the existence of pigmented Type C strains. With this work, we intended to improve the ante mortem direct molecular detection of Map, to conscientiously aware for the existence of Map animal infections widespread in Portugal and to contribute to the improvement of Map and Mah epidemiological studies.