Environmental selection on transcriptome-derived SNPs in a high gene flow marine fish, the Atlantic herring (Clupea harengus)

High gene flow is considered the norm for most marine organisms and is expected to limit their ability to adapt to local environments. Few studies have directly compared the patterns of differentiation at neutral and selected gene loci in marine organisms. We analysed a transcriptome-derived panel of 281 SNPs in Atlantic herring (Clupea harengus), a highly migratory small pelagic fish, for elucidating neutral and selected genetic variation among populations and to identify candidate genes for environmental adaptation. We analysed 607 individuals from 18 spawning locations in the northeast Atlantic, including two temperature clines (5-12 °C) and two salinity clines (5-35‰). By combining genome scan and landscape genetic analyses, four genetically distinct groups of herring were identified: Baltic Sea, Baltic-North Sea transition area, North Sea/British Isles and North Atlantic; notably, samples exhibited divergent clustering patterns for neutral and selected loci. We found statistically strong evidence for divergent selection at 16 outlier loci on a global scale, and significant correlations with temperature and salinity at nine loci. On regional scales, we identified two outlier loci with parallel patterns across temperature clines and five loci associated with temperature in the North Sea/North Atlantic. Likewise, we found seven replicated outliers, of which five were significantly associated with low salinity across both salinity clines. Our results reveal a complex pattern of varying spatial genetic variation among outlier loci, likely reflecting adaptations to local environments. In addition to disclosing the fine scale of local adaptation in a highly vagile species, our data emphasize the need to preserve functionally important biodiversity.

Gene-associated markers can assign origin in a weakly structured fish, Atlantic herring

Regulations on the exploitation of populations of commercially important fish species and the ensuing consumer interest in sustainable products have increased the need to accurately identify the population of origin of fish and fish products. Although genomics-based tools have proven highly useful, there are relatively few examples in marine fish displaying accurate origin assignment. We synthesize data for 156 single-nucleotide polymorphisms typed in 1039 herring, Clupea harengus L., spanning the Northeast Atlantic to develop a tool that allows assignment of individual herring to their regional origin. We show the method's suitability to address specific biological questions, as well as management applications. We analyse temporally replicated collections from two areas, the Skagerrak (n = 81, 84, 66) and the western Baltic (n = 52, 52). Both areas harbour heavily fished mixed-origin stocks, complicating management issues. We report novel genetic evidence that herring from the Baltic Sea contribute to catches in the North Sea, and find support that western Baltic feeding aggregations mainly constitute herring from the western Baltic with contributions from the Eastern Baltic. Our study describes a general approach and outlines a database allowing individual assignment and traceability of herring across a large part of its East Atlantic distribution.

Whose sins do the Brethren confess? The problem of sin as the problem of expiation

Among Brethren fisher families in Gamrie, northeast Scotland, professional clergy and written liturgy are held to be blasphemous denials of the true workings of the Holy Spirit. God, I was told, chooses to speak through all born-again (male) persons, unrestricted by the vain repetitions of lettered clerics and their prayer books. In this context, confession of one’s own sin is a private and pointedly interior affair. In Gamrie, not only did every man seek to be his own skipper, but also his own priest. Yet, much of Brethren worship is given over to ritualised acts of confession. So whose sins do the Brethren confess, and to what end? This article argues that among the Brethren of Gamrie, such acts involve confessing not one’s own sin, but the sins of a ‘sick’ and ‘fallen’ world. More than this, by attending to the sociological (as opposed to theological) processes of confessing the sins of another, we see a collapse in the distinction between confiteor and credo that has so dogged anthropological studies of Christianity. In Brethren prayer and bible study, as well as in everyday gossip, the “I confess” of the confiteor and the “I believe” of credo co-constitute one another in and through evidences of the ‘lostness’ of ‘this present age’. But how, if at all, does this solve ‘the problem of sin’? This article suggests that, with the ritual gaze of confession turned radically outward, Brethren announcements of global wickedness enact (in a deliberate tautology) both a totalising call for repentance from sin, and a millenarian creed of the imminent apocalypse. Here, the problem of ritual can be understood as the problem of (partially failed) expiation.

Lake Kumphawapi revisited – The complex climatic and environmental record of a tropical wetland in NE Thailand

Kumphawapi, which is Thailand’s largest natural freshwater lake, contains a >10,000-year-long climatic and environmental archive. New data sets (stratigraphy, chronology, hydrogen isotopes, plant macrofossil and charcoal records) for two sedimentary sequences are here combined with earlier multi-proxy studies to provide a comprehensive reconstruction of past climatic and environmental changes for Northeast Thailand. Gradually higher moisture availability due to a strengthening of the summer monsoon led to the formation of a large shallow lake in the Kumphawapi basin between >10,700 and c. 7000 cal. BP. The marked increase in moisture availability and lower evaporation between c. 7000 and 6400 cal. BP favoured the growth and expansion of vegetation in and around the shallow lake. The increase in biomass led to gradual overgrowing and infilling, to an apparent lake level lowering and to the development of a wetland. Multiple hiatuses are apparent in all investigated sequences between c. 6500 and 1400 cal. BP and are explained by periodic desiccation events of the wetland and erosion due to the subsequent lake level rise. The rise in lake level, which started c. 2000 cal. BP and reached shallower parts c. 1400 cal. BP, is attributed to an increase in effective moisture availability. The timing of hydroclimatic conditions during the past 2000 years cannot be resolved because of chronological limitations.

O empreendedorismo português na cidade do Recife na primeira metade do século XX

A tese analisa o empreendedorismo do imigrante português na cidade do Recife, Estado de Pernambuco, Nordeste do Brasil, durante a primeira metade do século XX. O foco da tese pode ser assim formulado: teria o imigrante português sido empreendedor nesse cenário de mudança econômica e cultural dos primeiros cinquenta anos do século XX, seja como grupo étnico, seja como pessoa de comportamento empreendedor? O corpus teórico principal é, portanto, derivado do campo do empreendedorismo. É uma pesquisa interdisciplinar, que se ampara nas áreas de história, estudos migratórios, econômicos e organizacionais. De acordo com a literatura consultada, esse tipo de abordagem não é incomum no vasto campo do empreendedorismo (Fillion, 1999 e Martinelli, 2007). À luz dessa visão interdisciplinar, a investigação debruça-se sobre o período referido, resgata a trajetória desse imigrante no país e no Recife e discute sua inserção na economia e sociedade locais. Identifica características do dinamismo econômico comercial existente no período e reconstrói a atmosfera de modernidade que a cidade atravessava no mesmo interregno histórico. Para seu desenvolvimento, a pesquisa se apóia em conteúdos de estudos migratórios, históricos e econômicos porque nesse interregno de tempo, a cidade do Recife estava atravessando a chamada era da modernidade nas esferas econômica, cultural e comportamental. No que diz respeito às questões migratórias, a pertinência é óbvia porque o tema do trabalho tem como alvo o imigrante luso. Já quanto à esfera econômica e ao contexto histórico da modernidade, seus conteúdos são trabalhados como o cenário ou o teatro de operações no qual o ator social, imigrante luso, movimentou-se. O trabalho adota, portanto, o olhar de ourives a procurar e a espiar nos textos, livros, discursos visitados e entrevistas realizadas, eventos ou sinais que conduzam à compreensão e interpretação do comportamento do ator econômico, o imigrante português, na história empresarial da cidade do Recife, na condição de empreendedor. Trata-se, por assim dizer, de uma pesquisa de postura quase arqueológica voltada a procurar achados, materiais e imateriais, que denunciem e permitam a discussão e análise do foco acima citado. Diferentemente de pesquisas recentes a serem referidas no capítulo III que exploram o comportamento empreendedor e o empreendedorismo étnico no cenário dos dias de hoje, o estudo olha pelo retrovisor para quase um século atrás e tenta reconstituir e identificar, na história do imigrante português na cidade, conteúdos empreendedorísticos. Está estruturada em 09 (nove) capítulos. No primeiro, são indicados os objetivos perseguidos, a relevância do estudo sob o ponto de vista teórico e os percalços que a pesquisa atravessou para atingir seu termo final. Faz-se, ainda, uma apresentação detalhada dos demais capítulos do trabalho. No corpo do texto, estão ainda, estampadas imagens que testemunham a presença lusa na cidade e documentam a atmosfera da vida do Recife, no período pesquisado. Os resultados encontrados sinalizam para evidências consistentes de empreendedorismo de natureza étnico lusitana nas cadeias produtivas – conceito a ser definido no 9º capítulo– das indústrias da panificação; de terreno, ferragens e construção; e alimentos em geral. Indica, ainda, comportamento empreendedor do imigrante português em diversas atividades econômicas, desde exportação e importação, cafés, restaurantes até o setor de entretenimento em geral. Acredita-se, destarte, que os resultados alcançados podem aditar contribuições relevantes nos campos referidos acima, bem como indicar novos temas de investigação que desdobrem sugestões formuladas nas considerações finais da investigação.

Carbapenemases of Serratia fonticola UTAD54

As carbapenemases, serínicas e metalo-β-lactamases (MBLs), formam um grupo cada vez mais importante de β-lactamases capazes de tornar as bactérias resistentes a antibióticos β-lactâmicos, incluindo carbapenemos utilizados como antibióticos de último recurso no tratamento de infecções causadas por bactérias multirresistentes. De modo a compreender melhor a relação estrutura-função deste grupo de enzimas, prosseguimos com a caracterização bioquímica e estrutural das carbapenemases SFC-1 e Sfh-I específicas de Serratia fonticola UTAD54, uma estirpe ambiental isolada previamente de águas de consumo não tratadas no Nordeste de Portugal. Ambas as β-lactamases foram sobre-expressas em Escherichia coli e purificadas por cromatografia líquida. A SFC-1 recombinante, uma carbapenemase serínica, hidrolisa eficientemente antibióticos β-lactâmicos de todas as classes e exibe, comparativamente a enzimas relacionadas (ex. KPC), uma maior eficiência contra a ceftazidima e uma menor susceptibilidade aos inibidores convencionais das β-lactamases. As estruturas do cristal da SFC-1 nativa e de complexos de mutantes, obtidos por mutagénese dirigida, com o meropenemo não hidrolisado e na forma de acetilenzima foram determinados por substituição molecular utilizando cristalografia de raios-X. A estrutura da SFC-1 contém todas as características conservadas do centro activo das carbapenemases de classe A. Nas estruturas dos mutantes o meropenemo aparece orientado no centro activo por Thr236 e Thr238, posicionando-o próximo da Ser130 para a transferência do protão. Nas enzimas de classe A inibidas por carbapenemos, a interacção com a Arg244 impõe uma orientação diferente do meropenemo ligado, prejudicando a transferência do protão. Estas constituem as primeiras estruturas de uma carbapenemase de classe A com um carbapenemo no centro activo e revelam que estas enzimas alteram a orientação do meropenemo ligado para promover a catálise, sem alteração significativa da estrutura geral. A Sfh-I, tal como as outras MBLs da subclasse B2, apresenta um perfil de substratos reduzido, que inclui maioritariamente os carbapenemos. A Sfh-I hidrolisa imipenemo e meropenemo com um kcat de 51 e 109 s-1 e um KM de 79 e 215 μM, respectivamente. A Sfh-I liga um equivalente de zinco, como demonstrado por espectrometria de massa. Contrariamente a enzimas da subclasse B2 previamente caracterizadas, a Sfh-I hidrolisa a cefepima, mostrando que a Sfh-I é uma MBL da subclasse B2 com propriedades únicas. Por espectroscopia de fluorescência mostrou-se que a Sfh-I é capaz de ligar até 3 equivalentes de zinco (Kd2 = 95 μM; Kd3 = 2.3 mM). A estrutura do cristal da Sfh-I, determinada por substituição molecular utilizando a CphA como modelo, é a primeira para uma MBL da subclasse B2 não ligada. Esta estrutura revela a disposição das moléculas de água no centro activo corroborando um mecanismo catalítico para as MBLs da subclasse B2 no qual a His118, em vez do Asp120 proposto anteriormente, activa a molécula de água nucleofílica.

Biodiversity and molecular evolution of malacostraca

No actual cenário de perda acelerada de biodiversidade, o nosso conhecimento dos ecossistemas marinhos, apesar da sua extensão e complexidade, continua muito inferior ao dos ecossistemas terrestres. A classe Malacostraca (Arthropoda, Crustacea), um grupo dos mais representativos nos ecossistemas marinhos, apresenta um elevado nível de diversidade morfológica e ecológica, mas difícil sua identificação ao nível de espécie requer frequentemente a ajuda de especialistas em taxonomia. A utilização recente do “barcoding” (código de barras do ADN), revelou ser um método rápido e eficaz para a identificação de espécies em diversos grupos de metazoários, incluindo os Malacostraca. No âmbito desta tese foi construída uma base de dados de código de barras de ADN envolvendo 132 espécies de Malacostraca vários locais de amostragem no Atlântico Nordeste e Mediterrâneo. As sequências de ADN mitocondrial provenientes de 601 espécimes formaram, em 95% dos casos, grupos congruentes com as identificações baseadas em características morfológicas. No entanto, foi detectado polimorfismo em seis casos e a divergência intra-específica foi elevada em exemplares pertencentes a duas espécies morfológicas, sugerindo, neste caso, a ocorrência de especiação críptica. Este estudo confirma a utilidade do código de barras de ADN para a identificação de Malacostraca marinhos. Apesar do sucesso obtido, este método apresenta alguns problemas, como por exemplo a possível amplificação de pseudogenes. A ocorrência de pseudogenes e as possíveisabordagens para a detecção e resolução deste tipo de problemas são discutidas com base em casos de estudo: análises dos códigos de barras ADN na espécie Goneplax rhomboides (Crustacea, Decapoda). A análise dos códigos de barras ADN revelou ainda grupos prioritários de decápodes para estudos taxonómicos e sistemáticos, nomeadamente os decápodes dos géneros Plesionika e Pagurus. Neste âmbito são discutidas as relações filogenéticas entre espécies seleccionadas dos géneros Plesionika e Pagurus. Este trabalho aponta para várias questões no âmbito da biodiversidade e evolução molecular da classe Malacostraca que carecem de um maior esclarecimento, podendo ser considerado como a base para estudo futuros. Análises filogenéticas adicionais integrando dados morfológicos e moleculares de um maior número de espécies e de famílias deverão certamente conduzir a uma melhor avaliação da biodiversidade e da evolução dentro da classe.

Soluções para a construção de habitação em adobe a custos controlados

Dados recentes mostram que o desmatamento da caatinga, um dos principais biomas brasileiros, está atingindo níveis alarmantes, principalmente devido a sua vulnerabilidade e forte tendência à desertificação. Entre os dez municípios brasileiros que mais desmataram a caatinga, segundo o Ministério do Meio Ambiente, quatro se encontram no Ceará. Estudos mostram que entre as principais causas do desmatamento está o uso da mata nativa para lenha e carvão, sobretudo para a queima de tijolos em olarias clandestinas. Procurando estudar a questão da aplicabilidade de construções sustentáveis no Nordeste Brasileiro, o presente trabalho faz um levantamento detalhado sobre construções em terra crua (adobe) na região, em especial no Estado que mais contribuiu com o desmatamento. Em assim sendo, realizou-se uma extensa pesquisa aos acervos públicos e oito expedições rodoviárias, entre 2009 e 2011, e totalizando cerca de 7.000 km rodados, às regiões norte e nordeste do Estado do Ceará. Foram coletadas amostras de terra e de adobe para ensaios nos laboratórios da Universidade Federal do Ceará (UFC) e feita ampla documentação fotográfica com aplicação de questionários em 14localidades. Foram levantados dados de vários aspectos relevantes para a pesquisa, quais sejam: composição da terra, granulometria, processos de secagem do adobe, resistência mecânica à compressão, além de aspectos ligados ao detalhamento do revestimento, traço de rebocos e detalhes de fundação. A análise dos dados coletados permitiu compreender a construção em adobe na região, no seu contexto cultural. Esta pesquisa pode ajudar na manutenção de um sistema construtivo ambiental, cultural e economicamente sustentável, através da busca por um caminho de reavaliação das possibilidades de adaptações técnicas à casa típica do semiárido cearense.

Geographic variation in sardine population traits: implications for stock assessment

Tese dout., Ciências e Tecnologias das Pescas, Universidade do Algarve, 2007

Phytoplankton and microbial plankton of the Bay of Biscay and Western Iberian Shelf

The region of the Northeast Atlantic represents a gradient between two oceanographic regimes: (i) the subtropical waters of southern Portugal and southwestern Spain, and (ii) the temperate waters characterizing the northwestern and northern Iberian coasts (Cantabrian Sea) and the rest of the Bay of Biscay along the French coast.

Habitat use and diel vertical migration of bigeye thresher shark: overlap with pelagic longline fishing gear

Pelagic longliners targeting swordfish and tunas in oceanic waters regularly capture sharks as bycatch, including currently protected species as the bigeye thresher, Alopias superciliosus. Fifteen bigeye threshers were tagged with pop-up satellite archival tags (PSATs) in 2012-2014 in the tropical northeast Atlantic, with successful transmissions received from 12 tags for a total of 907 tracking days. Marked diel vertical movements were recorded on all specimens, with most of the daytime spent in deeper colder water (mean depth = 353 m, SD = 73; mean temperature = 10.7 °C, SD = 1.8) and nighttime spent in warmer water closer to the surface (mean depth = 72 m, SD = 54; mean temperature = 21.9 °C, SD = 3.7). The operating depth of the pelagic longline gear was measured with Minilog Temperature and Depth Recorders (TDRs), and the overlap with habitat utilization was calculated. Overlap is taking place mainly during the night and is higher for juveniles. The results presented herein can be used as inputs for Ecological Risk Assessments for bigeye threshers captured in oceanic tuna fisheries, and serve as a basis for efficient management and conservation of this vulnerable shark species.

Population dynamics and fisheries assessment of the bigeye thresher (Alopias superciliosus) in the Atlantic: a comparison between North Atlantic and South Atlantic stocks

Tese de doutoramento, Ciências do Mar, da Terra e do Ambiente (Biologia Pesqueira), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2015

Challenges and Opportunities in Healthcare Volunteer Management: Insights from Volunteer Administrators

Volunteer administrators from 105 hospitals in five states in the northeast and southern United States provided open-ended survey responses about what they perceived to be the most pressing challenges and opportunities facing healthcare volunteer management. Taken together, these 105 hospitals used a total of 39,008 volunteers and 5.3 million volunteer hours during a 12-month period between 2010 and 2011. A qualitative content analysis of administrator responses suggests that primary challenges include volunteer recruitment and retention, administrative issues, and operational difficulties brought about by the current economic crisis. Key opportunities include more explicitly linking the volunteer function to hospital outcomes and community impact, expanding volunteer recruitment pools and roles and jobs, and developing organizational support for volunteers and making the volunteer management function more efficient and effective.

Essa terra que tomo de conta : parentesco e territorialidade na Zona da Mata de Pernambuco

Tese de doutoramento, Antropologia (Antropologia do Parentesco e do Género), Universidade de Lisboa, Instituto de Ciências Sociais, 2014

Biology and ecology of the white prawn Palaemon longirostris H. Milne Edwards, 1837 (Crustacea, Decapoda, Palaemonidae) in the Mira River, Portugal

Tese de doutoramento, Biologia (Ecografia), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014