Development of nucleic acid vaccines: use of self-amplifying RNA in lipid nanoparticles

Self-amplifying RNA or RNA replicon is a form of nucleic acid-based vaccine derived from either positive-strand or negative-strand RNA viruses. The gene sequences encoding structural proteins in these RNA viruses are replaced by mRNA encoding antigens of interest as well as by RNA polymerase for replication and transcription. This kind of vaccine has been successfully assayed with many different antigens as vaccines candidates, and has been shown to be potent in several animal species, including mice, nonhuman primates, and humans. A key challenge to realizing the broad potential of self-amplifying vaccines is the need for safe and effective delivery methods. Ideally, an RNA nanocarrier should provide protection from blood nucleases and extended blood circulation, which ultimately would increase the possibility of reaching the target tissue. The delivery system must then be internalized by the target cell and, upon receptor-mediated endocytosis, must be able to escape from the endosomal compartment into the cell cytoplasm, where the RNA machinery is located, while avoiding degradation by lysosomal enzymes. Further, delivery systems for systemic administration ought to be well tolerated upon administration. They should be safe, enabling the multiadministration treatment modalities required for improved clinical outcomes and, from a developmental point of view, production of large batches with reproducible specifications is also desirable. In this review, the concept of self-amplifying RNA vaccines and the most promising lipid-based delivery systems are discussed.

Berkeley e o relativismo

No sistema de Berkeley chamado de imaterialismo a substância material é negada, existindo apenas dois tipos de entes: aqueles que percebem (os espíritos) e aqueles que são percebidos (as ideias). Os objetos sensíveis não possuem qualquer existência além daquela que lhes é atribuída pelo ato da percepção. Assim, diz o autor, ser é ser percebido (esse est percipi), e tudo o que se conhece são as qualidades reveladas durante o processo de percepção sensível. No entanto, tal afirmação parece nos conduzir para uma forma bastante particular do relativismo, um subjetivismo individualista, que implica grandes problemas. Em suas duas obras mais importantes: Tratado sobre os princípios do conhecimento humano e Três diálogos entre Hylas e Philonous, Berkeley faz várias alusões à relatividade das qualidades sensíveis. Com efeito, as qualidades percebidas de cada objeto são diferentes, segundo os indivíduos. Entretanto, a opinião dos comentadores sobre a relevância que Berkeley atribui a tais referências relativistas é divergente. O objetivo do presente trabalho é, então, tentar apresentar uma possível solução para o problema das referências relativistas no imaterialismo de Berkeley. Pretendemos investigar ao longo dos quatro capítulos que se seguem, cada um abordando um aspecto relevante acerca da relação entre o relativismo e a teoria de Berkeley, como pode ser possível que o filósofo concilie as duas posições, conservando intacta a possibilidade de conhecimento objetivo do mundo, e a sintonia que alega manter com o senso comum.

Courtship and spawning behaviors of carangid species in Belize

Many species of reef f ish agg regate seasonally in large numbers to spawn at predictable times and sites (Johannes, 1978; Sadovy, 1996; Domeier and Colin, 1997). Although spawning behavior has been observed for many reef fish in the wild (Wicklund, 1969; Smith, 1972; Johannes, 1978; Sadovy et al., 1994; Aguilar Perera and Aguilar Davila, 1996), few records exist of observations on the courtship or natural spawning for the commercially important family Carangidae (jacks) (von Westernhagen, 1974; Johannes, 1981; Sala et al., 2003). In this study, we present the first observations on the natural spawning behavior of the economically-valuable permit (Trachinotus falcatus)(Linnaeus, 1758) from the full to new moon period at reef promontories in Belize, with notes on the spawning of the yellow jack (Carangoides bartholomaei) (Cuvier, 1833), and the courtship of five other carangid species.

葡萄属植物系统学研究

葡萄属（Vitis.L.）植物隶属于葡萄科(Vitaceae)，主要分布于北温带，最南可以分布到南美洲的委内瑞拉和亚洲的越南以及印度北部。本文通过对该属分类研究历史的回顾，认为该属存在的问题主要表现在如下几个方面： 1）葡萄属自1753 年由Carl Linne创立以来，虽经planchon于1887年做了修订，但属的范围仍需进一步界定;2）在Planchon之后的100多年中未见有一全面的分类学修订工作，出现在该属的800多个名称需要考证;3）对一些广布种的变异认识不足，导致了大量可疑种。针对这些问题本文进行了如下几个方面的工作： l、形态学：通过大量的野外工作和标本观察，对该属植物的主要性状做了分析，讨论了这些性状状态在葡萄属中的变异规律及演化趋势，将灌木状习性、退化的卷须以及不裂的叶片视为进化的性状。 2、细胞学：利用前人对葡萄属(Vitis.L.)染色体数目的统计及一些杂交实验分析的结果，结合形态学等方面的特征分析，认为在葡萄科，染色体基数X=10为原始的，而x=19则为衍生的。葡萄属的染色体基数xl9(2n=38)，多倍体较少见;麝香葡萄属[Muscadinia (Planch.) Sma11]的染色体基数为x=10 (2n=20)．与蛇葡萄属、酸蔹藤属和爬山虎属的一致。葡萄属和麝香葡萄属间的杂种是不育的。 3、孢粉学：对葡萄属32种5变种及麝香葡萄属[Muscadinia (Planch.) Sma11]1种的花粉外壁做扫描电镜观察，结果发现花粉外壁雕纹在这两属间和葡萄属内变异较小，对区分属以及属下种上类群意义不大，但对种的鉴别有重要的价值。 4、植物化学：前人对植物化学的工作表明，植物的一些次生代谢产物如类黄酮化合物在葡萄科各类群中的分布规律较好地反映了各类群间的关系。这些结果较好地支持了Planchon对葡萄属范围的界定。 5、山葡萄复合体(V.amurensis complex)包括山葡萄(V.amurensis Rupr.)、燕山葡萄(V.amuresis Rupr. var. dissecta Skvorts.=var.yanshanensisD．Z．Lu et H．P．Liang)、百花山葡萄(V.baihuashanensis M．S．Kang et D．Z．Lu)、复叶葡萄(V.piasezkii Maxim.)、少毛复叶葡萄[V. piasezkii Maxux1．var. pagnuccii (Planch.) Rehd.]共3个种和2个变种，广泛分布于中国北方，形态变异较大。本文对该复合体做了形态分析，并用RAPD (Random Amplified Polymorphic DNAs)分子标记方法分析了这几个类群的关系。综合这些结果，归并了燕山葡萄和百花山葡萄。 在上述工作的基础上，我们得出了如下的结论： l、葡萄属在葡萄科中是一个进化的类群。整理后的葡萄属包括8系62种、l亚种和15变种，其中有2个新系、1个新组合系、2个新变种、1个新组合种和l3个新异名。 2、本文赞同SmaU在1903年作出的分类学处理，把麝香葡萄作为一个独立的属，比葡萄属原始但与葡萄属有着最近的亲缘关系。 3、依据形态特征和APD分析结果把山葡萄复合体的3个种2变种归并为2种l变种，即山葡萄、复叶葡萄和少毛复叶葡萄，认为分子标记技术在分析属内近缘种闻关系上很有价值。 4、葡萄属具有东亚和北美2个现代分布中心，该属可能起源于北美的东部，在晚白垩纪经白令陆桥散布至欧亚大陆。

木根麦冬rRNA基因进化的研究

木根麦冬（Ophiopogon xylorrhizus Wang et Dai）属于铃兰科（Convallariaceae）或广义百合科（Liliaceae s.l.）沿阶草族（Ophiopogoneae）沿阶草属（Ophiopogon Ker-Gawl.），属于典型的濒危植物。前人已从细胞学、种群生态学、生殖生物学和遗传结构与多样性等方面对木根麦冬进行了研究，但在分子进化和分子细胞遗传学水平上的研究近为空白。本文运用染色体的荧光原位杂交(FISH)、PCR扩增和克隆、DNA测序、系统发育重建等方法，对18S rDNA作了染色体原位定位，研究了木根麦冬的Ss rRNA基因结构特点，并重建了该基因的系统发育树，探讨了5S rRNA多基因家族的分子进化模式和木根麦冬的濒危机制。主要结果如下： 1．对木根麦冬三个居群七个个体、及其最近姐妹种林生麦冬（Ophiopogon svlvicola Wang et Tang）一个个体的5S rRNA基因进行了PCR扩增和TA克隆，在两个种中共得到1085个具有插入片段的阳性克隆。 2．对木根麦冬三个居群六个个体的294个SS rRNA基因克隆，及林生麦冬一个个体的45个克隆，总计339个克隆进行了DNA序列测定，这是目前已完成的最大的单个物种的5S rRNA数据。结果表明：两个种的序列高度多样化，在339个拷贝中仅仅有13对(3.8%)是相同的，序列长度变化在307bp-548bp之间，长度变异主要发生在间隔区，单个碱基的插入和缺失(indel)频率很高，5bp以上片段的插入，缺失有11个，插入的序列通常是其两侧序列的重复和倒位。术根麦冬序列的分化指数（sequence differentiation index，SDI）是0.078，林生麦冬是0.032，两个物种间是0.149，木根麦冬的序列之间的分化明显大于林生麦冬。 3．以PAUP程序对339个5S rRNA基因拷贝的DNA序列（包括编码区和间隔区）作了系统发育分析，结果如下：在得到一个唯一的最俭约树中，所有木根麦冬的拷贝被聚成一支，而林生麦冬的则被聚到另一支，统计支持率(bootstrap)达到lOO%，表明这两个物种所有的的5S rRNA基因拷贝分别来自各自的一个祖先拷贝（建立者拷贝），而其共同祖先的其它拷贝则在物种形成中或之后丢失：在多基因家族中如此长期而单一的拷贝偏选( sorting)过程尚未有前人报道;由此基因系统发育树可以看出，在这两个物种形成之后，“建立者拷贝”经历了多次扩增过程而形成了一个直系的（orthologous）多基因家族。 4．在木根麦冬分支中，很少有亚分支是全部由一个居群或一个个体的拷贝组成的，不同居群、不同个体的拷贝混合在同一个亚分支中;对基因系统发育树、序列多样性和序列分化指数分析表明，5S rRNA基因家族内一致化（homogeruzation）过程很弱，不同拷贝是独立进化的，这在串联．重复的多拷贝基因家族中是不寻常的;由上述分析我们推测，在术根麦冬的进化历史上，居群间的基因交流远远比今天频繁，可能是某些外在因素在近期发生变化，导致自交和自交衰退，并进而导致濒危。 5．利用荧光原位杂交技术，成功地将18S rRNA基因定位在木根麦冬减数分裂期的染色体上，两对强信号和一对弱信号分别位于三对二价体染色体上。

土圞儿属和旋花豆属的系统学研究

土圞儿属（含8种）和旋花豆属（含2种）隶属于豆科、菜豆族、刺桐亚族。土圞儿属呈东亚-北美间断分布，旋花豆属分布于喜玛拉雅地区。传统上，这两个属被认为系统关系非常近。目前对于土圞儿属中种的划分和分类问题缺乏世界范围内的深入研究，因此该属应予以修订。另外，土圞儿属内种间和土圞儿属与旋花豆属间的系统关系也需要进一步研究。本文对这两个属进行了世界范围内的分类学修订。同时，基于形态学、解剖学、孢粉学特征和分子系统学方面的研究，对土圞儿属内部和这两个属之间的系统发育关系进行了探讨。结果如下： 1. 形态学 在标本室研究和野外考查的基础上，对土圞儿属和旋花豆属植物形态性状的变异式样及其分类学意义进行了分析，发现块茎的形态、小叶的大小和形态、花序的类型和花冠的形态等特征在种内稳定，是比较可靠的分类学性状。通过对花序的研究，认为花序的类型可能反映了土圞儿属内各种之间的演化关系，推测肉色土圞儿可能是土圞儿属中较为进化的种类，而云南土圞儿和纤细土圞儿则可能较为原始。 2. 叶表皮特征 首次在光学显微镜和扫描电子显微镜下，对土圞儿属和旋花豆属全部8种植物的叶表皮进行了观察。发现这两个属叶表皮的性状，特别是表皮细胞的形状、垂周壁的式样和蜡质纹饰的特征，对于理解土圞儿属内和这两个属之间的系统关系有重要意义。叶表皮的特征支持以下结论：纤细土圞儿是一个独立的种，而不是云南土圞儿之下的一个变种;对于土圞儿属进行亚属的划分是不合理的。 3. 孢粉学 在光学显微镜和扫描电子显微镜下，对7种土圞儿属和旋花豆属植物的花粉进行了观察。这两个属的花粉均为三孔沟，三角球形或球形。土圞儿属的花粉可划分为两种类型：肉色土圞儿的花粉外壁为典型的网状纹饰;其他的种花粉外壁较光滑，具颗粒状或短条纹状纹饰。肉色土圞儿花粉外壁纹饰的类型可能反映了其在Apios属中较进化的位置。旋花豆属的花粉特征和肉色土圞儿相似，这也许说明了两者之间的亲缘关系较近。 4. 分子系统学 通过对土圞儿属和旋花豆属6种植物的两个DNA片段ITS和H3D进行简约性分析，构建了这两个属之间的系统关系树。结果如下：土圞儿属和旋花豆属是亲缘关系较近的姐妹群;土圞儿属自身组成一个单系群，是一个自然的类群;北美的土圞儿聚成一支，隐藏在东亚的种里。分子证据和花序类型、花粉形态等重要的形态学证据相吻合。基于上述证据，我们对土圞儿属东亚-北美间断分布的格局及其可能的成因进行了初步探讨。 5. 分类修订 对土圞儿属和旋花豆属进行了分类修订，考证了关于这两个属曾发表过的所有的名称。确认了土圞儿属应包含6种，旋花豆属有2种。排除了5个不包括在土圞儿属内的种名。此外，本文还给出了这两个属各个种的地理分布图、分种检索表、形态描述和插图。

兰科根茎兰属(Galearis Rafin.)的系统学研究

根茎兰属为兰科中的一个小属, 主要分布于东亚地区, 仅有一个种Galearis spectabilis L.见于北美。根茎兰属为Rafinesque (1833) 基于产自北美的兰亚族Orchis 的一个种Orchis spectabiltis L.建立的。该属具肉质, 匍匐的根状茎, 粘盘包裹于一个明显的粘囊中而与Orchis 及其邻近属明显区分开来。根状茎是划分本属属级单位的重要性状之一。然迄今为止, 对根茎兰属及其邻近属所具有的根状茎在兰亚族中的系统学意义尚未进行过详细的研究。对于根茎兰属除根状茎之外的其它性状以及花的结构亦未有详细全面的研究。细胞学方面本属虽然已有部分种类报道过染色体数目, 然尚不全面。鉴于上述背景,本研究制定了以下目的: (1) 深入了解根茎兰属根状茎以及其它重要性状, 重点了解本属主要器官的结构与性状, 尤其关注粘囊的数目, 柱头的结构: (2) 在不同层次, 用不同方法研究根茎兰属及其邻近属不同分类性状的系统学意义, 力求建立根茎兰属内自然的系统。本文通过对根茎兰属及其部分邻近属植物的形态性状、花发育形态、花粉形态学、种子形态学、细胞学及植物地理研究, 确认了根茎兰属的独立地位并对该属进行了分类学修订。结果如下: 1. 形态性状分析 在查阅国内外馆藏标本及野外居群观察的基础上, 对根茎兰属及部分邻近属的形态性状进行了详细地比较分析, 重新评价了各性状的分类学价值, 认为根状茎, 粘囊及柱头结构对于根茎兰属及邻近属的划分具有重要的系统学意义; 叶片数目、唇瓣形状、距的形状及长短对属下分类有一定的意义; 叶的形状与大小、花色、花被片上斑点多少(斑唇根茎兰除外)有无等特征在种内变化较大, 不宜作为种的划分依据, 至少不能作为主要的或唯一的依据。 2. 合蕊柱结构及花部形态发生 根茎兰属植物合蕊柱结构解剖及花器官扫描电镜观察显示: 所观察材料的除二叶根茎兰柱头为2 部分组成, 柱头侧裂片舌状远伸出于蕊喙下凹穴之外, 其余种类柱头皆为3 部分组成, 柱头侧裂片皆垫状加厚, 位于蕊喙下凹穴之内; 粘囊数目除黄龙根茎兰为两个, 明显分开, 分居蕊柱两侧之外, 其余种粘囊皆为1 个。本研究结果不支持Aceratorchis 及Aorchis 划分为属级单位的观点。本研究结果认为黄龙根茎兰可能是根茎兰属与具根状茎的舌唇兰属植物间的一个过渡类型, 但二叶根茎兰的系统位置却难以确定。 3. 花粉形态学 扫描电镜下观察了根茎兰属及其邻近属5 个属19 种23 个样品。结果共观察到8 类花粉表面纹饰: 光滑微糙、光滑皱褶、光滑具不规则的浅凹穴、具皱褶的、光滑穿孔、疣状的、网状异型网胞、棒状具基柱的, 其中光滑具不规则的浅凹穴的为新发现的一种类型。研究发现花粉表面纹饰在属间及属内表现出极明显的差异, 对研究属下类群及属间关系具有重要的系统学意义, 而花粉小块的形态及大小不具有划分种的分类学意义。比较具根状茎的植物与具块茎的植物花粉表面纹饰发现, 前者纹饰较为简单相似, 主要表现为光滑皱褶的及疣状的, 后者纹饰复杂变异很大, 主要为网状异型网胞的、网状的或棒状具基柱的。共观察到根茎兰属内5 种花粉表面纹饰: 光滑微糙, 光滑皱褶, 光滑具不规则的浅凹穴, 疣状的及网状异型网胞。多样的纹饰说明根茎兰属与舌唇兰属、尖药兰属甚至Ponerorchis 、舌喙兰属可能有较近的关系。 4. 种子形态学 在体式镜及扫描电镜下观察了根茎兰属及其邻近属6 个属9 种的植物种子的形态及种子表面微形态特征。结果显示:所有观察材料的种子形态属于Orchis 型。种子大小、种子长宽比率及种皮表面纹饰存在较大的属间差异, 可应用在属间界定及关系判别上。根茎兰属种子大小及长宽比率处于蜻蜓兰属、角盘兰属及舌唇兰属、兜被兰属之间, 可与此4 属清楚区分开来, 但正如Tohda 所述, 本研究亦发现根茎兰属与Ponerorchis 难以区分开。种皮纹饰在根茎兰属亦存在种间差异。本研究结果显示种子形态可能与其相应的地理来源有关。但本研究不支持将根茎兰属归并入广义红门兰属中的处理。 5. 细胞学资料 本文共研究了根茎兰属5 种植物的染色体数目、静止核和有丝分裂前期的染色体形态, 其中4 种是首次报道, 3 种植物的染色体数目为2n = 42, 1 种植物的染色体数目为2n=63, 70。所有观察材料间期染色体形态皆为介于简单染色中心型及复杂染色中心型的中间类型。 6. 分类修订 在应用上述性状分析结果、解剖大量泡花及查阅国内外大量标本的基础上, 重新划定了根茎兰属的概念, 包括新性状的补充, 对该属植物进行了系统的分类修订。确定了根茎兰属目前包括7 种, 其中发现一个新种黄龙根茎兰, 该新种与卵唇根茎兰及二叶根茎兰近缘, 与二者之区别在于具明显分开的粘囊及柱头侧裂片短舌状; 作出2 个新组合。另描述了每个种的性状特征、变异情况、地理分布、生态生境、相关的分类学处理及其与近缘种的关系。