Live trapping design for the harvest mouse (Micromys minutus) in its summer habitat

documented accurately since 1960. Most records are based on nest findings and there have been few direct observations or captures, mainly because live trapping of this species is not simple. Therefore, an efficient trapping technique is needed for population studies and to facilitate the management of its habitat. By combining the methods used to capture very small (Suncus etruscus) and climbing (Muscardinus avellanarius) mammals, we developed a design using Longworth traps with mouse excluders set on suspended platforms. This allowed us to trap more harvest mice in four field sessions of 60 trap-nights than have ever been caught previously since its discovery in Switzerland.

Generalization of Vélu’s formulae for isogenies between elliptic curves

Given an elliptic curve E and a finite subgroup G, V ́lu’s formulae concern to a separable isogeny IG : E → E ′ with kernel G. In particular, for a point P ∈ E these formulae express the first elementary symmetric polynomial on the abscissas of the points in the set P + G as the difference between the abscissa of IG (P ) and the first elementary symmetric polynomial on the abscissas of the nontrivial points of the kernel G. On the other hand, they express Weierstraß coefficients of E ′ as polynomials in the coefficients of E and two additional parameters: w0 = t and w1 = w. We generalize this by defining parameters wn for all n ≥ 0 and giving analogous formulae for all the elementary symmetric polynomials and the power sums on the abscissas of the points in P +G. Simultaneously, we obtain an efficient way of performing computations concerning the isogeny when G is a rational group.

Steady-state global optimization of metabolic non-linear dynamic models through recasting into power-law canonical models

Background: Design of newly engineered microbial strains for biotechnological purposes would greatly benefit from the development of realistic mathematical models for the processes to be optimized. Such models can then be analyzed and, with the development and application of appropriate optimization techniques, one could identify the modifications that need to be made to the organism in order to achieve the desired biotechnological goal. As appropriate models to perform such an analysis are necessarily non-linear and typically non-convex, finding their global optimum is a challenging task. Canonical modeling techniques, such as Generalized Mass Action (GMA) models based on the power-law formalism, offer a possible solution to this problem because they have a mathematical structure that enables the development of specific algorithms for global optimization. Results: Based on the GMA canonical representation, we have developed in previous works a highly efficient optimization algorithm and a set of related strategies for understanding the evolution of adaptive responses in cellular metabolism. Here, we explore the possibility of recasting kinetic non-linear models into an equivalent GMA model, so that global optimization on the recast GMA model can be performed. With this technique, optimization is greatly facilitated and the results are transposable to the original non-linear problem. This procedure is straightforward for a particular class of non-linear models known as Saturable and Cooperative (SC) models that extend the power-law formalism to deal with saturation and cooperativity. Conclusions: Our results show that recasting non-linear kinetic models into GMA models is indeed an appropriate strategy that helps overcoming some of the numerical difficulties that arise during the global optimization task.

Hepatitis C virus variants resistant to macrocyclic NS3-4A inhibitors subvert IFN-β induction by efficient MAVS cleavage.

BACKGROUND & AIMS: The hepatitis C virus (HCV) NS3-4A protease is essential for the HCV life cycle and a prime target of antiviral treatment strategies. Protease inhibitors, however, are limited by emergence of resistance-associated amino acid variants (RAVs). The capacity to cleave and inactivate mitochondrial antiviral-signaling protein (MAVS) in the RIG-I-signaling pathway is a cardinal feature of NS3-4A, by which HCV blocks induction of interferon-(IFN)-β, thereby promoting viral persistence. Here, we aimed to investigate the impact of NS3-4A RAVs on MAVS cleavage. METHODS: The impact of NS3-4A RAVs on MAVS cleavage was assessed using immunoblot analyses, luciferase reporter assays and molecular dynamics simulations to study the underlying molecular principles. IFN-β was quantified in serum from patients with different NS3-4A RAVs. RESULTS: We show that macrocyclic NS3-4A RAVS with substitutions at residue D168 of the protease result in an increased capacity of NS3-4A to cleave MAVS and suppress IFN-β induction compared with a comprehensive panel of RAVs and wild type HCV. Mechanistically, we show the reconstitution of a tight network of electrostatic interactions between protease and the peptide substrate that allows much stronger binding of MAVS to D168 RAVs than to the wild-type protease. Accordingly, we could show IFN-β serum levels to be lower in patients with treatment failure due to the selection of D168 variants compared to R155 RAVs. CONCLUSIONS: Our data constitutes a proof of concept that the selection of RAVs against specific classes of direct antivirals can lead to the predominance of viral variants with possibly adverse pathogenic characteristics.

Modelo para una autoevaluación modular en una institución educativa (BADI)

Una eficaz acción educativa obliga necesariamente a plantearse en profundidad la autoevaluación como modelo de cambio y la participación de todos los estamentos de la comunidad educativa. Un mayor o menor grado de participación viene a ser un indicador que nos permite valorar cualquier propuesta de «calidad», «reforma» o «innovación». El modelo B.A.D.I. yen especial su instrumento modular, responde a las exigencias particulares de reflexión, análisis y toma de decisiones que se realiza en cada centro para responder adecuadamente a cualquier planteamiento innovador. Los principios fundamentales de este modelo se resumen en: A. Es un modelo de concepción organicista, estamental, con definición ideológica. B. Responde a un enfoque fundamentalmente rogeriano. C. Participa de los enfoques social, abierto, dinámico, cultural y positivo. Comparte la teoría moderna de la organización y sus indicadores se agrupan en cuatro fases: Criterial, presupuestaria, metodológica e informativa. D. Se identifica con los modelos centrados en la evaluación de cambio, de forma especial con la autoevaluación. La flexibilidad que caracteriza al modelo viene dado por el instrumento modular de área o de criterio, como resultado de la participación y el consenso de todos los estamentos de la institución educativa.

An efficient solver for weighted Max-SAT

We present a new branch and bound algorithm for weighted Max-SAT, called Lazy which incorporates original data structures and inference rules, as well as a lower bound of better quality. We provide experimental evidence that our solver is very competitive and outperforms some of the best performing Max-SAT and weighted Max-SAT solvers on a wide range of instances.

Edge matching puzzles as hard SAT/CSP benchmarks

Recently, edge matching puzzles, an NP-complete problem, have rececived, thanks to money-prized contests, considerable attention from wide audiences. We consider these competitions not only a challenge for SAT/CSP solving techniques but also as an opportunity to showcase the advances in the SAT/CSP community to a general audience. This paper studies the NP-complete problem of edge matching puzzles focusing on providing generation models of problem instances of variable hardness and on its resolution through the application of SAT and CSP techniques. From the generation side, we also identify the phase transition phenomena for each model. As solving methods, we employ both; SAT solvers through the translation to a SAT formula, and two ad-hoc CSP solvers we have developed, with different levels of consistency, employing several generic and specialized heuristics. Finally, we conducted an extensive experimental investigation to identify the hardest generation models and the best performing solving techniques.

Level Set Methods in Image Processing

This thesis gives an overview of the use of the level set methods in the field of image science. The similar fast marching method is discussed for comparison, also the narrow band and the particle level set methods are introduced. The level set method is a numerical scheme for representing, deforming and recovering structures in an arbitrary dimensions. It approximates and tracks the moving interfaces, dynamic curves and surfaces. The level set method does not define how and why some boundary is advancing the way it is but simply represents and tracks the boundary. The principal idea of the level set method is to represent the N dimensional boundary in the N+l dimensions. This gives the generality to represent even the complex boundaries. The level set methods can be powerful tools to represent dynamic boundaries, but they can require lot of computing power. Specially the basic level set method have considerable computational burden. This burden can be alleviated with more sophisticated versions of the level set algorithm like the narrow band level set method or with the programmable hardware implementation. Also the parallel approach can be used in suitable applications. It is concluded that these methods can be used in a quite broad range of image applications, like computer vision and graphics, scientific visualization and also to solve problems in computational physics. Level set methods and methods derived and inspired by it will be in the front line of image processing also in the future.

Lentotuhkan fraktiointi sähkösuodattimella ja Ion Blast -menetelmällä

Diplomityö on osa YTI-tutkimuskeskuksessa vuosina 2002 - 2004 toteutettavaa Jätekompostit rakeiksi tuhkaseostuksella -käyttöarvon parantaminen -projektia. Työssä tutkittiin Etelä-Savon Energia Oy:n Pursialan voimalaitoksen lentotuhkan fraktioimista voimalaitoksen nykyisellä 3-kenttäisellä sähkösuodattimella ja pilot-mittakaavaisella Ion Blast -koelaitteistolla. Sähkösuodattimen koeajojen aikana muuteltiin sen ajotapaa mm. CBO -suhteen ja maksimijänniteasetuksen avulla. Ion Blast -koelaitteistolla tutkittiin mahdollisuuksia voimalaitoksen lentotuhkan puhdistamiseksi raskasmetalleista. Lentotuhkan hyötykäyttöä vaikeuttaa sen raskasmetallipitoisuuksien suuri vaihtelu. Ongelmallisin raskasmetalli puuperäisessä lentotuhkassa on kadmium, jonka lannoitelainsäädännön raja-arvo on tällä hetkellä 3 mg/kg. Sähkösuodattimella tehtyjen fraktiointikokeiden perusteella voidaan todeta raskasmetallipitoisuuksien olevan pienimmillään sähkösuodattimen 1-kentässä ja suurimmillaan 3-kentässä. Tämä johtuu siitä, että 1-kenttään kerääntyy hiukkaskooltaan suurimmat lentotuhkahiukkaset ja 3-kentässä on mukana enemmän pienhiukkasia sisältävää tuhkaa. Lannoitteeksi menevän tuhkan Cd-pitoisuutta voidaan vähentää parhaimmillaan jopa 70 % sähkösuodattimella fraktioimalla. Muiden raskasmetallien pitoisuudet eivät vähene aivan yhtä paljon. Sähkösuodattimella voidaan tulosten perusteella fraktioida lentotuhkaa. Sähkösuodattimella ei kuitenkaan voida varmasti saavuttaa alle 3 mg/kg Cd-pitoisuuksia polttoaineen laadunvaihtelun vuoksi. Ion Blast -koelaitteiston tulokset tukevat sähkösuodattimella tehtyjä kokeita. Erottimen jännitteen kasvaessa raskasmetalleja sisältävien hiukkasten erotusaste kasvaa. Ion Blast -laitteistolla tehdyissä kokeissa myös Cd-pitoisuus oli korkeimmillaan pienimmän raeluokan hiukkasissa ja laski sitten raeluokan suurentuessa. Ion Blast -laitteisto ei kuitenkaan sellaisenaan ole hyvä fraktiointiin. Se on liian tehokas, jolloin se puhdistaa tehokkaasti myös raskasmetalleja sisältävät pienhiukkaset. Jos laitetta aiotaan käyttää fraktiointiin, tulisi sen rakennetta muuttaa.

ZnO nanorods for efficient third harmonic UV generation.

ZnO nanorods grown by both high temperature vapour phase transport and low temperature chemical bath deposition are very promising sources for UV third harmonic generation. Material grown by both methods show comparable efficiencies, in both cases an order of magnitude higher than surface third harmonic generation at the quartz-air interface of a bare quartz substrate. This result is in stark contrast to the linear optical properties of ZnO nanorods grown by these two methods, which show vastly different PL efficiencies. The third harmonic generated signal is analysed using intensity dependent measurements and interferometric frequency resolved optical gating, allowing extraction of the laser pulse parameters. The comparable levels of efficiency of ZnO grown by these very different methods as sources for third harmonic UV generation provides a broad suite of possible growth methods to suit various substrates, coverage and scalability requirements. Potential application areas range from interferometric frequency resolved optical gating characterization of few cycle fs pulses to single cell UV irradiation for biophysical studies.

Sulautetun moniprosessorijärjestelmän suunnittelu sähkömoottorien ohjaus- ja valvontatarpeisiin

Universal Converter (UNICON) –projektin osana suunniteltiin sähkömoottorikäyttöjen ohjaukseen ja mittaukseen soveltuva digitaaliseen signaaliprosessoriin (DSP) pohjautuva sulautettu järjestelmä. Riittävän laskentatehon varmistamiseksi päädyttiin käyttämään moniprosessorijärjestelmää. Prosessorijärjestelmässä käytettävää DSP-piiriä valittaessa valintaperusteina olivat piirien tarjoama prosessointiteho ja moniprosessorituki. Analog Devices:n SHARC-sarjan DSP-piirit täyttivät parhaiten asetetut vaatimukset: Ne tarjoavat tehokkaan käskykannan lisäksi suuren sisäisen muistin ja sisäänrakennetun moniprosessorituen. Järjestelmän mittalaiteluonteisuudesta johtuen keskeinen suunnitteluparametri oli luoda nopeat tiedonsiirtoyhteydet mittausantureilta DSP-järjestelmään. Tämä toteutettiin käyttäen ohjelmointavia FPGA-logiikkapiirejä digitaalimuotoisen mittausdatan vastaanotossa ja esikäsittelyssä. Tiedonsiirtoyhteys PC-tietokoneelle toteutettiin käyttäen erityistä liityntäkorttia DSP-järjestelmän ja PC-tietokoneen välillä. Liityntäkortin päätehtävänä on puskuroida siirrettävä data. Järjestelyllä estetään PC-tietokoneen vaikutus DSP-järjestelmän toimintaan, jotta kyetään takaamaan järjestelmän reaaliaikainen toiminta kaikissa olosuhteissa.

A pilot study identifying a set of microRNAs as precise diagnostic biomarkers of acute kidney injury

In the last decade, Acute Kidney Injury (AKI) diagnosis and therapy have not notably improved probably due to delay in the diagnosis, among other issues. Precocity and accuracy should be critical parameters in novel AKI biomarker discovery. microRNAs are key regulators of cell responses to many stimuli and they can be secreted to the extracellular environment. Therefore, they can be detected in body fluids and are emerging as novel disease biomarkers. We aimed to identify and validate serum miRNAs useful for AKI diagnosis and management. Using qRT-PCR arrays in serum samples, we determined miRNAs differentially expressed between AKI patients and healthy controls. Statistical and target prediction analysis allowed us to identify a panel of 10 serum miRNAs. This set was further validated, by qRT-PCR, in two independent cohorts of patients with relevant morbi-mortality related to AKI: Intensive Care Units (ICU) and Cardiac Surgery (CS). Statistical correlations with patient clinical parameter were performed. Our results demonstrated that the 10 selected miRNAs (miR-101-3p, miR-127-3p, miR-210-3p, miR-126-3p, miR-26b-5p, miR-29a-3p, miR-146a-5p, miR-27a-3p, miR-93-3p and miR-10a-5p) were diagnostic biomarkers of AKI in ICU patients, exhibiting areas under the curve close to 1 in ROC analysis. Outstandingly, serum miRNAs estimated before CS predicted AKI development later on, thus becoming biomarkers to predict AKI predisposition. Moreover, after surgery, the expression of the miRNAs was modulated days before serum creatinine increased, demonstrating early diagnostic value. In summary, we have identified a set of serum miRNAs as AKI biomarkers useful in clinical practice, since they demonstrate early detection and high diagnostic value and they recognize patients at risk.

Ohjelmistotalon toimintaprosessien kehittäminen

Työn tavoitteena oli kehittää MaestroYhtiöiden liiketoimintaprosesseja. Ensin selvitettiin liiketoimintaprosessien nykytila, jonka perusteella kehitettiin, kuvattiin rajapintoineen ja ohjeistettiin uudet liiketoimintaprosessit. Lopuksi määriteltiin muutamia prosessimittareita lähinnä tuotantotiimin käyttöön. Prosessien kehittämisen lisäksi tehtiin toiminnan kehittämissuunnitelma ohjausryhmäksi kutsutun kehittämistiimin toimesta ulkopuolisen konsultin avustamana. Ohjausryhmä määritteli tavoitteita toiminnalle ja konkreettisia keinoja niiden saavuttamiseksi. Tämän jälkeen tehtiin aikataulu tavoitteiden toteuttamiseksi. Tavoitteiden toteutumista seurataan säännöllisesti. Yrityksen kasvaessa on henkilökunnan määrä lisääntynyt nopeasti. Henkilöstömäärän kasvuvauhti on edennyt siinä määrin, että toimintatapoja on kehitettävä ja vakinaistettava, jotta pystytään toimimaan tehokkaasti ja sujuvasti. Taustalla on myös kahden eri toimipisteen erilaiset vaiheet. Savonlinnan toimipisteessä toiminta on jo vakiintunutta, mutta siellä onkin toimittu ohjelmistotuotannon parissa useita vuosia pidempään kuin Lappeenrannassa. Lappeenrannassa puolestaan tuotanto aloitettiin noin puolet pienemmällä miehityksellä kuin mitä se nykyään on ja toiminta hakee vielä muotoaan. Tarvetta toimintojen yhtenäistämiseen ja kehittämiseen eri tiimeissä ja toimipisteissä on, sillä yhteiset toimintatavat parantavat työn laatua ja tehokkuutta. Tuloksena työstä syntyi uudet prosessit kaikille tiimeille. Uudet rajapintoineen kuvatut prosessit on myös ohjeistettuna. Uusitut prosessit ovat seuraavassa vaiheessa saatava käyttöön. Prosessien käyttöönotto on tiiminvetäjien vastuulla. Myös prosessimittareiden käyttö ja seuraaminen on tiiminvetäjien vastuulla. Ohjausryhmän toiminnasta syntyi lista tavoitteita ja aikataulu tavoitteiden saavuttamiseksi. Tämän työn aikana päästiin ensimmäiseen aikataulun mukaiseen etappiin ja tavoitteet olivat toteutuneet melko hyvin. Tämä ohjausryhmän toiminta jatkuu tulevaisuudessakin tavoitteiden seurannan muodossa. Mahdollisesti ohjausryhmä voi myös luoda uusia tavoitteita samalla tavalla ja seurata niiden toteutumista.

Kolmannen sukupolven matkaviestinverkon puhelunohjaus MSC Server –konseptilla

Tietoliikenneala elää muutosten aikaa. Vanhat piirikytketyt kapeakaistaiset verkot ovat väistymässä seuraavan sukupolven verkkojen tieltä. GPRS-verkot tekevät tuloaan ja 3G-verkkojen kehitystyö on kiivaimmillaan laitetoimittajien ratkoessa verkoille asetettuja haasteita. Jää nähtäväksi, kykenevätkö 3G-verkot vastaamaan näihin haasteisiin. Työssä käsitellään 3G-verkon arkkitehtuuria, toimintaa ja puhelunohjausta MSC Server -konseptissa, sekä käydään läpi muutamia puheluesimerkkejä. 3G-verkon arkkitehtuuri, jossa puhelunohjaus on erotettu mediakerroksesta, esitetään ja uudet verkkoelementit ja niiden toiminta käsitellään. Esitelty teoria perustuu kirjallisuuteen sekä yleisesti hyväksyttyihin 3G- verkon standardeihin. Näitä standardeja julkaisevat muun muassa ITU-T ja 3GPP yhdessä yhteistyöyritystensä kanssa. Standardointityö on monin osin vielä kesken ja se on vaikeuttanut 3G-verkkojen suunnittelutyötä merkittävästi. Työn tarkoituksena on selvittää puhelunohjausta 3G-verkossa ja sen toteuttamista MSC Server –konseptilla. MSC Serverin toteutusvaihtoehtoja arvioidaan ja niistä valitaan yksi 3G-verkon puhelunohjauksen toteutusmalliksi. Työtä jatketaan tämän diplomityön jälkeen tarkemman toteutuksen suunnittelulla, päämääränä rakentaa 3G-verkko.