Diagnóstico molecular de cancros hereditários por sequenciação de nova geração: cancro da mama e cancro colorretal

O cancro da mama e o cancro colorretal constituem duas das principais causas de morte a nível mundial. Entre 5 a 10% destes casos estão associados a variantes germinais/hereditárias em genes de suscetibilidade para cancro. O objetivo deste trabalho consistiu em validar a utilização da sequenciação de nova geração (NGS) para identificar variantes previamente detetadas pelo método de Sanger em diversos genes de suscetibilidade para cancro da mama e colorretal. Foram sequenciadas por NGS 64 amostras de DNA de utentes com suspeita clínica de predisposição hereditária para cancro da mama ou colorretal, utilizando o painel de sequenciação TruSight Cancer e a plataforma MiSeq (Illumina). Estas amostras tinham sido previamente sequenciadas pelo método de Sanger para os genes BRCA1, BRCA2, TP53, APC, MUTYH, MLH1, MSH2 e STK11. A análise bioinformática dos resultados foi realizada com os softwares MiSeq Reporter, VariantStudio, Isaac Enrichment (Illumina) e Integrative Genomics Viewer (Broad Institute). A NGS demonstrou elevada sensibilidade e especificidade analíticas para a deteção de variantes de sequência em 8 genes de suscetibilidade para cancro colorretal e da mama, uma vez que permitiu identificar a totalidade das 412 variantes (93 únicas, incluindo 27 variantes patogénicas) previamente detetadas pelo método de Sanger. A utilização de painéis de sequenciação de genes de predisposição para cancro por NGS vem possibilitar um diagnóstico molecular mais abrangente, rápido e custo-eficiente, relativamente às metodologias convencionais.

Nonlinear optimization method for short-term hydro scheduling considering head-dependency

This paper is on the problem of short-term hydro scheduling, particularly concerning head-dependent reservoirs under competitive environment. We propose a new nonlinear optimization method to consider hydroelectric power generation as a function of water discharge and also of the head. Head-dependency is considered on short-term hydro scheduling in order to obtain more realistic and feasible results. The proposed method has been applied successfully to solve a case study based on one of the main Portuguese cascaded hydro systems, providing a higher profit at a negligible additional computation time in comparison with a linear optimization method that ignores head-dependency.

A method to analyse the alignment of core values in collaborative networked organisations

Since collaborative networked organisations are usually formed by independent and heterogeneous entities, it is natural that each member holds his own set of values, and that conflicts among partners might emerge because of some misalignment of values. In contrast, it is often stated in literature that the alignment between the value systems of members involved in collaborative processes is a prerequisite for successful co-working. As a result, the issue of core value alignment in collaborative networks started to attract attention. However, methods to analyse such alignment are lacking mainly because the concept of 'alignment' in this context is still ill defined and shows a multifaceted nature. As a contribution to the area, this article introduces an approach based on causal models and graph theory for the analysis of core value alignment in collaborative networks. The potential application of the approach is then discussed in the virtual organisations' breeding environment context.

A simulation study on the abatement of CO2 emissions by de-absorption with monoethanolamine

Because of the adverse effect of CO2 from fossil fuel combustion on the earth's ecosystems, the most cost-effective method for CO2 capture is an important area of research. The predominant process for CO2 capture currently employed by industry is chemical absorption in amine solutions. A dynamic model for the de-absorption process was developed with monoethanolamine (MEA) solution. Henry's law was used for modelling the vapour phase equilibrium of the CO2, and fugacity ratios calculated by the Peng-Robinson equation of state (EOS) were used for H2O, MEA, N-2 and O-2. Chemical reactions between CO2 and MEA were included in the model along with the enhancement factor for chemical absorption. Liquid and vapour energy balances were developed to calculate the liquid and vapour temperature, respectively.

An architecture for an effective usage of data mining in business intelligence systems

Business Intelligence (BI) is one emergent area of the Decision Support Systems (DSS) discipline. Over the last years, the evolution in this area has been considerable. Similarly, in the last years, there has been a huge growth and consolidation of the Data Mining (DM) field. DM is being used with success in BI systems, but a truly DM integration with BI is lacking. Therefore, a lack of an effective usage of DM in BI can be found in some BI systems. An architecture that pretends to conduct to an effective usage of DM in BI is presented.

Effective teaching and optimal experiences: possible link

ISME, Thessaloniki, 2012

Efeitos imediatos da oscilação extra-torácica de alta frequência "THE VESTr", em pacientes críticos submetidos a ventilação mecânica

A retenção de secreções é um problema comum em pacientes sedados e ventilados invasivamente, estas são ponto de partida para o aparecimento de infecções, pneumonia nosocomial e agravamento geral do estado clínico do paciente. Apesar de estudos comprovarem a eficácia da fisioterapia respiratória convencional nestes doentes, outros demonstraram que é cara, operador dependente, de eficácia variada e por vezes causar desconforto e dor. Vários estudos que comprovaram a segurança e eficácia da Alta Frequência Oscilatória Extra Torácica serviram de base para a realização do estudo onde se avaliou os efeitos fisiológicos imediatos da aplicação da técnica e diferenças a médio e longo prazo na comparação entre dois grupos. O VestR força o ar para dentro e para fora dos pulmões aumentando a interacção fluxo/secreções reduzindo a sua viscosidade, ao libertar e mobilizar as secreções, estas são mais facilmente aspiradas, reduzindo o risco de infecção pulmonar. Dez pacientes que cumpriram critérios de inclusão entraram no estudo. Durante dois dias foi aplicado num dos grupos o VestR durante dez minutos, três vezes por dia. Foram registados os parâmetros ventilatórios, cardíacos e de oxigenação para avaliar efeitos fisiológicos imediatos. Para comparação de grupos foram efectuados registos durante as 48h dos parâmetros referidos anteriormente. No período de follow up foram registados os dias de internamento hospitalar na unidade de cuidados intensivos e os dias de ventilação mecânica invasiva. Pelo reduzido tamanho amostral foi usada a estatística descritiva para a análise dos dados. Não foram encontradas diferenças significativas entre os dois grupos, apesar de haver uma tendência de melhoria dos parâmetros fisiológicos imediatos durante a aplicação da técnica. Concluímos que, com a limitação do tamanho amostral, os efeitos positivos imediatos da aplicação da HFCWO neste grupo podem-se revelar um bom indício para a realização de estudos futuros, com tamanhos amostrais superiores e melhor controlados, que comprovem que é uma técnica mais vantajosa e eficaz para o tratamento dos doentes críticos.

Perimetria de hiperacuidade preferencial no estudo do edema macular diabético

Introdução – A diabetes é uma das maiores epidemias do último século. Mais de 250 milhões de pessoas, em todo o mundo, sofrem de diabetes. Das complicações derivadas da diabetes são as principais causas de cegueira, de insuficiência renal e de amputação de membros inferiores, derivando estes, predominantemente, da disfunção vascular. Quando surge perda de pericitos na parede vascular ocorrem uma série de alterações da microcirculação que levam ao aparecimento de microaneurismas e outras alterações vasculares que possibilitam a passagem de componentes sanguíneos para o tecido retiniano adjacente que, em situação de normalidade, não ocorreriam, sendo esta uma das causas do edema macular exsudativo diabético. A perimetria de hiperacuidade preferencial (PHP) é um teste psicofísico que pretende detetar metamorfopsias na Degenerescência Macular ligada à Idade (DMI). Uma vez que o edema macular diabético (EMD) se destaca como uma das principais causas de deficiência visual e baixa visão, pretende-se verificar a eficácia do PHP no estudo do edema macular diabético, respondendo à seguinte questão: “Qual a capacidade do perímetro de hiperacuidade preferencial em detetar metamorfopsias em pacientes com edema macular diabético?“ Metodologia – Estudo quantitativo, do tipo descritivo e correlacional. Selecionou-se uma amostra de 33 pacientes, onde se analisou um total de 60 olhos. Resultados – A sensibilidade do PHP na deteção de metamorfopsias associadas ao EMD na tomografia de coerência ótica (OCT) foi de 70,6%, a especificidade foi de 11,5% e a eficiência global do teste de 45%. Comparando os resultados encontrados no PHP e no OCT, constatou-se a existência de uma correlação inversa fraca (Phi = -0,215). Conclusões – Este novo método de diagnóstico revela-se sensível, contudo pouco específico e eficaz na deteção de metamorfopsias consequentes da existência de EMD. - ABSTRACT - Introduction – Preferential hyperacuity perimeter (PHP) is a new psychophysical test, which principle is based on the detection of metamorphopsia in age-related macular degeneration (AMD). It is intended to verify its effectiveness in the study of diabetic macular edema (DME). When there is loss of pericytes in the vascular wall occur a number of microcirculatory changes that lead to the appearance of microaneurysms and other vascular changes that allow the passage of blood components to the surrounding retinal tissue than in normal situation does not occur, this being one of the causes exudative diabetic macular edema. Methodology – It was performed a quantitative study, using descriptive and correlational analysis. A sample of 33 patients was selected, and 60 eyes were analyzed. Results – The sensitivity of PHP on the detection of metamorphopsia associated to EMD was 70.6%, the specificity was 11.5% and the global efficiency of the test was 45%. It was found a weak negative correlation (Phi= -0.215) between the PHP and optical coherence tomography (OCT). Conclusions – This new method of diagnosis was sensitive, but not very specific and effective on the detection of metamorphopsia, due to the DME.

Avaliação do stress oxidativo na disfunção erétil

As sequelas fisiopatológicas do stress oxidativo são difíceis de quantificar. Apesar dos obstáculos, a relevância médica do stress oxidativo tem vindo a ser cada vez mais reconhecida, sendo hoje em dia encarado como um componente chave de virtualmente todas as doenças. A disfunção erétil (DE) surge neste contexto como uma espécie de barómetro da função endotelial e do dano oxidativo. A quantificação de biomarcadores de stress oxidativo poderá apresentar um enorme impacto na avaliação de pacientes com DE. O rácio glutationa reduzida/oxidada (GSH/GSSG) e a nitrotirosina (3-NT) têm vindo a demonstrar relevância clínica. A consideração de polimorfismos genéticos constitui ainda uma abordagem promissora na avaliação destas relações no futuro. Um método altamente sensível de cromatografia líquida de alta performance (HPLC) foi desenvolvido para a determinação de 3-NT em plasma humano. As concentrações de 3-NT medidos em indivíduos com DE foram 6,6±2,1μM (média±S.D., n = 46). A medição da concentração plasmática de 3-NT poderá revelar-se útil como marcador de dano oxidativo dependente do óxido nítrico (NO). O nível de stress oxidativo pode também ser quantificado através da medição do decréscimo do rácio GSH/GSSG, que tem mostrado alterações numa miríade de patologias, como a DE e a diabetes mellitus. O método proposto para a quantificação do rácio GSH/GSSG em HPLC apresenta a vantagem de avaliação concomitante dos dois parâmetros em apenas uma corrida. O valor do rácio GSH/GSSG obtido a partir de sangue de indivíduos com DE foi 11,9±9,8 (média±S.D., n = 49). Os resultados estatísticos revelaram diferenças significativas (p<0,001) entre ambos a concentração plasmática de 3-NT e o rácio GSH/GSSG de sangue de indivíduos com DE e as respetivas medições em indivíduos saudáveis. Observaram-se ainda diferenças estatisticamente significativas (p≈0,027) entre o rácio GSH/GSSG do sangue de pacientes apenas com diagnóstico de DE e a medição respetiva em indivíduos com DE e comorbilidades cardiovasculares. Estes resultados enfatizam o papel do dano oxidativo na biopatologia da DE, elucidado com o auxílio destas duas metodologias, que poderão ter um amplo campo de aplicação no futuro, dado que se mostraram simples, não dispendiosas e rápidas, podendo eventualmente adequar-se a estudos de rastreio em larga escala.

Concepção e implementação do time-driven activity based costing numa PME industrial: evidência de um estudo empírico

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Contabilidade e Finanças Orientador: Mestre Paulino Manuel Leite da Silva

VPPs information needs for effective operation in competitive electricity markets

The large increase of renewable energy sources and Distributed Generation (DG) of electricity gives place to the Virtual Power Producer (VPP) concept. VPPs may turn electricity generation by renewable sources valuable in electricity markets. Information availability and adequate decision-support tools are crucial for achieving VPPs’ goals. This involves information concerning associated producers and market operation. This paper presents ViProd, a simulation tool that allows simulating VPPs operation, focusing mainly in the information requirements for adequate decision making.

Peer Instruction method in introductory math courses

Learning is not a spectator’s sport. Students do not learn much by just sitting in class listening their teachers, memorizing pre-packaged assignments and spitting out answers. The teaching-learning process has been a constant target of studies, particularly in Higher Education, in consequence of the annual increase of new students. The concern with maintaining a desired quality level in the training of these students, conjugated with the will to widen the access to all of those who finish Secondary School Education, has triggered a greater intervention from the education specialists, in partnership with the teachers of all Higher Education areas, in the analysis of this problem. Considering the particular case of Engineering, it has been witnessed a rising concern with the active learning strategies and forms of assessment. Research has demonstrated that students learn more if they are actively engaged with the material they are studying. In this presentation we describe, present and discuss the techniques and the results of Peer Instruction method in an introductory Calculus courses of an Engineering Bach

Multi-criteria short-term maintenance outage scheduling in smart distribution systems

Effective legislation and standards for the coordination procedures between consumers, producers and the system operator supports the advances in the technologies that lead to smart distribution systems. In short-term (ST) maintenance scheduling procedure, the energy producers in a distribution system access to the long-term (LT) outage plan that is released by the distribution system operator (DSO). The impact of this additional information on the decision-making procedure of producers in ST maintenance scheduling is studied in this paper. The final ST maintenance plan requires the approval of the DSO that has the responsibility to secure the network reliability and quality, and other players have to follow the finalized schedule. Maintenance scheduling in the producers’ layer and the coordination procedure between them and the DSO is modelled in this paper. The proposed method is applied to a 33-bus distribution system.

Matrix Converter-Based Unified Power-Flow Controllers: Advanced Direct Power Control Method

This paper presents a direct power control (DPC) for three-phase matrix converters operating as unified power flow controllers (UPFCs). Matrix converters (MCs) allow the direct ac/ac power conversion without dc energy storage links; therefore, the MC-based UPFC (MC-UPFC) has reduced volume and cost, reduced capacitor power losses, together with higher reliability. Theoretical principles of direct power control (DPC) based on sliding mode control techniques are established for an MC-UPFC dynamic model including the input filter. As a result, line active and reactive power, together with ac supply reactive power, can be directly controlled by selecting an appropriate matrix converter switching state guaranteeing good steady-state and dynamic responses. Experimental results of DPC controllers for MC-UPFC show decoupled active and reactive power control, zero steady-state tracking error, and fast response times. Compared to an MC-UPFC using active and reactive power linear controllers based on a modified Venturini high-frequency PWM modulator, the experimental results of the advanced DPC-MC guarantee faster responses without overshoot and no steady-state error, presenting no cross-coupling in dynamic and steady-state responses.

Scheduling maintenance activities of electric power transmission networks using an hybrid constraint method

In this paper we present a Constraint Logic Programming (CLP) based model, and hybrid solving method for the Scheduling of Maintenance Activities in the Power Transmission Network. The model distinguishes from others not only because of its completeness but also by the way it models and solves the Electric Constraints. Specifically we present a efficient filtering algorithm for the Electrical Constraints. Furthermore, the solving method improves the pure CLP methods efficiency by integrating a type of Local Search technique with CLP. To test the approach we compare the method results with another method using a 24 bus network, which considerers 42 tasks and 24 maintenance periods.