Ecological drivers of a vector borne pathogen: distribution and abundance of Borrelia burgdorferi sensu lato and its vector Ixodes ricinus in Scotland

Vector-borne disease emergence in recent decades has been associated with different environmental drivers including changes in habitat, hosts and climate. Lyme borreliosis is among the most important vector-borne diseases in the Northern hemisphere and is an emerging disease in Scotland. Transmitted by Ixodid tick vectors between large numbers of wild vertebrate host species, Lyme borreliosis is caused by bacteria from the Borrelia burgdorferi sensu lato species group. Ecological studies can inform how environmental factors such as host abundance and community composition, habitat and landscape heterogeneity contribute to spatial and temporal variation in risk from B. burgdorferi s.l. In this thesis a range of approaches were used to investigate the effects of vertebrate host communities and individual host species as drivers of B. burgdorferi s.l. dynamics and its tick vector Ixodes ricinus. Host species differ in reservoir competence for B. burgdorferi s.l. and as hosts for ticks. Deer are incompetent transmission hosts for B. burgdorferi s.l. but are significant hosts of all life-stages of I. ricinus. Rodents and birds are important transmission hosts of B. burgdorferi s.l. and common hosts of immature life-stages of I. ricinus. In this thesis, surveys of woodland sites revealed variable effects of deer density on B. burgdorferi prevalence, from no effect (Chapter 2) to a possible ‘dilution’ effect resulting in lower prevalence at higher deer densities (Chapter 3). An invasive species in Scotland, the grey squirrel (Sciurus carolinensis), was found to host diverse genotypes of B. burgdorferi s.l. and may act as a spill-over host for strains maintained by native host species (Chapter 4). Habitat fragmentation may alter the dynamics of B. burgdorferi s.l. via effects on the host community and host movements. In this thesis, there was lack of persistence of the rodent associated genospecies of B. burgdorferi s.l. within a naturally fragmented landscape (Chapter 3). Rodent host biology, particularly population cycles and dispersal ability are likely to affect pathogen persistence and recolonization in fragmented habitats. Heterogeneity in disease dynamics can occur spatially and temporally due to differences in the host community, habitat and climatic factors. Higher numbers of I. ricinus nymphs, and a higher probability of detecting a nymph infected with B. burgdorferi s.l., were found in areas with warmer climates estimated by growing degree days (Chapter 2). The ground vegetation type associated with the highest number of I. ricinus nymphs varied between studies in this thesis (Chapter 2 & 3) and does not appear to be a reliable predictor across large areas. B. burgdorferi s.l. prevalence and genospecies composition was highly variable for the same sites sampled in subsequent years (Chapter 2). This suggests that dynamic variables such as reservoir host densities and deer should be measured as well as more static habitat and climatic factors to understand the drivers of B. burgdorferi s.l. infection in ticks. Heterogeneity in parasite loads amongst hosts is a common finding which has implications for disease ecology and management. Using a 17-year data set for tick infestations in a wild bird community in Scotland, different effects of age and sex on tick burdens were found among four species of passerine bird (Chapter 5). There were also different rates of decline in tick burdens among bird species in response to a long term decrease in questing tick pressure over the study. Species specific patterns may be driven by differences in behaviour and immunity and highlight the importance of comparative approaches. Combining whole genome sequencing (WGS) and population genetics approaches offers a novel approach to identify ecological drivers of pathogen populations. An initial analysis of WGS from B. burgdorferi s.s. isolates sampled 16 years apart suggests that there is a signal of measurable evolution (Chapter 6). This suggests demographic analyses may be applied to understand ecological and evolutionary processes of these bacteria. This work shows how host communities, habitat and climatic factors can affect the local transmission dynamics of B. burgdorferi s.l. and the potential risk of infection to humans. Spatial and temporal heterogeneity in pathogen dynamics poses challenges for the prediction of risk. New tools such as WGS of the pathogen (Chapter 6) and blood meal analysis techniques will add power to future studies on the ecology and evolution of B. burgdorferi s.l.

Lavado peritoneal como método diagnóstico de lesión intraabdominal. Estudio en pacientes politraumatizados con sospecha de trauma abdominal cerrado y con herida penetrante abdominal por arma blanca, en el Hospital Vicente Corral Moscoso, octubre de 1998 a julio de 1999. Cuenca-Ecuador

Analizamos en base a nuestra experiencia apoyados por bibliografía reciente, la importancia, validez, precisión y actualidad del Lavado Peritoneal como método diagnóstico de lesión intraabdominal en pacientes con trauma contuso y penetrante por arma blanca hemodinámicamente estables que cumplían los criterios de inclusión predeterminados para el caso. Durante un período de 10 meses desde Octubre de 1998 a Julio de 1999, tomando como Universo a los pacientes politraumatizados de la sala de emergencia del Hospital Vicente Corral Moscoso de Cuenca - Ecuador, se obtuvo una muestra de 50 casos con sospecha de lesión intraabdominal por trauma abdominal contuso o herida penetrante por objeto corto punzante, en quienes se efectuó un estudio cuasi experimental descriptivo al ser sometido a lavado peritoneal diangóstico para determinar casos positivos, negativos, falsos positivos y falsos negativos. Se utilizó la técnica abierta de Fisher por considerarla la más segura y con menos complicaciones. Se decidió laparotomía de urgencia en los casos positivos registrándose los hallazgos transoperatorios. Se obtuvieron 27 lavados positivos, 20 negativos, un falso positivo que al ser laparotomizado se comprobó que la sangre en cavidad provenía de la pared del abdomen y dos falsos negativos que se desestabilizaron hemodinámicamente, presentaron reacción peritoneal y también fueron intervenidos quirúrgicamente. Por lo tanto, se realizaron 30 laparotomías, justificándose 27, dos resultaron ser los casos falsos negativos y una sola laparotomía fue innecesaria. Las complicaciones por el procedimiento estuvieron ausentes. En este estudio, el Lavado Peritoneal Diagnosticó demostró una sensibilidad del 93.1 por ciento especificidad del 95.2 por ciento, un valor predictivo positivo del 96.4 por ciento, un valor predictivo negativo del 90.9 por ciento; datos que se equiparan con otros estudios. De acuerdo a la experiencia realizada concluimos que el Lavado Peritoneal Diagnóstico constituye una prueba efectiva, precisa, rápida, económica para la manejor evaluación clínica en centros de baja complejidad o faltos de otros métodos complementarios diagnósticos como ultrasonido o T.A.C. y que ante su existencia, el Lavado Peritoneal Diagnóstico es coadyuvante, por tanto, debe formar parte de los protocolos de valoración de traumatismo abdominal en nuestros hospitales

Síndrome de VOMIT (Victim of Modern Imaging Technology) en pacientes con trauma de abdomen cerrado que consultaron en la Unidad de emergencia del Hospital General ISSS sometidos a LPE periodo Enero 2012 a Diciembre 2014

La tecnología se ha extendido a todas las áreas de la medicina, incluida la imagenología. El síndrome V.O.M.I.T “VICTIM OF MODERN IMAGING TECHNOLOGY”, describe el conjunto de consecuencias adversas secundarias a la mala aplicación e interpretación imagenológica, vinculadas al diagnóstico, tratamiento ó pronóstico de los pacientes politraumatizados que ingresan al Servicio de Emergencia. Es una entidad clínica en si misma dentro del capítulo de errores médicos y los servicios de emergencia son áreas de riesgo para que suceda. Sin duda, es imprescindible conocerlo, medirlo y plantear medidas preventivas. En nuestro medio la real incidencia de este problema se desconoce. Es por eso que la pregunta de nuestra investigación es: ¿Con que frecuencia la decisión de realizar una laparotomía exploradora en trauma cerrado de abdomen, con claras indicaciones clínicas se ve retrasada en espera de estudios de imageneologia?. Nuestra hipótesis era que la toma de conducta quirúrgica en trauma cerrado de abdomen en la unidad de emergencia del Hospital General del Seguro Social está siendo retrasada por el Síndrome de V.O.M.I.T. la cual fue verdadera. Es por esto que el objetivo general de nuestro estudio fue demostrar la presencia y frecuencia de este síndrome. Para ello recolectamos del libro de procedimientos de Sala de Operaciones de la Unidad de Emergencia del Hospital General (ISSS) los números de expedientes de los pacientes que fueron sometido a Laparotomía Exploradora con diagnóstico trauma cerrado de abdomen, en el periodo de Enero 2012 a Diciembre 2014 posteriormente se revisaron dichos expedientes y analizaron los datos.

NORBERT G. PIKUŁA, Poczucie sensu życia osób starszych. Inspiracje do edukacji w starości, Oficyna Wydawnicza Impuls, Kraków 2015, ss. 218

Recenzje i noty

Análise da eficiência de indicadores da restauração ecológica em Mata Ripária no Cerrado, Planaltina - DF

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Departamento de Engenharia Florestal, Programa de Pós-Graduação em Ciências Florestasi, 2015.

Análise das mudanças espaciais e temporais nos padrões de paisagem na região do oeste da Bahia sobre a formação do grupo urucuia (1988-2011) e suas implicações para a conservação do Cerrado

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Humanas, Departamento de Geografia, Programa de Pós Graduação em Geografia, 2015.

Arthropods associated with the crown of Mauritia flexuosa (Arecaceae) palm trees in three different environments from Brazilian Cerrado

Artrópodos associados à copa de árvores, principalmente palmeiras, são pouco conhecidos no Cerrado. Para descrever a estrutura da comunidade de artrópodos à copa de Mauritia flexuosa (Arecaceae) foram amostradas 150 palmeiras em seis veredas” do Distrito Federal, de áreas silvestres, rurais e periurbanas na estação chuvosa. Os artrópodos presentes nos ninhos abandonados de aves, refúgios de mamíferos, folhas e matéria orgânica foram coletados manualmente, fixados em etanol 70% e separados em ordem, família, morfoespécie e guildas alimentares. As características das palmeiras medidas foram altura da estipe, diâmetro da copa, número de folhas e de ninhos de aves nas palmeiras. Foram coletados 3.862 indivíduos, pertencentes a 15 ordens, 45 famílias e 135 morfoespécies. As ordens mais abundantes foram Coleoptera (28,6%), Blattodea (21,8%), Collembola (11,4%) e Hemiptera (10,2%). As famílias Blaberidae, Tenebrionidae, Entomobryidae, Reduviidae, Oniscidae, Staphylinidae, Carabidae e Formicidae representaram 82,1% de todos os indivíduos coletados. A maioria das morfoespécies foi pouco abundante, 71 (52,6%) apresentaram uma abundância média igual ou menor que 1 indivíduo/palmeira. Coleoptera compreendeu o maior número de morfoespécies (43,7%) seguida de Araneae (20,0%). A análise das guildas alimentares mostrou prevalência de predadores e hematófagos (36,0%). A riqueza e a abundância de artrópodos foram menores no ambiente periurbano. O número de ninhos de aves apresentou correlação positiva com abundância e riqueza, o que não ocorreu com as medidas das palmeiras. A importância de M. flexuosa para a manutenção da artropodofauna nas “veredas” no bioma Cerrado é discutida. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT

Vegetação arbustivo-arbórea em áreas de cerrado rupestre na Cadeia do Espinhaço

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Florestal, Programa de Pós-Graduação em Ciências Florestais, 2016.

Novas dinâmicas econômicas e espaço-temporais na fronteira agrícola maranhense situado no cerrado brasileiro.

Desde a safra 2005/2006, a expansão da fronteira agrícola pela agricultura do cultivo de soja em grande escala tem intensificado a ocorrência de focos de queimada e desmatamento no bioma Cerrado Brasileiro. O Governo Federal tem direcionado esforços para ordenar o processo de ocupação territorial, bem como, controlar os focos de queimada e o desmatamento ilegal. Nesse contexto, o estado do Maranhão é estratégico por abranger os biomas Amazônia e Cerrado e a transição desses biomas com o bioma Semi-Árido. Com o presente trabalho objetivou-se avaliar econômica e ambientalmente os impactos da mudança da cobertura florestal do Cerrado maranhense. Para tanto, foram utilizados uma série histórica (2003-2012) de dados referentes a focos de queimadas e de desmatamento do Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE) e dados do Censo Agropecuário de 2006 do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE) referentes ao uso da terra, as atividades agropecuárias e a estrutura agrária. A tendência do aumento de desmatamento e focos de queimada na série histórica foi medida por um índice de constância de incremento. Foram realizadas análises de volume e densidade de queimadas e o índice de concentração (gini). Os resultados obtidos demonstram que, entre os dez municípios com maior ocorrência de focos de queimada houve um aumento na quantidade e na concentração desses eventos. Neste sentido, entre 2008 e 2012 houve um aumento de 346% do número de focos de queimadas na área estudada. Portanto, conclui-se que novas dinâmicas econômicas e de ocupação do território estão se configurando na expansão da fronteira agrícola maranhense impactando o bioma Cerrado o que torna urgente a emergência de políticas estaduais e municipais alinhadas às políticas federais para conter o processo de degradação ambiental em curso na área estudada.

Organismos marinhos em estudo na Península Ibérica, com fins de utilização em saúde sensu lato: estado da arte em 2015

Dissertação para obtenção do grau de Mestre no Instituto Superior de Ciências da Saúde Egas Moniz

Microbiologia do ciclo do nitrogênio em solos do cerrado

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2016.

Estratégias de dispersão de sementes no bioma Cerrado : considerações ecológicas e filogenéticas

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2016.

The identification and differentiation of the Candida parapsilosis complex species by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism of the internal transcribed spacer region of the rDNA

Currently, it is accepted that there are three species that were formerly grouped under Candida parapsilosis : C. parapsilosis sensu stricto, Candida orthopsilosis , and Candida metapsilosis . In fact, the antifungal susceptibility profiles and distinct virulence attributes demonstrate the differences in these nosocomial pathogens. An accurate, fast, and economical identification of fungal species has been the main goal in mycology. In the present study, we searched sequences that were available in the GenBank database in order to identify the complete sequence for the internal transcribed spacer (ITS)1-5.8S-ITS2 region, which is comprised of the forward and reverse primers ITS1 and ITS4. Subsequently, an in silico polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) was performed to differentiate the C. parapsilosis complex species. Ninety-eight clinical isolates from patients with fungaemia were submitted for analysis, where 59 isolates were identified as C. parapsilosis sensu stricto, 37 were identified as C. orthopsilosis, and two were identified as C. metapsilosis. PCR-RFLP quickly and accurately identified C. parapsilosis complex species, making this method an alternative and routine identification system for use in clinical mycology laboratories.

Mensuração de perdas de sedimentos por escoamento superficial em encostas, com uso de parcelas de erosão, em diferentes usos e coberturas do solo no Bioma Cerrado : Bacia Hidrográfica do Ribeirão do Gama/DF

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Humanas, Departamento de Geografia, 2015.

Cultivar de maracujazeiro silvestre (Passiflora cincinnata Mast.) para a Caatinga e para o Cerrado BRS SF.

A cultivar de maracujazeiro silvestre BRS Sertão Forte (BRS SF) foi obtida por pesquisas desenvolvidas na Embrapa Semiárido (Petrolina, PE) em parceria com a Embrapa Cerrados (Planaltina, DF), resultante de um processo de seleção massal de uma população de acessos silvestres da espécie Passiflora cincinnata Mast. provenientes de diferentes origens, visando, principalmente, ao aumento da produtividade e do tamanho do fruto.