Comparison of Energy Minimization Methods for 3-D Brain Tissue Classification

This paper presents 3-D brain tissue classificationschemes using three recent promising energy minimizationmethods for Markov random fields: graph cuts, loopybelief propagation and tree-reweighted message passing.The classification is performed using the well knownfinite Gaussian mixture Markov Random Field model.Results from the above methods are compared with widelyused iterative conditional modes algorithm. Theevaluation is performed on a dataset containing simulatedT1-weighted MR brain volumes with varying noise andintensity non-uniformities. The comparisons are performedin terms of energies as well as based on ground truthsegmentations, using various quantitative metrics.

Value and depreciation of mineral resources over the very long run: An empirical contrast of different methods

The paper contrasts empirically the results of alternative methods for estimating thevalue and the depreciation of mineral resources. The historical data of Mexico andVenezuela, covering the period 1920s-1980s, is used to contrast the results of severalmethods. These are the present value, the net price method, the user cost method andthe imputed income method. The paper establishes that the net price and the user costare not competing methods as such, but alternative adjustments to different scenariosof closed and open economies. The results prove that the biases of the methods, ascommonly described in the theoretical literature, only hold under the most restrictedscenario of constant rents over time. It is argued that the difference between what isexpected to happen and what actually did happen is for the most part due to a missingvariable, namely technological change. This is an important caveat to therecommendations made based on these models.

Exact and approximate stepdown methods for multiple hypothesis testing

Consider the problem of testing k hypotheses simultaneously. In this paper,we discuss finite and large sample theory of stepdown methods that providecontrol of the familywise error rate (FWE). In order to improve upon theBonferroni method or Holm's (1979) stepdown method, Westfall and Young(1993) make eective use of resampling to construct stepdown methods thatimplicitly estimate the dependence structure of the test statistics. However,their methods depend on an assumption called subset pivotality. The goalof this paper is to construct general stepdown methods that do not requiresuch an assumption. In order to accomplish this, we take a close look atwhat makes stepdown procedures work, and a key component is a monotonicityrequirement of critical values. By imposing such monotonicity on estimatedcritical values (which is not an assumption on the model but an assumptionon the method), it is demonstrated that the problem of constructing a validmultiple test procedure which controls the FWE can be reduced to the problemof contructing a single test which controls the usual probability of a Type 1error. This reduction allows us to draw upon an enormous resamplingliterature as a general means of test contruction.

Comparison of different methods for thin section EM analysis of Mycobacterium smegmatis.

Bacteria are generally difficult specimens to prepare for conventional resin section electron microscopy and mycobacteria, with their thick and complex cell envelope layers being especially prone to artefacts. Here we made a systematic comparison of different methods for preparing Mycobacterium smegmatis for thin section electron microscopy analysis. These methods were: (1) conventional preparation by fixatives and epoxy resins at ambient temperature. (2) Tokuyasu cryo-section of chemically fixed bacteria. (3) rapid freezing followed by freeze substitution and embedding in epoxy resin at room temperature or (4) combined with Lowicryl HM20 embedding and ultraviolet (UV) polymerization at low temperature and (5) CEMOVIS, or cryo electron microscopy of vitreous sections. The best preservation of bacteria was obtained with the cryo electron microscopy of vitreous sections method, as expected, especially with respect to the preservation of the cell envelope and lipid bodies. By comparison with cryo electron microscopy of vitreous sections both the conventional and Tokuyasu methods produced different, undesirable artefacts. The two different types of freeze-substitution protocols showed variable preservation of the cell envelope but gave acceptable preservation of the cytoplasm, but not lipid bodies, and bacterial DNA. In conclusion although cryo electron microscopy of vitreous sections must be considered the 'gold standard' among sectioning methods for electron microscopy, because it avoids solvents and stains, the use of optimally prepared freeze substitution also offers some advantages for ultrastructural analysis of bacteria.

Exploración bio - oceanológica básica del área Callao - Punta Aguja Crucero E-6503

Describe las condiciones bio-oceanológicas encontradas en la región Callao -Punta Aguja, durante el Crucero E-6503, admitiendo que hubo cambios en el régimen térmico de nuestro mar, ocasionados por el avance hacia el sur de aguas ecuatoriales con temperaturas de 26º -24º C y salinidades de 34.6 -34.1 º/00. Por otro lado demuestra que la corriente costanera se presentó en forma de una franja estrecha, variable de 10-40 millas de la costa con temperaturas de 22º - 19º C y salinidades alrededor de 34.9 º/00. Estas aguas presentaron su mayor ensanchamiento al norte de Huarmey hasta Pimentel.

Methods for integration site distribution analyses in animal cell genomes.

The question of where retroviral DNA becomes integrated in chromosomes is important for understanding (i) the mechanisms of viral growth, (ii) devising new anti-retroviral therapy, (iii) understanding how genomes evolve, and (iv) developing safer methods for gene therapy. With the completion of genome sequences for many organisms, it has become possible to study integration targeting by cloning and sequencing large numbers of host-virus DNA junctions, then mapping the host DNA segments back onto the genomic sequence. This allows statistical analysis of the distribution of integration sites relative to the myriad types of genomic features that are also being mapped onto the sequence scaffold. Here we present methods for recovering and analyzing integration site sequences.

Isolating DNA from sexual assault cases: a comparison of standard methods with a nuclease-based approach.

AbstractText BACKGROUND: Profiling sperm DNA present on vaginal swabs taken from rape victims often contributes to identifying and incarcerating rapists. Large amounts of the victim's epithelial cells contaminate the sperm present on swabs, however, and complicate this process. The standard method for obtaining relatively pure sperm DNA from a vaginal swab is to digest the epithelial cells with Proteinase K in order to solubilize the victim's DNA, and to then physically separate the soluble DNA from the intact sperm by pelleting the sperm, removing the victim's fraction, and repeatedly washing the sperm pellet. An alternative approach that does not require washing steps is to digest with Proteinase K, pellet the sperm, remove the victim's fraction, and then digest the residual victim's DNA with a nuclease. METHODS: The nuclease approach has been commercialized in a product, the Erase Sperm Isolation Kit (PTC Labs, Columbia, MO, USA), and five crime laboratories have tested it on semen-spiked female buccal swabs in a direct comparison with their standard methods. Comparisons have also been performed on timed post-coital vaginal swabs and evidence collected from sexual assault cases. RESULTS: For the semen-spiked buccal swabs, Erase outperformed the standard methods in all five laboratories and in most cases was able to provide a clean male profile from buccal swabs spiked with only 1,500 sperm. The vaginal swabs taken after consensual sex and the evidence collected from rape victims showed a similar pattern of Erase providing superior profiles. CONCLUSIONS: In all samples tested, STR profiles of the male DNA fractions obtained with Erase were as good as or better than those obtained using the standard methods.

Weighted metric multidimensional scaling

This paper establishes a general framework for metric scaling of any distance measure between individuals based on a rectangular individuals-by-variables data matrix. The method allows visualization of both individuals and variables as well as preserving all the good properties of principal axis methods such as principal components and correspondence analysis, based on the singular-value decomposition, including the decomposition of variance into components along principal axes which provide the numerical diagnostics known as contributions. The idea is inspired from the chi-square distance in correspondence analysis which weights each coordinate by an amount calculated from the margins of the data table. In weighted metric multidimensional scaling (WMDS) we allow these weights to be unknown parameters which are estimated from the data to maximize the fit to the original distances. Once this extra weight-estimation step is accomplished, the procedure follows the classical path in decomposing a matrix and displaying its rows and columns in biplots.

Dynamic graphics of parametrically linked multivariate methods used in compositional data analysis

Many multivariate methods that are apparently distinct can be linked by introducing oneor more parameters in their definition. Methods that can be linked in this way arecorrespondence analysis, unweighted or weighted logratio analysis (the latter alsoknown as "spectral mapping"), nonsymmetric correspondence analysis, principalcomponent analysis (with and without logarithmic transformation of the data) andmultidimensional scaling. In this presentation I will show how several of thesemethods, which are frequently used in compositional data analysis, may be linkedthrough parametrizations such as power transformations, linear transformations andconvex linear combinations. Since the methods of interest here all lead to visual mapsof data, a "movie" can be made where where the linking parameter is allowed to vary insmall steps: the results are recalculated "frame by frame" and one can see the smoothchange from one method to another. Several of these "movies" will be shown, giving adeeper insight into the similarities and differences between these methods.

O Quadro Nacional de Bio-Segurança para Cabo Verde

A aplicação das biotecnologias é hoje considerada uma parte importante da solução aos problemas gerados pela insegurança alimentar e a redução da pobreza no mundo. Contudo, há necessidade da avaliação dos riscos reais associados à liberação dos Organismos Geneticamente Modificados (OGMs) desde que existe a possibilidade potencial de danos ao ambiente e à saúde humana, pela alteração da diversidade biológica. Face ao desenvolvimento acelerado da biotecnologia moderna e face ao desconhecimento das reais consequências das interacções dos OGMs com os diversos ecossistemas, a comunidade internacional adoptou o Protocolo de Cartagena sobre a Bio-segurança como um instrumento de prevenção dos riscos provenientes de produtos biotecnológicos. Este Protocolo é um instrumento jurídico internacional de cariz obrigatório adoptado pela Conferência das Partes aquando da Convenção “Quadro das Nações Unidas sobre a Diversidade Biológica (CDB)”, em 1992. A Convenção, reconhecendo o enorme potencial da biotecnologia moderna para a resolução dos problemas antes mencionados, objectiva “contribuir para assegurar um nível adequado de protecção para a transferência, manipulação e utilização segura dos organismos vivos modificados resultantes da biotecnologia moderna, e que possam ter efeitos adversos para a conservação e utilização sustentável da diversidade biológica, considerando igualmente os riscos para a saúde humana, e centrando-se especificamente nos movimentos transfronteiriços”. O governo de Cabo Verde, consciente da importância que se relaciona à protecção da biodiversidade das ilhas e da saúde pública contra os potenciais riscos dos OGMs, assinou, através do Decreto nº 11/2005 de 26 de Setembro, o Protocolo de Cartagena sobre a Bio-segurança. Com a ratificação do PCB, a 1 de Novembro de 2005, o país comprometeu-se a cumprir as exigências e obrigações do Protocolo, dentre as quais, a elaboração e materialização do O objectivo primário do Projecto para o desenvolvimento do Quadro Nacional de Bio-segurança ou, simplesmente, Projecto Nacional de Bio-segurança (PNB), é o de desenvolver um Quadro Nacional de Bio-segurança para CV, de acordo com as necessidades relevantes do protocolo de Cartagena, considerando principalmente que “cada parte deve tomar as medidas legais, administrativas e outras apropriadas para implementar suas obrigações sob o protocolo”. Para a implementação do Plano, Cabo Verde fez uma análise do cenário actual da biotecnologia e da Bio-segurança, propôs um quadro jurídico institucional Nacional e elaborou um plano de acção para implementação do Quadro Nacional de Bio-segurança (QNB). Este Quadro consiste num conjunto de instrumentos políticos, legais, administrativos e técnicos, próprios para atingir as necessidades relevantes do Protocolo de Cartagena. Especificamente, o quadro visa o estabelecimento de bases científicas e sistemas transparentes de tomada de decisão que habilitem o país a beneficiar dos potenciais benefícios da biotecnologia moderna, assegurando a máxima protecção do ambiente, saúde humana e animal dos potenciais riscos dessa biotecnologia; assegurar que a investigação, liberação e manuseio de produtos da biotecnologia moderna sejam desenvolvidos de forma a minimizar os potenciais riscos para o ambiente, saúde humana e animal e; assegurar o manuseio e o movimento transfronteiriço seguros de produtos derivados da biotecnologia moderna. Entretanto, embora o país não dispõe de nenhuma política que aborde a questão concreta da Bio-segurança, existem prioridades nacionais no contexto de objectivos maiores de desenvolvimento, como o desenvolvimento sustentável, conservação da biodiversidade, desenvolvimento agrícola, segurança alimentar, etc., sob os quais uma política de biotecnologia e Biosegurança no quadro do QNB será desenvolvida. Ela será alicerçada nas políticas existentes para os vários sectores, principalmente, nos domínios do ambiente (conservação da biodiversidade), da saúde pública, da agricultura (protecção fitossanitária e sanidade animal) e da pesca, embora a investigação neste domínio seja ainda incipiente. O desenvolvimento e a implementação do quadro nacional de Bio-segurança enfatizam e priorizam o reforço da capacitação institucional e técnico para o manuseamento dos OGMs, permitindo a adequação e reorganização das estruturas existentes. Não obstante, o país pode utilizar os produtos da biotecnologia moderna já disponíveis, em benefício da produção alimentar, da saúde humana e animal, do ambiente, do melhoramento do sector florestal, da pesca e da indústria. Para concretizar o plano, foi proposta a criação de um sistema administrativo e institucional composto por seis órgãos, nomeadamente, a Autoridade Nacional Competente, o Conselho Nacional de Bio-segurança; o Comité Regulador (CR) /Monitorização e Fiscalização; o Secretariado Técnico (ST); o Painel Técnico Científico (PTC) e; o Comité Público. Cada um desses órgãos tem funções específicas que vão desde a orientação das vertentes políticas do país até a sensibilização e educação do público no referente ao assunto. A proposta inclui uma Autoridade Nacional Competente única, sob a alçada do Ministério do Ambiente e Agricultura, como o órgão responsável pela autorização ou não da introdução/criação de OGMs, pela coordenação de todas as actividades ligadas à Bio-segurança; e pela recepção de pedidos de autorização e a gestão de notificações, sejam eles para importação, liberação, propagação ou comercialização; ou uso directo para a alimentação, derivado ou produtos do processamento de produtos alimentares, através do Secretariado Técnico. O diploma legislativo proposto estabelece as normas de segurança e mecanismos de fiscalização à importação, exportação, trânsito, produção, manipulação, manuseamento e utilização de organismos geneticamente modificados (OGM) e seus produtos, em conformidade com o princípio da precaução e tendo em vista a protecção da vida e a saúde do homem, dos animais e das plantas, bem como, o meio ambiente. As normas estabelecidas pelo diploma aplicam-se a todas as entidades públicas e privadas envolvidas na importação, exportação, trânsito, produção, manipulação, manuseamento e utilização de OGM e seus produtos, sem prejuízo do regime fixado para as operações de comércio externo de e para Cabo Verde e demais legislação aplicável. O diploma também não se aplica aos movimentos transfronteiriços de fármacos para seres humanos, que sejam OGM e seus produtos, e que estejam sujeitos a legislação específica. E finalmente, visando assegurar que o QNB para Cabo Verde seja cabalmente activo no país, foi concebido um plano de acção quinquenal para sua operacionalização. Este plano de acção consiste num conjunto de actividades que deverão ser adoptadas e realizadas nos próximos cinco anos, sendo estas: o estabelecimento de um quadro institucional e administrativo de Bio-segurança; estabelecimento de um sistema de consciencialização, educação e participação para bio-segurança; criação de capacidade local para o manuseio da biotecnologia; reforço da capacidade local institucional existente no domínio da biotecnologia/bio-segurança; estudo dos impactos da biotecnologia moderna na agricultura local (incluindo produção pecuária e aquacultura); manutenção do uso seguro de produtos farmacêuticos e alimentares como uma prioridade no domínio da saúde pública e; certificação de um conjunto de medidas e políticas efectivas que acompanhem as constantes mudanças.

O Quadro Nacional de Bio-Segurança para Cabo Verde

A aplicação das biotecnologias é hoje considerada uma parte importante da solução aos problemas gerados pela insegurança alimentar e a redução da pobreza no mundo. Contudo, há necessidade da avaliação dos riscos reais associados à liberação dos Organismos Geneticamente Modificados (OGMs) desde que existe a possibilidade potencial de danos ao ambiente e à saúde humana, pela alteração da diversidade biológica. Face ao desenvolvimento acelerado da biotecnologia moderna e face ao desconhecimento das reais consequências das interacções dos OGMs com os diversos ecossistemas, a comunidade internacional adoptou o Protocolo de Cartagena sobre a Bio-segurança como um instrumento de prevenção dos riscos provenientes de produtos biotecnológicos. Este Protocolo é um instrumento jurídico internacional de cariz obrigatório adoptado pela Conferência das Partes aquando da Convenção “Quadro das Nações Unidas sobre a Diversidade Biológica (CDB)”, em 1992. A Convenção, reconhecendo o enorme potencial da biotecnologia moderna para a resolução dos problemas antes mencionados, objectiva “contribuir para assegurar um nível adequado de protecção para a transferência, manipulação e utilização segura dos organismos vivos modificados resultantes da biotecnologia moderna, e que possam ter efeitos adversos para a conservação e utilização sustentável da diversidade biológica, considerando igualmente os riscos para a saúde humana, e centrando-se especificamente nos movimentos transfronteiriços”. O governo de Cabo Verde, consciente da importância que se relaciona à protecção da biodiversidade das ilhas e da saúde pública contra os potenciais riscos dos OGMs, assinou, através do Decreto nº 11/2005 de 26 de Setembro, o Protocolo de Cartagena sobre a Bio-segurança. Com a ratificação do PCB, a 1 de Novembro de 2005, o país comprometeu-se a cumprir as exigências e obrigações do Protocolo, dentre as quais, a elaboração e materialização do O objectivo primário do Projecto para o desenvolvimento do Quadro Nacional de Bio-segurança ou, simplesmente, Projecto Nacional de Bio-segurança (PNB), é o de desenvolver um Quadro Nacional de Bio-segurança para CV, de acordo com as necessidades relevantes do protocolo de Cartagena, considerando principalmente que “cada parte deve tomar as medidas legais, administrativas e outras apropriadas para implementar suas obrigações sob o protocolo”. Para a implementação do Plano, Cabo Verde fez uma análise do cenário actual da biotecnologia e da Bio-segurança, propôs um quadro jurídico institucional Nacional e elaborou um plano de acção para implementação do Quadro Nacional de Bio-segurança (QNB). Este Quadro consiste num conjunto de instrumentos políticos, legais, administrativos e técnicos, próprios para atingir as necessidades relevantes do Protocolo de Cartagena. Especificamente, o quadro visa o estabelecimento de bases científicas e sistemas transparentes de tomada de decisão que habilitem o país a beneficiar dos potenciais benefícios da biotecnologia moderna, assegurando a máxima protecção do ambiente, saúde humana e animal dos potenciais riscos dessa biotecnologia; assegurar que a investigação, liberação e manuseio de produtos da biotecnologia moderna sejam desenvolvidos de forma a minimizar os potenciais riscos para o ambiente, saúde humana e animal e; assegurar o manuseio e o movimento transfronteiriço seguros de produtos derivados da biotecnologia moderna. Entretanto, embora o país não dispõe de nenhuma política que aborde a questão concreta da Bio-segurança, existem prioridades nacionais no contexto de objectivos maiores de desenvolvimento, como o desenvolvimento sustentável, conservação da biodiversidade, desenvolvimento agrícola, segurança alimentar, etc., sob os quais uma política de biotecnologia e Biosegurança no quadro do QNB será desenvolvida. Ela será alicerçada nas políticas existentes para os vários sectores, principalmente, nos domínios do ambiente (conservação da biodiversidade), da saúde pública, da agricultura (protecção fitossanitária e sanidade animal) e da pesca, embora a investigação neste domínio seja ainda incipiente. O desenvolvimento e a implementação do quadro nacional de Bio-segurança enfatizam e priorizam o reforço da capacitação institucional e técnico para o manuseamento dos OGMs, permitindo a adequação e reorganização das estruturas existentes. Não obstante, o país pode utilizar os produtos da biotecnologia moderna já disponíveis, em benefício da produção alimentar, da saúde humana e animal, do ambiente, do melhoramento do sector florestal, da pesca e da indústria. Para concretizar o plano, foi proposta a criação de um sistema administrativo e institucional composto por seis órgãos, nomeadamente, a Autoridade Nacional Competente, o Conselho Nacional de Bio-segurança; o Comité Regulador (CR) /Monitorização e Fiscalização; o Secretariado Técnico (ST); o Painel Técnico Científico (PTC) e; o Comité Público. Cada um desses órgãos tem funções específicas que vão desde a orientação das vertentes políticas do país até a sensibilização e educação do público no referente ao assunto. A proposta inclui uma Autoridade Nacional Competente única, sob a alçada do Ministério do Ambiente e Agricultura, como o órgão responsável pela autorização ou não da introdução/criação de OGMs, pela coordenação de todas as actividades ligadas à Bio-segurança; e pela recepção de pedidos de autorização e a gestão de notificações, sejam eles para importação, liberação, propagação ou comercialização; ou uso directo para a alimentação, derivado ou produtos do processamento de produtos alimentares, através do Secretariado Técnico. O diploma legislativo proposto estabelece as normas de segurança e mecanismos de fiscalização à importação, exportação, trânsito, produção, manipulação, manuseamento e utilização de organismos geneticamente modificados (OGM) e seus produtos, em conformidade com o princípio da precaução e tendo em vista a protecção da vida e a saúde do homem, dos animais e das plantas, bem como, o meio ambiente. As normas estabelecidas pelo diploma aplicam-se a todas as entidades públicas e privadas envolvidas na importação, exportação, trânsito, produção, manipulação, manuseamento e utilização de OGM e seus produtos, sem prejuízo do regime fixado para as operações de comércio externo de e para Cabo Verde e demais legislação aplicável. O diploma também não se aplica aos movimentos transfronteiriços de fármacos para seres humanos, que sejam OGM e seus produtos, e que estejam sujeitos a legislação específica. E finalmente, visando assegurar que o QNB para Cabo Verde seja cabalmente activo no país, foi concebido um plano de acção quinquenal para sua operacionalização. Este plano de acção consiste num conjunto de actividades que deverão ser adoptadas e realizadas nos próximos cinco anos, sendo estas: o estabelecimento de um quadro institucional e administrativo de Bio-segurança; estabelecimento de um sistema de consciencialização, educação e participação para bio-segurança; criação de capacidade local para o manuseio da biotecnologia; reforço da capacidade local institucional existente no domínio da biotecnologia/bio-segurança; estudo dos impactos da biotecnologia moderna na agricultura local (incluindo produção pecuária e aquacultura); manutenção do uso seguro de produtos farmacêuticos e alimentares como uma prioridade no domínio da saúde pública e; certificação de um conjunto de medidas e políticas efectivas que acompanhem as constantes mudanças.

Monitoreo bio-oceanográfico pesquero LP IMARPE IV 0106, de Playuelas (17°16'S) a dominio marítimo sur del Perú (18°21'S)

Analiza las condiciones biológicas y oceanográficas relacionadas con la distribución y abundancia de las principales especies pelágico-costeras, con énfasis en el recurso anchoveta. El monitoreo bio-oceanográfico pesquero se realizó del 06 al 10 de junio de 2001 hasta una distancia máxima de aproximadamente 40 mm de la costa.

Genome-Wide Prediction Methods in Highly Diverse and Heterozygous Species: Proof-of-Concept through Simulation in Grapevine.

Nowadays, genome-wide association studies (GWAS) and genomic selection (GS) methods which use genome-wide marker data for phenotype prediction are of much potential interest in plant breeding. However, to our knowledge, no studies have been performed yet on the predictive ability of these methods for structured traits when using training populations with high levels of genetic diversity. Such an example of a highly heterozygous, perennial species is grapevine. The present study compares the accuracy of models based on GWAS or GS alone, or in combination, for predicting simple or complex traits, linked or not with population structure. In order to explore the relevance of these methods in this context, we performed simulations using approx 90,000 SNPs on a population of 3,000 individuals structured into three groups and corresponding to published diversity grapevine data. To estimate the parameters of the prediction models, we defined four training populations of 1,000 individuals, corresponding to these three groups and a core collection. Finally, to estimate the accuracy of the models, we also simulated four breeding populations of 200 individuals. Although prediction accuracy was low when breeding populations were too distant from the training populations, high accuracy levels were obtained using the sole core-collection as training population. The highest prediction accuracy was obtained (up to 0.9) using the combined GWAS-GS model. We thus recommend using the combined prediction model and a core-collection as training population for grapevine breeding or for other important economic crops with the same characteristics.