Improving discovery in the life sciences using semantic Web technologies and linked data: design principles for life sciences knowledge organization systems

Dissertation presented to obtain the Ph.D degree in Bioinformatics

Hypermedia-based Web Services as System Integrators

As we move more closely to the practical concept of the Internet of Things and, our reliance on public and private APIs increases, web services and their related topics have become utterly crucial to the informatics community. However, the question about which style of web services would best solve a particular problem, can raise signi cant and multifarious debates. There can be found two implementation styles that highlight themselves: the RPC-oriented style represented by the SOAP protocol’s implementations and the hypermedia style, which is represented by the REST architectural style’s implementations. As we search examples of already established web services, we can nd a handful of robust and reliable public and private SOAP APIs, nevertheless, it seems that RESTful services are gaining popularity in the enterprise community. For the current generation of developers that work on informatics solutions, REST seems to represent a fundamental and straightforward alternative and even, a more deep-rooted approach than SOAP. But are they comparable? Do both approaches have each speci c best suitable scenarios? Such study is brie y carried out in the present document’s chapters, starting with the respective background study, following an analysis of the hypermedia approach and an instantiation of its architecture, in a particular case study applied in a BPM context.

Contributo para a validação da versão portuguesa do instrumento de avaliação VOICE (service users perceptions of impatient care, Views on Inpatient Care)

RESUMO: Nos últimos anos assistiu-se a um reposicionamento das pessoas portadoras de doença mental na sociedade, no sentido de viverem em pleno os seus direitos, sem restrições. Esta tendência acompanhou as transformações que se têm vivido na forma como os utentes dos serviços de saúde interagem com os mesmos e com os profissionais de saúde, de forma a permitir uma maior autonomização e responsabilização no que concerne ao tratamento da sua doença, a relação que estabelecem com o seu médico, e a participação na avaliação e monitorização da qualidade dos serviços. Mais recentemente, também no mundo científico, esta afirmação se fez sentir, com o surgimento de investigação liderada por utentes, no sentido de estudar de forma adequada questões que partem do seu ponto de vista, e que possibilitem a produção de conhecimento significativa no contexto das suas experiências. Com o presente trabalho pretende-se contribuir para a validação da versão portuguesa do VOICE (Service Users’ Perceptions of Inpatient Care, Views on Inpatient Care) (Evans et al., 2012), instrumento para a avaliação dos serviços de internamento de agudos em psiquiatria, construído a partir de um investigação liderado por utentes e partindo das suas perspectiva. O VOICE é constituído por 19 questões, agrupadas em sete domínios: admissão; cuidados e tratamento; medicação; equipa de técnicos do internamento; terapia e atividades; ambiente e diferenças. O presente estudo envolveu uma amostra de 85 utentes de um serviço de internamento de agudos de uma instituição psiquiátrica do Norte de Portugal. A versão portuguesa do VOICE apresentou boa aceitação por parte dos utentes e boas características psicométricas - a consistência interna foi alta (α = 0,87) e todos, exceto um item (item 6), apresentam elevadas correlações item-total (variando de 0,18 - item 6 a 0,71 - item 11; M = 0,54, DP = 0,15), sugerindo ser um instrumento útil na avaliação dos serviços de internamento de agudos. No futuro torna-se necessário alargar o estudo a outros contextos de internamento e envolvendo amostras mais alargadas.-------------- ABSTRACT: In recent years there has been a gradual process to help people with the experience of mental illness regaining their full rights. Following the advances in the understanding of mental health problems, and the use of medication to help patients overcome symptoms, service-users have become more autonomous and responsible in the way they deal with health professionals, and are now called to participate in assessing and monitoring mental health services and policies. In the context of these transformations we have assisted to the emergence of research led by service-users (in this case of psychiatric and mental health services) in order to emphasize their point of view, and to enable the production of significant knowledge resulting from their experiences, and perceptions. The present study aims to contribute to the dissemination of service-user led research, based on the adaptation and validation of the Portuguese version of the VOICE - Service Users' Perceptions Questionnaire, Views on Inpatient Care. (Evans et al., 2012). The VOICE is composed of 19 questions, grouped in seven domains: admissions, care and treatment, medication, team of technicians during hospitalization, therapy and activities, environment and diversity. The present study involved a sample of 85 inpatient of a psychiatric institution in Northern Portugal. The Portuguese version of the VOICE showed good psychometric properties and was well accepted by patients [high internal consistency (α = 0,87); and high correlation of each item, except item 6, with the total score (ranging from 0.18 on item 6 to 0.71 on item 11; average=0,54; SD=0,15), suggesting it to be a useful tool for assessing inpatient services. In the future there is a need to extend the study to other contexts and include larger samples.

Aplicação web para configuração e acesso a câmaras ONVIF

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Eletrónica Industrial e Computadores

Arquitectura corporativa de web services

Este proyecto consiste en la realización de un sistema informático que se encargue de ampliar la red comercial de una compañía de seguros a través de Internet. Para ello se utiliza la tecnología de web services, que nos permite efectuar transacciones de datos de manera rápida, fiable y segura. El web service que se ha diseñado se encarga de resolver y dar respuesta tanto a peticiones de solicitud de precios como de emisión de pólizas en varios ramos. El objetivo es ofrecer al cliente final un método sencillo y próximo de cotización y emisión de seguros.

Protocol de comerç electrònic basat en serveis web

Protocol per autenticar a persones que sol·liciten un servei o producte en un web mitjançant un proveïdor d'identitats amb el DNI-E. El proveïdor d'identitats garanteix als proveïdors de serveis que les persones amb qui tracten són qui diuen ser i proporciona a més una reputació associada a cada persona. Aquesta comunicació es fa amb un servei web que prèvia autenticació del proveïdor de servei podrà realitzar les diferents peticions d'autenticitat i de reputació dels seus clients. Donat que es tracten amb dades personals, durant el protocol es protegeix en tot moment l'autèntica identitat de cada persona per tal de que pugui mantenir el seu anonimat.

Herramienta web para la gestión de proyectos de investigación

El proyecto tiene como objetivo el desarrollo de una aplicación web para la gestión de proyectos de investigación que se llevan a cabo por el Servei de Nutrició i Benestar Animal (SNiBA) de la Universitat Autònoma de Barcelona. La aplicación ha de ser una herramienta para facilitar la organización y administración, al personal del centro, de los diferentes proyectos de I+D que son realizados por esta entidad. SNiBA ya dispone de una aplicación para este fin pero con ciertas carencias. Con esta aplicación se pretende facilitar y mejorar el proceso de gestión de los servicios que ofrece SNIBA de forma que el personal pueda ofrecer un mejor servicio a sus clientes.

Rutes amb iOS

Projecte de l'implementació d'una aplicació per registrar i gestionar recorreguts basada al sistema operatiu iOS amb la possibilitat de sincronitzar amb un servei web sobre la plataforma Google App Engine.

PGPWebmail : cliente de correo web con PGP

Trabajo Final de Carrera en desarrollo .NET: Aplicación web ASP.NET MVC cliente de correo electrónico con cifrado PGP y servicio web WCF que brinda funcionalidades de cifrado PGP.

Recerca de l'eficiència en aplicacions SIG per Android

A causa de l'increment del nombre de consumidors de dades geogràfiques, sobretot de dispositius mòbils, els sistemes d'informació geogràfica es troben davant el repte de reduir el coll d'ampolla que suposa l'arquitectura client-servidor clàssica. Una de les solucions a aquest problema és la translació de part de la intel·ligència al node client, així com la creació de xarxes descentralitzades (peer to peer),L'objectiu d'aquesta recerca és demostrar la viabilitat d'una infraestructura client mòbil-servidor, on el client no és únicament un consumidor més, si no que es torna un node intel·ligent.Per fer aquest estudi s'ha desenvolupat una aplicació pel sistema operatiu Android que consumeix dades d'OpenStreetMap. Aquesta aplicació utilitza tècniques de tessel·lat, catching i descàrrega de dades en background segons la posició de l'usuari, per facilitar el consum i reduir el flux de dades intercanviades entre el client i el servidor. També s'ha creat un servei web intern al dispositiu mòbil per a la creació de xarxes peer to peer, les quals permetin un intercanvi de dades entre els terminals mòbils. En aquest treball s'ha demostrat la viabilitat de la infraestructura a través del impacte de l'ús de les tècniques comentades anteriorment sobre el dispositiu client. Per mesurar l'impacte s'ha tingut en compte la càrrega de la CPU (la qual repercuteix al consum de la bateria) i el temps de resposta del sistema. Els resultats de les proves realitzades indiquen que aquestes tècniques redueixen el temps de cerca de punts d'interès d'una manera dràstica, però que també tenen un alt impacte a la CPU i en el temps de càrrega, sobretot en dispositius amb menys capacitats.

Lenguajes de modelado de procesos para Servicios Web Semánticos : Caso de estudio BPEL4WS y WSMO

Estudi de les tecnologies Web Service Modeling Ontology (WSMO) i Business Process Execution Language For Web Services (BPEL4WS) i anàlisi de WSMO i de BPEL4WS documentant els punts clau de cada tecnologia, a continuació se'n realitzarà una comparativa entre les esmentades tecnologies, posant una especial atenció a WSMO

Ciencia 2.0 : aplicación de la web social a la investigación

REBIUN study on Science 2.0 and social web applications for research. There are three categories: share research, share resources and share results. Describes the applications and selected resources of interest: scientific social networks, scientific databases, research platforms, surveys, concept maps, file sharing, bibliographic management, social bookmarking, citation indexes, blogs and wikis, science news, open access. The services are evaluated and the report describes his interest to libraries.

Composing Web Services

Web-palvelut muodostavat keskeisen osan semanttista web:iä. Ne mahdollistavat nykyaikaisen ja tehokkaan välineistön hajautettuun laskentaan ja luovat perustan palveluperustaisille arkkitehtuureille. Verkottunut automatisoitu liiketoiminta edellyttää jatkuvaa aktiivisuutta kaikilta osapuolilta. Lisäksi sitä tukevan järjestelmäntulee olla joustava ja sen tulee tukea monipuolista toiminnallisuutta. Nämä tavoitteet voidaan saavuttamaan yhdistämällä web-palveluita. Yhdistämisprosessi muodostuu joukosta tehtäviä kuten esim. palveluiden mallintaminen, palveluiden koostaminen, palveluiden suorittaminen ja tarkistaminen. Työssä on toteutettu yksinkertainen liiketoimintaprosessi. Toteutuksen osalta tarkasteltiin vaihtoehtoisia standardeja ja toteutustekniikoita. Myös suorituksen optimointiin liittyvät näkökulmat pyrittiin ottamaan huomioon.

Aplicatiu web per a la confecció de plans de seguretat i salut en obres de construcció

Web application for redact health and safety plans in works. The application includes a manager of users, a manager for payment and the process for doing plans. It defines two kind of users: freemium and payment users. The firsts can do two plans in a year and the seconds doesn't have this limitation and besides they have editing tools.

Web Client for Smart Messaging Exchange

TeliaSoneran älykkään viestintäjärjestelmän kehitysluonnoksella (SME) pilotoidaan prototyyppipalveluita, joiden avulla asiakkaat voivat välittää viestejä matkapuhelimilla sekä tietokoneilla. SME:n peruspalveluita voidaan käyttää SIP-standardin mukaisilla asiakasohjelmilla sekä SME:n omilla WAP- ja WWW-käyttöliittymillä. Käyttäjät voivat nähdä toistensa tilatiedon, muuttaa omaa tilatietoaan sekä lähettää SIP-pikaviestejä, sähköpostiviestejä ja tekstiviestejä. Käyttäjät voivat myös ylläpitää listaa yhteyshenkilöistään, vastaanottaa pikaviestejä ja selata vastaanotettuja viestejä. Diplomityössä käsitellään yleisesti SME-järjestelmän rakennetta ja paneudutaan tutkimaan työssä toteutetun SME:n WWW-asiakasohjelman toteutusta. Diplomityössä käydään läpi projektiin liittyviä standardeja, suosituksia, toteustekniikoita sekä palveluita. Lisäksi tarkastellaan työssä hyödynnettyjä ohjelmointirajapintoja, nykyisiä älypuhelimia sekä niiden Internet-selaimia, jotka rajoittavat WWW-asiakaspalvelun toteutuksessa käytettyjä toteutustekniikkavaihtoehtoja. Lopuksi esitellään toteutettujen ohjelmistojen sisäistä rakennetta ja toimintaa.