PHYLOViZ: phylogenetic inference and data visualization for sequence based typing methods

Background: With the decrease of DNA sequencing costs, sequence-based typing methods are rapidly becoming the gold standard for epidemiological surveillance. These methods provide reproducible and comparable results needed for a global scale bacterial population analysis, while retaining their usefulness for local epidemiological surveys. Online databases that collect the generated allelic profiles and associated epidemiological data are available but this wealth of data remains underused and are frequently poorly annotated since no user-friendly tool exists to analyze and explore it. Results: PHYLOViZ is platform independent Java software that allows the integrated analysis of sequence-based typing methods, including SNP data generated from whole genome sequence approaches, and associated epidemiological data. goeBURST and its Minimum Spanning Tree expansion are used for visualizing the possible evolutionary relationships between isolates. The results can be displayed as an annotated graph overlaying the query results of any other epidemiological data available. Conclusions: PHYLOViZ is a user-friendly software that allows the combined analysis of multiple data sources for microbial epidemiological and population studies. It is freely available at http://www.phyloviz.net.

Azorean Agriculture Efficiency by PAR

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Projecto dum laboratório remoto para automação de processos industriais

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica

eTourismGUI - Adaptative Interface

Mestrado em Engenharia Informática. Área de Especialização em Tecnologias do Conhecimento e Decisão.

HIV/AIDS risk among female sex workers who use crack in Southern Brazil

OBJECTIVE: To understand the social context of female sex workers who use crack and its impact on HIV/AIDS risk behaviors. METHODODOLOGICAL PROCEDURES: Qualitative study carried out in Foz do Iguaçu, Southern Brazil, in 2003. Twenty-six in-depth interviews and two focus groups were carried out with female commercial sex workers who frequently use crack. In-depth interviews with health providers, community leaders and public policy managers, as well as field observations were also conducted. Transcript data was entered into Atlas.ti software and grounded theory methodology was used to analyze the data and develop a conceptual model as a result of this study. ANALYSIS OF RESULTS: Female sex workers who use crack had low self-perceived HIV risk in spite of being engaged in risky behaviors (e.g. unprotected sex with multiple partners). Physical and sexual violence among clients, occasional and stable partners was widespread jeopardizing negotiation and consistent condom use. According to health providers, community leaders and public policy managers, several female sex workers who use crack are homeless or live in slums, and rarely have access to health services, voluntary counseling and testing, social support, pre-natal and reproductive care. CONCLUSIONS: Female sex workers who use crack experience a plethora of health and social problems, which apparently affect their risks for HIV infection. Low-threshold, user-friendly and gender-tailored interventions should be implemented, in order to increase the access to health and social-support services among this population. Those initiatives might also increase their access to reproductive health in general, and to preventive strategies focusing on HIV/AIDS and other sexually transmitted infections.

Modelos e interfaces gráficos para objectos de aprendizagem na área da saúde

A educação é uma área bastante importante no desenvolvimento humano e tem vindo a adaptar-se às novas tecnologias. Tentam-se encontrar novas maneiras de ensinar de modo a obter um rendimento cada vez maior na aprendizagem das pessoas. Com o aparecimento de novas tecnologias como os computadores e a Internet, a concepção de aplicações digitais educativas cresceu e a necessidade de instruir cada vez melhor os alunos leva a que estas aplicações precisem de um interface que consiga leccionar de uma maneira rápida e eficiente. A combinação entre o ensino com o auxílio dessas novas tecnologias e a educação à distância deu origem ao e-Learning (ensino à distância). Através do ensino à distância, as possibilidades de aumento de conhecimento dos alunos aumentaram e a informação necessária tornou-se disponível a qualquer hora em qualquer lugar com acesso à Internet. Mas os cursos criados online tinham custos altos e levavam muito tempo a preparar o que gerou um problema para quem os criava. Para recuperar o investimento realizado decidiu-se dividir os conteúdos em módulos capazes de serem reaproveitados em diferentes contextos e diferentes tipos de utilizadores. Estes conteúdos modulares foram denominados Objectos de Aprendizagem. Nesta tese, é abordado o estudo dos Objectos de Aprendizagem e a sua evolução ao longo dos tempos em termos de interface com o utilizador. A concepção de um interface que seja natural e simples de utilizar nem sempre é fácil e independentemente do contexto em que se insere, requer algum conhecimento de regras que façam com que o utilizador que use determinada aplicação consiga trabalhar com um mínimo de desempenho. Na concepção de Objectos de Aprendizagem, áreas de complexidade elevada como a Medicina levam a que professores ou doutores sintam alguma dificuldade em criar um interface com conteúdos educativos capaz de ensinar com eficiência os alunos, devido ao facto de grande parte deles desconhecerem as técnicas e regras que levam ao desenvolvimento de um interface de uma aplicação. Através do estudo dessas regras e estilos de interacção torna-se mais fácil a criação de um bom interface e ao longo desta tese será estudado e proposto uma ferramenta que ajude tanto na criação de Objectos de Aprendizagem como na concepção do respectivo interface.

Ferramenta de apoio ao projeto, configuração e gestão de instalações domóticas

Esta dissertação apresenta o trabalho realizado no âmbito da unidade curricular de Tese / Dissertação (TEDI) do Mestrado em Engenharia Eletrotécnica e de Computadores – Especialização em Automação e Sistemas em parceria com a empresa Live Simply, uma empresa de domótica que decidiu apostar na inovação e no desenvolvimento de serviços e produtos de valor acrescentado para consolidar a sua posição no mercado. Neste contexto, foram identificadas como mais-valias para a Live Simply a conceção, por um lado, de uma ferramenta de apoio técnico de integração e simplificação das fases de projeto, configuração e gestão de instalações domóticas e, por outro lado, de uma interface com a instalação para o cliente consultar e alterar, em tempo real, o estado dos atuadores. Depois de analisadas as tecnologias disponíveis, selecionaram-se as soluções a adotar (linguagens de programação, servidores de base de dados e ambientes de desenvolvimento), definiu-se a arquitetura do sistema, detalhando-se os módulos de projeto, configuração e gestão de instalações, a estrutura da base de dados assim como o hardware de controlo da instalação. De seguida, procedeu-se ao desenvolvimento dos módulos de software e à configuração e programação do módulo de hardware. Por último, procedeu-se a um conjunto exaustivo de testes aos diferentes módulos que demonstraram o correto funcionamento da ferramenta e a adequação das tecnologias empregues. A ferramenta de apoio técnico realizada integra as fases do projeto, configuração e gestão de instalações domóticas, permitindo melhorar o desempenho dos técnicos e a resposta aos clientes. A interface oferecida ao dono da instalação é uma interface Web de aspeto amigável e fácil utilização que permite consultar e modificar em tempo real o estado da instalação.

Desenvolvimento de uma ferramenta para cálculo de estruturas em material compósito

Os desafios à engenharia moderna são cada vez maiores, pretendendo-se quase sempre obter estruturas mais leves, com propriedades mecânicas atrativas e muitas vezes com geometrias complexas. Com tais requisitos, um dos materiais que tem vindo a ter uma crescente aplicação é o material compósito. Contudo, no que toca ao cálculo estrutural destes materiais, tudo se torna mais complexo, já que são materiais que geralmente são formados por empilhamento de várias camadas de material heterogéneo, podendo estas encontrarem-se dispostas segundo diferentes orientações. Assim, a utilização de um software que permita a previsão das propriedades mecânicas de uma estrutura em material compósito através da micromecânica, a aplicação da Teoria Clássica dos Laminados e de um critério de rotura, como por exemplo o de Tsai-Hill, é fundamental para agilizar o processo de estudo da estrutura a fabricar. Para dar uma resposta a tal necessidade foi desenvolvida uma aplicação, em MATLAB® GUI, denominada CAFE – Composite Analysis For Engineers, com ambiente gráfico apelativo, que permite determinar todas as variáveis importantes no estudo de estruturas em material compósito. Esta aplicação visa suportar e agilizar a aprendizagem desta área do conhecimento, permitindo também o acesso ao código de cálculo por parte do utilizador, de modo a conhecerem-se as equações utilizadas e, eventualmente, ser alvo de futuros desenvolvimentos. O programa desenvolvido foi alvo de validação, recorrendo-se para tal, a uma comparação dos resultados obtidos entre o respetivo programa e por um outro programa de grande fiabilidade. Assim sendo, concluiu-se que o software CAFE apresenta resultados válidos, encontrando-se apto a ser utilizado.

Criação de uma plataforma e-commerce para a página de Facebook Handmade, nós apoiamos

Trabalho de projeto apresentado à Escola Superior de Comunicação Social como parte dos requisitos para obtenção de grau de mestre em Publicidade e Marketing.

sMapReduce: a programming pattern for wireless sensor networks

Wireless Sensor Networks (WSNs) are increasingly used in various application domains like home-automation, agriculture, industries and infrastructure monitoring. As applications tend to leverage larger geographical deployments of sensor networks, the availability of an intuitive and user friendly programming abstraction becomes a crucial factor in enabling faster and more efficient development, and reprogramming of applications. We propose a programming pattern named sMapReduce, inspired by the Google MapReduce framework, for mapping application behaviors on to a sensor network and enabling complex data aggregation. The proposed pattern requires a user to create a network-level application in two functions: sMap and Reduce, in order to abstract away from the low-level details without sacrificing the control to develop complex logic. Such a two-fold division of programming logic is a natural-fit to typical sensor networking operation which makes sensing and topological modalities accessible to the user.

Data mining languages for business intelligence

Doctoral Thesis in Information Systems and Technologies Area of Engineering and Manag ement Information Systems

Desenvolvimento de um pupilómetro

O movimento da pupila é a resposta à variação da intensidade da luz na retina, com vista a ajudar a optimizar a percepção visual. Num ambiente de luz fraca a dilatação da pupila (midríase) é um meio eficaz para maximizar o número de fotões que chega à retina, que por sua vez activa os processos de adaptação à pouca luz. Aquando da exposição a uma luz forte, a contracção da pupila (miose) permite a redução da intensidade da luz na retina numa proporção eficaz, servindo como resposta rápida dos mecanismos de adaptação à luz intensa (1). O estudo da abertura da pupila tem interesse clínico relevante, pois esta actua como um indicador objectivo da sensibilidade da retina à luz e, por consequência, do nervo óptico. A sua oscilação permanente é resultado do equilíbrio entre fluxos opostos dos sistemas nervosos simpático e parassimpático. O estado da pupila de um indivíduo permite o diagnóstico de várias doenças, entre as quais distúrbios do sono (narcolepsia), esquizofrenia (reacção a fármacos), Síndrome de Adie, Alzheimer, dependência de narcóticos, entre outras. Neste trabalho apresenta-se um equipamento óptico estável e robusto para a detecção da área da pupila e sua variação numa escala temporal. Desenvolveu-se um algoritmo de detecção do contorno pupilar, implementado num programa de interface simples, intuitivo e user friendly. Com vista à validação técnica do sistema desenvolvido foram feitas medições da área, perímetro, diâmetro horizontal e diâmetro vertical que, após estudo estatístico e comparativo, permitiram tirar conclusões acerca das dimensões gerais da pupila, da sua variação dado um determinado estímulo e da viabilidade clínica do equipamento concebido.

A Web-Based geographical information system prototype on Portuguese traditional food products

Dissertation submitted in partial fulfilment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies

Bio-inspired anatomy for autonomous DPWS-compliant automation components

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Engenharia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

AIRMON: análise automática de mensagens LTE

Mestrado em Engenharia Eletrotécnica e de Computadores - Área de Especialização de Telecomunicações